FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE5654, 543 aa 1>>>pF1KE5654 543 - 543 aa - 543 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.3031+/-0.000785; mu= 13.4012+/- 0.047 mean_var=75.2787+/-15.186, 0's: 0 Z-trim(108.9): 14 B-trim: 0 in 0/52 Lambda= 0.147822 statistics sampled from 10532 (10540) to 10532 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.686), E-opt: 0.2 (0.324), width: 16 Scan time: 3.020 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS3602.1 HPSE gene_id:10855|Hs108|chr4 ( 543) 3628 783.0 0 CCDS54774.1 HPSE gene_id:10855|Hs108|chr4 ( 469) 2189 476.1 3.9e-134 CCDS56337.1 HPSE gene_id:10855|Hs108|chr4 ( 485) 2133 464.2 1.6e-130 CCDS53568.1 HPSE2 gene_id:60495|Hs108|chr10 ( 548) 978 217.9 2.5e-56 CCDS7477.1 HPSE2 gene_id:60495|Hs108|chr10 ( 592) 978 217.9 2.7e-56 CCDS53566.1 HPSE2 gene_id:60495|Hs108|chr10 ( 480) 689 156.2 7.9e-38 CCDS53567.1 HPSE2 gene_id:60495|Hs108|chr10 ( 534) 687 155.8 1.2e-37 >>CCDS3602.1 HPSE gene_id:10855|Hs108|chr4 (543 aa) initn: 3628 init1: 3628 opt: 3628 Z-score: 4179.1 bits: 783.0 E(32554): 0 Smith-Waterman score: 3628; 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CCDS53 VLCAFPEAMPSSNSRPPACLAPGALYLALLLHLSLSSQAGDRRPLPVDRAAGLKEKTLIL 10 20 30 40 50 60 50 60 70 80 90 100 pF1KE5 LDFFTQEPLHLVSPSFLSVTIDANLATDPRFLILLGSPKLRTLARGLSPAYLRFGGTKTD :: :..:.. :. .:::. .: .. : .: .:.: .: :::::::::.::::: .:: CCDS53 LDVSTKNPVRTVNENFLSLQLDPSIIHDG-WLDFLSSKRLVTLARGLSPAFLRFGGKRTD 70 80 90 100 110 120 110 120 130 140 pF1KE5 FLIF----DPKKES-----TFEERSYWQSQVNQDI-------CKYGSIPPDVEEKLRLEW :: : .: : . ..: .. : .:. :: .. ::: .:. : CCDS53 FLQFQNLRNPAKSRGGPGPDYYLKNYEDDIVRSDVALDKQKGCKIAQ-HPDVMLELQREK 130 140 150 160 170 180 150 160 170 180 190 200 pF1KE5 PYQEQL-LLREHYQKKFKNSTYSRSSVDVLYTFANCSGLDLIFGLNALLRTADLQWNSSN : .: ::.:.... ..: . :.: ::.::.:::: :::.:::: :. . .::::. CCDS53 AAQMHLVLLKEQFSNTYSNLILTARSLDKLYNFADCSGLHLIFALNALRRNPNNSWNSSS 190 200 210 220 230 240 210 220 230 240 250 260 pF1KE5 AQLLLDYCSSKGYNISWELGNEPNSFLKKADIFINGSQLGEDFIQLHKLLRK-STFKNAK : :: : .:: ::::::::::::.. .::::::.:.:::..::. .. :. CCDS53 ALSLLKYSASKKYNISWELGNEPNNYRTMHGRAVNGSQLGKDYIQLKSLLQPIRIYSRAS 250 260 270 280 290 300 270 280 290 300 310 320 pF1KE5 LYGPDVGQPRRKTAKMLKSFLKAGGEVIDSVTWHHYYLNGRTATREDFLNPDVLDIFISS ::::..:.::... .: .:.:..: ..:.:::.: :..::.. :::. .:: . .. CCDS53 LYGPNIGRPRKNVIALLDGFMKVAGSTVDAVTWQHCYIDGRVVKVMDFLKTRLLDTLSDQ 310 320 330 340 350 360 330 340 350 360 370 380 pF1KE5 VQKVFQVVESTRPGKKVWLGETSSAYGGGAPLLSDTFAAGFMWLDKLGLSARMGIEVVMR ..:. .::.. ::::.:: . .. .::. :::..::::.::. ::. : .::.::.: CCDS53 IRKIQKVVNTYTPGKKIWLEGVVTTSAGGTNNLSDSYAAGFLWLNTLGMLANQGIDVVIR 370 380 390 400 410 420 390 400 410 420 430 pF1KE5 QVFFGAGNYHLVDENFDPLPDYWLSLLFKKLVGTKVLMASVQGSKRR---------KLRV . :: : ::::.::.::::::::::.:.:.: ::: . : : .:. :::. CCDS53 HSFFDHGYNHLVDQNFNPLPDYWLSLLYKRLIGPKVLAVHVAGLQRKPRPGRVIRDKLRI 430 440 450 460 470 480 440 450 460 470 480 490 pF1KE5 YLHCTNTDNPRYKEGDLTLYAINLHNVTKYLRLPYPFSNKQVDKYLLRPLGPHGLLSKSV : :::: : : .:..::. :::: : ..: . .: : .:::.: : .:: ::. CCDS53 YAHCTNHHNHNYVRGSITLFIINLHRSRKKIKLAGTLRDKLVHQYLLQPYGQEGLKSKTQ 490 500 510 520 530 540 500 510 520 530 540 pF1KE5 QLNGLTLKMVDDQTLPPLMEKPLRPGSSLGLPAFSYSFFVIRNAKVAACI CCDS53 RCQYCGII >>CCDS7477.1 HPSE2 gene_id:60495|Hs108|chr10 (592 aa) initn: 1099 init1: 605 opt: 978 Z-score: 1124.2 bits: 217.9 E(32554): 2.7e-56 Smith-Waterman score: 1499; 44.2% identity (69.2% similar) in 559 aa overlap (13-542:33-589) 10 20 30 40 pF1KE5 MLLRSKPALPPPLMLLLLGPLGPLSPGALPRPA--QAQDVVD : : : . : : . : : . . .. CCDS74 VLCAFPEAMPSSNSRPPACLAPGALYLALLLHLSLSSQAGDRRPLPVDRAAGLKEKTLIL 10 20 30 40 50 60 50 60 70 80 90 100 pF1KE5 LDFFTQEPLHLVSPSFLSVTIDANLATDPRFLILLGSPKLRTLARGLSPAYLRFGGTKTD :: :..:.. :. .:::. .: .. : .: .:.: .: :::::::::.::::: .:: CCDS74 LDVSTKNPVRTVNENFLSLQLDPSIIHDG-WLDFLSSKRLVTLARGLSPAFLRFGGKRTD 70 80 90 100 110 120 110 120 130 140 pF1KE5 FLIF----DPKKES-----TFEERSYWQSQVNQDI-------CKYGSIPPDVEEKLRLEW :: : .: : . ..: .. : .:. :: .. ::: .:. : CCDS74 FLQFQNLRNPAKSRGGPGPDYYLKNYEDDIVRSDVALDKQKGCKIAQ-HPDVMLELQREK 130 140 150 160 170 180 150 160 170 180 190 200 pF1KE5 PYQEQL-LLREHYQKKFKNSTYSRSSVDVLYTFANCSGLDLIFGLNALLRTADLQWNSSN : .: ::.:.... ..: . :.: ::.::.:::: :::.:::: :. . .::::. CCDS74 AAQMHLVLLKEQFSNTYSNLILTARSLDKLYNFADCSGLHLIFALNALRRNPNNSWNSSS 190 200 210 220 230 240 210 220 230 240 250 260 pF1KE5 AQLLLDYCSSKGYNISWELGNEPNSFLKKADIFINGSQLGEDFIQLHKLLRK-STFKNAK : :: : .:: ::::::::::::.. .::::::.:.:::..::. .. :. CCDS74 ALSLLKYSASKKYNISWELGNEPNNYRTMHGRAVNGSQLGKDYIQLKSLLQPIRIYSRAS 250 260 270 280 290 300 270 280 290 300 310 320 pF1KE5 LYGPDVGQPRRKTAKMLKSFLKAGGEVIDSVTWHHYYLNGRTATREDFLNPDVLDIFISS ::::..:.::... .: .:.:..: ..:.:::.: :..::.. :::. .:: . .. CCDS74 LYGPNIGRPRKNVIALLDGFMKVAGSTVDAVTWQHCYIDGRVVKVMDFLKTRLLDTLSDQ 310 320 330 340 350 360 330 340 350 360 370 380 pF1KE5 VQKVFQVVESTRPGKKVWLGETSSAYGGGAPLLSDTFAAGFMWLDKLGLSARMGIEVVMR ..:. .::.. ::::.:: . .. .::. :::..::::.::. ::. : .::.::.: CCDS74 IRKIQKVVNTYTPGKKIWLEGVVTTSAGGTNNLSDSYAAGFLWLNTLGMLANQGIDVVIR 370 380 390 400 410 420 390 400 410 420 430 pF1KE5 QVFFGAGNYHLVDENFDPLPDYWLSLLFKKLVGTKVLMASVQGSKRR---------KLRV . :: : ::::.::.::::::::::.:.:.: ::: . : : .:. :::. 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