Result of FASTA (ccds) for pFN21AB8524
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB8524, 837 aa
  1>>>pF1KB8524 837 - 837 aa - 837 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.5906+/-0.0011; mu= 13.7689+/- 0.066
 mean_var=82.7746+/-16.697, 0's: 0 Z-trim(103.9): 44  B-trim: 44 in 1/50
 Lambda= 0.140970
 statistics sampled from 7574 (7613) to 7574 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.593), E-opt: 0.2 (0.234), width:  16
 Scan time:  3.980

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS31771.1 PKP2 gene_id:5318|Hs108|chr12          ( 837) 5440 1116.9       0
CCDS8731.1 PKP2 gene_id:5318|Hs108|chr12           ( 881) 2983 617.2 3.8e-176
CCDS30967.1 PKP1 gene_id:5317|Hs108|chr1           ( 726) 1219 258.4 3.2e-68
CCDS7695.1 PKP3 gene_id:11187|Hs108|chr11          ( 797)  971 208.0 5.3e-53
CCDS44609.1 CTNND1 gene_id:1500|Hs108|chr11        ( 832)  915 196.6 1.5e-49
CCDS53634.1 CTNND1 gene_id:1500|Hs108|chr11        ( 840)  915 196.6 1.5e-49
CCDS53633.1 CTNND1 gene_id:1500|Hs108|chr11        ( 861)  915 196.6 1.5e-49
CCDS55766.1 CTNND1 gene_id:1500|Hs108|chr11        ( 879)  915 196.6 1.6e-49
CCDS55767.1 CTNND1 gene_id:1500|Hs108|chr11        ( 887)  915 196.6 1.6e-49
CCDS55765.1 CTNND1 gene_id:1500|Hs108|chr11        ( 908)  915 196.6 1.6e-49
CCDS44606.1 CTNND1 gene_id:1500|Hs108|chr11        ( 933)  915 196.6 1.6e-49
CCDS44607.1 CTNND1 gene_id:1500|Hs108|chr11        ( 941)  915 196.6 1.7e-49
CCDS44605.1 CTNND1 gene_id:1500|Hs108|chr11        ( 962)  915 196.6 1.7e-49
CCDS75228.1 CTNND2 gene_id:1501|Hs108|chr5         (1134)  889 191.4 7.7e-48
CCDS3881.1 CTNND2 gene_id:1501|Hs108|chr5          (1225)  889 191.4 8.2e-48
CCDS75227.1 CTNND2 gene_id:1501|Hs108|chr5         ( 888)  873 188.1 5.8e-47
CCDS33306.1 PKP4 gene_id:8502|Hs108|chr2           (1149)  803 173.9 1.4e-42
CCDS33305.1 PKP4 gene_id:8502|Hs108|chr2           (1192)  803 173.9 1.5e-42
CCDS13771.1 ARVCF gene_id:421|Hs108|chr22          ( 962)  643 141.3 7.6e-33
CCDS53632.1 CTNND1 gene_id:1500|Hs108|chr11        ( 838)  617 136.0 2.6e-31
CCDS44608.1 CTNND1 gene_id:1500|Hs108|chr11        ( 867)  617 136.0 2.7e-31
CCDS55764.1 CTNND1 gene_id:1500|Hs108|chr11        ( 885)  617 136.0 2.7e-31
CCDS55763.1 CTNND1 gene_id:1500|Hs108|chr11        ( 914)  617 136.0 2.8e-31
CCDS73290.1 CTNND1 gene_id:1500|Hs108|chr11        ( 939)  617 136.0 2.9e-31
CCDS44604.1 CTNND1 gene_id:1500|Hs108|chr11        ( 968)  617 136.0   3e-31
CCDS30966.1 PKP1 gene_id:5317|Hs108|chr1           ( 747)  496 111.4   6e-24


>>CCDS31771.1 PKP2 gene_id:5318|Hs108|chr12               (837 aa)
 initn: 5440 init1: 5440 opt: 5440  Z-score: 5976.7  bits: 1116.9 E(32554):    0
Smith-Waterman score: 5440; 100.0% identity (100.0% similar) in 837 aa overlap (1-837:1-837)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB8 MAAPGAPAEYGYIRTVLGQQILGQLDSSSLALPSEAKLKLAGSSGRGGQTVKSLRIQEQV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 MAAPGAPAEYGYIRTVLGQQILGQLDSSSLALPSEAKLKLAGSSGRGGQTVKSLRIQEQV
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB8 QQTLARKGRSSVGNGNLHRTSSVPEYVYNLHLVENDFVGGRSPVPKTYDMLKAGTTATYE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 QQTLARKGRSSVGNGNLHRTSSVPEYVYNLHLVENDFVGGRSPVPKTYDMLKAGTTATYE
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB8 GRWGRGTAQYSSQKSVEERSLRHPLRRLEISPDSSPERAHYTHSDYQYSQRSQAGHTLHH
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 GRWGRGTAQYSSQKSVEERSLRHPLRRLEISPDSSPERAHYTHSDYQYSQRSQAGHTLHH
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB8 QESRRAALLVPPRYARSEIVGVSRAGTTSRQRHFDTYHRQYQHGSVSDTVFDSIPANPAL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 QESRRAALLVPPRYARSEIVGVSRAGTTSRQRHFDTYHRQYQHGSVSDTVFDSIPANPAL
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB8 LTYPRPGTSRSMGNLLEKENYLTAGLTVGQVRPLVPLQPVTQNRASRSSWHQSSFHSTRT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 LTYPRPGTSRSMGNLLEKENYLTAGLTVGQVRPLVPLQPVTQNRASRSSWHQSSFHSTRT
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB8 LREAGPSVAVDSSGRRAHLTVGQAAAGGSGNLLTERSTFTDSQLGNADMEMTLERAVSML
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 LREAGPSVAVDSSGRRAHLTVGQAAAGGSGNLLTERSTFTDSQLGNADMEMTLERAVSML
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KB8 EADHMLPSRISAAATFIQHECFQKSEARKRVNQLRGILKLLQLLKVQNEDVQRAVCGALR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 EADHMLPSRISAAATFIQHECFQKSEARKRVNQLRGILKLLQLLKVQNEDVQRAVCGALR
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KB8 NLVFEDNDNKLEVAELNGVPRLLQVLKQTRDLETKKQITGLLWNLSSNDKLKNLMITEAL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 NLVFEDNDNKLEVAELNGVPRLLQVLKQTRDLETKKQITGLLWNLSSNDKLKNLMITEAL
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KB8 LTLTENIIIPFSGWPEGDYPKANGLLDFDIFYNVTGCLRNMSSAGADGRKAMRRCDGLID
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 LTLTENIIIPFSGWPEGDYPKANGLLDFDIFYNVTGCLRNMSSAGADGRKAMRRCDGLID
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580       590       600
pF1KB8 SLVHYVRGTIADYQPDDKATENCVCILHNLSYQLEAELPEKYSQNIYIQNRNIQTDNNKS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 SLVHYVRGTIADYQPDDKATENCVCILHNLSYQLEAELPEKYSQNIYIQNRNIQTDNNKS
              550       560       570       580       590       600

              610       620       630       640       650       660
pF1KB8 IGCFGSRSRKVKEQYQDVPMPEEKSNPKGVEWLWHSIVIRMYLSLIAKSVRNYTQEASLG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 IGCFGSRSRKVKEQYQDVPMPEEKSNPKGVEWLWHSIVIRMYLSLIAKSVRNYTQEASLG
              610       620       630       640       650       660

              670       680       690       700       710       720
pF1KB8 ALQNLTAGSGPMPTSVAQTVVQKESGLQHTRKMLHVGDPSVKKTAISLLRNLSRNLSLQN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 ALQNLTAGSGPMPTSVAQTVVQKESGLQHTRKMLHVGDPSVKKTAISLLRNLSRNLSLQN
              670       680       690       700       710       720

              730       740       750       760       770       780
pF1KB8 EIAKETLPDLVSIIPDTVPSTDLLIETTASACYTLNNIIQNSYQNARDLLNTGGIQKIMA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 EIAKETLPDLVSIIPDTVPSTDLLIETTASACYTLNNIIQNSYQNARDLLNTGGIQKIMA
              730       740       750       760       770       780

              790       800       810       820       830       
pF1KB8 ISAGDAYASNKASKAASVLLYSLWAHTELHHAYKKAQFKKTDFVNSRTAKAYHSLKD
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 ISAGDAYASNKASKAASVLLYSLWAHTELHHAYKKAQFKKTDFVNSRTAKAYHSLKD
              790       800       810       820       830       

>>CCDS8731.1 PKP2 gene_id:5318|Hs108|chr12                (881 aa)
 initn: 3026 init1: 2983 opt: 2983  Z-score: 3275.8  bits: 617.2 E(32554): 3.8e-176
Smith-Waterman score: 5267; 94.9% identity (94.9% similar) in 869 aa overlap (1-825:1-869)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB8 MAAPGAPAEYGYIRTVLGQQILGQLDSSSLALPSEAKLKLAGSSGRGGQTVKSLRIQEQV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS87 MAAPGAPAEYGYIRTVLGQQILGQLDSSSLALPSEAKLKLAGSSGRGGQTVKSLRIQEQV
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB8 QQTLARKGRSSVGNGNLHRTSSVPEYVYNLHLVENDFVGGRSPVPKTYDMLKAGTTATYE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS87 QQTLARKGRSSVGNGNLHRTSSVPEYVYNLHLVENDFVGGRSPVPKTYDMLKAGTTATYE
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB8 GRWGRGTAQYSSQKSVEERSLRHPLRRLEISPDSSPERAHYTHSDYQYSQRSQAGHTLHH
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS87 GRWGRGTAQYSSQKSVEERSLRHPLRRLEISPDSSPERAHYTHSDYQYSQRSQAGHTLHH
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB8 QESRRAALLVPPRYARSEIVGVSRAGTTSRQRHFDTYHRQYQHGSVSDTVFDSIPANPAL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS87 QESRRAALLVPPRYARSEIVGVSRAGTTSRQRHFDTYHRQYQHGSVSDTVFDSIPANPAL
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB8 LTYPRPGTSRSMGNLLEKENYLTAGLTVGQVRPLVPLQPVTQNRASRSSWHQSSFHSTRT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS87 LTYPRPGTSRSMGNLLEKENYLTAGLTVGQVRPLVPLQPVTQNRASRSSWHQSSFHSTRT
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB8 LREAGPSVAVDSSGRRAHLTVGQAAAGGSGNLLTERSTFTDSQLGNADMEMTLERAVSML
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS87 LREAGPSVAVDSSGRRAHLTVGQAAAGGSGNLLTERSTFTDSQLGNADMEMTLERAVSML
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KB8 EADHMLPSRISAAATFIQHECFQKSEARKRVNQLRGILKLLQLLKVQNEDVQRAVCGALR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS87 EADHMLPSRISAAATFIQHECFQKSEARKRVNQLRGILKLLQLLKVQNEDVQRAVCGALR
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450                              
pF1KB8 NLVFEDNDNKLEVAELNGVPRLLQVLKQTRDLETKKQIT---------------------
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::                     
CCDS87 NLVFEDNDNKLEVAELNGVPRLLQVLKQTRDLETKKQITDHTVNLRSRNGWPGAVAHACN
              430       440       450       460       470       480

                            460       470       480       490      
pF1KB8 -----------------------GLLWNLSSNDKLKNLMITEALLTLTENIIIPFSGWPE
                              :::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS87 PSTLGGQGGRITRSGVRDQPDQHGLLWNLSSNDKLKNLMITEALLTLTENIIIPFSGWPE
              490       500       510       520       530       540

        500       510       520       530       540       550      
pF1KB8 GDYPKANGLLDFDIFYNVTGCLRNMSSAGADGRKAMRRCDGLIDSLVHYVRGTIADYQPD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS87 GDYPKANGLLDFDIFYNVTGCLRNMSSAGADGRKAMRRCDGLIDSLVHYVRGTIADYQPD
              550       560       570       580       590       600

        560       570       580       590       600       610      
pF1KB8 DKATENCVCILHNLSYQLEAELPEKYSQNIYIQNRNIQTDNNKSIGCFGSRSRKVKEQYQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS87 DKATENCVCILHNLSYQLEAELPEKYSQNIYIQNRNIQTDNNKSIGCFGSRSRKVKEQYQ
              610       620       630       640       650       660

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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS87 AQTVVQKESGLQHTRKMLHVGDPSVKKTAISLLRNLSRNLSLQNEIAKETLPDLVSIIPD
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS87 TVPSTDLLIETTASACYTLNNIIQNSYQNARDLLNTGGIQKIMAISAGDAYASNKASKAA
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       :::::::::::::::::::::::::::::            
CCDS87 SVLLYSLWAHTELHHAYKKAQFKKTDFVNSRTAKAYHSLKD
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CCDS30        MNHSPLKTALAYECFQDQDNSTLALPSDQKMK-TGTSGRQ-------RVQEQV
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       : ::     :..            :.:    ::           . ..:. ::  .  .:
CCDS30 GSWGYPI--YNGT-----------LKR---EPD-----------NRRFSSYSQMENWSRH
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CCDS30 Y----------PRGS----CNTTGAGS-------DICFMQKIKASRSE---------PDL
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          :: :: :. :.:  :      :            : .:::: :      :.  . ..
CCDS30 YCDPR-GTLRK-GTLGSK------G------------QKTTQNRYS----FYSTCSGQKA
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       ...  :    . ....  . .   . . . ..   :..   :.. . :.:   .:. .::
CCDS30 IKKC-PVRPPSCASKQDPVYIPPISCNKDLSFGHSRAS---SKICSEDIECSGLTIPKAV
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pF1KB8 SMLEADHMLPSRISAAATFIQHECFQKSEARKRVNQLRGILKLLQLLKVQNEDVQRAVCG
       ..: ..    . :.:   .::: :::   :...: :: :: ::..::.  :..::.:. :
CCDS30 QYLSSQDEKYQAIGA--YYIQHTCFQDESAKQQVYQLGGICKLVDLLRSPNQNVQQAAAG
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pF1KB8 ALRNLVFEDNDNKLEVAELNGVPRLLQVLKQTRDLETKKQITGLLWNLSSNDKLKNLMIT
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CCDS30 ALRNLVFRSTTNKLETRRQNGIREAVSLLRRTGNAEIQKQLTGLLWNLSSTDELKEELIA
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pF1KB8 EALLTLTENIIIPFSGWPEGDYPKANGLLDFDIFYNVTGCLRNMSSAGADGRKAMRRCDG
       .:: .:.. .::::::: .:.   .  ..: ..:.:.::::::.::: : ::..::  .:
CCDS30 DALPVLADRVIIPFSGWCDGNSNMSREVVDPEVFFNATGCLRNLSSADA-GRQTMRNYSG
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       :::::. ::.. .:  . :::..:::.:.::::::.:.::.: .: :  : . ::  :..
CCDS30 LIDSLMAYVQNCVAASRCDDKSVENCMCVLHNLSYRLDAEVPTRYRQLEY-NARNAYTEK
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CCDS30 S-STGCFSNKSDKMMNNNYDCPLPEEETNPKGSGWLYHSDAIRTYLNLMGKSKKDATLEA
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         ::::::::..: : ....: .  ::.:: .  ..:. :. .: ... ::: :.::.  
CCDS30 CAGALQNLTASKGLMSSGMSQLIGLKEKGLPQIARLLQSGNSDVVRSGASLLSNMSRHPL
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CCDS30 LHRVMGNQVFPEVTRLLTSHTGNTSNSEDILSSACYTVRNLMASQPQLAKQYFSSSMLNN
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pF1KB8 IMAISAGDAYASNKASKAASVLLYSLWAHTELHHAYKKAQFKKTDFVNSRTAKAYHSLKD
       :. .  ..  :: ::..:: .:: ..:.  ::. . ..  : .                 
CCDS30 IINLCRSS--ASPKAAEAARLLLSDMWSSKELQGVLRQQGFDRNMLGTLAGANSLRNFTS
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CCDS30 RF
         

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CCDS76           MQDGNFLLSALQPEAGVCSLALPSDLQLDRRGAEGPEAERLRAARVQEQV
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       .  : . :..   ::     .. ::        : . . : :     :  :.:: ..  .
CCDS76 RARLLQLGQQPRHNG-----AAEPEP-------EAETARGTSR--GQYHTLQAGFSSRSQ
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CCDS76 GLSGDKTSGF------------RPIAKPAYSPASWSSRSAVDLSCSRRLSSAHNGGSAFG
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CCDS76 AAGYGGAQPTPPMPTRP-VSFHERGGVGSRA-DYDTLSLRSLRLGPGGLDDRYSLVSEQL
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pF1KB8 NPALLTYPRPGTSRSMGNLLEKENYLTAGLTVGQVRPLVPLQPVTQNRASRSSWHQSSFH
       .::  .  :  . . ...   . .  ..::   ..  . : . . .  : :.  . .: :
CCDS76 EPAATSTYRAFAYERQAS---SSSSRAGGLDWPEATEVSPSRTI-RAPAVRTLQRFQSSH
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pF1KB8 STRTLREAGPSVAVDSSGRRAHLTVGQAAAGGSGNLL------TERSTFTDSQLGNADME
        .: .  : :.....  .:   .   . . . ::.:       .  :  : ..:...  .
CCDS76 RSRGVGGAVPGAVLEPVARAPSVRSLSLSLADSGHLPDVHGFNSYGSHRTLQRLSSGFDD
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pF1KB8 MTLERAVSMLEADHMLPSRISAAATFIQHECFQKSEARKRVNQLRGILKLLQLLKVQNED
       . :  ::..: :.   :.    .:..:::.:.. . :.:.. .:... .:..:..  :..
CCDS76 IDLPSAVKYLMASD--PNLQVLGAAYIQHKCYSDAAAKKQARSLQAVPRLVKLFNHANQE
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pF1KB8 VQRAVCGALRNLVFEDNDNKLEVAELNGVPRLLQVLKQTRDLETKKQITGLLWNLSSNDK
       ::: . ::.:::.... :::: ..: ::. .::..:.. .: : .:..::.::::::.:.
CCDS76 VQRHATGAMRNLIYDNADNKLALVEENGIFELLRTLRE-QDDELRKNVTGILWNLSSSDH
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pF1KB8 LKNLMITEALLTLTENIIIPFSGWPEGDYPKAN-GLLDFDIFYNVTGCLRNMSSAGADGR
       ::. .  ..:  ::. .. :.::   :  :  . .  . .::::.:: :::.:::.   :
CCDS76 LKDRLARDTLEQLTDLVLSPLSG--AGGPPLIQQNASEAEIFYNATGFLRNLSSASQATR
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       . ::.: ::.:.::  .  ..   . .::..:: ::.:.::::.:  :.: .  : .  .
CCDS76 QKMRECHGLVDALVTSINHALDAGKCEDKSVENAVCVLRNLSYRLYDEMPPSALQRLEGR
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pF1KB8 NRN--IQTDNNKSIGCFGSRSRKVKE---QYQDVPMPEEKSNPKGVEWLWHSIVIRMYLS
       .:     .  .. .:::  .::...:     . . . : ...:::.::::   .. .:  
CCDS76 GRRDLAGAPPGEVVGCFTPQSRRLRELPLAADALTFAEVSKDPKGLEWLWSPQIVGLYNR
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pF1KB8 LIAKSVRN-YTQEASLGALQNLTAGSGPMPTSVAQTVVQKESGLQHTRKMLHVGDPSVKK
       :. .   : .: ::. :::::.:::.      ... ....:  :.     ....:    .
CCDS76 LLQRCELNRHTTEAAAGALQNITAGDRRWAGVLSRLALEQERILNPLLDRVRTADHHQLR
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pF1KB8 TAISLLRNLSRNLSLQNEIAKETLPDLVSIIPDTV----PSTDLLIETTASACYTLNNII
       .  .:.::::::   ..:.. ...  :.  .: .:    : ...:..  :    .:::..
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CCDS53 TYGRYI-RSALRQEKALSAIADLLTNEHERVVKAASGALRNLAVDARNKELIGKHAIPNL
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837 residues in 1 query   sequences
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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