FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE4223, 776 aa 1>>>pF1KE4223 776 - 776 aa - 776 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.0413+/-0.000959; mu= 16.5729+/- 0.058 mean_var=79.0824+/-15.814, 0's: 0 Z-trim(105.9): 52 B-trim: 0 in 0/52 Lambda= 0.144223 statistics sampled from 8621 (8673) to 8621 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.631), E-opt: 0.2 (0.266), width: 16 Scan time: 3.640 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS7414.1 HECTD2 gene_id:143279|Hs108|chr10 ( 776) 5193 1090.6 0 CCDS60591.1 HECTD2 gene_id:143279|Hs108|chr10 ( 780) 5175 1086.9 0 CCDS7415.1 HECTD2 gene_id:143279|Hs108|chr10 ( 207) 1285 277.3 1.8e-74 CCDS58769.1 ITCH gene_id:83737|Hs108|chr20 ( 752) 542 122.9 1.9e-27 CCDS13234.1 ITCH gene_id:83737|Hs108|chr20 ( 862) 542 122.9 2.2e-27 CCDS58768.1 ITCH gene_id:83737|Hs108|chr20 ( 903) 542 122.9 2.3e-27 CCDS60541.1 HERC4 gene_id:26091|Hs108|chr10 ( 979) 516 117.5 1e-25 CCDS58477.1 WWP2 gene_id:11060|Hs108|chr16 ( 431) 489 111.8 2.5e-24 CCDS58476.1 WWP2 gene_id:11060|Hs108|chr16 ( 754) 489 111.9 4e-24 CCDS10885.1 WWP2 gene_id:11060|Hs108|chr16 ( 870) 489 111.9 4.6e-24 CCDS34789.1 UBE3C gene_id:9690|Hs108|chr7 (1083) 484 110.9 1.1e-23 CCDS32177.1 UBE3A gene_id:7337|Hs108|chr15 ( 852) 479 109.8 1.9e-23 CCDS45191.1 UBE3A gene_id:7337|Hs108|chr15 ( 872) 479 109.8 1.9e-23 CCDS45192.1 UBE3A gene_id:7337|Hs108|chr15 ( 875) 479 109.8 1.9e-23 CCDS35301.1 HUWE1 gene_id:10075|Hs108|chrX (4374) 483 110.9 4.4e-23 CCDS6242.1 WWP1 gene_id:11059|Hs108|chr8 ( 922) 473 108.6 4.8e-23 CCDS5050.1 HACE1 gene_id:57531|Hs108|chr6 ( 909) 464 106.7 1.7e-22 CCDS7274.1 HERC4 gene_id:26091|Hs108|chr10 (1049) 464 106.7 2e-22 CCDS32707.1 SMURF2 gene_id:64750|Hs108|chr17 ( 748) 458 105.4 3.5e-22 CCDS45265.1 NEDD4 gene_id:4734|Hs108|chr15 ( 900) 455 104.8 6.3e-22 CCDS45876.1 NEDD4L gene_id:23327|Hs108|chr18 ( 834) 453 104.4 7.9e-22 CCDS45875.1 NEDD4L gene_id:23327|Hs108|chr18 ( 854) 453 104.4 8.1e-22 CCDS10156.1 NEDD4 gene_id:4734|Hs108|chr15 (1247) 455 104.9 8.4e-22 CCDS58632.1 NEDD4L gene_id:23327|Hs108|chr18 ( 911) 453 104.4 8.5e-22 CCDS61643.1 NEDD4 gene_id:4734|Hs108|chr15 (1303) 455 104.9 8.7e-22 CCDS59323.1 NEDD4L gene_id:23327|Hs108|chr18 ( 947) 453 104.4 8.8e-22 CCDS61644.1 NEDD4 gene_id:4734|Hs108|chr15 (1319) 455 104.9 8.8e-22 CCDS45873.1 NEDD4L gene_id:23327|Hs108|chr18 ( 955) 453 104.4 8.9e-22 CCDS45874.1 NEDD4L gene_id:23327|Hs108|chr18 ( 967) 453 104.4 9e-22 CCDS45872.1 NEDD4L gene_id:23327|Hs108|chr18 ( 975) 453 104.4 9e-22 CCDS41971.1 AREL1 gene_id:9870|Hs108|chr14 ( 823) 447 103.1 1.9e-21 CCDS34028.1 HERC3 gene_id:8916|Hs108|chr4 (1050) 439 101.5 7.3e-21 CCDS41533.1 HERC4 gene_id:26091|Hs108|chr10 (1057) 421 97.8 9.8e-20 CCDS54777.1 HERC6 gene_id:55008|Hs108|chr4 ( 986) 390 91.3 8.1e-18 CCDS47098.1 HERC6 gene_id:55008|Hs108|chr4 (1022) 390 91.3 8.3e-18 CCDS3630.1 HERC5 gene_id:51191|Hs108|chr4 (1024) 329 78.6 5.5e-14 CCDS45277.1 HERC1 gene_id:8925|Hs108|chr15 (4861) 331 79.3 1.6e-13 CCDS9129.1 UBE3B gene_id:89910|Hs108|chr12 (1068) 316 75.9 3.7e-13 CCDS69286.1 HECW1 gene_id:23072|Hs108|chr7 (1572) 317 76.2 4.5e-13 CCDS5469.2 HECW1 gene_id:23072|Hs108|chr7 (1606) 317 76.2 4.6e-13 CCDS34689.1 SMURF1 gene_id:57154|Hs108|chr7 ( 731) 309 74.4 7.4e-13 CCDS34690.1 SMURF1 gene_id:57154|Hs108|chr7 ( 757) 309 74.4 7.6e-13 CCDS41939.1 HECTD1 gene_id:25831|Hs108|chr14 (2610) 314 75.7 1.1e-12 CCDS77499.1 HECW2 gene_id:57520|Hs108|chr2 (1216) 308 74.3 1.3e-12 CCDS33354.1 HECW2 gene_id:57520|Hs108|chr2 (1572) 308 74.3 1.7e-12 CCDS41318.1 HECTD3 gene_id:79654|Hs108|chr1 ( 861) 285 69.4 2.7e-11 CCDS10021.1 HERC2 gene_id:8924|Hs108|chr15 (4834) 295 71.8 2.9e-11 CCDS63145.1 TRIP12 gene_id:9320|Hs108|chr2 (1722) 284 69.4 5.7e-11 CCDS33391.1 TRIP12 gene_id:9320|Hs108|chr2 (1992) 284 69.4 6.5e-11 CCDS63146.1 TRIP12 gene_id:9320|Hs108|chr2 (2040) 284 69.4 6.6e-11 >>CCDS7414.1 HECTD2 gene_id:143279|Hs108|chr10 (776 aa) initn: 5193 init1: 5193 opt: 5193 Z-score: 5836.0 bits: 1090.6 E(32554): 0 Smith-Waterman score: 5193; 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CCDS58 WVIFPGEEGLDYGGVAREWFFLLSHEVLNPMYCLFEYAGKDNYCLQINPASYINPDHLKY 430 440 450 460 470 480 510 520 530 540 550 560 pF1KE4 FRLVGILMGLAVYNSITLDIRFPPCCYKKLLSPPIIPSDQNIPVGICNVTVDDLCQIMPE ::..: ....:.... .: : ::..: : :::. :: .: :: CCDS58 FRFIGRFIAMALFHGKFIDTGFSLPFYKRIL---------NKPVGL-----KDLESIDPE 490 500 510 520 530 570 580 590 600 610 620 pF1KE4 LAHGLSELLSHEGNVEE-DFYSTFQVFQEEFGIIKSYNLKPGGDKISVTNQNRKEYVQLY . ..: . .:.:.:: :. :.: .: .: :::..:::.: .: ::..:..::... 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CCDS58 WVIFPGEEGLDYGGVAREWFFLLSHEVLNPMYCLFEYAGKDNYCLQINPASYINPDHLKY 580 590 600 610 620 630 510 520 530 540 550 560 pF1KE4 FRLVGILMGLAVYNSITLDIRFPPCCYKKLLSPPIIPSDQNIPVGICNVTVDDLCQIMPE ::..: ....:.... .: : ::..: : :::. :: .: :: CCDS58 FRFIGRFIAMALFHGKFIDTGFSLPFYKRIL---------NKPVGL-----KDLESIDPE 640 650 660 670 680 570 580 590 600 610 620 pF1KE4 LAHGLSELLSHEGNVEE-DFYSTFQVFQEEFGIIKSYNLKPGGDKISVTNQNRKEYVQLY . ..: . .:.:.:: :. :.: .: .: :::..:::.: .: ::..:..::... CCDS58 FYNSL--IWVKENNIEECDLEMYFSVDKEILGEIKSHDLKPNGGNILVTEENKEEYIRMV 690 700 710 720 730 740 630 640 650 660 670 680 pF1KE4 TDFLLNKSIYKQFAAFYYGFHSVCASNALMLLRPEEVEILVCGSPDLDMHALQRSTQYDG ... :.... .: ::. ::. . .. :. . .:.:.:.:: ..:.. :: . : CCDS58 AEWRLSRGVEEQTQAFFEGFNEILPQQYLQYFDAKELEVLLCGMQEIDLNDWQRHAIYRH 750 760 770 780 790 800 690 700 710 720 730 pF1KE4 YAKTDLTIKYFWDVVLGFPLDLQKKLLHFTTGSDRVPVGGMADL-------NFKISKNET ::.:. : .::. : . . . .::.:.::. :.::::.::: .: : : CCDS58 YARTSKQIMWFWQFVKEIDNEKRMRLLQFVTGTCRLPVGGFADLMGSNGPQKFCIEKV-G 810 820 830 840 850 860 740 750 760 770 pF1KE4 STNCLPVAHTCFNQLCLPPYKSKKDLKQKLIIGISNSEGFGLE . : :: .:::::.: :::::: ..::.::...: ..:::: : CCDS58 KENWLPRSHTCFNRLDLPPYKSYEQLKEKLLFAIEETEGFGQE 870 880 890 900 >>CCDS60541.1 HERC4 gene_id:26091|Hs108|chr10 (979 aa) initn: 788 init1: 277 opt: 516 Z-score: 575.1 bits: 117.5 E(32554): 1e-25 Smith-Waterman score: 731; 29.1% identity (55.2% similar) in 647 aa overlap (158-775:429-978) 130 140 150 160 170 180 pF1KE4 QPKTVKDFQEDVEKVKSSGDWKAVHDFYLTTFDSFPELNAAF---KKDATASFNTIEDSG ::.: ::..: ..: .: . :: CCDS60 IWTVNEALIQKWLSYPSGRFPVEIANEIDGTFSSSGCLNGSFLAVSNDDHYRTGT-RFSG 400 410 420 430 440 450 190 200 210 220 230 pF1KE4 INAKFVNAVYDTLL--NTPQDVQK---TVLKGIINSLLREWKGPRTKDDLRAYFILLQNP .. . . .. :. . :: :. .. :..: .: : . . :: :. : . : CCDS60 VDMNAARLLFHKLIQPDHPQISQQVAASLEKNLIPKLTSSL--PDV-EALRFYLTLPECP 460 470 480 490 500 510 240 250 260 270 280 290 pF1KE4 QFNNTSTYVIYA-HLLRQIATLVEADHHFLVHWFKKLSQKRFKQLVERLLQFISLRLFPA ........ : . ...: .: . : .:.. : : ..:: :.. . ..:. CCDS60 LMSDSNNFTTIAIPFGTALVNLEKAPLKVLENWWSVLEPPLFLKIVE-LFKEVVVHLLKL 520 530 540 550 560 570 300 310 320 330 340 350 pF1KE4 KPEEFPPITK--CSWWIPSAAKVLALLNTANNLVHPPLIPYTDFY-NSTLDHIDLMEEYH .:: . . .. .: ::: .:. .:. . .: : :: . . . ::. ..: CCDS60 YKIGIPPSERRIFNSFLHTALKVLEILHRVNEKMGQ-IIQYDKFYIHEVQELIDIRNDYI 580 590 600 610 620 630 360 370 380 390 400 pF1KE4 TW---QNFGN--SHRFS--------FCQYPFVISVAAKKIIIQRDSEQQMINIARQSLVD .: : .: .: .. .: ::::... :: ..: :. :: :. . 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CCDS58 YIIMRGEEGLDYGGIAREWFFLLSHEVLNPMYCLFEYAGKNNYCLQINPASSINPDHLTY 430 440 450 460 470 480 510 520 530 540 550 560 pF1KE4 FRLVGILMGLAVYNSITLDIRFPPCCYKKLLSPPIIPSDQNIPVGICNVTVDDLCQIMPE ::..: ....:.:.. .: : ::..:. : :. :: .: :: CCDS58 FRFIGRFIAMALYHGKFIDTGFTLPFYKRMLNKR--P------------TLKDLESIDPE 490 500 510 520 530 570 580 590 600 610 620 pF1KE4 LAHGLSELLSHEGNVEEDFYSTFQVFQEE-FGIIKSYNLKPGGDKISVTNQNRKEYVQLY . ... . .:.:.:: . . . : .: . ...:: ::..: ::..:..::..: CCDS58 FYNSIVWI--KENNLEECGLELYFIQDMEILGKVTTHELKEGGESIRVTEENKEEYIMLL 540 550 560 570 580 590 630 640 650 660 670 680 pF1KE4 TDFLLNKSIYKQFAAFYYGFHSVCASNALMLLRPEEVEILVCGSPDLDMHALQRSTQYDG ::. ..... .: :: ::. : . : . .:.:...:: ..:: :.:: : CCDS58 TDWRFTRGVEEQTKAFLDGFNEVAPLEWLRYFDEKELELMLCGMQEIDMSDWQKSTIYRH 600 610 620 630 640 650 690 700 710 720 730 pF1KE4 YAKTDLTIKYFWDVVLGFPLDLQKKLLHFTTGSDRVPVGGMADL-------NFKISKNET :.:.. :..::.:: . . . .::.:.::. :.::::.:.: .: :.: CCDS58 YTKNSKQIQWFWQVVKEMDNEKRIRLLQFVTGTCRLPVGGFAELIGSNGPQKFCIDKVGK 660 670 680 690 700 710 740 750 760 770 pF1KE4 STNCLPVAHTCFNQLCLPPYKSKKDLKQKLIIGISNSEGFGLE : :: .:::::.: :::::: ..:..::. .: ..:::: : CCDS58 ETW-LPRSHTCFNRLDLPPYKSYEQLREKLLYAIEETEGFGQE 720 730 740 750 >>CCDS10885.1 WWP2 gene_id:11060|Hs108|chr16 (870 aa) initn: 605 init1: 316 opt: 489 Z-score: 545.6 bits: 111.9 E(32554): 4.6e-24 Smith-Waterman score: 694; 34.6% identity (66.2% similar) in 373 aa overlap (417-776:515-870) 390 400 410 420 430 440 pF1KE4 DSEQQMINIARQSLVDKVSRRQRPDMNILFLNMKVRRTHLVSDSLDE-LTRKRADLKKKL ....: : : ::... .. : ::...: CCDS10 QGSPGAYDRSFRWKYHQFRFLCHSNALPSHVKISVSRQTLFEDSFQQIMNMKPYDLRRRL 490 500 510 520 530 540 450 460 470 480 490 500 pF1KE4 KVTFVGEAGLDMGGLTKEWFLLLIRQIFHPDYGMFTYH-KDSHCHWF---SSFKCDNYSE . . :: :::.::...:::.:: .....: : .: : :...: . ::.. :. . CCDS10 YIIMRGEEGLDYGGIAREWFFLLSHEVLNPMYCLFEYAGKNNYCLQINPASSINPDHLTY 550 560 570 580 590 600 510 520 530 540 550 560 pF1KE4 FRLVGILMGLAVYNSITLDIRFPPCCYKKLLSPPIIPSDQNIPVGICNVTVDDLCQIMPE ::..: ....:.:.. .: : ::..:. : :. :: .: :: CCDS10 FRFIGRFIAMALYHGKFIDTGFTLPFYKRMLNKR--P------------TLKDLESIDPE 610 620 630 640 650 570 580 590 600 610 620 pF1KE4 LAHGLSELLSHEGNVEEDFYSTFQVFQEE-FGIIKSYNLKPGGDKISVTNQNRKEYVQLY . ... . .:.:.:: . . . : .: . ...:: ::..: ::..:..::..: CCDS10 FYNSIVWI--KENNLEECGLELYFIQDMEILGKVTTHELKEGGESIRVTEENKEEYIMLL 660 670 680 690 700 630 640 650 660 670 680 pF1KE4 TDFLLNKSIYKQFAAFYYGFHSVCASNALMLLRPEEVEILVCGSPDLDMHALQRSTQYDG ::. ..... .: :: ::. : . : . .:.:...:: ..:: :.:: : CCDS10 TDWRFTRGVEEQTKAFLDGFNEVAPLEWLRYFDEKELELMLCGMQEIDMSDWQKSTIYRH 710 720 730 740 750 760 690 700 710 720 730 pF1KE4 YAKTDLTIKYFWDVVLGFPLDLQKKLLHFTTGSDRVPVGGMADL-------NFKISKNET :.:.. :..::.:: . . . .::.:.::. :.::::.:.: .: :.: CCDS10 YTKNSKQIQWFWQVVKEMDNEKRIRLLQFVTGTCRLPVGGFAELIGSNGPQKFCIDKVGK 770 780 790 800 810 820 740 750 760 770 pF1KE4 STNCLPVAHTCFNQLCLPPYKSKKDLKQKLIIGISNSEGFGLE : :: .:::::.: :::::: ..:..::. .: ..:::: : CCDS10 ETW-LPRSHTCFNRLDLPPYKSYEQLREKLLYAIEETEGFGQE 830 840 850 860 870 776 residues in 1 query sequences 18511270 residues in 32554 library sequences Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc) start: Sun Nov 6 04:07:05 2016 done: Sun Nov 6 04:07:06 2016 Total Scan time: 3.640 Total Display time: 0.140 Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]