Result of FASTA (ccds) for pFN21AE4441
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KE4441, 458 aa
  1>>>pF1KE4441 458 - 458 aa - 458 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.1347+/-0.00103; mu= 18.8675+/- 0.062
 mean_var=68.1654+/-13.650, 0's: 0 Z-trim(103.4): 81  B-trim: 41 in 1/47
 Lambda= 0.155343
 statistics sampled from 7332 (7415) to 7332 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.594), E-opt: 0.2 (0.228), width:  16
 Scan time:  1.950

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS6134.1 CHRNB3 gene_id:1142|Hs108|chr8          ( 458) 3044 691.6 4.5e-199
CCDS10304.1 CHRNA5 gene_id:1138|Hs108|chr15        ( 468) 1809 414.8 9.5e-116
CCDS6059.1 CHRNA2 gene_id:1135|Hs108|chr8          ( 529) 1423 328.3 1.2e-89
CCDS13517.1 CHRNA4 gene_id:1137|Hs108|chr20        ( 627) 1399 323.0 5.5e-88
CCDS6135.1 CHRNA6 gene_id:8973|Hs108|chr8          ( 494) 1303 301.4 1.4e-81
CCDS53964.1 CHRNA3 gene_id:1136|Hs108|chr15        ( 489) 1291 298.7 8.7e-81
CCDS10305.1 CHRNA3 gene_id:1136|Hs108|chr15        ( 505) 1291 298.7 8.9e-81
CCDS2261.1 CHRNA1 gene_id:1134|Hs108|chr2          ( 457) 1265 292.9 4.7e-79
CCDS64856.1 CHRNA2 gene_id:1135|Hs108|chr8         ( 514) 1254 290.4 2.8e-78
CCDS10306.1 CHRNB4 gene_id:1143|Hs108|chr15        ( 498) 1190 276.1 5.8e-74
CCDS1070.1 CHRNB2 gene_id:1141|Hs108|chr1          ( 502) 1157 268.7 9.8e-72
CCDS56536.1 CHRNA6 gene_id:8973|Hs108|chr8         ( 479) 1132 263.1 4.6e-70
CCDS33331.1 CHRNA1 gene_id:1134|Hs108|chr2         ( 482) 1106 257.3 2.6e-68
CCDS7745.1 CHRNA10 gene_id:57053|Hs108|chr11       ( 450)  967 226.1 5.9e-59
CCDS10027.1 CHRNA7 gene_id:1139|Hs108|chr15        ( 502)  949 222.1 1.1e-57
CCDS53924.1 CHRNA7 gene_id:1139|Hs108|chr15        ( 531)  949 222.1 1.1e-57
CCDS3459.1 CHRNA9 gene_id:55584|Hs108|chr4         ( 479)  884 207.5 2.5e-53
CCDS8365.2 HTR3A gene_id:3359|Hs108|chr11          ( 484)  734 173.9 3.3e-43
CCDS53710.1 HTR3A gene_id:3359|Hs108|chr11         ( 463)  726 172.1 1.1e-42
CCDS32184.1 CHRFAM7A gene_id:89832|Hs108|chr15     ( 412)  640 152.8 6.3e-37
CCDS8366.2 HTR3A gene_id:3359|Hs108|chr11          ( 516)  622 148.8 1.2e-35
CCDS8364.1 HTR3B gene_id:9177|Hs108|chr11          ( 441)  605 144.9 1.5e-34
CCDS58868.1 HTR3E gene_id:285242|Hs108|chr3        ( 456)  598 143.4 4.7e-34
CCDS3251.1 HTR3E gene_id:285242|Hs108|chr3         ( 471)  598 143.4 4.8e-34
CCDS76786.1 CHRNA5 gene_id:1138|Hs108|chr15        ( 160)  590 141.3   7e-34
CCDS11106.1 CHRNB1 gene_id:1140|Hs108|chr17        ( 501)  565 136.0 8.5e-32
CCDS33400.1 CHRNG gene_id:1146|Hs108|chr2          ( 517)  558 134.5 2.6e-31
CCDS58754.1 CHRND gene_id:1144|Hs108|chr2          ( 502)  552 133.1 6.4e-31
CCDS2494.1 CHRND gene_id:1144|Hs108|chr2           ( 517)  546 131.8 1.7e-30
CCDS3250.1 HTR3C gene_id:170572|Hs108|chr3         ( 447)  543 131.1 2.4e-30
CCDS58869.1 HTR3E gene_id:285242|Hs108|chr3        ( 441)  514 124.5 2.1e-28
CCDS58870.1 HTR3E gene_id:285242|Hs108|chr3        ( 456)  514 124.6 2.2e-28
CCDS11058.1 CHRNE gene_id:1145|Hs108|chr17         ( 493)  504 122.3 1.1e-27
CCDS58871.1 HTR3E gene_id:285242|Hs108|chr3        ( 482)  421 103.7 4.3e-22
CCDS42008.1 CHRFAM7A gene_id:89832|Hs108|chr15     ( 321)  412 101.6 1.2e-21
CCDS4375.1 GABRP gene_id:2568|Hs108|chr5           ( 440)  333 84.0 3.4e-16
CCDS58392.1 CHRNB4 gene_id:1143|Hs108|chr15        ( 231)  315 79.8 3.4e-15
CCDS75368.1 GABRP gene_id:2568|Hs108|chr5          ( 289)  302 76.9   3e-14
CCDS10019.1 GABRB3 gene_id:2562|Hs108|chr15        ( 473)  289 74.1 3.4e-13
CCDS4354.1 GABRB2 gene_id:2561|Hs108|chr5          ( 474)  288 73.9   4e-13
CCDS4355.1 GABRB2 gene_id:2561|Hs108|chr5          ( 512)  287 73.7 4.9e-13
CCDS3474.1 GABRB1 gene_id:2560|Hs108|chr4          ( 474)  284 73.0 7.4e-13
CCDS10018.1 GABRB3 gene_id:2562|Hs108|chr15        ( 473)  283 72.8 8.6e-13
CCDS3796.1 GLRB gene_id:2743|Hs108|chr4            ( 497)  283 72.8 8.9e-13
CCDS54617.1 GABRR3 gene_id:200959|Hs108|chr3       ( 467)  280 72.1 1.4e-12
CCDS3471.1 GABRA2 gene_id:2555|Hs108|chr4          ( 451)  274 70.8 3.3e-12
CCDS82921.1 GABRA2 gene_id:2555|Hs108|chr4         ( 511)  274 70.8 3.7e-12
CCDS54813.1 GLRB gene_id:2743|Hs108|chr4           ( 303)  269 69.5 5.3e-12
CCDS36.1 GABRD gene_id:2563|Hs108|chr1             ( 452)  264 68.5 1.6e-11
CCDS3822.1 GLRA3 gene_id:8001|Hs108|chr4           ( 464)  263 68.3 1.9e-11


>>CCDS6134.1 CHRNB3 gene_id:1142|Hs108|chr8               (458 aa)
 initn: 3044 init1: 3044 opt: 3044  Z-score: 3687.5  bits: 691.6 E(32554): 4.5e-199
Smith-Waterman score: 3044; 100.0% identity (100.0% similar) in 458 aa overlap (1-458:1-458)

               10        20        30        40        50        60
pF1KE4 MLPDFMLVLIVLGIPSSATTGFNSIAENEDALLRHLFQGYQKWVRPVLHSNDTIKVYFGL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS61 MLPDFMLVLIVLGIPSSATTGFNSIAENEDALLRHLFQGYQKWVRPVLHSNDTIKVYFGL
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KE4 KISQLVDVDEKNQLMTTNVWLKQEWTDHKLRWNPDDYGGIHSIKVPSESLWLPDIVLFEN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS61 KISQLVDVDEKNQLMTTNVWLKQEWTDHKLRWNPDDYGGIHSIKVPSESLWLPDIVLFEN
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KE4 ADGRFEGSLMTKVIVKSNGTVVWTPPASYKSSCTMDVTFFPFDRQNCSMKFGSWTYDGTM
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS61 ADGRFEGSLMTKVIVKSNGTVVWTPPASYKSSCTMDVTFFPFDRQNCSMKFGSWTYDGTM
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KE4 VDLILINENVDRKDFFDNGEWEILNAKGMKGNRRDGVYSYPFITYSFVLRRLPLFYTLFL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS61 VDLILINENVDRKDFFDNGEWEILNAKGMKGNRRDGVYSYPFITYSFVLRRLPLFYTLFL
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KE4 IIPCLGLSFLTVLVFYLPSDEGEKLSLSTSVLVSLTVFLLVIEEIIPSSSKVIPLIGEYL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS61 IIPCLGLSFLTVLVFYLPSDEGEKLSLSTSVLVSLTVFLLVIEEIIPSSSKVIPLIGEYL
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KE4 LFIMIFVTLSIIVTVFVINVHHRSSSTYHPMAPWVKRLFLQKLPKLLCMKDHVDRYSSPE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS61 LFIMIFVTLSIIVTVFVINVHHRSSSTYHPMAPWVKRLFLQKLPKLLCMKDHVDRYSSPE
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KE4 KEESQPVVKGKVLEKKKQKQLSDGEKVLVAFLEKAADSIRYISRHVKKEHFISQVVQDWK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS61 KEESQPVVKGKVLEKKKQKQLSDGEKVLVAFLEKAADSIRYISRHVKKEHFISQVVQDWK
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450        
pF1KE4 FVAQVLDRIFLWLFLIVSVTGSVLIFTPALKMWLHSYH
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS61 FVAQVLDRIFLWLFLIVSVTGSVLIFTPALKMWLHSYH
              430       440       450        

>>CCDS10304.1 CHRNA5 gene_id:1138|Hs108|chr15             (468 aa)
 initn: 2051 init1: 1221 opt: 1809  Z-score: 2191.5  bits: 414.8 E(32554): 9.5e-116
Smith-Waterman score: 2029; 67.6% identity (84.7% similar) in 444 aa overlap (13-453:28-454)

                              10        20           30        40  
pF1KE4                MLPDFMLVLIVLGIPSSATTGFN---SIAENEDALLRHLFQGYQK
                                  :  ..:  :..   :::..::.::. ::: :..
CCDS10 MAARGSGPRALRLLLLVQLVAGRCGLAGAAGGAQRGLSEPSSIAKHEDSLLKDLFQDYER
               10        20        30        40        50        60

             50        60        70        80        90       100  
pF1KE4 WVRPVLHSNDTIKVYFGLKISQLVDVDEKNQLMTTNVWLKQEWTDHKLRWNPDDYGGIHS
       ::::: : :: ::. ::: :::::::::::::::::::::::: : ::::::::::::. 
CCDS10 WVRPVEHLNDKIKIKFGLAISQLVDVDEKNQLMTTNVWLKQEWIDVKLRWNPDDYGGIKV
               70        80        90       100       110       120

            110       120       130       140       150       160  
pF1KE4 IKVPSESLWLPDIVLFENADGRFEGSLMTKVIVKSNGTVVWTPPASYKSSCTMDVTFFPF
       :.:::.:.: ::::::.::::::::.  ::.... ::::.:::::.::::::.:::::::
CCDS10 IRVPSDSVWTPDIVLFDNADGRFEGT-STKTVIRYNGTVTWTPPANYKSSCTIDVTFFPF
              130       140        150       160       170         

            170       180       190       200       210       220  
pF1KE4 DRQNCSMKFGSWTYDGTMVDLILINENVDRKDFFDNGEWEILNAKGMKGNRRDGVYSYPF
       : ::::::::::::::..::.:: ...::..::::::::::..: : :::: :.   ::.
CCDS10 DLQNCSMKFGSWTYDGSQVDIILEDQDVDKRDFFDNGEWEIVSATGSKGNRTDSCCWYPY
     180       190       200       210       220       230         

            230       240       250       260       270       280  
pF1KE4 ITYSFVLRRLPLFYTLFLIIPCLGLSFLTVLVFYLPSDEGEKLSLSTSVLVSLTVFLLVI
       .:::::..::::::::::::::.::::::::::::::.::::. : ::::::::::::::
CCDS10 VTYSFVIKRLPLFYTLFLIIPCIGLSFLTVLVFYLPSNEGEKICLCTSVLVSLTVFLLVI
     240       250       260       270       280       290         

            290       300       310       320       330       340  
pF1KE4 EEIIPSSSKVIPLIGEYLLFIMIFVTLSIIVTVFVINVHHRSSSTYHPMAPWVKRLFLQK
       ::::::::::::::::::.: ::::::::.::::.::.:::::::.. ::: :...::. 
CCDS10 EEIIPSSSKVIPLIGEYLVFTMIFVTLSIMVTVFAINIHHRSSSTHNAMAPLVRKIFLHT
     300       310       320       330       340       350         

            350       360       370       380       390       400  
pF1KE4 LPKLLCMKDHVDRYSSPEKEESQPVVKGKVLEKKKQKQLSDGEKVLVAFLEKAADSIRYI
       :::::::..::::: . .:::..                ..: :     :: : ::::::
CCDS10 LPKLLCMRSHVDRYFT-QKEETES---------------GSGPKSSRNTLEAALDSIRYI
     360       370        380                      390       400   

            410       420       430       440       450            
pF1KE4 SRHVKKEHFISQVVQDWKFVAQVLDRIFLWLFLIVSVTGSVLIFTPALKMWLHSYH    
       .::. ::. . .::.::::.::::::.::: ::.::..::. .:.:..  :         
CCDS10 TRHIMKENDVREVVEDWKFIAQVLDRMFLWTFLFVSIVGSLGLFVPVIYKWANILIPVHI
           410       420       430       440       450       460   

CCDS10 GNANK
            

>>CCDS6059.1 CHRNA2 gene_id:1135|Hs108|chr8               (529 aa)
 initn: 1579 init1: 860 opt: 1423  Z-score: 1723.2  bits: 328.3 E(32554): 1.2e-89
Smith-Waterman score: 1558; 52.4% identity (74.0% similar) in 477 aa overlap (15-446:46-520)

                               10        20        30        40    
pF1KE4                 MLPDFMLVLIVLGIPSSATTGFNSIAENEDALLRHLFQGYQKWV
                                     :..   : .: .:.:: :..:::.::..:.
CCDS60 LWWLLLTPAGGEEAKRPPPRAPGDPLSSPSPTALPQG-GSHTETEDRLFKHLFRGYNRWA
          20        30        40        50         60        70    

           50        60        70        80        90       100    
pF1KE4 RPVLHSNDTIKVYFGLKISQLVDVDEKNQLMTTNVWLKQEWTDHKLRWNPDDYGGIHSIK
       ::: ...:.. : :::.:.::.:::::::.:::::::::::.:.:::::: :.:.: :..
CCDS60 RPVPNTSDVVIVRFGLSIAQLIDVDEKNQMMTTNVWLKQEWSDYKLRWNPTDFGNITSLR
           80        90       100       110       120       130    

          110       120       130       140       150       160    
pF1KE4 VPSESLWLPDIVLFENADGRFEGSLMTKVIVKSNGTVVWTPPASYKSSCTMDVTFFPFDR
       :::: .:.:::::..::::.:  . :::. . :.::: :.::: :::::..::::::::.
CCDS60 VPSEMIWIPDIVLYNNADGEFAVTHMTKAHLFSTGTVHWVPPAIYKSSCSIDVTFFPFDQ
          140       150       160       170       180       190    

          170       180       190       200       210         220  
pF1KE4 QNCSMKFGSWTYDGTMVDLILINENVDRKDFFDNGEWEILNAKGMKGNRRDGVYS--YPF
       :::.::::::::: . .::  ....:: ::....::: :.:: :  ....    .  :: 
CCDS60 QNCKMKFGSWTYDKAKIDLEQMEQTVDLKDYWESGEWAIVNATGTYNSKKYDCCAEIYPD
          200       210       220       230       240       250    

            230       240       250       260       270       280  
pF1KE4 ITYSFVLRRLPLFYTLFLIIPCLGLSFLTVLVFYLPSDEGEKLSLSTSVLVSLTVFLLVI
       .::.::.::::::::. :::::: .: ::::::::::: :::..:  :::.:::::::.:
CCDS60 VTYAFVIRRLPLFYTINLIIPCLLISCLTVLVFYLPSDCGEKITLCISVLLSLTVFLLLI
          260       270       280       290       300       310    

            290       300       310       320       330       340  
pF1KE4 EEIIPSSSKVIPLIGEYLLFIMIFVTLSIIVTVFVINVHHRSSSTYHPMAPWVKRLFLQK
        :::::.: ::::::::::: ::::::::..::::.:::::: :: : :  ::.  .:  
CCDS60 TEIIPSTSLVIPLIGEYLLFTMIFVTLSIVITVFVLNVHHRSPST-HTMPHWVRGALLGC
          320       330       340       350        360       370   

            350                         360               370      
pF1KE4 LPKLLCMKD--------HVDRYS-SP---------EKEESQPVVK--------GKVLEK-
       .:. : :.         :  : . ::         . :: . ::.        :.:  . 
CCDS60 VPRWLLMNRPPPPVELCHPLRLKLSPSYHWLESNVDAEEREVVVEEEDRWACAGHVAPSV
           380       390       400       410       420       430   

                         380       390       400       410         
pF1KE4 ----------------KKQKQLSDGEKVLVAFLEKAADSIRYISRHVKKEHFISQVVQDW
                       : .  :..:: .:   ..:: ....::. :...:   :.: .::
CCDS60 GTLCSHGHLHSGASGPKAEALLQEGELLLSPHMQKALEGVHYIADHLRSEDADSSVKEDW
           440       450       460       470       480       490   

     420       430       440       450        
pF1KE4 KFVAQVLDRIFLWLFLIVSVTGSVLIFTPALKMWLHSYH
       :.::.:.::::::::.::   :.. .:            
CCDS60 KYVAMVIDRIFLWLFIIVCFLGTIGLFLPPFLAGMI   
           500       510       520            

>>CCDS13517.1 CHRNA4 gene_id:1137|Hs108|chr20             (627 aa)
 initn: 1472 init1: 801 opt: 1399  Z-score: 1693.1  bits: 323.0 E(32554): 5.5e-88
Smith-Waterman score: 1399; 59.7% identity (81.0% similar) in 352 aa overlap (1-350:11-359)

                         10        20        30        40        50
pF1KE4           MLPDFMLVLIVLGIPSSATTGFNSIAENEDALLRHLFQGYQKWVRPVLHS
                 .::  .:.:.  :.   :..  .. :. :. ::..::.::.:: ::: . 
CCDS13 MELGGPGAPRLLPP-LLLLLGTGL-LRASSHVETRAHAEERLLKKLFSGYNKWSRPVANI
               10         20         30        40        50        

               60        70        80        90       100       110
pF1KE4 NDTIKVYFGLKISQLVDVDEKNQLMTTNVWLKQEWTDHKLRWNPDDYGGIHSIKVPSESL
       .:.. : :::.:.::.:::::::.::::::.:::: :.::::.: :: .. ::..::: .
CCDS13 SDVVLVRFGLSIAQLIDVDEKNQMMTTNVWVKQEWHDYKLRWDPADYENVTSIRIPSELI
       60        70        80        90       100       110        

              120       130       140       150       160       170
pF1KE4 WLPDIVLFENADGRFEGSLMTKVIVKSNGTVVWTPPASYKSSCTMDVTFFPFDRQNCSMK
       : :::::..:::: :  . .::. .  .: : ::::: :::::..::::::::.:::.::
CCDS13 WRPDIVLYNNADGDFAVTHLTKAHLFHDGRVQWTPPAIYKSSCSIDVTFFPFDQQNCTMK
      120       130       140       150       160       170        

              180       190       200       210         220        
pF1KE4 FGSWTYDGTMVDLILINENVDRKDFFDNGEWEILNAKGMKGNRRDGVYS--YPFITYSFV
       ::::::: . .::. ..  ::. ::...::: :..: :  ..:.    .  :: :::.::
CCDS13 FGSWTYDKAKIDLVNMHSRVDQLDFWESGEWVIVDAVGTYNTRKYECCAEIYPDITYAFV
      180       190       200       210       220       230        

      230       240       250       260       270       280        
pF1KE4 LRRLPLFYTLFLIIPCLGLSFLTVLVFYLPSDEGEKLSLSTSVLVSLTVFLLVIEEIIPS
       .::::::::. :::::: .: ::::::::::. :::..:  :::.:::::::.: :::::
CCDS13 IRRLPLFYTINLIIPCLLISCLTVLVFYLPSECGEKITLCISVLLSLTVFLLLITEIIPS
      240       250       260       270       280       290        

      290       300       310       320       330       340        
pF1KE4 SSKVIPLIGEYLLFIMIFVTLSIIVTVFVINVHHRSSSTYHPMAPWVKRLFLQKLPKLLC
       .: ::::::::::: ::::::::..::::.::::::  : : :  ::.:.::. .:.:: 
CCDS13 TSLVIPLIGEYLLFTMIFVTLSIVITVFVLNVHHRSPRT-HTMPTWVRRVFLDIVPRLLL
      300       310       320       330        340       350       

      350       360       370       380       390       400        
pF1KE4 MKDHVDRYSSPEKEESQPVVKGKVLEKKKQKQLSDGEKVLVAFLEKAADSIRYISRHVKK
       ::                                                          
CCDS13 MKRPSVVKDNCRRLIESMHKMASAPRFWPEPEGEPPATSGTQSLHPPSPSFCVPLDVPAE
       360       370       380       390       400       410       

>>CCDS6135.1 CHRNA6 gene_id:8973|Hs108|chr8               (494 aa)
 initn: 1431 init1: 735 opt: 1303  Z-score: 1578.3  bits: 301.4 E(32554): 1.4e-81
Smith-Waterman score: 1403; 47.6% identity (75.0% similar) in 456 aa overlap (29-450:34-487)

                 10        20        30        40        50        
pF1KE4   MLPDFMLVLIVLGIPSSATTGFNSIAENEDALLRHLFQGYQKWVRPVLHSNDTIKVYF
                                     :. :...::. :....::: . .: . :.:
CCDS61 SKGQGFLHGGLCLWLCVFTPFFKGCVGCATEERLFHKLFSHYNQFIRPVENVSDPVTVHF
            10        20        30        40        50        60   

       60        70        80        90       100       110        
pF1KE4 GLKISQLVDVDEKNQLMTTNVWLKQEWTDHKLRWNPDDYGGIHSIKVPSESLWLPDIVLF
        . :.::..::: ::.: ::.::.. :.:.::::.: .: ::....::....: :::::.
CCDS61 EVAITQLANVDEVNQIMETNLWLRHIWNDYKLRWDPMEYDGIETLRVPADKIWKPDIVLY
            70        80        90       100       110       120   

      120       130       140       150       160       170        
pF1KE4 ENADGRFEGSLMTKVIVKSNGTVVWTPPASYKSSCTMDVTFFPFDRQNCSMKFGSWTYDG
       .:: : :.    ::...: :: ..::::: .:::: ::.::::::.::::.:::::::: 
CCDS61 NNAVGDFQVEGKTKALLKYNGMITWTPPAIFKSSCPMDITFFPFDHQNCSLKFGSWTYDK
           130       140       150       160       170       180   

      180       190       200       210         220       230      
pF1KE4 TMVDLILINENVDRKDFFDNGEWEILNAKGMKGNRRDGVYS--YPFITYSFVLRRLPLFY
       . .::..:. .:: .::..:.::::..:.:.: . . .     :  ::::: .::::.::
CCDS61 AEIDLLIIGSKVDMNDFWENSEWEIIDASGYKHDIKYNCCEEIYTDITYSFYIRRLPMFY
           190       200       210       220       230       240   

        240       250       260       270       280       290      
pF1KE4 TLFLIIPCLGLSFLTVLVFYLPSDEGEKLSLSTSVLVSLTVFLLVIEEIIPSSSKVIPLI
       :. :::::: .::::::::::::: :::..:  :::.::::::::: : :::.: :.::.
CCDS61 TINLIIPCLFISFLTVLVFYLPSDCGEKVTLCISVLLSLTVFLLVITETIPSTSLVVPLV
           250       260       270       280       290       300   

        300       310       320       330       340       350      
pF1KE4 GEYLLFIMIFVTLSIIVTVFVINVHHRSSSTYHPMAPWVKRLFLQKLPKLLCMKDHVDRY
       :::::: ::::::::.:::::.:.:.:. .: : :  ::: .::. ::..: :.  .:. 
CCDS61 GEYLLFTMIFVTLSIVVTVFVLNIHYRTPTT-HTMPRWVKTVFLKLLPQVLLMRWPLDKT
           310       320       330        340       350       360  

              360       370                   380                  
pF1KE4 SS------PEKEESQPVVKGKV------------LEKKKQKQLSDGEKVLV---------
        .      :.    .:. :::.            .. .:...:. ... :          
CCDS61 RGTGSDAVPRGLARRPA-KGKLASHGEPRHLKECFHCHKSNELATSKRRLSHQPLQWVVE
            370        380       390       400       410       420 

          390       400       410       420       430       440    
pF1KE4 -----AFLEKAADSIRYISRHVKKEHFISQVVQDWKFVAQVLDRIFLWLFLIVSVTGSVL
              .: . .:...:....:...  ..: .:::.::.:.::.:::.:.:: : :.. 
CCDS61 NSEHSPEVEDVINSVQFIAENMKSHNETKEVEDDWKYVAMVVDRVFLWVFIIVCVFGTAG
             430       440       450       460       470       480 

          450        
pF1KE4 IFTPALKMWLHSYH
       .:   :        
CCDS61 LFLQPLLGNTGKS 
             490     

>>CCDS53964.1 CHRNA3 gene_id:1136|Hs108|chr15             (489 aa)
 initn: 1300 init1: 722 opt: 1291  Z-score: 1563.8  bits: 298.7 E(32554): 8.7e-81
Smith-Waterman score: 1291; 53.0% identity (77.9% similar) in 366 aa overlap (3-366:15-369)

                           10        20        30        40        
pF1KE4             MLPDFMLVLIVLGIPSSATTGFNSIAENEDALLRHLFQGYQKWVRPVL
                     : ..:.:..  .: . ..      : :  :...::. :.. .::: 
CCDS53 MGSGPLSLPLALSPPRLLLLLLLSLLPVARAS------EAEHRLFERLFEDYNEIIRPVA
               10        20        30              40        50    

       50        60        70        80        90       100        
pF1KE4 HSNDTIKVYFGLKISQLVDVDEKNQLMTTNVWLKQEWTDHKLRWNPDDYGGIHSIKVPSE
       . .: . ..: ...:::: ::: ::.: ::.:::: :.:.::.:::.:::: . ..::..
CCDS53 NVSDPVIIHFEVSMSQLVKVDEVNQIMETNLWLKQIWNDYKLKWNPSDYGGAEFMRVPAQ
           60        70        80        90       100       110    

      110       120       130       140       150       160        
pF1KE4 SLWLPDIVLFENADGRFEGSLMTKVIVKSNGTVVWTPPASYKSSCTMDVTFFPFDRQNCS
       ..: :::::..:: : :. .  ::...: .: :.: ::: .:::: .:::.:::: :::.
CCDS53 KIWKPDIVLYNNAVGDFQVDDKTKALLKYTGEVTWIPPAIFKSSCKIDVTYFPFDYQNCT
          120       130       140       150       160       170    

      170       180       190       200       210         220      
pF1KE4 MKFGSWTYDGTMVDLILINENVDRKDFFDNGEWEILNAKGMKGNRRDGVYS--YPFITYS
       ::::::.:: . .::.::. ... ::....::: :..: :.: . . .     :: ::::
CCDS53 MKFGSWSYDKAKIDLVLIGSSMNLKDYWESGEWAIIKAPGYKHDIKYNCCEEIYPDITYS
          180       190       200       210       220       230    

        230       240       250       260       270       280      
pF1KE4 FVLRRLPLFYTLFLIIPCLGLSFLTVLVFYLPSDEGEKLSLSTSVLVSLTVFLLVIEEII
       . .::::::::. :::::: .::::::::::::: :::..:  :::.::::::::: : :
CCDS53 LYIRRLPLFYTINLIIPCLLISFLTVLVFYLPSDCGEKVTLCISVLLSLTVFLLVITETI
          240       250       260       270       280       290    

        290       300       310       320       330       340      
pF1KE4 PSSSKVIPLIGEYLLFIMIFVTLSIIVTVFVINVHHRSSSTYHPMAPWVKRLFLQKLPKL
       ::.: ::::::::::: ::::::::..::::.:::.:. .: : :  ::: .::. ::..
CCDS53 PSTSLVIPLIGEYLLFTMIFVTLSIVITVFVLNVHYRTPTT-HTMPSWVKTVFLNLLPRV
          300       310       320       330        340       350   

        350       360       370       380       390       400      
pF1KE4 LCMKDHVDRYSSPEKEESQPVVKGKVLEKKKQKQLSDGEKVLVAFLEKAADSIRYISRHV
       . :     : .: : . ..:                                        
CCDS53 MFMT----RPTSNEGNAQKPRPLYGAELSNLNCFSRAESKGCKEGYPCQDGMCGYCHHRR
               360       370       380       390       400         

>>CCDS10305.1 CHRNA3 gene_id:1136|Hs108|chr15             (505 aa)
 initn: 1442 init1: 722 opt: 1291  Z-score: 1563.6  bits: 298.7 E(32554): 8.9e-81
Smith-Waterman score: 1380; 45.3% identity (71.7% similar) in 488 aa overlap (3-446:15-495)

                           10        20        30        40        
pF1KE4             MLPDFMLVLIVLGIPSSATTGFNSIAENEDALLRHLFQGYQKWVRPVL
                     : ..:.:..  .: . ..      : :  :...::. :.. .::: 
CCDS10 MGSGPLSLPLALSPPRLLLLLLLSLLPVARAS------EAEHRLFERLFEDYNEIIRPVA
               10        20        30              40        50    

       50        60        70        80        90       100        
pF1KE4 HSNDTIKVYFGLKISQLVDVDEKNQLMTTNVWLKQEWTDHKLRWNPDDYGGIHSIKVPSE
       . .: . ..: ...:::: ::: ::.: ::.:::: :.:.::.:::.:::: . ..::..
CCDS10 NVSDPVIIHFEVSMSQLVKVDEVNQIMETNLWLKQIWNDYKLKWNPSDYGGAEFMRVPAQ
           60        70        80        90       100       110    

      110       120       130       140       150       160        
pF1KE4 SLWLPDIVLFENADGRFEGSLMTKVIVKSNGTVVWTPPASYKSSCTMDVTFFPFDRQNCS
       ..: :::::..:: : :. .  ::...: .: :.: ::: .:::: .:::.:::: :::.
CCDS10 KIWKPDIVLYNNAVGDFQVDDKTKALLKYTGEVTWIPPAIFKSSCKIDVTYFPFDYQNCT
          120       130       140       150       160       170    

      170       180       190       200       210         220      
pF1KE4 MKFGSWTYDGTMVDLILINENVDRKDFFDNGEWEILNAKGMKGNRRDGVYS--YPFITYS
       ::::::.:: . .::.::. ... ::....::: :..: :.: . . .     :: ::::
CCDS10 MKFGSWSYDKAKIDLVLIGSSMNLKDYWESGEWAIIKAPGYKHDIKYNCCEEIYPDITYS
          180       190       200       210       220       230    

        230       240       250       260       270       280      
pF1KE4 FVLRRLPLFYTLFLIIPCLGLSFLTVLVFYLPSDEGEKLSLSTSVLVSLTVFLLVIEEII
       . .::::::::. :::::: .::::::::::::: :::..:  :::.::::::::: : :
CCDS10 LYIRRLPLFYTINLIIPCLLISFLTVLVFYLPSDCGEKVTLCISVLLSLTVFLLVITETI
          240       250       260       270       280       290    

        290       300       310       320       330       340      
pF1KE4 PSSSKVIPLIGEYLLFIMIFVTLSIIVTVFVINVHHRSSSTYHPMAPWVKRLFLQKLPKL
       ::.: ::::::::::: ::::::::..::::.:::.:. .: : :  ::: .::. ::..
CCDS10 PSTSLVIPLIGEYLLFTMIFVTLSIVITVFVLNVHYRTPTT-HTMPSWVKTVFLNLLPRV
          300       310       320       330        340       350   

        350                           360          370             
pF1KE4 LCMK--------------------DHVDRYSSPEKE---ESQPVVKG----------KV-
       . :                     .... .:  :..   :. :   :          :. 
CCDS10 MFMTRPTSNEGNAQKPRPLYGAELSNLNCFSRAESKGCKEGYPCQDGMCGYCHHRRIKIS
           360       370       380       390       400       410   

                 380       390          400       410       420    
pF1KE4 -----LEKKKQKQLSDGEKVLVAF---LEKAADSIRYISRHVKKEHFISQVVQDWKFVAQ
            : ......  :.   : :.   ...: .:..::....: ..  ... .:::.::.
CCDS10 NFSANLTRSSSSESVDAVLSLSALSPEIKEAIQSVKYIAENMKAQNEAKEIQDDWKYVAM
           420       430       440       450       460       470   

          430       440       450        
pF1KE4 VLDRIFLWLFLIVSVTGSVLIFTPALKMWLHSYH
       :.::::::.: .: . :.. .:            
CCDS10 VIDRIFLWVFTLVCILGTAGLFLQPLMAREDA  
           480       490       500       

>>CCDS2261.1 CHRNA1 gene_id:1134|Hs108|chr2               (457 aa)
 initn: 1255 init1: 674 opt: 1265  Z-score: 1532.8  bits: 292.9 E(32554): 4.7e-79
Smith-Waterman score: 1265; 43.9% identity (75.6% similar) in 442 aa overlap (16-450:11-450)

               10        20        30        40        50        60
pF1KE4 MLPDFMLVLIVLGIPSSATTGFNSIAENEDALLRHLFQGYQKWVRPVLHSNDTIKVYFGL
                      :  ..:.   .:.:  :. .::. :.. ::::    ....:  ::
CCDS22      MEPWPLLLLFSLCSAGLVLGSEHETRLVAKLFKDYSSVVRPVEDHRQVVEVTVGL
                    10        20        30        40        50     

               70        80        90       100       110       120
pF1KE4 KISQLVDVDEKNQLMTTNVWLKQEWTDHKLRWNPDDYGGIHSIKVPSESLWLPDIVLFEN
       .. ::..::: ::..:::: :::.:.:..:.::::::::...:..:::..: ::.::..:
CCDS22 QLIQLINVDEVNQIVTTNVRLKQQWVDYNLKWNPDDYGGVKKIHIPSEKIWRPDLVLYNN
          60        70        80        90       100       110     

              130       140       150       160       170       180
pF1KE4 ADGRFEGSLMTKVIVKSNGTVVWTPPASYKSSCTMDVTFFPFDRQNCSMKFGSWTYDGTM
       ::: :    .:::... .: ..::::: .:: : . :: ::::.::::::.:.:::::..
CCDS22 ADGDFAIVKFTKVLLQYTGHITWTPPAIFKSYCEIIVTHFPFDEQNCSMKLGTWTYDGSV
         120       130       140       150       160       170     

              190       200       210        220         230       
pF1KE4 VDLILINENVDRKDFFDNGEWEILNAKGMKGN-RRDGVYSYPF--ITYSFVLRRLPLFYT
       : .   ... : ..:...::: : ...: : .   .   . :.  ::: ::..::::.. 
CCDS22 VAINPESDQPDLSNFMESGEWVIKESRGWKHSVTYSCCPDTPYLDITYHFVMQRLPLYFI
         180       190       200       210       220       230     

       240       250       260       270       280       290       
pF1KE4 LFLIIPCLGLSFLTVLVFYLPSDEGEKLSLSTSVLVSLTVFLLVIEEIIPSSSKVIPLIG
       . .::::: .:::: ::::::.: :::..:: :::.::::::::: :.:::.:...::::
CCDS22 VNVIIPCLLFSFLTGLVFYLPTDSGEKMTLSISVLLSLTVFLLVIVELIPSTSSAVPLIG
         240       250       260       270       280       290     

       300       310       320       330       340          350    
pF1KE4 EYLLFIMIFVTLSIIVTVFVINVHHRSSSTYHPMAPWVKRLFLQKLPKLL---CMKDHVD
       .:.:: :.::  :::.::.:::.:::: :: : :  ::...:.. .:...    :: . .
CCDS22 KYMLFTMVFVIASIIITVIVINTHHRSPST-HVMPNWVRKVFIDTIPNIMFFSTMK-RPS
         300       310       320        330       340       350    

          360       370       380        390       400       410   
pF1KE4 RYSSPEKEESQPVVKGKVLEKKKQKQLS-DGEKVLVAFLEKAADSIRYISRHVKKEHFIS
       : .. .:  .. .  . .  :     ..  .  .    ...: ..:.::.. .:...  .
CCDS22 REKQDKKIFTEDIDISDISGKPGPPPMGFHSPLIKHPEVKSAIEGIKYIAETMKSDQESN
           360       370       380       390       400       410   

           420       430       440       450        
pF1KE4 QVVQDWKFVAQVLDRIFLWLFLIVSVTGSVLIFTPALKMWLHSYH
       ... .::.::.:.:.:.: .:..: . :.. .:.  :        
CCDS22 NAAAEWKYVAMVMDHILLGVFMLVCIIGTLAVFAGRLIELNQQG 
           420       430       440       450        

>>CCDS64856.1 CHRNA2 gene_id:1135|Hs108|chr8              (514 aa)
 initn: 1517 init1: 703 opt: 1254  Z-score: 1518.7  bits: 290.4 E(32554): 2.8e-78
Smith-Waterman score: 1462; 50.7% identity (71.3% similar) in 477 aa overlap (15-446:46-505)

                               10        20        30        40    
pF1KE4                 MLPDFMLVLIVLGIPSSATTGFNSIAENEDALLRHLFQGYQKWV
                                     :..   : .: .:.:: :..:::.::..:.
CCDS64 LWWLLLTPAGGEEAKRPPPRAPGDPLSSPSPTALPQG-GSHTETEDRLFKHLFRGYNRWA
          20        30        40        50         60        70    

           50        60        70        80        90       100    
pF1KE4 RPVLHSNDTIKVYFGLKISQLVDVDEKNQLMTTNVWLKQEWTDHKLRWNPDDYGGIHSIK
       ::: ...:               ::::::.:::::::::::.:.:::::: :.:.: :..
CCDS64 RPVPNTSD---------------VDEKNQMMTTNVWLKQEWSDYKLRWNPTDFGNITSLR
           80                       90       100       110         

          110       120       130       140       150       160    
pF1KE4 VPSESLWLPDIVLFENADGRFEGSLMTKVIVKSNGTVVWTPPASYKSSCTMDVTFFPFDR
       :::: .:.:::::..::::.:  . :::. . :.::: :.::: :::::..::::::::.
CCDS64 VPSEMIWIPDIVLYNNADGEFAVTHMTKAHLFSTGTVHWVPPAIYKSSCSIDVTFFPFDQ
     120       130       140       150       160       170         

          170       180       190       200       210         220  
pF1KE4 QNCSMKFGSWTYDGTMVDLILINENVDRKDFFDNGEWEILNAKGMKGNRRDGVYS--YPF
       :::.::::::::: . .::  ....:: ::....::: :.:: :  ....    .  :: 
CCDS64 QNCKMKFGSWTYDKAKIDLEQMEQTVDLKDYWESGEWAIVNATGTYNSKKYDCCAEIYPD
     180       190       200       210       220       230         

            230       240       250       260       270       280  
pF1KE4 ITYSFVLRRLPLFYTLFLIIPCLGLSFLTVLVFYLPSDEGEKLSLSTSVLVSLTVFLLVI
       .::.::.::::::::. :::::: .: ::::::::::: :::..:  :::.:::::::.:
CCDS64 VTYAFVIRRLPLFYTINLIIPCLLISCLTVLVFYLPSDCGEKITLCISVLLSLTVFLLLI
     240       250       260       270       280       290         

            290       300       310       320       330       340  
pF1KE4 EEIIPSSSKVIPLIGEYLLFIMIFVTLSIIVTVFVINVHHRSSSTYHPMAPWVKRLFLQK
        :::::.: ::::::::::: ::::::::..::::.:::::: :: : :  ::.  .:  
CCDS64 TEIIPSTSLVIPLIGEYLLFTMIFVTLSIVITVFVLNVHHRSPST-HTMPHWVRGALLGC
     300       310       320       330       340        350        

            350                         360               370      
pF1KE4 LPKLLCMKD--------HVDRYS-SP---------EKEESQPVVK--------GKVLEK-
       .:. : :.         :  : . ::         . :: . ::.        :.:  . 
CCDS64 VPRWLLMNRPPPPVELCHPLRLKLSPSYHWLESNVDAEEREVVVEEEDRWACAGHVAPSV
      360       370       380       390       400       410        

                         380       390       400       410         
pF1KE4 ----------------KKQKQLSDGEKVLVAFLEKAADSIRYISRHVKKEHFISQVVQDW
                       : .  :..:: .:   ..:: ....::. :...:   :.: .::
CCDS64 GTLCSHGHLHSGASGPKAEALLQEGELLLSPHMQKALEGVHYIADHLRSEDADSSVKEDW
      420       430       440       450       460       470        

     420       430       440       450        
pF1KE4 KFVAQVLDRIFLWLFLIVSVTGSVLIFTPALKMWLHSYH
       :.::.:.::::::::.::   :.. .:            
CCDS64 KYVAMVIDRIFLWLFIIVCFLGTIGLFLPPFLAGMI   
      480       490       500       510       

>>CCDS10306.1 CHRNB4 gene_id:1143|Hs108|chr15             (498 aa)
 initn: 1229 init1: 667 opt: 1190  Z-score: 1441.4  bits: 276.1 E(32554): 5.8e-74
Smith-Waterman score: 1294; 43.0% identity (71.7% similar) in 467 aa overlap (21-450:19-482)

               10        20        30          40        50        
pF1KE4 MLPDFMLVLIVLGIPSSATTGFNSIAENEDALLRHLFQG--YQKWVRPVLHSNDTIKVYF
                           :   .:. :. :.  :..   :.. .::.  :.. :.. .
CCDS10   MRRAPSLVLFFLVALCGRGNCRVANAEEKLMDDLLNKTRYNNLIRPATSSSQLISIKL
                 10        20        30        40        50        

       60        70        80        90       100       110        
pF1KE4 GLKISQLVDVDEKNQLMTTNVWLKQEWTDHKLRWNPDDYGGIHSIKVPSESLWLPDIVLF
        :...::..:.:..:.:::::::::::::..: :: . : :.. ...:.. .:::::::.
CCDS10 QLSLAQLISVNEREQIMTTNVWLKQEWTDYRLTWNSSRYEGVNILRIPAKRIWLPDIVLY
       60        70        80        90       100       110        

      120       130       140       150       160       170        
pF1KE4 ENADGRFEGSLMTKVIVKSNGTVVWTPPASYKSSCTMDVTFFPFDRQNCSMKFGSWTYDG
       .:::: .: :..:..::.:::.:.: ::: :::.: ..: .::::.:::..:: ::::: 
CCDS10 NNADGTYEVSVYTNLIVRSNGSVLWLPPAIYKSACKIEVKYFPFDQQNCTLKFRSWTYDH
      120       130       140       150       160       170        

      180       190       200       210        220       230       
pF1KE4 TMVDLILINENVDRKDFFDNGEWEILNAKGMKG-NRRDGVYSYPFITYSFVLRRLPLFYT
       : .:..:.. ...  ::  .:::.:.   : .  : .:   ::  .::.:...: :::::
CCDS10 TEIDMVLMTPTASMDDFTPSGEWDIVALPGRRTVNPQDP--SYVDVTYDFIIKRKPLFYT
      180       190       200       210         220       230      

       240       250       260       270       280       290       
pF1KE4 LFLIIPCLGLSFLTVLVFYLPSDEGEKLSLSTSVLVSLTVFLLVIEEIIPSSSKVIPLIG
       . :::::.  ..:..:::::::: :::..:  :::..:: :::.: .:.: .:  .::::
CCDS10 INLIIPCVLTTLLAILVFYLPSDCGEKMTLCISVLLALTFFLLLISKIVPPTSLDVPLIG
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pF1KE4 EYLLFIMIFVTLSIIVTVFVINVHHRSSSTYHPMAPWVKRLFLQKLPKLLCMK----DHV
       .::.: :..::.::...: :.:::::: :: : ::::::: ::.::: .: ::    :  
CCDS10 KYLMFTMVLVTFSIVTSVCVLNVHHRSPST-HTMAPWVKRCFLHKLPTFLFMKRPGPDSS
        300       310       320        330       340       350     

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pF1KE4 DRYSSPEKEE--SQPVVK----------GKVL-----EKKKQKQLSDGEKVLVA--F---
          . : ..   ..: .           :. .      .  .:. . .  : .   :   
CCDS10 PARAFPPSKSCVTKPEATATSTSPSNFYGNSMYFVNPASAASKSPAGSTPVAIPRDFWLR
         360       370       380       390       400       410     

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pF1KE4 --------LEKAADSIRYISRHVKKEHFISQVVQDWKFVAQVLDRIFLWLFLIVSVTGSV
               ...: ... .:..:.:..   ..::.:::.::.:.::.:::.:..: : :.:
CCDS10 SSGRFRQDVQEALEGVSFIAQHMKNDDEDQSVVEDWKYVAMVVDRLFLWVFMFVCVLGTV
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        .: : :                
CCDS10 GLFLPPLFQTHAASEGPYAAQRD
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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