FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE9448, 478 aa 1>>>pF1KE9448 478 - 478 aa - 478 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.9520+/-0.000842; mu= 11.1585+/- 0.051 mean_var=157.7173+/-43.493, 0's: 0 Z-trim(111.8): 317 B-trim: 1398 in 2/50 Lambda= 0.102126 statistics sampled from 12076 (12691) to 12076 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.723), E-opt: 0.2 (0.39), width: 16 Scan time: 3.500 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS7376.1 OPN4 gene_id:94233|Hs108|chr10 ( 478) 3243 489.8 2.6e-138 CCDS31237.1 OPN4 gene_id:94233|Hs108|chr10 ( 489) 2599 395.0 9.7e-110 CCDS4923.1 OPN5 gene_id:221391|Hs108|chr6 ( 354) 547 92.5 7.9e-19 CCDS3687.1 RRH gene_id:10692|Hs108|chr4 ( 337) 452 78.5 1.2e-14 CCDS3063.1 RHO gene_id:6010|Hs108|chr3 ( 348) 411 72.5 8.4e-13 CCDS5806.1 OPN1SW gene_id:611|Hs108|chr7 ( 348) 395 70.1 4.3e-12 CCDS1268.1 GPR161 gene_id:23432|Hs108|chr1 ( 529) 396 70.4 5.2e-12 CCDS72978.1 GPR161 gene_id:23432|Hs108|chr1 ( 546) 396 70.4 5.3e-12 CCDS58043.1 GPR161 gene_id:23432|Hs108|chr1 ( 549) 396 70.4 5.4e-12 CCDS31072.1 OPN3 gene_id:23596|Hs108|chr1 ( 402) 389 69.3 8.8e-12 CCDS5155.1 TAAR6 gene_id:319100|Hs108|chr6 ( 345) 387 68.9 9.7e-12 CCDS35447.1 OPN1MW2 gene_id:728458|Hs108|chrX ( 364) 382 68.2 1.7e-11 CCDS14743.1 OPN1MW gene_id:2652|Hs108|chrX ( 364) 382 68.2 1.7e-11 CCDS83509.1 OPN1MW3 gene_id:101060233|Hs108|chrX ( 364) 382 68.2 1.7e-11 CCDS14174.1 GRPR gene_id:2925|Hs108|chrX ( 384) 382 68.2 1.7e-11 CCDS12049.1 KISS1R gene_id:84634|Hs108|chr19 ( 398) 377 67.5 3e-11 CCDS7410.1 HTR7 gene_id:3363|Hs108|chr10 ( 432) 377 67.5 3.1e-11 CCDS7409.1 HTR7 gene_id:3363|Hs108|chr10 ( 445) 377 67.5 3.2e-11 CCDS7408.1 HTR7 gene_id:3363|Hs108|chr10 ( 479) 377 67.6 3.4e-11 CCDS5154.1 TAAR8 gene_id:83551|Hs108|chr6 ( 342) 374 67.0 3.6e-11 CCDS14742.1 OPN1LW gene_id:5956|Hs108|chrX ( 364) 373 66.9 4.2e-11 CCDS839.1 ADORA3 gene_id:140|Hs108|chr1 ( 318) 369 66.2 5.7e-11 CCDS75520.1 TAAR9 gene_id:134860|Hs108|chr6 ( 348) 366 65.8 8.3e-11 >>CCDS7376.1 OPN4 gene_id:94233|Hs108|chr10 (478 aa) initn: 3243 init1: 3243 opt: 3243 Z-score: 2596.6 bits: 489.8 E(32554): 2.6e-138 Smith-Waterman score: 3243; 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CCDS49 KKKLRPAEIMTINLAVCDLGISVVGKPFTIISCFCHRWVFGWIGCRWYGWAGFFFGCGSL 70 80 90 100 110 120 160 170 180 190 200 210 pF1KE9 ITLTAIALDRYLVITRPLATFGVASKRRAAFVLLG-VWLYALAWSLPPFFGWSAYVPEGL ::.::..::::: : ..:: ::. :.. :. .: :: :. :. : . :::: . CCDS49 ITMTAVSLDRYLKICY--LSYGVWLKRKHAYICLAAIWAYASFWTTMPLVGLGDYVPEPF 130 140 150 160 170 220 230 240 250 260 270 pF1KE9 LTSCSWDYMSFTPAV--RAYTMLLCCFVFFLPLLIIIYCYIFIFRAIRETGRALQTFGAC :::. :. .: ... . . : ..:: .:.. :. :. .. ... . : . CCDS49 GTSCTLDWWLAQASVGGQVFILNILFFCLLLPTAVIVFSYVKIIAKVKSSSKEVAHFDSR 180 190 200 210 220 230 280 290 300 310 320 330 pF1KE9 KGNGESLWQRQRLQSECKMAKIMLLVILLFVLSWAPYSAVALVAFAGYAHVLTPYMSSVP ... : : :..:. .:. :...: ::..:.. . : . .: :: CCDS49 IHSSHVL--------EMKLTKVAMLICAGFLIAWIPYAVVSVWSAFGRPDSIPIQLSVVP 240 250 260 270 280 290 340 350 360 370 380 390 pF1KE9 AVIAKASAIHNPIIYAITHPKYRVAIAQHLPCLGVLLGVSRRHSRPYPSYRSTHRSTLTS ...::..:..::::: . :. CCDS49 TLLAKSAAMYNPIIYQVIDYKFACCQTGGLKATKKKSLEGFRLHTVTTVRKSSAVLEIHE 300 310 320 330 340 350 >>CCDS3687.1 RRH gene_id:10692|Hs108|chr4 (337 aa) initn: 498 init1: 225 opt: 452 Z-score: 376.2 bits: 78.5 E(32554): 1.2e-14 Smith-Waterman score: 588; 30.9% identity (66.1% similar) in 298 aa overlap (70-367:25-311) 40 50 60 70 80 90 pF1KE9 GRLPSISPTAPGTWAAAWVPLPTVDVPDHAHYTLGTVILLVGLTGMLGNLTVIYTFCRSR : ..: ....:. ....:. :. : . . CCDS36 MLRNNLGNSSDSKNEDGSVFSQTEHNIVATYLIMAGMISIISNIIVLGIFIKYK 10 20 30 40 50 100 110 120 130 140 150 pF1KE9 SLRTPANMFIINLAVSDFLMSFTQAPVFFTSSLYKQWLFGETGCEFYAFCGALFGISSMI ::::.: .::::::.:. .: :. .:.:: .: :: .::. :: . .::..:. CCDS36 ELRTPTNAIIINLAVTDIGVSSIGYPMSAASDLYGSWKFGYAGCQVYAGLNIFFGMASIG 60 70 80 90 100 110 160 170 180 190 200 210 pF1KE9 TLTAIALDRYLVITRPLATFGVASKRRAAFVLLGVWLYALAWSLPPFFGWSAYVPEGLLT ::..:.::::.: : . .... ...: :.:. .: :.: :..::..:.:. . 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CCDS30 SCGIDYYTLKPEVNNESFVIYMFVVHFTIPMIIIFFCYGQLVFTVKEAAAQQQESATTQ- 190 200 210 220 230 240 280 290 300 310 320 330 pF1KE9 NGESLWQRQRLQSECKMAKIMLLVILLFVLSWAPYSAVALVAFAGYAHVLTPYMSSVPAV ..: ........... :.. :.::..::. :. . . : . ..:: CCDS30 -----------KAEKEVTRMVIIMVIAFLICWVPYASVAFYIFTHQGSNFGPIFMTIPAF 250 260 270 280 290 340 350 360 370 380 390 pF1KE9 IAKASAIHNPIIYAITHPKYRVAIAQHLPCLGVLLGVSRRHSRPYPSYRSTHRSTLTSHT .::..::.::.:: . . ..: . . : CCDS30 FAKSAAIYNPVIYIMMNKQFRNCMLTTICCGKNPLGDDEASATVSKTETSQVAPA 300 310 320 330 340 >>CCDS5806.1 OPN1SW gene_id:611|Hs108|chr7 (348 aa) initn: 339 init1: 187 opt: 395 Z-score: 330.6 bits: 70.1 E(32554): 4.3e-12 Smith-Waterman score: 489; 28.5% identity (62.3% similar) in 305 aa overlap (66-367:30-319) 40 50 60 70 80 90 pF1KE9 ISSLGRLPSISPTAPGTWAAAWVPLPTVDVPDHAHYTLGTVILLVGLTGMLGNLTVIYTF : : : .. . : : :. : :. . CCDS58 MRKMSEEEFYLFKNISSVGPWDGPQYHIAPVWAFYLQAAFMGTVFLIGFPLNAMVLVAT 10 20 30 40 50 100 110 120 130 140 150 pF1KE9 CRSRSLRTPANMFIINLAVSDFLMS-FTQAPVFFTSSLYKQWLFGETGCEFYAFCGALFG : ..:: : :....:.. . ::. :. ::: ..: ..::. : . .: :.. : CCDS58 LRYKKLRQPLNYILVNVSFGGFLLCIFSVFPVF-VASCNGYFVFGRHVCALEGFLGTVAG 60 70 80 90 100 110 160 170 180 190 200 210 pF1KE9 ISSMITLTAIALDRYLVITRPLATFGVASKRRAAFVLLGVWLYALAWSLPPFFGWSAYVP . . .:. .:..::.:: .:...: .::. : :.:..: ... :.::::::: ..: CCDS58 LVTGWSLAFLAFERYIVICKPFGNFRFSSKH-ALTVVLATWTIGIGVSIPPFFGWSRFIP 120 130 140 150 160 170 220 230 240 250 260 270 pF1KE9 EGLLTSCSWDYMSFTPAVRA--YTMLLCCFVFFLPLLIIIYCYIFIFRAIRETGRALQTF ::: ::. :... :. :: .: : :..:: .: . : ..::.. .. : CCDS58 EGLQCSCGPDWYTVGTKYRSESYTWFLFIFCFIVPLSLICFSYTQLLRALKAVAAQQQES 180 190 200 210 220 230 280 290 300 310 320 330 pF1KE9 GACKGNGESLWQRQRLQSECKMAKIMLLVILLFVLSWAPYSAVALVAFAGYAHVLTPYMS .. . ..: .......... : . ..::.: :. . : : . CCDS58 ATTQ------------KAEREVSRMVVVMVGSFCVCYVPYAAFAMYMVNNRNHGLDLRLV 240 250 260 270 280 340 350 360 370 380 390 pF1KE9 SVPAVIAKASAIHNPIIYAITHPKYRVAIAQHLPCLGVLLGVSRRHSRPYPSYRSTHRST ..:. ..:.. :.::::: . . .... : . . : CCDS58 TIPSFFSKSACIYNPIIYCFMNKQFQACIMK-MVCGKAMTDESDTCSSQKTEVSTVSSTQ 290 300 310 320 330 340 400 410 420 430 440 450 pF1KE9 LTSHTSNLSWISIRRRQESLGSESEVGWTHMEAAAVWGAAQQANGRSLYGQGLEDLEAKA CCDS58 VGPN >>CCDS1268.1 GPR161 gene_id:23432|Hs108|chr1 (529 aa) initn: 476 init1: 322 opt: 396 Z-score: 329.1 bits: 70.4 E(32554): 5.2e-12 Smith-Waterman score: 470; 28.7% identity (58.6% similar) in 338 aa overlap (77-390:34-357) 50 60 70 80 90 100 pF1KE9 PTAPGTWAAAWVPLPTVDVPDHAHYTLGTVILLVGLTGMLGNLTVIYTFCRSRSLRTPAN :... . ::::... :. .. : : .: CCDS12 NSSLSCRKELSNLTEEEGGEGGVIITQFIAIIVITIFVCLGNLVIVVTLYKKSYLLTLSN 10 20 30 40 50 60 110 120 130 140 150 160 pF1KE9 MFIINLAVSDFLMSFTQAPVFFTSSLYKQWLFGETGCEFYAFCGALFGISSMITLTAIAL :...:..:.::.: : :::. ..:.:: . :.: :. :.. .::.:: .::. 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