FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE4569, 724 aa 1>>>pF1KE4569 724 - 724 aa - 724 aa Library: /omim/omim.rfq.tfa 60827320 residues in 85289 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.1624+/-0.000482; mu= 6.3421+/- 0.030 mean_var=226.9995+/-46.628, 0's: 0 Z-trim(117.2): 389 B-trim: 44 in 1/53 Lambda= 0.085126 statistics sampled from 28530 (28989) to 28530 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.682), E-opt: 0.2 (0.34), width: 16 Scan time: 7.310 The best scores are: opt bits E(85289) NP_000086 (OMIM: 132400,177170,600310) cartilage o ( 757) 5311 666.3 1.3e-190 NP_001293142 (OMIM: 600715) thrombospondin-4 isofo ( 870) 3754 475.1 5.1e-133 NP_001293143 (OMIM: 600715) thrombospondin-4 isofo ( 870) 3754 475.1 5.1e-133 NP_001293141 (OMIM: 600715) thrombospondin-4 isofo ( 870) 3754 475.1 5.1e-133 NP_003239 (OMIM: 600715) thrombospondin-4 isoform ( 961) 3754 475.2 5.4e-133 NP_001239537 (OMIM: 188062) thrombospondin-3 isofo ( 836) 3609 457.3 1.1e-127 NP_001239536 (OMIM: 188062) thrombospondin-3 isofo ( 947) 3609 457.4 1.2e-127 NP_009043 (OMIM: 188062) thrombospondin-3 isoform ( 956) 3609 457.4 1.2e-127 XP_006711561 (OMIM: 188062) PREDICTED: thrombospon (1013) 3609 457.4 1.3e-127 XP_011508236 (OMIM: 188062) PREDICTED: thrombospon ( 780) 3171 403.5 1.7e-111 XP_011508237 (OMIM: 188062) PREDICTED: thrombospon ( 780) 3171 403.5 1.7e-111 XP_011508234 (OMIM: 188062) PREDICTED: thrombospon ( 921) 3171 403.5 1.9e-111 XP_011508235 (OMIM: 188062) PREDICTED: thrombospon ( 921) 3171 403.5 1.9e-111 XP_011508233 (OMIM: 188062) PREDICTED: thrombospon ( 921) 3171 403.5 1.9e-111 XP_011508231 (OMIM: 188062) PREDICTED: thrombospon ( 959) 3171 403.6 1.9e-111 XP_011508230 (OMIM: 188062) PREDICTED: thrombospon ( 985) 3171 403.6 2e-111 XP_011508229 (OMIM: 188062) PREDICTED: thrombospon (1007) 3171 403.6 2e-111 XP_011508228 (OMIM: 188062) PREDICTED: thrombospon (1016) 3171 403.6 2e-111 XP_011508238 (OMIM: 188062) PREDICTED: thrombospon ( 704) 3122 397.4 1e-109 XP_011508232 (OMIM: 188062) PREDICTED: thrombospon ( 954) 2839 362.8 3.6e-99 XP_016857695 (OMIM: 188062) PREDICTED: thrombospon ( 488) 2627 336.5 1.6e-91 NP_003237 (OMIM: 188060) thrombospondin-1 precurso (1170) 2504 321.7 1e-86 XP_011520273 (OMIM: 188060) PREDICTED: thrombospon (1112) 2499 321.1 1.5e-86 NP_003238 (OMIM: 188061,603932) thrombospondin-2 p (1172) 2464 316.8 3.1e-85 XP_016865288 (OMIM: 600715) PREDICTED: thrombospon ( 656) 1918 249.5 3.1e-65 XP_016865289 (OMIM: 600715) PREDICTED: thrombospon ( 637) 1900 247.3 1.4e-64 XP_016865287 (OMIM: 600715) PREDICTED: thrombospon ( 663) 1900 247.3 1.5e-64 NP_000129 (OMIM: 102370,129600,134797,154700,18490 (2871) 317 53.5 1.3e-05 NP_001138581 (OMIM: 602320) protein kinase C-bindi ( 815) 304 51.4 1.7e-05 NP_001138580 (OMIM: 602320) protein kinase C-bindi ( 816) 304 51.4 1.7e-05 XP_011536698 (OMIM: 602320) PREDICTED: protein kin ( 816) 304 51.4 1.7e-05 NP_006150 (OMIM: 602320) protein kinase C-binding ( 816) 304 51.4 1.7e-05 XP_005268962 (OMIM: 602320) PREDICTED: protein kin ( 816) 304 51.4 1.7e-05 XP_016874831 (OMIM: 602320) PREDICTED: protein kin ( 821) 304 51.4 1.7e-05 XP_016874832 (OMIM: 602320) PREDICTED: protein kin ( 821) 304 51.4 1.7e-05 XP_016874833 (OMIM: 602320) PREDICTED: protein kin ( 821) 304 51.4 1.7e-05 NP_001138582 (OMIM: 602320) protein kinase C-bindi ( 839) 304 51.4 1.7e-05 NP_001138579 (OMIM: 602320) protein kinase C-bindi ( 866) 304 51.4 1.8e-05 XP_016874830 (OMIM: 602320) PREDICTED: protein kin ( 871) 304 51.4 1.8e-05 XP_011526256 (OMIM: 125630,606100) PREDICTED: adhe ( 724) 298 50.6 2.6e-05 NP_031387 (OMIM: 605399) nidogen-2 precursor [Homo (1375) 297 50.8 4.4e-05 XP_005267462 (OMIM: 605399) PREDICTED: nidogen-2 i (1402) 297 50.8 4.5e-05 NP_001257981 (OMIM: 125630,606100) adhesion G prot ( 765) 289 49.5 5.8e-05 XP_011526254 (OMIM: 125630,606100) PREDICTED: adhe ( 779) 289 49.5 5.9e-05 XP_016882215 (OMIM: 125630,606100) PREDICTED: adhe ( 798) 289 49.5 6e-05 NP_038475 (OMIM: 125630,606100) adhesion G protein ( 823) 289 49.6 6.1e-05 XP_011526251 (OMIM: 125630,606100) PREDICTED: adhe ( 826) 289 49.6 6.1e-05 XP_011526250 (OMIM: 125630,606100) PREDICTED: adhe ( 837) 289 49.6 6.2e-05 NP_006478 (OMIM: 135820,608180) fibulin-1 isoform ( 566) 283 48.7 7.9e-05 NP_006476 (OMIM: 135820,608180) fibulin-1 isoform ( 601) 283 48.7 8.2e-05 >>NP_000086 (OMIM: 132400,177170,600310) cartilage oligo (757 aa) initn: 5311 init1: 5311 opt: 5311 Z-score: 3543.3 bits: 666.3 E(85289): 1.3e-190 Smith-Waterman score: 5311; 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NP_009 LSECPFQGDESIHSAVTNALHSILGEQTKALVTQLTLFNQILVELRDDIRDQVKEMSLIR 210 220 230 240 250 260 40 50 60 70 80 pF1KE4 NTVMECDACGMQQSVRTGLPSVRPLLHCAPGFCFPGVACIQTES--GARCGPCPAGFTGN ::.:::..::.... :. ::.:. :: :: :... : :::::: :. :: NP_009 NTIMECQVCGFHEQ-RS---------HCSPNPCFRGVDCMEVYEYPGYRCGPCPPGLQGN 270 280 290 300 310 90 100 110 120 130 140 pF1KE4 GSHCTDVNEC-NAHPCFPRVRCINTSPGFRCEACPPGYSGPTHQGVGLAFAKANKQVCTD :.::.:.::: .: :::: :::: :::.::::: ::.: .:::. .:.:.::::.: NP_009 GTHCSDINECAHADPCFPGSSCINTMPGFHCEACPRGYKGTQVSGVGIDYARASKQVCND 320 330 340 350 360 370 150 160 170 180 190 200 pF1KE4 INECETGQHN-CVPNSVCINTRGSFQCGPCQPGFVGDQASGCQRRAQRFCPDGSPSECHE :.::. :... : :::.: :: :::.::::. ::.:.:..:: : : . . : :: NP_009 IDECNDGNNGGCDPNSICTNTVGSFKCGPCRLGFLGNQSQGCL--PARTCHSPAHSPCHI 380 390 400 410 420 210 220 230 240 250 260 pF1KE4 HADCVLERDGSRSCVCAVGWAGNGILCGRDTDLDGFPDEKLRCPE--RQCRKDNCVTVPN :: :..::.:. :: : ::::::: .:: :::.::.::. : : . ..:..:::. .:: NP_009 HAHCLFERNGAVSCQCNVGWAGNGNVCGTDTDIDGYPDQALPCMDNNKHCKQDNCLLTPN 430 440 450 460 470 480 270 280 290 300 310 320 pF1KE4 SGQEDVDRDGIGDACDPDADGDGVPNEKDNCPLVRNPDQRNTDEDKWGDACDNCRSQKND :::::.: ::.:: :: ::::::. : .::: : : ::.:.: :..::::::: . :. 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XP_006 LSECPFQGDESIHSAVTNALHSILGEQTKALVTQLTLFNQILVELRDDIRDQVKEMSLIR 260 270 280 290 300 310 40 50 60 70 80 pF1KE4 NTVMECDACGMQQSVRTGLPSVRPLLHCAPGFCFPGVACIQTES--GARCGPCPAGFTGN ::.:::..::.... :. ::.:. :: :: :... : :::::: :. :: XP_006 NTIMECQVCGFHEQ-RS---------HCSPNPCFRGVDCMEVYEYPGYRCGPCPPGLQGN 320 330 340 350 360 90 100 110 120 130 140 pF1KE4 GSHCTDVNEC-NAHPCFPRVRCINTSPGFRCEACPPGYSGPTHQGVGLAFAKANKQVCTD :.::.:.::: .: :::: :::: :::.::::: ::.: .:::. .:.:.::::.: XP_006 GTHCSDINECAHADPCFPGSSCINTMPGFHCEACPRGYKGTQVSGVGIDYARASKQVCND 370 380 390 400 410 420 150 160 170 180 190 200 pF1KE4 INECETGQHN-CVPNSVCINTRGSFQCGPCQPGFVGDQASGCQRRAQRFCPDGSPSECHE :.::. :... : :::.: :: :::.::::. ::.:.:..:: : : . . : :: XP_006 IDECNDGNNGGCDPNSICTNTVGSFKCGPCRLGFLGNQSQGCL--PARTCHSPAHSPCHI 430 440 450 460 470 480 210 220 230 240 250 260 pF1KE4 HADCVLERDGSRSCVCAVGWAGNGILCGRDTDLDGFPDEKLRCPE--RQCRKDNCVTVPN :: :..::.:. :: : ::::::: .:: :::.::.::. : : . ..:..:::. .:: XP_006 HAHCLFERNGAVSCQCNVGWAGNGNVCGTDTDIDGYPDQALPCMDNNKHCKQDNCLLTPN 490 500 510 520 530 540 270 280 290 300 310 320 pF1KE4 SGQEDVDRDGIGDACDPDADGDGVPNEKDNCPLVRNPDQRNTDEDKWGDACDNCRSQKND :::::.: ::.:: :: ::::::. : .::: : : ::.:.: :..::::::: . :. 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