FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE5817, 847 aa 1>>>pF1KE5817 847 - 847 aa - 847 aa Library: /omim/omim.rfq.tfa 60827320 residues in 85289 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.6728+/-0.00054; mu= 18.4641+/- 0.033 mean_var=67.5504+/-13.564, 0's: 0 Z-trim(106.2): 43 B-trim: 81 in 2/53 Lambda= 0.156049 statistics sampled from 14329 (14346) to 14329 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.511), E-opt: 0.2 (0.168), width: 16 Scan time: 8.840 The best scores are: opt bits E(85289) NP_002854 (OMIM: 232700,613741) glycogen phosphory ( 847) 5610 1273.1 0 NP_001157412 (OMIM: 232700,613741) glycogen phosph ( 813) 4844 1100.6 0 NP_002853 (OMIM: 138550) glycogen phosphorylase, b ( 843) 4741 1077.4 0 NP_005600 (OMIM: 232600,608455) glycogen phosphory ( 842) 4686 1065.1 0 NP_001158188 (OMIM: 232600,608455) glycogen phosph ( 754) 3652 832.2 0 >>NP_002854 (OMIM: 232700,613741) glycogen phosphorylase (847 aa) initn: 5610 init1: 5610 opt: 5610 Z-score: 6820.6 bits: 1273.1 E(85289): 0 Smith-Waterman score: 5610; 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NP_005 VAATLQDIIRRFKSSKFGCRDPVRTNFDAFPDKVAIQLNDTHPSLAIPELMRILVDLERM 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 420 pF1KE5 PWSKAWELTQKTFAYTNHTVLPEALERWPVDLVEKLLPRHLEIIYEINQKHLDRIVALFP :.:::..: .: ::::::::::::::::: :.: ::::::.:::::::. :.:..: :: NP_005 DWDKAWDVTVRTCAYTNHTVLPEALERWPVHLLETLLPRHLQIIYEINQRFLNRVAAAFP 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 480 pF1KE5 KDVDRLRRMSLIEEEGSKRINMAHLCIVGSHAVNGVAKIHSDIVKTKVFKDFSELEPDKF ::::::::::.:: . ::::::::::.:::::::::.:::.:.: .:::: :::: :: NP_005 GDVDRLRRMSLVEEGAVKRINMAHLCIAGSHAVNGVARIHSEILKKTIFKDFYELEPHKF 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 530 540 pF1KE5 QNKTNGITPRRWLLLCNPGLAELIAEKIGEDYVKDLSQLTKLHSFLGDDVFLRELAKVKQ :::::::::::::.::::::::.:::.::::...::.:: :: ::. :..:.:..::::: NP_005 QNKTNGITPRRWLVLCNPGLAEVIAERIGEDFISDLDQLRKLLSFVDDEAFIRDVAKVKQ 490 500 510 520 530 540 550 560 570 580 590 600 pF1KE5 ENKLKFSQFLETEYKVKINPSSMFDVQVKRIHEYKRQLLNCLHVITMYNRIKKDPKKLFV ::::::. .:: ::::.:::.:.::.::::::::::::::::::::.:::::..:.:.:: NP_005 ENKLKFAAYLEREYKVHINPNSLFDIQVKRIHEYKRQLLNCLHVITLYNRIKREPNKFFV 550 560 570 580 590 600 610 620 630 640 650 660 pF1KE5 PRTVIIGGKAAPGYHMAKMIIKLITSVADVVNNDPMVGSKLKVIFLENYRVSLAEKVIPA ::::.::::::::::::::::.:.:...::::.:: ::..:.:::::::::::::::::: NP_005 PRTVMIGGKAAPGYHMAKMIIRLVTAIGDVVNHDPAVGDRLRVIFLENYRVSLAEKVIPA 610 620 630 640 650 660 670 680 690 700 710 720 pF1KE5 TDLSEQISTAGTEASGTGNMKFMLNGALTIGTMDGANVEMAEEAGEENLFIFGMRIDDVA .:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.::::::..:: NP_005 ADLSEQISTAGTEASGTGNMKFMLNGALTIGTMDGANVEMAEEAGEENFFIFGMRVEDVD 670 680 690 700 710 720 730 740 750 760 770 780 pF1KE5 ALDKKGYEAKEYYEALPELKLVIDQIDNGFFSPKQPDLFKDIINMLFYHDRFKVFADYEA ::..::.:.:::. .:::. ::.:...::::::::::::::.:::..::::::::::: NP_005 KLDQRGYNAQEYYDRIPELRQVIEQLSSGFFSPKQPDLFKDIVNMLMHHDRFKVFADYED 730 740 750 760 770 780 790 800 810 820 830 840 pF1KE5 YVKCQDKVSQLYMNPKAWNTMVLKNIAASGKFSSDRTIKEYAQNIWNVEPSDLKISLSNE :.:::.::: :: ::. :. ::..:::.:::::::::: .::..::.:::: .. .: NP_005 YIKCQEKVSALYKNPREWTRMVIRNIATSGKFSSDRTIAQYAREIWGVEPSRQRLPAPDE 790 800 810 820 830 840 pF1KE5 SNKVNGN . NP_005 AI >>NP_001158188 (OMIM: 232600,608455) glycogen phosphoryl (754 aa) initn: 4129 init1: 3650 opt: 3652 Z-score: 4439.1 bits: 832.2 E(85289): 0 Smith-Waterman score: 3950; 70.4% identity (83.7% similar) in 841 aa overlap (1-841:1-753) 10 20 30 40 50 60 pF1KE5 MAKPLTDQEKRRQISIRGIVGVENVAELKKSFNRHLHFTLVKDRNVATTRDYYFALAHTV :..::.:::::.:::.::..:::::.::::.::::::::::::::::: ::::::::::: NP_001 MSRPLSDQEKRKQISVRGLAGVENVTELKKNFNRHLHFTLVKDRNVATPRDYYFALAHTV 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 pF1KE5 RDHLVGRWIRTQQHYYDKCPKRVYYLSLEFYMGRTLQNTMINLGLQNACDEAIYQLGLDI ::::::::::::::::.: :: NP_001 RDHLVGRWIRTQQHYYEKDPK--------------------------------------- 70 80 130 140 150 160 170 180 pF1KE5 EELEEIEEDAGLGNGGLGRLAACFLDSMATLGLAAYGYGIRYEYGIFNQKIRDGWQVEEA :: :::.::: NP_001 -------------------------------------------------KISGGWQMEEA 90 190 200 210 220 230 240 pF1KE5 DDWLRYGNPWEKSRPEFMLPVHFYGKVEHTNTGTKWIDTQVVLALPYDTPVPGYMNNTVN ::::::::::::.:::: :::::::.::::. :.::.:::::::.::::::::: ::.:: NP_001 DDWLRYGNPWEKARPEFTLPVHFYGHVEHTSQGAKWVDTQVVLAMPYDTPVPGYRNNVVN 100 110 120 130 140 150 250 260 270 280 290 300 pF1KE5 TMRLWSARAPNDFNLRDFNVGDYIQAVLDRNLAENISRVLYPNDNFFEGKELRLKQEYFV :::::::.:::::::.::::: :::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_001 TMRLWSAKAPNDFNLKDFNVGGYIQAVLDRNLAENISRVLYPNDNFFEGKELRLKQEYFV 160 170 180 190 200 210 310 320 330 340 350 360 pF1KE5 VAATLQDIIRRFKASKFGSTRGAGTVFDAFPDQVAIQLNDTHPALAIPELMRIFVDIEKL :::::::::::::.:::: . : ::::::.::::::::::.:::::::::.::.:.. NP_001 VAATLQDIIRRFKSSKFGCRDPVRTNFDAFPDKVAIQLNDTHPSLAIPELMRILVDLERM 220 230 240 250 260 270 370 380 390 400 410 420 pF1KE5 PWSKAWELTQKTFAYTNHTVLPEALERWPVDLVEKLLPRHLEIIYEINQKHLDRIVALFP :.:::..: .: ::::::::::::::::: :.: ::::::.:::::::. :.:..: :: NP_001 DWDKAWDVTVRTCAYTNHTVLPEALERWPVHLLETLLPRHLQIIYEINQRFLNRVAAAFP 280 290 300 310 320 330 430 440 450 460 470 480 pF1KE5 KDVDRLRRMSLIEEEGSKRINMAHLCIVGSHAVNGVAKIHSDIVKTKVFKDFSELEPDKF ::::::::::.:: . ::::::::::.:::::::::.:::.:.: .:::: :::: :: NP_001 GDVDRLRRMSLVEEGAVKRINMAHLCIAGSHAVNGVARIHSEILKKTIFKDFYELEPHKF 340 350 360 370 380 390 490 500 510 520 530 540 pF1KE5 QNKTNGITPRRWLLLCNPGLAELIAEKIGEDYVKDLSQLTKLHSFLGDDVFLRELAKVKQ :::::::::::::.::::::::.:::.::::...::.:: :: ::. :..:.:..::::: NP_001 QNKTNGITPRRWLVLCNPGLAEVIAERIGEDFISDLDQLRKLLSFVDDEAFIRDVAKVKQ 400 410 420 430 440 450 550 560 570 580 590 600 pF1KE5 ENKLKFSQFLETEYKVKINPSSMFDVQVKRIHEYKRQLLNCLHVITMYNRIKKDPKKLFV ::::::. .:: ::::.:::.:.::.::::::::::::::::::::.:::::..:.:.:: NP_001 ENKLKFAAYLEREYKVHINPNSLFDIQVKRIHEYKRQLLNCLHVITLYNRIKREPNKFFV 460 470 480 490 500 510 610 620 630 640 650 660 pF1KE5 PRTVIIGGKAAPGYHMAKMIIKLITSVADVVNNDPMVGSKLKVIFLENYRVSLAEKVIPA ::::.::::::::::::::::.:.:...::::.:: ::..:.:::::::::::::::::: NP_001 PRTVMIGGKAAPGYHMAKMIIRLVTAIGDVVNHDPAVGDRLRVIFLENYRVSLAEKVIPA 520 530 540 550 560 570 670 680 690 700 710 720 pF1KE5 TDLSEQISTAGTEASGTGNMKFMLNGALTIGTMDGANVEMAEEAGEENLFIFGMRIDDVA .:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.::::::..:: NP_001 ADLSEQISTAGTEASGTGNMKFMLNGALTIGTMDGANVEMAEEAGEENFFIFGMRVEDVD 580 590 600 610 620 630 730 740 750 760 770 780 pF1KE5 ALDKKGYEAKEYYEALPELKLVIDQIDNGFFSPKQPDLFKDIINMLFYHDRFKVFADYEA ::..::.:.:::. .:::. ::.:...::::::::::::::.:::..::::::::::: NP_001 KLDQRGYNAQEYYDRIPELRQVIEQLSSGFFSPKQPDLFKDIVNMLMHHDRFKVFADYED 640 650 660 670 680 690 790 800 810 820 830 840 pF1KE5 YVKCQDKVSQLYMNPKAWNTMVLKNIAASGKFSSDRTIKEYAQNIWNVEPSDLKISLSNE :.:::.::: :: ::. :. ::..:::.:::::::::: .::..::.:::: .. .: NP_001 YIKCQEKVSALYKNPREWTRMVIRNIATSGKFSSDRTIAQYAREIWGVEPSRQRLPAPDE 700 710 720 730 740 750 pF1KE5 SNKVNGN . NP_001 AI 847 residues in 1 query sequences 60827320 residues in 85289 library sequences Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc) start: Tue Nov 8 06:53:37 2016 done: Tue Nov 8 06:53:38 2016 Total Scan time: 8.840 Total Display time: 0.100 Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]