FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE1139, 397 aa 1>>>pF1KE1139 397 - 397 aa - 397 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.0843+/-0.00108; mu= 8.4540+/- 0.065 mean_var=109.6557+/-21.937, 0's: 0 Z-trim(106.0): 106 B-trim: 0 in 0/50 Lambda= 0.122478 statistics sampled from 8649 (8757) to 8649 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.636), E-opt: 0.2 (0.269), width: 16 Scan time: 2.160 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS32754.1 CYTH1 gene_id:9267|Hs108|chr17 ( 397) 2670 482.8 2.4e-136 CCDS42392.2 CYTH1 gene_id:9267|Hs108|chr17 ( 398) 2658 480.7 1e-135 CCDS5346.1 CYTH3 gene_id:9265|Hs108|chr7 ( 399) 2279 413.7 1.5e-115 CCDS12722.1 CYTH2 gene_id:9266|Hs108|chr19 ( 399) 2275 413.0 2.4e-115 CCDS13946.1 CYTH4 gene_id:27128|Hs108|chr22 ( 394) 1927 351.5 7.8e-97 CCDS6199.1 ARFGEF1 gene_id:10565|Hs108|chr8 (1849) 655 127.0 1.4e-28 CCDS13411.1 ARFGEF2 gene_id:10564|Hs108|chr20 (1785) 639 124.2 9.4e-28 CCDS33703.1 IQSEC1 gene_id:9922|Hs108|chr3 ( 963) 542 106.9 7.9e-23 CCDS74902.1 IQSEC1 gene_id:9922|Hs108|chr3 (1114) 542 107.0 9e-23 CCDS31725.1 IQSEC3 gene_id:440073|Hs108|chr12 ( 759) 526 104.1 4.6e-22 CCDS53728.1 IQSEC3 gene_id:440073|Hs108|chr12 (1182) 526 104.2 6.7e-22 CCDS35298.1 IQSEC2 gene_id:23096|Hs108|chrX ( 949) 496 98.8 2.2e-20 CCDS7533.1 GBF1 gene_id:8729|Hs108|chr10 (1859) 498 99.3 3.1e-20 CCDS48130.1 IQSEC2 gene_id:23096|Hs108|chrX (1488) 496 98.9 3.2e-20 CCDS33276.1 PSD4 gene_id:23550|Hs108|chr2 (1056) 389 79.9 1.2e-14 CCDS73187.1 PSD gene_id:5662|Hs108|chr10 ( 645) 382 78.6 1.8e-14 CCDS31272.1 PSD gene_id:5662|Hs108|chr10 (1024) 382 78.7 2.7e-14 CCDS4216.1 PSD2 gene_id:84249|Hs108|chr5 ( 771) 370 76.5 9.2e-14 CCDS34854.1 PSD3 gene_id:23362|Hs108|chr8 ( 513) 363 75.2 1.5e-13 CCDS43720.1 PSD3 gene_id:23362|Hs108|chr8 (1047) 363 75.3 2.8e-13 >>CCDS32754.1 CYTH1 gene_id:9267|Hs108|chr17 (397 aa) initn: 2670 init1: 2670 opt: 2670 Z-score: 2561.4 bits: 482.8 E(32554): 2.4e-136 Smith-Waterman score: 2670; 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84.2% identity (94.0% similar) in 399 aa overlap (1-395:1-399) 10 20 30 40 50 pF1KE1 MEEDDSY----VPSDLTAEERQELENIRRRKQELLADIQRLKDEIAEVANEIENLGSTEE :.:: . :: ::. :::.:: .:::::.::. ::.::: ::::: .::.:: :.:: CCDS53 MDEDGGGEGGGVPEDLSLEEREELLDIRRRKKELIDDIERLKYEIAEVMTEIDNLTSVEE 10 20 30 40 50 60 60 70 80 90 100 110 pF1KE1 RKNMQRNKQVAMGRKKFNMDPKKGIQFLIENDLLKNTCEDIAQFLYKGEGLNKTAIGDYL :. :::::.::::::::::::::::::::::::... ::.:::::::::::::.::::: CCDS53 SKTTQRNKQIAMGRKKFNMDPKKGIQFLIENDLLQSSPEDVAQFLYKGEGLNKTVIGDYL 70 80 90 100 110 120 120 130 140 150 160 170 pF1KE1 GERDEFNIQVLHAFVELHEFTDLNLVQALRQFLWSFRLPGEAQKIDRMMEAFAQRYCQCN ::::::::.::.::::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::.::: :: CCDS53 GERDEFNIKVLQAFVELHEFADLNLVQALRQFLWSFRLPGEAQKIDRMMEAFASRYCLCN 130 140 150 160 170 180 180 190 200 210 220 230 pF1KE1 NGVFQSTDTCYVLSFAIIMLNTSLHNPNVKDKPTVERFIAMNRGINDGGDLPEELLRNLY ::::::::::::::::::::::::: ::.::::.:::::::::::.::::::::::::: CCDS53 PGVFQSTDTCYVLSFAIIMLNTSLHNHNVRDKPTAERFIAMNRGINEGGDLPEELLRNLY 190 200 210 220 230 240 240 250 260 270 280 290 pF1KE1 ESIKNEPFKIPEDDGNDLTHTFFNPDREGWLLKLGGRVKTWKRRWFILTDNCLYYFEYTT :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS53 ESIKNEPFKIPEDDGNDLTHTFFNPDREGWLLKLGGRVKTWKRRWFILTDNCLYYFEYTT 250 260 270 280 290 300 300 310 320 330 340 350 pF1KE1 DKEPRGIIPLENLSIREVEDSKKPNCFELYIPDNKDQVIKACKTEADGRVVEGNHTVYRI :::::::::::::::::::: .:::::::: :..: :::::::::::::::::::.:::: CCDS53 DKEPRGIIPLENLSIREVEDPRKPNCFELYNPSHKGQVIKACKTEADGRVVEGNHVVYRI 310 320 330 340 350 360 360 370 380 390 pF1KE1 SAPTPEEKEEWIKCIKAAISRDPFYEMLAARKKKVSSTKRH :::.:::::::.: :::.:::::::.:::.::..... : CCDS53 SAPSPEEKEEWMKSIKASISRDPFYDMLATRKRRIANKK 370 380 390 >>CCDS12722.1 CYTH2 gene_id:9266|Hs108|chr19 (399 aa) initn: 2300 init1: 2275 opt: 2275 Z-score: 2184.2 bits: 413.0 E(32554): 2.4e-115 Smith-Waterman score: 2275; 83.0% identity (94.4% similar) in 395 aa overlap (3-397:2-396) 10 20 30 40 50 60 pF1KE1 MEEDDSYVPSDLTAEERQELENIRRRKQELLADIQRLKDEIAEVANEIENLGSTEERKNM :: : : ::: :::.:::::::::::::..::::..:..:. .:.:.: ..: :.. CCDS12 MEDGVYEPPDLTPEERMELENIRRRKQELLVEIQRLREELSEAMSEVEGLEANEGSKTL 10 20 30 40 50 70 80 90 100 110 120 pF1KE1 QRNKQVAMGRKKFNMDPKKGIQFLIENDLLKNTCEDIAQFLYKGEGLNKTAIGDYLGERD :::...::::::::::::::::::.::.::.:: :.::.::::::::::::::::::::. CCDS12 QRNRKMAMGRKKFNMDPKKGIQFLVENELLQNTPEEIARFLYKGEGLNKTAIGDYLGERE 60 70 80 90 100 110 130 140 150 160 170 180 pF1KE1 EFNIQVLHAFVELHEFTDLNLVQALRQFLWSFRLPGEAQKIDRMMEAFAQRYCQCNNGVF :.:. ::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: :: ::: CCDS12 ELNLAVLHAFVDLHEFTDLNLVQALRQFLWSFRLPGEAQKIDRMMEAFAQRYCLCNPGVF 120 130 140 150 160 170 190 200 210 220 230 240 pF1KE1 QSTDTCYVLSFAIIMLNTSLHNPNVKDKPTVERFIAMNRGINDGGDLPEELLRNLYESIK ::::::::::::.::::::::::::.::: .:::.:::::::.:::::::::::::.::. CCDS12 QSTDTCYVLSFAVIMLNTSLHNPNVRDKPGLERFVAMNRGINEGGDLPEELLRNLYDSIR 180 190 200 210 220 230 250 260 270 280 290 300 pF1KE1 NEPFKIPEDDGNDLTHTFFNPDREGWLLKLGGRVKTWKRRWFILTDNCLYYFEYTTDKEP :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS12 NEPFKIPEDDGNDLTHTFFNPDREGWLLKLGGRVKTWKRRWFILTDNCLYYFEYTTDKEP 240 250 260 270 280 290 310 320 330 340 350 360 pF1KE1 RGIIPLENLSIREVEDSKKPNCFELYIPDNKDQVIKACKTEADGRVVEGNHTVYRISAPT ::::::::::::::.: .::::::::::.:: :.::::::::::::::::: :::::::: CCDS12 RGIIPLENLSIREVDDPRKPNCFELYIPNNKGQLIKACKTEADGRVVEGNHMVYRISAPT 300 310 320 330 340 350 370 380 390 pF1KE1 PEEKEEWIKCIKAAISRDPFYEMLAARKKKVSSTKRH :::.:::: :.::.: ::::::::::::..: :.. CCDS12 QEEKDEWIKSIQAAVSVDPFYEMLAARKKRISVKKKQEQP 360 370 380 390 >>CCDS13946.1 CYTH4 gene_id:27128|Hs108|chr22 (394 aa) initn: 1925 init1: 1902 opt: 1927 Z-score: 1851.9 bits: 351.5 E(32554): 7.8e-97 Smith-Waterman score: 1927; 70.5% identity (89.4% similar) in 387 aa overlap (9-395:8-394) 10 20 30 40 50 60 pF1KE1 MEEDDSYVPSDLTAEERQELENIRRRKQELLADIQRLKDEIAEVANEIENLGSTEERKNM :..:.. : .::. :. ....:: :::.::::::.: .:. . :.:: . CCDS13 MDLCHPEPAELSSGETEELQRIKWHRKQLLEDIQKLKDEIADVFAQIDCFESAEESRMA 10 20 30 40 50 70 80 90 100 110 120 pF1KE1 QRNKQVAMGRKKFNMDPKKGIQFLIENDLLKNTCEDIAQFLYKGEGLNKTAIGDYLGERD :..:.. .::::::::: ::::..::. :: .:::.:::::::::::::: :::::: CCDS13 QKEKELCIGRKKFNMDPAKGIQYFIEHKLLTPDVQDIARFLYKGEGLNKTAIGTYLGERD 60 70 80 90 100 110 130 140 150 160 170 180 pF1KE1 EFNIQVLHAFVELHEFTDLNLVQALRQFLWSFRLPGEAQKIDRMMEAFAQRYCQCNNGVF .:.:::.:::. :::..::::::::::::::::::::::::::::::: ::: :: ::: CCDS13 PINLQVLQAFVDCHEFANLNLVQALRQFLWSFRLPGEAQKIDRMMEAFATRYCLCNPGVF 120 130 140 150 160 170 190 200 210 220 230 240 pF1KE1 QSTDTCYVLSFAIIMLNTSLHNPNVKDKPTVERFIAMNRGINDGGDLPEELLRNLYESIK :::::::::::.:::::::::::::.:.: :::..::::::.:.::::. ::::..::: CCDS13 QSTDTCYVLSFSIIMLNTSLHNPNVRDRPPFERFVSMNRGINNGSDLPEDQLRNLFDSIK 180 190 200 210 220 230 250 260 270 280 290 300 pF1KE1 NEPFKIPEDDGNDLTHTFFNPDREGWLLKLGGRVKTWKRRWFILTDNCLYYFEYTTDKEP .:::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:::::: CCDS13 SEPFSIPEDDGNDLTHTFFNPDREGWLLKLGGRVKTWKRRWFILTDNCLYYFEFTTDKEP 240 250 260 270 280 290 310 320 330 340 350 360 pF1KE1 RGIIPLENLSIREVEDSKKPNCFELYIPDNKDQVIKACKTEADGRVVEGNHTVYRISAPT ::::::::::...:.: ::: :.::: :. . : ::::::..:::::::.: ::::: . 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CCDS61 CLVSILKCMVEWSKDQYVNPNSQTTLGQEKPSEQEMSEIKHPETINRYGS--LNSLESTS 620 630 640 650 660 670 40 50 60 70 80 90 pF1KE1 DE-IAEVANEIENLGSTEERKNMQRNKQVA-MGRKKFNMDPKKGIQFLIENDLLKNTCED . :. .... . . :. . ....:.. .: :: ::.:::.: :. .: .: :: CCDS61 SSGIGSYSTQMSGTDNPEQFEVLKQQKEIIEQGIDLFNKKPKRGIQYLQEQGMLGTTPED 680 690 700 710 720 730 100 110 120 130 140 150 pF1KE1 IAQFLYKGEGLNKTAIGDYLGERDEFNIQVLHAFVELHEFTDLNLVQALRQFLWSFRLPG :::::.. : :..: .:..::. :.:: .:..:.:. :.:. ..:.:::.:: .::::: CCDS61 IAQFLHQEERLDSTQVGEFLGDNDKFNKEVMYAYVDQHDFSGKDFVSALRMFLEGFRLPG 740 750 760 770 780 790 160 170 180 190 200 210 pF1KE1 EAQKIDRMMEAFAQRYCQCNNG--VFQSTDTCYVLSFAIIMLNTSLHNPNVKDKPTVERF :::::::.:: :: :: .::.: .: :.:: :::...::::.:.::.:.::.: : :.. 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