FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE3405, 212 aa 1>>>pF1KE3405 212 - 212 aa - 212 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 4.6764+/-0.000801; mu= 17.5272+/- 0.049 mean_var=70.7082+/-13.819, 0's: 0 Z-trim(109.5): 217 B-trim: 259 in 1/50 Lambda= 0.152524 statistics sampled from 10663 (10907) to 10663 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.705), E-opt: 0.2 (0.335), width: 16 Scan time: 2.160 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS33850.1 RAB43 gene_id:339122|Hs108|chr3 ( 212) 1406 317.9 3e-87 CCDS56275.1 RAB43 gene_id:339122|Hs108|chr3 ( 155) 857 196.9 5.5e-51 CCDS34762.2 RAB19 gene_id:401409|Hs108|chr7 ( 217) 770 177.9 4.1e-45 CCDS8264.1 RAB30 gene_id:27314|Hs108|chr11 ( 203) 651 151.7 3e-37 CCDS31613.1 RAB1B gene_id:81876|Hs108|chr11 ( 201) 607 142.0 2.4e-34 CCDS46306.1 RAB1A gene_id:5861|Hs108|chr2 ( 205) 604 141.4 3.9e-34 CCDS10183.1 RAB8B gene_id:51762|Hs108|chr15 ( 207) 583 136.8 9.6e-33 CCDS12201.1 RAB11B gene_id:9230|Hs108|chr19 ( 218) 581 136.4 1.3e-32 CCDS1720.1 RAB10 gene_id:10890|Hs108|chr2 ( 200) 573 134.6 4.3e-32 CCDS10212.1 RAB11A gene_id:8766|Hs108|chr15 ( 216) 573 134.6 4.5e-32 CCDS1058.1 RAB13 gene_id:5872|Hs108|chr1 ( 203) 570 133.9 6.9e-32 CCDS12339.1 RAB8A gene_id:4218|Hs108|chr19 ( 207) 565 132.8 1.5e-31 CCDS6175.1 RAB2A gene_id:5862|Hs108|chr8 ( 212) 557 131.1 5.1e-31 CCDS33030.1 RAB4B gene_id:53916|Hs108|chr19 ( 213) 552 130.0 1.1e-30 CCDS31050.1 RAB4A gene_id:5867|Hs108|chr1 ( 218) 550 129.5 1.5e-30 CCDS9570.1 RAB2B gene_id:84932|Hs108|chr14 ( 216) 549 129.3 1.8e-30 CCDS76691.1 RAB15 gene_id:376267|Hs108|chr14 ( 212) 536 126.4 1.3e-29 CCDS10460.1 RAB26 gene_id:25837|Hs108|chr16 ( 256) 536 126.5 1.4e-29 CCDS32722.1 RAB37 gene_id:326624|Hs108|chr17 ( 223) 530 125.1 3.3e-29 CCDS6827.1 RAB14 gene_id:51552|Hs108|chr9 ( 215) 527 124.5 5e-29 CCDS42410.1 RAB12 gene_id:201475|Hs108|chr18 ( 244) 524 123.9 8.7e-29 CCDS41413.1 RAB25 gene_id:57111|Hs108|chr1 ( 213) 515 121.8 3.1e-28 CCDS82198.1 RAB37 gene_id:326624|Hs108|chr17 ( 196) 511 120.9 5.4e-28 CCDS8223.1 RAB6A gene_id:5870|Hs108|chr11 ( 208) 511 120.9 5.7e-28 CCDS14766.1 RAB39B gene_id:116442|Hs108|chrX ( 213) 511 120.9 5.8e-28 CCDS54161.1 RAB37 gene_id:326624|Hs108|chr17 ( 228) 511 121.0 6e-28 CCDS8224.1 RAB6A gene_id:5870|Hs108|chr11 ( 208) 509 120.5 7.7e-28 CCDS11703.1 RAB37 gene_id:326624|Hs108|chr17 ( 216) 508 120.3 9.2e-28 CCDS58373.1 RAB11A gene_id:8766|Hs108|chr15 ( 155) 506 119.7 9.8e-28 CCDS3082.1 RAB6B gene_id:51560|Hs108|chr3 ( 208) 504 119.4 1.6e-27 CCDS41846.1 RAB35 gene_id:11021|Hs108|chr12 ( 201) 502 118.9 2.2e-27 CCDS76806.1 RAB26 gene_id:25837|Hs108|chr16 ( 190) 497 117.8 4.5e-27 CCDS7155.1 RAB18 gene_id:22931|Hs108|chr10 ( 206) 496 117.6 5.5e-27 CCDS8338.1 RAB39A gene_id:54734|Hs108|chr11 ( 217) 495 117.4 6.7e-27 CCDS12372.1 RAB3A gene_id:5864|Hs108|chr19 ( 220) 491 116.6 1.2e-26 CCDS3747.1 RAB33B gene_id:83452|Hs108|chr4 ( 229) 491 116.6 1.3e-26 CCDS3976.1 RAB3C gene_id:115827|Hs108|chr5 ( 227) 482 114.6 5e-26 CCDS560.1 RAB3B gene_id:5865|Hs108|chr1 ( 219) 479 113.9 7.7e-26 CCDS12257.1 RAB3D gene_id:9545|Hs108|chr19 ( 219) 477 113.5 1e-25 CCDS2633.1 RAB5A gene_id:5868|Hs108|chr3 ( 215) 474 112.8 1.6e-25 CCDS9003.1 RAB21 gene_id:23011|Hs108|chr12 ( 225) 468 111.5 4.2e-25 CCDS11419.1 RAB5C gene_id:5878|Hs108|chr17 ( 216) 465 110.8 6.5e-25 CCDS58551.1 RAB5C gene_id:5878|Hs108|chr17 ( 249) 465 110.9 7.2e-25 CCDS14621.1 RAB33A gene_id:9363|Hs108|chrX ( 237) 464 110.6 8.1e-25 CCDS82514.1 WTH3DI gene_id:150786|Hs108|chr2 ( 254) 462 110.2 1.1e-24 CCDS56537.1 RAB2A gene_id:5862|Hs108|chr8 ( 188) 456 108.8 2.3e-24 CCDS46408.1 RAB6C gene_id:84084|Hs108|chr2 ( 254) 456 108.9 2.9e-24 CCDS8900.1 RAB5B gene_id:5869|Hs108|chr12 ( 215) 448 107.1 8.6e-24 CCDS6662.1 RASEF gene_id:158158|Hs108|chr9 ( 740) 453 108.7 9.7e-24 CCDS11816.1 RAB40B gene_id:10966|Hs108|chr17 ( 278) 442 105.9 2.6e-23 >>CCDS33850.1 RAB43 gene_id:339122|Hs108|chr3 (212 aa) initn: 1406 init1: 1406 opt: 1406 Z-score: 1679.9 bits: 317.9 E(32554): 3e-87 Smith-Waterman score: 1406; 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CCDS34 DIDGKKVKMQVWDTAGQERFRTITQSYYRSAHAAIIAYDLTRRSTFESIPHWIHEIEKYG 60 70 80 90 100 110 130 140 150 160 170 180 pF1KE3 GSNIVQLLIGNKSDLSELREVSLAEAQSLAEHYDILCAIETSAKDSSNVEEAFLRVATEL ..:.: .::::: :: : :.: . .: .:::.: .: ..:::::.:.:.::.:. .: :: CCDS34 AANVVIMLIGNKCDLWEKRHVLFEDACTLAEKYGLLAVLETSAKESKNIEEVFVLMAKEL 120 130 140 150 160 170 190 200 210 pF1KE3 IMRHGGPLFSEKSPDHIQLNSKDIGEGWG------CGC : :.. :..:.. . . :.:. . . : : : CCDS34 IARNSLHLYGESALNGLPLDSSPVLMAQGPSEKTHCTC 180 190 200 210 >>CCDS8264.1 RAB30 gene_id:27314|Hs108|chr11 (203 aa) initn: 671 init1: 581 opt: 651 Z-score: 782.3 bits: 151.7 E(32554): 3e-37 Smith-Waterman score: 651; 58.6% identity (84.6% similar) in 169 aa overlap (13-181:4-171) 10 20 30 40 50 60 pF1KE3 MAGPGPGPGDPDEQYDFLFKLVLVGDASVGKTCVVQRFKTGAFSERQGSTIGVDFTMKTL :.::::::.::.:.:.:::::.:.:: : : ::.:::::: .::. CCDS82 MSMEDYDFLFKIVLIGNAGVGKTCLVRRFTQGLFPPGQGATIGVDFMIKTV 10 20 30 40 50 70 80 90 100 110 120 pF1KE3 EIQGKRVKLQIWDTAGQERFRTITQSYYRSANGAILAYDITKRSSFLSVPHWIEDVRKYA ::.:..:::::::::::::::.::::::::::. ::.:::: . :: .:.:......:: CCDS82 EINGEKVKLQIWDTAGQERFRSITQSYYRSANALILTYDITCEESFRCLPEWLREIEQYA 60 70 80 90 100 110 130 140 150 160 170 180 pF1KE3 GSNIVQLLIGNKSDLSELREVSLAEAQSLAEHYDILCAIETSAKDSSNVEEAFLRVATEL ..... .:.::: ::.: :::: .:. ..: :. .:::::.:.:::. :: .: .: CCDS82 SNKVITVLVGNKIDLAERREVSQQRAEEFSEAQDMY-YLETSAKESDNVEKLFLDLACRL 120 130 140 150 160 170 190 200 210 pF1KE3 IMRHGGPLFSEKSPDHIQLNSKDIGEGWGCGC : CCDS82 ISEARQNTLVNNVSSPLPGEGKSISYLTCCNFN 180 190 200 >>CCDS31613.1 RAB1B gene_id:81876|Hs108|chr11 (201 aa) initn: 586 init1: 519 opt: 607 Z-score: 730.1 bits: 142.0 E(32554): 2.4e-34 Smith-Waterman score: 607; 45.5% identity (75.2% similar) in 202 aa overlap (12-212:2-201) 10 20 30 40 50 60 pF1KE3 MAGPGPGPGDPDEQYDFLFKLVLVGDASVGKTCVVQRFKTGAFSERQGSTIGVDFTMKTL . .::.::::.:.::..:::.:.. :: ...: ::::::: ..:. CCDS31 MNPEYDYLFKLLLIGDSGVGKSCLLLRFADDTYTESYISTIGVDFKIRTI 10 20 30 40 50 70 80 90 100 110 120 pF1KE3 EIQGKRVKLQIWDTAGQERFRTITQSYYRSANGAILAYDITKRSSFLSVPHWIEDVRKYA :..:: .:::::::::::::::::.::::.:.: :..::.: . :. .: .:.... .:: CCDS31 ELDGKTIKLQIWDTAGQERFRTITSSYYRGAHGIIVVYDVTDQESYANVKQWLQEIDRYA 60 70 80 90 100 110 130 140 150 160 170 180 pF1KE3 GSNIVQLLIGNKSDLSELREVSLAEAQSLAEHYDILCAIETSAKDSSNVEEAFLRVATEL . :. .::.::::::. . :. . :. .:. : .:::::...:::.::. .:.:. CCDS31 SENVNKLLVGNKSDLTTKKVVDNTTAKEFADSLGIPF-LETSAKNATNVEQAFMTMAAEI 120 130 140 150 160 190 200 210 pF1KE3 IMRHGGPLFSEKSPDHIQLNSKDIGE-GWGCGC : : : .....: . : :: : CCDS31 KKRMGPGAASGGERPNLKIDSTPVKPAGGGC-C 170 180 190 200 >>CCDS46306.1 RAB1A gene_id:5861|Hs108|chr2 (205 aa) initn: 589 init1: 515 opt: 604 Z-score: 726.4 bits: 141.4 E(32554): 3.9e-34 Smith-Waterman score: 604; 44.8% identity (75.9% similar) in 203 aa overlap (12-212:5-205) 10 20 30 40 50 60 pF1KE3 MAGPGPGPGDPDEQYDFLFKLVLVGDASVGKTCVVQRFKTGAFSERQGSTIGVDFTMKTL . .::.::::.:.::..:::.:.. :: ...: ::::::: ..:. CCDS46 MSSMNPEYDYLFKLLLIGDSGVGKSCLLLRFADDTYTESYISTIGVDFKIRTI 10 20 30 40 50 70 80 90 100 110 120 pF1KE3 EIQGKRVKLQIWDTAGQERFRTITQSYYRSANGAILAYDITKRSSFLSVPHWIEDVRKYA :..:: .:::::::::::::::::.::::.:.: :..::.: . :: .: .:.... .:: CCDS46 ELDGKTIKLQIWDTAGQERFRTITSSYYRGAHGIIVVYDVTDQESFNNVKQWLQEIDRYA 60 70 80 90 100 110 130 140 150 160 170 180 pF1KE3 GSNIVQLLIGNKSDLSELREVSLAEAQSLAEHYDILCAIETSAKDSSNVEEAFLRVATEL . :. .::.::: ::. . :. . :. .:. : .:::::...:::..:. .:.:. CCDS46 SENVNKLLVGNKCDLTTKKVVDYTTAKEFADSLGIPF-LETSAKNATNVEQSFMTMAAEI 120 130 140 150 160 170 190 200 210 pF1KE3 IMRHG-GPLFSEKSPDHIQLNSKDIGE-GWGCGC : : : . ......: . . : :: : CCDS46 KKRMGPGATAGGAEKSNVKIQSTPVKQSGGGC-C 180 190 200 >>CCDS10183.1 RAB8B gene_id:51762|Hs108|chr15 (207 aa) initn: 577 init1: 508 opt: 583 Z-score: 701.3 bits: 136.8 E(32554): 9.6e-33 Smith-Waterman score: 583; 50.3% identity (84.0% similar) in 169 aa overlap (15-183:5-172) 10 20 30 40 50 60 pF1KE3 MAGPGPGPGDPDEQYDFLFKLVLVGDASVGKTCVVQRFKTGAFSERQGSTIGVDFTMKTL ::.::::.:.::..:::::.. ::. ::. ::::.:: ..:. CCDS10 MAKTYDYLFKLLLIGDSGVGKTCLLFRFSEDAFNTTFISTIGIDFKIRTI 10 20 30 40 50 70 80 90 100 110 120 pF1KE3 EIQGKRVKLQIWDTAGQERFRTITQSYYRSANGAILAYDITKRSSFLSVPHWIEDVRKYA :..::..::::::::::::::::: .:::.: : .:.::::...:: .. .::......: CCDS10 ELDGKKIKLQIWDTAGQERFRTITTAYYRGAMGIMLVYDITNEKSFDNIKNWIRNIEEHA 60 70 80 90 100 110 130 140 150 160 170 180 pF1KE3 GSNIVQLLIGNKSDLSELREVSLAEAQSLAEHYDILCAIETSAKDSSNVEEAFLRVATEL .:.. ....::: :... :.:: ....:: : : .:::::.:.::::::. .: .. CCDS10 SSDVERMILGNKCDMNDKRQVSKERGEKLAIDYGIKF-LETSAKSSANVEEAFFTLARDI 120 130 140 150 160 190 200 210 pF1KE3 IMRHGGPLFSEKSPDHIQLNSKDIGEGWGCGC . . CCDS10 MTKLNRKMNDSNSAGAGGPVKITENRSKKTSFFRCSLL 170 180 190 200 >>CCDS12201.1 RAB11B gene_id:9230|Hs108|chr19 (218 aa) initn: 564 init1: 492 opt: 581 Z-score: 698.7 bits: 136.4 E(32554): 1.3e-32 Smith-Waterman score: 581; 51.2% identity (82.0% similar) in 172 aa overlap (9-180:2-172) 10 20 30 40 50 60 pF1KE3 MAGPGPGPGDPDEQYDFLFKLVLVGDASVGKTCVVQRFKTGAFSERQGSTIGVDFTMKTL : :..::.:::.::.::..:::. ...:: . :. .. :::::.:. ... CCDS12 MGTRDDEYDYLFKVVLIGDSGVGKSNLLSRFTRNEFNLESKSTIGVEFATRSI 10 20 30 40 50 70 80 90 100 110 120 pF1KE3 EIQGKRVKLQIWDTAGQERFRTITQSYYRSANGAILAYDITKRSSFLSVPHWIEDVRKYA ...:: .: ::::::::::.:.::..:::.: ::.:.:::.:. .. .: .:....: .: CCDS12 QVDGKTIKAQIWDTAGQERYRAITSAYYRGAVGALLVYDIAKHLTYENVERWLKELRDHA 60 70 80 90 100 110 130 140 150 160 170 180 pF1KE3 GSNIVQLLIGNKSDLSELREVSLAEAQSLAEHYDILCAIETSAKDSSNVEEAFLRVATEL :::: .:.:::::: .:: : ::...::. . : ::::: ::.:::::: . ::. CCDS12 DSNIVIMLVGNKSDLRHLRAVPTDEARAFAEKNN-LSFIETSALDSTNVEEAFKNILTEI 120 130 140 150 160 170 190 200 210 pF1KE3 IMRHGGPLFSEKSPDHIQLNSKDIGEGWGCGC CCDS12 YRIVSQKQIADRAAHDESPGNNVVDISVPPTTDGQKPNKLQCCQNL 180 190 200 210 >>CCDS1720.1 RAB10 gene_id:10890|Hs108|chr2 (200 aa) initn: 553 init1: 497 opt: 573 Z-score: 689.6 bits: 134.6 E(32554): 4.3e-32 Smith-Waterman score: 573; 46.0% identity (77.8% similar) in 198 aa overlap (15-212:6-199) 10 20 30 40 50 60 pF1KE3 MAGPGPGPGDPDEQYDFLFKLVLVGDASVGKTCVVQRFKTGAFSERQGSTIGVDFTMKTL ::.::::.:.::..::::::. ::. ::. ::::.:: .::. CCDS17 MAKKTYDLLFKLLLIGDSGVGKTCVLFRFSDDAFNTTFISTIGIDFKIKTV 10 20 30 40 50 70 80 90 100 110 120 pF1KE3 EIQGKRVKLQIWDTAGQERFRTITQSYYRSANGAILAYDITKRSSFLSVPHWIEDVRKYA :.:::..:::::::::::::.::: ::::.: : .:.::::. .:: .. .:.... ..: CCDS17 ELQGKKIKLQIWDTAGQERFHTITTSYYRGAMGIMLVYDITNGKSFENISKWLRNIDEHA 60 70 80 90 100 110 130 140 150 160 170 180 pF1KE3 GSNIVQLLIGNKSDLSELREVSLAEAQSLAEHYDILCAIETSAKDSSNVEEAFLRVATEL . .. ..:.::: :... : : ......:... : .::::: . :.:.::: .: : CCDS17 NEDVERMLLGNKCDMDDKRVVPKGKGEQIAREHGIRF-FETSAKANINIEKAFLTLA-ED 120 130 140 150 160 190 200 210 pF1KE3 IMRHGGPLFSEKSPDHIQLNSKDIGEGWGCGC :.:. :. .: . ......: :: : CCDS17 ILRKT-PV-KEPNSENVDISSGGGVTGWKSKCC 170 180 190 200 >>CCDS10212.1 RAB11A gene_id:8766|Hs108|chr15 (216 aa) initn: 572 init1: 506 opt: 573 Z-score: 689.2 bits: 134.6 E(32554): 4.5e-32 Smith-Waterman score: 573; 50.6% identity (81.4% similar) in 172 aa overlap (9-180:2-172) 10 20 30 40 50 60 pF1KE3 MAGPGPGPGDPDEQYDFLFKLVLVGDASVGKTCVVQRFKTGAFSERQGSTIGVDFTMKTL : :..::.:::.::.::..:::. ...:: . :. .. :::::.:. ... CCDS10 MGTRDDEYDYLFKVVLIGDSGVGKSNLLSRFTRNEFNLESKSTIGVEFATRSI 10 20 30 40 50 70 80 90 100 110 120 pF1KE3 EIQGKRVKLQIWDTAGQERFRTITQSYYRSANGAILAYDITKRSSFLSVPHWIEDVRKYA ...:: .: ::::::::::.:.::..:::.: ::.:.:::.:. .. .: .:....: .: CCDS10 QVDGKTIKAQIWDTAGQERYRAITSAYYRGAVGALLVYDIAKHLTYENVERWLKELRDHA 60 70 80 90 100 110 130 140 150 160 170 180 pF1KE3 GSNIVQLLIGNKSDLSELREVSLAEAQSLAEHYDILCAIETSAKDSSNVEEAFLRVATEL :::: .:.:::::: .:: : ::...::. . : ::::: ::.::: :: . ::. CCDS10 DSNIVIMLVGNKSDLRHLRAVPTDEARAFAEK-NGLSFIETSALDSTNVEAAFQTILTEI 120 130 140 150 160 170 190 200 210 pF1KE3 IMRHGGPLFSEKSPDHIQLNSKDIGEGWGCGC CCDS10 YRIVSQKQMSDRRENDMSPSNNVVPIHVPPTTENKPKVQCCQNI 180 190 200 210 212 residues in 1 query sequences 18511270 residues in 32554 library sequences Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc) start: Sun Nov 6 05:03:36 2016 done: Sun Nov 6 05:03:36 2016 Total Scan time: 2.160 Total Display time: 0.010 Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]