FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE5562, 412 aa 1>>>pF1KE5562 412 - 412 aa - 412 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.3108+/-0.000766; mu= 17.0187+/- 0.046 mean_var=67.6475+/-13.197, 0's: 0 Z-trim(108.9): 68 B-trim: 0 in 0/50 Lambda= 0.155937 statistics sampled from 10467 (10535) to 10467 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.7), E-opt: 0.2 (0.324), width: 16 Scan time: 2.650 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS32184.1 CHRFAM7A gene_id:89832|Hs108|chr15 ( 412) 2886 658.1 4.4e-189 CCDS10027.1 CHRNA7 gene_id:1139|Hs108|chr15 ( 502) 2685 612.9 2.1e-175 CCDS53924.1 CHRNA7 gene_id:1139|Hs108|chr15 ( 531) 2685 612.9 2.2e-175 CCDS42008.1 CHRFAM7A gene_id:89832|Hs108|chr15 ( 321) 2206 505.0 4e-143 CCDS64856.1 CHRNA2 gene_id:1135|Hs108|chr8 ( 514) 903 212.0 1e-54 CCDS6059.1 CHRNA2 gene_id:1135|Hs108|chr8 ( 529) 903 212.0 1.1e-54 CCDS10305.1 CHRNA3 gene_id:1136|Hs108|chr15 ( 505) 870 204.6 1.8e-52 CCDS53964.1 CHRNA3 gene_id:1136|Hs108|chr15 ( 489) 781 184.6 1.8e-46 CCDS13517.1 CHRNA4 gene_id:1137|Hs108|chr20 ( 627) 779 184.2 3.1e-46 CCDS7745.1 CHRNA10 gene_id:57053|Hs108|chr11 ( 450) 750 177.6 2.1e-44 CCDS3459.1 CHRNA9 gene_id:55584|Hs108|chr4 ( 479) 749 177.4 2.6e-44 CCDS10306.1 CHRNB4 gene_id:1143|Hs108|chr15 ( 498) 749 177.4 2.7e-44 CCDS1070.1 CHRNB2 gene_id:1141|Hs108|chr1 ( 502) 735 174.2 2.4e-43 CCDS56536.1 CHRNA6 gene_id:8973|Hs108|chr8 ( 479) 716 169.9 4.5e-42 CCDS6135.1 CHRNA6 gene_id:8973|Hs108|chr8 ( 494) 716 169.9 4.6e-42 CCDS2261.1 CHRNA1 gene_id:1134|Hs108|chr2 ( 457) 692 164.5 1.8e-40 CCDS33331.1 CHRNA1 gene_id:1134|Hs108|chr2 ( 482) 692 164.5 1.9e-40 CCDS10304.1 CHRNA5 gene_id:1138|Hs108|chr15 ( 468) 644 153.7 3.3e-37 CCDS6134.1 CHRNB3 gene_id:1142|Hs108|chr8 ( 458) 640 152.8 6.1e-37 CCDS53710.1 HTR3A gene_id:3359|Hs108|chr11 ( 463) 482 117.3 3.1e-26 CCDS8365.2 HTR3A gene_id:3359|Hs108|chr11 ( 484) 482 117.3 3.2e-26 CCDS11106.1 CHRNB1 gene_id:1140|Hs108|chr17 ( 501) 469 114.4 2.5e-25 CCDS58754.1 CHRND gene_id:1144|Hs108|chr2 ( 502) 437 107.2 3.7e-23 CCDS2494.1 CHRND gene_id:1144|Hs108|chr2 ( 517) 437 107.2 3.8e-23 CCDS3250.1 HTR3C gene_id:170572|Hs108|chr3 ( 447) 383 95.0 1.5e-19 CCDS8366.2 HTR3A gene_id:3359|Hs108|chr11 ( 516) 375 93.2 6e-19 CCDS58869.1 HTR3E gene_id:285242|Hs108|chr3 ( 441) 373 92.7 7.1e-19 CCDS58868.1 HTR3E gene_id:285242|Hs108|chr3 ( 456) 373 92.7 7.3e-19 CCDS58870.1 HTR3E gene_id:285242|Hs108|chr3 ( 456) 373 92.7 7.3e-19 CCDS3251.1 HTR3E gene_id:285242|Hs108|chr3 ( 471) 373 92.8 7.5e-19 CCDS58871.1 HTR3E gene_id:285242|Hs108|chr3 ( 482) 369 91.9 1.4e-18 CCDS33400.1 CHRNG gene_id:1146|Hs108|chr2 ( 517) 367 91.4 2.1e-18 CCDS11058.1 CHRNE gene_id:1145|Hs108|chr17 ( 493) 354 88.5 1.5e-17 CCDS8364.1 HTR3B gene_id:9177|Hs108|chr11 ( 441) 337 84.6 2e-16 >>CCDS32184.1 CHRFAM7A gene_id:89832|Hs108|chr15 (412 aa) initn: 2886 init1: 2886 opt: 2886 Z-score: 3508.1 bits: 658.1 E(32554): 4.4e-189 Smith-Waterman score: 2886; 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100.0% identity (100.0% similar) in 385 aa overlap (28-412:147-531) 10 20 30 40 50 pF1KE5 MQKYCIYQHFQFQLLIQHLWIAANCDIADERFDATFHTNVLVNSSGHCQYLPPGIFK :::::::::::::::::::::::::::::: CCDS53 QWNVSEYPGVKTVRFPDGQIWKPDILLYNSADERFDATFHTNVLVNSSGHCQYLPPGIFK 120 130 140 150 160 170 60 70 80 90 100 110 pF1KE5 SSCYIDVRWFPFDVQHCKLKFGSWSYGGWSLDLQMQEADISGYIPNGEWDLVGIPGKRSE :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS53 SSCYIDVRWFPFDVQHCKLKFGSWSYGGWSLDLQMQEADISGYIPNGEWDLVGIPGKRSE 180 190 200 210 220 230 120 130 140 150 160 170 pF1KE5 RFYECCKEPYPDVTFTVTMRRRTLYYGLNLLIPCVLISALALLVFLLPADSGEKISLGIT :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS53 RFYECCKEPYPDVTFTVTMRRRTLYYGLNLLIPCVLISALALLVFLLPADSGEKISLGIT 240 250 260 270 280 290 180 190 200 210 220 230 pF1KE5 VLLSLTVFMLLVAEIMPATSDSVPLIAQYFASTMIIVGLSVVVTVIVLQYHHHDPDGGKM :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS53 VLLSLTVFMLLVAEIMPATSDSVPLIAQYFASTMIIVGLSVVVTVIVLQYHHHDPDGGKM 300 310 320 330 340 350 240 250 260 270 280 290 pF1KE5 PKWTRVILLNWCAWFLRMKRPGEDKVRPACQHKQRRCSLASVEMSAVAPPPASNGNLLYI :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS53 PKWTRVILLNWCAWFLRMKRPGEDKVRPACQHKQRRCSLASVEMSAVAPPPASNGNLLYI 360 370 380 390 400 410 300 310 320 330 340 350 pF1KE5 GFRGLDGVHCVPTPDSGVVCGRMACSPTHDEHLLHGGQPPEGDPDLAKILEEVRYIANRF :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS53 GFRGLDGVHCVPTPDSGVVCGRMACSPTHDEHLLHGGQPPEGDPDLAKILEEVRYIANRF 420 430 440 450 460 470 360 370 380 390 400 410 pF1KE5 RCQDESEAVCSEWKFAACVVDRLCLMAFSVFTIICTIGILMSAPNFVEAVSKDFA ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS53 RCQDESEAVCSEWKFAACVVDRLCLMAFSVFTIICTIGILMSAPNFVEAVSKDFA 480 490 500 510 520 530 >>CCDS42008.1 CHRFAM7A gene_id:89832|Hs108|chr15 (321 aa) initn: 2206 init1: 2206 opt: 2206 Z-score: 2683.0 bits: 505.0 E(32554): 4e-143 Smith-Waterman score: 2206; 100.0% identity (100.0% similar) in 321 aa overlap (92-412:1-321) 70 80 90 100 110 120 pF1KE5 IDVRWFPFDVQHCKLKFGSWSYGGWSLDLQMQEADISGYIPNGEWDLVGIPGKRSERFYE :::::::::::::::::::::::::::::: CCDS42 MQEADISGYIPNGEWDLVGIPGKRSERFYE 10 20 30 130 140 150 160 170 180 pF1KE5 CCKEPYPDVTFTVTMRRRTLYYGLNLLIPCVLISALALLVFLLPADSGEKISLGITVLLS :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS42 CCKEPYPDVTFTVTMRRRTLYYGLNLLIPCVLISALALLVFLLPADSGEKISLGITVLLS 40 50 60 70 80 90 190 200 210 220 230 240 pF1KE5 LTVFMLLVAEIMPATSDSVPLIAQYFASTMIIVGLSVVVTVIVLQYHHHDPDGGKMPKWT :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS42 LTVFMLLVAEIMPATSDSVPLIAQYFASTMIIVGLSVVVTVIVLQYHHHDPDGGKMPKWT 100 110 120 130 140 150 250 260 270 280 290 300 pF1KE5 RVILLNWCAWFLRMKRPGEDKVRPACQHKQRRCSLASVEMSAVAPPPASNGNLLYIGFRG :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS42 RVILLNWCAWFLRMKRPGEDKVRPACQHKQRRCSLASVEMSAVAPPPASNGNLLYIGFRG 160 170 180 190 200 210 310 320 330 340 350 360 pF1KE5 LDGVHCVPTPDSGVVCGRMACSPTHDEHLLHGGQPPEGDPDLAKILEEVRYIANRFRCQD :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS42 LDGVHCVPTPDSGVVCGRMACSPTHDEHLLHGGQPPEGDPDLAKILEEVRYIANRFRCQD 220 230 240 250 260 270 370 380 390 400 410 pF1KE5 ESEAVCSEWKFAACVVDRLCLMAFSVFTIICTIGILMSAPNFVEAVSKDFA ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS42 ESEAVCSEWKFAACVVDRLCLMAFSVFTIICTIGILMSAPNFVEAVSKDFA 280 290 300 310 320 >>CCDS64856.1 CHRNA2 gene_id:1135|Hs108|chr8 (514 aa) initn: 571 init1: 571 opt: 903 Z-score: 1095.7 bits: 212.0 E(32554): 1e-54 Smith-Waterman score: 904; 40.5% identity (66.7% similar) in 402 aa overlap (17-404:123-510) 10 20 30 40 pF1KE5 MQKYCIYQHFQFQLLIQHLWIAANC--DIADERFDATFHTNVLVNS . .:: . :: .: .: :.. . : CCDS64 NVWLKQEWSDYKLRWNPTDFGNITSLRVPSEMIWIPDIVLYNNADGEFAVTHMTKAHLFS 100 110 120 130 140 150 50 60 70 80 90 100 pF1KE5 SGHCQYLPPGIFKSSCYIDVRWFPFDVQHCKLKFGSWSYGGWSLDL-QM-QEADISGYIP .: ...::.:.:::: ::: .:::: :.::.:::::.: ..:: :: : .:.. : CCDS64 TGTVHWVPPAIYKSSCSIDVTFFPFDQQNCKMKFGSWTYDKAKIDLEQMEQTVDLKDYWE 160 170 180 190 200 210 110 120 130 140 150 160 pF1KE5 NGEWDLVGIPGKRSERFYECCKEPYPDVTFTVTMRRRTLYYGLNLLIPCVLISALALLVF .::: .:. : . . :.:: : :::::.. ..:: :.: .::.:::.::: :..::: CCDS64 SGEWAIVNATGTYNSKKYDCCAEIYPDVTYAFVIRRLPLFYTINLIIPCLLISCLTVLVF 220 230 240 250 260 270 170 180 190 200 210 220 pF1KE5 LLPADSGEKISLGITVLLSLTVFMLLVAEIMPATSDSVPLIAQYFASTMIIVGLSVVVTV ::.: ::::.: :.::::::::.::..::.:.:: .:::..:. :::.: ::.:.:: CCDS64 YLPSDCGEKITLCISVLLSLTVFLLLITEIIPSTSLVIPLIGEYLLFTMIFVTLSIVITV 280 290 300 310 320 330 230 240 250 260 270 280 pF1KE5 IVLQYHHHDPDGGKMPKWTRVILLNWCA--WFLRMKRPGEDKVRPACQHKQRRCSLASVE .::. ::..:. ::.:.: ::. :. :.: :.:: : . : .. CCDS64 FVLNVHHRSPSTHTMPHWVRGALLG-CVPRWLL-MNRPP-----PPVEL----CHPLRLK 340 350 360 370 380 290 300 310 320 330 pF1KE5 MSAVAPPPASN--GNLLYIGFRGLDGVHCVP--TPDSGVVC--GRM--ACSPTHDEHLLH .: :: .. . . : :. .:. :..: :.. . : . : ::. CCDS64 LSPSYHWLESNVDAEEREVVVEEEDRWACAGHVAPSVGTLCSHGHLHSGASGPKAEALLQ 390 400 410 420 430 440 340 350 360 370 380 390 pF1KE5 GGQPPEGDPDLAKILEEVRYIANRFRCQDESEAVCSEWKFAACVVDRLCLMAFSVFTIIC :. .: . : :: :.:::...: .: . .: .::..: :.::. : : . .. CCDS64 EGEL-LLSPHMQKALEGVHYIADHLRSEDADSSVKEDWKYVAMVIDRIFLWLFIIVCFLG 450 460 470 480 490 500 400 410 pF1KE5 TIGILMSAPNFVEAVSKDFA :::... : :. CCDS64 TIGLFL--PPFLAGMI 510 >>CCDS6059.1 CHRNA2 gene_id:1135|Hs108|chr8 (529 aa) initn: 571 init1: 571 opt: 903 Z-score: 1095.5 bits: 212.0 E(32554): 1.1e-54 Smith-Waterman score: 904; 40.5% identity (66.7% similar) in 402 aa overlap (17-404:138-525) 10 20 30 40 pF1KE5 MQKYCIYQHFQFQLLIQHLWIAANC--DIADERFDATFHTNVLVNS . .:: . :: .: .: :.. . : CCDS60 NVWLKQEWSDYKLRWNPTDFGNITSLRVPSEMIWIPDIVLYNNADGEFAVTHMTKAHLFS 110 120 130 140 150 160 50 60 70 80 90 100 pF1KE5 SGHCQYLPPGIFKSSCYIDVRWFPFDVQHCKLKFGSWSYGGWSLDL-QM-QEADISGYIP .: ...::.:.:::: ::: .:::: :.::.:::::.: ..:: :: : .:.. : CCDS60 TGTVHWVPPAIYKSSCSIDVTFFPFDQQNCKMKFGSWTYDKAKIDLEQMEQTVDLKDYWE 170 180 190 200 210 220 110 120 130 140 150 160 pF1KE5 NGEWDLVGIPGKRSERFYECCKEPYPDVTFTVTMRRRTLYYGLNLLIPCVLISALALLVF .::: .:. : . . :.:: : :::::.. ..:: :.: .::.:::.::: :..::: CCDS60 SGEWAIVNATGTYNSKKYDCCAEIYPDVTYAFVIRRLPLFYTINLIIPCLLISCLTVLVF 230 240 250 260 270 280 170 180 190 200 210 220 pF1KE5 LLPADSGEKISLGITVLLSLTVFMLLVAEIMPATSDSVPLIAQYFASTMIIVGLSVVVTV ::.: ::::.: :.::::::::.::..::.:.:: .:::..:. :::.: ::.:.:: CCDS60 YLPSDCGEKITLCISVLLSLTVFLLLITEIIPSTSLVIPLIGEYLLFTMIFVTLSIVITV 290 300 310 320 330 340 230 240 250 260 270 280 pF1KE5 IVLQYHHHDPDGGKMPKWTRVILLNWCA--WFLRMKRPGEDKVRPACQHKQRRCSLASVE .::. ::..:. ::.:.: ::. :. :.: :.:: : . : .. CCDS60 FVLNVHHRSPSTHTMPHWVRGALLG-CVPRWLL-MNRPP-----PPVEL----CHPLRLK 350 360 370 380 390 290 300 310 320 330 pF1KE5 MSAVAPPPASN--GNLLYIGFRGLDGVHCVP--TPDSGVVC--GRM--ACSPTHDEHLLH .: :: .. . . : :. .:. :..: :.. . : . : ::. CCDS60 LSPSYHWLESNVDAEEREVVVEEEDRWACAGHVAPSVGTLCSHGHLHSGASGPKAEALLQ 400 410 420 430 440 450 340 350 360 370 380 390 pF1KE5 GGQPPEGDPDLAKILEEVRYIANRFRCQDESEAVCSEWKFAACVVDRLCLMAFSVFTIIC :. .: . : :: :.:::...: .: . .: .::..: :.::. : : . .. CCDS60 EGEL-LLSPHMQKALEGVHYIADHLRSEDADSSVKEDWKYVAMVIDRIFLWLFIIVCFLG 460 470 480 490 500 510 400 410 pF1KE5 TIGILMSAPNFVEAVSKDFA :::... : :. CCDS60 TIGLFL--PPFLAGMI 520 >>CCDS10305.1 CHRNA3 gene_id:1136|Hs108|chr15 (505 aa) initn: 861 init1: 544 opt: 870 Z-score: 1055.7 bits: 204.6 E(32554): 1.8e-52 Smith-Waterman score: 870; 35.8% identity (66.2% similar) in 394 aa overlap (17-398:114-496) 10 20 30 40 pF1KE5 MQKYCIYQHFQFQLLIQHLW----IAANCDIADERFDATFHTNVLV :..: . : ..: . : .:..:. CCDS10 NLWLKQIWNDYKLKWNPSDYGGAEFMRVPAQKIWKPDIVLYNNAVGDFQVDD--KTKALL 90 100 110 120 130 140 50 60 70 80 90 100 pF1KE5 NSSGHCQYLPPGIFKSSCYIDVRWFPFDVQHCKLKFGSWSYGGWSLDLQM--QEADISGY . .:. ..::.:::::: ::: .:::: :.: .::::::: ..:: . . ... : CCDS10 KYTGEVTWIPPAIFKSSCKIDVTYFPFDYQNCTMKFGSWSYDKAKIDLVLIGSSMNLKDY 150 160 170 180 190 200 110 120 130 140 150 160 pF1KE5 IPNGEWDLVGIPGKRSERFYECCKEPYPDVTFTVTMRRRTLYYGLNLLIPCVLISALALL .::: .. :: . . :.::.: :::.:... .:: :.: .::.:::.::: :..: CCDS10 WESGEWAIIKAPGYKHDIKYNCCEEIYPDITYSLYIRRLPLFYTINLIIPCLLISFLTVL 210 220 230 240 250 260 170 180 190 200 210 220 pF1KE5 VFLLPADSGEKISLGITVLLSLTVFMLLVAEIMPATSDSVPLIAQYFASTMIIVGLSVVV :: ::.: :::..: :.::::::::.:...: .:.:: .:::..:. :::.: ::.:. CCDS10 VFYLPSDCGEKVTLCISVLLSLTVFLLVITETIPSTSLVIPLIGEYLLFTMIFVTLSIVI 270 280 290 300 310 320 230 240 250 260 270 280 pF1KE5 TVIVLQYHHHDPDGGKMPKWTRVILLNWCAWFLRMKRPGEDKVRPACQHKQRRCSLASVE ::.::. :.. : ::.:.....:: . : :: .. . :. : ..: CCDS10 TVFVLNVHYRTPTTHTMPSWVKTVFLNLLPRVMFMTRPTSNE-----GNAQKPRPLYGAE 330 340 350 360 370 290 300 310 320 330 pF1KE5 MSAVAPPPASNGNLLYIGFRGLDGV--HC----VPTPDSGVVCGRMACSPTHDEHLLHGG .: . .... :. ::. .: . . .. : . : . : : .. CCDS10 LSNLNCFSRAESKGCKEGYPCQDGMCGYCHHRRIKISNFSANLTRSSSSESVDAVLSLSA 380 390 400 410 420 430 340 350 360 370 380 390 pF1KE5 QPPEGDPDLAKILEEVRYIANRFRCQDESEAVCSEWKFAACVVDRLCLMAFSVFTIICTI :: . . .. :.:::. .. :.:.. . ..::..: :.::. : .:.. :. : CCDS10 LSPE----IKEAIQSVKYIAENMKAQNEAKEIQDDWKYVAMVIDRIFLWVFTLVCILGTA 440 450 460 470 480 490 400 410 pF1KE5 GILMSAPNFVEAVSKDFA :... CCDS10 GLFLQPLMAREDA 500 >>CCDS53964.1 CHRNA3 gene_id:1136|Hs108|chr15 (489 aa) initn: 750 init1: 544 opt: 781 Z-score: 947.7 bits: 184.6 E(32554): 1.8e-46 Smith-Waterman score: 781; 36.1% identity (65.6% similar) in 360 aa overlap (17-364:114-462) 10 20 30 40 pF1KE5 MQKYCIYQHFQFQLLIQHLW----IAANCDIADERFDATFHTNVLV :..: . : ..: . : .:..:. CCDS53 NLWLKQIWNDYKLKWNPSDYGGAEFMRVPAQKIWKPDIVLYNNAVGDFQVDD--KTKALL 90 100 110 120 130 140 50 60 70 80 90 100 pF1KE5 NSSGHCQYLPPGIFKSSCYIDVRWFPFDVQHCKLKFGSWSYGGWSLDLQM--QEADISGY . .:. ..::.:::::: ::: .:::: :.: .::::::: ..:: . . ... : CCDS53 KYTGEVTWIPPAIFKSSCKIDVTYFPFDYQNCTMKFGSWSYDKAKIDLVLIGSSMNLKDY 150 160 170 180 190 200 110 120 130 140 150 160 pF1KE5 IPNGEWDLVGIPGKRSERFYECCKEPYPDVTFTVTMRRRTLYYGLNLLIPCVLISALALL .::: .. :: . . :.::.: :::.:... .:: :.: .::.:::.::: :..: CCDS53 WESGEWAIIKAPGYKHDIKYNCCEEIYPDITYSLYIRRLPLFYTINLIIPCLLISFLTVL 210 220 230 240 250 260 170 180 190 200 210 220 pF1KE5 VFLLPADSGEKISLGITVLLSLTVFMLLVAEIMPATSDSVPLIAQYFASTMIIVGLSVVV :: ::.: :::..: :.::::::::.:...: .:.:: .:::..:. :::.: ::.:. CCDS53 VFYLPSDCGEKVTLCISVLLSLTVFLLVITETIPSTSLVIPLIGEYLLFTMIFVTLSIVI 270 280 290 300 310 320 230 240 250 260 270 280 pF1KE5 TVIVLQYHHHDPDGGKMPKWTRVILLNWCAWFLRMKRPGEDKVRPACQHKQRRCSLASVE ::.::. :.. : ::.:.....:: . : :: .. . :. : ..: CCDS53 TVFVLNVHYRTPTTHTMPSWVKTVFLNLLPRVMFMTRPTSNE-----GNAQKPRPLYGAE 330 340 350 360 370 290 300 310 320 330 pF1KE5 MSAVAPPPASNGNLLYIGFRGLDGV--HC----VPTPDSGVVCGRMACSPTHDEHLLHGG .: . .... :. ::. .: . . .. : . : . : : .. CCDS53 LSNLNCFSRAESKGCKEGYPCQDGMCGYCHHRRIKISNFSANLTRSSSSESVDAVLSLSA 380 390 400 410 420 430 340 350 360 370 380 390 pF1KE5 QPPEGDPDLAKILEEVRYIANRFRCQDESEAVCSEWKFAACVVDRLCLMAFSVFTIICTI :: . . .. :.:::. .. :.:.. CCDS53 LSPE----IKEAIQSVKYIAENMKAQNEAKEEQKAQEIQQLKRKEKSTETSDQEPGL 440 450 460 470 480 >>CCDS13517.1 CHRNA4 gene_id:1137|Hs108|chr20 (627 aa) initn: 862 init1: 554 opt: 779 Z-score: 943.6 bits: 184.2 E(32554): 3.1e-46 Smith-Waterman score: 779; 41.6% identity (66.6% similar) in 317 aa overlap (28-340:129-438) 10 20 30 40 50 pF1KE5 MQKYCIYQHFQFQLLIQHLWIAANCDIADERFDATFHTNVLVNSSGHCQYLPPGIFK :: : .: :.. . .:. :. ::.:.: CCDS13 RWDPADYENVTSIRIPSELIWRPDIVLYNNADGDFAVTHLTKAHLFHDGRVQWTPPAIYK 100 110 120 130 140 150 60 70 80 90 100 110 pF1KE5 SSCYIDVRWFPFDVQHCKLKFGSWSYGGWSLDL--QMQEADISGYIPNGEWDLVGIPGKR ::: ::: .:::: :.: .:::::.: ..:: . ...: . .::: .: : CCDS13 SSCSIDVTFFPFDQQNCTMKFGSWTYDKAKIDLVNMHSRVDQLDFWESGEWVIVDAVGTY 160 170 180 190 200 210 120 130 140 150 160 170 pF1KE5 SERFYECCKEPYPDVTFTVTMRRRTLYYGLNLLIPCVLISALALLVFLLPADSGEKISLG . : :::: : :::.:.. ..:: :.: .::.:::.::: :..::: ::.. ::::.: CCDS13 NTRKYECCAEIYPDITYAFVIRRLPLFYTINLIIPCLLISCLTVLVFYLPSECGEKITLC 220 230 240 250 260 270 180 190 200 210 220 230 pF1KE5 ITVLLSLTVFMLLVAEIMPATSDSVPLIAQYFASTMIIVGLSVVVTVIVLQYHHHDPDGG :.::::::::.::..::.:.:: .:::..:. :::.: ::.:.::.::. ::..: CCDS13 ISVLLSLTVFLLLITEIIPSTSLVIPLIGEYLLFTMIFVTLSIVITVFVLNVHHRSPRTH 280 290 300 310 320 330 240 250 260 270 280 290 pF1KE5 KMPKWTRVILLNWCAWFLRMKRPG--EDKVRPACQHKQRRCSLASVEMSAVAPPPASNGN :: :.: ..:. .: ::::. .:. : . .. : . :::..:. CCDS13 TMPTWVRRVFLDIVPRLLLMKRPSVVKDNCRRLIESMHKMASAPRFWPEPEGEPPATSGT 340 350 360 370 380 390 300 310 320 330 340 350 pF1KE5 LLYIGFRGLDGVHCVPTPDSGVVCGRMACSPTHDEHLLHGGQPPEGDPDLAKILEEVRYI ... . ::: : . : .:. :. : :: :.. CCDS13 Q---SLHPPSPSFCVPL-DVPAEPGP-SCKSPSDQ--LPPQQPLEAEKASPHPSPGPCRP 400 410 420 430 440 450 360 370 380 390 400 410 pF1KE5 ANRFRCQDESEAVCSEWKFAACVVDRLCLMAFSVFTIICTIGILMSAPNFVEAVSKDFA CCDS13 PHGTQAPGLAKARSLSVQHMSSPGEAVEGGVRCRSRSIQYCVPRDDAAPEADGQAAGALA 460 470 480 490 500 510 >>CCDS7745.1 CHRNA10 gene_id:57053|Hs108|chr11 (450 aa) initn: 608 init1: 412 opt: 750 Z-score: 910.5 bits: 177.6 E(32554): 2.1e-44 Smith-Waterman score: 769; 38.7% identity (62.1% similar) in 375 aa overlap (28-400:122-449) 10 20 30 40 50 pF1KE5 MQKYCIYQHFQFQLLIQHLWIAANCDIADERFDATFHTNVLVNSSGHCQYLPPGIFK :: . .. :::.. .: .. :.: . CCDS77 RWDPNAYGGLDAIRIPSSLVWRPDIVLYNKADAQPPGSASTNVVLRHDGAVRWDAPAITR 100 110 120 130 140 150 60 70 80 90 100 110 pF1KE5 SSCYIDVRWFPFDVQHCKLKFGSWSYGGWSLDLQMQ--EADISGYIPNGEWDLVGIPGKR ::: .:: ::::.::: : ::::..:: .::.. . :... .. : :: ..:.:..: CCDS77 SSCRVDVAAFPFDAQHCGLTFGSWTHGGHQLDVRPRGAAASLADFVENVEWRVLGMPARR 160 170 180 190 200 210 120 130 140 150 160 170 pF1KE5 SERFYECCKEPYPDVTFTVTMRRRTLYYGLNLLIPCVLISALALLVFLLPADSGEKISLG : ::.:::::::::. .:::. : :::.:::::: :: :.: ::::::::.::: CCDS77 RVLTYGCCSEPYPDVTFTLLLRRRAAAYVCNLLLPCVLISLLAPLAFHLPADSGEKVSLG 220 230 240 250 260 270 180 190 200 210 220 230 pF1KE5 ITVLLSLTVFMLLVAEIMPATSDSVPLIAQYFASTMIIVGLSVVVTVIVLQYHHHDPDGG .::::.::::.::.:: :: ..:::::..:. .:: .: .:...:..... :. :. CCDS77 VTVLLALTVFQLLLAESMPP-AESVPLIGKYYMATMTMVTFSTALTILIMNLHYCGPSVR 280 290 300 310 320 330 240 250 260 270 280 290 pF1KE5 KMPKWTRVILLNWCAWFLRMKRPGEDKVRPACQHKQRRCSLASVEMSAVAPPPASNGNLL .: :.:..::. : : ... :: : : . :.: : : : CCDS77 PVPAWARALLLGHLARGLCVRERGE----PCGQSRPP-------ELS---PSPQSP---- 340 350 360 370 300 310 320 330 340 350 pF1KE5 YIGFRGLDGVHCVPTPDSGVVCGRMACSPTHDEHLLHGGQPPEGDPDLAKILEEVRYIAN .: : : .: : . : ..: ::: .: ::: CCDS77 ----EGGAG------PPAGP-CHEPRCL-CRQEALLH----------------HVATIAN 380 390 400 360 370 380 390 400 410 pF1KE5 RFRCQDESEAVCSEWKFAACVVDRLCLMAFSVFTIICTIGILMSAPNFVEAVSKDFA :: . .. .:: : :.::. : : .... .. .:..: CCDS77 TFRSHRAAQRCHEDWKRLARVMDRFFLAIFFSMALVMSLLVLVQAL 410 420 430 440 450 412 residues in 1 query sequences 18511270 residues in 32554 library sequences Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc) start: Tue Nov 8 01:51:09 2016 done: Tue Nov 8 01:51:09 2016 Total Scan time: 2.650 Total Display time: 0.070 Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]