FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KB8524, 837 aa 1>>>pF1KB8524 837 - 837 aa - 837 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.5906+/-0.0011; mu= 13.7689+/- 0.066 mean_var=82.7746+/-16.697, 0's: 0 Z-trim(103.9): 44 B-trim: 44 in 1/50 Lambda= 0.140970 statistics sampled from 7574 (7613) to 7574 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.593), E-opt: 0.2 (0.234), width: 16 Scan time: 3.980 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS31771.1 PKP2 gene_id:5318|Hs108|chr12 ( 837) 5440 1116.9 0 CCDS8731.1 PKP2 gene_id:5318|Hs108|chr12 ( 881) 2983 617.2 3.8e-176 CCDS30967.1 PKP1 gene_id:5317|Hs108|chr1 ( 726) 1219 258.4 3.2e-68 CCDS7695.1 PKP3 gene_id:11187|Hs108|chr11 ( 797) 971 208.0 5.3e-53 CCDS44609.1 CTNND1 gene_id:1500|Hs108|chr11 ( 832) 915 196.6 1.5e-49 CCDS53634.1 CTNND1 gene_id:1500|Hs108|chr11 ( 840) 915 196.6 1.5e-49 CCDS53633.1 CTNND1 gene_id:1500|Hs108|chr11 ( 861) 915 196.6 1.5e-49 CCDS55766.1 CTNND1 gene_id:1500|Hs108|chr11 ( 879) 915 196.6 1.6e-49 CCDS55767.1 CTNND1 gene_id:1500|Hs108|chr11 ( 887) 915 196.6 1.6e-49 CCDS55765.1 CTNND1 gene_id:1500|Hs108|chr11 ( 908) 915 196.6 1.6e-49 CCDS44606.1 CTNND1 gene_id:1500|Hs108|chr11 ( 933) 915 196.6 1.6e-49 CCDS44607.1 CTNND1 gene_id:1500|Hs108|chr11 ( 941) 915 196.6 1.7e-49 CCDS44605.1 CTNND1 gene_id:1500|Hs108|chr11 ( 962) 915 196.6 1.7e-49 CCDS75228.1 CTNND2 gene_id:1501|Hs108|chr5 (1134) 889 191.4 7.7e-48 CCDS3881.1 CTNND2 gene_id:1501|Hs108|chr5 (1225) 889 191.4 8.2e-48 CCDS75227.1 CTNND2 gene_id:1501|Hs108|chr5 ( 888) 873 188.1 5.8e-47 CCDS33306.1 PKP4 gene_id:8502|Hs108|chr2 (1149) 803 173.9 1.4e-42 CCDS33305.1 PKP4 gene_id:8502|Hs108|chr2 (1192) 803 173.9 1.5e-42 CCDS13771.1 ARVCF gene_id:421|Hs108|chr22 ( 962) 643 141.3 7.6e-33 CCDS53632.1 CTNND1 gene_id:1500|Hs108|chr11 ( 838) 617 136.0 2.6e-31 CCDS44608.1 CTNND1 gene_id:1500|Hs108|chr11 ( 867) 617 136.0 2.7e-31 CCDS55764.1 CTNND1 gene_id:1500|Hs108|chr11 ( 885) 617 136.0 2.7e-31 CCDS55763.1 CTNND1 gene_id:1500|Hs108|chr11 ( 914) 617 136.0 2.8e-31 CCDS73290.1 CTNND1 gene_id:1500|Hs108|chr11 ( 939) 617 136.0 2.9e-31 CCDS44604.1 CTNND1 gene_id:1500|Hs108|chr11 ( 968) 617 136.0 3e-31 CCDS30966.1 PKP1 gene_id:5317|Hs108|chr1 ( 747) 496 111.4 6e-24 >>CCDS31771.1 PKP2 gene_id:5318|Hs108|chr12 (837 aa) initn: 5440 init1: 5440 opt: 5440 Z-score: 5976.7 bits: 1116.9 E(32554): 0 Smith-Waterman score: 5440; 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CCDS30 MMTVKRQKSKSSQSSTLSHSNRGSMY----DGLADNYNYGTTSRSSYYSKFQAGN----- 50 60 70 80 90 130 140 150 160 170 180 pF1KB8 GRWGRGTAQYSSQKSVEERSLRHPLRRLEISPDSSPERAHYTHSDYQYSQRSQAGHTLHH : :: :.. :.: :: . ..:. :: . .: CCDS30 GSWGYPI--YNGT-----------LKR---EPD-----------NRRFSSYSQMENWSRH 100 110 120 190 200 210 220 230 240 pF1KB8 QESRRAALLVPPRYARSEIVGVSRAGTTSRQRHFDTYHRQYQHGSVSDTVFDSIPANPAL :: . ... ::. : : ..: :. : : CCDS30 Y----------PRGS----CNTTGAGS-------DICFMQKIKASRSE---------PDL 130 140 150 250 260 270 280 290 300 pF1KB8 LTYPRPGTSRSMGNLLEKENYLTAGLTVGQVRPLVPLQPVTQNRASRSSWHQSSFHSTRT :: :: :. :.: : : : .:::: : :. . .. 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CCDS30 ALRNLVFRSTTNKLETRRQNGIREAVSLLRRTGNAEIQKQLTGLLWNLSSTDELKEELIA 310 320 330 340 350 360 480 490 500 510 520 530 pF1KB8 EALLTLTENIIIPFSGWPEGDYPKANGLLDFDIFYNVTGCLRNMSSAGADGRKAMRRCDG .:: .:.. .::::::: .:. . ..: ..:.:.::::::.::: : ::..:: .: CCDS30 DALPVLADRVIIPFSGWCDGNSNMSREVVDPEVFFNATGCLRNLSSADA-GRQTMRNYSG 370 380 390 400 410 420 540 550 560 570 580 590 pF1KB8 LIDSLVHYVRGTIADYQPDDKATENCVCILHNLSYQLEAELPEKYSQNIYIQNRNIQTDN :::::. ::.. .: . :::..:::.:.::::::.:.::.: .: : : . :: :.. CCDS30 LIDSLMAYVQNCVAASRCDDKSVENCMCVLHNLSYRLDAEVPTRYRQLEY-NARNAYTEK 430 440 450 460 470 480 600 610 620 630 640 650 pF1KB8 NKSIGCFGSRSRKVKEQYQDVPMPEEKSNPKGVEWLWHSIVIRMYLSLIAKSVRNYTQEA . : :::...: :. .. : :.:::..:::: ::.:: .:: ::.:..:: .. : :: CCDS30 S-STGCFSNKSDKMMNNNYDCPLPEEETNPKGSGWLYHSDAIRTYLNLMGKSKKDATLEA 490 500 510 520 530 540 660 670 680 690 700 710 pF1KB8 SLGALQNLTAGSGPMPTSVAQTVVQKESGLQHTRKMLHVGDPSVKKTAISLLRNLSRNLS ::::::::..: : ....: . ::.:: . ..:. :. .: ... ::: :.::. 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CCDS30 IINLCRSS--ASPKAAEAARLLLSDMWSSKELQGVLRQQGFDRNMLGTLAGANSLRNFTS 670 680 690 700 710 720 CCDS30 RF >>CCDS7695.1 PKP3 gene_id:11187|Hs108|chr11 (797 aa) initn: 822 init1: 233 opt: 971 Z-score: 1065.1 bits: 208.0 E(32554): 5.3e-53 Smith-Waterman score: 1032; 29.1% identity (58.9% similar) in 818 aa overlap (29-824:19-795) 10 20 30 40 50 60 pF1KB8 MAAPGAPAEYGYIRTVLGQQILGQLDSSSLALPSEAKLKLAGSSGRGGQTVKSLRIQEQV ::::::. .: :. : .. ... :.:::: CCDS76 MQDGNFLLSALQPEAGVCSLALPSDLQLDRRGAEGPEAERLRAARVQEQV 10 20 30 40 50 70 80 90 100 110 120 pF1KB8 QQTLARKGRSSVGNGNLHRTSSVPEYVYNLHLVENDFVGGRSPVPKTYDMLKAGTTATYE . : . :.. :: .. :: : . . : : : :.:: .. . CCDS76 RARLLQLGQQPRHNG-----AAEPEP-------EAETARGTSR--GQYHTLQAGFSSRSQ 60 70 80 90 130 140 150 160 170 180 pF1KB8 GRWGRGTAQYSSQKSVEERSLRHPLRRLEISPDSSPERAHYTHSDYQYSQRSQAGHTLHH : : :. . .:. . :: : :. : . . .. : . CCDS76 GLSGDKTSGF------------RPIAKPAYSPASWSSRSAVDLSCSRRLSSAHNGGSAFG 100 110 120 130 140 190 200 210 220 230 pF1KB8 QESRRAALLVPPRYARSEIVGVSRAGTTSRQRHFDTYH-RQYQ--HGSVSDTV-FDSIPA . .: .:: .: . :.:. :: .:: :. . :...: . : CCDS76 AAGYGGAQPTPPMPTRP-VSFHERGGVGSRA-DYDTLSLRSLRLGPGGLDDRYSLVSEQL 150 160 170 180 190 200 240 250 260 270 280 290 pF1KB8 NPALLTYPRPGTSRSMGNLLEKENYLTAGLTVGQVRPLVPLQPVTQNRASRSSWHQSSFH .:: . : . . ... . . ..:: .. . : . . . : :. . .: : CCDS76 EPAATSTYRAFAYERQAS---SSSSRAGGLDWPEATEVSPSRTI-RAPAVRTLQRFQSSH 210 220 230 240 250 300 310 320 330 340 350 pF1KB8 STRTLREAGPSVAVDSSGRRAHLTVGQAAAGGSGNLL------TERSTFTDSQLGNADME .: . : :..... .: . . . . ::.: . : : ..:... . CCDS76 RSRGVGGAVPGAVLEPVARAPSVRSLSLSLADSGHLPDVHGFNSYGSHRTLQRLSSGFDD 260 270 280 290 300 310 360 370 380 390 400 410 pF1KB8 MTLERAVSMLEADHMLPSRISAAATFIQHECFQKSEARKRVNQLRGILKLLQLLKVQNED . : ::..: :. :. .:..:::.:.. . :.:.. .:... .:..:.. :.. CCDS76 IDLPSAVKYLMASD--PNLQVLGAAYIQHKCYSDAAAKKQARSLQAVPRLVKLFNHANQE 320 330 340 350 360 370 420 430 440 450 460 470 pF1KB8 VQRAVCGALRNLVFEDNDNKLEVAELNGVPRLLQVLKQTRDLETKKQITGLLWNLSSNDK ::: . ::.:::.... :::: ..: ::. .::..:.. .: : .:..::.::::::.:. CCDS76 VQRHATGAMRNLIYDNADNKLALVEENGIFELLRTLRE-QDDELRKNVTGILWNLSSSDH 380 390 400 410 420 430 480 490 500 510 520 pF1KB8 LKNLMITEALLTLTENIIIPFSGWPEGDYPKAN-GLLDFDIFYNVTGCLRNMSSAGADGR ::. . ..: ::. .. :.:: : : . . . .::::.:: :::.:::. : CCDS76 LKDRLARDTLEQLTDLVLSPLSG--AGGPPLIQQNASEAEIFYNATGFLRNLSSASQATR 440 450 460 470 480 490 530 540 550 560 570 580 pF1KB8 KAMRRCDGLIDSLVHYVRGTIADYQPDDKATENCVCILHNLSYQLEAELPEKYSQNIYIQ . ::.: ::.:.:: . .. . .::..:: ::.:.::::.: :.: . : . . CCDS76 QKMRECHGLVDALVTSINHALDAGKCEDKSVENAVCVLRNLSYRLYDEMPPSALQRLEGR 500 510 520 530 540 550 590 600 610 620 630 640 pF1KB8 NRN--IQTDNNKSIGCFGSRSRKVKE---QYQDVPMPEEKSNPKGVEWLWHSIVIRMYLS .: . .. .::: .::...: . . . : ...:::.:::: .. .: CCDS76 GRRDLAGAPPGEVVGCFTPQSRRLRELPLAADALTFAEVSKDPKGLEWLWSPQIVGLYNR 560 570 580 590 600 610 650 660 670 680 690 700 pF1KB8 LIAKSVRN-YTQEASLGALQNLTAGSGPMPTSVAQTVVQKESGLQHTRKMLHVGDPSVKK :. . : .: ::. :::::.:::. ... ....: :. ....: . CCDS76 LLQRCELNRHTTEAAAGALQNITAGDRRWAGVLSRLALEQERILNPLLDRVRTADHHQLR 620 630 640 650 660 670 710 720 730 740 750 pF1KB8 TAISLLRNLSRNLSLQNEIAKETLPDLVSIIPDTV----PSTDLLIETTASACYTLNNII . .:.:::::: ..:.. ... :. .: .: : ...:.. : .:::.. CCDS76 SLTGLIRNLSRNARNKDEMSTKVVSHLIEKLPGSVGEKSPPAEVLVNIIA----VLNNLV 680 690 700 710 720 760 770 780 790 800 810 pF1KB8 QNSYQNARDLLNTGGIQKIMAISAG-DAYASNKASKAASVLLYSLWAHTELHHAYKKAQF : ::::: :..:.. :. :. :.:.:.::: :: .:: ...::. .. . 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CCDS44 VKNLPGGQQNSSWNFSEDTVISILNTINEVIAENLEAAKKLRETQGIEKLVLINKSGNR- 650 660 670 680 690 700 790 800 810 820 830 pF1KB8 SNKASKAASVLLYSLWAHTELHHAYKKAQFKKTDFV----NSRTAKAYHSLKD :.: .::...: ..:.. ::.. .: .::.:: :. ... :: : CCDS44 SEKEVRAAALVLQTIWGYKELRKPLEKEGWKKSDFQVNLNNASRSQSSHSYDDSTLPLID 710 720 730 740 750 760 CCDS44 RNQKSDKKPDREEIQMSNMGSNTKSLDNNYSTPNERGDHNRTLDRSGDLGDMEPLKGTTP 770 780 790 800 810 820 >>CCDS53634.1 CTNND1 gene_id:1500|Hs108|chr11 (840 aa) initn: 660 init1: 244 opt: 915 Z-score: 1003.1 bits: 196.6 E(32554): 1.5e-49 Smith-Waterman score: 915; 33.6% identity (67.2% similar) in 503 aa overlap (353-837:267-760) 330 340 350 360 370 380 pF1KB8 QAAAGGSGNLLTERSTFTDSQLGNADMEMTLERAVSMLEADHMLPSRISAAATFIQHECF : ....:: : . : ::...:: :. CCDS53 PLAQHERGSLASLDSLRKGGPPPPNWRQPELPEVIAML--GFRLDAVKSNAAAYLQHLCY 240 250 260 270 280 290 390 400 410 420 430 440 pF1KB8 QKSEARKRVNQLRGILKLLQLLKVQNEDVQRAVCGALRNLVF-EDNDNKLEVAELNGVPR ...... : .:.:: :. :: ...:. ..::::.:. : .:.:::. . . .::: CCDS53 RNDKVKTDVRKLKGIPVLVGLLDHPKKEVHLGACGALKNISFGRDQDNKIAIKNCDGVPA 300 310 320 330 340 350 450 460 470 480 490 pF1KB8 LLQVLKQTRDLETKKQITGLLWNLSSNDKLKNLMITEALLTLTENIIIPFSGW---PEGD :...:...::.. . ::: ::::::.:..: .. .:: .::...::: ::: :. : CCDS53 LVRLLRKARDMDLTEVITGTLWNLSSHDSIKMEIVDHALHALTDEVIIPHSGWEREPNED 360 370 380 390 400 410 500 510 520 530 540 550 pF1KB8 YPKANGLLDFDIFYNVTGCLRNMSSAGADGRKAMRRCDGLIDSLVHYVRGTIADYQPDDK : . ... :..:::::.:: ...:. .:.::::.:.:. :.. :.. . :.: CCDS53 C-KPRHIEWESVLTNTAGCLRNVSSERSEARRKLRECDGLVDALIFIVQAEIGQKDSDSK 420 430 440 450 460 470 560 570 580 590 600 610 pF1KB8 ATENCVCILHNLSYQLEAELP--EKYSQNIYIQNRNIQTDNN-KSIGCFGSRSRKVKEQY .:::::.:.:::::.. :.: :.:.. :. .... .. .:::... : :. 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