FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE3950, 783 aa 1>>>pF1KE3950 783 - 783 aa - 783 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 9.6281+/-0.000967; mu= 4.0441+/- 0.059 mean_var=299.2765+/-62.032, 0's: 0 Z-trim(115.5): 42 B-trim: 1007 in 1/54 Lambda= 0.074138 statistics sampled from 16054 (16092) to 16054 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.767), E-opt: 0.2 (0.494), width: 16 Scan time: 3.380 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS44333.1 TRIM67 gene_id:440730|Hs108|chr1 ( 783) 5410 592.4 9.2e-169 CCDS73048.1 TRIM67 gene_id:440730|Hs108|chr1 ( 721) 3506 388.7 1.7e-107 CCDS9703.1 TRIM9 gene_id:114088|Hs108|chr14 ( 710) 2589 290.7 5.8e-78 CCDS45105.1 TRIM9 gene_id:114088|Hs108|chr14 ( 550) 1636 188.6 2.3e-47 >>CCDS44333.1 TRIM67 gene_id:440730|Hs108|chr1 (783 aa) initn: 5410 init1: 5410 opt: 5410 Z-score: 3143.3 bits: 592.4 E(32554): 9.2e-169 Smith-Waterman score: 5410; 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CCDS45 DRGLRGFPKNRVLEGVIDRYQQ--------SKAAALK-CQLCEKAPKE-ATVMCEQCDVF 140 150 160 170 180 230 240 250 260 270 280 pF1KE3 YCSACQLKCHPSRGPFAKHRLVQPPPPPPPPAEAASGPTGTAQGAPSGGGGCKSPGGAGA ::. :.:.::: :::.:::::: ::: :: : :: CCDS45 YCDPCRLRCHPPRGPLAKHRLV-------PPA----------QGRVSRR---LSP----- 190 200 210 220 290 300 310 320 330 340 pF1KE3 GATGGSTARKFPTCPEHEMENYSMYCVSCRTPVCYLCLEEGRHAKHEVKPLGAMWKQHKA :: :: .::.::.:::::.:. :::: :::::.:..:::: :::::: ::. CCDS45 --------RKVSTCTDHELENHSMYCVQCKMPVCYQCLEEGKHSSHEVKALGAMWKLHKS 230 240 250 260 270 350 360 370 380 390 400 pF1KE3 QLSQALNGVSDKAKEAKEFLVQLKNILQQIQENGLDYEACLVAQCDALVDALTRQKAKLL ::::::::.::.:::::::::::.:..::::::....:::::::::::.:::.:.::.:: CCDS45 QLSQALNGLSDRAKEAKEFLVQLRNMVQQIQENSVEFEACLVAQCDALIDALNRRKAQLL 280 290 300 310 320 330 410 420 430 440 450 460 pF1KE3 TKVTKEREHKLKMVWDQINHCTLKLRQSTGLMEYCLEVIKENDPSGFLQISDALIKRVQV ..:.::.:::::.: :::.:::.::::.:::::::::::::::::::::::::::.::.. CCDS45 ARVNKEHEHKLKVVRDQISHCTVKLRQTTGLMEYCLEVIKENDPSGFLQISDALIRRVHL 340 350 360 370 380 390 470 480 490 500 510 520 pF1KE3 SQEQWVKGALEPKVSAEFDLTLDSEPLLQAIHQLDFIQMKCR--VPPVPLLQLEKCCTRN ...:: ::.: :.....:::.::. ::::.::::::.:.: :: .:.::::.:::.: CCDS45 TEDQWGKGTLTPRMTTDFDLSLDNSPLLQSIHQLDFVQVKASSPVPATPILQLEECCTHN 400 410 420 430 440 450 530 540 550 560 570 580 pF1KE3 NSVTLAWRMPPFTHSPVDGYILELDDGAGGQFREVYVGKETLCTIDGLHFNSTYNARVKA ::.::.:..::.. :.:::::::::: :::::::::::::.::.::::::::::::::: CCDS45 NSATLSWKQPPLSTVPADGYILELDDGNGGQFREVYVGKETMCTVDGLHFNSTYNARVKA 460 470 480 490 500 510 590 600 610 620 630 640 pF1KE3 FNSSGVGPYSKTVVLQTSDVAWFTFDPNSGHRDIILSNDNQTATCSSYDDRVVLGTAAFS ::..::.:::::.:::::. 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