FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE2442, 1956 aa 1>>>pF1KE2442 1956 - 1956 aa - 1956 aa Library: /omim/omim.rfq.tfa 60827320 residues in 85289 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.6872+/-0.000439; mu= 13.6294+/- 0.027 mean_var=147.9279+/-32.181, 0's: 0 Z-trim(114.7): 280 B-trim: 0 in 0/54 Lambda= 0.105451 statistics sampled from 24420 (24720) to 24420 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.617), E-opt: 0.2 (0.29), width: 16 Scan time: 20.090 The best scores are: opt bits E(85289) NP_006505 (OMIM: 604427,615551) sodium channel pro (1956) 13039 1997.2 0 NP_001280235 (OMIM: 604427,615551) sodium channel (1955) 13020 1994.3 0 XP_005265428 (OMIM: 604427,615551) PREDICTED: sodi (1959) 13019 1994.2 0 XP_011532295 (OMIM: 604427,615551) PREDICTED: sodi (1958) 13000 1991.3 0 NP_001280236 (OMIM: 604427,615551) sodium channel (1858) 9161 1407.2 0 XP_011532296 (OMIM: 604427,615551) 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YESVTRGLSDRVNMRTSSSIQNEDEATSMELIAPGP 1930 1940 1950 >>NP_001280235 (OMIM: 604427,615551) sodium channel prot (1955 aa) initn: 6865 init1: 6865 opt: 13020 Z-score: 10705.5 bits: 1994.3 E(85289): 0 Smith-Waterman score: 13020; 99.9% identity (99.9% similar) in 1956 aa overlap (1-1956:1-1955) 10 20 30 40 50 60 pF1KE2 MEFPIGSLETNNFRRFTPESLVEIEKQIAAKQGTKKAREKHREQKDQEEKPRPQLDLKAC :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_001 MEFPIGSLETNNFRRFTPESLVEIEKQIAAKQGTKKAREKHREQKDQEEKPRPQLDLKAC 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 pF1KE2 NQLPKFYGELPAELIGEPLEDLDPFYSTHRTFMVLNKGRTISRFSATRALWLFSPFNLIR :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_001 NQLPKFYGELPAELIGEPLEDLDPFYSTHRTFMVLNKGRTISRFSATRALWLFSPFNLIR 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 pF1KE2 RTAIKVSVHSWFSLFITVTILVNCVCMTRTDLPEKIEYVFTVIYTFEALIKILARGFCLN :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_001 RTAIKVSVHSWFSLFITVTILVNCVCMTRTDLPEKIEYVFTVIYTFEALIKILARGFCLN 130 140 150 160 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:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: XP_011 IHCLDILFAFTKNVLGESGELDSLKANMEEKFMATNLSKSSYEPIATTLRWKQEDISATV 1710 1720 1730 1740 1750 1760 1860 1870 1880 1890 1900 1910 pF1KE2 IQKAYRSYVLHRSMALSNTPCVPRAEEEAASLPDEGFVAFTANENCVLPDKSETASATSF :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: XP_011 IQKAYRSYVLHRSMALSNTPCVPRAEEEAASLPDEGFVAFTANENCVLPDKSETASATSF 1770 1780 1790 1800 1810 1820 1920 1930 1940 1950 pF1KE2 PPSYESVTRGLSDRVNMRTSSSIQNEDEATSMELIAPGP ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: XP_011 PPSYESVTRGLSDRVNMRTSSSIQNEDEATSMELIAPGP 1830 1840 1850 1860 >>NP_001092874 (OMIM: 113900,272120,600163,601144,601154 (2016 aa) initn: 6972 init1: 1963 opt: 6011 Z-score: 4942.6 bits: 928.0 E(85289): 0 Smith-Waterman score: 7967; 62.8% identity (80.6% similar) in 2008 aa overlap (21-1946:21-2002) 10 20 30 40 50 pF1KE2 MEFPIGSLETNNFRRFTPESLVEIEKQIAAKQ--GTKKAREKHREQKDQEEKPRPQLDLK :. :::..: :: :. .:. :: .:: :::::::. 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pF1KE2 GEVNNLQVALARIQV---FGHRTKQALCSFFSRSCPFPQPKA---EPEL--VVKLPLSSS :.::::.:::::: : .:: .: . :. : .: : . .: . : : NP_001 REMNNLQLALARIQRGLRFVKRTTWDFCCGLLRQRP-QKPAALAAQGQLPSCIATPYSPP 960 970 980 990 1000 1010 960 970 980 990 1000 1010 pF1KE2 KAENHIAANTARGSS--GGLQAPRG-PRDEHSDFIANPTVWVSVPIAEGESDLDDLEDD- :.. . : . . : : .: : : . : : :::: .::: :: :.: NP_001 PPETEKVPPTRKETRFEEGEQPGQGTPGDPE------P---VCVPIAVAESDTDDQEEDE 1020 1030 1040 1050 1060 1020 1030 1040 1050 1060 pF1KE2 ----GGEDAQSFQQEVIPKGQQEQLQQVERCGDHLTPRSPGTGTSSEDLAPSLGETWKDE : :. .: ::: : . . : .... . . . .: . : . . :: : NP_001 ENSLGTEEESSKQQESQPVSGGPEAPPDSRTWSQVSATASSEAEASASQA-DWRQQWKAE 1070 1080 1090 1100 1110 1120 1070 1080 1090 1100 1110 1120 pF1KE2 SVPQVPAEG-VDDTSSSEGSTVDCLDPEEILRKIPELADDLEEPDDCFTEGCIRHCPCCK ::.:. : . . : :::::.: . :.:..::.:..:...:.:::::::.:.:::: NP_001 --PQAPGCGETPEDSCSEGSTADMTNTAELLEQIPDLGQDVKDPEDCFTEGCVRRCPCCA 1130 1140 1150 1160 1170 1180 1130 1140 1150 1160 1170 1180 pF1KE2 LDTTKSPWDVGWQVRKTCYRIVEHSWFESFIIFMILLSSGSLAFEDYYLDQKPTVKALLE .:::..: : :..:::::.::::::::.:::::::::::.::::: ::... :.:.::: NP_001 VDTTQAPGKVWWRLRKTCYHIVEHSWFETFIIFMILLSSGALAFEDIYLEERKTIKVLLE 1190 1200 1210 1220 1230 1240 1190 1200 1210 1220 1230 1240 pF1KE2 YTDRVFTFIFVFEMLLKWVAYGFKKYFTNAWCWLDFLIVNISLISLTAKILEYSEVAPIK :.:..::..::.:::::::::::::::::::::::::::..::.::.:. : ..:..::: NP_001 YADKMFTYVFVLEMLLKWVAYGFKKYFTNAWCWLDFLIVDVSLVSLVANTLGFAEMGPIK 1250 1260 1270 1280 1290 1300 1250 1260 1270 1280 1290 1300 pF1KE2 ALRTLRALRPLRALSRFEGMRVVVDALVGAIPSIMNVLLVCLIFWLIFSIMGVNLFAGKF .:::::::::::::::::::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_001 SLRTLRALRPLRALSRFEGMRVVVNALVGAIPSIMNVLLVCLIFWLIFSIMGVNLFAGKF 1310 1320 1330 1340 1350 1360 1310 1320 1330 1340 1350 1360 pF1KE2 WRCINYTDGEFSLVPLSIVNNKSDCKIQNSTGSFFWVNVKVNFDNVAMGYLALLQVATFK :::: :.:.. : .::::::.:. : :: ..:..::::::::. :::::::::::: NP_001 GRCINQTEGDLPL-NYTIVNNKSQCESLNLTGELYWTKVKVNFDNVGAGYLALLQVATFK 1370 1380 1390 1400 1410 1370 1380 1390 1400 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NP_001 ATEESTEPLSEDDFDMFYEIWEKFDPEATQFIEYSVLSDFADALSEPLRIAKPNQISLIN 1780 1790 1800 1810 1820 1830 1790 1800 1810 1820 1830 1840 pF1KE2 MDLPLVPGDKIHCLDILFAFTKNVLGESGELDSLKANMEEKFMATNLSKSSYEPIATTLR ::::.: ::.:::.:::::::: :::::::.:.:: .:::::::.: :: :::::.:::: NP_001 MDLPMVSGDRIHCMDILFAFTKRVLGESGEMDALKIQMEEKFMAANPSKISYEPITTTLR 1840 1850 1860 1870 1880 1890 1850 1860 1870 1880 1890 1900 pF1KE2 WKQEDISATVIQKAYRSYVLHRSMALSNTPCVPRA-----EEEAASLPD-EGFVAFTANE :.:..:: :::.:.: ..:.::. .. .: ::.: :. ::..:.. .: NP_001 RKHEEVSAMVIQRAFRRHLLQRSLKHASFLFRQQAGSGLSEEDA---PEREGLIAYVMSE 1900 1910 1920 1930 1940 1950 1910 1920 1930 1940 1950 pF1KE2 NC---VLPDKSETASATSFPPSYESVTRGLSDRVNMRTSSSIQNEDEATSMELIAPGP : . : .: . :.:::::::.::::. :: ...: :. ..:: : NP_001 NFSRPLGPPSSSSISSTSFPPSYDSVTRATSDNLQVRGSDYSHSEDLADFPPSPDRDRES 1960 1970 1980 1990 2000 2010 NP_001 IV >>NP_932173 (OMIM: 113900,272120,600163,601144,601154,60 (2016 aa) initn: 6962 init1: 1963 opt: 6011 Z-score: 4942.6 bits: 928.0 E(85289): 0 Smith-Waterman score: 7957; 62.7% identity (80.5% similar) in 2008 aa overlap (21-1946:21-2002) 10 20 30 40 50 pF1KE2 MEFPIGSLETNNFRRFTPESLVEIEKQIAAKQ--GTKKAREKHREQKDQEEKPRPQLDLK :. :::..: :: :. .:. :: .:: :::::::. 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NP_932 VGALIQSVKKLADVMVLTVFCLSVFALIGLQLFMGNLRHKCVRNFTALN-GTNGSVEADG 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 pF1KE2 ----------RKPDIYINKRGTSDPLLCGNGSDSGHCPDGYICLKTSDNPDFNYTSFDSF :. :. : :::: :::::.::.: ::.:: :::...::: .::::::: NP_932 LVWESLDLYLSDPENYLLKNGTSDVLLCGNSSDAGTCPEGYRCLKAGENPDHGYTSFDSF 300 310 320 330 340 350 350 360 370 380 390 400 pF1KE2 AWAFLSLFRLMTQDSWERLYQQTLRTSGKIYMIFFVLVIFLGSFYLVNLILAVVTMAYEE :::::.:::::::: ::::::::::..::::::::.::::::::::::::::::.::::: NP_932 AWAFLALFRLMTQDCWERLYQQTLRSAGKIYMIFFMLVIFLGSFYLVNLILAVVAMAYEE 360 370 380 390 400 410 410 420 430 440 450 460 pF1KE2 QNQATTDEIEAKEKKFQEALEMLRKEQEVLAALGIDTTSLHSHNGSPLTSKNASERRHRI ::::: : : :::.::::.:::.::.:.:. :.::.: : . :::. :. ::: . NP_932 QNQATIAETEEKEKRFQEAMEMLKKEHEALTIRGVDTVSRSSLEMSPLAPVNSHERRSKR 420 430 440 450 460 470 470 480 490 500 510 pF1KE2 KPRVSEGSTE--DNKSPRSDPYN-QRRMSFLGLASG------KRRASHGSVFHFRSPGRD . :.: :. : ... :.:: . : :. :.:. : : :.:.::.: :: :: NP_932 RKRMSSGTEECGEDRLPKSDSEDGPRAMNHLSLTRGLSRTSMKPRSSRGSIFTFRR--RD 480 490 500 510 520 530 520 530 540 550 560 pF1KE2 ISLPEGVTDD-GVFPGDHESHRGSLL----LGGGAGQQGPLPRSPLP-------QPSNPD .. .:: . :. :::. ::: : ..: : : . : . :. : NP_932 LGSEADFADDENSTAGESESHHTSLLVPWPLRRTSAQGQPSPGTSAPGHALHGKKNSTVD 540 550 560 570 580 590 570 580 590 600 pF1KE2 SRH-------GEDEHQPPPTSELAPGAVD------VSAFDAGQKKTFLS----AEYLDEP :. : : . : : .. . . . : . . : .. ..:: NP_932 CNGVVSLLGAGDPEATSPGSHLLRPVMLEHPPDTTTPSEEPGGPQMLTSQAPCVDGFEEP 600 610 620 630 640 650 610 620 630 640 650 660 pF1KE2 FRAQRAMSVVSIITSVLEELEESEQKCPPCLTSLSQKYLIWDCCPMWVKLKTILFGLVTD :::.:.::..::.:::::::..::::: . :.:.::::.:::.:...: . .: : NP_932 GARQRALSAVSVLTSALEELEESRHKCPPCWNRLAQRYLIWECCPLWMSIKQGVKLVVMD 660 670 680 690 700 710 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pF1KE2 GEVNNLQVALARIQV---FGHRTKQALCSFFSRSCPFPQPKA---EPEL--VVKLPLSSS :.::::.:::::: : .:: .: . :. : .: : . .: . : : NP_932 REMNNLQLALARIQRGLRFVKRTTWDFCCGLLRQRP-QKPAALAAQGQLPSCIATPYSPP 960 970 980 990 1000 1010 960 970 980 990 1000 1010 pF1KE2 KAENHIAANTARGSS--GGLQAPRG-PRDEHSDFIANPTVWVSVPIAEGESDLDDLEDD- :.. . : . . : : .: : : . : : :::: .::: :: :.: NP_932 PPETEKVPPTRKETRFEEGEQPGQGTPGDPE------P---VCVPIAVAESDTDDQEEDE 1020 1030 1040 1050 1060 1020 1030 1040 1050 1060 pF1KE2 ----GGEDAQSFQQEVIPKGQQEQLQQVERCGDHLTPRSPGTGTSSEDLAPSLGETWKDE : :. .: ::: : . . : .... . . . .: . : . . :: : NP_932 ENSLGTEEESSKQQESQPVSGGPEAPPDSRTWSQVSATASSEAEASASQA-DWRQQWKAE 1070 1080 1090 1100 1110 1120 1070 1080 1090 1100 1110 1120 pF1KE2 SVPQVPAEG-VDDTSSSEGSTVDCLDPEEILRKIPELADDLEEPDDCFTEGCIRHCPCCK ::.:. : . . : :::::.: . :.:..::.:..:...:.:::::::.:.:::: NP_932 --PQAPGCGETPEDSCSEGSTADMTNTAELLEQIPDLGQDVKDPEDCFTEGCVRRCPCCA 1130 1140 1150 1160 1170 1180 1130 1140 1150 1160 1170 1180 pF1KE2 LDTTKSPWDVGWQVRKTCYRIVEHSWFESFIIFMILLSSGSLAFEDYYLDQKPTVKALLE .:::..: : :..:::::.::::::::.:::::::::::.::::: ::... :.:.::: NP_932 VDTTQAPGKVWWRLRKTCYHIVEHSWFETFIIFMILLSSGALAFEDIYLEERKTIKVLLE 1190 1200 1210 1220 1230 1240 1190 1200 1210 1220 1230 1240 pF1KE2 YTDRVFTFIFVFEMLLKWVAYGFKKYFTNAWCWLDFLIVNISLISLTAKILEYSEVAPIK :.:..::..::.:::::::::::::::::::::::::::..::.::.:. : ..:..::: NP_932 YADKMFTYVFVLEMLLKWVAYGFKKYFTNAWCWLDFLIVDVSLVSLVANTLGFAEMGPIK 1250 1260 1270 1280 1290 1300 1250 1260 1270 1280 1290 1300 pF1KE2 ALRTLRALRPLRALSRFEGMRVVVDALVGAIPSIMNVLLVCLIFWLIFSIMGVNLFAGKF .:::::::::::::::::::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_932 SLRTLRALRPLRALSRFEGMRVVVNALVGAIPSIMNVLLVCLIFWLIFSIMGVNLFAGKF 1310 1320 1330 1340 1350 1360 1310 1320 1330 1340 1350 1360 pF1KE2 WRCINYTDGEFSLVPLSIVNNKSDCKIQNSTGSFFWVNVKVNFDNVAMGYLALLQVATFK :::: :.:.. : .::::::.:. : :: ..:..::::::::. :::::::::::: NP_932 GRCINQTEGDLPL-NYTIVNNKSQCESLNLTGELYWTKVKVNFDNVGAGYLALLQVATFK 1370 1380 1390 1400 1410 1370 1380 1390 1400 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1650 1610 1620 1630 1640 1650 1660 pF1KE2 FNIGLLLFLVMFIYSIFGMSSFPHVRWEAGIDDMFNFQTFANSMLCLFQITTSAGWDGLL :::::::::::::::::::..: .:.:::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_932 FNIGLLLFLVMFIYSIFGMANFAYVKWEAGIDDMFNFQTFANSMLCLFQITTSAGWDGLL 1660 1670 1680 1690 1700 1710 1670 1680 1690 1700 1710 1720 pF1KE2 SPILNTGPPYCDPNLPNSNGTRGDCGSPAVGIIFFTTYIIISFLIVVNMYIAVILENFNV :::::::::::::.::::::.:::::::::::.:::::::::::::::::::.:::::.: NP_932 SPILNTGPPYCDPTLPNSNGSRGDCGSPAVGILFFTTYIIISFLIVVNMYIAIILENFSV 1720 1730 1740 1750 1760 1770 1730 1740 1750 1760 1770 1780 pF1KE2 ATEESTEPLSEDDFDMFYETWEKFDPEATQFITFSALSDFADTLSGPLRIPKPNRNILIQ ::::::::::::::::::: :::::::::::: .:.::::::.:: :::: :::. ::. NP_932 ATEESTEPLSEDDFDMFYEIWEKFDPEATQFIEYSVLSDFADALSEPLRIAKPNQISLIN 1780 1790 1800 1810 1820 1830 1790 1800 1810 1820 1830 1840 pF1KE2 MDLPLVPGDKIHCLDILFAFTKNVLGESGELDSLKANMEEKFMATNLSKSSYEPIATTLR ::::.: ::.:::.:::::::: :::::::.:.:: .:::::::.: :: :::::.:::: NP_932 MDLPMVSGDRIHCMDILFAFTKRVLGESGEMDALKIQMEEKFMAANPSKISYEPITTTLR 1840 1850 1860 1870 1880 1890 1850 1860 1870 1880 1890 1900 pF1KE2 WKQEDISATVIQKAYRSYVLHRSMALSNTPCVPRA-----EEEAASLPD-EGFVAFTANE :.:..:: :::.:.: ..:.::. .. .: ::.: :. ::..:.. .: NP_932 RKHEEVSAMVIQRAFRRHLLQRSLKHASFLFRQQAGSGLSEEDA---PEREGLIAYVMSE 1900 1910 1920 1930 1940 1950 1910 1920 1930 1940 1950 pF1KE2 NC---VLPDKSETASATSFPPSYESVTRGLSDRVNMRTSSSIQNEDEATSMELIAPGP : . : .: . :.:::::::.::::. :: ...: :. ..:: : NP_932 NFSRPLGPPSSSSISSTSFPPSYDSVTRATSDNLQVRGSDYSHSEDLADFPPSPDRDRES 1960 1970 1980 1990 2000 2010 NP_932 IV >>XP_011532293 (OMIM: 113900,272120,600163,601144,601154 (2015 aa) initn: 6898 init1: 2162 opt: 6003 Z-score: 4936.0 bits: 926.8 E(85289): 0 Smith-Waterman score: 7959; 62.8% identity (80.6% similar) in 2007 aa overlap (21-1946:21-2001) 10 20 30 40 50 pF1KE2 MEFPIGSLETNNFRRFTPESLVEIEKQIAAKQ--GTKKAREKHREQKDQEEKPRPQLDLK :. :::..: :: :. .:. :: .:: :::::::. 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