Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE2250
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE2250, 170 aa
1>>>pF1KE2250 170 - 170 aa - 170 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 4.9847+/-0.000665; mu= 13.7300+/- 0.040
mean_var=57.2267+/-11.422, 0's: 0 Z-trim(109.5): 60 B-trim: 10 in 1/51
Lambda= 0.169541
statistics sampled from 10886 (10951) to 10886 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.74), E-opt: 0.2 (0.336), width: 16
Scan time: 1.860
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS32532.1 UBE2G1 gene_id:7326|Hs108|chr17 ( 170) 1169 293.5 4.1e-80
CCDS6546.1 UBE2R2 gene_id:54926|Hs108|chr9 ( 238) 610 156.9 7.8e-39
CCDS13714.1 UBE2G2 gene_id:7327|Hs108|chr21 ( 165) 587 151.2 2.8e-37
CCDS12030.1 CDC34 gene_id:997|Hs108|chr19 ( 236) 579 149.3 1.5e-36
CCDS33586.1 UBE2G2 gene_id:7327|Hs108|chr21 ( 137) 539 139.4 8.3e-34
CCDS7252.1 UBE2D1 gene_id:7321|Hs108|chr10 ( 147) 318 85.4 1.6e-17
CCDS5474.1 UBE2D4 gene_id:51619|Hs108|chr7 ( 147) 303 81.7 2.1e-16
CCDS3659.1 UBE2D3 gene_id:7323|Hs108|chr4 ( 149) 301 81.2 3e-16
CCDS3660.1 UBE2D3 gene_id:7323|Hs108|chr4 ( 147) 298 80.5 4.9e-16
CCDS3661.1 UBE2D3 gene_id:7323|Hs108|chr4 ( 148) 298 80.5 4.9e-16
CCDS43369.1 UBE2D2 gene_id:7322|Hs108|chr5 ( 147) 297 80.2 5.8e-16
CCDS2523.1 UBE2F gene_id:140739|Hs108|chr2 ( 185) 288 78.1 3.2e-15
CCDS2282.1 UBE2E3 gene_id:10477|Hs108|chr2 ( 207) 281 76.4 1.2e-14
CCDS2637.1 UBE2E2 gene_id:7325|Hs108|chr3 ( 201) 280 76.1 1.3e-14
CCDS63175.1 UBE2F gene_id:140739|Hs108|chr2 ( 161) 278 75.6 1.6e-14
CCDS2638.1 UBE2E1 gene_id:7324|Hs108|chr3 ( 193) 270 73.7 7.1e-14
CCDS56244.1 UBE2E1 gene_id:7324|Hs108|chr3 ( 160) 266 72.7 1.2e-13
CCDS1425.1 UBE2T gene_id:29089|Hs108|chr1 ( 197) 256 70.3 7.8e-13
CCDS47275.1 UBE2D2 gene_id:7322|Hs108|chr5 ( 118) 252 69.2 9.9e-13
CCDS75172.1 UBE2D3 gene_id:7323|Hs108|chr4 ( 118) 252 69.2 9.9e-13
CCDS31875.1 UBE2N gene_id:7334|Hs108|chr12 ( 152) 253 69.5 1e-12
CCDS63177.1 UBE2F gene_id:140739|Hs108|chr2 ( 153) 250 68.7 1.7e-12
CCDS13790.1 UBE2L3 gene_id:7332|Hs108|chr22 ( 154) 249 68.5 2.1e-12
CCDS58795.1 UBE2L3 gene_id:7332|Hs108|chr22 ( 212) 243 67.1 7.5e-12
CCDS2639.1 UBE2E1 gene_id:7324|Hs108|chr3 ( 176) 241 66.6 9e-12
CCDS14580.1 UBE2A gene_id:7319|Hs108|chrX ( 152) 239 66.0 1.1e-11
CCDS4174.1 UBE2B gene_id:7320|Hs108|chr5 ( 152) 237 65.5 1.6e-11
CCDS47043.1 UBE2K gene_id:3093|Hs108|chr4 ( 157) 237 65.6 1.6e-11
CCDS33114.1 UBE2S gene_id:27338|Hs108|chr19 ( 222) 238 65.9 1.8e-11
CCDS11540.2 UBE2Z gene_id:65264|Hs108|chr17 ( 354) 240 66.5 1.9e-11
CCDS33976.1 UBE2K gene_id:3093|Hs108|chr4 ( 200) 237 65.6 2e-11
CCDS63176.1 UBE2F gene_id:140739|Hs108|chr2 ( 164) 236 65.3 2e-11
CCDS7960.1 UBE2L6 gene_id:9246|Hs108|chr11 ( 153) 227 63.1 8.5e-11
>>CCDS32532.1 UBE2G1 gene_id:7326|Hs108|chr17 (170 aa)
initn: 1169 init1: 1169 opt: 1169 Z-score: 1551.8 bits: 293.5 E(32554): 4.1e-80
Smith-Waterman score: 1169; 100.0% identity (100.0% similar) in 170 aa overlap (1-170:1-170)
10 20 30 40 50 60
pF1KE2 MTELQSALLLRRQLAELNKNPVEGFSAGLIDDNDLYRWEVLIIGPPDTLYEGGVFKAHLT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 MTELQSALLLRRQLAELNKNPVEGFSAGLIDDNDLYRWEVLIIGPPDTLYEGGVFKAHLT
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE2 FPKDYPLRPPKMKFITEIWHPNVDKNGDVCISILHEPGEDKYGYEKPEERWLPIHTVETI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 FPKDYPLRPPKMKFITEIWHPNVDKNGDVCISILHEPGEDKYGYEKPEERWLPIHTVETI
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170
pF1KE2 MISVISMLADPNGDSPANVDAAKEWREDRNGEFKRKVARCVRKSQETAFE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 MISVISMLADPNGDSPANVDAAKEWREDRNGEFKRKVARCVRKSQETAFE
130 140 150 160 170
>>CCDS6546.1 UBE2R2 gene_id:54926|Hs108|chr9 (238 aa)
initn: 596 init1: 556 opt: 610 Z-score: 810.6 bits: 156.9 E(32554): 7.8e-39
Smith-Waterman score: 610; 53.0% identity (77.1% similar) in 166 aa overlap (1-163:6-167)
10 20 30 40 50
pF1KE2 MTELQSALLLRRQLAELNKNPVEGFSAGLIDDNDLYRWEVLIIGPPDTLYEGGVF
:: :.::.: .: :...::::: :.:..::: ::: :.:::.:::::: :
CCDS65 MAQQQMTSSQKALML--ELKSLQEEPVEGFRITLVDESDLYNWEVAIFGPPNTLYEGGYF
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KE2 KAHLTFPKDYPLRPPKMKFITEIWHPNVDKNGDVCISILHEPGEDKYGYEKPEERWLPIH
:::. :: ::: :: ..:.:..::::. .:::::::::: : .: . : : ::: : .
CCDS65 KAHIKFPIDYPYSPPTFRFLTKMWHPNIYENGDVCISILHPPVDDPQSGELPSERWNPTQ
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE2 TVETIMISVISMLADPNGDSPANVDAA---KEWREDRNGEFKRKVARCVRKSQETAFE
.:.::..::::.: .:: :::::::. ..::.... . .. :. .::
CCDS65 NVRTILLSVISLLNEPNTFSPANVDASVMFRKWRDSKGKD--KEYAEIIRKQVSATKAEA
120 130 140 150 160 170
CCDS65 EKDGVKVPTTLAEYCIKTKVPSNDNSSDLLYDDLYDDDIDDEDEEEEDADCYDDDDSGNE
180 190 200 210 220 230
>>CCDS13714.1 UBE2G2 gene_id:7327|Hs108|chr21 (165 aa)
initn: 568 init1: 568 opt: 587 Z-score: 782.7 bits: 151.2 E(32554): 2.8e-37
Smith-Waterman score: 587; 53.2% identity (78.5% similar) in 158 aa overlap (10-164:6-162)
10 20 30 40 50
pF1KE2 MTELQSALLLRRQLAE---LNKNPVEGFSAGLIDDNDLYRWEVLIIGPPDTLYEGGVFKA
:.: .:: :. :: ::. :: ........::.::.:: :: .: ::: :
CCDS13 MAGTALKRLMAEYKQLTLNPPEGIVAGPMNEENFFEWEALIMGPEDTCFEFGVFPA
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KE2 HLTFPKDYPLRPPKMKFITEIWHPNVDKNGDVCISILHEPGEDKYGYEKPEERWLPIHTV
:.:: :::: ::::.: :..:::. .: ::::::: ::.: .:::. ::: :...:
CCDS13 ILSFPLDYPLSPPKMRFTCEMFHPNIYPDGRVCISILHAPGDDPMGYESSAERWSPVQSV
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE2 ETIMISVISMLADPNGDSPANVDAAKEWREDRNGEFKRKVARCVRKSQETAFE
: :..::.::::.:: .: :::::.: ::.::. .: . . . :.::
CCDS13 EKILLSVVSMLAEPNDESGANVDASKMWRDDRE-QFYKIAKQIVQKSLGL
120 130 140 150 160
>>CCDS12030.1 CDC34 gene_id:997|Hs108|chr19 (236 aa)
initn: 576 init1: 536 opt: 579 Z-score: 769.7 bits: 149.3 E(32554): 1.5e-36
Smith-Waterman score: 579; 52.5% identity (77.2% similar) in 162 aa overlap (5-163:10-167)
10 20 30 40 50
pF1KE2 MTELQSALLLRRQLAELNKNPVEGFSAGLIDDNDLYRWEVLIIGPPDTLYEGGVF
:.:::: .: :...::::: . :.:..::: ::: :.:::.: :::: :
CCDS12 MARPLVPSSQKALLL--ELKGLQEEPVEGFRVTLVDEGDLYNWEVAIFGPPNTYYEGGYF
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KE2 KAHLTFPKDYPLRPPKMKFITEIWHPNVDKNGDVCISILHEPGEDKYGYEKPEERWLPIH
::.: :: ::: :: ..:.:..::::. ..::::::::: : .: . : : ::: : .
CCDS12 KARLKFPIDYPYSPPAFRFLTKMWHPNIYETGDVCISILHPPVDDPQSGELPSERWNPTQ
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE2 TVETIMISVISMLADPNGDSPANVDAA---KEWREDRNGEFKRKVARCVRKSQETAFE
.:.::..::::.: .:: :::::::. ..:.:... . :. . .::
CCDS12 NVRTILLSVISLLNEPNTFSPANVDASVMYRKWKESKGKD--REYTDIIRKQVLGTKVDA
120 130 140 150 160 170
CCDS12 ERDGVKVPTTLAEYCVKTKAPAPDEGSDLFYDDYYEDGEVEEEADSCFGDDEDDSGTEES
180 190 200 210 220 230
>>CCDS33586.1 UBE2G2 gene_id:7327|Hs108|chr21 (137 aa)
initn: 528 init1: 528 opt: 539 Z-score: 720.4 bits: 139.4 E(32554): 8.3e-34
Smith-Waterman score: 539; 54.1% identity (80.7% similar) in 135 aa overlap (30-164:1-134)
10 20 30 40 50 60
pF1KE2 MTELQSALLLRRQLAELNKNPVEGFSAGLIDDNDLYRWEVLIIGPPDTLYEGGVFKAHLT
........::.::.:: :: .: ::: : :.
CCDS33 MNEENFFEWEALIMGPEDTCFEFGVFPAILS
10 20 30
70 80 90 100 110 120
pF1KE2 FPKDYPLRPPKMKFITEIWHPNVDKNGDVCISILHEPGEDKYGYEKPEERWLPIHTVETI
:: :::: ::::.: :..:::. .: ::::::: ::.: .:::. ::: :...:: :
CCDS33 FPLDYPLSPPKMRFTCEMFHPNIYPDGRVCISILHAPGDDPMGYESSAERWSPVQSVEKI
40 50 60 70 80 90
130 140 150 160 170
pF1KE2 MISVISMLADPNGDSPANVDAAKEWREDRNGEFKRKVARCVRKSQETAFE
..::.::::.:: .: :::::.: ::.::. .: . . . :.::
CCDS33 LLSVVSMLAEPNDESGANVDASKMWRDDRE-QFYKIAKQIVQKSLGL
100 110 120 130
>>CCDS7252.1 UBE2D1 gene_id:7321|Hs108|chr10 (147 aa)
initn: 342 init1: 279 opt: 318 Z-score: 427.8 bits: 85.4 E(32554): 1.6e-17
Smith-Waterman score: 394; 38.6% identity (68.6% similar) in 140 aa overlap (10-149:6-131)
10 20 30 40 50 60
pF1KE2 MTELQSALLLRRQLAELNKNPVEGFSAGLIDDNDLYRWEVLIIGPPDTLYEGGVFKAHLT
....:..:...: ::: . : ::..:.. :.::::. :.:::: .
CCDS72 MALKRIQKELSDLQRDPPAHCSAGPVGD-DLFHWQATIMGPPDSAYQGGVFFLTVH
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KE2 FPKDYPLRPPKMKFITEIWHPNVDKNGDVCISILHEPGEDKYGYEKPEERWLPIHTVETI
:: :::..:::. : :.:.:::...::..:..::. .: : :: .
CCDS72 FPTDYPFKPPKIAFTTKIYHPNINSNGSICLDILRS-------------QWSPALTVSKV
60 70 80 90 100
130 140 150 160 170
pF1KE2 MISVISMLADPNGDSPANVDAAKEWREDRNGEFKRKVARCVRKSQETAFE
..:. :.: ::: :.: : :. .. :.
CCDS72 LLSICSLLCDPNPDDPLVPDIAQIYKSDKEKYNRHAREWTQKYAM
110 120 130 140
>>CCDS5474.1 UBE2D4 gene_id:51619|Hs108|chr7 (147 aa)
initn: 363 init1: 265 opt: 303 Z-score: 408.0 bits: 81.7 E(32554): 2.1e-16
Smith-Waterman score: 379; 37.3% identity (66.7% similar) in 150 aa overlap (10-159:6-139)
10 20 30 40 50 60
pF1KE2 MTELQSALLLRRQLAELNKNPVEGFSAGLIDDNDLYRWEVLIIGPPDTLYEGGVFKAHLT
....:..:...: ::: . : ::..:.. :.:: :. :.:::: .
CCDS54 MALKRIQKELTDLQRDPPAQCSAGPVGD-DLFHWQATIMGPNDSPYQGGVFFLTIH
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KE2 FPKDYPLRPPKMKFITEIWHPNVDKNGDVCISILHEPGEDKYGYEKPEERWLPIHTVETI
:: :::..:::. : :.:.:::...::..:..::. .: : :: .
CCDS54 FPTDYPFKPPKVAFTTKIYHPNINSNGSICLDILRS-------------QWSPALTVSKV
60 70 80 90 100
130 140 150 160 170
pF1KE2 MISVISMLADPNGDSPANVDAAKEWREDRNGEFKRKVARCVRKSQETAFE
..:. :.: ::: :.: . :. .. :: : ..::
CCDS54 LLSICSLLCDPNPDDPLVPEIAHTYKADR--EKYNRLAREWTQKYAM
110 120 130 140
>>CCDS3659.1 UBE2D3 gene_id:7323|Hs108|chr4 (149 aa)
initn: 307 init1: 262 opt: 301 Z-score: 405.3 bits: 81.2 E(32554): 3e-16
Smith-Waterman score: 377; 36.9% identity (66.7% similar) in 141 aa overlap (10-150:8-134)
10 20 30 40 50 60
pF1KE2 MTELQSALLLRRQLAELNKNPVEGFSAGLIDDNDLYRWEVLIIGPPDTLYEGGVFKAHLT
: ..:..: ..: ::: . : :...:.. :.:: :. :.:::: .
CCDS36 MLSNRKCLSKELSDLARDPPAQCSAGPVGD-DMFHWQATIMGPNDSPYQGGVFFLTIH
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KE2 FPKDYPLRPPKMKFITEIWHPNVDKNGDVCISILHEPGEDKYGYEKPEERWLPIHTVETI
:: :::..:::. : :.:.:::...::..:..::. .: : :. .
CCDS36 FPTDYPFKPPKVAFTTRIYHPNINSNGSICLDILRS-------------QWSPALTISKV
60 70 80 90 100
130 140 150 160 170
pF1KE2 MISVISMLADPNGDSPANVDAAKEWREDRNGEFKRKVARCVRKSQETAFE
..:. :.: ::: :.: . :. .. ::.
CCDS36 LLSICSLLCDPNPDDPLVPEIARIYKTDRDKYNRISREWTQKYAM
110 120 130 140
>>CCDS3660.1 UBE2D3 gene_id:7323|Hs108|chr4 (147 aa)
initn: 307 init1: 262 opt: 298 Z-score: 401.4 bits: 80.5 E(32554): 4.9e-16
Smith-Waterman score: 374; 36.2% identity (66.7% similar) in 141 aa overlap (10-150:6-132)
10 20 30 40 50 60
pF1KE2 MTELQSALLLRRQLAELNKNPVEGFSAGLIDDNDLYRWEVLIIGPPDTLYEGGVFKAHLT
. ..:..: ..: ::: . : :...:.. :.:: :. :.:::: .
CCDS36 MALKRINKELSDLARDPPAQCSAGPVGD-DMFHWQATIMGPNDSPYQGGVFFLTIH
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KE2 FPKDYPLRPPKMKFITEIWHPNVDKNGDVCISILHEPGEDKYGYEKPEERWLPIHTVETI
:: :::..:::. : :.:.:::...::..:..::. .: : :. .
CCDS36 FPTDYPFKPPKVAFTTRIYHPNINSNGSICLDILRS-------------QWSPALTISKV
60 70 80 90 100
130 140 150 160 170
pF1KE2 MISVISMLADPNGDSPANVDAAKEWREDRNGEFKRKVARCVRKSQETAFE
..:. :.: ::: :.: . :. .. ::.
CCDS36 LLSICSLLCDPNPDDPLVPEIARIYKTDRDKYNRISREWTQKYAM
110 120 130 140
>>CCDS3661.1 UBE2D3 gene_id:7323|Hs108|chr4 (148 aa)
initn: 307 init1: 262 opt: 298 Z-score: 401.3 bits: 80.5 E(32554): 4.9e-16
Smith-Waterman score: 375; 36.0% identity (67.3% similar) in 150 aa overlap (10-159:6-139)
10 20 30 40 50 60
pF1KE2 MTELQSALLLRRQLAELNKNPVEGFSAGLIDDNDLYRWEVLIIGPPDTLYEGGVFKAHLT
. ..:..: ..: ::: . : :...:.. :.:: :. :.:::: .
CCDS36 MALKRINKELSDLARDPPAQCSAGPVGD-DMFHWQATIMGPNDSPYQGGVFFLTIH
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KE2 FPKDYPLRPPKMKFITEIWHPNVDKNGDVCISILHEPGEDKYGYEKPEERWLPIHTVETI
:: :::..:::. : :.:.:::...::..:..::. .: : :. .
CCDS36 FPTDYPFKPPKVAFTTRIYHPNINSNGSICLDILRS-------------QWSPALTISKV
60 70 80 90 100
130 140 150 160 170
pF1KE2 MISVISMLADPNGDSPANVDAAKEWREDRNGEFKRKVARCVRKSQETAFE
..:. :.: ::: :.: . :. .. ::. ...: .::
CCDS36 LLSICSLLCDPNPDDPLVPEIARIYKTDRD-KYNR-LAREWTEKYAML
110 120 130 140
170 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Sun Nov 6 12:17:40 2016 done: Sun Nov 6 12:17:40 2016
Total Scan time: 1.860 Total Display time: -0.010
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]