FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE3069, 227 aa 1>>>pF1KE3069 227 - 227 aa - 227 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 4.8521+/-0.000744; mu= 17.3234+/- 0.046 mean_var=67.8699+/-13.013, 0's: 0 Z-trim(109.7): 214 B-trim: 331 in 2/50 Lambda= 0.155681 statistics sampled from 10830 (11062) to 10830 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.689), E-opt: 0.2 (0.34), width: 16 Scan time: 2.120 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS3976.1 RAB3C gene_id:115827|Hs108|chr5 ( 227) 1510 347.4 4.5e-96 CCDS12372.1 RAB3A gene_id:5864|Hs108|chr19 ( 220) 1257 290.6 5.6e-79 CCDS560.1 RAB3B gene_id:5865|Hs108|chr1 ( 219) 1211 280.2 7.2e-76 CCDS12257.1 RAB3D gene_id:9545|Hs108|chr19 ( 219) 1104 256.2 1.2e-68 CCDS12339.1 RAB8A gene_id:4218|Hs108|chr19 ( 207) 675 159.8 1.2e-39 CCDS10183.1 RAB8B gene_id:51762|Hs108|chr15 ( 207) 658 156.0 1.7e-38 CCDS46306.1 RAB1A gene_id:5861|Hs108|chr2 ( 205) 640 151.9 2.8e-37 CCDS1720.1 RAB10 gene_id:10890|Hs108|chr2 ( 200) 635 150.8 5.9e-37 CCDS1058.1 RAB13 gene_id:5872|Hs108|chr1 ( 203) 615 146.3 1.3e-35 CCDS31613.1 RAB1B gene_id:81876|Hs108|chr11 ( 201) 609 145.0 3.4e-35 CCDS42410.1 RAB12 gene_id:201475|Hs108|chr18 ( 244) 597 142.4 2.5e-34 CCDS41846.1 RAB35 gene_id:11021|Hs108|chr12 ( 201) 580 138.5 3.1e-33 CCDS76691.1 RAB15 gene_id:376267|Hs108|chr14 ( 212) 580 138.5 3.2e-33 CCDS32722.1 RAB37 gene_id:326624|Hs108|chr17 ( 223) 521 125.3 3.3e-29 CCDS82198.1 RAB37 gene_id:326624|Hs108|chr17 ( 196) 514 123.6 8.8e-29 CCDS54161.1 RAB37 gene_id:326624|Hs108|chr17 ( 228) 514 123.7 9.8e-29 CCDS10460.1 RAB26 gene_id:25837|Hs108|chr16 ( 256) 514 123.7 1.1e-28 CCDS8264.1 RAB30 gene_id:27314|Hs108|chr11 ( 203) 505 121.6 3.7e-28 CCDS6827.1 RAB14 gene_id:51552|Hs108|chr9 ( 215) 498 120.1 1.1e-27 CCDS10212.1 RAB11A gene_id:8766|Hs108|chr15 ( 216) 498 120.1 1.1e-27 CCDS34762.2 RAB19 gene_id:401409|Hs108|chr7 ( 217) 492 118.7 2.9e-27 CCDS76806.1 RAB26 gene_id:25837|Hs108|chr16 ( 190) 489 118.0 4.2e-27 CCDS3082.1 RAB6B gene_id:51560|Hs108|chr3 ( 208) 489 118.0 4.5e-27 CCDS12201.1 RAB11B gene_id:9230|Hs108|chr19 ( 218) 489 118.1 4.7e-27 CCDS11703.1 RAB37 gene_id:326624|Hs108|chr17 ( 216) 487 117.6 6.3e-27 CCDS41413.1 RAB25 gene_id:57111|Hs108|chr1 ( 213) 484 116.9 1e-26 CCDS33850.1 RAB43 gene_id:339122|Hs108|chr3 ( 212) 482 116.5 1.4e-26 CCDS8223.1 RAB6A gene_id:5870|Hs108|chr11 ( 208) 477 115.3 2.9e-26 CCDS7155.1 RAB18 gene_id:22931|Hs108|chr10 ( 206) 473 114.4 5.4e-26 CCDS8224.1 RAB6A gene_id:5870|Hs108|chr11 ( 208) 472 114.2 6.4e-26 CCDS6175.1 RAB2A gene_id:5862|Hs108|chr8 ( 212) 472 114.2 6.4e-26 CCDS9570.1 RAB2B gene_id:84932|Hs108|chr14 ( 216) 472 114.2 6.5e-26 CCDS14766.1 RAB39B gene_id:116442|Hs108|chrX ( 213) 470 113.8 8.8e-26 CCDS44803.1 CRACR2A gene_id:84766|Hs108|chr12 ( 731) 475 115.3 1e-25 CCDS31050.1 RAB4A gene_id:5867|Hs108|chr1 ( 218) 468 113.3 1.2e-25 CCDS33030.1 RAB4B gene_id:53916|Hs108|chr19 ( 213) 461 111.8 3.6e-25 CCDS75442.1 RAB44 gene_id:401258|Hs108|chr6 (1021) 463 112.8 8.6e-25 CCDS8338.1 RAB39A gene_id:54734|Hs108|chr11 ( 217) 454 110.2 1.1e-24 CCDS4962.1 RAB23 gene_id:51715|Hs108|chr6 ( 237) 452 109.8 1.6e-24 CCDS2633.1 RAB5A gene_id:5868|Hs108|chr3 ( 215) 440 107.0 9.5e-24 CCDS53836.1 RAB35 gene_id:11021|Hs108|chr12 ( 152) 438 106.5 1e-23 CCDS33497.1 RAB22A gene_id:57403|Hs108|chr20 ( 194) 429 104.5 4.9e-23 CCDS10153.1 RAB27A gene_id:5873|Hs108|chr15 ( 221) 425 103.7 1e-22 CCDS9003.1 RAB21 gene_id:23011|Hs108|chr12 ( 225) 425 103.7 1e-22 CCDS58373.1 RAB11A gene_id:8766|Hs108|chr15 ( 155) 422 102.9 1.2e-22 CCDS11958.1 RAB27B gene_id:5874|Hs108|chr18 ( 218) 423 103.2 1.4e-22 CCDS82514.1 WTH3DI gene_id:150786|Hs108|chr2 ( 254) 421 102.8 2.1e-22 CCDS46408.1 RAB6C gene_id:84084|Hs108|chr2 ( 254) 418 102.2 3.3e-22 CCDS11816.1 RAB40B gene_id:10966|Hs108|chr17 ( 278) 416 101.7 4.8e-22 CCDS35353.1 RAB40AL gene_id:282808|Hs108|chrX ( 278) 414 101.3 6.6e-22 >>CCDS3976.1 RAB3C gene_id:115827|Hs108|chr5 (227 aa) initn: 1510 init1: 1510 opt: 1510 Z-score: 1838.3 bits: 347.4 E(32554): 4.5e-96 Smith-Waterman score: 1510; 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80.8% identity (95.0% similar) in 219 aa overlap (9-227:1-219) 10 20 30 40 50 60 pF1KE3 MRHEAPMQMASAQDARYGQKDSSDQNFDYMFKLLIIGNSSVGKTSFLFRYADDSFTSAFV :::. :.. : ::.:::::::::::::::::::::::::::::::.:: ::: CCDS56 MASVTDGKTGVKDASDQNFDYMFKLLIIGNSSVGKTSFLFRYADDTFTPAFV 10 20 30 40 50 70 80 90 100 110 120 pF1KE3 STVGIDFKVKTVFKNEKRIKLQIWDTAGQERYRTITTAYYRGAMGFILMYDITNEESFNA ::::::::::::...:::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS56 STVGIDFKVKTVYRHEKRVKLQIWDTAGQERYRTITTAYYRGAMGFILMYDITNEESFNA 60 70 80 90 100 110 130 140 150 160 170 180 pF1KE3 VQDWSTQIKTYSWDNAQVILVGNKCDMEDERVISTERGQHLGEQLGFEFFETSAKDNINV ::::.:::::::::::::::::::::::.:::. ::.:: :.:::::.:::.:::.::.: CCDS56 VQDWATQIKTYSWDNAQVILVGNKCDMEEERVVPTEKGQLLAEQLGFDFFEASAKENISV 120 130 140 150 160 170 190 200 210 220 pF1KE3 KQTFERLVDIICDKMSESLETDPAITAAKQNTRLKETPPPPQPNCAC .:.:::::: ::::::.::.:::.. ....::::..::: : ::.: CCDS56 RQAFERLVDAICDKMSDSLDTDPSMLGSSKNTRLSDTPPLLQQNCSC 180 190 200 210 >>CCDS12257.1 RAB3D gene_id:9545|Hs108|chr19 (219 aa) initn: 1068 init1: 1068 opt: 1104 Z-score: 1345.7 bits: 256.2 E(32554): 1.2e-68 Smith-Waterman score: 1104; 73.5% identity (90.9% similar) in 219 aa overlap (9-227:1-219) 10 20 30 40 50 60 pF1KE3 MRHEAPMQMASAQDARYGQKDSSDQNFDYMFKLLIIGNSSVGKTSFLFRYADDSFTSAFV :::: :.. : .:..:::::::::::.::::::::::::::::::::: ::: CCDS12 MASAGDTQAGPRDAADQNFDYMFKLLLIGNSSVGKTSFLFRYADDSFTPAFV 10 20 30 40 50 70 80 90 100 110 120 pF1KE3 STVGIDFKVKTVFKNEKRIKLQIWDTAGQERYRTITTAYYRGAMGFILMYDITNEESFNA ::::::::::::....::::::::::::::::::::::::::::::.:::::.:.::: : CCDS12 STVGIDFKVKTVYRHDKRIKLQIWDTAGQERYRTITTAYYRGAMGFLLMYDIANQESFAA 60 70 80 90 100 110 130 140 150 160 170 180 pF1KE3 VQDWSTQIKTYSWDNAQVILVGNKCDMEDERVISTERGQHLGEQLGFEFFETSAKDNINV ::::.:::::::::::::::::::::.:::::. .: :..:...:::::::.:::.:::: CCDS12 VQDWATQIKTYSWDNAQVILVGNKCDLEDERVVPAEDGRRLADDLGFEFFEASAKENINV 120 130 140 150 160 170 190 200 210 220 pF1KE3 KQTFERLVDIICDKMSESLETDPAITAAKQNTRLKETPPPPQPNCAC ::.::::::.::.::.:::: . . . .. . ..: : .:.: CCDS12 KQVFERLVDVICEKMNESLEPSSSSGSNGKGPAVGDAPAPQPSSCSC 180 190 200 210 >>CCDS12339.1 RAB8A gene_id:4218|Hs108|chr19 (207 aa) initn: 672 init1: 672 opt: 675 Z-score: 825.3 bits: 159.8 E(32554): 1.2e-39 Smith-Waterman score: 675; 52.1% identity (83.0% similar) in 194 aa overlap (25-218:3-193) 10 20 30 40 50 60 pF1KE3 MRHEAPMQMASAQDARYGQKDSSDQNFDYMFKLLIIGNSSVGKTSFLFRYADDSFTSAFV ...::.::::.::.:.:::: :::...:.:.:.:. CCDS12 MAKTYDYLFKLLLIGDSGVGKTCVLFRFSEDAFNSTFI 10 20 30 70 80 90 100 110 120 pF1KE3 STVGIDFKVKTVFKNEKRIKLQIWDTAGQERYRTITTAYYRGAMGFILMYDITNEESFNA ::.:::::..:. . :::::::::::::::.:::::::::::::..:.::::::.::. CCDS12 STIGIDFKIRTIELDGKRIKLQIWDTAGQERFRTITTAYYRGAMGIMLVYDITNEKSFDN 40 50 60 70 80 90 130 140 150 160 170 180 pF1KE3 VQDWSTQIKTYSWDNAQVILVGNKCDMEDERVISTERGQHLGEQLGFEFFETSAKDNINV ...: .:. .. ... ...:::::..:.: .: :::..:. . :..:.::::: :::: CCDS12 IRNWIRNIEEHASADVEKMILGNKCDVNDKRQVSKERGEKLALDYGIKFMETSAKANINV 100 110 120 130 140 150 190 200 210 220 pF1KE3 KQTFERLVDIICDKMSESLETDPAITAAKQNTRLKETPPPPQPNCAC ...: :. : ::...:: . . .: .: :: CCDS12 ENAFFTLARDIKAKMDKKLEGN---SPQGSNQGVKITPDQQKRSSFFRCVLL 160 170 180 190 200 >>CCDS10183.1 RAB8B gene_id:51762|Hs108|chr15 (207 aa) initn: 663 init1: 643 opt: 658 Z-score: 804.7 bits: 156.0 E(32554): 1.7e-38 Smith-Waterman score: 658; 52.0% identity (88.0% similar) in 175 aa overlap (25-199:3-177) 10 20 30 40 50 60 pF1KE3 MRHEAPMQMASAQDARYGQKDSSDQNFDYMFKLLIIGNSSVGKTSFLFRYADDSFTSAFV ...::.::::.::.:.:::: .:::...:.:...:. CCDS10 MAKTYDYLFKLLLIGDSGVGKTCLLFRFSEDAFNTTFI 10 20 30 70 80 90 100 110 120 pF1KE3 STVGIDFKVKTVFKNEKRIKLQIWDTAGQERYRTITTAYYRGAMGFILMYDITNEESFNA ::.:::::..:. . :.:::::::::::::.:::::::::::::..:.::::::.::. CCDS10 STIGIDFKIRTIELDGKKIKLQIWDTAGQERFRTITTAYYRGAMGIMLVYDITNEKSFDN 40 50 60 70 80 90 130 140 150 160 170 180 pF1KE3 VQDWSTQIKTYSWDNAQVILVGNKCDMEDERVISTERGQHLGEQLGFEFFETSAKDNINV ...: .:. .. .... ...::::::.:.: .: :::..:. . :..:.:::::.. :: CCDS10 IKNWIRNIEEHASSDVERMILGNKCDMNDKRQVSKERGEKLAIDYGIKFLETSAKSSANV 100 110 120 130 140 150 190 200 210 220 pF1KE3 KQTFERLVDIICDKMSESLETDPAITAAKQNTRLKETPPPPQPNCAC ...: :. : :..... CCDS10 EEAFFTLARDIMTKLNRKMNDSNSAGAGGPVKITENRSKKTSFFRCSLL 160 170 180 190 200 >>CCDS46306.1 RAB1A gene_id:5861|Hs108|chr2 (205 aa) initn: 628 init1: 608 opt: 640 Z-score: 782.9 bits: 151.9 E(32554): 2.8e-37 Smith-Waterman score: 640; 44.7% identity (77.7% similar) in 206 aa overlap (22-227:3-205) 10 20 30 40 50 60 pF1KE3 MRHEAPMQMASAQDARYGQKDSSDQNFDYMFKLLIIGNSSVGKTSFLFRYADDSFTSAFV : . ..::.::::.::.:.:::. .:.:.:::..: ... CCDS46 MSSMNPEYDYLFKLLLIGDSGVGKSCLLLRFADDTYTESYI 10 20 30 40 70 80 90 100 110 120 pF1KE3 STVGIDFKVKTVFKNEKRIKLQIWDTAGQERYRTITTAYYRGAMGFILMYDITNEESFNA ::.:.:::..:. . : :::::::::::::.::::..::::: :.:..::.:..:::: CCDS46 STIGVDFKIRTIELDGKTIKLQIWDTAGQERFRTITSSYYRGAHGIIVVYDVTDQESFNN 50 60 70 80 90 100 130 140 150 160 170 180 pF1KE3 VQDWSTQIKTYSWDNAQVILVGNKCDMEDERVISTERGQHLGEQLGFEFFETSAKDNINV :..: .: :. .:.. .:::::::. ..:.. .......::. :.:::::. :: CCDS46 VKQWLQEIDRYASENVNKLLVGNKCDLTTKKVVDYTTAKEFADSLGIPFLETSAKNATNV 110 120 130 140 150 160 190 200 210 220 pF1KE3 KQTFERLVDIICDKMSESLETDPAITAAKQNTRLKETPPPPQPNCAC .:.: .. : .:. . : : :.:.... :: . . : CCDS46 EQSFMTMAAEIKKRMGPG---ATAGGAEKSNVKIQSTPVKQSGGGCC 170 180 190 200 >>CCDS1720.1 RAB10 gene_id:10890|Hs108|chr2 (200 aa) initn: 641 init1: 619 opt: 635 Z-score: 777.0 bits: 150.8 E(32554): 5.9e-37 Smith-Waterman score: 635; 52.9% identity (85.3% similar) in 170 aa overlap (25-194:4-173) 10 20 30 40 50 60 pF1KE3 MRHEAPMQMASAQDARYGQKDSSDQNFDYMFKLLIIGNSSVGKTSFLFRYADDSFTSAFV ...: .::::.::.:.:::: :::..::.:...:. CCDS17 MAKKTYDLLFKLLLIGDSGVGKTCVLFRFSDDAFNTTFI 10 20 30 70 80 90 100 110 120 pF1KE3 STVGIDFKVKTVFKNEKRIKLQIWDTAGQERYRTITTAYYRGAMGFILMYDITNEESFNA ::.:::::.::: . :.:::::::::::::..::::.:::::::..:.::::: .::. CCDS17 STIGIDFKIKTVELQGKKIKLQIWDTAGQERFHTITTSYYRGAMGIMLVYDITNGKSFEN 40 50 60 70 80 90 130 140 150 160 170 180 pF1KE3 VQDWSTQIKTYSWDNAQVILVGNKCDMEDERVISTERGQHLGEQLGFEFFETSAKDNINV .. : .: .. .... .:.::::::.:.::. .:...... :..::::::: :::. CCDS17 ISKWLRNIDEHANEDVERMLLGNKCDMDDKRVVPKGKGEQIAREHGIRFFETSAKANINI 100 110 120 130 140 150 190 200 210 220 pF1KE3 KQTFERLVDIICDKMSESLETDPAITAAKQNTRLKETPPPPQPNCAC ...: :.. : : CCDS17 EKAFLTLAEDILRKTPVKEPNSENVDISSGGGVTGWKSKCC 160 170 180 190 200 >>CCDS1058.1 RAB13 gene_id:5872|Hs108|chr1 (203 aa) initn: 617 init1: 594 opt: 615 Z-score: 752.6 bits: 146.3 E(32554): 1.3e-35 Smith-Waterman score: 615; 52.4% identity (87.5% similar) in 168 aa overlap (25-191:3-170) 10 20 30 40 50 60 pF1KE3 MRHEAPMQMASAQDARYGQKDSSDQNFDYMFKLLIIGNSSVGKTSFLFRYADDSFTSAFV . .:..::::.::.:.:::: ...:.:.:.:..... CCDS10 MAKAYDHLFKLLLIGDSGVGKTCLIIRFAEDNFNNTYI 10 20 30 70 80 90 100 110 120 pF1KE3 STVGIDFKVKTVFKNEKRIKLQIWDTAGQERYRTITTAYYRGAMGFILMYDITNEESFNA ::.:::::..:: . :.::::.::::::::..::::::::::::.::.::::.:.::. CCDS10 STIGIDFKIRTVDIEGKKIKLQVWDTAGQERFKTITTAYYRGAMGIILVYDITDEKSFEN 40 50 60 70 80 90 130 140 150 160 170 180 pF1KE3 VQDWSTQIKTYSWDNAQVILVGNKCDMEDERVISTERGQHLGEQLGFEFFETSAKDNINV .:.: .:: . ... .:.::::::: .: .. :....:... :..:::::::...:: CCDS10 IQNWMKSIKENASAGVERLLLGNKCDMEAKRKVQKEQADKLAREHGIRFFETSAKSSMNV 100 110 120 130 140 150 190 200 210 220 pF1KE3 KQTFERLV-DIICDKMSESLETDPAITAAKQNTRLKETPPPPQPNCAC ..: :. ::. CCDS10 DEAFSSLARDILLKSGGRRSGNGNKPPSTDLKTCDKKNTNKCSLG 160 170 180 190 200 >>CCDS31613.1 RAB1B gene_id:81876|Hs108|chr11 (201 aa) initn: 602 init1: 582 opt: 609 Z-score: 745.4 bits: 145.0 E(32554): 3.4e-35 Smith-Waterman score: 609; 42.6% identity (76.0% similar) in 204 aa overlap (24-227:2-201) 10 20 30 40 50 60 pF1KE3 MRHEAPMQMASAQDARYGQKDSSDQNFDYMFKLLIIGNSSVGKTSFLFRYADDSFTSAFV . ..::.::::.::.:.:::. .:.:.:::..: ... CCDS31 MNPEYDYLFKLLLIGDSGVGKSCLLLRFADDTYTESYI 10 20 30 70 80 90 100 110 120 pF1KE3 STVGIDFKVKTVFKNEKRIKLQIWDTAGQERYRTITTAYYRGAMGFILMYDITNEESFNA ::.:.:::..:. . : :::::::::::::.::::..::::: :.:..::.:..::. CCDS31 STIGVDFKIRTIELDGKTIKLQIWDTAGQERFRTITSSYYRGAHGIIVVYDVTDQESYAN 40 50 60 70 80 90 130 140 150 160 170 180 pF1KE3 VQDWSTQIKTYSWDNAQVILVGNKCDMEDERVISTERGQHLGEQLGFEFFETSAKDNINV :..: .: :. .:.. .::::: :. ..:... .......::. :.:::::. :: CCDS31 VKQWLQEIDRYASENVNKLLVGNKSDLTTKKVVDNTTAKEFADSLGIPFLETSAKNATNV 100 110 120 130 140 150 190 200 210 220 pF1KE3 KQTFERLVDIICDKMSESLETDPAITAAKQNTRLKETPPPPQPNCAC .:.: .. : .:. . : . . : .. :: : . : CCDS31 EQAFMTMAAEIKKRMGPG----AASGGERPNLKIDSTPVKPAGGGCC 160 170 180 190 200 227 residues in 1 query sequences 18511270 residues in 32554 library sequences Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc) start: Sun Nov 6 04:30:35 2016 done: Sun Nov 6 04:30:35 2016 Total Scan time: 2.120 Total Display time: -0.020 Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]