FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE2077, 745 aa 1>>>pF1KE2077 745 - 745 aa - 745 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.1324+/-0.00143; mu= 15.9544+/- 0.085 mean_var=77.7857+/-15.481, 0's: 0 Z-trim(99.1): 46 B-trim: 0 in 0/47 Lambda= 0.145420 statistics sampled from 5604 (5627) to 5604 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.504), E-opt: 0.2 (0.173), width: 16 Scan time: 2.910 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS7179.1 CUL2 gene_id:8453|Hs108|chr10 ( 745) 4872 1032.7 0 CCDS73086.1 CUL2 gene_id:8453|Hs108|chr10 ( 758) 4872 1032.7 0 CCDS55709.1 CUL2 gene_id:8453|Hs108|chr10 ( 764) 4872 1032.7 0 CCDS34772.1 CUL1 gene_id:8454|Hs108|chr7 ( 776) 1609 348.2 2.9e-95 CCDS43987.1 CUL4B gene_id:8450|Hs108|chrX ( 895) 982 216.6 1.3e-55 CCDS83487.1 CUL4B gene_id:8450|Hs108|chrX ( 900) 982 216.6 1.3e-55 CCDS35379.1 CUL4B gene_id:8450|Hs108|chrX ( 913) 982 216.6 1.3e-55 CCDS9533.1 CUL4A gene_id:8451|Hs108|chr13 ( 659) 915 202.5 1.7e-51 CCDS73604.1 CUL4A gene_id:8451|Hs108|chr13 ( 667) 915 202.5 1.7e-51 CCDS41908.1 CUL4A gene_id:8451|Hs108|chr13 ( 759) 915 202.6 1.9e-51 CCDS2462.1 CUL3 gene_id:8452|Hs108|chr2 ( 768) 666 150.3 1e-35 CCDS58751.1 CUL3 gene_id:8452|Hs108|chr2 ( 702) 664 149.9 1.3e-35 CCDS31668.1 CUL5 gene_id:8065|Hs108|chr11 ( 780) 539 123.7 1.1e-27 >>CCDS7179.1 CUL2 gene_id:8453|Hs108|chr10 (745 aa) initn: 4872 init1: 4872 opt: 4872 Z-score: 5523.7 bits: 1032.7 E(32554): 0 Smith-Waterman score: 4872; 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CCDS34 MSSTRSQNPHGLKQIGLDQIWDDLRAGIQQVYTRQSMAKSRYMELYTHVYNYCTSVHQSN 10 20 30 40 50 60 60 70 80 pF1KE2 -------P---------------LGERLYTETKIFLENHVRHLHKRVLE-SEEQVLVMYH : .: .:: . : ::.:.. .: : . .:.:: .: CCDS34 QARGAGVPPSKSKKGQTPGGAQFVGLELYKRLKEFLKNYLTNLLKDGEDLMDESVLKFYT 70 80 90 100 110 120 90 100 110 120 130 140 pF1KE2 RYWEEYSKGADYMDCLYRYLNTQFIKKNKLTEADLQYGYGGVDMNEPLMEIGELALDMWR . ::.: .. .. . ::: ..... : : : :. .:: ::: :: CCDS34 QQWEDYRFSSKVLNGICAYLNRHWVRR----ECD--EGRKGI------YEIYSLALVTWR 130 140 150 160 150 160 170 180 190 200 pF1KE2 KLMVEPLQAILIRMLLREIKNDRGGEDPNQKVIHGVINSFVHV-----EQYKKKFPLKFY . .::. . .:. :...:.:: : ..: ::..:.:.. . . : : : CCDS34 DCLFRPLNKQVTNAVLKLIEKERNGETINTRLISGVVQSYVELGLNEDDAFAKGPTLTVY 170 180 190 200 210 220 210 220 230 240 250 260 pF1KE2 QEIFESPFLTETGEYYKQEASNLLQESNCSQYMEKVLGRLKDEEIRCRKYLHPSSYTKVI .: ::: ::..: ..: .:....::.. ..::.:. .:: .:. : . ::: :. .. 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CCDS95 YQIDAAIVRIMKMRKTLGHNLLVSELYNQLKFPVKPGD--LKKRIESLIDRDYMERDKDN 600 610 620 630 640 650 740 pF1KE2 ADEYSYVA ..: ::: CCDS95 PNQYHYVA >>CCDS73604.1 CUL4A gene_id:8451|Hs108|chr13 (667 aa) initn: 638 init1: 314 opt: 915 Z-score: 1037.8 bits: 202.5 E(32554): 1.7e-51 Smith-Waterman score: 949; 28.5% identity (62.5% similar) in 698 aa overlap (57-745:2-667) 30 40 50 60 70 80 pF1KE2 LEYVERATWNDRFSDIYALCVAYPEPLGERLYTETKIFLENHVR-HLHKRVLESEEQVLV :: . . :.::. .. .: ..:: CCDS73 MLYKQLRQACEDHVQAQILPFREDSLDSVLF 10 20 30 90 100 110 120 130 140 pF1KE2 M--YHRYWEEYSKGADYMDCLYRYLNTQFIKKNKLTEADLQYGYGGVDMNEPLMEIGELA . . :... . .. .. .:. .. .:. . .: :.. ... 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