FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE3457, 1341 aa 1>>>pF1KE3457 1341 - 1341 aa - 1341 aa Library: /omim/omim.rfq.tfa 60827320 residues in 85289 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 15.8127+/-0.000781; mu= -29.9867+/- 0.048 mean_var=632.5873+/-129.514, 0's: 0 Z-trim(113.0): 432 B-trim: 309 in 1/56 Lambda= 0.050993 statistics sampled from 21795 (22181) to 21795 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.559), E-opt: 0.2 (0.26), width: 16 Scan time: 13.830 The best scores are: opt bits E(85289) NP_443723 (OMIM: 610856) ankyrin repeat domain-con (1341) 8746 660.8 1.8e-188 XP_016872372 (OMIM: 610856) PREDICTED: ankyrin rep ( 825) 5038 387.9 1.6e-106 XP_011518060 (OMIM: 610856) PREDICTED: ankyrin rep (1192) 4462 345.6 1.2e-93 XP_011518059 (OMIM: 610856) PREDICTED: ankyrin rep (1585) 4441 344.1 4.6e-93 NP_001138501 (OMIM: 616565) ankyrin repeat domain- (1392) 2817 224.6 3.8e-57 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anky (2031) 567 59.2 3.5e-07 XP_011517718 (OMIM: 188000,610855) PREDICTED: anky (2062) 567 59.2 3.5e-07 XP_016871419 (OMIM: 188000,610855) PREDICTED: anky (2062) 567 59.2 3.5e-07 XP_016871420 (OMIM: 188000,610855) PREDICTED: anky (2062) 567 59.2 3.5e-07 XP_006717486 (OMIM: 188000,610855) PREDICTED: anky (2072) 567 59.2 3.5e-07 XP_016871417 (OMIM: 188000,610855) PREDICTED: anky (2112) 567 59.2 3.6e-07 NP_062618 (OMIM: 610731) ankyrin repeat domain-con ( 254) 519 55.1 7.5e-07 NP_001002920 (OMIM: 608915) POTE ankyrin domain fa ( 452) 481 52.5 8.3e-06 XP_016859648 (OMIM: 608914) PREDICTED: POTE ankyri ( 967) 486 53.0 1.2e-05 XP_005254586 (OMIM: 612516) PREDICTED: uveal autoa (1392) 412 47.7 0.00069 XP_016877883 (OMIM: 612516) PREDICTED: uveal autoa (1405) 412 47.7 0.0007 XP_011520055 (OMIM: 612516) PREDICTED: uveal autoa (1425) 412 47.7 0.00071 >>NP_443723 (OMIM: 610856) ankyrin repeat domain-contain (1341 aa) initn: 8746 init1: 8746 opt: 8746 Z-score: 3504.5 bits: 660.8 E(85289): 1.8e-188 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:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_443 SHHPRLASAVQDHDQIVTSRKSQEPAFHIAGDACLQRKMNVDVSSTIYNNEVLHQPLSEA 1150 1160 1170 1180 1190 1200 1210 1220 1230 1240 1250 1260 pF1KE3 QRKSKSLKINLNYAGDALRENTLVSEHAQRDQRETQCQMKEAEHMYQNEQDNVNKHTEQQ :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_443 QRKSKSLKINLNYAGDALRENTLVSEHAQRDQRETQCQMKEAEHMYQNEQDNVNKHTEQQ 1210 1220 1230 1240 1250 1260 1270 1280 1290 1300 1310 1320 pF1KE3 ESLDQKLFQLQSKNMWLQQQLVHAHKKADNKSKITIDIHFLERKMQHHLLKEKNEEIFNY :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_443 ESLDQKLFQLQSKNMWLQQQLVHAHKKADNKSKITIDIHFLERKMQHHLLKEKNEEIFNY 1270 1280 1290 1300 1310 1320 1330 1340 pF1KE3 NNHLKNRIYQYEKEKAETENS ::::::::::::::::::::: NP_443 NNHLKNRIYQYEKEKAETENS 1330 1340 >>XP_016872372 (OMIM: 610856) PREDICTED: ankyrin repeat (825 aa) initn: 5038 init1: 5038 opt: 5038 Z-score: 2033.3 bits: 387.9 E(85289): 1.6e-106 Smith-Waterman score: 5038; 99.4% identity (99.6% similar) in 782 aa overlap (558-1339:1-782) 530 540 550 560 570 580 pF1KE3 KATHQKEIDKINGKLEESPNKDGLLKATCGMKVSIPTKALELKDMQTFKAEPPGKPSAFE :::::::::::: :::::::::: :::::: XP_016 MKVSIPTKALELMDMQTFKAEPPEKPSAFE 10 20 30 590 600 610 620 630 640 pF1KE3 PATEMQKSVPNKALELKNEQTLRADEILPSESKQKDYEENSWDTESLCETVSQKDVCLPK :: ::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:::.:::::::::::::::: XP_016 PAIEMQKSVPNKALELKNEQTLRADEILPSESKQKDYEESSWDSESLCETVSQKDVCLPK 40 50 60 70 80 90 650 660 670 680 690 700 pF1KE3 AAHQKEIDKINGKLEGSPVKDGLLKANCGMKVSIPTKALELMDMQTFKAEPPEKPSAFEP :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: XP_016 AAHQKEIDKINGKLEGSPVKDGLLKANCGMKVSIPTKALELMDMQTFKAEPPEKPSAFEP 100 110 120 130 140 150 710 720 730 740 750 760 pF1KE3 AIEMQKSVPNKALELKNEQTLRADEILPSESKQKDYEESSWDSESLCETVSQKDVCLPKA :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: XP_016 AIEMQKSVPNKALELKNEQTLRADEILPSESKQKDYEESSWDSESLCETVSQKDVCLPKA 160 170 180 190 200 210 770 780 790 800 810 820 pF1KE3 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