Result of FASTA (omim) for
pFN21AE3496
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE3496, 1970 aa
1>>>pF1KE3496 1970 - 1970 aa - 1970 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
64092750 residues in 91774 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 19.6099+/-0.000698; mu= -39.3276+/- 0.044
mean_var=1222.3770+/-260.197, 0's: 0 Z-trim(119.1): 332 B-trim: 0 in 0/58
Lambda= 0.036684
statistics sampled from 33615 (33933) to 33615 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.645), E-opt: 0.2 (0.37), width: 16
Scan time: 10.610
The best scores are: opt bits E(91774)
NP_000928 (OMIM: 180660) DNA-directed RNA polymera (1970) 13279 721.1 2.9e-206
NP_008986 (OMIM: 264090,607694,614258) DNA-directe (1390) 1364 90.4 1.5e-16
XP_011521400 (OMIM: 164010,614961) charged multive ( 408) 977 69.4 9.3e-11
NP_001352825 (OMIM: 601234) nascent polypeptide-as (2078) 746 57.9 1.4e-06
NP_002448 (OMIM: 158370) mucin-2 precursor [Homo s (5289) 741 58.0 3.4e-06
NP_775082 (OMIM: 602372) zonadhesin isoform 6 prec (2721) 684 54.7 1.7e-05
NP_003377 (OMIM: 602372) zonadhesin isoform 3 prec (2812) 684 54.7 1.7e-05
NP_056240 (OMIM: 616404,616462) DNA-directed RNA p (1720) 648 52.6 4.5e-05
NP_001291288 (OMIM: 158373) mucin-5AC precursor [H (5654) 552 48.0 0.0036
NP_009096 (OMIM: 600796) splicing factor 3A subuni ( 464) 495 44.0 0.0048
XP_011514857 (OMIM: 602372) zonadhesin isoform X2 (2498) 528 46.4 0.0048
NP_001138422 (OMIM: 618194) soluble scavenger rece (1573) 504 44.9 0.0084
XP_011537078 (OMIM: 147920,602113) histone-lysine (5525) 527 46.7 0.0089
XP_006719679 (OMIM: 147920,602113) histone-lysine (5536) 527 46.7 0.0089
XP_005269219 (OMIM: 147920,602113) histone-lysine (5537) 527 46.7 0.0089
NP_003473 (OMIM: 147920,602113) histone-lysine N-m (5537) 527 46.7 0.0089
XP_006719677 (OMIM: 147920,602113) histone-lysine (5540) 527 46.7 0.0089
XP_011537076 (OMIM: 147920,602113) histone-lysine (5549) 527 46.7 0.0089
XP_011537075 (OMIM: 147920,602113) histone-lysine (5552) 527 46.7 0.0089
XP_011537074 (OMIM: 147920,602113) histone-lysine (5553) 527 46.7 0.0089
XP_011537073 (OMIM: 147920,602113) histone-lysine (5555) 527 46.7 0.0089
XP_011537072 (OMIM: 147920,602113) histone-lysine (5556) 527 46.7 0.0089
>>NP_000928 (OMIM: 180660) DNA-directed RNA polymerase I (1970 aa)
initn: 13279 init1: 13279 opt: 13279 Z-score: 3824.5 bits: 721.1 E(91774): 2.9e-206
Smith-Waterman score: 13279; 100.0% identity (100.0% similar) in 1970 aa overlap (1-1970:1-1970)
10 20 30 40 50 60
pF1KE3 MHGGGPPSGDSACPLRTIKRVQFGVLSPDELKRMSVTEGGIKYPETTEGGRPKLGGLMDP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 MHGGGPPSGDSACPLRTIKRVQFGVLSPDELKRMSVTEGGIKYPETTEGGRPKLGGLMDP
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE3 RQGVIERTGRCQTCAGNMTECPGHFGHIELAKPVFHVGFLVKTMKVLRCVCFFCSKLLVD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 RQGVIERTGRCQTCAGNMTECPGHFGHIELAKPVFHVGFLVKTMKVLRCVCFFCSKLLVD
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE3 SNNPKIKDILAKSKGQPKKRLTHVYDLCKGKNICEGGEEMDNKFGVEQPEGDEDLTKEKG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 SNNPKIKDILAKSKGQPKKRLTHVYDLCKGKNICEGGEEMDNKFGVEQPEGDEDLTKEKG
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE3 HGGCGRYQPRIRRSGLELYAEWKHVNEDSQEKKILLSPERVHEIFKRISDEECFVLGMEP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 HGGCGRYQPRIRRSGLELYAEWKHVNEDSQEKKILLSPERVHEIFKRISDEECFVLGMEP
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE3 RYARPEWMIVTVLPVPPLSVRPAVVMQGSARNQDDLTHKLADIVKINNQLRRNEQNGAAA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 RYARPEWMIVTVLPVPPLSVRPAVVMQGSARNQDDLTHKLADIVKINNQLRRNEQNGAAA
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE3 HVIAEDVKLLQFHVATMVDNELPGLPRAMQKSGRPLKSLKQRLKGKEGRVRGNLMGKRVD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 HVIAEDVKLLQFHVATMVDNELPGLPRAMQKSGRPLKSLKQRLKGKEGRVRGNLMGKRVD
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE3 FSARTVITPDPNLSIDQVGVPRSIAANMTFAEIVTPFNIDRLQELVRRGNSQYPGAKYII
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 FSARTVITPDPNLSIDQVGVPRSIAANMTFAEIVTPFNIDRLQELVRRGNSQYPGAKYII
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE3 RDNGDRIDLRFHPKPSDLHLQTGYKVERHMCDGDIVIFNRQPTLHKMSMMGHRVRILPWS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 RDNGDRIDLRFHPKPSDLHLQTGYKVERHMCDGDIVIFNRQPTLHKMSMMGHRVRILPWS
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KE3 TFRLNLSVTTPYNADFDGDEMNLHLPQSLETRAEIQELAMVPRMIVTPQSNRPVMGIVQD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 TFRLNLSVTTPYNADFDGDEMNLHLPQSLETRAEIQELAMVPRMIVTPQSNRPVMGIVQD
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550 560 570 580 590 600
pF1KE3 TLTAVRKFTKRDVFLERGEVMNLLMFLSTWDGKVPQPAILKPRPLWTGKQIFSLIIPGHI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 TLTAVRKFTKRDVFLERGEVMNLLMFLSTWDGKVPQPAILKPRPLWTGKQIFSLIIPGHI
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KE3 NCIRTHSTHPDDEDSGPYKHISPGDTKVVVENGELIMGILCKKSLGTSAGSLVHISYLEM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 NCIRTHSTHPDDEDSGPYKHISPGDTKVVVENGELIMGILCKKSLGTSAGSLVHISYLEM
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KE3 GHDITRLFYSNIQTVINNWLLIEGHTIGIGDSIADSKTYQDIQNTIKKAKQDVIEVIEKA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 GHDITRLFYSNIQTVINNWLLIEGHTIGIGDSIADSKTYQDIQNTIKKAKQDVIEVIEKA
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KE3 HNNELEPTPGNTLRQTFENQVNRILNDARDKTGSSAQKSLSEYNNFKSMVVSGAKGSKIN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 HNNELEPTPGNTLRQTFENQVNRILNDARDKTGSSAQKSLSEYNNFKSMVVSGAKGSKIN
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KE3 ISQVIAVVGQQNVEGKRIPFGFKHRTLPHFIKDDYGPESRGFVENSYLAGLTPTEFFFHA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 ISQVIAVVGQQNVEGKRIPFGFKHRTLPHFIKDDYGPESRGFVENSYLAGLTPTEFFFHA
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KE3 MGGREGLIDTAVKTAETGYIQRRLIKSMESVMVKYDATVRNSINQVVQLRYGEDGLAGES
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 MGGREGLIDTAVKTAETGYIQRRLIKSMESVMVKYDATVRNSINQVVQLRYGEDGLAGES
850 860 870 880 890 900
910 920 930 940 950 960
pF1KE3 VEFQNLATLKPSNKAFEKKFRFDYTNERALRRTLQEDLVKDVLSNAHIQNELEREFERMR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 VEFQNLATLKPSNKAFEKKFRFDYTNERALRRTLQEDLVKDVLSNAHIQNELEREFERMR
910 920 930 940 950 960
970 980 990 1000 1010 1020
pF1KE3 EDREVLRVIFPTGDSKVVLPCNLLRMIWNAQKIFHINPRLPSDLHPIKVVEGVKELSKKL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 EDREVLRVIFPTGDSKVVLPCNLLRMIWNAQKIFHINPRLPSDLHPIKVVEGVKELSKKL
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1030 1040 1050 1060 1070 1080
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 VIVNGDDPLSRQAQENATLLFNIHLRSTLCSRRMAEEFRLSGEAFDWLLGEIESKFNQAI
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1090 1100 1110 1120 1130 1140
pF1KE3 AHPGEMVGALAAQSLGEPATQMTLNTFHYAGVSAKNVTLGVPRLKELINISKKPKTPSLT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 AHPGEMVGALAAQSLGEPATQMTLNTFHYAGVSAKNVTLGVPRLKELINISKKPKTPSLT
1090 1100 1110 1120 1130 1140
1150 1160 1170 1180 1190 1200
pF1KE3 VFLLGQSARDAERAKDILCRLEHTTLRKVTANTAIYYDPNPQSTVVAEDQEWVNVYYEMP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 VFLLGQSARDAERAKDILCRLEHTTLRKVTANTAIYYDPNPQSTVVAEDQEWVNVYYEMP
1150 1160 1170 1180 1190 1200
1210 1220 1230 1240 1250 1260
pF1KE3 DFDVARISPWLLRVELDRKHMTDRKLTMEQIAEKINAGFGDDLNCIFNDDNAEKLVLRIR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 DFDVARISPWLLRVELDRKHMTDRKLTMEQIAEKINAGFGDDLNCIFNDDNAEKLVLRIR
1210 1220 1230 1240 1250 1260
1270 1280 1290 1300 1310 1320
pF1KE3 IMNSDENKMQEEEEVVDKMDDDVFLRCIESNMLTDMTLQGIEQISKVYMHLPQTDNKKKI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 IMNSDENKMQEEEEVVDKMDDDVFLRCIESNMLTDMTLQGIEQISKVYMHLPQTDNKKKI
1270 1280 1290 1300 1310 1320
1330 1340 1350 1360 1370 1380
pF1KE3 IITEDGEFKALQEWILETDGVSLMRVLSEKDVDPVRTTSNDIVEIFTVLGIEAVRKALER
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 IITEDGEFKALQEWILETDGVSLMRVLSEKDVDPVRTTSNDIVEIFTVLGIEAVRKALER
1330 1340 1350 1360 1370 1380
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pF1KE3 ELYHVISFDGSYVNYRHLALLCDTMTCRGHLMAITRHGVNRQDTGPLMKCSFEETVDVLM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 ELYHVISFDGSYVNYRHLALLCDTMTCRGHLMAITRHGVNRQDTGPLMKCSFEETVDVLM
1390 1400 1410 1420 1430 1440
1450 1460 1470 1480 1490 1500
pF1KE3 EAAAHGESDPMKGVSENIMLGQLAPAGTGCFDLLLDAEKCKYGMEIPTNIPGLGAAGPTG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 EAAAHGESDPMKGVSENIMLGQLAPAGTGCFDLLLDAEKCKYGMEIPTNIPGLGAAGPTG
1450 1460 1470 1480 1490 1500
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 MFFGSAPSPMGGISPAMTPWNQGATPAYGAWSPSVGSGMTPGAAGFSPSAASDASGFSPG
1510 1520 1530 1540 1550 1560
1570 1580 1590 1600 1610 1620
pF1KE3 YSPAWSPTPGSPGSPGPSSPYIPSPGGAMSPSYSPTSPAYEPRSPGGYTPQSPSYSPTSP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 YSPAWSPTPGSPGSPGPSSPYIPSPGGAMSPSYSPTSPAYEPRSPGGYTPQSPSYSPTSP
1570 1580 1590 1600 1610 1620
1630 1640 1650 1660 1670 1680
pF1KE3 SYSPTSPSYSPTSPNYSPTSPSYSPTSPSYSPTSPSYSPTSPSYSPTSPSYSPTSPSYSP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 SYSPTSPSYSPTSPNYSPTSPSYSPTSPSYSPTSPSYSPTSPSYSPTSPSYSPTSPSYSP
1630 1640 1650 1660 1670 1680
1690 1700 1710 1720 1730 1740
pF1KE3 TSPSYSPTSPSYSPTSPSYSPTSPSYSPTSPSYSPTSPSYSPTSPSYSPTSPSYSPTSPS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 TSPSYSPTSPSYSPTSPSYSPTSPSYSPTSPSYSPTSPSYSPTSPSYSPTSPSYSPTSPS
1690 1700 1710 1720 1730 1740
1750 1760 1770 1780 1790 1800
pF1KE3 YSPTSPNYSPTSPNYTPTSPSYSPTSPSYSPTSPNYTPTSPNYSPTSPSYSPTSPSYSPT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 YSPTSPNYSPTSPNYTPTSPSYSPTSPSYSPTSPNYTPTSPNYSPTSPSYSPTSPSYSPT
1750 1760 1770 1780 1790 1800
1810 1820 1830 1840 1850 1860
pF1KE3 SPSYSPSSPRYTPQSPTYTPSSPSYSPSSPSYSPTSPKYTPTSPSYSPSSPEYTPTSPKY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 SPSYSPSSPRYTPQSPTYTPSSPSYSPSSPSYSPTSPKYTPTSPSYSPSSPEYTPTSPKY
1810 1820 1830 1840 1850 1860
1870 1880 1890 1900 1910 1920
pF1KE3 SPTSPKYSPTSPKYSPTSPTYSPTTPKYSPTSPTYSPTSPVYTPTSPKYSPTSPTYSPTS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 SPTSPKYSPTSPKYSPTSPTYSPTTPKYSPTSPTYSPTSPVYTPTSPKYSPTSPTYSPTS
1870 1880 1890 1900 1910 1920
1930 1940 1950 1960 1970
pF1KE3 PKYSPTSPTYSPTSPKGSTYSPTSPGYSPTSPTYSLTSPAISPDDSDEEN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 PKYSPTSPTYSPTSPKGSTYSPTSPGYSPTSPTYSLTSPAISPDDSDEEN
1930 1940 1950 1960 1970
>>NP_008986 (OMIM: 264090,607694,614258) DNA-directed RN (1390 aa)
initn: 2203 init1: 656 opt: 1364 Z-score: 418.5 bits: 90.4 E(91774): 1.5e-16
Smith-Waterman score: 2501; 34.5% identity (62.0% similar) in 1493 aa overlap (16-1479:13-1368)
10 20 30 40 50
pF1KE3 MHGGGPPSGDSACPLRTIKRVQFGVLSPDELKRMSVTEGGIK--YPETTEGGRPKLGGLM
. :... ::. ::.:..... . : : . .. . : : :..
NP_008 MVKEQFRETDVAKKISHICFGMKSPEEMRQQAHIQVVSKNLYSQDNQHA-PLLYGVL
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KE3 DPRQGVIERTGRCQTCAGNMTECPGHFGHIELAKPVFHVGFLVKTMKVLRCVCFFCSKLL
: :.:. :. :.::. :...: ::.:.:.: : ::::.. .. .:. .: : ...
NP_008 DHRMGTSEKDRPCETCGKNLADCLGHYGYIDLELPCFHVGYFRAVIGILQMICKTCCHIM
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE3 VDSNNPK-IKDILAKSKG----QPKKRLTHVYDLCKGKNICEGGEEMDNKFGVEQPEGDE
..... : . : : : : : . .. : :. ::::. .. :. . :
NP_008 LSQEEKKQFLDYL-KRPGLTYLQKRGLKKKISDKCRKKNICHHCGAFN---GTVKKCGLL
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220
pF1KE3 DLTKEKGHGGCGRYQPRIR------RSGLELYAEWKHVNEDSQEKKILLSPERVHEIFKR
. .:: . . .: . ....: : . . .::. :.: : ..:::
NP_008 KIIHEKYKTNKKVVDPIVSNFLQSFETAIEHNKEVEPLLGRAQEN---LNPLVVLNLFKR
180 190 200 210 220
230 240 250 260 270 280
pF1KE3 ISDEECFVLGMEPRYARPEWMIVTVLPVPPLSVRPAVVMQ-GSARNQDDLTHKLADIVKI
: :. .: :.:. ..: .:.: : :::: .::.:: . :. :.:::: ::..:. .
NP_008 IPAEDVPLLLMNPEAGKPSDLILTRLLVPPLCIRPSVVSDLKSGTNEDDLTMKLTEIIFL
230 240 250 260 270 280
290 300 310 320 330 340
pF1KE3 NNQLRRNEQNGAAAHVIAEDVKLLQFHVATMVDNELPGLPRAMQKSGRPLKSLKQRLKGK
:. ..... .:: ...: :: .::.. : ....:: :.: : . . ... ::::::
NP_008 NDVIKKHRISGAKTQMIMEDWDFLQLQCALYINSELSGIPLNMAPK-KWTRGFVQRLKGK
290 300 310 320 330 340
350 360 370 380 390 400
pF1KE3 EGRVRGNLMGKRVDFSARTVITPDPNLSIDQVGVPRSIAANMTFAEIVTPFNIDRLQELV
.:: :::: :::::::.::::.::::: ::.:.:: .: .:: : :. ::. :..::
NP_008 QGRFRGNLSGKRVDFSGRTVISPDPNLRIDEVAVPVHVAKILTFPEKVNKANINFLRKLV
350 360 370 380 390 400
410 420 430 440 450 460
pF1KE3 RRGNSQYPGAKYII-RDNGDRIDLRFHPKPS-DLHLQTGYKVERHMCDGDIVIFNRQPTL
. : .:::..: : . . :.. . . .:. : ::::. :::.:.:::::.:
NP_008 QNGPEVHPGANFIQQRHTQMKRFLKYGNREKMAQELKYGDIVERHLIDGDVVLFNRQPSL
410 420 430 440 450 460
470 480 490 500 510 520
pF1KE3 HKMSMMGHRVRILPWSTFRLNLSVTTPYNADFDGDEMNLHLPQSLETRAEIQELAMVPRM
::.:.:.: .:. : :::.: : ::::::::::::::::::. :..:: : .
NP_008 HKLSIMAHLARVKPHRTFRFNECVCTPYNADFDGDEMNLHLPQTEEAKAEALVLMGTKAN
470 480 490 500 510 520
530 540 550 560 570
pF1KE3 IVTPQSNRPVMGIVQDTLTAVRKFTKRDVFLERGEVMNLLM-FLSTWDGKV----PQPAI
.:::....:... .:: ::.. .: .:.:..:... ... .: : :. : :.:
NP_008 LVTPRNGEPLIAAIQDFLTGAYLLTLKDTFFDRAKACQIIASILVGKDEKIKVRLPPPTI
530 540 550 560 570 580
580 590 600 610 620 630
pF1KE3 LKPRPLWTGKQIFSLII-PGHINCIRTHSTHPDDEDSGPYKHISPGDTKVVVENGELIMG
::: :::::::::.:. :. : .:.. . : . . .:. :...:.::. :
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:. .:
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.:: :. : :: :. . : . .:. : .:. ..:. : :
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:: . .:: :. ::.:. :. :. :. .:. :. .:. :. .::
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.:. :: : :. .:: :. . : .::.:. :: :. .:: .::.:. :
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: . : :. .:: :. .:: :. .:. : .:: . . .:: : .:: :
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. : :: . : : : : .:: .:: : .:: . : : . : :: .:
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: :. : . : :: .:: :: .:: : .: : .:: : : : .::
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:. .:
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310 320 330 340
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:. :.: .:.:::: :::::::. : ::: :: : ..
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. : : .. : ...:....:::. :.: : :.:: .::: : .: . .
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. . ... .: : .: :.:. : . :: : . :... . . : : ... : :
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.:. . : . :...::. :. . . :... ::
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:.:
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1720
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:. . . .:. : :: : . :. : :: . .. : : :: . .::. . ..
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: :: :. .: :: . .. : :: . .: ..:: ::. . : . . . .: :
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. : :.:. .:: :. : :: . : : :. : .: : ..: .:. : : :
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: : : :: . . :: : .:. :: : :: :. . :: . . :. : . ::.
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NP_009 VHPPAPGVHPPAPGVHPPAPGVHPPTSGVHPPAPGVHPPAPGVHPPAPGVHPPAPGVHPP
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