FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE6736, 1575 aa 1>>>pF1KE6736 1575 - 1575 aa - 1575 aa Library: /omim/omim.rfq.tfa 60827320 residues in 85289 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 9.5266+/-0.000541; mu= 4.8122+/- 0.033 mean_var=352.5926+/-73.851, 0's: 0 Z-trim(118.2): 326 B-trim: 97 in 1/52 Lambda= 0.068303 statistics sampled from 30565 (30932) to 30565 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.7), E-opt: 0.2 (0.363), width: 16 Scan time: 15.230 The best scores are: opt bits E(85289) NP_006050 (OMIM: 604349,614115) laminin subunit ga (1575) 11207 1120.5 0 XP_011516423 (OMIM: 604349,614115) PREDICTED: lami (1581) 11185 1118.3 0 XP_006716984 (OMIM: 604349,614115) PREDICTED: lami (1259) 9261 928.6 0 NP_002284 (OMIM: 150290) laminin subunit gamma-1 p (1609) 4544 463.9 4.8e-129 XP_016856762 (OMIM: 150292,226650,226700) PREDICTE ( 742) 2061 218.9 1.3e-55 NP_061486 (OMIM: 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usherin iso (5202) 641 79.9 6.1e-13 NP_001098676 (OMIM: 600133,615235) laminin subunit (1823) 545 69.9 2.2e-10 XP_005267041 (OMIM: 600133,615235) PREDICTED: lami (1823) 545 69.9 2.2e-10 XP_005267040 (OMIM: 600133,615235) PREDICTED: lami (1823) 545 69.9 2.2e-10 NP_002281 (OMIM: 600133,615235) laminin subunit al (1816) 536 69.0 4e-10 NP_001098677 (OMIM: 600133,615235) laminin subunit (1816) 536 69.0 4e-10 >>NP_006050 (OMIM: 604349,614115) laminin subunit gamma- (1575 aa) initn: 11207 init1: 11207 opt: 11207 Z-score: 5986.3 bits: 1120.5 E(85289): 0 Smith-Waterman score: 11207; 100.0% identity (100.0% similar) in 1575 aa overlap (1-1575:1-1575) 10 20 30 40 50 60 pF1KE6 MAAAALLLGLALLAPRAAGAGMGACYDGAGRPQRCLPVFENAAFGRLAQASHTCGSPPED :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_006 MAAAALLLGLALLAPRAAGAGMGACYDGAGRPQRCLPVFENAAFGRLAQASHTCGSPPED 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 pF1KE6 FCPHVGAAGAGAHCQRCDAADPQRHHNASYLTDFHSQDESTWWQSPSMAFGVQYPTSVNI 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:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_006 KEEAAKLKARLTLTEGWLQGSDCGSPWGPLDILLGEAPRGDVYQGHHLLPGAREAFLEQM 1030 1040 1050 1060 1070 1080 1090 1100 1110 1120 1130 1140 pF1KE6 MSLEGAVKAAREQLQRLNKGARCAQAGSQKTCTQLADLEAVLESSEEEILHAAAILASLE :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_006 MSLEGAVKAAREQLQRLNKGARCAQAGSQKTCTQLADLEAVLESSEEEILHAAAILASLE 1090 1100 1110 1120 1130 1140 1150 1160 1170 1180 1190 1200 pF1KE6 IPQEGPSQPTKWSHLATEARALARSHRDTATKIAATAWRALLASNTSYALLWNLLEGRVA :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_006 IPQEGPSQPTKWSHLATEARALARSHRDTATKIAATAWRALLASNTSYALLWNLLEGRVA 1150 1160 1170 1180 1190 1200 1210 1220 1230 1240 1250 1260 pF1KE6 LETQRDLEDRYQEVQAAQKALRTAVAEVLPEAESVLATVQQVGADTAPYLALLASPGALP :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_006 LETQRDLEDRYQEVQAAQKALRTAVAEVLPEAESVLATVQQVGADTAPYLALLASPGALP 1210 1220 1230 1240 1250 1260 1270 1280 1290 1300 1310 1320 pF1KE6 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NP_002 QEWVTATDIRVTLNRLNTFGDEVFNDPKVLKSYYYAISDFAVGGRCKCNGHASECMKNEF 250 260 270 280 290 300 290 300 310 320 330 340 pF1KE6 GQLACRCQHNTTGTDCERCLPFFQDRPWARGTAEAAHECLPCNCSGRSEECTFDRELFRS .:.: :.::: :.:::.:::::.:::: :.:::.: :::::.:.:::.:: :: ::.:: NP_002 DKLVCNCKHNTYGVDCEKCLPFFNDRPWRRATAESASECLPCDCNGRSQECYFDPELYRS 310 320 330 340 350 360 350 360 370 380 390 400 pF1KE6 TGHGGRCHHCRDHTAGPHCERCQENFYHWDPRMPCQPCDCQSAGSLHLQCDDTGTCACKP :::::.: .:.:.: : :::::.:::.. :. : :. .::: :::. : :.::: NP_002 TGHGGHCTNCQDNTDGAHCERCRENFFRLGNNEACSSCHCSPVGSLSTQCDSYGRCSCKP 370 380 390 400 410 420 410 420 430 440 450 460 pF1KE6 TVTGWKCDRCLPGFHSLSEGGCRPCTCNPAGSLDTCDPRSGRCPCKENVEGNLCDRCRPG : : ::::: ::::::.:.:::::.:.:.::.: :. ..::: ::.:::: :.::.:: NP_002 GVMGDKCDRCQPGFHSLTEAGCRPCSCDPSGSIDECNIETGRCVCKDNVEGFNCERCKPG 430 440 450 460 470 480 470 480 490 500 510 520 pF1KE6 TFNLQPHNPAGCSSCFCYGHSKVCASTAQFQVHHILSDFHQGAEGWWARSVGGSEHPPQW :::. :: ::. :::.:::.::.... ..:. : : :. .:: :.. ::: .: NP_002 FFNLESSNPRGCTPCFCFGHSSVCTNAVGYSVYSISSTFQIDEDGWRAEQRDGSEASLEW 490 500 510 520 530 540 530 540 550 560 570 580 pF1KE6 SPN----GVLLSPEDEEELTAPEKFLGDQRFSYGQPLILTFRVPPGDSPLPVQ-LRLEGT : . .:. . . . :: :::: : .:::: : ..::: :. : .. : :::. NP_002 SSERQDIAVISDSYFPRYFIAPAKFLGKQVLSYGQNLSFSFRVDRRDTRLSAEDLVLEGA 550 560 570 580 590 600 590 600 610 620 630 pF1KE6 GLALSLRHSSLSGPQDAGHPREVELR--FHLQETSE-DVAPPLPPFHFQRLLANLTSLRL :: .:. . : ..: :. .. :.:.:... : : ::.::.:: ::::... NP_002 GLRVSVPLIA----QGNSYPSETTVKYVFRLHEATDYPWRPALTPFEFQKLLNNLTSIKI 610 620 630 640 650 640 650 660 670 680 690 pF1KE6 RVSPGPSPAGPVFLTEVRLTSARPGLSPPASWVEICSCPTGYTGQFCESCAPGYKREMPQ : . . :: .: .: :.::::: . ::.::: :.::.:: ::::: : ::.:: :. NP_002 RGTYSERSAG--YLDDVTLASARPGPGVPATWVESCTCPVGYGGQFCEMCLSGYRRETPN 660 670 680 690 700 710 700 710 720 730 740 750 pF1KE6 GGPYASCVPCTCNQHG-TCDPNTGICVCSHHTEGPSCERCLPGFYGNPFAGQADDCQPCP :::. :: :.:: :. ::::.::.: : .: :: ::.: :.::. :: ..:::::: NP_002 LGPYSPCVLCACNGHSETCDPETGVCNCRDNTAGPHCEKCSDGYYGDSTAGTSSDCQPCP 720 730 740 750 760 770 760 770 780 790 800 810 pF1KE6 CPGQSACTTIPESREVVCTHCPPGQRGRRCEVCDDGFFGDPLGLFGHPQPCHQCQCSGNV ::: :.:...:...:::::.:: : :.:::.::::.:::::: : . :. :::: :. NP_002 CPGGSSCAVVPKTKEVVCTNCPTGTTGKRCELCDDGYFGDPLGRNGPVRLCRLCQCSDNI 780 790 800 810 820 830 820 830 840 850 860 870 pF1KE6 DPNAVGNCDPLSGHCLRCLHNTTGDHCEHCQEGFYGSALAPRPADKCMPCSCHPQGSVSE ::::::::. :.:.::.:..::.: .:..:..::.:. ::: ::::: :.:. :.... NP_002 DPNAVGNCNRLTGECLKCIYNTAGFYCDRCKDGFFGNPLAPNPADKCKACNCNLYGTMKQ 840 850 860 870 880 890 880 890 900 910 920 930 pF1KE6 QMPCDPVTGQCSCLPHVTARDCSRCYPGFFDLQPGRGCRSCKCHPLGSQEDQCHPKTGQC : :.:::::: ::::::..::. : :::..:: :.::. : :: ::: . :: .:::: NP_002 QSSCNPVTGQCECLPHVTGQDCGACDPGFYNLQSGQGCERCDCHALGSTNGQCDIRTGQC 900 910 920 930 940 950 940 950 960 970 980 990 pF1KE6 TCRPGVTGQACDRCQLGFFGFSIKGCRACRCSPLGAASAQCHENGTCVCRPGFEGYKCDR :.::.::: :.::... :::. .::. : : : :. : ::...: : :: :: : .::. NP_002 ECQPGITGQHCERCEVNHFGFGPEGCKPCDCHPEGSLSLQCKDDGRCECREGFVGNRCDQ 960 970 980 990 1000 1010 1000 1010 1020 1030 1040 1050 pF1KE6 CHDNFFLTADGTHCQQCPSCYALVKEEAAKLKARLTLTEGWLQGSDCGSPW---GPLDIL :..:.: . . ::.::.:: :::...: ...: :. . . :. .. NP_002 CEENYFYNRSWPGCQECPACYRLVKDKVADHRVKLQELESLIANLGTGDEMVTDQAFEDR 1020 1030 1040 1050 1060 1070 1060 1070 1080 1090 1100 1110 pF1KE6 LGEAPRG--DVYQGHHLLPGAREAFLEQMMSLEGAVKAAREQLQRLNKGARCAQAGSQKT : :: : :. . . . . . ...... ....... .:: . . . . .... NP_002 LKEAEREVMDLLREAQDVKDVDQNLMDRLQRVNNTLSSQISRLQNIRNTIEETGNLAEQA 1080 1090 1100 1110 1120 1130 1120 1130 1140 1150 1160 1170 pF1KE6 CTQLADLEAVLESSEEEILHAAAILASLEIPQ-EGPSQPTKWSHLATEARALARSHRDTA ... . : ..: . .:. .: . :.. . : :. ..:.. . :: ::: ::. :.. : NP_002 RAHVENTERLIEIASRELEKAKVAAANVSVTQPESTGDPNNMTLLAEEARKLAERHKQEA 1140 1150 1160 1170 1180 1190 1180 1190 1200 1210 1220 pF1KE6 TKIAATAWRALLASNTSYALLWNLLEG--RVALETQRDLEDRYQEVQAAQKALRTAVAEV :. .: : .:. .: :: : : ..:.: . .:. .:.... .. :. .:.: NP_002 DDIVRVAKTANDTSTEAYNLLLRTLAGENQTAFEIE-ELNRKYEQAKNISQDLEKQAARV 1200 1210 1220 1230 1240 1250 1230 1240 1250 1260 1270 1280 pF1KE6 LPEAESVLATVQQVGADTAPYLALLASPGALPQKSRAEDLGLKAKALEKTV----ASWQH ::. . . .. :..: :. : : ...:... ..:. ::. . ... NP_002 HEEAKRAGDKAVEIYASVAQ-LSPLDSE---TLENEANNIKMEAENLEQLIDQKLKDYED 1260 1270 1280 1290 1300 1290 1300 1310 1320 1330 1340 pF1KE6 MATEAARTLQTAAQATLRQ--TEPLT--KLHQEARAALTQASSSVQAATVTVMGARTLLA . : : . .. :.. :: : .: .: :: . : ... . :.. : .: NP_002 L-REDMRGKELEVKNLLEKGKTEQQTADQLLARADAAKALAEEAAKKGRDTLQEANDILN 1310 1320 1330 1340 1350 1360 1350 1360 1370 1380 1390 pF1KE6 DLEGMKLQFPRPKDQA--ALQRKADSVSDRLLADTRKKTKQAERMLGNAAPLSSSAKKKG .:. . . : : :: :: .. .. .... .::..:.. ::.:: .. ::.:. NP_002 NLKDFDRRVNDNKTAAEEAL-RKIPAI-NQTITEANEKTREAQQALGSAAADATEAKNKA 1370 1380 1390 1400 1410 1420 1400 1410 1420 1430 1440 1450 pF1KE6 REAEVLAKDSAKLAKALLRERKQAHRRASRLTSQTQATLQQASQQVLASEARRQELEEAE .::: .:. : : . : ... ... : .... :.: :.. :.:. . . NP_002 HEAERIASAVQKNATSTKAEAERTFAEVTDLDNEVNNMLKQL-QEAEKELKRKQDDADQD 1430 1440 1450 1460 1470 1480 1460 1470 1480 1490 1500 1510 pF1KE6 RVGAGLS-----EMEQQIRESRISLEKDIETLSELLARLGSLDTHQAPAQALNETQWALE . ::.. : : . :... :. . . ...:: .::.::: . . ::: . .:. NP_002 MMMAGMASQAAQEAEINARKAKNSVTSLLSIINDLLEQLGQLDT--VDLNKLNEIEGTLN 1490 1500 1510 1520 1530 1540 1520 1530 1540 1550 1560 1570 pF1KE6 RLRLQLGSPGSLQRKLSLLEQESQQQELQIQGFESDLAEIRADKQNLEAILHSLPENCAS . . .. . ..:.::.: ::.:...:: :. .. :. :: : .::: : ..:: .: NP_002 KAKDEM-KVSDLDRKVSDLENEAKKQEAAIMDYNRDIEEIMKDIRNLEDIRKTLPSGCFN 1550 1560 1570 1580 1590 1600 pF1KE6 WQ NP_002 TPSIEKP >>XP_016856762 (OMIM: 150292,226650,226700) PREDICTED: l (742 aa) initn: 1188 init1: 711 opt: 2061 Z-score: 1119.4 bits: 218.9 E(85289): 1.3e-55 Smith-Waterman score: 2061; 45.9% identity (68.3% similar) in 608 aa overlap (304-898:9-602) 280 290 300 310 320 330 pF1KE6 NGHASECGPDVAGQLACRCQHNTTGTDCERCLPFFQDRPWARGTAEAAHECLPCNCSGRS :: : : ::.:.. .: :.:.:.: XP_016 MPALWLGCCLCFSLLLPAARATSR--REV--CDCNGKS 10 20 30 340 350 360 370 380 390 pF1KE6 EECTFDRELFRSTGHGGRCHHCRDHTAGPHCERCQENFYHWDPRMPCQPCDCQSAGSLHL ..: ::::: :.::.: :: .: :.: : :::.:...::. : : ::.:.: ::: XP_016 RQCIFDRELHRQTGNGFRCLNCNDNTDGIHCEKCKNGFYRHRERDRCLPCNCNSKGSLSA 40 50 60 70 80 90 400 410 420 430 440 pF1KE6 QCDDTGTCACKPTVTGWKCDRCLPGFHSLSEGGCRP--------CTCNPAGSLDTCDPRS .::..: :.::: ::: .::::::::: :...:: : :.::: :: . XP_016 RCDNSGRCSCKPGVTGARCDRCLPGFHMLTDAGCTQDQRLLDSKCDCDPAGIAGPCD--A 100 110 120 130 140 150 450 460 470 480 490 500 pF1KE6 GRCPCKENVEGNLCDRCRPGTFNLQPHNPAGCSSCFCYGHSKVCASTAQFQVHHILSDFH ::: :: : :. ::::: : .::. :: ::..::::::: : :.:...::.: : :: XP_016 GRCVCKPAVTGERCDRCRSGYYNLDGGNPEGCTQCFCYGHSASCRSSAEYSVHKITSTFH 160 170 180 190 200 210 510 520 530 540 550 560 pF1KE6 QGAEGWWARSVGGSEHPPQWSP--NGVLLSPE--DEEELTAPEKFLGDQRFSYGQPLILT : ..:: : . .:: ::: . :. : . : ..:: ::::.:. :::: : . XP_016 QDVDGWKAVQRNGSPAKLQWSQRHQDVFSSAQRLDPVYFVAPAKFLGNQQVSYGQSLSFD 220 230 240 250 260 270 570 580 590 600 610 620 pF1KE6 FRVPPGDS-PLPVQLRLEGTGLALSLRHSSLSGPQDAGHPREVELRFHLQETSEDVAPPL .:: : : .. :::.:: .. :. : . .:.. .. :.. .: : XP_016 YRVDRGGRHPSAHDVILEGAGLRITAPLMPLGKTLPCGLTKTYTFRLN-EHPSNNWSPQL 280 290 300 310 320 330 630 640 650 660 670 680 pF1KE6 PPFHFQRLLANLTSLRLRVSPGPSPAGPVFLTEVRLTSARPGLSPPASWVEICSCPTGYT :...::: :::.::.:.. : .: .. .: : :::: . :: ::: : ::.:: XP_016 SYFEYRRLLRNLTALRIRATYGEYSTG--YIDNVTLISARPVSGAPAPWVEQCICPVGYK 340 350 360 370 380 690 700 710 720 730 740 pF1KE6 GQFCESCAPGYKREMPQGGPYASCVPCTCNQHGTCDPNTGICVCSHHTEGPSCERCLPGF ::::..:: ::::. . ::...:.::.:. :.:::.:: : . .. : : :: XP_016 GQFCQDCASGYKRDSARLGPFGTCIPCNCQGGGACDPDTGDCYSGDENPDIECADCPIGF 390 400 410 420 430 440 750 760 770 780 790 800 pF1KE6 YGNPFAGQADDCQPCPCPGQSACTTIPESREVVCTHCPPGQRGRRCEVCDDGFFGDPLGL :..: .. :.:::: . .:...::..::::..:::: : :::.: ::.::::.: XP_016 YNDPHDPRS--CKPCPCHNGFSCSVMPETEEVVCNNCPPGVTGARCELCADGYFGDPFGE 450 460 470 480 490 500 810 820 830 840 850 860 pF1KE6 FGHPQPCHQCQCSGNVDPNAVGNCDPLSGHCLRCLHNTTGDHCEHCQEGFYGSALAPRPA : .::. :::..::::.: :::: :.:.::.:.:::.: .:..:. :..:. ::: :: XP_016 HGPVRPCQPCQCNNNVDPSASGNCDRLTGRCLKCIHNTAGIYCDQCKAGYFGDPLAPNPA 510 520 530 540 550 560 870 880 890 900 910 920 pF1KE6 DKCMPCSCHPQGSVSEQMPCDPVTGQCSCLPHVTARDCSRCYPGFFDLQPGRGCRSCKCH ::: :.:.:.: :: . : : : : : . .: XP_016 DKCRACNCNPMG--SEPVGCRS-DGTCVCKPGFGGPNCEHGAFSCPACYNQVKIQMDQFM 570 580 590 600 610 620 930 940 950 960 970 980 pF1KE6 PLGSQEDQCHPKTGQCTCRPGVTGQACDRCQLGFFGFSIKGCRACRCSPLGAASAQCHEN XP_016 QQLQRMEALISKAQGGDGVVPDTELEGRMQQAEQALQDILRDAQISEGASRSLGLQLAKV 630 640 650 660 670 680 >>NP_061486 (OMIM: 150292,226650,226700) laminin subunit (1111 aa) initn: 1188 init1: 711 opt: 2061 Z-score: 1117.4 bits: 219.1 E(85289): 1.7e-55 Smith-Waterman score: 2156; 32.7% identity (57.8% similar) in 1234 aa overlap (304-1493:9-1110) 280 290 300 310 320 330 pF1KE6 NGHASECGPDVAGQLACRCQHNTTGTDCERCLPFFQDRPWARGTAEAAHECLPCNCSGRS :: : : ::.:.. .: :.:.:.: NP_061 MPALWLGCCLCFSLLLPAARATSR--REV--CDCNGKS 10 20 30 340 350 360 370 380 390 pF1KE6 EECTFDRELFRSTGHGGRCHHCRDHTAGPHCERCQENFYHWDPRMPCQPCDCQSAGSLHL ..: ::::: :.::.: :: .: :.: : :::.:...::. : : ::.:.: ::: NP_061 RQCIFDRELHRQTGNGFRCLNCNDNTDGIHCEKCKNGFYRHRERDRCLPCNCNSKGSLSA 40 50 60 70 80 90 400 410 420 430 440 pF1KE6 QCDDTGTCACKPTVTGWKCDRCLPGFHSLSEGGCRP--------CTCNPAGSLDTCDPRS .::..: :.::: ::: .::::::::: :...:: : :.::: :: . NP_061 RCDNSGRCSCKPGVTGARCDRCLPGFHMLTDAGCTQDQRLLDSKCDCDPAGIAGPCD--A 100 110 120 130 140 150 450 460 470 480 490 500 pF1KE6 GRCPCKENVEGNLCDRCRPGTFNLQPHNPAGCSSCFCYGHSKVCASTAQFQVHHILSDFH ::: :: : :. ::::: : .::. :: ::..::::::: : :.:...::.: : :: NP_061 GRCVCKPAVTGERCDRCRSGYYNLDGGNPEGCTQCFCYGHSASCRSSAEYSVHKITSTFH 160 170 180 190 200 210 510 520 530 540 550 560 pF1KE6 QGAEGWWARSVGGSEHPPQWSP--NGVLLSPE--DEEELTAPEKFLGDQRFSYGQPLILT : ..:: : . .:: ::: . :. : . : ..:: ::::.:. :::: : . NP_061 QDVDGWKAVQRNGSPAKLQWSQRHQDVFSSAQRLDPVYFVAPAKFLGNQQVSYGQSLSFD 220 230 240 250 260 270 570 580 590 600 610 620 pF1KE6 FRVPPGDS-PLPVQLRLEGTGLALSLRHSSLSGPQDAGHPREVELRFHLQETSEDVAPPL .:: : : .. :::.:: .. :. : . .:.. .. :.. .: : NP_061 YRVDRGGRHPSAHDVILEGAGLRITAPLMPLGKTLPCGLTKTYTFRLN-EHPSNNWSPQL 280 290 300 310 320 330 630 640 650 660 670 680 pF1KE6 PPFHFQRLLANLTSLRLRVSPGPSPAGPVFLTEVRLTSARPGLSPPASWVEICSCPTGYT :...::: :::.::.:.. : .: .. .: : :::: . :: ::: : ::.:: NP_061 SYFEYRRLLRNLTALRIRATYGEYSTG--YIDNVTLISARPVSGAPAPWVEQCICPVGYK 340 350 360 370 380 690 700 710 720 730 740 pF1KE6 GQFCESCAPGYKREMPQGGPYASCVPCTCNQHGTCDPNTGICVCSHHTEGPSCERCLPGF ::::..:: ::::. . ::...:.::.:. :.:::.:: : . .. : : :: NP_061 GQFCQDCASGYKRDSARLGPFGTCIPCNCQGGGACDPDTGDCYSGDENPDIECADCPIGF 390 400 410 420 430 440 750 760 770 780 790 800 pF1KE6 YGNPFAGQADDCQPCPCPGQSACTTIPESREVVCTHCPPGQRGRRCEVCDDGFFGDPLGL :..: .. :.:::: . .:...::..::::..:::: : :::.: ::.::::.: NP_061 YNDPHDPRS--CKPCPCHNGFSCSVMPETEEVVCNNCPPGVTGARCELCADGYFGDPFGE 450 460 470 480 490 500 810 820 830 840 850 860 pF1KE6 FGHPQPCHQCQCSGNVDPNAVGNCDPLSGHCLRCLHNTTGDHCEHCQEGFYGSALAPRPA : .::. :::..::::.: :::: :.:.::.:.:::.: .:..:. :..:. ::: :: NP_061 HGPVRPCQPCQCNNNVDPSASGNCDRLTGRCLKCIHNTAGIYCDQCKAGYFGDPLAPNPA 510 520 530 540 550 560 870 880 890 900 910 920 pF1KE6 DKCMPCSCHPQGSVSEQMPCDPVTGQCSCLPHVTARDCSRCYPGFFDLQPGRGCRSCKCH ::: :.:.:.:: .:: :::: NP_061 DKCRACNCNPMGS-------EPV-----------------------------GCRS---- 570 580 930 940 950 960 970 980 pF1KE6 PLGSQEDQCHPKTGQCTCRPGVTGQACDRCQLGFFGFSIKGCRACRCSPLGAASAQCHEN . NP_061 -----------------------------------------------------------D 990 1000 1010 1020 1030 pF1KE6 GTCVCRPGFEGYKCDRCHDNFFLTADGTHCQQCPSCYALVKEEAAKLKARLTLTEGWL-- :::::.::: : .:. : : .::.:: :: . .. .: :. . NP_061 GTCVCKPGFGGPNCE--HGAF----------SCPACYNQVKIQMDQFMQQLQRMEALISK 590 600 610 620 630 1040 1050 1060 1070 1080 1090 pF1KE6 -QGSDCGSPWGPLDILLGEAPRG--DVYQGHHLLPGAREAFLEQMMSLEGAVKAAREQLQ ::.: : :. . .: .. :. . .. :: ... :. .... .. . .:. NP_061 AQGGDGVVPDTELEGRMQQAEQALQDILRDAQISEGASRSLGLQLAKVRSQENSYQSRLD 640 650 660 670 680 690 1100 1110 1120 1130 1140 1150 pF1KE6 RLNKGARCAQA-GSQKTCTQLADLEAVLESSEEEILHAAAILASLEIP-QEGPSQPTKWS :. .. ..: ::: ... : . .. . . . .. : :.. .:: .. :. .. NP_061 DLKMTVERVRALGSQYQ-NRVRDTHRLITQMQLSLAESEASLGNTNIPASDHYVGPNGFK 700 710 720 730 740 750 1160 1170 1180 1190 1200 pF1KE6 HLATEARALARSHRDTATKIAATAWRALLASNTSYALLWNLL-EGRVALETQRD------ :: :: ::.:: ..:... . .. :. . .:. . : :: . . : NP_061 SLAQEATRLAESHVESASNMEQLTRETEDYSKQALSLVRKALHEGVGSGSGSPDGAVVQG 760 770 780 790 800 810 1210 1220 1230 1240 1250 1260 pF1KE6 LEDRYQEVQA-AQKALRTAVAEVLPEAESVLATVQQVGADTAPYLALLASPGALPQKSRA : .. ..... ::. : :. . .: ... . :.. : ... . : .: NP_061 LVEKLEKTKSLAQQLTREATQAEIEADRSYQHSLRLL--DSVSRLQGVSDQSF--QVEEA 820 830 840 850 860 870 1270 1280 1290 1300 1310 pF1KE6 EDLGLKAKALEKTVASWQHMATEAARTLQT------AAQATLRQ----TEPLTKLHQEAR . . :: .: . :. .:: : :: .. :: :.. : .: ..: NP_061 KRIKQKADSLSSLVT--RHM-DEFKRTQKNLGNWKEEAQQLLQNGKSGREKSDQLLSRAN 880 890 900 910 920 1320 1330 1340 1350 1360 1370 pF1KE6 AALTQASSSVQAATVTVMGARTLLADLEGMKLQFPRPKDQAALQRKADSVSDRLLADTRK : ..:. ... ...: . ....: .:. . :: : .: : : .. ..:. NP_061 LAKSRAQEALSMGNATFYEVESILKNLREFDLQVDNRKAEAEEAMKRLSYISQKVSDASD 930 940 950 960 970 980 1380 1390 1400 1410 1420 1430 pF1KE6 KTKQAERMLGNAAPLSSSAKKKGREAEVLAKDSAKLAKALLRERKQAHRRASRLTSQTQA ::.:::: ::.:: .. ::. . :: .... . .: : . . : . . : NP_061 KTQQAERALGSAAADAQRAKNGAGEALEISSEIEQEIGSLNLEANVTADGALAME-KGLA 990 1000 1010 1020 1030 1040 1440 1450 1460 1470 1480 pF1KE6 TLQQASQQVLASEARRQELE---EAERVGAGLSEMEQ---QIRESRISLEKDIETLSELL .:.. ..: .: .:.::: . . : ..: .. . ... .... ..::. :: NP_061 SLKSEMREV-EGELERKELEFDTNMDAVQMVITEAQKVDTRAKNAGVTIQDTLNTLDGLL 1050 1060 1070 1080 1090 1100 1490 1500 1510 1520 1530 1540 pF1KE6 ARLGSLDTHQAPAQALNETQWALERLRLQLGSPGSLQRKLSLLEQESQQQELQIQGFESD .: NP_061 HLMGM 1110 >>NP_005553 (OMIM: 150292,226650,226700) laminin subunit (1193 aa) initn: 1188 init1: 711 opt: 2061 Z-score: 1117.0 bits: 219.1 E(85289): 1.8e-55 Smith-Waterman score: 2238; 32.2% identity (58.0% similar) in 1315 aa overlap (304-1575:9-1188) 280 290 300 310 320 330 pF1KE6 NGHASECGPDVAGQLACRCQHNTTGTDCERCLPFFQDRPWARGTAEAAHECLPCNCSGRS :: : : ::.:.. .: :.:.:.: NP_005 MPALWLGCCLCFSLLLPAARATSR--REV--CDCNGKS 10 20 30 340 350 360 370 380 390 pF1KE6 EECTFDRELFRSTGHGGRCHHCRDHTAGPHCERCQENFYHWDPRMPCQPCDCQSAGSLHL ..: ::::: :.::.: :: .: :.: : :::.:...::. : : ::.:.: ::: NP_005 RQCIFDRELHRQTGNGFRCLNCNDNTDGIHCEKCKNGFYRHRERDRCLPCNCNSKGSLSA 40 50 60 70 80 90 400 410 420 430 440 pF1KE6 QCDDTGTCACKPTVTGWKCDRCLPGFHSLSEGGCRP--------CTCNPAGSLDTCDPRS .::..: :.::: ::: .::::::::: :...:: : :.::: :: . 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NP_005 QDVDGWKAVQRNGSPAKLQWSQRHQDVFSSAQRLDPVYFVAPAKFLGNQQVSYGQSLSFD 220 230 240 250 260 270 570 580 590 600 610 620 pF1KE6 FRVPPGDS-PLPVQLRLEGTGLALSLRHSSLSGPQDAGHPREVELRFHLQETSEDVAPPL .:: : : .. :::.:: .. :. : . .:.. .. :.. .: : NP_005 YRVDRGGRHPSAHDVILEGAGLRITAPLMPLGKTLPCGLTKTYTFRLN-EHPSNNWSPQL 280 290 300 310 320 330 630 640 650 660 670 680 pF1KE6 PPFHFQRLLANLTSLRLRVSPGPSPAGPVFLTEVRLTSARPGLSPPASWVEICSCPTGYT :...::: :::.::.:.. : .: .. .: : :::: . :: ::: : ::.:: NP_005 SYFEYRRLLRNLTALRIRATYGEYSTG--YIDNVTLISARPVSGAPAPWVEQCICPVGYK 340 350 360 370 380 690 700 710 720 730 740 pF1KE6 GQFCESCAPGYKREMPQGGPYASCVPCTCNQHGTCDPNTGICVCSHHTEGPSCERCLPGF ::::..:: ::::. . ::...:.::.:. :.:::.:: : . .. : : :: NP_005 GQFCQDCASGYKRDSARLGPFGTCIPCNCQGGGACDPDTGDCYSGDENPDIECADCPIGF 390 400 410 420 430 440 750 760 770 780 790 800 pF1KE6 YGNPFAGQADDCQPCPCPGQSACTTIPESREVVCTHCPPGQRGRRCEVCDDGFFGDPLGL :..: .. :.:::: . .:...::..::::..:::: : :::.: ::.::::.: NP_005 YNDPHDPRS--CKPCPCHNGFSCSVMPETEEVVCNNCPPGVTGARCELCADGYFGDPFGE 450 460 470 480 490 500 810 820 830 840 850 860 pF1KE6 FGHPQPCHQCQCSGNVDPNAVGNCDPLSGHCLRCLHNTTGDHCEHCQEGFYGSALAPRPA : .::. :::..::::.: :::: :.:.::.:.:::.: .:..:. :..:. ::: :: NP_005 HGPVRPCQPCQCNNNVDPSASGNCDRLTGRCLKCIHNTAGIYCDQCKAGYFGDPLAPNPA 510 520 530 540 550 560 870 880 890 900 910 920 pF1KE6 DKCMPCSCHPQGSVSEQMPCDPVTGQCSCLPHVTARDCSRCYPGFFDLQPGRGCRSCKCH ::: :.:.:.:: .:: :::: NP_005 DKCRACNCNPMGS-------EPV-----------------------------GCRS---- 570 580 930 940 950 960 970 980 pF1KE6 PLGSQEDQCHPKTGQCTCRPGVTGQACDRCQLGFFGFSIKGCRACRCSPLGAASAQCHEN . 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XP_006 KTCNQTTGQCPCKDGVTGITCNRCAKGYQQ-SRSPIAPCIKIPVAP-----PTTAASSVE 420 430 440 450 460 460 470 480 490 500 pF1KE6 ENVEGNLCDR-CRPGTFNLQPHNPAGCSSCFCYGHSKVCASTA----QFQVHHILSDFHQ : . :: :. . .:. . :.. . . :. : .: :. :.: ..: XP_006 EPED---CDSYCKASKGKLKINMKKYCKKDYAVQIHILKADKAGDWWKFTVN-IISVYKQ 470 480 490 500 510 520 510 520 530 540 550 pF1KE6 GA-------EGWWARSVGGSEHPPQWSPNGVLLSPEDEEELTAPEKFLGDQRFSYGQPLI :. .. : :: . . :. .: XP_006 GTSRIRRGDQSLWIRSRDIACKCPKIKPLKKYLLLGNAEDSPDQSGIVADKSSLVIQWRD 530 540 550 560 570 580 >>NP_004813 (OMIM: 601614) netrin-1 precursor [Homo sapi (604 aa) initn: 1018 init1: 540 opt: 1376 Z-score: 755.7 bits: 151.3 E(85289): 2.4e-35 Smith-Waterman score: 1383; 39.9% identity (65.7% similar) in 542 aa overlap (9-527:27-551) 10 20 30 40 pF1KE6 MAAAALLLGLALLAPRAAGAGMGACYDGAGRPQRCLPVFENA ::...: .:: : : :.:.::.: : :: NP_004 MMRAVWEALAALAAVACLVGAVRGGPGLSMFAGQAAQP--DPCSDENGHPRRCIPDFVNA 10 20 30 40 50 50 60 70 80 90 100 pF1KE6 AFGRLAQASHTCGSPPEDFCPHVGAAGAGA--HCQRCDAADPQRHHNASYLTDFHSQDES :::. ...: ::: :: .: :. : :. :.:.::.. : ..:::... . 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