FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE0088, 905 aa 1>>>pF1KE0088 905 - 905 aa - 905 aa Library: /omim/omim.rfq.tfa 60827320 residues in 85289 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.3409+/-0.000534; mu= 20.5301+/- 0.033 mean_var=67.2193+/-13.167, 0's: 0 Z-trim(107.6): 148 B-trim: 0 in 0/51 Lambda= 0.156433 statistics sampled from 15524 (15687) to 15524 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.526), E-opt: 0.2 (0.184), width: 16 Scan time: 10.500 The best scores are: opt bits E(85289) NP_783300 (OMIM: 138245) glutamate receptor ionotr ( 905) 5990 1361.9 0 XP_005261001 (OMIM: 138245) PREDICTED: glutamate r ( 903) 5677 1291.3 0 NP_001317922 (OMIM: 138245) glutamate receptor ion ( 934) 5670 1289.7 0 NP_001307550 (OMIM: 138245) glutamate receptor ion ( 763) 4793 1091.7 0 NP_068775 (OMIM: 138244,611092) glutamate receptor ( 908) 4753 1082.8 0 XP_005267002 (OMIM: 138244,611092) PREDICTED: glut ( 908) 4753 1082.8 0 NP_786944 (OMIM: 138244,611092) glutamate receptor ( 869) 4683 1067.0 0 XP_011534080 (OMIM: 138244,611092) PREDICTED: glut ( 869) 4683 1067.0 0 NP_001159719 (OMIM: 138244,611092) glutamate recep ( 892) 4683 1067.0 0 XP_011534079 (OMIM: 138244,611092) PREDICTED: glut ( 892) 4683 1067.0 0 XP_005267003 (OMIM: 138244,611092) PREDICTED: glut ( 859) 4674 1064.9 0 NP_000822 (OMIM: 138243) glutamate receptor ionotr ( 919) 4512 1028.4 0 XP_016866270 (OMIM: 138244,611092) PREDICTED: glut ( 707) 3760 858.6 0 NP_001307545 (OMIM: 138245) glutamate receptor ion ( 920) 3330 761.6 0 NP_000821 (OMIM: 138245) glutamate receptor ionotr ( 918) 3017 691.0 7e-198 NP_001317923 (OMIM: 138245) glutamate receptor ion ( 949) 3010 689.4 2.2e-197 XP_016866271 (OMIM: 138244,611092) PREDICTED: glut ( 601) 3003 687.7 4.4e-197 NP_001307559 (OMIM: 138245) glutamate receptor ion ( 410) 2671 612.7 1.1e-174 NP_001307547 (OMIM: 138245) glutamate receptor ion ( 781) 2615 600.2 1.3e-170 NP_002079 (OMIM: 600283) glutamate receptor ionotr ( 980) 2429 558.3 6.6e-158 XP_005258878 (OMIM: 600283) PREDICTED: glutamate r ( 980) 2429 558.3 6.6e-158 XP_011525164 (OMIM: 600283) PREDICTED: glutamate r ( 981) 2418 555.8 3.7e-157 NP_001287959 (OMIM: 600283) glutamate receptor ion ( 981) 2402 552.2 4.5e-156 XP_011525165 (OMIM: 600283) PREDICTED: glutamate r ( 981) 2402 552.2 4.5e-156 XP_011525167 (OMIM: 600283) PREDICTED: glutamate r ( 982) 2391 549.7 2.5e-155 XP_011525169 (OMIM: 600283) PREDICTED: glutamate r ( 913) 2375 546.1 2.9e-154 XP_011525170 (OMIM: 600283) PREDICTED: glutamate r ( 901) 2364 543.6 1.6e-153 XP_016882202 (OMIM: 600283) PREDICTED: glutamate r ( 914) 2364 543.6 1.6e-153 NP_001269399 (OMIM: 600282) glutamate receptor ion ( 956) 2315 532.6 3.6e-150 NP_055434 (OMIM: 600282) glutamate receptor ionotr ( 956) 2315 532.6 3.6e-150 XP_011535937 (OMIM: 138248) PREDICTED: glutamate r ( 886) 2061 475.2 6.1e-133 NP_001107655 (OMIM: 138248) glutamate receptor 1 i ( 906) 2061 475.2 6.2e-133 NP_001244951 (OMIM: 138248) glutamate receptor 1 i ( 916) 2061 475.2 6.2e-133 NP_000818 (OMIM: 138248) glutamate receptor 1 isof ( 906) 2059 474.8 8.4e-133 NP_001244950 (OMIM: 138248) glutamate receptor 1 i ( 916) 2059 474.8 8.5e-133 XP_011541089 (OMIM: 600282) PREDICTED: glutamate r ( 702) 2038 470.0 1.8e-131 XP_011541088 (OMIM: 600282) PREDICTED: glutamate r ( 714) 2038 470.0 1.8e-131 XP_011541077 (OMIM: 138246) PREDICTED: glutamate r ( 884) 2033 468.9 4.8e-131 XP_006718886 (OMIM: 138246) PREDICTED: glutamate r ( 902) 2033 468.9 4.9e-131 XP_005271575 (OMIM: 138246) PREDICTED: glutamate r ( 902) 2033 468.9 4.9e-131 XP_011541086 (OMIM: 600282) PREDICTED: glutamate r ( 902) 2031 468.4 6.7e-131 NP_001070711 (OMIM: 138246) glutamate receptor 4 i ( 884) 2023 466.6 2.3e-130 NP_000820 (OMIM: 138246) glutamate receptor 4 isof ( 902) 2023 466.6 2.3e-130 NP_001269402 (OMIM: 600282) glutamate receptor ion ( 765) 2017 465.2 5.2e-130 XP_016864882 (OMIM: 138248) PREDICTED: glutamate r ( 837) 1995 460.3 1.8e-128 NP_001244952 (OMIM: 138248) glutamate receptor 1 i ( 837) 1993 459.9 2.4e-128 XP_016864881 (OMIM: 138248) PREDICTED: glutamate r ( 846) 1957 451.7 6.8e-126 NP_015564 (OMIM: 300699,305915) glutamate receptor ( 894) 1951 450.4 1.8e-125 NP_000819 (OMIM: 300699,305915) glutamate receptor ( 894) 1948 449.7 2.9e-125 NP_000817 (OMIM: 138247) glutamate receptor 2 isof ( 883) 1945 449.0 4.6e-125 >>NP_783300 (OMIM: 138245) glutamate receptor ionotropic (905 aa) initn: 5990 init1: 5990 opt: 5990 Z-score: 7299.8 bits: 1361.9 E(85289): 0 Smith-Waterman score: 5990; 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97.6% identity (98.4% similar) in 748 aa overlap (158-905:18-763) 130 140 150 160 170 180 pF1KE0 VPHIQTRWKHPSVDNKDLFYINLYPDYAAISRAILDLVLYYNWKTVTVVYEDSTGLIRLQ : :.: .. : .:. : . :::::: NP_001 MEHGTLLAQPGLWTRDTSWALLYFLCYILPQTAPQVLR--IGLIRLQ 10 20 30 40 190 200 210 220 230 240 pF1KE0 ELIKAPSRYNIKIKIRQLPSGNKDAKPLLKEMKKGKEFYVIFDCSHETAAEILKQILFMG :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_001 ELIKAPSRYNIKIKIRQLPSGNKDAKPLLKEMKKGKEFYVIFDCSHETAAEILKQILFMG 50 60 70 80 90 100 250 260 270 280 290 300 pF1KE0 MMTEYYHYFFTTLDLFALDLELYRYSGVNMTGFRLLNIDNPHVSSIIEKWSMERLQAPPR :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_001 MMTEYYHYFFTTLDLFALDLELYRYSGVNMTGFRLLNIDNPHVSSIIEKWSMERLQAPPR 110 120 130 140 150 160 310 320 330 340 350 360 pF1KE0 PETGLLDGMMTTEAALMYDAVYMVAIASHRASQLTVSSLQCHRHKPWRLGPRFMNLIKEA :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_001 PETGLLDGMMTTEAALMYDAVYMVAIASHRASQLTVSSLQCHRHKPWRLGPRFMNLIKEA 170 180 190 200 210 220 370 380 390 400 410 420 pF1KE0 RWDGLTGHITFNKTNGLRKDFDLDIISLKEEGTEKIGIWNSNSGLNMTDSNKDKSSNITD :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_001 RWDGLTGHITFNKTNGLRKDFDLDIISLKEEGTEKIGIWNSNSGLNMTDSNKDKSSNITD 230 240 250 260 270 280 430 440 450 460 470 480 pF1KE0 SLANRTLIVTTILEEPYVMYRKSDKPLYGNDRFEGYCLDLLKELSNILGFIYDVKLVPDG :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_001 SLANRTLIVTTILEEPYVMYRKSDKPLYGNDRFEGYCLDLLKELSNILGFIYDVKLVPDG 290 300 310 320 330 340 490 500 510 520 530 540 pF1KE0 KYGAQNDKGEWNGMVKELIDHRADLAVAPLTITYVREKVIDFSKPFMTLGISILYRKPNG :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_001 KYGAQNDKGEWNGMVKELIDHRADLAVAPLTITYVREKVIDFSKPFMTLGISILYRKPNG 350 360 370 380 390 400 550 560 570 580 590 600 pF1KE0 TNPGVFSFLNPLSPDIWMYVLLACLGVSCVLFVIARFTPYEWYNPHPCNPDSDVVENNFT :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_001 TNPGVFSFLNPLSPDIWMYVLLACLGVSCVLFVIARFTPYEWYNPHPCNPDSDVVENNFT 410 420 430 440 450 460 610 620 630 640 650 660 pF1KE0 LLNSFWFGVGALMQQGSELMPKALSTRIVGGIWWFFTLIIISSYTANLAAFLTVERMESP :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_001 LLNSFWFGVGALMQQGSELMPKALSTRIVGGIWWFFTLIIISSYTANLAAFLTVERMESP 470 480 490 500 510 520 670 680 690 700 710 720 pF1KE0 IDSADDLAKQTKIEYGAVRDGSTMTFFKKSKISTYEKMWAFMSSRQQTALVRNSDEGIQR :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_001 IDSADDLAKQTKIEYGAVRDGSTMTFFKKSKISTYEKMWAFMSSRQQTALVRNSDEGIQR 530 540 550 560 570 580 730 740 750 760 770 780 pF1KE0 VLTTDYALLMESTSIEYVTQRNCNLTQIGGLIDSKGYGVGTPIGSPYRDKITIAILQLQE :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_001 VLTTDYALLMESTSIEYVTQRNCNLTQIGGLIDSKGYGVGTPIGSPYRDKITIAILQLQE 590 600 610 620 630 640 790 800 810 820 830 840 pF1KE0 EGKLHMMKEKWWRGNGCPEEDNKEASALGVENIGGIFIVLAAGLVLSVFVAIGEFIYKSR :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_001 EGKLHMMKEKWWRGNGCPEEDNKEASALGVENIGGIFIVLAAGLVLSVFVAIGEFIYKSR 650 660 670 680 690 700 850 860 870 880 890 900 pF1KE0 KNNDIEQCLSFNAIMEELGISLKNQKKIKKKSRTKGKSSFTSILTCHQRRTQRKETVA :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_001 KNNDIEQCLSFNAIMEELGISLKNQKKIKKKSRTKGKSSFTSILTCHQRRTQRKETVA 710 720 730 740 750 760 >>NP_068775 (OMIM: 138244,611092) glutamate receptor ion (908 aa) initn: 4721 init1: 2450 opt: 4753 Z-score: 5791.0 bits: 1082.8 E(85289): 0 Smith-Waterman score: 4753; 78.2% identity (92.4% similar) in 904 aa overlap (6-905:7-908) 10 20 30 40 50 pF1KE0 MEHGTLLAQPGLWTRDTSWALLYFLCYILPQTAPQVLRIGGIFETVENEPVNVEELAFK .:..: . : : :: .: : . .:::.::::: ::. :...:::::. 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XP_011 MKIIFPILSNPVF--RRTVKLLLCLLWIGYSQGTTHVLRFGGIFEYVESGPMGAEELAFR 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 pF1KE0 FAVTSINRNRTLMPNTTLTYDIQRINLFDSFEASRRACDQLALGVAALFGPSHSSSVSAV :::..:::::::.:::::::: :.:::.::::::..:::::.:::::.::::::::..:: XP_011 FAVNTINRNRTLLPNTTLTYDTQKINLYDSFEASKKACDQLSLGVAAIFGPSHSSSANAV 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 pF1KE0 QSICNALEVPHIQTRWKHPSVDNKDLFYINLYPDYAAISRAILDLVLYYNWKTVTVVYED ::::::: :::::::::: :::: ::..::::....:::::::: ...::::::::.: XP_011 QSICNALGVPHIQTRWKHQVSDNKDSFYVSLYPDFSSLSRAILDLVQFFKWKTVTVVYDD 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 pF1KE0 STGLIRLQELIKAPSRYNIKIKIRQLPSGNKDAKPLLKEMKKGKEFYVIFDCSHETAAEI ::::::::::::::::::...::::::. .:::::::::::.::::.:::::::: :: : XP_011 STGLIRLQELIKAPSRYNLRLKIRQLPADTKDAKPLLKEMKRGKEFHVIFDCSHEMAAGI 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 pF1KE0 LKQILFMGMMTEYYHYFFTTLDLFALDLELYRYSGVNMTGFRLLNIDNPHVSSIIEKWSM ::: : ::::::::::.::::::::::.: ::::::::::::.:: .: .:::::::::: XP_011 LKQALAMGMMTEYYHYIFTTLDLFALDVEPYRYSGVNMTGFRILNTENTQVSSIIEKWSM 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 pF1KE0 ERLQAPPRPETGLLDGMMTTEAALMYDAVYMVAIASHRASQLTVSSLQCHRHKPWRLGPR :::::::.:..:::::.:::.::::::::..:..: .. :.:::::::.::::::.: : XP_011 ERLQAPPKPDSGLLDGFMTTDAALMYDAVHVVSVAVQQFPQMTVSSLQCNRHKPWRFGTR 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 pF1KE0 FMNLIKEARWDGLTGHITFNKTNGLRKDFDLDIISLKEEGTEKIGIWNSNSGLNMTDSNK ::.:::::.:.::::.:::::::::: :::::.::::::: :::: :. ::::::.:.: XP_011 FMSLIKEAHWEGLTGRITFNKTNGLRTDFDLDVISLKEEGLEKIGTWDPASGLNMTESQK 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 pF1KE0 DKSSNITDSLANRTLIVTTILEEPYVMYRKSDKPLYGNDRFEGYCLDLLKELSNILGFIY : .::::::.::.::::::::::::...::::::::::::::::.:::.:::.:::: : XP_011 GKPANITDSLSNRSLIVTTILEEPYVLFKKSDKPLYGNDRFEGYCIDLLRELSTILGFTY 420 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 530 pF1KE0 DVKLVPDGKYGAQND-KGEWNGMVKELIDHRADLAVAPLTITYVREKVIDFSKPFMTLGI ...:: :::::::.: .:.:::::.:::::.::::::::.:::::::::::::::::::: XP_011 EIRLVEDGKYGAQDDANGQWNGMVRELIDHKADLAVAPLAITYVREKVIDFSKPFMTLGI 480 490 500 510 520 530 540 550 560 570 580 590 pF1KE0 SILYRKPNGTNPGVFSFLNPLSPDIWMYVLLACLGVSCVLFVIARFTPYEWYNPHPCNPD ::::::::::::::::::::::::::::.::: :::::::::::::.::::::::::::: XP_011 SILYRKPNGTNPGVFSFLNPLSPDIWMYILLAYLGVSCVLFVIARFSPYEWYNPHPCNPD 540 550 560 570 580 590 600 610 620 630 640 650 pF1KE0 SDVVENNFTLLNSFWFGVGALMQQGSELMPKALSTRIVGGIWWFFTLIIISSYTANLAAF :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: XP_011 SDVVENNFTLLNSFWFGVGALMQQGSELMPKALSTRIVGGIWWFFTLIIISSYTANLAAF 600 610 620 630 640 650 660 670 680 690 700 710 pF1KE0 LTVERMESPIDSADDLAKQTKIEYGAVRDGSTMTFFKKSKISTYEKMWAFMSSRQQTALV :::::::::::::::::::::::::::.::.:::::::::::::.:::::::::.:..:: XP_011 LTVERMESPIDSADDLAKQTKIEYGAVEDGATMTFFKKSKISTYDKMWAFMSSRRQSVLV 660 670 680 690 700 710 720 730 740 750 760 770 pF1KE0 RNSDEGIQRVLTTDYALLMESTSIEYVTQRNCNLTQIGGLIDSKGYGVGTPIGSPYRDKI ....::::::::.:::.:::::.::.:::::::::::::::::::::::::.:::::::: XP_011 KSNEEGIQRVLTSDYAFLMESTTIEFVTQRNCNLTQIGGLIDSKGYGVGTPMGSPYRDKI 720 730 740 750 760 770 780 790 800 810 820 830 pF1KE0 TIAILQLQEEGKLHMMKEKWWRGNGCPEEDNKEASALGVENIGGIFIVLAAGLVLSVFVA :::::::::::::::::::::::::::::..::::::::.:::::::::::::::::::: XP_011 TIAILQLQEEGKLHMMKEKWWRGNGCPEEESKEASALGVQNIGGIFIVLAAGLVLSVFVA 780 790 800 810 820 830 840 850 860 870 880 890 pF1KE0 IGEFIYKSRKNNDIEQCLSFNAIMEELGISLKNQKKIKKKSRTKGKSSFTSILTCHQRRT .:::.:::.:: ..:. 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