FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KB7883, 579 aa 1>>>pF1KB7883 579 - 579 aa - 579 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.0840+/-0.000823; mu= 8.3217+/- 0.050 mean_var=187.5268+/-38.491, 0's: 0 Z-trim(115.0): 15 B-trim: 164 in 1/50 Lambda= 0.093658 statistics sampled from 15537 (15547) to 15537 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.783), E-opt: 0.2 (0.478), width: 16 Scan time: 3.710 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS46110.1 RELB gene_id:5971|Hs108|chr19 ( 579) 4018 555.1 8.7e-158 CCDS31609.1 RELA gene_id:5970|Hs108|chr11 ( 551) 1142 166.5 8e-41 CCDS44651.1 RELA gene_id:5970|Hs108|chr11 ( 548) 1133 165.3 1.9e-40 CCDS73322.1 RELA gene_id:5970|Hs108|chr11 ( 448) 1115 162.7 8.6e-40 CCDS74515.1 REL gene_id:5966|Hs108|chr2 ( 587) 975 143.9 5.2e-34 CCDS1864.1 REL gene_id:5966|Hs108|chr2 ( 619) 975 143.9 5.4e-34 CCDS54783.1 NFKB1 gene_id:4790|Hs108|chr4 ( 968) 529 83.8 1.1e-15 CCDS3657.1 NFKB1 gene_id:4790|Hs108|chr4 ( 969) 529 83.8 1.1e-15 CCDS41565.1 NFKB2 gene_id:4791|Hs108|chr10 ( 899) 477 76.8 1.3e-13 CCDS41564.1 NFKB2 gene_id:4791|Hs108|chr10 ( 900) 477 76.8 1.3e-13 >>CCDS46110.1 RELB gene_id:5971|Hs108|chr19 (579 aa) initn: 4018 init1: 4018 opt: 4018 Z-score: 2946.3 bits: 555.1 E(32554): 8.7e-158 Smith-Waterman score: 4018; 100.0% identity (100.0% similar) in 579 aa overlap (1-579:1-579) 10 20 30 40 50 60 pF1KB7 MLRSGPASGPSVPTGRAMPSRRVARPPAAPELGALGSPDLSSLSLAVSRSTDELEIIDEY :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS46 MLRSGPASGPSVPTGRAMPSRRVARPPAAPELGALGSPDLSSLSLAVSRSTDELEIIDEY 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 pF1KB7 IKENGFGLDGGQPGPGEGLPRLVSRGAASLSTVTLGPVAPPATPPPWGCPLGRLVSPAPG :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS46 IKENGFGLDGGQPGPGEGLPRLVSRGAASLSTVTLGPVAPPATPPPWGCPLGRLVSPAPG 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 pF1KB7 PGPQPHLVITEQPKQRGMRFRYECEGRSAGSILGESSTEASKTLPAIELRDCGGLREVEV :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS46 PGPQPHLVITEQPKQRGMRFRYECEGRSAGSILGESSTEASKTLPAIELRDCGGLREVEV 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 pF1KB7 TACLVWKDWPHRVHPHSLVGKDCTDGICRVRLRPHVSPRHSFNNLGIQCVRKKEIEAAIE :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS46 TACLVWKDWPHRVHPHSLVGKDCTDGICRVRLRPHVSPRHSFNNLGIQCVRKKEIEAAIE 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 pF1KB7 RKIQLGIDPYNAGSLKNHQEVDMNVVRICFQASYRDQQGQMRRMDPVLSEPVYDKKSTNT :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS46 RKIQLGIDPYNAGSLKNHQEVDMNVVRICFQASYRDQQGQMRRMDPVLSEPVYDKKSTNT 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 pF1KB7 SELRICRINKESGPCTGGEELYLLCDKVQKEDISVVFSRASWEGRADFSQADVHRQIAIV :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS46 SELRICRINKESGPCTGGEELYLLCDKVQKEDISVVFSRASWEGRADFSQADVHRQIAIV 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 420 pF1KB7 FKTPPYEDLEIVEPVTVNVFLQRLTDGVCSEPLPFTYLPRDHDSYGVDKKRKRGMPDVLG :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS46 FKTPPYEDLEIVEPVTVNVFLQRLTDGVCSEPLPFTYLPRDHDSYGVDKKRKRGMPDVLG 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 480 pF1KB7 ELNSSDPHGIESKRRKKKPAILDHFLPNHGSGPFLPPSALLPDPDFFSGTVSLPGLEPPG :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS46 ELNSSDPHGIESKRRKKKPAILDHFLPNHGSGPFLPPSALLPDPDFFSGTVSLPGLEPPG 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 530 540 pF1KB7 GPDLLDDGFAYDPTAPTLFTMLDLLPPAPPHASAVVCSGGAGAVVGETPGPEPLTLDSYQ :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS46 GPDLLDDGFAYDPTAPTLFTMLDLLPPAPPHASAVVCSGGAGAVVGETPGPEPLTLDSYQ 490 500 510 520 530 540 550 560 570 pF1KB7 APGPGDGGTASLVGSNMFPNHYREAAFGGGLLSPGPEAT ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS46 APGPGDGGTASLVGSNMFPNHYREAAFGGGLLSPGPEAT 550 560 570 >>CCDS31609.1 RELA gene_id:5970|Hs108|chr11 (551 aa) initn: 1080 init1: 736 opt: 1142 Z-score: 846.4 bits: 166.5 E(32554): 8e-41 Smith-Waterman score: 1142; 42.4% identity (68.4% similar) in 446 aa overlap (114-552:7-436) 90 100 110 120 130 140 pF1KB7 SRGAASLSTVTLGPVAPPATPPPWGCPLGRLVSPA-PGPGPQPHLVITEQPKQRGMRFRY :. :: :. . :.. : :::::::::::: CCDS31 MDELFPLIFPAEPAQASGPYVEIIEQPKQRGMRFRY 10 20 30 150 160 170 180 190 200 pF1KB7 ECEGRSAGSILGESSTEASKTLPAIELRDCGGLREVEVTACLVWKDWPHRVHPHSLVGKD .::::::::: :: ::...:: :.:.. : :... :: :: ::: ::: ::::: CCDS31 KCEGRSAGSIPGERSTDTTKTHPTIKINGYTGPGTVRIS--LVTKDPPHRPHPHELVGKD 40 50 60 70 80 90 210 220 230 240 250 260 pF1KB7 CTDGICRVRLRPHVSPRHSFNNLGIQCVRKKEIEAAIERKIQLGIDPYNAGSLKNHQEVD : ::. ...: : :::.:::::::.:...: :: ..:: . .:... ... . : CCDS31 CRDGFYEAELCPDRCI-HSFQNLGIQCVKKRDLEQAISQRIQTNNNPFQVPIEEQRGDYD 100 110 120 130 140 150 270 280 290 300 310 320 pF1KB7 MNVVRICFQASYRDQQGQMRRMDPVLSEPVYDKKSTNTSELRICRINKESGPCTGGEELY .:.::.:::.. :: .:. :. ::::.:..:... ::.::.:::.:..:: : ::.:.. 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CCDS18 SMDFRYLPDEKDTYG-NKAKKQKTTLLFQKL--CQDH-VETGFRHVDQDGLE--LLTSGD 280 290 300 310 320 460 470 480 490 500 510 pF1KB7 GPFLPPSALLPDPDFFSG-TVSLPGLEPPGGPDLLDDGFAYDPTAPTLFTMLDLLPPAPP : : .. .: ::..: :: . .: : :.::. .. : CCDS18 PPTLASQS--------AGITVNFPERPRPGLLGSIGEG-RYFKKEPNLFSHDAVVREMPT 330 340 350 360 370 520 530 540 550 560 pF1KB7 HASAVVCS-----GGAGAVVGETPGPEPLTLDSYQA---PGPGDGGTASLVGSNMFPNHY .:. . : : .. ... . :: .:... : : .:.: : CCDS18 GVSSQAESYYPSPGPISSGLSHHASMAPLPSSSWSSVAHPTPRSGNTNPLSSFSTRTLPS 380 390 400 410 420 430 570 pF1KB7 REAAFGGGLLSPGPEAT CCDS18 NSQGIPPFLRIPVGNDLNASNACIYNNADDIVGMEASSMPSADLYGISDPNMLSNCSVNM 440 450 460 470 480 490 >>CCDS54783.1 NFKB1 gene_id:4790|Hs108|chr4 (968 aa) initn: 770 init1: 269 opt: 529 Z-score: 395.4 bits: 83.8 E(32554): 1.1e-15 Smith-Waterman score: 766; 38.2% identity (59.7% similar) in 395 aa overlap (121-475:38-422) 100 110 120 130 140 150 pF1KB7 STVTLGPVAPPATPPPWGCPLGRLVSPAPGPGPQPHLVITEQPKQRGMRFRYECEGRSAG : :.: : :::::::.:::: ::: : : CCDS54 LGRPEQMFHLDPSLTHTIFNPEVFQPQMALPTDGPYLQILEQPKQRGFRFRYVCEGPSHG 10 20 30 40 50 60 160 170 180 190 200 210 pF1KB7 SILGESSTEASKTLPAIELRDCGGLREVEVTACLVWKDWPHRVHPHSLVGKDCTDGICRV .. : :: . .:. : ... :. . ..: . :: . ..: :::::: : :::: : CCDS54 GLPGASSEKNKKSYPQVKI--CNYVGPAKVIVQLVTNGKNIHLHAHSLVGKHCEDGICTV 70 80 90 100 110 120 220 230 240 250 pF1KB7 RLRPHVSPRHSFNNLGIQCVRKKEIEAAIE-RKIQLGIDPYNAG---------------- :. . .: :::: : ::.. ..: : . : :: : CCDS54 TAGPK-DMVVGFANLGILHVTKKKVFETLEARMTEACIRGYNPGLLVHPDLAYLQAEGGG 130 140 150 160 170 180 260 270 280 290 pF1KB7 ---------------SLKNHQEVDMNVVRICFQASYRDQQGQM-RRMDPVLSEPVYDKKS .:.. .:.:..:::. : : :. :.. ::..::.:. .::.:. 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