FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE5652, 505 aa 1>>>pF1KE5652 505 - 505 aa - 505 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.2989+/-0.000986; mu= 18.3172+/- 0.059 mean_var=71.6170+/-14.165, 0's: 0 Z-trim(104.7): 75 B-trim: 46 in 1/49 Lambda= 0.151554 statistics sampled from 7945 (8023) to 7945 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.609), E-opt: 0.2 (0.246), width: 16 Scan time: 2.690 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS10305.1 CHRNA3 gene_id:1136|Hs108|chr15 ( 505) 3375 747.5 7.8e-216 CCDS53964.1 CHRNA3 gene_id:1136|Hs108|chr15 ( 489) 3091 685.4 3.7e-197 CCDS6135.1 CHRNA6 gene_id:8973|Hs108|chr8 ( 494) 1864 417.1 2.2e-116 CCDS6059.1 CHRNA2 gene_id:1135|Hs108|chr8 ( 529) 1841 412.1 7.5e-115 CCDS64856.1 CHRNA2 gene_id:1135|Hs108|chr8 ( 514) 1702 381.7 1e-105 CCDS13517.1 CHRNA4 gene_id:1137|Hs108|chr20 ( 627) 1620 363.9 3e-100 CCDS56536.1 CHRNA6 gene_id:8973|Hs108|chr8 ( 479) 1595 358.3 1.1e-98 CCDS2261.1 CHRNA1 gene_id:1134|Hs108|chr2 ( 457) 1345 303.6 2.9e-82 CCDS10304.1 CHRNA5 gene_id:1138|Hs108|chr15 ( 468) 1300 293.8 2.7e-79 CCDS10306.1 CHRNB4 gene_id:1143|Hs108|chr15 ( 498) 1292 292.1 9.7e-79 CCDS6134.1 CHRNB3 gene_id:1142|Hs108|chr8 ( 458) 1291 291.8 1.1e-78 CCDS1070.1 CHRNB2 gene_id:1141|Hs108|chr1 ( 502) 1285 290.6 2.8e-78 CCDS10027.1 CHRNA7 gene_id:1139|Hs108|chr15 ( 502) 1220 276.3 5.4e-74 CCDS53924.1 CHRNA7 gene_id:1139|Hs108|chr15 ( 531) 1204 272.9 6.3e-73 CCDS33331.1 CHRNA1 gene_id:1134|Hs108|chr2 ( 482) 1164 264.1 2.5e-70 CCDS3459.1 CHRNA9 gene_id:55584|Hs108|chr4 ( 479) 1020 232.6 7.5e-61 CCDS7745.1 CHRNA10 gene_id:57053|Hs108|chr11 ( 450) 1014 231.3 1.8e-60 CCDS32184.1 CHRFAM7A gene_id:89832|Hs108|chr15 ( 412) 870 199.8 5e-51 CCDS8365.2 HTR3A gene_id:3359|Hs108|chr11 ( 484) 687 159.8 6.3e-39 CCDS53710.1 HTR3A gene_id:3359|Hs108|chr11 ( 463) 683 158.9 1.1e-38 CCDS11106.1 CHRNB1 gene_id:1140|Hs108|chr17 ( 501) 676 157.4 3.4e-38 CCDS42008.1 CHRFAM7A gene_id:89832|Hs108|chr15 ( 321) 656 152.9 5e-37 CCDS8366.2 HTR3A gene_id:3359|Hs108|chr11 ( 516) 628 146.9 5.1e-35 CCDS58754.1 CHRND gene_id:1144|Hs108|chr2 ( 502) 591 138.8 1.3e-32 CCDS58868.1 HTR3E gene_id:285242|Hs108|chr3 ( 456) 563 132.7 8.7e-31 CCDS3251.1 HTR3E gene_id:285242|Hs108|chr3 ( 471) 563 132.7 8.9e-31 CCDS33400.1 CHRNG gene_id:1146|Hs108|chr2 ( 517) 563 132.7 9.6e-31 CCDS2494.1 CHRND gene_id:1144|Hs108|chr2 ( 517) 562 132.5 1.1e-30 CCDS3250.1 HTR3C gene_id:170572|Hs108|chr3 ( 447) 537 127.0 4.4e-29 CCDS8364.1 HTR3B gene_id:9177|Hs108|chr11 ( 441) 524 124.1 3.1e-28 CCDS11058.1 CHRNE gene_id:1145|Hs108|chr17 ( 493) 504 119.8 7.1e-27 CCDS58869.1 HTR3E gene_id:285242|Hs108|chr3 ( 441) 472 112.8 8.2e-25 CCDS58870.1 HTR3E gene_id:285242|Hs108|chr3 ( 456) 472 112.8 8.5e-25 CCDS76786.1 CHRNA5 gene_id:1138|Hs108|chr15 ( 160) 393 95.2 5.8e-20 CCDS58871.1 HTR3E gene_id:285242|Hs108|chr3 ( 482) 393 95.5 1.4e-19 CCDS58392.1 CHRNB4 gene_id:1143|Hs108|chr15 ( 231) 351 86.1 4.5e-17 CCDS4358.1 GABRG2 gene_id:2566|Hs108|chr5 ( 467) 338 83.5 5.7e-16 CCDS3796.1 GLRB gene_id:2743|Hs108|chr4 ( 497) 334 82.6 1.1e-15 CCDS4359.1 GABRG2 gene_id:2566|Hs108|chr5 ( 475) 333 82.4 1.2e-15 CCDS45195.1 GABRG3 gene_id:2567|Hs108|chr15 ( 467) 325 80.6 4.1e-15 CCDS3470.1 GABRG1 gene_id:2565|Hs108|chr4 ( 465) 313 78.0 2.5e-14 CCDS10018.1 GABRB3 gene_id:2562|Hs108|chr15 ( 473) 304 76.0 1e-13 CCDS10019.1 GABRB3 gene_id:2562|Hs108|chr15 ( 473) 304 76.0 1e-13 CCDS54813.1 GLRB gene_id:2743|Hs108|chr4 ( 303) 300 75.0 1.3e-13 CCDS4354.1 GABRB2 gene_id:2561|Hs108|chr5 ( 474) 300 75.2 1.8e-13 CCDS4355.1 GABRB2 gene_id:2561|Hs108|chr5 ( 512) 300 75.2 1.9e-13 CCDS3474.1 GABRB1 gene_id:2560|Hs108|chr4 ( 474) 299 75.0 2.1e-13 CCDS54617.1 GABRR3 gene_id:200959|Hs108|chr3 ( 467) 293 73.6 5.2e-13 CCDS5020.3 GABRR2 gene_id:2570|Hs108|chr6 ( 465) 278 70.4 5.1e-12 CCDS14160.1 GLRA2 gene_id:2742|Hs108|chrX ( 452) 268 68.2 2.2e-11 >>CCDS10305.1 CHRNA3 gene_id:1136|Hs108|chr15 (505 aa) initn: 3375 init1: 3375 opt: 3375 Z-score: 3988.4 bits: 747.5 E(32554): 7.8e-216 Smith-Waterman score: 3375; 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CCDS61 TINLIIPCLFISFLTVLVFYLPSDCGEKVTLCISVLLSLTVFLLVITETIPSTSLVVPLV 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 pF1KE5 GEYLLFTMIFVTLSIVITVFVLNVHYRTPTTHTMPSWVKTVFLNLLPRVMFMTRP---TS ::::::::::::::::.::::::.::::::::::: :::::::.:::.:..: : : CCDS61 GEYLLFTMIFVTLSIVVTVFVLNIHYRTPTTHTMPRWVKTVFLKLLPQVLLMRWPLDKTR 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 pF1KE5 NEGNAQKPRPLYGAELSNLNCFSRAESKG--CKEGYPCQDGMCGYCHHRRIKISNFSANL . :. :: : .: .:: ..: : . : .::. :: :. CCDS61 GTGSDAVPRGL-----------ARRPAKGKLASHGEPRHLKECFHCHK-----SNELATS 370 380 390 400 420 430 440 450 460 470 pF1KE5 TRSSSSESVDAVLSLSALSPEIKEAIQSVKYIAENMKAQNEAKEIQDDWKYVAMVIDRIF : : . .. :. : :::....:.::..::::::..::.::..:::::::::.::.: CCDS61 KRRLSHQPLQWVVENSEHSPEVEDVINSVQFIAENMKSHNETKEVEDDWKYVAMVVDRVF 410 420 430 440 450 460 480 490 500 pF1KE5 LWVFTLVCILGTAGLFLQPLMAREDA :::: .::..::::::::::. CCDS61 LWVFIIVCVFGTAGLFLQPLLGNTGKS 470 480 490 >>CCDS6059.1 CHRNA2 gene_id:1135|Hs108|chr8 (529 aa) initn: 1864 init1: 1602 opt: 1841 Z-score: 2175.4 bits: 412.1 E(32554): 7.5e-115 Smith-Waterman score: 1842; 56.7% identity (76.1% similar) in 506 aa overlap (14-501:33-526) 10 20 30 pF1KE5 MGSGPLSLPLALSPPRLLLLLLLSLLPVA-----RASEAEHRL ::: : : :.: .:.: :: CCDS60 PSCPVFLSFTKLSLWWLLLTPAGGEEAKRPPPRAPGDPLSSPSPTALPQGGSHTETEDRL 10 20 30 40 50 60 40 50 60 70 80 90 pF1KE5 FERLFEDYNEIIRPVANVSDPVIIHFEVSMSQLVKVDEVNQIMETNLWLKQIWNDYKLKW :..::. ::. ::: :.:: ::..: .:..::. ::: ::.: ::.:::: :.::::.: CCDS60 FKHLFRGYNRWARPVPNTSDVVIVRFGLSIAQLIDVDEKNQMMTTNVWLKQEWSDYKLRW 70 80 90 100 110 120 100 110 120 130 140 150 pF1KE5 NPSDYGGAEFMRVPAQKIWKPDIVLYNNAVGDFQVDDKTKALLKYTGEVTWIPPAIFKSS ::.:.:. .:::.. :: ::::::::: :.: : ::: : :: : :.::::.::: CCDS60 NPTDFGNITSLRVPSEMIWIPDIVLYNNADGEFAVTHMTKAHLFSTGTVHWVPPAIYKSS 130 140 150 160 170 180 160 170 180 190 200 210 pF1KE5 CKIDVTYFPFDYQNCTMKFGSWSYDKAKIDLVLIGSSMNLKDYWESGEWAIIKAPGYKHD :.::::.:::: ::: ::::::.:::::::: . ....::::::::::::..: : .. CCDS60 CSIDVTFFPFDQQNCKMKFGSWTYDKAKIDLEQMEQTVDLKDYWESGEWAIVNATGTYNS 190 200 210 220 230 240 220 230 240 250 260 270 pF1KE5 IKYNCCEEIYPDITYSLYIRRLPLFYTINLIIPCLLISFLTVLVFYLPSDCGEKVTLCIS ::.:: :::::.::.. :::::::::::::::::::: :::::::::::::::.::::: CCDS60 KKYDCCAEIYPDVTYAFVIRRLPLFYTINLIIPCLLISCLTVLVFYLPSDCGEKITLCIS 250 260 270 280 290 300 280 290 300 310 320 330 pF1KE5 VLLSLTVFLLVITETIPSTSLVIPLIGEYLLFTMIFVTLSIVITVFVLNVHYRTPTTHTM ::::::::::.::: ::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:.:.:::: CCDS60 VLLSLTVFLLLITEIIPSTSLVIPLIGEYLLFTMIFVTLSIVITVFVLNVHHRSPSTHTM 310 320 330 340 350 360 340 350 360 370 380 pF1KE5 PSWVKTVFLNLLPRVMFMTRPTSNEGNAQKPR----PLYGAELSNLNCFSRA-----ESK : ::. ..:. .:: ..:.:: . : : : ::.. : :.. CCDS60 PHWVRGALLGCVPRWLLMNRPPPPVELCHPLRLKLSPSYHWLESNVDAEEREVVVEEEDR 370 380 390 400 410 420 390 400 410 420 430 440 pF1KE5 GCKEGY--PCQDGMCGYCHHRRIKISNFSANLTRSSSSESVDAVLSLSAL--SPEIKEAI :. : .:.. : : ..:. ...:.:. . : ::....:. CCDS60 WACAGHVAPSVGTLCSHGH------------LHSGASGPKAEALLQEGELLLSPHMQKAL 430 440 450 460 470 450 460 470 480 490 500 pF1KE5 QSVKYIAENMKAQNEAKEIQDDWKYVAMVIDRIFLWVFTLVCILGTAGLFLQPLMAREDA ..:.:::....... . ...:::::::::::::::.: .::.::: :::: :..: CCDS60 EGVHYIADHLRSEDADSSVKEDWKYVAMVIDRIFLWLFIIVCFLGTIGLFLPPFLAGMI 480 490 500 510 520 >>CCDS64856.1 CHRNA2 gene_id:1135|Hs108|chr8 (514 aa) initn: 1810 init1: 1464 opt: 1702 Z-score: 2011.4 bits: 381.7 E(32554): 1e-105 Smith-Waterman score: 1762; 55.5% identity (73.7% similar) in 506 aa overlap (14-501:33-511) 10 20 30 pF1KE5 MGSGPLSLPLALSPPRLLLLLLLSLLPVA-----RASEAEHRL ::: : : :.: .:.: :: CCDS64 PSCPVFLSFTKLSLWWLLLTPAGGEEAKRPPPRAPGDPLSSPSPTALPQGGSHTETEDRL 10 20 30 40 50 60 40 50 60 70 80 90 pF1KE5 FERLFEDYNEIIRPVANVSDPVIIHFEVSMSQLVKVDEVNQIMETNLWLKQIWNDYKLKW :..::. ::. ::: :.:: ::: ::.: ::.:::: :.::::.: CCDS64 FKHLFRGYNRWARPVPNTSD---------------VDEKNQMMTTNVWLKQEWSDYKLRW 70 80 90 100 100 110 120 130 140 150 pF1KE5 NPSDYGGAEFMRVPAQKIWKPDIVLYNNAVGDFQVDDKTKALLKYTGEVTWIPPAIFKSS ::.:.:. .:::.. :: ::::::::: :.: : ::: : :: : :.::::.::: CCDS64 NPTDFGNITSLRVPSEMIWIPDIVLYNNADGEFAVTHMTKAHLFSTGTVHWVPPAIYKSS 110 120 130 140 150 160 160 170 180 190 200 210 pF1KE5 CKIDVTYFPFDYQNCTMKFGSWSYDKAKIDLVLIGSSMNLKDYWESGEWAIIKAPGYKHD :.::::.:::: ::: ::::::.:::::::: . ....::::::::::::..: : .. CCDS64 CSIDVTFFPFDQQNCKMKFGSWTYDKAKIDLEQMEQTVDLKDYWESGEWAIVNATGTYNS 170 180 190 200 210 220 220 230 240 250 260 270 pF1KE5 IKYNCCEEIYPDITYSLYIRRLPLFYTINLIIPCLLISFLTVLVFYLPSDCGEKVTLCIS ::.:: :::::.::.. :::::::::::::::::::: :::::::::::::::.::::: CCDS64 KKYDCCAEIYPDVTYAFVIRRLPLFYTINLIIPCLLISCLTVLVFYLPSDCGEKITLCIS 230 240 250 260 270 280 280 290 300 310 320 330 pF1KE5 VLLSLTVFLLVITETIPSTSLVIPLIGEYLLFTMIFVTLSIVITVFVLNVHYRTPTTHTM ::::::::::.::: ::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:.:.:::: CCDS64 VLLSLTVFLLLITEIIPSTSLVIPLIGEYLLFTMIFVTLSIVITVFVLNVHHRSPSTHTM 290 300 310 320 330 340 340 350 360 370 380 pF1KE5 PSWVKTVFLNLLPRVMFMTRPTSNEGNAQKPR----PLYGAELSNLNCFSRA-----ESK : ::. ..:. .:: ..:.:: . : : : ::.. : :.. CCDS64 PHWVRGALLGCVPRWLLMNRPPPPVELCHPLRLKLSPSYHWLESNVDAEEREVVVEEEDR 350 360 370 380 390 400 390 400 410 420 430 440 pF1KE5 GCKEGY--PCQDGMCGYCHHRRIKISNFSANLTRSSSSESVDAVLSLSAL--SPEIKEAI :. : .:.. : : ..:. ...:.:. . : ::....:. CCDS64 WACAGHVAPSVGTLCSHGH------------LHSGASGPKAEALLQEGELLLSPHMQKAL 410 420 430 440 450 450 460 470 480 490 500 pF1KE5 QSVKYIAENMKAQNEAKEIQDDWKYVAMVIDRIFLWVFTLVCILGTAGLFLQPLMAREDA ..:.:::....... . ...:::::::::::::::.: .::.::: :::: :..: CCDS64 EGVHYIADHLRSEDADSSVKEDWKYVAMVIDRIFLWLFIIVCFLGTIGLFLPPFLAGMI 460 470 480 490 500 510 >>CCDS13517.1 CHRNA4 gene_id:1137|Hs108|chr20 (627 aa) initn: 1909 init1: 1592 opt: 1620 Z-score: 1913.2 bits: 363.9 E(32554): 3e-100 Smith-Waterman score: 1620; 66.1% identity (83.6% similar) in 360 aa overlap (12-368:11-370) 10 20 30 40 50 pF1KE5 MGSGPLSLPLALSPPRLLLL---LLLSLLPVARASEAEHRLFERLFEDYNEIIRPVANVS : :: :::: :: . : ..::.::...:: ::. :::::.: CCDS13 MELGGPGAPRLLPPLLLLLGTGLLRASSHVETRAHAEERLLKKLFSGYNKWSRPVANIS 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 pF1KE5 DPVIIHFEVSMSQLVKVDEVNQIMETNLWLKQIWNDYKLKWNPSDYGGAEFMRVPAQKIW : :...: .:..::. ::: ::.: ::.:.:: :.::::.:.:.:: .. .:.:.. :: CCDS13 DVVLVRFGLSIAQLIDVDEKNQMMTTNVWVKQEWHDYKLRWDPADYENVTSIRIPSELIW 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 pF1KE5 KPDIVLYNNAVGDFQVDDKTKALLKYTGEVTWIPPAIFKSSCKIDVTYFPFDYQNCTMKF .::::::::: ::: : ::: : . :.: : ::::.::::.::::.:::: ::::::: CCDS13 RPDIVLYNNADGDFAVTHLTKAHLFHDGRVQWTPPAIYKSSCSIDVTFFPFDQQNCTMKF 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 pF1KE5 GSWSYDKAKIDLVLIGSSMNLKDYWESGEWAIIKAPGYKHDIKYNCCEEIYPDITYSLYI :::.::::::::: . : .. :.::::::.:. : : . ::.:: ::::::::.. : CCDS13 GSWTYDKAKIDLVNMHSRVDQLDFWESGEWVIVDAVGTYNTRKYECCAEIYPDITYAFVI 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 pF1KE5 RRLPLFYTINLIIPCLLISFLTVLVFYLPSDCGEKVTLCISVLLSLTVFLLVITETIPST ::::::::::::::::::: ::::::::::.::::.:::::::::::::::.::: :::: CCDS13 RRLPLFYTINLIIPCLLISCLTVLVFYLPSECGEKITLCISVLLSLTVFLLLITEIIPST 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 pF1KE5 SLVIPLIGEYLLFTMIFVTLSIVITVFVLNVHYRTPTTHTMPSWVKTVFLNLLPRVMFMT ::::::::::::::::::::::::::::::::.:.: :::::.::. :::...::...: CCDS13 SLVIPLIGEYLLFTMIFVTLSIVITVFVLNVHHRSPRTHTMPTWVRRVFLDIVPRLLLMK 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 pF1KE5 RPTSNEGNAQKPRPLYGAELSNLNCFSRAESKGCKEGYPCQDGMCGYCHHRRIKISNFSA ::. . : .. CCDS13 RPSVVKDNCRRLIESMHKMASAPRFWPEPEGEPPATSGTQSLHPPSPSFCVPLDVPAEPG 360 370 380 390 400 410 >-- initn: 324 init1: 278 opt: 284 Z-score: 334.5 bits: 71.8 E(32554): 2.6e-12 Smith-Waterman score: 284; 40.6% identity (66.4% similar) in 128 aa overlap (374-501:508-624) 350 360 370 380 390 400 pF1KE5 TVFLNLLPRVMFMTRPTSNEGNAQKPRPLYGAELSNLNCFSRAESKGCKEGYPCQDGMCG :: :.. : : :: . ::. : CCDS13 VEGGVRCRSRSIQYCVPRDDAAPEADGQAAGA-LASRNTHS-AELPPPDQPSPCK---CT 480 490 500 510 520 530 410 420 430 440 450 460 pF1KE5 YCHHRRIKISNFSANLTRSSSSESVDAVLSLSALSPEIKEAIQSVKYIAENMKAQNEAKE :... ..: .. :::... ::: . .:...:.:::...::.. CCDS13 -CKKEPSSVSPSATVKTRSTKAPPPHL-----PLSPALTRAVEGVQYIADHLKAEDTDFS 540 550 560 570 580 470 480 490 500 pF1KE5 IQDDWKYVAMVIDRIFLWVFTLVCILGTAGLFLQPLMAREDA ...:::::::::::::::.: .::.:::.:::: : .: CCDS13 VKEDWKYVAMVIDRIFLWMFIIVCLLGTVGLFLPPWLAGMI 590 600 610 620 >>CCDS56536.1 CHRNA6 gene_id:8973|Hs108|chr8 (479 aa) initn: 2069 init1: 1563 opt: 1595 Z-score: 1885.4 bits: 358.3 E(32554): 1.1e-98 Smith-Waterman score: 2059; 65.2% identity (82.2% similar) in 471 aa overlap (35-500:34-473) 10 20 30 40 50 60 pF1KE5 PLSLPLALSPPRLLLLLLLSLLPVARASEAEHRLFERLFEDYNEIIRPVANVSDPVIIHF :.:::..:: ::..:::: :::::: .:: CCDS56 SKGQGFLHGGLCLWLCVFTPFFKGCVGCATEERLFHKLFSHYNQFIRPVENVSDPVTVHF 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 pF1KE5 EVSMSQLVKVDEVNQIMETNLWLKQIWNDYKLKWNPSDYGGAEFMRVPAQKIWKPDIVLY ::...::..: :::::::.:.: .: : : .::::.:::::::::: CCDS56 EVAITQLANV---------------IWNDYKLRWDPMEYDGIETLRVPADKIWKPDIVLY 70 80 90 100 130 140 150 160 170 180 pF1KE5 NNAVGDFQVDDKTKALLKYTGEVTWIPPAIFKSSCKIDVTYFPFDYQNCTMKFGSWSYDK :::::::::. ::::::::.: .:: ::::::::: .:.:.::::.:::..:::::.::: CCDS56 NNAVGDFQVEGKTKALLKYNGMITWTPPAIFKSSCPMDITFFPFDHQNCSLKFGSWTYDK 110 120 130 140 150 160 190 200 210 220 230 240 pF1KE5 AKIDLVLIGSSMNLKDYWESGEWAIIKAPGYKHDIKYNCCEEIYPDITYSLYIRRLPLFY :.:::..:::.....:.::..:: :: : ::::::::::::::: :::::.::::::.:: CCDS56 AEIDLLIIGSKVDMNDFWENSEWEIIDASGYKHDIKYNCCEEIYTDITYSFYIRRLPMFY 170 180 190 200 210 220 250 260 270 280 290 300 pF1KE5 TINLIIPCLLISFLTVLVFYLPSDCGEKVTLCISVLLSLTVFLLVITETIPSTSLVIPLI :::::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.::. CCDS56 TINLIIPCLFISFLTVLVFYLPSDCGEKVTLCISVLLSLTVFLLVITETIPSTSLVVPLV 230 240 250 260 270 280 310 320 330 340 350 360 pF1KE5 GEYLLFTMIFVTLSIVITVFVLNVHYRTPTTHTMPSWVKTVFLNLLPRVMFMTRP---TS ::::::::::::::::.::::::.::::::::::: :::::::.:::.:..: : : CCDS56 GEYLLFTMIFVTLSIVVTVFVLNIHYRTPTTHTMPRWVKTVFLKLLPQVLLMRWPLDKTR 290 300 310 320 330 340 370 380 390 400 410 pF1KE5 NEGNAQKPRPLYGAELSNLNCFSRAESKG--CKEGYPCQDGMCGYCHHRRIKISNFSANL . :. :: : .: .:: ..: : . : .::. :: :. CCDS56 GTGSDAVPRGL-----------ARRPAKGKLASHGEPRHLKECFHCHK-----SNELATS 350 360 370 380 390 420 430 440 450 460 470 pF1KE5 TRSSSSESVDAVLSLSALSPEIKEAIQSVKYIAENMKAQNEAKEIQDDWKYVAMVIDRIF : : . .. :. : :::....:.::..::::::..::.::..:::::::::.::.: CCDS56 KRRLSHQPLQWVVENSEHSPEVEDVINSVQFIAENMKSHNETKEVEDDWKYVAMVVDRVF 400 410 420 430 440 450 480 490 500 pF1KE5 LWVFTLVCILGTAGLFLQPLMAREDA :::: .::..::::::::::. CCDS56 LWVFIIVCVFGTAGLFLQPLLGNTGKS 460 470 >>CCDS2261.1 CHRNA1 gene_id:1134|Hs108|chr2 (457 aa) initn: 1534 init1: 758 opt: 1345 Z-score: 1590.3 bits: 303.6 E(32554): 2.9e-82 Smith-Waterman score: 1479; 47.7% identity (72.7% similar) in 488 aa overlap (12-495:1-446) 10 20 30 40 50 60 pF1KE5 MGSGPLSLPLALSPPRLLLLLLLSLLPVARASEAEHRLFERLFEDYNEIIRPVANVSDPV . : ::::. : .. .:: : :: .::.::. ..::: . . : CCDS22 MEPWPLLLLFSLCSAGLVLGSEHETRLVAKLFKDYSSVVRPVEDHRQVV 10 20 30 40 70 80 90 100 110 120 pF1KE5 IIHFEVSMSQLVKVDEVNQIMETNLWLKQIWNDYKLKWNPSDYGGAEFMRVPAQKIWKPD . ... ::..:::::::. ::. ::: : ::.:::::.::::.. ...:..:::.:: CCDS22 EVTVGLQLIQLINVDEVNQIVTTNVRLKQQWVDYNLKWNPDDYGGVKKIHIPSEKIWRPD 50 60 70 80 90 100 130 140 150 160 170 180 pF1KE5 IVLYNNAVGDFQVDDKTKALLKYTGEVTWIPPAIFKSSCKIDVTYFPFDYQNCTMKFGSW .:::::: ::: . ::.::.:::..:: ::::::: :.: ::.:::: :::.::.:.: CCDS22 LVLYNNADGDFAIVKFTKVLLQYTGHITWTPPAIFKSYCEIIVTHFPFDEQNCSMKLGTW 110 120 130 140 150 160 190 200 210 220 230 pF1KE5 SYDKAKIDLVLIGSSMNLKDYWESGEWAIIKAPGYKHDIKYNCCEEI-YPDITYSLYIRR .:: . . . ... .:... :::::.: .. :.::.. :.:: . : :::: . ..: CCDS22 TYDGSVVAINPESDQPDLSNFMESGEWVIKESRGWKHSVTYSCCPDTPYLDITYHFVMQR 170 180 190 200 210 220 240 250 260 270 280 290 pF1KE5 LPLFYTINLIIPCLLISFLTVLVFYLPSDCGEKVTLCISVLLSLTVFLLVITETIPSTSL :::.. .:.::::::.:::: ::::::.: :::.:: ::::::::::::::.: ::::: CCDS22 LPLYFIVNVIIPCLLFSFLTGLVFYLPTDSGEKMTLSISVLLSLTVFLLVIVELIPSTSS 230 240 250 260 270 280 300 310 320 330 340 350 pF1KE5 VIPLIGEYLLFTMIFVTLSIVITVFVLNVHYRTPTTHTMPSWVKTVFLNLLPRVMF---M ..::::.:.::::.:: ::.:::.:.:.:.:.:.::.::.::. ::.. .: .:: : CCDS22 AVPLIGKYMLFTMVFVIASIIITVIVINTHHRSPSTHVMPNWVRKVFIDTIPNIMFFSTM 290 300 310 320 330 340 360 370 380 390 400 410 pF1KE5 TRPTSNEGNAQKPRPLYGAELSNLNCFSRAESKGCKEGYPCQDGMCGYCHHRRIKISNFS ::. . .. . .. .. ... .: : : : :. : :: CCDS22 KRPSRE----KQDKKIFTEDI-DISDIS---------GKPGPPPM-GF-HSPLIK----- 350 360 370 380 420 430 440 450 460 470 pF1KE5 ANLTRSSSSESVDAVLSLSALSPEIKEAIQSVKYIAENMKAQNEAKEIQDDWKYVAMVID ::.: ::...:::::.::...:... .:::::::.: CCDS22 ---------------------HPEVKSAIEGIKYIAETMKSDQESNNAAAEWKYVAMVMD 390 400 410 420 480 490 500 pF1KE5 RIFLWVFTLVCILGTAGLFLQPLMAREDA .:.: :: ::::.:: ..: CCDS22 HILLGVFMLVCIIGTLAVFAGRLIELNQQG 430 440 450 >>CCDS10304.1 CHRNA5 gene_id:1138|Hs108|chr15 (468 aa) initn: 1470 init1: 523 opt: 1300 Z-score: 1536.9 bits: 293.8 E(32554): 2.7e-79 Smith-Waterman score: 1385; 44.7% identity (68.6% similar) in 510 aa overlap (13-502:6-453) 10 20 30 40 pF1KE5 MGSGPLSLPLALSPPRLLLLLLLSLLPVAR-----------------ASEAEHR--LFER : :: : :::: : ..: .: :.:. :.. CCDS10 MAARGSGPRALRLLLLVQLVAGRCGLAGAAGGAQRGLSEPSSIAKHEDSLLKD 10 20 30 40 50 50 60 70 80 90 100 pF1KE5 LFEDYNEIIRPVANVSDPVIIHFEVSMSQLVKVDEVNQIMETNLWLKQIWNDYKLKWNPS ::.::.. .::: ...: . :.: ...:::: ::: ::.: ::.:::: : : ::.:::. CCDS10 LFQDYERWVRPVEHLNDKIKIKFGLAISQLVDVDEKNQLMTTNVWLKQEWIDVKLRWNPD 60 70 80 90 100 110 110 120 130 140 150 160 pF1KE5 DYGGAEFMRVPAQKIWKPDIVLYNNAVGDFQVDDKTKALLKYTGEVTWIPPAIFKSSCKI :::: . .:::....: :::::..:: : :. .::....:.: ::: ::: .:::: : CCDS10 DYGGIKVIRVPSDSVWTPDIVLFDNADGRFE-GTSTKTVIRYNGTVTWTPPANYKSSCTI 120 130 140 150 160 170 170 180 190 200 210 220 pF1KE5 DVTYFPFDYQNCTMKFGSWSYDKAKIDLVLIGSSMNLKDYWESGEWAIIKAPGYKHDIKY :::.:::: :::.::::::.:: ...:..: .... .:....::: :..: : : . CCDS10 DVTFFPFDLQNCSMKFGSWTYDGSQVDIILEDQDVDKRDFFDNGEWEIVSATGSKGNRTD 180 190 200 210 220 230 230 240 250 260 270 280 pF1KE5 NCCEEIYPDITYSLYIRRLPLFYTINLIIPCLLISFLTVLVFYLPSDCGEKVTLCISVLL .:: :: .:::. :.:::::::. :::::. .::::::::::::. :::. :: :::. CCDS10 SCC--WYPYVTYSFVIKRLPLFYTLFLIIPCIGLSFLTVLVFYLPSNEGEKICLCTSVLV 240 250 260 270 280 290 290 300 310 320 330 340 pF1KE5 SLTVFLLVITETIPSTSLVIPLIGEYLLFTMIFVTLSIVITVFVLNVHYRTPTTHT-MPS ::::::::: : :::.: :::::::::.::::::::::..:::..:.:.:. .::. : CCDS10 SLTVFLLVIEEIIPSSSKVIPLIGEYLVFTMIFVTLSIMVTVFAINIHHRSSSTHNAMAP 300 310 320 330 340 350 350 360 370 380 390 400 pF1KE5 WVKTVFLNLLPRVMFMTRPTSNEGNAQKPRPLYGAELSNLNCFSRAESKGCKEGYPCQDG :. .::. ::... : : .. .:: . :. : : CCDS10 LVRKIFLHTLPKLLCM-RSHVDRYFTQKEETESGS--------------GPK-------- 360 370 380 410 420 430 440 450 460 pF1KE5 MCGYCHHRRIKISNFSANLTRSSSSESVDAVLSLSALSPEIKEAIQSVKYIAENMKAQNE :: ....: :..:..::.... .:. CCDS10 ----------------------SSRNTLEA-------------ALDSIRYITRHIMKEND 390 400 410 470 480 490 500 pF1KE5 AKEIQDDWKYVAMVIDRIFLWVFTLVCILGTAGLFLQPLMAREDA ..:. .:::..:.:.::.:::.: .: :.:. :::. :.. . CCDS10 VREVVEDWKFIAQVLDRMFLWTFLFVSIVGSLGLFV-PVIYKWANILIPVHIGNANK 420 430 440 450 460 >>CCDS10306.1 CHRNB4 gene_id:1143|Hs108|chr15 (498 aa) initn: 1514 init1: 670 opt: 1292 Z-score: 1527.1 bits: 292.1 E(32554): 9.7e-79 Smith-Waterman score: 1519; 46.5% identity (74.1% similar) in 495 aa overlap (15-505:5-488) 10 20 30 40 50 pF1KE5 MGSGPLSLPLALSPPRLLLLLLLSLLPVA--RASEAEHRLFERLFED--YNEIIRPVANV : :.:..:..: . :...::..:.. :.. ::..:::... 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