FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE5434, 331 aa 1>>>pF1KE5434 331 - 331 aa - 331 aa Library: /omim/omim.rfq.tfa 60827320 residues in 85289 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.6343+/-0.000297; mu= 15.5868+/- 0.019 mean_var=79.3741+/-15.971, 0's: 0 Z-trim(118.5): 27 B-trim: 0 in 0/54 Lambda= 0.143958 statistics sampled from 31405 (31434) to 31405 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.729), E-opt: 0.2 (0.369), width: 16 Scan time: 6.490 The best scores are: opt bits E(85289) NP_001071087 (OMIM: 610686) UBX domain-containing ( 331) 2162 458.0 1.2e-128 XP_005251222 (OMIM: 610686) PREDICTED: UBX domain- ( 285) 1201 258.4 1.3e-68 NP_001317464 (OMIM: 610686) UBX domain-containing ( 196) 1195 257.0 2.3e-68 XP_011527606 (OMIM: 606610) PREDICTED: NSFL1 cofac ( 319) 1031 223.1 6.2e-58 XP_016883445 (OMIM: 606610) PREDICTED: NSFL1 cofac ( 320) 1031 223.1 6.2e-58 NP_057227 (OMIM: 606610) NSFL1 cofactor p47 isofor ( 370) 1031 223.1 7e-58 XP_011527603 (OMIM: 606610) PREDICTED: NSFL1 cofac ( 373) 1031 223.1 7.1e-58 XP_016883446 (OMIM: 606610) PREDICTED: NSFL1 cofac ( 321) 1024 221.7 1.7e-57 XP_011527604 (OMIM: 606610) PREDICTED: NSFL1 cofac ( 322) 1024 221.7 1.7e-57 NP_001193665 (OMIM: 606610) NSFL1 cofactor p47 iso ( 372) 1024 221.7 1.9e-57 XP_011527602 (OMIM: 606610) PREDICTED: NSFL1 cofac ( 375) 1024 221.7 1.9e-57 XP_006723657 (OMIM: 606610) PREDICTED: NSFL1 cofac ( 259) 957 207.7 2.2e-53 XP_006723655 (OMIM: 606610) PREDICTED: NSFL1 cofac ( 261) 957 207.7 2.2e-53 XP_006723656 (OMIM: 606610) PREDICTED: NSFL1 cofac ( 261) 957 207.7 2.2e-53 XP_016883447 (OMIM: 606610) PREDICTED: NSFL1 cofac ( 285) 957 207.7 2.4e-53 NP_061327 (OMIM: 606610) NSFL1 cofactor p47 isofor ( 339) 839 183.2 6.6e-46 XP_011527607 (OMIM: 606610) PREDICTED: NSFL1 cofac ( 279) 643 142.5 1e-33 NP_001070730 (OMIM: 609151) UBX domain-containing ( 400) 158 41.9 0.0028 NP_663320 (OMIM: 609151) UBX domain-containing pro ( 487) 158 41.9 0.0033 NP_892120 (OMIM: 609151) UBX domain-containing pro ( 520) 158 41.9 0.0035 >>NP_001071087 (OMIM: 610686) UBX domain-containing prot (331 aa) initn: 2162 init1: 2162 opt: 2162 Z-score: 2430.3 bits: 458.0 E(85289): 1.2e-128 Smith-Waterman score: 2162; 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XP_011 AWDMLLGDNRVTSFRDLIHDQDEDEEEEEGQRFYAGGSERSGQQIVGPPRKKSPNELVDD 20 30 40 50 60 70 90 100 110 120 130 140 pF1KE5 LFKEAREHGAVPLNEATRASGD-DKSKSFTGGGYRLGSSFCKRSEYIYGENQL---QDVQ ::: :.::::: ....:.. :. .: . :.:::::::.. ..: :. ::.. :::. XP_011 LFKGAKEHGAVAVERVTKSPGETSKPRPFAGGGYRLGAAPEEESAYVAGEKRQHSSQDVH 80 90 100 110 120 130 150 160 170 180 190 200 pF1KE5 ILLKLWSNGFSLDDGELRPYNEPTNAQFLESVKRGEIPLELQRLVHGGQVNLDMEDHQDQ ..::::..:::::.:::: :..:.:::::::..:::.: ::.::.::::::::::::.:. XP_011 VVLKLWKSGFSLDNGELRSYQDPSNAQFLESIRRGEVPAELRRLAHGGQVNLDMEDHRDE 140 150 160 170 180 190 210 220 230 240 250 260 pF1KE5 EYIKPRLRFKAFSGEGQKLGSLTPEIVSTPSSPEE--EDKSILNAVVLIDDSVPTTKIQI ...::. ::::.:::::::: .:...:: ::: . :... .. .:::.: :::.::: XP_011 DFVKPKGAFKAFTGEGQKLGSTAPQVLST-SSPAQQAENEAKASSSILIDESEPTTNIQI 200 210 220 230 240 270 280 290 300 310 320 pF1KE5 RLADGSRLIQRFNSTHRILDVRNFIVQSRPEFAALDFILVTSFPNKELTDESLTLLEADI :::::.::.:.:: .::: :.: :::..:: .:: .:::.:.::::::.::: :: ::.. XP_011 RLADGGRLVQKFNHSHRISDIRLFIVDARPAMAATSFILMTTFPNKELADESQTLKEANL 250 260 270 280 290 300 330 pF1KE5 LNTVLLQQLK ::.:..:.: XP_011 LNAVIVQRLT 310 >>XP_016883445 (OMIM: 606610) PREDICTED: NSFL1 cofactor (320 aa) initn: 966 init1: 486 opt: 1031 Z-score: 1161.0 bits: 223.1 E(85289): 6.2e-58 Smith-Waterman score: 1031; 56.3% identity (84.2% similar) in 279 aa overlap (62-330:42-319) 40 50 60 70 80 pF1KE5 AELYEDEVKCKSSKSNRPKATVFKSPRTPPQRFYSSEHEYSGLNIVRP----STGKIVNE ::::.. : :: .:: : : ...:.. XP_016 YAGSSKSDNRVTSFRDLIHDQDEDEEEEEGQRFYAGGSERSGQQIVGPPRKKSPNELVDD 20 30 40 50 60 70 90 100 110 120 130 140 pF1KE5 LFKEAREHGAVPLNEATRASGD-DKSKSFTGGGYRLGSSFCKRSEYIYGENQL---QDVQ ::: :.::::: ....:.. :. .: . :.:::::::.. ..: :. ::.. :::. XP_016 LFKGAKEHGAVAVERVTKSPGETSKPRPFAGGGYRLGAAPEEESAYVAGEKRQHSSQDVH 80 90 100 110 120 130 150 160 170 180 190 200 pF1KE5 ILLKLWSNGFSLDDGELRPYNEPTNAQFLESVKRGEIPLELQRLVHGGQVNLDMEDHQDQ ..::::..:::::.:::: :..:.:::::::..:::.: ::.::.::::::::::::.:. XP_016 VVLKLWKSGFSLDNGELRSYQDPSNAQFLESIRRGEVPAELRRLAHGGQVNLDMEDHRDE 140 150 160 170 180 190 210 220 230 240 250 260 pF1KE5 EYIKPRLRFKAFSGEGQKLGSLTPEIVSTPSSPEE--EDKSILNAVVLIDDSVPTTKIQI ...::. ::::.:::::::: .:...:: ::: . :... .. .:::.: :::.::: XP_016 DFVKPKGAFKAFTGEGQKLGSTAPQVLST-SSPAQQAENEAKASSSILIDESEPTTNIQI 200 210 220 230 240 250 270 280 290 300 310 320 pF1KE5 RLADGSRLIQRFNSTHRILDVRNFIVQSRPEFAALDFILVTSFPNKELTDESLTLLEADI :::::.::.:.:: .::: :.: :::..:: .:: .:::.:.::::::.::: :: ::.. XP_016 RLADGGRLVQKFNHSHRISDIRLFIVDARPAMAATSFILMTTFPNKELADESQTLKEANL 260 270 280 290 300 310 330 pF1KE5 LNTVLLQQLK ::.:..:.: XP_016 LNAVIVQRLT 320 >>NP_057227 (OMIM: 606610) NSFL1 cofactor p47 isoform a (370 aa) initn: 1011 init1: 486 opt: 1031 Z-score: 1160.1 bits: 223.1 E(85289): 7e-58 Smith-Waterman score: 1042; 48.9% identity (75.4% similar) in 354 aa overlap (10-330:17-369) 10 20 30 40 pF1KE5 MAEGGGPEPGEQERRSSGPRPPSARDLQLALAELYED-----------EVKCK : .: :. .. :::.::: .::: . . 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NP_057 VSRGTAPSDNRVTSFRDLIHDQDEDEEEEEGQRFYAGGSERSGQQIVGPPRKKSPNELVD 70 80 90 100 110 120 90 100 110 120 130 140 pF1KE5 ELFKEAREHGAVPLNEATRASGD-DKSKSFTGGGYRLGSSFCKRSEYIYGENQL---QDV .::: :.::::: ....:.. :. .: . :.:::::::.. ..: :. ::.. ::: NP_057 DLFKGAKEHGAVAVERVTKSPGETSKPRPFAGGGYRLGAAPEEESAYVAGEKRQHSSQDV 130 140 150 160 170 180 150 160 170 180 190 200 pF1KE5 QILLKLWSNGFSLDDGELRPYNEPTNAQFLESVKRGEIPLELQRLVHGGQVNLDMEDHQD ...::::..:::::.:::: :..:.:::::::..:::.: ::.::.::::::::::::.: NP_057 HVVLKLWKSGFSLDNGELRSYQDPSNAQFLESIRRGEVPAELRRLAHGGQVNLDMEDHRD 190 200 210 220 230 240 210 220 230 240 250 260 pF1KE5 QEYIKPRLRFKAFSGEGQKLGSLTPEIVSTPSSPEE--EDKSILNAVVLIDDSVPTTKIQ ....::. ::::.:::::::: .:...:: ::: . :... .. .:::.: :::.:: NP_057 EDFVKPKGAFKAFTGEGQKLGSTAPQVLST-SSPAQQAENEAKASSSILIDESEPTTNIQ 250 260 270 280 290 270 280 290 300 310 320 pF1KE5 IRLADGSRLIQRFNSTHRILDVRNFIVQSRPEFAALDFILVTSFPNKELTDESLTLLEAD ::::::.::.:.:: .::: :.: :::..:: .:: .:::.:.::::::.::: :: ::. NP_057 IRLADGGRLVQKFNHSHRISDIRLFIVDARPAMAATSFILMTTFPNKELADESQTLKEAN 300 310 320 330 340 350 330 pF1KE5 ILNTVLLQQLK .::.:..:.: NP_057 LLNAVIVQRLT 360 370 >>XP_011527603 (OMIM: 606610) PREDICTED: NSFL1 cofactor (373 aa) initn: 1011 init1: 486 opt: 1031 Z-score: 1160.1 bits: 223.1 E(85289): 7.1e-58 Smith-Waterman score: 1036; 48.5% identity (74.8% similar) in 357 aa overlap (10-330:17-372) 10 20 30 40 pF1KE5 MAEGGGPEPGEQERRSSGPRPPSARDLQLALAELYED-----------EVKCK : .: :. .. :::.::: .::: . . XP_011 MAAERQEALREFVAVTGAEEDRARFFLESAGWDLQIALASFYEDGGDEDIVTISQATPSS 10 20 30 40 50 60 50 60 70 80 pF1KE5 SSKSNRPK------ATVFKS---------PRTPPQRFYSSEHEYSGLNIVRP----STGK :... :. .: :.. . ::::.. : :: .:: : : .. XP_011 VSRGTAPREKSDNRVTSFRDLIHDQDEDEEEEEGQRFYAGGSERSGQQIVGPPRKKSPNE 70 80 90 100 110 120 90 100 110 120 130 pF1KE5 IVNELFKEAREHGAVPLNEATRASGD-DKSKSFTGGGYRLGSSFCKRSEYIYGENQL--- .:..::: :.::::: ....:.. :. .: . :.:::::::.. ..: :. ::.. 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XP_016 FKGAKEHGAVAVERVTKSPGETSKPRPFAGGGYRLGAAPEEESAYVAGEKRQHSSQDVHV 80 90 100 110 120 130 150 160 170 180 190 200 pF1KE5 LLKLWSNGFSLDDGELRPYNEPTNAQFLESVKRGEIPLELQRLVHGGQVNLDMEDHQDQE .::::..:::::.:::: :..:.:::::::..:::.: ::.::.::::::::::::.:.. 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XP_011 FKGAKEHGAVAVERVTKSPGETSKPRPFAGGGYRLGAAPEEESAYVAGEKRQHSSQDVHV 80 90 100 110 120 130 150 160 170 180 190 200 pF1KE5 LLKLWSNGFSLDDGELRPYNEPTNAQFLESVKRGEIPLELQRLVHGGQVNLDMEDHQDQE .::::..:::::.:::: :..:.:::::::..:::.: ::.::.::::::::::::.:.. 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