FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE4301, 297 aa 1>>>pF1KE4301 297 - 297 aa - 297 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.0278+/-0.000931; mu= 11.8352+/- 0.056 mean_var=73.0147+/-14.262, 0's: 0 Z-trim(105.5): 39 B-trim: 26 in 1/50 Lambda= 0.150096 statistics sampled from 8407 (8443) to 8407 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.634), E-opt: 0.2 (0.259), width: 16 Scan time: 2.130 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS12263.1 CNN1 gene_id:1264|Hs108|chr19 ( 297) 2004 443.2 1.1e-124 CCDS77238.1 CNN1 gene_id:1264|Hs108|chr19 ( 247) 1665 369.7 1.2e-102 CCDS30775.1 CNN3 gene_id:1266|Hs108|chr1 ( 329) 1368 305.5 3.6e-83 CCDS12053.1 CNN2 gene_id:1265|Hs108|chr19 ( 309) 1217 272.8 2.3e-73 CCDS65592.1 CNN3 gene_id:1266|Hs108|chr1 ( 288) 1156 259.5 2.1e-69 CCDS12054.1 CNN2 gene_id:1265|Hs108|chr19 ( 270) 841 191.3 6.7e-49 CCDS65593.1 CNN3 gene_id:1266|Hs108|chr1 ( 283) 722 165.6 4e-41 CCDS77205.1 CNN2 gene_id:1265|Hs108|chr19 ( 330) 604 140.0 2.3e-33 CCDS77204.1 CNN2 gene_id:1265|Hs108|chr19 ( 298) 583 135.5 4.8e-32 CCDS1189.1 TAGLN2 gene_id:8407|Hs108|chr1 ( 199) 385 92.5 2.7e-19 CCDS60314.1 TAGLN2 gene_id:8407|Hs108|chr1 ( 220) 385 92.5 3e-19 CCDS33816.1 TAGLN3 gene_id:29114|Hs108|chr3 ( 199) 373 89.9 1.6e-18 >>CCDS12263.1 CNN1 gene_id:1264|Hs108|chr19 (297 aa) initn: 2004 init1: 2004 opt: 2004 Z-score: 2351.8 bits: 443.2 E(32554): 1.1e-124 Smith-Waterman score: 2004; 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CCDS65 FHTTIDIGVKYAEKQTRRFDEGKLKAGQSVIGLQMGTNKCASQAGMTAYGTRRHLYDPKM 100 110 120 130 140 150 200 210 220 230 240 250 pF1KE4 GTDQPLDQATISLQMGTNKGASQAGMTAPGTKRQIFEPGLGMEHCDTLNVSLQMGSNKGA ::.:.::.::::::::::::::::: ::::.:.:.. : .. :. ..:::::.:: : CCDS65 QTDKPFDQTTISLQMGTNKGASQAGMLAPGTRRDIYDQKLTLQPVDNSTISLQMGTNKVA 160 170 180 190 200 210 260 270 280 290 pF1KE4 SQRGMTVYGLPRQVYDPKYCLTPEYPELGEPAHNHHAHNYYNSA ::.::.:::: ::::::::: .: : CCDS65 SQKGMSVYGLGRQVYDPKYCAAPTEPVIHNGSQGTGTNGSEISDSDYQAEYPDEYHGEYQ 220 230 240 250 260 270 >>CCDS12054.1 CNN2 gene_id:1265|Hs108|chr19 (270 aa) initn: 1289 init1: 604 opt: 841 Z-score: 991.4 bits: 191.3 E(32554): 6.7e-49 Smith-Waterman score: 1004; 59.3% identity (75.1% similar) in 273 aa overlap (1-273:1-235) 10 20 30 40 50 60 pF1KE4 MSSAHFNRGPAYGLSAEVKNKLAQKYDHQREQELREWIEGVTGRRIGNNFMDGLKDGIIL :::..::.::.:::::::::.: .::: :.: ::: ::::.:: :: .:. ::::: :: CCDS12 MSSTQFNKGPSYGLSAEVKNRLLSKYDPQKEAELRTWIEGLTGLSIGPDFQKGLKDGTIL 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 pF1KE4 CEFINKLQPGSVKKINESTQNWHQLENIGNFIKAITKYGVKPHDIFEANDLFENTNHTQV : ..:::::::: :::.: ::::::::..:::::...::..: :.::::::::. : ::: CCDS12 CTLMNKLQPGSVPKINRSMQNWHQLENLSNFIKAMVSYGMNPVDLFEANDLFESGNMTQV 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 pF1KE4 QSTLLALASMAKTKGNKVNVGVKYAEKQERKFEPGKLREGRNIIGLQMGTNKFASQQGMT : .::::: :: ::::: :::.::: CCDS12 QVSLLALA--------------------------GK-----------MGTNKCASQSGMT 130 140 190 200 210 220 230 240 pF1KE4 AYGTRRHLYDPKLGTDQPLDQATISLQMGTNKGASQAGMTAPGTKRQIFEPGLGMEHCDT :::::::::::: :.:..:::::::::: :::.:::::::.:.:.. :: ..::. CCDS12 AYGTRRHLYDPKNHILPPMDHSTISLQMGTNKCASQVGMTAPGTRRHIYDTKLGTDKCDN 150 160 170 180 190 200 250 260 270 280 290 pF1KE4 LNVSLQMGSNKGASQRGMTVYGLPRQVYDPKYCLTPEYPELGEPAHNHHAHNYYNSA ..::::: ..::.: :. :.:: ::.:::::: CCDS12 SSMSLQMGYTQGANQSGQ-VFGLGRQIYDPKYCPQGTVADGAPSGTGDCPDPGEVPEYPP 210 220 230 240 250 260 CCDS12 YYQEEAGY 270 >>CCDS65593.1 CNN3 gene_id:1266|Hs108|chr1 (283 aa) initn: 1368 init1: 680 opt: 722 Z-score: 851.8 bits: 165.6 E(32554): 4e-41 Smith-Waterman score: 1026; 59.2% identity (72.9% similar) in 277 aa overlap (5-279:3-233) 10 20 30 40 50 60 pF1KE4 MSSAHFNRGPAYGLSAEVKNKLAQKYDHQREQELREWIEGVTGRRIGNNFMDGLKDGIIL :::.::.::::::::::.:.::::: :..::.::: ::: :: ::. :::::::: CCDS65 MTHFNKGPSYGLSAEVKNKIASKYDHQAEEDLRNWIEEVTGMSIGPNFQLGLKDGIIL 10 20 30 40 50 70 80 90 100 110 120 pF1KE4 CEFINKLQPGSVKKINESTQNWHQLENIGNFIKAITKYGVKPHDIFEANDLFENTNHTQV ::.:::::::::::.:::. :: : CCDS65 CELINKLQPGSVKKVNESSLNWPQ------------------------------------ 60 70 80 130 140 150 160 170 pF1KE4 QSTLLALASMAKTKG--NKVNVGVKYAEKQERKFEPGKLREGRNIIGLQMGTNKFASQQG ::::: . ...:::::::: :.:. :::. :...::::::::: ::: : CCDS65 ----------AKTKGFHTTIDIGVKYAEKQTRRFDEGKLKAGQSVIGLQMGTNKCASQAG 90 100 110 120 130 180 190 200 210 220 230 pF1KE4 MTAYGTRRHLYDPKLGTDQPLDQATISLQMGTNKGASQAGMTAPGTKRQIFEPGLGMEHC ::::::::::::::. ::.:.::.::::::::::::::::: ::::.:.:.. : .. 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CCDS77 QVSLLALAGKGLDLGSLAALCWYSRPLSLTQAKTKGLQSGVDIGVKYSEKQERNFDDATM 130 140 150 160 170 180 160 170 180 190 200 210 pF1KE4 REGRNIIGLQMGTNKFASQQGMTAYGTRRHLYDPKLGTDQPLDQATISLQMGTNKGASQA . :. .::::::::: :::.::::::::::::::: :.:..:::::::::: :::. 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