Result of FASTA (omim) for
pFN21AB7743
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB7743, 437 aa
1>>>pF1KB7743 437 - 437 aa - 437 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
64369986 residues in 92320 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.6415+/-0.00028; mu= 4.3553+/- 0.018
mean_var=191.9099+/-38.686, 0's: 0 Z-trim(124.1): 32 B-trim: 0 in 0/60
Lambda= 0.092582
statistics sampled from 46923 (46955) to 46923 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.8), E-opt: 0.2 (0.509), width: 16
Scan time: 6.140
The best scores are: opt bits E(92320)
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XP_005245805 (OMIM: 600426) transcription factor E ( 249) 467 74.0 5.4e-13
NP_001941 (OMIM: 600659) transcription factor E2F4 ( 413) 459 73.0 1.7e-12
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>>NP_005216 (OMIM: 189971) transcription factor E2F1 [Ho (437 aa)
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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pF1KB7 SPGEKSRYETSLNLTTKRFLELLSHSADGVVDLNWAAEVLKVQKRRIYDITNVLEGIQLI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 AKKSKNHIQWLGSHTTVGVGGRLEGLTQDLRQLQESEQQLDHLMNICTTQLRLLSEDTDS
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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430
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:::::::::::::::::
NP_005 IRDLFDCDFGDLTPLDF
430
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10 20 30 40 50
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: : : : : :::..:. :: :: :.::.:::: . .. .:.
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pF1KB7 ----GRHPGKGVKSPGEKSRYETSLNLTTKRFLELLSHSADGVVDLNWAAEVLKVQKRRI
: : ::::::.::.:::.: ::.:. :::.: :::.::::::::: ::::::
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::::::::::::: ::.::.:::.: :. . : :.:..:...:: ::.:..
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pF1KB7 ICTTQLRLLSEDTDSQRLAYVTCQDLRSIADPAEQMVMVIKAPPETQLQAVDSSE-NFQI
:. ... :.:: ..:::::: ::.:.... :: :...::::.:.:.. : .: :.::
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::: ::::.:.:::::. :: : :. ...:. : :. ::: .:
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::: .:: : . . ::. .. : :: :.::::: . :: .
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: : .::.:: . :: .::: :::: :::: :.:::
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: : ::::::.::.:::.: ::.:. :::.: :::.::::::::: ::::::
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::::::::::::: ::.::.:: : :. . : :.:..:...:: ::.:.. :
XP_011 YDITNVLEGIQLIRKKAKNNIQGRGMFEDPTRPGKQQQLGQELKELMNTEQALDQLIQSC
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pF1KB7 TTQLRLLSEDTDSQRLAYVTCQDLRSIADPAEQMVMVIKAPPETQLQAVDSSE-NFQISL
. ... :.:: ..:::::: ::.:.... :: :...::::.:.:.. : .: :.:: :
XP_011 SLSFKHLTEDKANKRLAYVTYQDIRAVGNFKEQTVIAVKAPPQTRLEVPDRTEDNLQIYL
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:: ::::.:.:::::. :: : :. ...:. : :. ::: .:::
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: .:: : . . ::. .. : :: :.::::: . :: .:
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pF1KB7 LLP--EEFISLSPPHEALDYHFGLEEGEGIRDLFDC-DFGDLTPLDF
: .::.:: . :: .::: :::: :::: :.:::
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pF1KB7 SSQIVIISAAQDASAPPAPTGPAAPAAGPCDPDLLLFATPQAP--RPTPSAPRPALGR--
.: :. :.... .: :.::.: .:: ..::..: : :::::
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::.::::.: :. ::::... .:.:: .. :: .:.::.:::.: ::.
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:..:::.: :::.::: ::::::::::::::::::::::.:: :::::..::.: .
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:: : .::.... .:.. :..::.:.. :: .:.::.::...::::::: ::.:.:.
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.: :.:.::::::.:.. :: :..:: : : ::::.:.:::::: :: :: .:
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: . : :. .: .. :. .: ::.: :
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pF1KB7 PLVAADSLLEHVREDFSGLLPEEFISLSPPHEALDYHFGLEEGEGIRDLFDCDFGDLTPL
::.. .::....... . : :..: :: :: ..: : ::: :::: . ::
XP_011 PLASPANLLQQTEDQIPSNLEGPFVNLLPPLLQEDYLLSLGEEEGISDLFDAYDLEKLPL
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pF1KB7 --DF
::
XP_011 VEDFMCS
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pF1KB7 GVKSPGEKSRYETSLNLTTKRFLELLSHSADGVVDLNWAAEVLKVQKRRIYDITNVLEGI
. :: .:.::.:::.: ::.:..:::.: :::.::: ::::::::::::::::::::::
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.:: :::::..::.: . :: : .::.... .:.. :..::.:.. :: .:.::
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pF1KB7 SEDTDSQRLAYVTCQDLRSIADPAEQMVMVIKAPPETQLQAVDSSENFQISLKSKQGPID
.::...::::::: ::.:.:. .: :.:.::::::.:.. :: :..:: : : ::::.
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pF1KB7 VFLCPEETVGGISPGKTPSQEVTSEEENRATDSATIVSPPPSSPPSSLTTDPSQSLLSLE
:.:::::: :: :: .: : . : :. .: .. :. .:
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::.: :::.. .::....... . : :..: :: :: ..
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pF1KB7 LEEGEGIRDLFDCDFGDLTPL--DF
: : ::: :::: . :: ::
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>>XP_011539172 (OMIM: 600426) transcription factor E2F2 (350 aa)
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pF1KB7 MALAGAPAGGP-CAPALEA--LLGAGALRLLDSSQIVIISAAQDASAPPAPTGPA
:::.: . : .::. : .: :.: :. .:. . : :.:
XP_011 MLQGPRALASAAGQTPKVVPAMSPTELWPSG----LSSPQLCPATATYYTPLYPQ-TAPP
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pF1KB7 APAAGPCDPDLLLFATPQAPRPTPSAPRPALGRPPVKRRLDLETDHQYLAESSGPARGR-
: : : : : :::..:. :: :: :.::.:::: . .. .:.
XP_011 AAAPGTC-----LDATPHGPEGQVVRCLPA-GRLPAKRKLDLEGIGRPVVPEFPTPKGKC
60 70 80 90 100
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pF1KB7 ----GRHPGKGVKSPGEKSRYETSLNLTTKRFLELLSHSADGVVDLNWAAEVLKVQKRRI
: : ::::::.::.:::.: ::.:. :::.: :::.::::::::: ::::::
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