FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE3537, 506 aa 1>>>pF1KE3537 506 - 506 aa - 506 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.4664+/-0.000929; mu= 18.8238+/- 0.056 mean_var=97.1049+/-18.687, 0's: 0 Z-trim(108.1): 34 B-trim: 5 in 1/50 Lambda= 0.130153 statistics sampled from 9939 (9966) to 9939 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.678), E-opt: 0.2 (0.306), width: 16 Scan time: 3.230 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS44713.1 KDM4E gene_id:390245|Hs108|chr11 ( 506) 3523 672.1 4e-193 CCDS8302.1 KDM4D gene_id:55693|Hs108|chr11 ( 523) 2191 422.0 8e-118 CCDS12138.1 KDM4B gene_id:23030|Hs108|chr19 (1096) 1804 349.6 1e-95 CCDS55286.1 KDM4C gene_id:23081|Hs108|chr9 ( 813) 1691 328.3 2e-89 CCDS55285.1 KDM4C gene_id:23081|Hs108|chr9 ( 835) 1691 328.3 2e-89 CCDS6471.1 KDM4C gene_id:23081|Hs108|chr9 (1056) 1691 328.4 2.4e-89 CCDS491.1 KDM4A gene_id:9682|Hs108|chr1 (1064) 1645 319.8 9.6e-87 CCDS78379.1 KDM4C gene_id:23081|Hs108|chr9 ( 151) 596 122.0 4.7e-28 CCDS55555.1 KDM5D gene_id:8284|Hs108|chrY (1570) 516 107.9 8.3e-23 CCDS41736.1 KDM5A gene_id:5927|Hs108|chr12 (1690) 493 103.7 1.7e-21 CCDS55554.1 KDM5D gene_id:8284|Hs108|chrY (1482) 492 103.4 1.8e-21 CCDS14794.1 KDM5D gene_id:8284|Hs108|chrY (1539) 492 103.4 1.9e-21 CCDS55417.1 KDM5C gene_id:8242|Hs108|chrX (1379) 491 103.2 2e-21 CCDS65269.1 KDM5C gene_id:8242|Hs108|chrX (1559) 491 103.2 2.1e-21 CCDS14351.1 KDM5C gene_id:8242|Hs108|chrX (1560) 491 103.2 2.1e-21 CCDS30974.1 KDM5B gene_id:10765|Hs108|chr1 (1544) 450 95.5 4.4e-19 CCDS81417.1 KDM5B gene_id:10765|Hs108|chr1 (1580) 450 95.6 4.5e-19 >>CCDS44713.1 KDM4E gene_id:390245|Hs108|chr11 (506 aa) initn: 3523 init1: 3523 opt: 3523 Z-score: 3580.7 bits: 672.1 E(32554): 4e-193 Smith-Waterman score: 3523; 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CCDS55 KGAHRAGLAKVIPPKEWKPRQCYDDIDNLLIPAPIQQMVTGQSGLFTQYNIQKKAMTVKE 70 80 90 100 110 120 100 110 120 130 140 150 pF1KE3 YRRLANSKKYQTPPHRNFADLEQRYWKSHPGNPPIYGADISGSLFEESTKQWNLGHLGTI .:.:::: :: :: . .. :::..:::. :::::::.::...:.. .::...:.:. CCDS55 FRQLANSGKYCTPRYLDYEDLERKYWKNLTFVAPIYGADINGSIYDEGVDEWNIARLNTV 130 140 150 160 170 180 160 170 180 190 200 210 pF1KE3 LDLLEQECGVVIEGVNTPYLYFGMWKTTFAWHTEDMDLYSINYLHFGEPKTWYVVPPEHG ::..:.:::. :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.::..::::: CCDS55 LDVVEEECGISIEGVNTPYLYFGMWKTTFAWHTEDMDLYSINYLHFGEPKSWYAIPPEHG 190 200 210 220 230 240 220 230 240 250 260 270 pF1KE3 QHLERLARELFPDISRGCEAFLRHKVALISPTVLKENGIPFNCMTQEAGEFMVTFPYGYH ..:::::. .::. :.::.::::::..::::.:::. ::::. .::::::::.::::::: CCDS55 KRLERLAQGFFPSSSQGCDAFLRHKMTLISPSVLKKYGIPFDKITQEAGEFMITFPYGYH 250 260 270 280 290 300 280 290 300 310 320 330 pF1KE3 AGFNHGFNCAEAINFATPRWIDYGKMASQCSCGESTVTFSMDPFVRIVQPESYELWKHRQ :::::::::::. :::: :::::::.:. :.: .. : .::: ::: ::. :.:::. . CCDS55 AGFNHGFNCAESTNFATVRWIDYGKVAKLCTCRKDMVKISMDIFVRKFQPDRYQLWKQGK 310 320 330 340 350 360 340 350 360 370 380 390 pF1KE3 DLAIVEHTEPRVAESQELSNWRDDIVLRRAALGLRLLPNLTAQCPTQPVSSGHCYNPKGC :. ..::.: : . :.. : CCDS55 DIYTIDHTKPTPASTPEVKAWLQRRRKVRKASRSFQCARSTSKRPKADEEEEVSDEVDGA 370 380 390 400 410 420 >>CCDS6471.1 KDM4C gene_id:23081|Hs108|chr9 (1056 aa) initn: 1691 init1: 1691 opt: 1691 Z-score: 1717.5 bits: 328.4 E(32554): 2.4e-89 Smith-Waterman score: 1691; 64.8% identity (86.6% similar) in 352 aa overlap (7-358:8-359) 10 20 30 40 50 pF1KE3 MKSVHSSPQNTSHTIMTFYPTMEEFADFNTYVAYMESQGAHQAGLAKVIPPKEWKARQM :: : : :::: :.:::: .:: :.:::::.:::.::::::::::::: :: CCDS64 MEVAEVESPLNPSCKIMTFRPSMEEFREFNKYLAYMESKGAHRAGLAKVIPPKEWKPRQC 10 20 30 40 50 60 60 70 80 90 100 110 pF1KE3 YDDIEDILIATPLQQVTSGQGGVFTQYHKKKKAMRVGQYRRLANSKKYQTPPHRNFADLE ::::...:: .:.::...::.:.::::. .:::: : ..:.:::: :: :: . .. ::: CCDS64 YDDIDNLLIPAPIQQMVTGQSGLFTQYNIQKKAMTVKEFRQLANSGKYCTPRYLDYEDLE 70 80 90 100 110 120 120 130 140 150 160 170 pF1KE3 QRYWKSHPGNPPIYGADISGSLFEESTKQWNLGHLGTILDLLEQECGVVIEGVNTPYLYF ..:::. :::::::.::...:.. .::...:.:.::..:.:::. ::::::::::: CCDS64 RKYWKNLTFVAPIYGADINGSIYDEGVDEWNIARLNTVLDVVEEECGISIEGVNTPYLYF 130 140 150 160 170 180 180 190 200 210 220 230 pF1KE3 GMWKTTFAWHTEDMDLYSINYLHFGEPKTWYVVPPEHGQHLERLARELFPDISRGCEAFL ::::::::::::::::::::::::::::.::..:::::..:::::. .::. :.::.::: CCDS64 GMWKTTFAWHTEDMDLYSINYLHFGEPKSWYAIPPEHGKRLERLAQGFFPSSSQGCDAFL 190 200 210 220 230 240 240 250 260 270 280 290 pF1KE3 RHKVALISPTVLKENGIPFNCMTQEAGEFMVTFPYGYHAGFNHGFNCAEAINFATPRWID :::..::::.:::. ::::. .::::::::.::::::::::::::::::. :::: :::: CCDS64 RHKMTLISPSVLKKYGIPFDKITQEAGEFMITFPYGYHAGFNHGFNCAESTNFATVRWID 250 260 270 280 290 300 300 310 320 330 340 350 pF1KE3 YGKMASQCSCGESTVTFSMDPFVRIVQPESYELWKHRQDLAIVEHTEPRVAESQELSNWR :::.:. :.: .. : .::: ::: ::. :.:::. .:. ..::.: : . :.. : CCDS64 YGKVAKLCTCRKDMVKISMDIFVRKFQPDRYQLWKQGKDIYTIDHTKPTPASTPEVKAWL 310 320 330 340 350 360 360 370 380 390 400 410 pF1KE3 DDIVLRRAALGLRLLPNLTAQCPTQPVSSGHCYNPKGCGTDAVPGSAFQSSAYHTQTQSL CCDS64 QRRRKVRKASRSFQCARSTSKRPKADEEEEVSDEVDGAEVPNPDSVTDDLKVSEKSEAAV 370 380 390 400 410 420 >>CCDS491.1 KDM4A gene_id:9682|Hs108|chr1 (1064 aa) initn: 1702 init1: 1636 opt: 1645 Z-score: 1670.8 bits: 319.8 E(32554): 9.6e-87 Smith-Waterman score: 1645; 65.5% identity (85.7% similar) in 342 aa overlap (6-347:5-346) 10 20 30 40 50 60 pF1KE3 MKSVHSSPQNTSHTIMTFYPTMEEFADFNTYVAYMESQGAHQAGLAKVIPPKEWKARQMY : : : ::::::::::: .:. :.::.::::::.::::::.:::::: : : CCDS49 MASESETLNPSARIMTFYPTMEEFRNFSRYIAYIESQGAHRAGLAKVVPPKEWKPRASY 10 20 30 40 50 70 80 90 100 110 120 pF1KE3 DDIEDILIATPLQQVTSGQGGVFTQYHKKKKAMRVGQYRRLANSKKYQTPPHRNFADLEQ :::.:..: .:.::...::.:.::::. .:::: : ..:..::: :: :: . .: .::. CCDS49 DDIDDLVIPAPIQQLVTGQSGLFTQYNIQKKAMTVREFRKIANSDKYCTPRYSEFEELER 60 70 80 90 100 110 130 140 150 160 170 180 pF1KE3 RYWKSHPGNPPIYGADISGSLFEESTKQWNLGHLGTILDLLEQECGVVIEGVNTPYLYFG .:::. ::::::::..:.:.:. . .::.:.: :::::.:.: :..:::::::::::: CCDS49 KYWKNLTFNPPIYGADVNGTLYEKHVDEWNIGRLRTILDLVEKESGITIEGVNTPYLYFG 120 130 140 150 160 170 190 200 210 220 230 240 pF1KE3 MWKTTFAWHTEDMDLYSINYLHFGEPKTWYVVPPEHGQHLERLARELFPDISRGCEAFLR ::::.::::::::::::::::::::::.:: ::::::..:::::. .:: ...:::::: CCDS49 MWKTSFAWHTEDMDLYSINYLHFGEPKSWYSVPPEHGKRLERLAKGFFPGSAQSCEAFLR 180 190 200 210 220 230 250 260 270 280 290 300 pF1KE3 HKVALISPTVLKENGIPFNCMTQEAGEFMVTFPYGYHAGFNHGFNCAEAINFATPRWIDY ::..:::: .::. ::::. .::::::::.::::::::::::::::::. :::: :::.: CCDS49 HKMTLISPLMLKKYGIPFDKVTQEAGEFMITFPYGYHAGFNHGFNCAESTNFATRRWIEY 240 250 260 270 280 290 310 320 330 340 350 360 pF1KE3 GKMASQCSCGESTVTFSMDPFVRIVQPESYELWKHRQDLAIVEHTEPRVAESQELSNWRD ::.: ::: .. : .::: ::: ::: :.::: .: ....:: : CCDS49 GKQAVLCSCRKDMVKISMDVFVRKFQPERYKLWKAGKDNTVIDHTLPTPEAAEFLKESEL 300 310 320 330 340 350 370 380 390 400 410 420 pF1KE3 DIVLRRAALGLRLLPNLTAQCPTQPVSSGHCYNPKGCGTDAVPGSAFQSSAYHTQTQSLT CCDS49 PPRAGNEEECPEEDMEGVEDGEEGDLKTSLAKHRIGTKRHRVCLEIPQEVSQSELFPKED 360 370 380 390 400 410 >>CCDS78379.1 KDM4C gene_id:23081|Hs108|chr9 (151 aa) initn: 596 init1: 596 opt: 596 Z-score: 617.1 bits: 122.0 E(32554): 4.7e-28 Smith-Waterman score: 596; 61.6% identity (83.3% similar) in 138 aa overlap (7-144:8-145) 10 20 30 40 50 pF1KE3 MKSVHSSPQNTSHTIMTFYPTMEEFADFNTYVAYMESQGAHQAGLAKVIPPKEWKARQM :: : : :::: :.:::: .:: :.:::::.:::.::::::::::::: :: CCDS78 MEVAEVESPLNPSCKIMTFRPSMEEFREFNKYLAYMESKGAHRAGLAKVIPPKEWKPRQC 10 20 30 40 50 60 60 70 80 90 100 110 pF1KE3 YDDIEDILIATPLQQVTSGQGGVFTQYHKKKKAMRVGQYRRLANSKKYQTPPHRNFADLE ::::...:: .:.::...::.:.::::. .:::: : ..:.:::: :: :: . .. ::: CCDS78 YDDIDNLLIPAPIQQMVTGQSGLFTQYNIQKKAMTVKEFRQLANSGKYCTPRYLDYEDLE 70 80 90 100 110 120 120 130 140 150 160 170 pF1KE3 QRYWKSHPGNPPIYGADISGSLFEESTKQWNLGHLGTILDLLEQECGVVIEGVNTPYLYF ..:::. :::::::.::...: CCDS78 RKYWKNLTFVAPIYGADINGSIYDEVHSYLQ 130 140 150 >>CCDS55555.1 KDM5D gene_id:8284|Hs108|chrY (1570 aa) initn: 464 init1: 464 opt: 516 Z-score: 522.9 bits: 107.9 E(32554): 8.3e-23 Smith-Waterman score: 516; 32.5% identity (57.5% similar) in 348 aa overlap (75-396:419-748) 50 60 70 80 90 100 pF1KE3 LAKVIPPKEWKARQMYDDIEDILIATPLQQVTSGQGGVFTQYHKKKKAMRVGQYRRLANS :.: . : ..: .. . :. ..:: CCDS55 EMADSFKSDYFNMPVHMVPTELVEKEFWRLVSSIEEDVTVEYGADIHSKEFGSGFPVSNS 390 400 410 420 430 440 110 120 130 140 150 pF1KE3 KKYQTPPHRN-----FADLEQRYWKSH--PGNPPIYGADISGSLFEESTKQWNLGHLGTI :. .: .. .. : . .: . : :: . : : : .:. :::. . CCDS55 KQNLSPEEKRQSLTVLTRLISSFWAQAVLPPWPP----KVLG-LQEYATSGWNLN----V 450 460 470 480 490 160 170 180 190 200 210 pF1KE3 LDLLEQE--CGVV--IEGVNTPYLYFGMWKTTFAWHTEDMDLYSINYLHFGEPKTWYVVP . .:.: : . : :...:.:: :: ..: :: :: :::::::.::::::: :: CCDS55 MPVLDQSVLCHINADISGMKVPWLYVGMVFSAFCWHIEDHWSYSINYLHWGEPKTWYGVP 500 510 520 530 540 550 220 230 240 250 260 270 pF1KE3 PEHGQHLERLARELFPDISRGCEAFLRHKVALISPTVLKENGIPFNCMTQEAGEFMVTFP ..:::.. . : :.. . .:.. :.:..:..: .:.: .: ::::..::: CCDS55 SLAAEHLEEVMKMLTPELFDSQPDLLHQLVTLMNPNTLMSHGVPVVRTNQCAGEFVITFP 560 570 580 590 600 610 280 290 300 310 320 pF1KE3 YGYHAGFNHGFNCAEAINFATPRWIDYGKMASQCSCGESTV----TFSMDPFV-RIVQ-P .::.:::.:.: :::.:: : :. :. :: . .:: . .. ... : CCDS55 RAYHSGFNQGYNFAEAVNFCTADWLPAGR---QCIEHYRRLRRYCVFSHEELICKMAAFP 620 630 640 650 660 670 330 340 350 360 370 380 pF1KE3 ESYELWKHRQDLAIVEHTEPRVAESQELSNWRDDIVLRRAALGLR----LLPNLTAQC-- :. .: .::.. : : . :: : .. . .. . : :::. :: CCDS55 ETLDL-----NLAVAVHKEMFIM-VQEERRLRKALLEKGVTEAEREAFELLPDDERQCIK 680 690 700 710 720 730 390 400 410 420 430 pF1KE3 --PTQPVSSGHCYN-PKGCGTDAVPGSAFQSSAYHTQTQSLTLGMSARVLLPSTGSWGSG : .:. ::. : : CCDS55 CKTTCFLSALACYDCPDGLVCLSHINDLCKCSSSRQYLRYRYTLDELPTMLHKLKIRAES 740 750 760 770 780 790 >>CCDS41736.1 KDM5A gene_id:5927|Hs108|chr12 (1690 aa) initn: 516 init1: 487 opt: 493 Z-score: 499.2 bits: 103.7 E(32554): 1.7e-21 Smith-Waterman score: 506; 37.5% identity (62.5% similar) in 248 aa overlap (83-307:354-598) 60 70 80 90 100 110 pF1KE3 EWKARQMYDDIEDILIATPLQQVTSGQGGVFTQYHKKKKAMRVGQYRRLANSKKYQTPPH : : .. . :.. .: .. : : CCDS41 IPPLPDVPKGDWRCPKCVAEECSKPREAFGFEQAVREYTLQSFGEMADNFKSDYFNMPVH 330 340 350 360 370 380 120 130 140 pF1KE3 RNFADL-EQRYWK--SHPGNPPI--YGADIS----GSLF--------------EESTKQW ..: :...:. : . : :::::: :: : : . . : CCDS41 MVPTELVEKEFWRLVSSIEEDVIVEYGADISSKDFGSGFPVKDGRRKILPEEEEYALSGW 390 400 410 420 430 440 150 160 170 180 190 200 pF1KE3 NLGHLGTILDLLEQECGVVIEGVNTPYLYFGMWKTTFAWHTEDMDLYSINYLHFGEPKTW ::... .. . . . .: : :...:.:: :: ..: :: :: :::::::.:::::: CCDS41 NLNNMPVLEQSVLAHINVDISGMKVPWLYVGMCFSSFCWHIEDHWSYSINYLHWGEPKTW 450 460 470 480 490 500 210 220 230 240 250 260 pF1KE3 YVVPPEHGQHLERLARELFPDISRGCEAFLRHKVALISPTVLKENGIPFNCMTQEAGEFM : :: . ...::.. ::: :.. .. .:.. :....:.:: :.:.: .: ::::. CCDS41 YGVPSHAAEQLEEVMRELAPELFESQPDLLHQLVTIMNPNVLMEHGVPVYRTNQCAGEFV 510 520 530 540 550 560 270 280 290 300 310 320 pF1KE3 VTFPYGYHAGFNHGFNCAEAINFATPRWIDYGKMASQCSCGESTVTFSMDPFVRIVQPES :::: .::.:::.:.: :::.:: : :. :. :: CCDS41 VTFPRAYHSGFNQGYNFAEAVNFCTADWLPIGR---QCVNHYRRLRRHCVFSHEELIFKM 570 580 590 600 610 620 330 340 350 360 370 380 pF1KE3 YELWKHRQDLAIVEHTEPRVAESQELSNWRDDIVLRRAALGLRLLPNLTAQCPTQPVSSG CCDS41 AADPECLDVGLAAMVCKELTLMTEEETRLRESVVQMGVLMSEEEVFELVPDDERQCSACR 630 640 650 660 670 680 506 residues in 1 query sequences 18511270 residues in 32554 library sequences Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc) start: Tue Nov 8 05:53:43 2016 done: Tue Nov 8 05:53:44 2016 Total Scan time: 3.230 Total Display time: 0.080 Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]