FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE3950, 783 aa 1>>>pF1KE3950 783 - 783 aa - 783 aa Library: /omim/omim.rfq.tfa 60827320 residues in 85289 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 9.8663+/-0.000383; mu= 2.3633+/- 0.024 mean_var=322.0374+/-65.900, 0's: 0 Z-trim(123.2): 124 B-trim: 504 in 2/59 Lambda= 0.071470 statistics sampled from 42571 (42706) to 42571 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.769), E-opt: 0.2 (0.501), width: 16 Scan time: 12.700 The best scores are: opt bits E(85289) NP_001004342 (OMIM: 610584) tripartite motif-conta ( 783) 5410 571.9 3.7e-162 XP_011542494 (OMIM: 610584) PREDICTED: tripartite ( 781) 5372 567.9 5.7e-161 XP_016856812 (OMIM: 610584) PREDICTED: tripartite ( 854) 5281 558.6 4e-158 NP_001287818 (OMIM: 610584) tripartite motif-conta ( 721) 3506 375.5 4.4e-103 XP_016876435 (OMIM: 606555) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 706) 2591 281.1 1.1e-74 XP_016876434 (OMIM: 606555) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 710) 2589 280.9 1.3e-74 NP_055978 (OMIM: 606555) E3 ubiquitin-protein liga ( 710) 2589 280.9 1.3e-74 XP_016876437 (OMIM: 606555) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 688) 2132 233.8 1.9e-60 XP_016876436 (OMIM: 606555) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 692) 2130 233.6 2.2e-60 XP_005267359 (OMIM: 606555) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 714) 1910 210.9 1.5e-53 NP_443210 (OMIM: 606555) E3 ubiquitin-protein liga ( 550) 1636 182.6 4e-45 XP_016876432 (OMIM: 606555) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 791) 1638 182.9 4.5e-45 XP_011534691 (OMIM: 606555) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 802) 1638 182.9 4.6e-45 XP_016876433 (OMIM: 606555) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 732) 1636 182.7 4.9e-45 XP_005267358 (OMIM: 606555) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 777) 1636 182.7 5.1e-45 XP_006720081 (OMIM: 606555) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 795) 1636 182.7 5.2e-45 XP_016876439 (OMIM: 606555) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 593) 1121 129.5 4.1e-29 XP_016876438 (OMIM: 606555) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 611) 1121 129.5 4.2e-29 NP_001287681 (OMIM: 609317) E3 ubiquitin-protein l ( 573) 429 58.1 1.2e-07 NP_001287688 (OMIM: 609317) E3 ubiquitin-protein l ( 716) 429 58.2 1.4e-07 NP_061170 (OMIM: 609317) E3 ubiquitin-protein liga ( 728) 429 58.2 1.4e-07 XP_016865111 (OMIM: 609317) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 733) 429 58.2 1.4e-07 XP_016865110 (OMIM: 609317) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 745) 429 58.2 1.5e-07 XP_016865112 (OMIM: 609317) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 529) 413 56.5 3.6e-07 XP_016884728 (OMIM: 300204,300928) PREDICTED: prob ( 685) 411 56.4 5e-07 NP_438112 (OMIM: 300204,300928) probable E3 ubiqui ( 705) 411 56.4 5.1e-07 XP_016885029 (OMIM: 189960,300000,300552) PREDICTE ( 552) 394 54.5 1.4e-06 NP_000372 (OMIM: 189960,300000,300552) E3 ubiquiti ( 667) 394 54.6 1.6e-06 NP_001092094 (OMIM: 189960,300000,300552) E3 ubiqu ( 667) 394 54.6 1.6e-06 NP_001180206 (OMIM: 189960,300000,300552) E3 ubiqu ( 667) 394 54.6 1.6e-06 XP_016885025 (OMIM: 189960,300000,300552) PREDICTE ( 667) 394 54.6 1.6e-06 NP_150632 (OMIM: 189960,300000,300552) E3 ubiquiti ( 667) 394 54.6 1.6e-06 XP_005262119 (OMIM: 300204,300928) PREDICTED: prob ( 715) 367 51.8 1.2e-05 NP_036348 (OMIM: 300204,300928) probable E3 ubiqui ( 735) 367 51.8 1.2e-05 XP_016885031 (OMIM: 189960,300000,300552) PREDICTE ( 489) 340 48.9 6.3e-05 NP_001180208 (OMIM: 189960,300000,300552) E3 ubiqu ( 489) 340 48.9 6.3e-05 NP_912730 (OMIM: 606474) tripartite motif-containi ( 358) 326 47.3 0.00014 NP_115977 (OMIM: 606131) E3 ubiquitin-protein liga ( 353) 315 46.2 0.0003 XP_016858048 (OMIM: 606131) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 379) 315 46.2 0.00031 NP_001274120 (OMIM: 609829) FSD1-like protein isof ( 508) 293 44.1 0.0018 XP_016870676 (OMIM: 609829) PREDICTED: FSD1-like p ( 317) 283 42.8 0.0027 NP_001317668 (OMIM: 609829) FSD1-like protein isof ( 509) 285 43.2 0.0033 XP_016870674 (OMIM: 609829) PREDICTED: FSD1-like p ( 362) 280 42.6 0.0037 NP_001274121 (OMIM: 609829) FSD1-like protein isof ( 497) 283 43.0 0.0037 XP_016870672 (OMIM: 609829) PREDICTED: FSD1-like p ( 498) 283 43.0 0.0037 XP_005252311 (OMIM: 609829) PREDICTED: FSD1-like p ( 541) 282 43.0 0.0042 XP_011517379 (OMIM: 609829) PREDICTED: FSD1-like p ( 547) 282 43.0 0.0043 XP_016870671 (OMIM: 609829) PREDICTED: FSD1-like p ( 529) 280 42.7 0.0048 NP_001138785 (OMIM: 609829) FSD1-like protein isof ( 530) 280 42.7 0.0048 XP_011517381 (OMIM: 609829) PREDICTED: FSD1-like p ( 542) 280 42.7 0.0049 >>NP_001004342 (OMIM: 610584) tripartite motif-containin (783 aa) initn: 5410 init1: 5410 opt: 5410 Z-score: 3032.1 bits: 571.9 E(85289): 3.7e-162 Smith-Waterman score: 5410; 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XP_016 ARVNKEHEHKLKVVRDQISHCTVKLRQTTGLMEYCLEVIKENDPSGFLQISDALIRRVHL 340 350 360 370 380 390 470 480 490 500 510 520 pF1KE3 SQEQWVKGALEPKVSAEFDLTLDSEPLLQAIHQLDFIQMKCR--VPPVPLLQLEKCCTRN ...:: ::.: :.....:::.::. ::::.::::::.:.: :: .:.::::.:::.: XP_016 TEDQWGKGTLTPRMTTDFDLSLDNSPLLQSIHQLDFVQVKASSPVPATPILQLEECCTHN 400 410 420 430 440 450 530 540 550 560 570 580 pF1KE3 NSVTLAWRMPPFTHSPVDGYILELDDGAGGQFREVYVGKETLCTIDGLHFNSTYNARVKA ::.::.:..::.. :.:::::::::: :::::::::::::.::.::::::::::::::: XP_016 NSATLSWKQPPLSTVPADGYILELDDGNGGQFREVYVGKETMCTVDGLHFNSTYNARVKA 460 470 480 490 500 510 590 600 610 620 630 640 pF1KE3 FNSSGVGPYSKTVVLQTSDVAWFTFDPNSGHRDIILSNDNQTATCSSYDDRVVLGTAAFS ::..::.:::::.:::::.::::.:::.:.: :::::::: :.:::::::::::: ..:: XP_016 FNKTGVSPYSKTLVLQTSEVAWFAFDPGSAHSDIILSNDNLTVTCSSYDDRVVLGKTGFS 520 530 540 550 560 570 650 660 670 680 690 700 pF1KE3 KGVHYWELHVDRYDNHPDPAFGVARASVVKDMMLGKDDKAWAMYVDNNRSWFMHCNSHTN ::.::::: :::::::::::::::: .:.::.:::::::::::::::::::::: ::::: XP_016 KGIHYWELTVDRYDNHPDPAFGVARMDVMKDVMLGKDDKAWAMYVDNNRSWFMHNNSHTN 580 590 600 610 620 630 710 720 730 740 750 760 pF1KE3 RTEGGVCKGATVGVLLDLNKHTLTFFINGQQQGPTAFSHVDGVFMPALSLNRNVQVTLHT :::::. ::::.:::::::...:::::: .:::: ::..:.:.:.::.:::::::::::: XP_016 RTEGGITKGATIGVLLDLNRKNLTFFINDEQQGPIAFDNVEGLFFPAVSLNRNVQVTLHT 640 650 660 670 680 690 770 780 pF1KE3 GLEVPTNLGRPKLSGN :: :: XP_016 GLPVPDFYSSRASIA 700 710 >>NP_055978 (OMIM: 606555) E3 ubiquitin-protein ligase T (710 aa) initn: 3234 init1: 1484 opt: 2589 Z-score: 1460.7 bits: 280.9 E(85289): 1.3e-74 Smith-Waterman score: 3270; 63.7% identity (79.4% similar) in 782 aa overlap (1-772:4-700) 10 20 30 40 50 pF1KE3 MEEELKCPVCGSLFREPIILPCSHNVCLPCARTIAVQTPDGEQHLPQPLLLSRGSGL ::::::::::::..:::::::::::.: :::.: ::::..:. :: NP_055 MEEMEEELKCPVCGSFYREPIILPCSHNLCQACARNILVQTPESES--PQS--------- 10 20 30 40 60 70 80 90 100 110 pF1KE3 QAGAAAAASLEHDAAAGPACGGAGGSAAGGLGGGAGGGGDHADKLSLYSETDSGYGSY-- : :: :.: : : ::.:::::.::::::: NP_055 -----------HRAA------GSGVSDYDYLD---------LDKMSLYSEADSGYGSYGG 50 60 70 80 120 130 140 150 160 pF1KE3 ------TPSLKSPNGVRVLPMVPAPPGSSAAAARGAACSSLSSSSSSITCPQCHRSASLD :: ::::::::.: . ::.. . : . . .: ::::::::: :: NP_055 FASAPTTPCQKSPNGVRVFPPAMPPPATHLSPALAPV-----PRNSCITCPQCHRSLILD 90 100 110 120 130 170 180 190 200 210 220 pF1KE3 HRGLRGFQRNRLLEAIVQRYQQGRGAVPGTSAAAAVAICQLCDRTPPEPAATLCEQCDVL :::::: .::.::....:::: : :::. ::::...: : :...::::::. NP_055 DRGLRGFPKNRVLEGVIDRYQQ--------SKAAALK-CQLCEKAPKE-ATVMCEQCDVF 140 150 160 170 180 230 240 250 260 270 280 pF1KE3 YCSACQLKCHPSRGPFAKHRLVQPPPPPPPPAEAASGPTGTAQGAPSGGGGCKSPGGAGA ::. :.:.::: :::.:::::: ::: :: : :: NP_055 YCDPCRLRCHPPRGPLAKHRLV-------PPA----------QGRVSRR---LSP----- 190 200 210 220 290 300 310 320 330 340 pF1KE3 GATGGSTARKFPTCPEHEMENYSMYCVSCRTPVCYLCLEEGRHAKHEVKPLGAMWKQHKA :: :: .::.::.:::::.:. :::: :::::.:..:::: :::::: ::. NP_055 --------RKVSTCTDHELENHSMYCVQCKMPVCYQCLEEGKHSSHEVKALGAMWKLHKS 230 240 250 260 270 350 360 370 380 390 400 pF1KE3 QLSQALNGVSDKAKEAKEFLVQLKNILQQIQENGLDYEACLVAQCDALVDALTRQKAKLL ::::::::.::.:::::::::::.:..::::::....:::::::::::.:::.:.::.:: NP_055 QLSQALNGLSDRAKEAKEFLVQLRNMVQQIQENSVEFEACLVAQCDALIDALNRRKAQLL 280 290 300 310 320 330 410 420 430 440 450 460 pF1KE3 TKVTKEREHKLKMVWDQINHCTLKLRQSTGLMEYCLEVIKENDPSGFLQISDALIKRVQV ..:.::.:::::.: :::.:::.::::.:::::::::::::::::::::::::::.::.. NP_055 ARVNKEHEHKLKVVRDQISHCTVKLRQTTGLMEYCLEVIKENDPSGFLQISDALIRRVHL 340 350 360 370 380 390 470 480 490 500 510 520 pF1KE3 SQEQWVKGALEPKVSAEFDLTLDSEPLLQAIHQLDFIQMKCR--VPPVPLLQLEKCCTRN ...:: ::.: :.....:::.::. ::::.::::::.:.: :: .:.::::.:::.: NP_055 TEDQWGKGTLTPRMTTDFDLSLDNSPLLQSIHQLDFVQVKASSPVPATPILQLEECCTHN 400 410 420 430 440 450 530 540 550 560 570 580 pF1KE3 NSVTLAWRMPPFTHSPVDGYILELDDGAGGQFREVYVGKETLCTIDGLHFNSTYNARVKA ::.::.:..::.. :.:::::::::: :::::::::::::.::.::::::::::::::: NP_055 NSATLSWKQPPLSTVPADGYILELDDGNGGQFREVYVGKETMCTVDGLHFNSTYNARVKA 460 470 480 490 500 510 590 600 610 620 630 640 pF1KE3 FNSSGVGPYSKTVVLQTSDVAWFTFDPNSGHRDIILSNDNQTATCSSYDDRVVLGTAAFS ::..::.:::::.:::::.::::.:::.:.: :::::::: :.:::::::::::: ..:: NP_055 FNKTGVSPYSKTLVLQTSEVAWFAFDPGSAHSDIILSNDNLTVTCSSYDDRVVLGKTGFS 520 530 540 550 560 570 650 660 670 680 690 700 pF1KE3 KGVHYWELHVDRYDNHPDPAFGVARASVVKDMMLGKDDKAWAMYVDNNRSWFMHCNSHTN ::.::::: :::::::::::::::: .:.::.:::::::::::::::::::::: ::::: NP_055 KGIHYWELTVDRYDNHPDPAFGVARMDVMKDVMLGKDDKAWAMYVDNNRSWFMHNNSHTN 580 590 600 610 620 630 710 720 730 740 750 760 pF1KE3 RTEGGVCKGATVGVLLDLNKHTLTFFINGQQQGPTAFSHVDGVFMPALSLNRNVQVTLHT :::::. ::::.:::::::...:::::: .:::: ::..:.:.:.::.:::::::::::: NP_055 RTEGGITKGATIGVLLDLNRKNLTFFINDEQQGPIAFDNVEGLFFPAVSLNRNVQVTLHT 640 650 660 670 680 690 770 780 pF1KE3 GLEVPTNLGRPKLSGN :: :: NP_055 GLPVPDFYSSRASIA 700 710 >>XP_016876437 (OMIM: 606555) PREDICTED: E3 ubiquitin-pr (688 aa) initn: 3083 init1: 1120 opt: 2132 Z-score: 1206.2 bits: 233.8 E(85289): 1.9e-60 Smith-Waterman score: 3095; 61.5% identity (77.4% similar) in 780 aa overlap (1-772:4-678) 10 20 30 40 50 pF1KE3 MEEELKCPVCGSLFREPIILPCSHNVCLPCARTIAVQTPDGEQHLPQPLLLSRGSGL ::::::::::::..:::::::::::.: :::.: ::::..:. :: XP_016 MEEMEEELKCPVCGSFYREPIILPCSHNLCQACARNILVQTPESES--PQS--------- 10 20 30 40 60 70 80 90 100 110 pF1KE3 QAGAAAAASLEHDAAAGPACGGAGGSAAGGLGGGAGGGGDHADKLSLYSETDSGYGSY-- : :: :.: : : ::.:::::.::::::: XP_016 -----------HRAA------GSGVSDYDYLD---------LDKMSLYSEADSGYGSYGG 50 60 70 80 120 130 140 150 160 pF1KE3 ------TPSLKSPNGVRVLPMVPAPPGSSAAAARGAACSSLSSSSSSITCPQCHRSASLD :: ::::::::.: . ::.. . : . . .: ::::::::: :: XP_016 FASAPTTPCQKSPNGVRVFPPAMPPPATHLSPALAPV-----PRNSCITCPQCHRSLILD 90 100 110 120 130 170 180 190 200 210 220 pF1KE3 HRGLRGFQRNRLLEAIVQRYQQGRGAVPGTSAAAAVAICQLCDRTPPEPAATLCEQCDVL :::::: .::.::....:::: : :::. ::::...: : :...::::::. 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XP_005 DRGLRGFPKNRVLEGVIDRYQQ--------SKAAALK-CQLCEKAPKE-ATVMCEQCDVF 140 150 160 170 180 230 240 250 260 270 280 pF1KE3 YCSACQLKCHPSRGPFAKHRLVQPPPPPPPPAEAASGPTGTAQGAPSGGGGCKSPGGAGA ::. :.:.::: :::.:::::: ::: :: : :: XP_005 YCDPCRLRCHPPRGPLAKHRLV-------PPA----------QGRVSRR---LSP----- 190 200 210 220 290 300 310 320 330 340 pF1KE3 GATGGSTARKFPTCPEHEMENYSMYCVSCRTPVCYLCLEEGRHAKHEVKPLGAMWKQHKA :: :: .::.::.:::::.:. :::: :::::.:..:::: :::::: ::. XP_005 --------RKVSTCTDHELENHSMYCVQCKMPVCYQCLEEGKHSSHEVKALGAMWKLHKS 230 240 250 260 270 350 360 370 380 390 400 pF1KE3 QLSQALNGVSDKAKEAKEFLVQLKNILQQIQENGLDYEACLVAQCDALVDALTRQKAKLL ::::::::.::.:::::::::::.:..::::::....:::::::::::.:::.:.::.:: XP_005 QLSQALNGLSDRAKEAKEFLVQLRNMVQQIQENSVEFEACLVAQCDALIDALNRRKAQLL 280 290 300 310 320 330 410 420 430 440 450 460 pF1KE3 TKVTKEREHKLKMVWDQINHCTLKLRQSTGLMEYCLEVIKENDPSGFLQISDALIKRVQV ..:.::.:::::.: :::.:::.::::.:::::::::::::::::::::::::::.::.. XP_005 ARVNKEHEHKLKVVRDQISHCTVKLRQTTGLMEYCLEVIKENDPSGFLQISDALIRRVHL 340 350 360 370 380 390 470 480 490 500 510 520 pF1KE3 SQEQWVKGALEPKVSAEFDLTLDSEPLLQAIHQLDFIQMKCR--VPPVPLLQLEKCCTRN ...:: ::.: :.....:::.::. ::::.::::::.:.: :: .:.::::.:::.: XP_005 TEDQWGKGTLTPRMTTDFDLSLDNSPLLQSIHQLDFVQVKASSPVPATPILQLEECCTHN 400 410 420 430 440 450 530 540 550 560 570 580 pF1KE3 NSVTLAWRMPPFTHSPVDGYILELDDGAGGQFREVYVGKETLCTIDGLHFNSTYNARVKA ::.::.:..::.. :.:::::::::: :::::::::::::.::.::::::::::::::: XP_005 NSATLSWKQPPLSTVPADGYILELDDGNGGQFREVYVGKETMCTVDGLHFNSTYNARVKA 460 470 480 490 500 510 590 600 610 620 pF1KE3 FNSSGVGPYSKTVVLQTSD----------------------VAWFTFDPNSGHRDIILSN ::..::.:::::.:::::. ::::.:::.:.: :::::: XP_005 FNKTGVSPYSKTLVLQTSEGCNFETQSAPYSQLVDIKKLLAVAWFAFDPGSAHSDIILSN 520 530 540 550 560 570 630 640 650 660 670 680 pF1KE3 DNQTATCSSYDDRVVLGTAAFSKGVHYWELHVDRYDNHPDPAFGVARASVVKDMMLGKDD :: :.:::::::::::: ..::::.::::: :::::::::::::::: .:.::.:::::: XP_005 DNLTVTCSSYDDRVVLGKTGFSKGIHYWELTVDRYDNHPDPAFGVARMDVMKDVMLGKDD 580 590 600 610 620 630 690 700 710 720 730 740 pF1KE3 KAWAMYVDNNRSWFMHCNSHTNRTEGGVCKGATVGVLLDLNKHTLTFFINGQQQGPTAFS ::::. ::::. ::::.:::::::...:::::: .:::: ::. XP_005 KAWAI------------------TEGGITKGATIGVLLDLNRKNLTFFINDEQQGPIAFD 640 650 660 670 750 760 770 780 pF1KE3 HVDGVFMPALSLNRNVQVTLHTGLEVPTNLGRPKLSGN .:.:.:.::.:::::::::::::: :: XP_005 NVEGLFFPAVSLNRNVQVTLHTGLPVPDFYSSRASIA 680 690 700 710 783 residues in 1 query sequences 60827320 residues in 85289 library sequences Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc) start: Sun Nov 6 08:40:07 2016 done: Sun Nov 6 08:40:09 2016 Total Scan time: 12.700 Total Display time: 0.250 Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]