Result of FASTA (ccds) for pFN21AE2077
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KE2077, 745 aa
  1>>>pF1KE2077 745 - 745 aa - 745 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.1324+/-0.00143; mu= 15.9544+/- 0.085
 mean_var=77.7857+/-15.481, 0's: 0 Z-trim(99.1): 46  B-trim: 0 in 0/47
 Lambda= 0.145420
 statistics sampled from 5604 (5627) to 5604 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.504), E-opt: 0.2 (0.173), width:  16
 Scan time:  2.910

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS7179.1 CUL2 gene_id:8453|Hs108|chr10           ( 745) 4872 1032.7       0
CCDS73086.1 CUL2 gene_id:8453|Hs108|chr10          ( 758) 4872 1032.7       0
CCDS55709.1 CUL2 gene_id:8453|Hs108|chr10          ( 764) 4872 1032.7       0
CCDS34772.1 CUL1 gene_id:8454|Hs108|chr7           ( 776) 1609 348.2 2.9e-95
CCDS43987.1 CUL4B gene_id:8450|Hs108|chrX          ( 895)  982 216.6 1.3e-55
CCDS83487.1 CUL4B gene_id:8450|Hs108|chrX          ( 900)  982 216.6 1.3e-55
CCDS35379.1 CUL4B gene_id:8450|Hs108|chrX          ( 913)  982 216.6 1.3e-55
CCDS9533.1 CUL4A gene_id:8451|Hs108|chr13          ( 659)  915 202.5 1.7e-51
CCDS73604.1 CUL4A gene_id:8451|Hs108|chr13         ( 667)  915 202.5 1.7e-51
CCDS41908.1 CUL4A gene_id:8451|Hs108|chr13         ( 759)  915 202.6 1.9e-51
CCDS2462.1 CUL3 gene_id:8452|Hs108|chr2            ( 768)  666 150.3   1e-35
CCDS58751.1 CUL3 gene_id:8452|Hs108|chr2           ( 702)  664 149.9 1.3e-35
CCDS31668.1 CUL5 gene_id:8065|Hs108|chr11          ( 780)  539 123.7 1.1e-27


>>CCDS7179.1 CUL2 gene_id:8453|Hs108|chr10                (745 aa)
 initn: 4872 init1: 4872 opt: 4872  Z-score: 5523.7  bits: 1032.7 E(32554):    0
Smith-Waterman score: 4872; 100.0% identity (100.0% similar) in 745 aa overlap (1-745:1-745)

               10        20        30        40        50        60
pF1KE2 MSLKPRVVDFDETWNKLLTTIKAVVMLEYVERATWNDRFSDIYALCVAYPEPLGERLYTE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS71 MSLKPRVVDFDETWNKLLTTIKAVVMLEYVERATWNDRFSDIYALCVAYPEPLGERLYTE
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KE2 TKIFLENHVRHLHKRVLESEEQVLVMYHRYWEEYSKGADYMDCLYRYLNTQFIKKNKLTE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS71 TKIFLENHVRHLHKRVLESEEQVLVMYHRYWEEYSKGADYMDCLYRYLNTQFIKKNKLTE
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KE2 ADLQYGYGGVDMNEPLMEIGELALDMWRKLMVEPLQAILIRMLLREIKNDRGGEDPNQKV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS71 ADLQYGYGGVDMNEPLMEIGELALDMWRKLMVEPLQAILIRMLLREIKNDRGGEDPNQKV
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KE2 IHGVINSFVHVEQYKKKFPLKFYQEIFESPFLTETGEYYKQEASNLLQESNCSQYMEKVL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS71 IHGVINSFVHVEQYKKKFPLKFYQEIFESPFLTETGEYYKQEASNLLQESNCSQYMEKVL
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KE2 GRLKDEEIRCRKYLHPSSYTKVIHECQQRMVADHLQFLHAECHNIIRQEKKNDMANMYVL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS71 GRLKDEEIRCRKYLHPSSYTKVIHECQQRMVADHLQFLHAECHNIIRQEKKNDMANMYVL
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KE2 LRAVSTGLPHMIQELQNHIHDEGLRATSNLTQENMPTLFVESVLEVHGKFVQLINTVLNG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS71 LRAVSTGLPHMIQELQNHIHDEGLRATSNLTQENMPTLFVESVLEVHGKFVQLINTVLNG
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KE2 DQHFMSALDKALTSVVNYREPKSVCKAPELLAKYCDNLLKKSAKGMTENEVEDRLTSFIT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS71 DQHFMSALDKALTSVVNYREPKSVCKAPELLAKYCDNLLKKSAKGMTENEVEDRLTSFIT
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KE2 VFKYIDDKDVFQKFYARMLAKRLIHGLSMSMDSEEAMINKLKQACGYEFTSKLHRMYTDM
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS71 VFKYIDDKDVFQKFYARMLAKRLIHGLSMSMDSEEAMINKLKQACGYEFTSKLHRMYTDM
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KE2 SVSADLNNKFNNFIKNQDTVIDLGISFQIYVLQAGAWPLTQAPSSTFAIPQELEKSVQMF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS71 SVSADLNNKFNNFIKNQDTVIDLGISFQIYVLQAGAWPLTQAPSSTFAIPQELEKSVQMF
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580       590       600
pF1KE2 ELFYSQHFSGRKLTWLHYLCTGEVKMNYLGKPYVAMVTTYQMAVLLAFNNSETVSYKELQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS71 ELFYSQHFSGRKLTWLHYLCTGEVKMNYLGKPYVAMVTTYQMAVLLAFNNSETVSYKELQ
              550       560       570       580       590       600

              610       620       630       640       650       660
pF1KE2 DSTQMNEKELTKTIKSLLDVKMINHDSEKEDIDAESSFSLNMNFSSKRTKFKITTSMQKD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS71 DSTQMNEKELTKTIKSLLDVKMINHDSEKEDIDAESSFSLNMNFSSKRTKFKITTSMQKD
              610       620       630       640       650       660

              670       680       690       700       710       720
pF1KE2 TPQEMEQTRSAVDEDRKMYLQAAIVRIMKARKVLRHNALIQEVISQSRARFNPSISMIKK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS71 TPQEMEQTRSAVDEDRKMYLQAAIVRIMKARKVLRHNALIQEVISQSRARFNPSISMIKK
              670       680       690       700       710       720

              730       740     
pF1KE2 CIEVLIDKQYIERSQASADEYSYVA
       :::::::::::::::::::::::::
CCDS71 CIEVLIDKQYIERSQASADEYSYVA
              730       740     

>>CCDS73086.1 CUL2 gene_id:8453|Hs108|chr10               (758 aa)
 initn: 4872 init1: 4872 opt: 4872  Z-score: 5523.5  bits: 1032.7 E(32554):    0
Smith-Waterman score: 4872; 100.0% identity (100.0% similar) in 745 aa overlap (1-745:14-758)

                            10        20        30        40       
pF1KE2              MSLKPRVVDFDETWNKLLTTIKAVVMLEYVERATWNDRFSDIYALCV
                    :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 MVPGKEFQHYTCTMSLKPRVVDFDETWNKLLTTIKAVVMLEYVERATWNDRFSDIYALCV
               10        20        30        40        50        60

        50        60        70        80        90       100       
pF1KE2 AYPEPLGERLYTETKIFLENHVRHLHKRVLESEEQVLVMYHRYWEEYSKGADYMDCLYRY
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 AYPEPLGERLYTETKIFLENHVRHLHKRVLESEEQVLVMYHRYWEEYSKGADYMDCLYRY
               70        80        90       100       110       120

       110       120       130       140       150       160       
pF1KE2 LNTQFIKKNKLTEADLQYGYGGVDMNEPLMEIGELALDMWRKLMVEPLQAILIRMLLREI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 LNTQFIKKNKLTEADLQYGYGGVDMNEPLMEIGELALDMWRKLMVEPLQAILIRMLLREI
              130       140       150       160       170       180

       170       180       190       200       210       220       
pF1KE2 KNDRGGEDPNQKVIHGVINSFVHVEQYKKKFPLKFYQEIFESPFLTETGEYYKQEASNLL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 KNDRGGEDPNQKVIHGVINSFVHVEQYKKKFPLKFYQEIFESPFLTETGEYYKQEASNLL
              190       200       210       220       230       240

       230       240       250       260       270       280       
pF1KE2 QESNCSQYMEKVLGRLKDEEIRCRKYLHPSSYTKVIHECQQRMVADHLQFLHAECHNIIR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 QESNCSQYMEKVLGRLKDEEIRCRKYLHPSSYTKVIHECQQRMVADHLQFLHAECHNIIR
              250       260       270       280       290       300

       290       300       310       320       330       340       
pF1KE2 QEKKNDMANMYVLLRAVSTGLPHMIQELQNHIHDEGLRATSNLTQENMPTLFVESVLEVH
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 QEKKNDMANMYVLLRAVSTGLPHMIQELQNHIHDEGLRATSNLTQENMPTLFVESVLEVH
              310       320       330       340       350       360

       350       360       370       380       390       400       
pF1KE2 GKFVQLINTVLNGDQHFMSALDKALTSVVNYREPKSVCKAPELLAKYCDNLLKKSAKGMT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 GKFVQLINTVLNGDQHFMSALDKALTSVVNYREPKSVCKAPELLAKYCDNLLKKSAKGMT
              370       380       390       400       410       420

       410       420       430       440       450       460       
pF1KE2 ENEVEDRLTSFITVFKYIDDKDVFQKFYARMLAKRLIHGLSMSMDSEEAMINKLKQACGY
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 ENEVEDRLTSFITVFKYIDDKDVFQKFYARMLAKRLIHGLSMSMDSEEAMINKLKQACGY
              430       440       450       460       470       480

       470       480       490       500       510       520       
pF1KE2 EFTSKLHRMYTDMSVSADLNNKFNNFIKNQDTVIDLGISFQIYVLQAGAWPLTQAPSSTF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 EFTSKLHRMYTDMSVSADLNNKFNNFIKNQDTVIDLGISFQIYVLQAGAWPLTQAPSSTF
              490       500       510       520       530       540

       530       540       550       560       570       580       
pF1KE2 AIPQELEKSVQMFELFYSQHFSGRKLTWLHYLCTGEVKMNYLGKPYVAMVTTYQMAVLLA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 AIPQELEKSVQMFELFYSQHFSGRKLTWLHYLCTGEVKMNYLGKPYVAMVTTYQMAVLLA
              550       560       570       580       590       600

       590       600       610       620       630       640       
pF1KE2 FNNSETVSYKELQDSTQMNEKELTKTIKSLLDVKMINHDSEKEDIDAESSFSLNMNFSSK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 FNNSETVSYKELQDSTQMNEKELTKTIKSLLDVKMINHDSEKEDIDAESSFSLNMNFSSK
              610       620       630       640       650       660

       650       660       670       680       690       700       
pF1KE2 RTKFKITTSMQKDTPQEMEQTRSAVDEDRKMYLQAAIVRIMKARKVLRHNALIQEVISQS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 RTKFKITTSMQKDTPQEMEQTRSAVDEDRKMYLQAAIVRIMKARKVLRHNALIQEVISQS
              670       680       690       700       710       720

       710       720       730       740     
pF1KE2 RARFNPSISMIKKCIEVLIDKQYIERSQASADEYSYVA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 RARFNPSISMIKKCIEVLIDKQYIERSQASADEYSYVA
              730       740       750        

>>CCDS55709.1 CUL2 gene_id:8453|Hs108|chr10               (764 aa)
 initn: 4872 init1: 4872 opt: 4872  Z-score: 5523.5  bits: 1032.7 E(32554):    0
Smith-Waterman score: 4872; 100.0% identity (100.0% similar) in 745 aa overlap (1-745:20-764)

                                  10        20        30        40 
pF1KE2                    MSLKPRVVDFDETWNKLLTTIKAVVMLEYVERATWNDRFSD
                          :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 MYRVTWSTFWLRFQHYTCTMSLKPRVVDFDETWNKLLTTIKAVVMLEYVERATWNDRFSD
               10        20        30        40        50        60

              50        60        70        80        90       100 
pF1KE2 IYALCVAYPEPLGERLYTETKIFLENHVRHLHKRVLESEEQVLVMYHRYWEEYSKGADYM
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 IYALCVAYPEPLGERLYTETKIFLENHVRHLHKRVLESEEQVLVMYHRYWEEYSKGADYM
               70        80        90       100       110       120

             110       120       130       140       150       160 
pF1KE2 DCLYRYLNTQFIKKNKLTEADLQYGYGGVDMNEPLMEIGELALDMWRKLMVEPLQAILIR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 DCLYRYLNTQFIKKNKLTEADLQYGYGGVDMNEPLMEIGELALDMWRKLMVEPLQAILIR
              130       140       150       160       170       180

             170       180       190       200       210       220 
pF1KE2 MLLREIKNDRGGEDPNQKVIHGVINSFVHVEQYKKKFPLKFYQEIFESPFLTETGEYYKQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 MLLREIKNDRGGEDPNQKVIHGVINSFVHVEQYKKKFPLKFYQEIFESPFLTETGEYYKQ
              190       200       210       220       230       240

             230       240       250       260       270       280 
pF1KE2 EASNLLQESNCSQYMEKVLGRLKDEEIRCRKYLHPSSYTKVIHECQQRMVADHLQFLHAE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 EASNLLQESNCSQYMEKVLGRLKDEEIRCRKYLHPSSYTKVIHECQQRMVADHLQFLHAE
              250       260       270       280       290       300

             290       300       310       320       330       340 
pF1KE2 CHNIIRQEKKNDMANMYVLLRAVSTGLPHMIQELQNHIHDEGLRATSNLTQENMPTLFVE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 CHNIIRQEKKNDMANMYVLLRAVSTGLPHMIQELQNHIHDEGLRATSNLTQENMPTLFVE
              310       320       330       340       350       360

             350       360       370       380       390       400 
pF1KE2 SVLEVHGKFVQLINTVLNGDQHFMSALDKALTSVVNYREPKSVCKAPELLAKYCDNLLKK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 SVLEVHGKFVQLINTVLNGDQHFMSALDKALTSVVNYREPKSVCKAPELLAKYCDNLLKK
              370       380       390       400       410       420

             410       420       430       440       450       460 
pF1KE2 SAKGMTENEVEDRLTSFITVFKYIDDKDVFQKFYARMLAKRLIHGLSMSMDSEEAMINKL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 SAKGMTENEVEDRLTSFITVFKYIDDKDVFQKFYARMLAKRLIHGLSMSMDSEEAMINKL
              430       440       450       460       470       480

             470       480       490       500       510       520 
pF1KE2 KQACGYEFTSKLHRMYTDMSVSADLNNKFNNFIKNQDTVIDLGISFQIYVLQAGAWPLTQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 KQACGYEFTSKLHRMYTDMSVSADLNNKFNNFIKNQDTVIDLGISFQIYVLQAGAWPLTQ
              490       500       510       520       530       540

             530       540       550       560       570       580 
pF1KE2 APSSTFAIPQELEKSVQMFELFYSQHFSGRKLTWLHYLCTGEVKMNYLGKPYVAMVTTYQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 APSSTFAIPQELEKSVQMFELFYSQHFSGRKLTWLHYLCTGEVKMNYLGKPYVAMVTTYQ
              550       560       570       580       590       600

             590       600       610       620       630       640 
pF1KE2 MAVLLAFNNSETVSYKELQDSTQMNEKELTKTIKSLLDVKMINHDSEKEDIDAESSFSLN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 MAVLLAFNNSETVSYKELQDSTQMNEKELTKTIKSLLDVKMINHDSEKEDIDAESSFSLN
              610       620       630       640       650       660

             650       660       670       680       690       700 
pF1KE2 MNFSSKRTKFKITTSMQKDTPQEMEQTRSAVDEDRKMYLQAAIVRIMKARKVLRHNALIQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 MNFSSKRTKFKITTSMQKDTPQEMEQTRSAVDEDRKMYLQAAIVRIMKARKVLRHNALIQ
              670       680       690       700       710       720

             710       720       730       740     
pF1KE2 EVISQSRARFNPSISMIKKCIEVLIDKQYIERSQASADEYSYVA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 EVISQSRARFNPSISMIKKCIEVLIDKQYIERSQASADEYSYVA
              730       740       750       760    

>>CCDS34772.1 CUL1 gene_id:8454|Hs108|chr7                (776 aa)
 initn: 1583 init1: 676 opt: 1609  Z-score: 1823.7  bits: 348.2 E(32554): 2.9e-95
Smith-Waterman score: 1726; 37.0% identity (68.2% similar) in 779 aa overlap (8-745:15-776)

                      10        20        30        40        50   
pF1KE2        MSLKPRVVDFDETWNKLLTTIKAVVMLEYVERATWNDRFSDIYALCVAYPE--
                     . .:. :. : . :. :   . . .. . . .. .:  :..  .  
CCDS34 MSSTRSQNPHGLKQIGLDQIWDDLRAGIQQVYTRQSMAKSRYMELYTHVYNYCTSVHQSN
               10        20        30        40        50        60

                                    60        70         80        
pF1KE2 -------P---------------LGERLYTETKIFLENHVRHLHKRVLE-SEEQVLVMYH
              :               .: .:: . : ::.:.. .: :   .  .:.:: .: 
CCDS34 QARGAGVPPSKSKKGQTPGGAQFVGLELYKRLKEFLKNYLTNLLKDGEDLMDESVLKFYT
               70        80        90       100       110       120

       90       100       110       120       130       140        
pF1KE2 RYWEEYSKGADYMDCLYRYLNTQFIKKNKLTEADLQYGYGGVDMNEPLMEIGELALDMWR
       . ::.:  ..  .. .  ::: .....    : :   :  :.      .::  :::  ::
CCDS34 QQWEDYRFSSKVLNGICAYLNRHWVRR----ECD--EGRKGI------YEIYSLALVTWR
              130       140           150               160        

      150       160       170       180       190            200   
pF1KE2 KLMVEPLQAILIRMLLREIKNDRGGEDPNQKVIHGVINSFVHV-----EQYKKKFPLKFY
         . .::.  .   .:. :...:.::  : ..: ::..:.:..     . . :   :  :
CCDS34 DCLFRPLNKQVTNAVLKLIEKERNGETINTRLISGVVQSYVELGLNEDDAFAKGPTLTVY
      170       180       190       200       210       220        

           210       220       230       240       250       260   
pF1KE2 QEIFESPFLTETGEYYKQEASNLLQESNCSQYMEKVLGRLKDEEIRCRKYLHPSSYTKVI
       .: ::: ::..: ..: .:....::..  ..::.:. .:: .:. : . ::: :.  .. 
CCDS34 KESFESQFLADTERFYTRESTEFLQQNPVTEYMKKAEARLLEEQRRVQVYLHESTQDELA
      230       240       250       260       270       280        

           270       280       290       300       310       320   
pF1KE2 HECQQRMVADHLQFLHAECHNIIRQEKKNDMANMYVLLRAVSTGLPHMIQELQNHIHDEG
       ..:.: ..  ::...:.: .:..  .:..:.. :: :.  .. :: .. . :..:::..:
CCDS34 RKCEQVLIEKHLEIFHTEFQNLLDADKNEDLGRMYNLVSRIQDGLGELKKLLETHIHNQG
      290       300       310       320       330       340        

           330         340       350       360       370           
pF1KE2 LRATSNLTQE--NMPTLFVESVLEVHGKFVQLINTVLNGDQHFMSALDKALTSVVNY---
       : :  .  .   : : ..:..::.:: :.  :. ...:.:  :..:::::    .:    
CCDS34 LAAIEKCGEAALNDPKMYVQTVLDVHKKYNALVMSAFNNDAGFVAALDKACGRFINNNAV
      350       360       370       380       390       400        

       380       390       400       410       420       430       
pF1KE2 -REPKSVCKAPELLAKYCDNLLKKSAKGMTENEVEDRLTSFITVFKYIDDKDVFQKFYAR
        .  .:  :.:::::.:::.:::::.:.  : :.:: :.. ..:::::.::::::::::.
CCDS34 TKMAQSSSKSPELLARYCDSLLKKSSKNPEEAELEDTLNQVMVVFKYIEDKDVFQKFYAK
      410       420       430       440       450       460        

       440       450       460       470       480       490       
pF1KE2 MLAKRLIHGLSMSMDSEEAMINKLKQACGYEFTSKLHRMYTDMSVSADLNNKFNNFIKNQ
       ::::::.:  : : :.: .::.:::::::.:.::::.::. :..:: :::..:.. . :.
CCDS34 MLAKRLVHQNSASDDAEASMISKLKQACGFEYTSKLQRMFQDIGVSKDLNEQFKKHLTNS
      470       480       490       500       510       520        

       500       510       520       530       540       550       
pF1KE2 DTVIDLGISFQIYVLQAGAWPLTQAPSSTFAIPQELEKSVQMFELFYSQHFSGRKLTWLH
       .    : ..:.: ::..:.::. :  : :::.:.:::.: : :  ::... ::::::::.
CCDS34 EP---LDLDFSIQVLSSGSWPFQQ--SCTFALPSELERSYQRFTAFYASRHSGRKLTWLY
      530          540         550       560       570       580   

       560       570       580       590       600       610       
pF1KE2 YLCTGEVKMNYLGKPYVAMVTTYQMAVLLAFNNSETVSYKELQDSTQMNEKELTKTIKSL
        :  ::.  : . . :. ...:.:::.:: .:. .. . ..: ::::..   :..... :
CCDS34 QLSKGELVTNCFKNRYTLQASTFQMAILLQYNTEDAYTVQQLTDSTQIKMDILAQVLQIL
           590       600       610       620       630       640   

       620       630            640       650       660       670  
pF1KE2 LDVKMINHDSEKEDIDA-----ESSFSLNMNFSSKRTKFKITTSMQKDTPQEMEQTRSAV
       :  :..  ..:. ..:      .. ..: .....:. . .:.. :. .  ::.: :.. .
CCDS34 LKSKLLVLEDENANVDEVELKPDTLIKLYLGYKNKKLRVNINVPMKTEQKQEQETTHKNI
           650       660       670       680       690       700   

            680       690       700       710       720       730  
pF1KE2 DEDRKMYLQAAIVRIMKARKVLRHNALIQEVISQSRARFNPSISMIKKCIEVLIDKQYIE
       .::::. .::::::::: ::::.:. :. ::..:  .::.: . .:::::..::.:.:.:
CCDS34 EEDRKLLIQAAIVRIMKMRKVLKHQQLLGEVLTQLSSRFKPRVPVIKKCIDILIEKEYLE
           710       720       730       740       750       760   

            740     
pF1KE2 RSQASADEYSYVA
       : ..  : :::.:
CCDS34 RVDGEKDTYSYLA
           770      

>>CCDS43987.1 CUL4B gene_id:8450|Hs108|chrX               (895 aa)
 initn: 841 init1: 326 opt: 982  Z-score: 1111.8  bits: 216.6 E(32554): 1.3e-55
Smith-Waterman score: 1076; 29.0% identity (63.1% similar) in 753 aa overlap (4-745:187-895)

                                            10        20        30 
pF1KE2                            MSLKPRVVD--FDETWNKLLTTIKAVVMLEYVE
                                     ::.. .   ::::.::  ...:.     . 
CCDS43 GLAKSSTTVSSFANSKPGSAKKLVIKNFKDKPKLPENYTDETWQKLKEAVEAIQNSTSI-
        160       170       180       190       200       210      

              40        50        60        70         80          
pF1KE2 RATWNDRFSDIYALCVAYPEPLGERLYTETKIFLENHVR-HLHKRVLESEEQVLVMYH--
       . . .. .. .  :: .:   ..  :: . . . :.:.. ..:.   .: ..:: . .  
CCDS43 KYNLEELYQAVENLC-SY--KISANLYKQLRQICEDHIKAQIHQFREDSLDSVLFLKKID
         220       230          240       250       260       270  

       90       100       110       120       130       140        
pF1KE2 RYWEEYSKGADYMDCLYRYLNTQFIKKNKLTEADLQYGYGGVDMNEPLMEIGELALDMWR
       : :... .   ..  .. .:.  .. .:..                 :  : ...:...:
CCDS43 RCWQNHCRQMIMIRSIFLFLDRTYVLQNSM-----------------LPSIWDMGLELFR
            280       290       300                        310     

      150         160       170       180       190       200      
pF1KE2 KLMV--EPLQAILIRMLLREIKNDRGGEDPNQKVIHGVINSFVHVEQYKKKFPLKFYQEI
         ..  . .:   :  .:  :. .:.::  .......... .           :..::. 
CCDS43 AHIISDQKVQNKTIDGILLLIERERNGEAIDRSLLRSLLSMLSD---------LQIYQDS
         320       330       340       350                360      

        210       220       230       240       250       260      
pF1KE2 FESPFLTETGEYYKQEASNLLQESNCSQYMEKVLGRLKDEEIRCRKYLHPSSYTKVIHEC
       ::. :: ::.. :  :...:.:: .  .:...:  ::..:  :   ::  ..  ..:   
CCDS43 FEQRFLEETNRLYAAEGQKLMQEREVPEYLHHVNKRLEEEADRLITYLDQTTQKSLIATV
        370       380       390       400       410       420      

        270        280       290       300       310       320     
pF1KE2 QQRMVADHLQ-FLHAECHNIIRQEKKNDMANMYVLLRAVSTGLPHMIQELQNHIHDEGLR
       .......::  .:.   .:.. ... .:.. .: :.  :  :.  ..:.  ..:.  :  
CCDS43 EKQLLGEHLTAILQKGLNNLLDENRIQDLSLLYQLFSRVRGGVQVLLQQWIEYIKAFG--
        430       440       450       460       470       480      

         330       340       350       360       370       380     
pF1KE2 ATSNLTQENMPTLFVESVLEVHGKFVQLINTVLNGDQHFMSALDKALTSVVNYREPKSVC
       .:  .. :.  :. :. .:. . :  ..:.  .  ...:..:. .:. . .: : :.   
CCDS43 STIVINPEKDKTM-VQELLDFKDKVDHIIDICFLKNEKFINAMKEAFETFINKR-PN---
          490        500       510       520       530             

         390       400       410       420       430       440     
pF1KE2 KAPELLAKYCDNLLKKSAKGMTENEVEDRLTSFITVFKYIDDKDVFQKFYARMLAKRLIH
       :  ::.::: :. :. . :  :..:.:  : ... .:..:  ::::. :: . :::::. 
CCDS43 KPAELIAKYVDSKLRAGNKEATDEELEKMLDKIMIIFRFIYGKDVFEAFYKKDLAKRLLV
     540       550       560       570       580       590         

         450       460       470       480       490       500     
pF1KE2 GLSMSMDSEEAMINKLKQACGYEFTSKLHRMYTDMSVSADLNNKFNNFIKNQDTVIDLGI
       : : :.:.:..:..:::. ::  :::::. :. :: .: :.  .:.....::.  .  .:
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CCDS43 YIA
          

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pF1KE2 YVA
       :.:
CCDS83 YIA
       900

>>CCDS35379.1 CUL4B gene_id:8450|Hs108|chrX               (913 aa)
 initn: 841 init1: 326 opt: 982  Z-score: 1111.6  bits: 216.6 E(32554): 1.3e-55
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pF1KE2 INHDSEKEDIDAESSFSLNMNFSSKRTKFKITTSMQKDTPQEMEQTRSAVDEDRKMYLQA
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pF1KE2 AIVRIMKARKVLRHNALIQEVISQSRARFNPSISMIKKCIEVLIDKQYIERSQASADEYS
       ::::::: ::.: :: :..:: .: .   .:.   .:: :: :::..:.::.. . ..:.
CCDS35 AIVRIMKMRKTLSHNLLVSEVYNQLKFPVKPAD--LKKRIESLIDRDYMERDKENPNQYN
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pF1KE2 YVA
       :.:
CCDS35 YIA
          

>>CCDS9533.1 CUL4A gene_id:8451|Hs108|chr13               (659 aa)
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                                     :: . .   :.::. ..     .: ..:: 
CCDS95                              MLYKQLRQACEDHVQAQILPFREDSLDSVLF
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       .   .  :... .   ..  .. .:.  ..         ::        :  :  : ...
CCDS95 LKKINTCWQDHCRQMIMIRSIFLFLDRTYV---------LQ--------NSTLPSIWDMG
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       :...:  ..    .:.  :  .:  :. .:.::  .......... .  .. :: .: ::
CCDS95 LELFRTHIISDKMVQSKTIDGILLLIERERSGEAVDRSLLRSLLGMLSDLQVYKDSFELK
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       :         : ::.  :  :.. :.:: .  .:...:  ::..:  :   ::  :.   
CCDS95 F---------LEETNCLYAAEGQRLMQEREVPEYLNHVSKRLEEEGDRVITYLDHSTQKP
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       .:   .......::  .:.    ... ...  :.:.:: :.  :  :   ..:. ...:.
CCDS95 LIACVEKQLLGEHLTAILQKGLDHLLDENRVPDLAQMYQLFSRVRGGQQALLQHWSEYIK
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pF1KE2 DEGLRATSNLTQENMPTLFVESVLEVHGKFVQLINTVLNGDQHFMSALDKALTSVVNYRE
         :   . :  ...    .:...:. . :  ..:.. .. ...:.. . ... . .: : 
CCDS95 TFGTAIVINPEKDKD---MVQDLLDFKDKVDHVIEVCFQKNERFVNLMKESFETFINKR-
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pF1KE2 PKSVCKAPELLAKYCDNLLKKSAKGMTENEVEDRLTSFITVFKYIDDKDVFQKFYARMLA
       :.   :  ::.::. :. :. . :  :..:.:  : ... .:..:  ::::. :: . ::
CCDS95 PN---KPAELIAKHVDSKLRAGNKEATDEELERTLDKIMILFRFIHGKDVFEAFYKKDLA
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pF1KE2 KRLIHGLSMSMDSEEAMINKLKQACGYEFTSKLHRMYTDMSVSADLNNKFNNFIKNQDTV
       :::. : : :.:.:..:..:::. ::  :::::. :. :: .: :.  .:.. ..::.  
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        : : :.. . .:  : :: : .:  .   : :. :  ..:. ::  . ::::: :   :
CCDS95 -DSGPIDLTVNILTMGYWP-TYTPMEVHLTP-EMIKLQEVFKAFYLGKHSGRKLQWQTTL
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pF1KE2 CTGEVKMNYLGKPYVAMVTTYQMAVLLAFNNSETVSYKELQDSTQMNEKELTKTIKSLL-
         . .: ..       .:. .:  ::: ::...  :..:.. .: ....:: .:..::  
CCDS95 GHAVLKAEFKEGKKEFQVSLFQTLVLLMFNEGDGFSFEEIKMATGIEDSELRRTLQSLAC
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pF1KE2 -DVKMINHDSEKEDIDAESSFSLNMNFSSKRTKFKITTSMQKDTPQEMEQTRSAVDEDRK
         .... .. . ....  ..: .: .:. :  ..::.  ..:.: .:. .:   : .::.
CCDS95 GKARVLIKSPKGKEVEDGDKFIFNGEFKHKLFRIKINQIQMKETVEEQVSTTERVFQDRQ
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pF1KE2 MYLQAAIVRIMKARKVLRHNALIQEVISQSRARFNPSISMIKKCIEVLIDKQYIERSQAS
       . ..:::::::: ::.: :: :..:. .: .   .:.   .:: :: :::..:.::.. .
CCDS95 YQIDAAIVRIMKMRKTLGHNLLVSELYNQLKFPVKPGD--LKKRIESLIDRDYMERDKDN
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       740     
pF1KE2 ADEYSYVA
        ..: :::
CCDS95 PNQYHYVA
               

>>CCDS73604.1 CUL4A gene_id:8451|Hs108|chr13              (667 aa)
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Smith-Waterman score: 949; 28.5% identity (62.5% similar) in 698 aa overlap (57-745:2-667)

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pF1KE2 LEYVERATWNDRFSDIYALCVAYPEPLGERLYTETKIFLENHVR-HLHKRVLESEEQVLV
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CCDS73                              MLYKQLRQACEDHVQAQILPFREDSLDSVLF
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       .   .  :... .   ..  .. .:.  .. .:.   .    .:        :..  ...
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pF1KE2 LDMWRKLMVEP--LQAILIRMLLREIKNDRGGEDPNQKVIHGVINSFVHVEQYKKKFPLK
       :...:  ..    .:.  :  .:  :. .:.::  .......... .  .. :: .: ::
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       :         : ::.  :  :.. :.:: .  .:...:  ::..:  :   ::  :.   
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       .:   .......::  .:.    ... ...  :.:.:: :.  :  :   ..:. ...:.
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         :   . :  ...    .:...:. . :  ..:.. .. ...:.. . ... . .: : 
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pF1KE2 PKSVCKAPELLAKYCDNLLKKSAKGMTENEVEDRLTSFITVFKYIDDKDVFQKFYARMLA
       :.   :  ::.::. :. :. . :  :..:.:  : ... .:..:  ::::. :: . ::
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       :::. : : :.:.:..:..:::. ::  :::::. :. :: .: :.  .:.. ..::.  
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pF1KE2 IDLG-ISFQIYVLQAGAWPLTQAPSSTFAIPQELEKSVQMFELFYSQHFSGRKLTWLHYL
        : : :.. . .:  : :: : .:  .   : :. :  ..:. ::  . ::::: :   :
CCDS73 -DSGPIDLTVNILTMGYWP-TYTPMEVHLTP-EMIKLQEVFKAFYLGKHSGRKLQWQTTL
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pF1KE2 CTGEVKMNYLGKPYVAMVTTYQMAVLLAFNNSETVSYKELQDSTQMNEKELTKTIKSLL-
         . .: ..       .:. .:  ::: ::...  :..:.. .: ....:: .:..::  
CCDS73 GHAVLKAEFKEGKKEFQVSLFQTLVLLMFNEGDGFSFEEIKMATGIEDSELRRTLQSLAC
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pF1KE2 -DVKMINHDSEKEDIDAESSFSLNMNFSSKRTKFKITTSMQKDTPQEMEQTRSAVDEDRK
         .... .. . ....  ..: .: .:. :  ..::.  ..:.: .:. .:   : .::.
CCDS73 GKARVLIKSPKGKEVEDGDKFIFNGEFKHKLFRIKINQIQMKETVEEQVSTTERVFQDRQ
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pF1KE2 MYLQAAIVRIMKARKVLRHNALIQEVISQSRARFNPSISMIKKCIEVLIDKQYIERSQAS
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CCDS73 YQIDAAIVRIMKMRKTLGHNLLVSELYNQLKFPVKPGD--LKKRIESLIDRDYMERDKDN
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       740     
pF1KE2 ADEYSYVA
        ..: :::
CCDS73 PNQYHYVA
     660       

>>CCDS41908.1 CUL4A gene_id:8451|Hs108|chr13              (759 aa)
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pF1KE2                            MSLKPRVVD--FDETWNKLLTTIKAVVMLEYVE
                                     .::. :   ..:: ::  ...::     . 
CCDS41 LTKPAALAAAPAKPGGAGGSKKLVIKNFRDRPRLPDNYTQDTWRKLHEAVRAVQSSTSI-
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pF1KE2 RATWNDRFSDIYALCVAYPEPLGERLYTETKIFLENHVR-HLHKRVLESEEQVLVM--YH
       : . .. .. .  ::     :.   :: . .   :.::. ..     .: ..:: .   .
CCDS41 RYNLEELYQAVENLCSHKVSPM---LYKQLRQACEDHVQAQILPFREDSLDSVLFLKKIN
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pF1KE2 RYWEEYSKGADYMDCLYRYLNTQFIKKNKLTEADLQYGYGGVDMNEPLMEIGELALDMWR
         :... .   ..  .. .:.  ..         ::        :  :  : ...:...:
CCDS41 TCWQDHCRQMIMIRSIFLFLDRTYV---------LQ--------NSTLPSIWDMGLELFR
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pF1KE2 KLMVEP--LQAILIRMLLREIKNDRGGEDPNQKVIHGVINSFVHVEQYKKKFPLKFYQEI
         ..    .:.  :  .:  :. .:.::  .......... .  .. :: .: :::    
CCDS41 THIISDKMVQSKTIDGILLLIERERSGEAVDRSLLRSLLGMLSDLQVYKDSFELKF----
     180       190       200       210       220       230         

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pF1KE2 FESPFLTETGEYYKQEASNLLQESNCSQYMEKVLGRLKDEEIRCRKYLHPSSYTKVIHEC
            : ::.  :  :.. :.:: .  .:...:  ::..:  :   ::  :.   .:   
CCDS41 -----LEETNCLYAAEGQRLMQEREVPEYLNHVSKRLEEEGDRVITYLDHSTQKPLIACV
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CCDS41 YVA
          




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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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