FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE1980, 557 aa 1>>>pF1KE1980 557 - 557 aa - 557 aa Library: /omim/omim.rfq.tfa 60827320 residues in 85289 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 9.1824+/-0.000461; mu= 1.3023+/- 0.029 mean_var=285.6895+/-58.306, 0's: 0 Z-trim(117.9): 179 B-trim: 0 in 0/54 Lambda= 0.075880 statistics sampled from 30113 (30310) to 30113 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.686), E-opt: 0.2 (0.355), width: 16 Scan time: 11.330 The best scores are: opt bits E(85289) NP_006074 (OMIM: 600549) protein Red [Homo sapiens ( 557) 3700 419.1 1.8e-116 XP_011535347 (OMIM: 612427) PREDICTED: RNA-binding ( 638) 273 44.0 0.0017 XP_011535346 (OMIM: 612427) PREDICTED: RNA-binding ( 843) 273 44.1 0.0021 NP_067062 (OMIM: 612427) RNA-binding protein 25 [H ( 843) 273 44.1 0.0021 NP_055885 (OMIM: 616453) zinc finger CCCH domain-c (1564) 266 43.6 0.0054 XP_005266369 (OMIM: 616453) PREDICTED: zinc finger (1564) 266 43.6 0.0054 NP_001317494 (OMIM: 616453) zinc finger CCCH domai (1668) 266 43.7 0.0057 NP_001317496 (OMIM: 616453) zinc finger CCCH domai (1668) 266 43.7 0.0057 NP_001317495 (OMIM: 616453) zinc finger CCCH domai (1668) 266 43.7 0.0057 XP_016875968 (OMIM: 616453) PREDICTED: zinc finger (1669) 266 43.7 0.0057 NP_001070256 (OMIM: 616453) zinc finger CCCH domai (1669) 266 43.7 0.0057 XP_016875969 (OMIM: 616453) PREDICTED: zinc finger (1669) 266 43.7 0.0057 XP_005266367 (OMIM: 616453) PREDICTED: zinc finger (1669) 266 43.7 0.0057 XP_016875967 (OMIM: 616453) PREDICTED: zinc finger (1669) 266 43.7 0.0057 NP_001317493 (OMIM: 616453) zinc finger CCCH domai (1669) 266 43.7 0.0057 XP_016875966 (OMIM: 616453) PREDICTED: zinc finger (1669) 266 43.7 0.0057 XP_016866788 (OMIM: 154040) PREDICTED: negative el ( 320) 244 40.5 0.0095 XP_011513215 (OMIM: 154040) PREDICTED: negative el ( 325) 244 40.5 0.0096 >>NP_006074 (OMIM: 600549) protein Red [Homo sapiens] (557 aa) initn: 3700 init1: 3700 opt: 3700 Z-score: 2212.0 bits: 419.1 E(85289): 1.8e-116 Smith-Waterman score: 3700; 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