FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE2748, 2465 aa 1>>>pF1KE2748 2465 - 2465 aa - 2465 aa Library: human.CCDS.faa 18921897 residues in 33420 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.2107+/-0.00119; mu= 20.9755+/- 0.072 mean_var=74.1152+/-14.850, 0's: 0 Z-trim(100.7): 39 B-trim: 2 in 1/48 Lambda= 0.148977 statistics sampled from 6305 (6313) to 6305 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.521), E-opt: 0.2 (0.189), width: 16 Scan time: 3.540 The best scores are: opt bits E(33420) CCDS4996.1 DOP1A gene_id:23033|Hs109|chr6 (2465) 16031 3456.4 0 CCDS64467.1 DOP1A gene_id:23033|Hs109|chr6 (2476) 13433 2898.0 0 CCDS13643.1 DOP1B gene_id:9980|Hs109|chr21 (2298) 2350 515.9 9.4e-145 >>CCDS4996.1 DOP1A gene_id:23033|Hs109|chr6 (2465 aa) initn: 16031 init1: 16031 opt: 16031 Z-score: 18603.5 bits: 3456.4 E(33420): 0 Smith-Waterman score: 16031; 100.0% identity (100.0% similar) in 2465 aa 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CCDS13 TLLEVINHSQSLALVIEDKMKRYK-SSGHNPFFGKLQMVTVPPIAPGILKVIAEKTDFYQ 820 830 840 850 860 870 880 890 900 910 920 930 pF1KE2 HVALTLWDQLGDGTPQHHQKSVELFYQLHNLVPSSSICEDVISQQLTHKDKKIRMEAHAK .:: .::.::. : .:: :::::.:: :.:...::::.: . : :: :.:: . CCDS13 RVARVLWNQLNKETREHHVTCVELFYRLHCLAPTANICEDIICHALLDPDKGTRLEALFR 880 890 900 910 920 930 940 950 960 970 980 990 pF1KE2 FAVLWHLTRDLHINKSSSFVRSFDRSLFIMLDSLNSLDGSTSSVGQAWLNQVLQRHDIAR :.:.:::::... .. .: ::::::::..:::: ::. ....:.:: ..:. :.:: CCDS13 FSVIWHLTREIQGSRVTSHNRSFDRSLFVVLDSLACTDGAIGAAAQGWLVRALSLGDVAR 940 950 960 970 980 990 1000 1010 1020 1030 1040 1050 pF1KE2 VLEPLLLLLLHPKTQRVSVQRVQAERYWNKSPCYPGEESDKHFMQNFACSNVSQVQLITS .:::.:::::.:::::.:.. : :.: . . : . CCDS13 ILEPVLLLLLQPKTQRTSIH------------CLKQENSADDLHRWFN----------RK 1000 1010 1020 1030 1060 1070 1080 1090 1100 1110 pF1KE2 KGNGEKPLTMDEIENFSLTVNPLSDRLSLLSTSSETIPMVVSDFDLPDQQIEILQSSDSG : . .. .. : .. : : : .:. :.: :.. : .. CCDS13 KTSFREACAVPEPQE---------------SGSEEHLPL--SQFTTVDREA-IWAEVEKE 1040 1050 1060 1070 1120 1130 1140 1150 1160 1170 pF1KE2 CSQSSAGDNLSYEVDPETVNAQEDSQMPKESSPDDDVQQVVFDLICKVVSGLEVESASVT . .:: : : :. . . ...:: :. ..:::... CCDS13 PEKYPLRGELSEEELPYYVELPDRTA---HGAPD---------------SSEHTESADTS 1080 1090 1100 1110 1180 1190 1200 1210 1220 1230 pF1KE2 SQLEIEAMPPKCSDIDPDEETIKIEDDSIQQSQNALLSNESSQFLSVSAEGGHECVANGI : : . . ... . ..:. :::: . : : CCDS13 S----------CHTDSENTSSFSSPSHDLQE-----LSNEEN------------CCA--- 1120 1130 1140 1240 1250 1260 1270 1280 1290 pF1KE2 SRNSSSPCISGTTHTLHDSSVASIETKSRQRSHSSIQFSFKEKLSEKVSEKETIVKESGK : ..: .. ... .:.....: :: CCDS13 ----PIP-MGGRAYPKRSALLAAFQSES-----------FKA------------------ 1150 1160 1170 1300 1310 1320 1330 1340 1350 pF1KE2 QPGAKPKVKLARKKDDDKKKSSNEKLKQTSVFFSDG-LDLENWYSCGEGDISEIESDMGS :: :..:.: :.:: ..:. : :: ::: .. . .. CCDS13 --GA--KLSLVRV-DSDKTQASES-------FSSDEEADLE---------LQALTTSRLL 1180 1190 1200 1210 1360 1370 1380 1390 1400 1410 pF1KE2 PGSRKSPNFNIHPLYQHVLLYLQLYDSSRTLYAFSAIKAILKTNPIAFVNAISTTSVNNA .:. . .. :..:.::::: ::: :.:::::...:.::::: :..:.: ::.... CCDS13 KQQRERQE-AVEALFKHILLYLQPYDSRRVLYAFSVLEAVLKTNPKEFIEAVSRTSMDTS 1220 1230 1240 1250 1260 1270 1420 1430 1440 1450 1460 1470 pF1KE2 YTPQLSLLQNLLARHRISVMGKDFYSHIPVDSNHNFRSSMYIEILISLCLYYMRSHYPTH : .:.:..::::::. ...:..::... .. . :. .:.: ::: ..::.:: . 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CCDS13 LEHHLGRAHEEAENQPDLSREWQRALNFQQAISALQYVQPHPLTSQGLLVSAVVRGLQPA 1460 1470 1480 1490 1500 1510 1660 1670 1680 1690 1700 1710 pF1KE2 CACKMHPQWIGLITSTLPYMGKVLQRVVVSVTLQLCRNLDNLIQQYKYET-GLSDSRPLW . ::: :..:.: .:::.:: : .:. ..:.:.:::.:..::. :. :: : CCDS13 YGYGMHPAWVSLVTHSLPYFGKSLGWTVTPFVVQICKNLDDLVKQYESESVKLSVSTTSK 1520 1530 1540 1550 1560 1570 1720 1730 1740 1750 1760 1770 pF1KE2 MASIIPPDMILTLLEGITAIIHYCLLDPTTQYHQLLVSVDQKHLFEARSGILSILHMIMS .: ::. ::::::.:.: :.:::. ..: .. ... : .: .::..:: : .. CCDS13 RENI-SPDYPLTLLEGLTTISHFCLLEQANQNKKTMAAGDPANLRNARNAILEELPRTVN 1580 1590 1600 1610 1620 1780 1790 1800 1810 1820 pF1KE2 SVTLLWSILHQADSSEKMT--IAASASLTTINLGATKNLRQQILELLGPISMNHGVHFMA ...:::..:.. ..... . ..:. . ... . .::..::.::..:.:.. . ::.. : CCDS13 TMALLWNVLRKEETQKRPVDLLGATKGSSSVYFKTTKTIRQKILDFLNPLTAHLGVQLTA 1630 1640 1650 1660 1670 1680 1830 1840 1850 1860 1870 1880 pF1KE2 AIAFVWNERRQNKTTTRTKVIPAASEEQLLLVELVRSISVMRAETVIQTVKEVLKQPPAI :.: ::. :.. . .. :.::.:: :: ::.:: ..:.....:... ::::.:.:: . CCDS13 AVAAVWS-RKKAQRHSKMKIIPTASASQLTLVDLVCALSTLQTDTLLHLVKEVVKRPPQV 1690 1700 1710 1720 1730 1740 1890 1900 1910 1920 1930 1940 pF1KE2 -AKDKKHLSLEVCMLQFFYAYIQRIPVPNLVDSWASLLILLKDSIQLSLPAPGQFLILGV . :.: ... .::: ::..::.::: : ....::: .::.:.::.: :: ::.:.. CCDS13 KGGDEKSPLVDIPVLQFCYAFLQRLPVPALQENFSSLLGVLKESVQLNLAPPGYFLLLSM 1750 1760 1770 1780 1790 1800 1950 1960 1970 1980 1990 2000 pF1KE2 LNEFIMKNPSLENKKDQRDLQDVTHKIVDAIGAIAGSSLEQTTWLRRNLEVKPSPKIMVD ::.:. ..:.:::::::.:::..:.::..:.: :::::::::.:: :::::: .:. .. CCDS13 LNDFVTRTPNLENKKDQKDLQEITQKILEAVGNIAGSSLEQTSWLSRNLEVKAQPQASLE 1810 1820 1830 1840 1850 1860 2010 2020 2030 2040 2050 2060 pF1KE2 GTNLESDVEDMLSPAMETANITPSVYSVHALTLLSEVLAHLLDMVFYSDEKERVIPLLVN .. : :. : . . ... .::::::.::.::.:::: :::::. :::::...::. CCDS13 ESDAEEDLYDAAAASAMVSSSAPSVYSVQALSLLAEVLASLLDMVYRSDEKEKAVPLISR 1870 1880 1890 1900 1910 1920 2070 2080 2090 2100 2110 2120 pF1KE2 IMHYVVPYLRNHSAHNAPSYRACVQLLSSLSGYQYTRRAWKKEAFDLFMDPSFFQMDASC ...:: ::::::::.::::.:: .::::::::: ::.:::.::...::.::.:::::.:: CCDS13 LLYYVFPYLRNHSAYNAPSFRAGAQLLSSLSGYAYTKRAWRKEVLELFLDPAFFQMDTSC 1930 1940 1950 1960 1970 1980 2130 2140 2150 2160 2170 2180 pF1KE2 VNHWRAIMDNLMTHDKTTFRDLMTRVAVAQSSSLNLFANRDVELEQRAMLLKRLAFAIFS : ::..:.:.:.::.:: :.:::. :::::.::.. .::.:::::: :::.:: CCDS13 V-HWKSIIDHLLTHEKTMFKDLMN----MQSSSLKLFSS----FEQKAMLLKRQAFAVFS 1990 2000 2010 2020 2030 2190 2200 2210 2220 2230 2240 pF1KE2 SEIDQYQKYLPDIQERLVESLRLPQVPTLHSQVFLFFRVLLLRMSPQHLTSLWPTMITEL .:.:::. ::: :::::...::. :. . .:.::::::::::.:::::::::: :..:: CCDS13 GELDQYHLYLPLIQERLTDNLRVGQTSIVAAQMFLFFRVLLLRISPQHLTSLWPIMVSEL 2040 2050 2060 2070 2080 2090 2250 2260 2270 2280 2290 2300 pF1KE2 VQVFLLMEQELTADEDISRTSGPSVAGLETTYTGGNGFSTSYNSQRWLNLYLSACKFLDL .:.: .:..: ::: : : .: ... .:: :.. : : :::::::::: CCDS13 IQTFTQLEEDLK-DEDESLRSTNKVNRTKVSVPDANGPSVGEIPQSELILYLSACKFLDT 2100 2110 2120 2130 2140 2150 2310 2320 2330 2340 2350 2360 pF1KE2 ALALPSENLPQFQMYRWAFIPEASDDSGLEVRRQGIHQREFKPYVVRLAKLLRKRAKKNP ::..: ...: ::.::::::::.. .. . ...: ::..::. .::. . 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