Result of FASTA (ccds) for pFN21AE3950
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KE3950, 783 aa
  1>>>pF1KE3950 783 - 783 aa - 783 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 9.6281+/-0.000967; mu= 4.0441+/- 0.059
 mean_var=299.2765+/-62.032, 0's: 0 Z-trim(115.5): 42  B-trim: 1007 in 1/54
 Lambda= 0.074138
 statistics sampled from 16054 (16092) to 16054 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.767), E-opt: 0.2 (0.494), width:  16
 Scan time:  3.380

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS44333.1 TRIM67 gene_id:440730|Hs108|chr1       ( 783) 5410 592.4 9.2e-169
CCDS73048.1 TRIM67 gene_id:440730|Hs108|chr1       ( 721) 3506 388.7 1.7e-107
CCDS9703.1 TRIM9 gene_id:114088|Hs108|chr14        ( 710) 2589 290.7 5.8e-78
CCDS45105.1 TRIM9 gene_id:114088|Hs108|chr14       ( 550) 1636 188.6 2.3e-47


>>CCDS44333.1 TRIM67 gene_id:440730|Hs108|chr1            (783 aa)
 initn: 5410 init1: 5410 opt: 5410  Z-score: 3143.3  bits: 592.4 E(32554): 9.2e-169
Smith-Waterman score: 5410; 100.0% identity (100.0% similar) in 783 aa overlap (1-783:1-783)

               10        20        30        40        50        60
pF1KE3 MEEELKCPVCGSLFREPIILPCSHNVCLPCARTIAVQTPDGEQHLPQPLLLSRGSGLQAG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 MEEELKCPVCGSLFREPIILPCSHNVCLPCARTIAVQTPDGEQHLPQPLLLSRGSGLQAG
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KE3 AAAAASLEHDAAAGPACGGAGGSAAGGLGGGAGGGGDHADKLSLYSETDSGYGSYTPSLK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 AAAAASLEHDAAAGPACGGAGGSAAGGLGGGAGGGGDHADKLSLYSETDSGYGSYTPSLK
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KE3 SPNGVRVLPMVPAPPGSSAAAARGAACSSLSSSSSSITCPQCHRSASLDHRGLRGFQRNR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 SPNGVRVLPMVPAPPGSSAAAARGAACSSLSSSSSSITCPQCHRSASLDHRGLRGFQRNR
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KE3 LLEAIVQRYQQGRGAVPGTSAAAAVAICQLCDRTPPEPAATLCEQCDVLYCSACQLKCHP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 LLEAIVQRYQQGRGAVPGTSAAAAVAICQLCDRTPPEPAATLCEQCDVLYCSACQLKCHP
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KE3 SRGPFAKHRLVQPPPPPPPPAEAASGPTGTAQGAPSGGGGCKSPGGAGAGATGGSTARKF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 SRGPFAKHRLVQPPPPPPPPAEAASGPTGTAQGAPSGGGGCKSPGGAGAGATGGSTARKF
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KE3 PTCPEHEMENYSMYCVSCRTPVCYLCLEEGRHAKHEVKPLGAMWKQHKAQLSQALNGVSD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 PTCPEHEMENYSMYCVSCRTPVCYLCLEEGRHAKHEVKPLGAMWKQHKAQLSQALNGVSD
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KE3 KAKEAKEFLVQLKNILQQIQENGLDYEACLVAQCDALVDALTRQKAKLLTKVTKEREHKL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 KAKEAKEFLVQLKNILQQIQENGLDYEACLVAQCDALVDALTRQKAKLLTKVTKEREHKL
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KE3 KMVWDQINHCTLKLRQSTGLMEYCLEVIKENDPSGFLQISDALIKRVQVSQEQWVKGALE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 KMVWDQINHCTLKLRQSTGLMEYCLEVIKENDPSGFLQISDALIKRVQVSQEQWVKGALE
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KE3 PKVSAEFDLTLDSEPLLQAIHQLDFIQMKCRVPPVPLLQLEKCCTRNNSVTLAWRMPPFT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 PKVSAEFDLTLDSEPLLQAIHQLDFIQMKCRVPPVPLLQLEKCCTRNNSVTLAWRMPPFT
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580       590       600
pF1KE3 HSPVDGYILELDDGAGGQFREVYVGKETLCTIDGLHFNSTYNARVKAFNSSGVGPYSKTV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 HSPVDGYILELDDGAGGQFREVYVGKETLCTIDGLHFNSTYNARVKAFNSSGVGPYSKTV
              550       560       570       580       590       600

              610       620       630       640       650       660
pF1KE3 VLQTSDVAWFTFDPNSGHRDIILSNDNQTATCSSYDDRVVLGTAAFSKGVHYWELHVDRY
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 VLQTSDVAWFTFDPNSGHRDIILSNDNQTATCSSYDDRVVLGTAAFSKGVHYWELHVDRY
              610       620       630       640       650       660

              670       680       690       700       710       720
pF1KE3 DNHPDPAFGVARASVVKDMMLGKDDKAWAMYVDNNRSWFMHCNSHTNRTEGGVCKGATVG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 DNHPDPAFGVARASVVKDMMLGKDDKAWAMYVDNNRSWFMHCNSHTNRTEGGVCKGATVG
              670       680       690       700       710       720

              730       740       750       760       770       780
pF1KE3 VLLDLNKHTLTFFINGQQQGPTAFSHVDGVFMPALSLNRNVQVTLHTGLEVPTNLGRPKL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 VLLDLNKHTLTFFINGQQQGPTAFSHVDGVFMPALSLNRNVQVTLHTGLEVPTNLGRPKL
              730       740       750       760       770       780

          
pF1KE3 SGN
       :::
CCDS44 SGN
          

>>CCDS73048.1 TRIM67 gene_id:440730|Hs108|chr1            (721 aa)
 initn: 3877 init1: 3504 opt: 3506  Z-score: 2043.2  bits: 388.7 E(32554): 1.7e-107
Smith-Waterman score: 4833; 92.1% identity (92.1% similar) in 783 aa overlap (1-783:1-721)

               10        20        30        40        50        60
pF1KE3 MEEELKCPVCGSLFREPIILPCSHNVCLPCARTIAVQTPDGEQHLPQPLLLSRGSGLQAG
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::                   
CCDS73 MEEELKCPVCGSLFREPIILPCSHNVCLPCARTIAVQTPDG-------------------
               10        20        30        40                    

               70        80        90       100       110       120
pF1KE3 AAAAASLEHDAAAGPACGGAGGSAAGGLGGGAGGGGDHADKLSLYSETDSGYGSYTPSLK
                            :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 ---------------------GSAAGGLGGGAGGGGDHADKLSLYSETDSGYGSYTPSLK
                                   50        60        70        80

              130       140       150       160       170       180
pF1KE3 SPNGVRVLPMVPAPPGSSAAAARGAACSSLSSSSSSITCPQCHRSASLDHRGLRGFQRNR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 SPNGVRVLPMVPAPPGSSAAAARGAACSSLSSSSSSITCPQCHRSASLDHRGLRGFQRNR
               90       100       110       120       130       140

              190       200       210       220       230       240
pF1KE3 LLEAIVQRYQQGRGAVPGTSAAAAVAICQLCDRTPPEPAATLCEQCDVLYCSACQLKCHP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 LLEAIVQRYQQGRGAVPGTSAAAAVAICQLCDRTPPEPAATLCEQCDVLYCSACQLKCHP
              150       160       170       180       190       200

              250       260       270       280       290       300
pF1KE3 SRGPFAKHRLVQPPPPPPPPAEAASGPTGTAQGAPSGGGGCKSPGGAGAGATGGSTARKF
       ::::::::::                      ::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 SRGPFAKHRL----------------------GAPSGGGGCKSPGGAGAGATGGSTARKF
              210                             220       230        

              310       320       330       340       350       360
pF1KE3 PTCPEHEMENYSMYCVSCRTPVCYLCLEEGRHAKHEVKPLGAMWKQHKAQLSQALNGVSD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 PTCPEHEMENYSMYCVSCRTPVCYLCLEEGRHAKHEVKPLGAMWKQHKAQLSQALNGVSD
      240       250       260       270       280       290        

              370       380       390       400       410       420
pF1KE3 KAKEAKEFLVQLKNILQQIQENGLDYEACLVAQCDALVDALTRQKAKLLTKVTKEREHKL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 KAKEAKEFLVQLKNILQQIQENGLDYEACLVAQCDALVDALTRQKAKLLTKVTKEREHKL
      300       310       320       330       340       350        

              430       440       450       460       470       480
pF1KE3 KMVWDQINHCTLKLRQSTGLMEYCLEVIKENDPSGFLQISDALIKRVQVSQEQWVKGALE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 KMVWDQINHCTLKLRQSTGLMEYCLEVIKENDPSGFLQISDALIKRVQVSQEQWVKGALE
      360       370       380       390       400       410        

              490       500       510       520       530       540
pF1KE3 PKVSAEFDLTLDSEPLLQAIHQLDFIQMKCRVPPVPLLQLEKCCTRNNSVTLAWRMPPFT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 PKVSAEFDLTLDSEPLLQAIHQLDFIQMKCRVPPVPLLQLEKCCTRNNSVTLAWRMPPFT
      420       430       440       450       460       470        

              550       560       570       580       590       600
pF1KE3 HSPVDGYILELDDGAGGQFREVYVGKETLCTIDGLHFNSTYNARVKAFNSSGVGPYSKTV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 HSPVDGYILELDDGAGGQFREVYVGKETLCTIDGLHFNSTYNARVKAFNSSGVGPYSKTV
      480       490       500       510       520       530        

              610       620       630       640       650       660
pF1KE3 VLQTSDVAWFTFDPNSGHRDIILSNDNQTATCSSYDDRVVLGTAAFSKGVHYWELHVDRY
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 VLQTSDVAWFTFDPNSGHRDIILSNDNQTATCSSYDDRVVLGTAAFSKGVHYWELHVDRY
      540       550       560       570       580       590        

              670       680       690       700       710       720
pF1KE3 DNHPDPAFGVARASVVKDMMLGKDDKAWAMYVDNNRSWFMHCNSHTNRTEGGVCKGATVG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 DNHPDPAFGVARASVVKDMMLGKDDKAWAMYVDNNRSWFMHCNSHTNRTEGGVCKGATVG
      600       610       620       630       640       650        

              730       740       750       760       770       780
pF1KE3 VLLDLNKHTLTFFINGQQQGPTAFSHVDGVFMPALSLNRNVQVTLHTGLEVPTNLGRPKL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 VLLDLNKHTLTFFINGQQQGPTAFSHVDGVFMPALSLNRNVQVTLHTGLEVPTNLGRPKL
      660       670       680       690       700       710        

          
pF1KE3 SGN
       :::
CCDS73 SGN
      720 

>>CCDS9703.1 TRIM9 gene_id:114088|Hs108|chr14             (710 aa)
 initn: 3234 init1: 1484 opt: 2589  Z-score: 1513.2  bits: 290.7 E(32554): 5.8e-78
Smith-Waterman score: 3270; 63.7% identity (79.4% similar) in 782 aa overlap (1-772:4-700)

                  10        20        30        40        50       
pF1KE3    MEEELKCPVCGSLFREPIILPCSHNVCLPCARTIAVQTPDGEQHLPQPLLLSRGSGL
          ::::::::::::..:::::::::::.:  :::.: ::::..:.  ::          
CCDS97 MEEMEEELKCPVCGSFYREPIILPCSHNLCQACARNILVQTPESES--PQS---------
               10        20        30        40                    

        60        70        80        90       100       110       
pF1KE3 QAGAAAAASLEHDAAAGPACGGAGGSAAGGLGGGAGGGGDHADKLSLYSETDSGYGSY--
                  : ::      :.: :    :           ::.:::::.:::::::  
CCDS97 -----------HRAA------GSGVSDYDYLD---------LDKMSLYSEADSGYGSYGG
                 50              60                 70        80   

               120       130       140       150       160         
pF1KE3 ------TPSLKSPNGVRVLPMVPAPPGSSAAAARGAACSSLSSSSSSITCPQCHRSASLD
             ::  ::::::::.: .  ::..  . : . .       .: :::::::::  ::
CCDS97 FASAPTTPCQKSPNGVRVFPPAMPPPATHLSPALAPV-----PRNSCITCPQCHRSLILD
            90       100       110       120            130        

     170       180       190       200       210       220         
pF1KE3 HRGLRGFQRNRLLEAIVQRYQQGRGAVPGTSAAAAVAICQLCDRTPPEPAATLCEQCDVL
        :::::: .::.::....::::        : :::.  ::::...: : :...::::::.
CCDS97 DRGLRGFPKNRVLEGVIDRYQQ--------SKAAALK-CQLCEKAPKE-ATVMCEQCDVF
      140       150       160                170        180        

     230       240       250       260       270       280         
pF1KE3 YCSACQLKCHPSRGPFAKHRLVQPPPPPPPPAEAASGPTGTAQGAPSGGGGCKSPGGAGA
       ::. :.:.::: :::.::::::       :::          ::  :      ::     
CCDS97 YCDPCRLRCHPPRGPLAKHRLV-------PPA----------QGRVSRR---LSP-----
      190       200       210                        220           

     290       300       310       320       330       340         
pF1KE3 GATGGSTARKFPTCPEHEMENYSMYCVSCRTPVCYLCLEEGRHAKHEVKPLGAMWKQHKA
               ::  :: .::.::.:::::.:. :::: :::::.:..:::: :::::: ::.
CCDS97 --------RKVSTCTDHELENHSMYCVQCKMPVCYQCLEEGKHSSHEVKALGAMWKLHKS
                   230       240       250       260       270     

     350       360       370       380       390       400         
pF1KE3 QLSQALNGVSDKAKEAKEFLVQLKNILQQIQENGLDYEACLVAQCDALVDALTRQKAKLL
       ::::::::.::.:::::::::::.:..::::::....:::::::::::.:::.:.::.::
CCDS97 QLSQALNGLSDRAKEAKEFLVQLRNMVQQIQENSVEFEACLVAQCDALIDALNRRKAQLL
         280       290       300       310       320       330     

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pF1KE3 TKVTKEREHKLKMVWDQINHCTLKLRQSTGLMEYCLEVIKENDPSGFLQISDALIKRVQV
       ..:.::.:::::.: :::.:::.::::.:::::::::::::::::::::::::::.::..
CCDS97 ARVNKEHEHKLKVVRDQISHCTVKLRQTTGLMEYCLEVIKENDPSGFLQISDALIRRVHL
         340       350       360       370       380       390     

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pF1KE3 SQEQWVKGALEPKVSAEFDLTLDSEPLLQAIHQLDFIQMKCR--VPPVPLLQLEKCCTRN
       ...:: ::.: :.....:::.::. ::::.::::::.:.:    :: .:.::::.:::.:
CCDS97 TEDQWGKGTLTPRMTTDFDLSLDNSPLLQSIHQLDFVQVKASSPVPATPILQLEECCTHN
         400       410       420       430       440       450     

       530       540       550       560       570       580       
pF1KE3 NSVTLAWRMPPFTHSPVDGYILELDDGAGGQFREVYVGKETLCTIDGLHFNSTYNARVKA
       ::.::.:..::..  :.:::::::::: :::::::::::::.::.:::::::::::::::
CCDS97 NSATLSWKQPPLSTVPADGYILELDDGNGGQFREVYVGKETMCTVDGLHFNSTYNARVKA
         460       470       480       490       500       510     

       590       600       610       620       630       640       
pF1KE3 FNSSGVGPYSKTVVLQTSDVAWFTFDPNSGHRDIILSNDNQTATCSSYDDRVVLGTAAFS
       ::..::.:::::.:::::.::::.:::.:.: :::::::: :.:::::::::::: ..::
CCDS97 FNKTGVSPYSKTLVLQTSEVAWFAFDPGSAHSDIILSNDNLTVTCSSYDDRVVLGKTGFS
         520       530       540       550       560       570     

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pF1KE3 KGVHYWELHVDRYDNHPDPAFGVARASVVKDMMLGKDDKAWAMYVDNNRSWFMHCNSHTN
       ::.::::: :::::::::::::::: .:.::.:::::::::::::::::::::: :::::
CCDS97 KGIHYWELTVDRYDNHPDPAFGVARMDVMKDVMLGKDDKAWAMYVDNNRSWFMHNNSHTN
         580       590       600       610       620       630     

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pF1KE3 RTEGGVCKGATVGVLLDLNKHTLTFFINGQQQGPTAFSHVDGVFMPALSLNRNVQVTLHT
       :::::. ::::.:::::::...:::::: .:::: ::..:.:.:.::.::::::::::::
CCDS97 RTEGGITKGATIGVLLDLNRKNLTFFINDEQQGPIAFDNVEGLFFPAVSLNRNVQVTLHT
         640       650       660       670       680       690     

       770       780   
pF1KE3 GLEVPTNLGRPKLSGN
       :: ::           
CCDS97 GLPVPDFYSSRASIA 
         700       710 

>>CCDS45105.1 TRIM9 gene_id:114088|Hs108|chr14            (550 aa)
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                  10        20        30        40        50       
pF1KE3    MEEELKCPVCGSLFREPIILPCSHNVCLPCARTIAVQTPDGEQHLPQPLLLSRGSGL
          ::::::::::::..:::::::::::.:  :::.: ::::..:.  ::          
CCDS45 MEEMEEELKCPVCGSFYREPIILPCSHNLCQACARNILVQTPESES--PQS---------
               10        20        30        40                    

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pF1KE3 QAGAAAAASLEHDAAAGPACGGAGGSAAGGLGGGAGGGGDHADKLSLYSETDSGYGSY--
                  : ::      :.: :    :           ::.:::::.:::::::  
CCDS45 -----------HRAA------GSGVSDYDYLD---------LDKMSLYSEADSGYGSYGG
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pF1KE3 ------TPSLKSPNGVRVLPMVPAPPGSSAAAARGAACSSLSSSSSSITCPQCHRSASLD
             ::  ::::::::.: .  ::..  . : . .       .: :::::::::  ::
CCDS45 FASAPTTPCQKSPNGVRVFPPAMPPPATHLSPALAPV-----PRNSCITCPQCHRSLILD
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pF1KE3 HRGLRGFQRNRLLEAIVQRYQQGRGAVPGTSAAAAVAICQLCDRTPPEPAATLCEQCDVL
        :::::: .::.::....::::        : :::.  ::::...: : :...::::::.
CCDS45 DRGLRGFPKNRVLEGVIDRYQQ--------SKAAALK-CQLCEKAPKE-ATVMCEQCDVF
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pF1KE3 YCSACQLKCHPSRGPFAKHRLVQPPPPPPPPAEAASGPTGTAQGAPSGGGGCKSPGGAGA
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CCDS45 YCDPCRLRCHPPRGPLAKHRLV-------PPA----------QGRVSRR---LSP-----
      190       200       210                        220           

     290       300       310       320       330       340         
pF1KE3 GATGGSTARKFPTCPEHEMENYSMYCVSCRTPVCYLCLEEGRHAKHEVKPLGAMWKQHKA
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CCDS45 --------RKVSTCTDHELENHSMYCVQCKMPVCYQCLEEGKHSSHEVKALGAMWKLHKS
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       ::::::::.::.:::::::::::.:..::::::....:::::::::::.:::.:.::.::
CCDS45 QLSQALNGLSDRAKEAKEFLVQLRNMVQQIQENSVEFEACLVAQCDALIDALNRRKAQLL
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CCDS45 ARVNKEHEHKLKVVRDQISHCTVKLRQTTGLMEYCLEVIKENDPSGFLQISDALIRRVHL
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pF1KE3 SQEQWVKGALEPKVSAEFDLTLDSEPLLQAIHQLDFIQMKCR--VPPVPLLQLEKCCTRN
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CCDS45 TEDQWGKGTLTPRMTTDFDLSLDNSPLLQSIHQLDFVQVKASSPVPATPILQLEECCTHN
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CCDS45 NSATLSWKQPPLSTVPADGYILELDDGNGGQFREVYVGKETMCTVDGLHFNSTYNARVKA
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CCDS45 FNKTGVSPYSKTLVLQTSEGKALQQYPSERELRGI                         
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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