FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE2606, 706 aa 1>>>pF1KE2606 706 - 706 aa - 706 aa Library: /omim/omim.rfq.tfa 60827320 residues in 85289 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 4.9647+/-0.000449; mu= 21.9462+/- 0.028 mean_var=67.0150+/-13.498, 0's: 0 Z-trim(109.4): 52 B-trim: 0 in 0/50 Lambda= 0.156671 statistics sampled from 17523 (17554) to 17523 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.545), E-opt: 0.2 (0.206), width: 16 Scan time: 9.390 The best scores are: opt bits E(85289) NP_065161 (OMIM: 606106) choline transporter-like ( 706) 4778 1089.7 0 NP_001138528 (OMIM: 606106) choline transporter-li ( 704) 4702 1072.5 0 XP_005260054 (OMIM: 606106) PREDICTED: choline tra ( 711) 4684 1068.4 0 XP_005260056 (OMIM: 606106) PREDICTED: choline tra ( 709) 4608 1051.3 0 NP_079533 (OMIM: 606107) choline transporter-like ( 710) 2350 540.9 6.4e-153 NP_001171516 (OMIM: 606107) choline transporter-li ( 634) 2023 466.9 1e-130 NP_001171515 (OMIM: 606107) choline transporter-li ( 668) 1937 447.5 7.7e-125 XP_016870049 (OMIM: 606105) PREDICTED: choline tra ( 624) 689 165.4 6e-40 NP_001273659 (OMIM: 606105) choline transporter-li ( 652) 689 165.4 6.2e-40 NP_001317660 (OMIM: 606105) choline transporter-li ( 654) 689 165.4 6.3e-40 NP_536856 (OMIM: 606105) choline transporter-like ( 657) 689 165.4 6.3e-40 XP_006717092 (OMIM: 606105) PREDICTED: choline tra ( 672) 689 165.4 6.4e-40 XP_006717091 (OMIM: 606105) PREDICTED: choline tra ( 675) 689 165.4 6.4e-40 XP_005251912 (OMIM: 606105) PREDICTED: choline tra ( 719) 689 165.5 6.7e-40 XP_006717090 (OMIM: 606105) PREDICTED: choline tra ( 737) 689 165.5 6.9e-40 >>NP_065161 (OMIM: 606106) choline transporter-like prot (706 aa) initn: 4778 init1: 4778 opt: 4778 Z-score: 5832.3 bits: 1089.7 E(85289): 0 Smith-Waterman score: 4778; 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NP_079 YGDPRQVLYPRNSTGAYCGM-G-ENKDKPYLLYFNIFSCILSSNIISVAENGLQCPTPQV 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 pF1KE2 CVEKCP-DRYLTYLNARSSRDFEYY----KQFCVPGFKNNKGVAEVLRDGDCPAVLIPSK :: .:: : . . : :. : . ..::.:: : : :.. ::. :.:: NP_079 CVSSCPEDPWTVGKNEFSQTVGEVFYTKNRNFCLPGVPWNMTVITSLQQELCPSFLLPSA 120 130 140 150 160 170 170 180 190 200 210 220 pF1KE2 PLARRCFPAIHAYKGVLM-VGNETTYEDGHGSRKNITDLVEGAKKANGVLEARQLAMRIF : :::: .. .: . :.:: ..: :. :... :.::.....:: NP_079 PALGRCFPWTNVTPPALPGITNDTTIQQG------ISGLIDS-------LNARDISVKIF 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 pF1KE2 EDYTVSWYWIIIGLVIAMAMSLLFIILLRFLAGIMVWVMIIMVILVLGYGIFHCYMEYSR ::.. :::::...: .:...:::::.:::..:: .: :.:. :. ::.:::..:. :: NP_079 EDFAQSWYWILVALGVALVLSLLFILLLRLVAGPLVLVLILGVLGVLAYGIYYCWEEYRV 230 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 pF1KE2 LRGEAGSDVSLVDLGFQTDFRVYLHLRQTWLAFMIILSILEVIIILLLIFLRKRILIAIA :: . :...: .::: :.. .: ...:::: .:.:..::.:..:.:::::.:: :::: NP_079 LR-DKGASIS--QLGFTTNLSAYQSVQETWLAALIVLAVLEAILLLMLIFLRQRIRIAIA 290 300 310 320 330 350 360 370 380 390 400 pF1KE2 LIKEASRAVGYVMCSLLYPLVTFFLLCLCIAYWASTAVFLSTSNEAVYKIFDD---SP-C :.::::.::: .: ...:::::: :: .:::::: ::..:.::.. : .. . :: : NP_079 LLKEASKAVGQMMSTMFYPLVTFVLLLICIAYWAMTALYLATSGQPQYVLWASNISSPGC 340 350 360 370 380 390 410 420 430 440 450 pF1KE2 ---PFTAKTCNPETFPSSNESRQCPNARCQFAFYGGESGYHRALLGLQIFNAFMFFWLAN :... .::: : : : ::. : : :.... .:....:::.... .:: : NP_079 EKVPINT-SCNP-TAHLVNSS--CPGLMCVFQGYSSKGLIQRSVFNLQIYGVLGLFWTLN 400 410 420 430 440 450 460 470 480 490 500 510 pF1KE2 FVLALGQVTLAGAFASYYWALRKPDDLPAFPLFSAFGRALRYHTGSLAFGALILAIVQII .:::::: .:::::::.:::..::.:.:.:::.::: :.:::::::::::::::..::: NP_079 WVLALGQCVLAGAFASFYWAFHKPQDIPTFPLISAFIRTLRYHTGSLAFGALILTLVQIA 460 470 480 490 500 510 520 530 540 550 560 570 pF1KE2 RVILEYLDQRLKAAENKFAKCLMTCLKCCFWCLEKFIKFLNRNAYIMIAIYGTNFCTSAR ::::::.:..:....: :.:.: :.:::.:::::::::::::::::::::: :::.::. NP_079 RVILEYIDHKLRGVQNPVARCIMCCFKCCLWCLEKFIKFLNRNAYIMIAIYGKNFCVSAK 520 530 540 550 560 570 580 590 600 610 620 630 pF1KE2 NAFFLLMRNIIRVAVLDKVTDFLFLLGKLLIVGSVGILAFFFFTHRIR-IVQD-TAPPLN :::.::::::.::.:::::::.:...::::.::.::.:.::::. :: . .: .: :: NP_079 NAFMLLMRNIVRVVVLDKVTDLLLFFGKLLVVGGVGVLSFFFFSGRIPGLGKDFKSPHLN 580 590 600 610 620 630 640 650 660 670 680 690 pF1KE2 YYWVPILTVIVGSYLIAHGFFSVYGMCVDTLFLCFLEDLERNDGSAERPYFMSSTLKKLL :::.::.: :.:.:.:: :::::.::::::::::::::::::.:: .:::.::..: :.: NP_079 YYWLPIMTSILGAYVIASGFFSVFGMCVDTLFLCFLEDLERNNGSLDRPYYMSKSLLKIL 640 650 660 670 680 690 700 pF1KE2 NKTNKKAAES .: :. NP_079 GKKNEAPPDNKKRKK 700 710 >>NP_001171516 (OMIM: 606107) choline transporter-like p (634 aa) initn: 1787 init1: 1178 opt: 2023 Z-score: 2467.6 bits: 466.9 E(85289): 1e-130 Smith-Waterman score: 2173; 52.6% identity (78.8% similar) in 642 aa overlap (80-701:3-624) 50 60 70 80 90 100 pF1KE2 VGIIAWTHGDPRKVIYPTDSRGEFCGQKGTKNENKPYLFYFNIVKC--ASPLVLLE---F .:..::::.:::: .: .: .. . . 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NP_001 CWEEYRVLR-DKGASIS--QLGFTTNLSAYQSVQETWLAALIVLAVLEAILLLMLIFLRQ 200 210 220 230 240 250 340 350 360 370 380 390 pF1KE2 RILIAIALIKEASRAVGYVMCSLLYPLVTFFLLCLCIAYWASTAVFLSTSNEAVYKIFDD :: :::::.::::.::: .: ...:::::: :: .:::::: ::..:.::.. : .. . NP_001 RIRIAIALLKEASKAVGQMMSTMFYPLVTFVLLLICIAYWAMTALYLATSGQPQYVLWAS 260 270 280 290 300 310 400 410 420 430 440 450 pF1KE2 ---SP-C---PFTAKTCNPETFPSSNESRQCPNARCQFAFYGGESGYHRALLGLQIFNAF :: : :... .::: : : : ::. : : :.... .:....:::.... NP_001 NISSPGCEKVPINT-SCNP-TAHLVNSS--CPGLMCVFQGYSSKGLIQRSVFNLQIYGVL 320 330 340 350 360 370 460 470 480 490 500 510 pF1KE2 MFFWLANFVLALGQVTLAGAFASYYWALRKPDDLPAFPLFSAFGRALRYHTGSLAFGALI .:: :.:::::: .:::::::.:::..::.:.:.:::.::: :.:::::::::::::: NP_001 GLFWTLNWVLALGQCVLAGAFASFYWAFHKPQDIPTFPLISAFIRTLRYHTGSLAFGALI 380 390 400 410 420 430 520 530 540 550 560 570 pF1KE2 LAIVQIIRVILEYLDQRLKAAENKFAKCLMTCLKCCFWCLEKFIKFLNRNAYIMIAIYGT :..::: ::::::.:..:....: :.:.: :.:::.:::::::::::::::::::::: NP_001 LTLVQIARVILEYIDHKLRGVQNPVARCIMCCFKCCLWCLEKFIKFLNRNAYIMIAIYGK 440 450 460 470 480 490 580 590 600 610 620 630 pF1KE2 NFCTSARNAFFLLMRNIIRVAVLDKVTDFLFLLGKLLIVGSVGILAFFFFTHRIR-IVQD :::.::.:::.::::::.::.:::::::.:...::::.::.::.:.::::. :: . .: NP_001 NFCVSAKNAFMLLMRNIVRVVVLDKVTDLLLFFGKLLVVGGVGVLSFFFFSGRIPGLGKD 500 510 520 530 540 550 640 650 660 670 680 pF1KE2 -TAPPLNYYWVPILTVIVGSYLIAHGFFSVYGMCVDTLFLCFLEDLERNDGSAERPYFMS .: :::::.::.: :.:.:.:: :::::.::::::::::::::::::.:: .:::.:: NP_001 FKSPHLNYYWLPIMTSILGAYVIASGFFSVFGMCVDTLFLCFLEDLERNNGSLDRPYYMS 560 570 580 590 600 610 690 700 pF1KE2 STLKKLLNKTNKKAAES ..: :.:.: :. NP_001 KSLLKILGKKNEAPPDNKKRKK 620 630 >>NP_001171515 (OMIM: 606107) choline transporter-like p (668 aa) initn: 2019 init1: 1178 opt: 1937 Z-score: 2362.2 bits: 447.5 E(85289): 7.7e-125 Smith-Waterman score: 2354; 51.7% identity (76.6% similar) in 714 aa overlap (3-701:7-658) 10 20 30 40 50 pF1KE2 MGDERPHYYGKHGTPQKYDPTFKGPIYNRGCTDIICCVFLLLAIVGYVAVGIIAWT :: . ::: : ::::.:.::: ::.:::.::::..:: :.::..:::.:: NP_001 MGGKQRDEDDEAYGK---PVKYDPSFRGPIKNRSCTDVICCVLFLLFILGYIVVGIVAWL 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 pF1KE2 HGDPRKVIYPTDSRGEFCGQKGTKNENKPYLFYFNIVKC--ASPLVLLE---FQCPTPQI .::::.:.:: .: : .::. : .:..::::.:::: .: .: .. . .:::::: NP_001 YGDPRQVLYPRNSTGAYCGM-G-ENKDKPYLLYFNIFSCILSSNIISVAENGLQCPTPQT 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 pF1KE2 CVEKCPDRYLTYLNARSSRDFEYYKQFCVPGFKNNKGVAEVLRDGDCPAVLIPSKPLARR . . :.. ::. :.:: : : NP_001 VITS-------------------------------------LQQELCPSFLLPSAPALGR 120 130 180 190 200 210 220 230 pF1KE2 CFPAIHAYKGVLM-VGNETTYEDGHGSRKNITDLVEGAKKANGVLEARQLAMRIFEDYTV ::: .. .: . :.:: ..: :. :... :.::.....::::.. NP_001 CFPWTNVTPPALPGITNDTTIQQG------ISGLIDS-------LNARDISVKIFEDFAQ 140 150 160 170 180 240 250 260 270 280 290 pF1KE2 SWYWIIIGLVIAMAMSLLFIILLRFLAGIMVWVMIIMVILVLGYGIFHCYMEYSRLRGEA :::::...: .:...:::::.:::..:: .: :.:. :. ::.:::..:. :: :: . NP_001 SWYWILVALGVALVLSLLFILLLRLVAGPLVLVLILGVLGVLAYGIYYCWEEYRVLR-DK 190 200 210 220 230 240 300 310 320 330 340 350 pF1KE2 GSDVSLVDLGFQTDFRVYLHLRQTWLAFMIILSILEVIIILLLIFLRKRILIAIALIKEA :...: .::: :.. .: ...:::: .:.:..::.:..:.:::::.:: :::::.::: NP_001 GASIS--QLGFTTNLSAYQSVQETWLAALIVLAVLEAILLLMLIFLRQRIRIAIALLKEA 250 260 270 280 290 300 360 370 380 390 400 pF1KE2 SRAVGYVMCSLLYPLVTFFLLCLCIAYWASTAVFLSTSNEAVYKIFDD---SP-C---PF :.::: .: ...:::::: :: .:::::: ::..:.::.. : .. . :: : :. NP_001 SKAVGQMMSTMFYPLVTFVLLLICIAYWAMTALYLATSGQPQYVLWASNISSPGCEKVPI 310 320 330 340 350 360 410 420 430 440 450 460 pF1KE2 TAKTCNPETFPSSNESRQCPNARCQFAFYGGESGYHRALLGLQIFNAFMFFWLANFVLAL .. .::: : : : ::. : : :.... .:....:::.... .:: :.:::: NP_001 NT-SCNP-TAHLVNSS--CPGLMCVFQGYSSKGLIQRSVFNLQIYGVLGLFWTLNWVLAL 370 380 390 400 410 470 480 490 500 510 520 pF1KE2 GQVTLAGAFASYYWALRKPDDLPAFPLFSAFGRALRYHTGSLAFGALILAIVQIIRVILE :: .:::::::.:::..::.:.:.:::.::: :.:::::::::::::::..::: ::::: NP_001 GQCVLAGAFASFYWAFHKPQDIPTFPLISAFIRTLRYHTGSLAFGALILTLVQIARVILE 420 430 440 450 460 470 530 540 550 560 570 580 pF1KE2 YLDQRLKAAENKFAKCLMTCLKCCFWCLEKFIKFLNRNAYIMIAIYGTNFCTSARNAFFL :.:..:....: :.:.: :.:::.:::::::::::::::::::::: :::.::.:::.: NP_001 YIDHKLRGVQNPVARCIMCCFKCCLWCLEKFIKFLNRNAYIMIAIYGKNFCVSAKNAFML 480 490 500 510 520 530 590 600 610 620 630 640 pF1KE2 LMRNIIRVAVLDKVTDFLFLLGKLLIVGSVGILAFFFFTHRIR-IVQD-TAPPLNYYWVP :::::.::.:::::::.:...::::.::.::.:.::::. :: . .: .: :::::.: NP_001 LMRNIVRVVVLDKVTDLLLFFGKLLVVGGVGVLSFFFFSGRIPGLGKDFKSPHLNYYWLP 540 550 560 570 580 590 650 660 670 680 690 700 pF1KE2 ILTVIVGSYLIAHGFFSVYGMCVDTLFLCFLEDLERNDGSAERPYFMSSTLKKLLNKTNK :.: :.:.:.:: :::::.::::::::::::::::::.:: .:::.::..: :.:.: :. NP_001 IMTSILGAYVIASGFFSVFGMCVDTLFLCFLEDLERNNGSLDRPYYMSKSLLKILGKKNE 600 610 620 630 640 650 pF1KE2 KAAES NP_001 APPDNKKRKK 660 >>XP_016870049 (OMIM: 606105) PREDICTED: choline transpo (624 aa) initn: 927 init1: 448 opt: 689 Z-score: 838.1 bits: 165.4 E(85289): 6e-40 Smith-Waterman score: 933; 29.4% identity (60.0% similar) in 667 aa overlap (58-706:20-603) 30 40 50 60 70 80 pF1KE2 NRGCTDIICCVFLLLAIVGYVAVGIIAWTHGDPRKVIYPTDSRGEFCGQKGTKNENKP-- : ... :: :..::::.:: : : XP_016 MEEQSCWYKGFICGFSIATGAAARLVSGYDSYGNICGQKNTKLEAIPNS 10 20 30 40 90 100 110 120 130 pF1KE2 --------YLFYFNIVKCASPLVLLEFQCPTPQICVEKCPDRYLTYLNARSSRDFEYYKQ :.:... : : :.. . . .:: :: . : :. .. . XP_016 GMDHTQRKYVFFLD--PCN--LDLINRKIKSVALCVAACPRQELKTLSDVQKFAEINGSA 50 60 70 80 90 100 140 150 160 170 180 190 pF1KE2 FCVPGFKNNKGVAEVLRDGDCPAVLIPSK---PLARRCFPA-IHAYKGVLMVGNETTYED .: ..: .. .. . :: . .:.. :. .:: :. : : . .. :. 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XP_016 LVLFWVYWIMTLLFLGTTGSPVQN--EQGFVEF--KISGP----------------LQYM 320 330 340 350 440 450 460 470 480 490 pF1KE2 FYGGESGYHRALLGLQIFNAFMFFWLANFVLALGQVTLAGAFASYYWALRKPDDLPAFPL .. :: ..:: .:...:.:: :.:.::: ..::.. : .:: :. 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