FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE5643, 472 aa 1>>>pF1KE5643 472 - 472 aa - 472 aa Library: /omim/omim.rfq.tfa 60827320 residues in 85289 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.0386+/-0.000783; mu= 11.8216+/- 0.048 mean_var=333.3324+/-66.434, 0's: 0 Z-trim(113.2): 2038 B-trim: 70 in 1/50 Lambda= 0.070248 statistics sampled from 20007 (22371) to 20007 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.605), E-opt: 0.2 (0.262), width: 16 Scan time: 6.700 The best scores are: opt bits E(85289) NP_003437 (OMIM: 300024) zinc finger protein 157 [ ( 506) 1415 158.4 4.2e-38 NP_001284553 (OMIM: 613910) zinc finger protein 48 ( 492) 1367 153.5 1.2e-36 NP_001070663 (OMIM: 611703) zinc finger protein 43 ( 470) 1314 148.1 4.9e-35 NP_085137 (OMIM: 611703) zinc finger protein 436 [ ( 470) 1314 148.1 4.9e-35 XP_016881886 (OMIM: 606427) PREDICTED: zinc finger ( 509) 1306 147.4 9e-35 XP_016881883 (OMIM: 606427) PREDICTED: zinc finger ( 509) 1306 147.4 9e-35 XP_016881885 (OMIM: 606427) PREDICTED: zinc finger ( 509) 1306 147.4 9e-35 XP_016881882 (OMIM: 606427) PREDICTED: zinc finger ( 509) 1306 147.4 9e-35 XP_016881884 (OMIM: 606427) PREDICTED: zinc finger ( 509) 1306 147.4 9e-35 XP_016881887 (OMIM: 606427) PREDICTED: zinc finger ( 509) 1306 147.4 9e-35 XP_006723122 (OMIM: 606427) PREDICTED: zinc finger ( 509) 1306 147.4 9e-35 XP_016881889 (OMIM: 606427) PREDICTED: zinc finger ( 509) 1306 147.4 9e-35 NP_997216 (OMIM: 606427) zinc finger protein 320 [ ( 509) 1306 147.4 9e-35 XP_016881888 (OMIM: 606427) PREDICTED: zinc finger ( 509) 1306 147.4 9e-35 NP_001166303 (OMIM: 612429) zinc finger protein 30 ( 568) 1301 146.9 1.3e-34 NP_443092 (OMIM: 612429) zinc finger protein 300 i ( 604) 1301 147.0 1.4e-34 XP_011536004 (OMIM: 612429) PREDICTED: zinc finger ( 609) 1301 147.0 1.4e-34 NP_001166302 (OMIM: 612429) zinc finger protein 30 ( 620) 1301 147.0 1.4e-34 NP_001273625 (OMIM: 194552) zinc finger protein 79 ( 474) 1291 145.8 2.5e-34 NP_001273626 (OMIM: 194552) zinc finger protein 79 ( 474) 1291 145.8 2.5e-34 NP_001309189 (OMIM: 194552) zinc finger protein 79 ( 474) 1291 145.8 2.5e-34 XP_006717342 (OMIM: 194552) PREDICTED: zinc finger ( 474) 1291 145.8 2.5e-34 NP_009066 (OMIM: 194552) zinc finger protein 79 is ( 498) 1291 145.8 2.6e-34 XP_016881867 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 650) 1277 144.6 7.8e-34 NP_689697 (OMIM: 613904) zinc finger protein 569 i ( 686) 1277 144.6 8e-34 XP_011524841 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 686) 1277 144.6 8e-34 XP_016881865 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 686) 1277 144.6 8e-34 XP_016881866 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 686) 1277 144.6 8e-34 XP_006723109 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 710) 1277 144.7 8.1e-34 XP_011524840 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 710) 1277 144.7 8.1e-34 XP_006723110 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 710) 1277 144.7 8.1e-34 XP_006723111 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 710) 1277 144.7 8.1e-34 XP_011540503 (OMIM: 611703) PREDICTED: zinc finger ( 452) 1267 143.3 1.3e-33 NP_001311078 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 ( 693) 1265 143.4 1.9e-33 NP_001311072 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 ( 693) 1265 143.4 1.9e-33 NP_001311074 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 ( 693) 1265 143.4 1.9e-33 NP_001311068 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 ( 693) 1265 143.4 1.9e-33 NP_001311070 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 ( 693) 1265 143.4 1.9e-33 NP_001311081 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 ( 693) 1265 143.4 1.9e-33 NP_001311086 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 ( 743) 1265 143.5 1.9e-33 NP_001311085 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 ( 745) 1265 143.5 1.9e-33 NP_001311076 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 ( 779) 1265 143.5 2e-33 NP_009061 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 is ( 779) 1265 143.5 2e-33 NP_700359 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 is ( 779) 1265 143.5 2e-33 NP_001311073 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 ( 779) 1265 143.5 2e-33 XP_016885306 (OMIM: 314995) PREDICTED: zinc finger ( 779) 1265 143.5 2e-33 NP_001311079 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 ( 779) 1265 143.5 2e-33 NP_001311069 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 ( 779) 1265 143.5 2e-33 NP_001311077 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 ( 781) 1265 143.5 2e-33 NP_001311071 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 ( 781) 1265 143.5 2e-33 >>NP_003437 (OMIM: 300024) zinc finger protein 157 [Homo (506 aa) initn: 6768 init1: 1184 opt: 1415 Z-score: 805.0 bits: 158.4 E(85289): 4.2e-38 Smith-Waterman score: 1415; 42.2% identity (71.8% similar) in 479 aa overlap (5-470:24-492) 10 20 30 40 pF1KE5 MNNSQGRVTFEDVTVNFTQGEWQRLNPEQRNLYRDVMLENY .: :.::::.:.::. ::.::.: ::....:::::.: NP_003 MPANGTSPQRFPALIPGEPGRSFEGSVSFEDVAVDFTRQEWHRLDPAQRTMHKDVMLETY 10 20 30 40 50 60 50 60 70 80 90 pF1KE5 SNLVSVGQGETTKPDVILRLEQGKEPWLEEEEVLGSGRAEK------NGDIGGQIWKPKD :::.::: ..::..:..::.:.: :. ::: : : . . ::..: . . . 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NP_001 RSFGERSDLIKHQRTHTGEKPYECVQCGKGFTQSSNLITHQRVHTGEKPYECTECEKSFS 400 410 420 430 440 450 460 470 pF1KE5 DRSYLVRHQKRIHSR : :..: ::.:. NP_001 RSSALIKH-KRVHTD 460 470 >>NP_085137 (OMIM: 611703) zinc finger protein 436 [Homo (470 aa) initn: 3446 init1: 1187 opt: 1314 Z-score: 749.9 bits: 148.1 E(85289): 4.9e-35 Smith-Waterman score: 1329; 40.8% identity (68.9% similar) in 488 aa overlap (1-471:7-469) 10 20 30 40 pF1KE5 MNNSQGRVTFEDVTVNFTQGEWQRLNPEQRNLYRDVMLENYSNLVS-------- : .::. :::::... .:. ::. :. ::.:::::: :::.:.:: NP_085 MAATLLMAGSQAPVTFEDMAMYLTREEWRPLDAAQRDLYRDVMQENYGNVVSLDFEIRSE 10 20 30 40 50 60 50 60 70 80 90 pF1KE5 --VGQGETTKPDVIL-----RLEQGKEPWLEEEEVLGSG-RAEKN-GDIGGQIWKPKDVK :. . . :: . : .. : : :: . :: :.:.. ::. .. : .. NP_085 NEVNPKQEISEDVQFGTTSERPAENAEENPESEEGFESGDRSERQWGDLTAEEWVSYPLQ 70 80 90 100 110 120 100 110 120 130 140 150 pF1KE5 ESLAREVPSINKETLTTQKGVECDGSKKILPLGIDDVSSLQHYVQNNSHDDNGYRKLVGN : .::. : . :. : . ...:.: : :. . .:. NP_085 PVTDLLV---HKEVHTGIRYHICSHCGKAF----SQISDL------NRHQ----KTHTGD 130 140 150 160 160 170 180 190 200 210 pF1KE5 NPSKFVGQQLKCNACRKLFSSKSRLQSHLRRHACQKPFECHSCGRAFGEKWKLDKHQKTH : :: : : :: .:.: .: : :. ..:..:. ::..::.. .: .:: : NP_085 RP-------YKCYECGKGFSRSSHLIQHQRTHTGERPYDCNECGKSFGRSSHLIQHQTIH 170 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 pF1KE5 AEERPYKCENCGNAYKQKSNLFQHQKMHTKEKPYQCKTCGKAFSWKSSCINHEKIHNAKK . :.:.::..::... . :.:.:::. :. ::::.:. :::.:: .: .:.. :...: NP_085 TGEKPHKCNECGKSFCRLSHLIQHQRTHSGEKPYECEECGKSFSRSSHLAQHQRTHTGEK 220 230 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 pF1KE5 SYQCNECEKSFRQNSTLIQHKKVHTGQKPFQCTDCGKAFIYKSDLVKHQRIHTGEKPYKC :.:::: ..: . : ::.: .::::..:..: .::: : .::::.:.: :::::::.: NP_085 PYECNECGRGFSERSDLIKHYRVHTGERPYKCDECGKNFSQNSDLVRHRRAHTGEKPYHC 280 290 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 pF1KE5 SICEKAFSQKSNVIDHEKIHTGKRAYECDLCGNTFIQKKNLIQHKKIHTGEKPYECNRCG . : . ::. :....:.. :::.. :::. ::..: ....:: :.::::::::::::.: NP_085 NECGENFSRISHLVQHQRTHTGEKPYECNACGKSFSRSSHLITHQKIHTGEKPYECNECW 340 350 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 pF1KE5 KAFFQKSNLHSHQKTHSGERTYRCSECGKTFIRKLNLSLHKKTHTGQKPYGCSECGKAFA ..: ..:.: .::.::.::. :.: .::: : .. :: :...:::.::: :.:: :.:. NP_085 RSFGERSDLIKHQRTHTGEKPYECVQCGKGFTQSSNLITHQRVHTGEKPYECTECEKSFS 400 410 420 430 440 450 460 470 pF1KE5 DRSYLVRHQKRIHSR : :..: ::.:. NP_085 RSSALIKH-KRVHTD 460 470 >>XP_016881886 (OMIM: 606427) PREDICTED: zinc finger pro (509 aa) initn: 2144 init1: 1148 opt: 1306 Z-score: 745.3 bits: 147.4 E(85289): 9e-35 Smith-Waterman score: 1317; 40.0% identity (69.2% similar) in 483 aa overlap (1-471:1-464) 10 20 30 40 50 60 pF1KE5 MNNSQGRVTFEDVTVNFTQGEWQRLNPEQRNLYRDVMLENYSNLVSVGQGETTKPDVILR : ::: .::.::...:.: ::. :.: ::.:::::::::: ::::. . ... XP_016 MALSQGLLTFRDVAIEFSQEEWKCLDPAQRTLYRDVMLENYRNLVSLDISSKCMMNTLSS 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 pF1KE5 LEQGKEPWLEEEEVLGSGRAEKNGDIGGQIWKPKDVKESLAREVPSINKETLTTQKGVEC ::. ::. .: ..... . ....... : . .: :... . 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XP_016 IHTGQKSYKCHQCGKVFSLRSLLAEHQKIPFGDNCFKCNEYSKPSSIN 470 480 490 500 >>XP_016881885 (OMIM: 606427) PREDICTED: zinc finger pro (509 aa) initn: 2144 init1: 1148 opt: 1306 Z-score: 745.3 bits: 147.4 E(85289): 9e-35 Smith-Waterman score: 1317; 40.0% identity (69.2% similar) in 483 aa overlap (1-471:1-464) 10 20 30 40 50 60 pF1KE5 MNNSQGRVTFEDVTVNFTQGEWQRLNPEQRNLYRDVMLENYSNLVSVGQGETTKPDVILR : ::: .::.::...:.: ::. :.: ::.:::::::::: ::::. . ... XP_016 MALSQGLLTFRDVAIEFSQEEWKCLDPAQRTLYRDVMLENYRNLVSLDISSKCMMNTLSS 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 pF1KE5 LEQGKEPWLEEEEVLGSGRAEKNGDIGGQIWKPKDVKESLAREVPSINKETLTTQKGVEC ::. ::. .: ..... . ....... : . .: :... . XP_016 TGQGNT------EVIHTGTLQRQASYHIGAFCSQEIEKDIHDFVFQW-QEDETNDHEAPM 70 80 90 100 110 130 140 150 160 pF1KE5 DGSKKILPLGIDDVSSLQHYVQNNSHDDNGYRKLVGNNPSKF-----------VGQQ-LK ::. .:: ..: : .. : . . :. :.: .:.. : XP_016 TEIKKL-------TSSTDRYDQRHA----GNKPIKGQLESRFHLHLRRHRRIHTGEKPYK 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 pF1KE5 CNACRKLFSSKSRLQSHLRRHACQKPFECHSCGRAFGEKWKLDKHQKTHAEERPYKCENC :. :.:.:: ::.:. : :. .::..:. : .:: . .: :: . : .. : :..: XP_016 CEECEKVFSCKSHLEIHRIIHTGEKPYKCKVCDKAFKHDSHLAKHTRIHRGDKHYTCNEC 170 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 pF1KE5 GNAYKQKSNLFQHQKMHTKEKPYQCKTCGKAFSWKSSCINHEKIHNAKKSYQCNECEKSF :... ::..: :.. :: ::::.:. :::.:: : . :...:...: :.:::: :.: XP_016 GKVFDQKATLACHHRSHTGEKPYKCNECGKTFSQTSHLVYHHRLHTGEKPYKCNECGKTF 230 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 pF1KE5 RQNSTLIQHKKVHTGQKPFQCTDCGKAFIYKSDLVKHQRIHTGEKPYKCSICEKAFSQKS .::.:. :: :::..::..:..:::.: .. :. :.:.:::::::.: :.:.::.:: XP_016 ARNSVLVIHKAVHTAEKPYKCNECGKVFKQRATLAGHRRVHTGEKPYRCEECDKVFSRKS 290 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 pF1KE5 NVIDHEKIHTGKRAYECDLCGNTFIQKKNLIQHKKIHTGEKPYECNRCGKAFFQKSNLHS .. :..::::.. :.: .: ..: . . : .:...::::.:: ::.:::.: :. : XP_016 HLERHRRIHTGEKPYKCKVCDKAFRSDSRLAEHQRVHTGERPYTCNECGKVFSTKAYLAC 350 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 pF1KE5 HQKTHSGERTYRCSECGKTFIRKLNLSLHKKTHTGQKPYGCSECGKAFADRSYLVRHQKR ::: :.::. :.: :: :..::: .: :.. :::.::. :..::::: . :.:.::: : XP_016 HQKLHTGEKLYECEECDKVYIRKSHLERHRRIHTGEKPHKCGDCGKAFNSPSHLIRHQ-R 410 420 430 440 450 460 470 pF1KE5 IHSR ::. 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