FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE1938, 480 aa 1>>>pF1KE1938 480 - 480 aa - 480 aa Library: /omim/omim.rfq.tfa 60827320 residues in 85289 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.3318+/-0.000419; mu= 17.6834+/- 0.026 mean_var=67.6180+/-13.851, 0's: 0 Z-trim(110.8): 29 B-trim: 21 in 1/52 Lambda= 0.155971 statistics sampled from 19225 (19253) to 19225 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.594), E-opt: 0.2 (0.226), width: 16 Scan time: 9.430 The best scores are: opt bits E(85289) NP_003356 (OMIM: 191328) cytochrome b-c1 complex s ( 480) 3190 727.2 2.4e-209 NP_004270 (OMIM: 603131) mitochondrial-processing ( 489) 1811 416.9 6.3e-116 XP_006716244 (OMIM: 603131) PREDICTED: mitochondri ( 506) 1711 394.4 3.8e-109 XP_005250774 (OMIM: 603131) PREDICTED: mitochondri ( 508) 1711 394.4 3.8e-109 NP_055975 (OMIM: 213200,613036) mitochondrial-proc ( 525) 415 102.8 2.4e-21 XP_005266116 (OMIM: 213200,613036) PREDICTED: mito ( 563) 415 102.8 2.6e-21 NP_003357 (OMIM: 191329,615160) cytochrome b-c1 co ( 453) 370 92.7 2.4e-18 NP_001269875 (OMIM: 213200,613036) mitochondrial-p ( 425) 247 65.0 4.9e-10 NP_001269873 (OMIM: 213200,613036) mitochondrial-p ( 394) 180 49.9 1.6e-05 XP_016870032 (OMIM: 213200,613036) PREDICTED: mito ( 343) 165 46.5 0.00015 XP_011516719 (OMIM: 213200,613036) PREDICTED: mito ( 381) 165 46.5 0.00016 XP_016856864 (OMIM: 602651) PREDICTED: nardilysin (1019) 157 44.9 0.0013 XP_011539825 (OMIM: 602651) PREDICTED: nardilysin (1019) 157 44.9 0.0013 NP_001095132 (OMIM: 602651) nardilysin isoform b p (1151) 157 44.9 0.0014 XP_016871676 (OMIM: 146680) PREDICTED: insulin-deg ( 978) 153 44.0 0.0023 XP_016871678 (OMIM: 146680) PREDICTED: insulin-deg ( 978) 153 44.0 0.0023 XP_016871677 (OMIM: 146680) PREDICTED: insulin-deg ( 978) 153 44.0 0.0023 XP_016871679 (OMIM: 146680) PREDICTED: insulin-deg ( 978) 153 44.0 0.0023 NP_001309725 (OMIM: 146680) insulin-degrading enzy ( 978) 153 44.0 0.0023 NP_001309724 (OMIM: 146680) insulin-degrading enzy ( 978) 153 44.0 0.0023 NP_001309722 (OMIM: 146680) insulin-degrading enzy (1019) 153 44.0 0.0023 NP_004960 (OMIM: 146680) insulin-degrading enzyme (1019) 153 44.0 0.0023 NP_001229290 (OMIM: 602651) nardilysin isoform c [ (1087) 151 43.6 0.0034 XP_011539824 (OMIM: 602651) PREDICTED: nardilysin (1109) 151 43.6 0.0034 NP_002516 (OMIM: 602651) nardilysin isoform a [Hom (1219) 151 43.6 0.0037 >>NP_003356 (OMIM: 191328) cytochrome b-c1 complex subun (480 aa) initn: 3190 init1: 3190 opt: 3190 Z-score: 3879.4 bits: 727.2 E(85289): 2.4e-209 Smith-Waterman score: 3190; 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XP_005 AYTSREQTVYYAKAFSKDLPRAVEILADIIQNSTLGEAEIERERGVILREMQEVETNLQE 140 150 160 170 180 190 190 200 210 220 230 240 pF1KE1 VVFNYLHATAFQGTPLAQAVEGPSENVRKLSRADLTEYLSTHYKAPRMVLAAAGGVEHQQ :::.::::::.:.: :.... ::.::....:: ::..:..::::.::.:::::::: :.. XP_005 VVFDYLHATAYQNTALGRTILGPTENIKSISRKDLVDYITTHYKGPRIVLAAAGGVSHDE 200 210 220 230 240 250 250 260 270 280 290 300 pF1KE1 LLDLAQKHLGGIPWTYAEDAVPTLTPCRFTGSEIRHRDDALPFAHVAIAVEGPGWASPDN :::::. :.: :. . .:.: ::.::::::: ::: .:.::.:::::. ::: ::. XP_005 LLDLAKFHFGDSLCTH-KGEIPALPPCKFTGSEIRVRDDKMPLAHLAIAVEAVGWAHPDT 260 270 280 290 300 310 310 320 330 340 350 360 pF1KE1 VALQVANAIIGHYDCTYGGGVHLSSPLASGAVANKLCQSFQTFSICYAETGLLGAHFVCD . :.:::..::..: ..:::..::: ::. . ..::.:::.:. :..::: : ..::. XP_005 ICLMVANTLIGNWDRSFGGGMNLSSKLAQLTCHGNLCHSFQSFNTSYTDTGLWGLYMVCE 320 330 340 350 360 370 370 380 390 400 410 420 pF1KE1 RMKIDDMMFVLQGQWMRLCTSATESEVARGKNILRNALVSHLDGTTPVCEDIGRSLLTYG . ::. :.: .:::::::.:::::::..:.:.. .. .:::.::.::::::..: :. XP_005 SSTVADMLHVVQKEWMRLCTSVTESEVARARNLLKTNMLLQLDGSTPICEDIGRQMLCYN 380 390 400 410 420 430 430 440 450 460 470 480 pF1KE1 RRIPLAEWESRIAEVDASVVREICSKYIYDQCPAVAGYGPIEQLPDYNRIRSGMFWLRF ::::. : :.:: :.: ..::.:.::::.. ::.:. : XP_005 RRIPIPELEARIDAVNAETIREVCTKYIYNRSPAIAAVGYNHRSELHEWKWNKLFSKRQT 440 450 460 470 480 490 XP_005 ISYSYVNILLPQPQPQYV 500 >>NP_055975 (OMIM: 213200,613036) mitochondrial-processi (525 aa) initn: 374 init1: 183 opt: 415 Z-score: 504.2 bits: 102.8 E(85289): 2.4e-21 Smith-Waterman score: 597; 31.0% identity (60.6% similar) in 452 aa overlap (47-475:66-510) 20 30 40 50 60 70 pF1KE1 LLRARRSPALLRTPALRSTATFAQALQFVPETQVSLLDNGLRVASEQSSQPTCTVGVWID ::.:. :::::::::... ::::. :. NP_055 GGAYPNIPLSSPLPGVPKPVFATVDGQEKFETKVTTLDNGLRVASQNKFGQFCTVGILIN 40 50 60 70 80 90 80 90 100 110 120 130 pF1KE1 VGSRFETEKNNGAGYFLEHLAFKGTKNRPGSALEK--EVESMGAHLNAYSTREHTAYYIK :::.:.. .: ..:::.:::..: : : : .:. :. . ..:. : : .. 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NP_055 ALSSKDGRLPRTYRLFR 510 520 >>XP_005266116 (OMIM: 213200,613036) PREDICTED: mitochon (563 aa) initn: 348 init1: 183 opt: 415 Z-score: 503.7 bits: 102.8 E(85289): 2.6e-21 Smith-Waterman score: 533; 31.1% identity (60.2% similar) in 402 aa overlap (47-425:66-462) 20 30 40 50 60 70 pF1KE1 LLRARRSPALLRTPALRSTATFAQALQFVPETQVSLLDNGLRVASEQSSQPTCTVGVWID ::.:. :::::::::... ::::. :. XP_005 GGAYPNIPLSSPLPGVPKPVFATVDGQEKFETKVTTLDNGLRVASQNKFGQFCTVGILIN 40 50 60 70 80 90 80 90 100 110 120 130 pF1KE1 VGSRFETEKNNGAGYFLEHLAFKGTKNRPGSALEK--EVESMGAHLNAYSTREHTAYYIK :::.:.. .: ..:::.:::..: : : : .:. :. . ..:. : : .. XP_005 SGSRYEAKYLSGIAHFLEKLAFSSTA-RFDSKDEILLTLEKHGGICDCQTSRDTTMYAVS 100 110 120 130 140 150 140 150 160 170 180 190 pF1KE1 ALSKDLPKAVELLGDIVQNCSLEDSQIEKERDVILREMQENDASMRD----VVFNYLHAT : :: : .: ::.:.: . : : ..: : .. :.. : ..: .. ...: . XP_005 ADSKGLDTVVALLADVVLQPRLTDEEVEMTRMAVQFELE--DLNLRPDPEPLLTEMIHEA 160 170 180 190 200 210 200 210 220 230 240 250 pF1KE1 AFQGTPLAQAVEGPSENVRKLSRADLTEYLSTHYKAPRMVLAAAGGVEHQQLLDLAQKHL :.. . .. :.::: :..: : :: ..: :::::..: :::..:.: :.:.: XP_005 AYRENTVGLHRFCPTENVAKINREVLHSYLRNYYTPDRMVLAGVG-VEHEHLVDCARKYL 220 230 240 250 260 270 260 270 280 290 pF1KE1 GGI-P-WTYAEDAVPTLTPCRFTGSEIR-HRD--------DALP-FAHVAIAVEGPGWAS :. : : :: . . ..::. . .:: .: ..:. ...:. .. XP_005 LGVQPAWGSAEAVDIDRSVAQYTGGIAKLERDMSNVSLGPTPIPELTHIMVGLESCSFLE 280 290 300 310 320 330 300 310 320 330 340 350 pF1KE1 PDNVALQVANAIIGHYDC-TYGG-GVHLSSPLASGAVANKLCQSFQTFSI--CYAETGLL : . . : : ..: . :: : . : : . : :. ... : : .:::: XP_005 EDFIPFAVLNMMMGGGGSFSAGGPGKGMFSRLYLN-VLNRHHWMYNATSYHHSYEDTGLL 340 350 360 370 380 390 360 370 380 390 400 410 pF1KE1 GAHFVCDRMKIDDMMFVLQGQWMRLCTSATESEVARGKNILRNALVSHLDGTTPVCEDIG : : .. .:. .. ... . .. :. :.:. : . :. .:.. . ::.: XP_005 CIHASADPRQVREMVEIITKEFILMGGTVDTVELERAKTQLTSMLMMNLESRPVIFEDVG 400 410 420 430 440 450 420 430 440 450 460 470 pF1KE1 RSLL-TYGRRIPLAEWESRIAEVDASVVREICSKYIYDQCPAVAGYGPIEQLPDYNRIRS :..: : .:..: XP_005 RQVLATRSRKLPHELCTLIREYRRGSEGLPQASARLRGGRLALPQAVVGLWYVHHTQNLG 460 470 480 490 500 510 >>NP_003357 (OMIM: 191329,615160) cytochrome b-c1 comple (453 aa) initn: 190 init1: 190 opt: 370 Z-score: 450.4 bits: 92.7 E(85289): 2.4e-18 Smith-Waterman score: 379; 23.5% identity (57.6% similar) in 469 aa overlap (15-466:2-448) 10 20 30 40 50 pF1KE1 MAASVVCRAATAGAQVLLRA---RRSPALLRTPALRSTATFAQALQFVPETQVSLLDNGL ..: :: : .: .: ...::. : : . . . : ::: NP_003 MKLLTRAGSFSRFYSLKVAPKVKATAAPAGAPPQPQDLEFTKLPNGL 10 20 30 40 60 70 80 90 100 110 pF1KE1 RVASEQSSQPTCTVGVWIDVGSRFETEKNNGAGYFLEHLAFKGTKNRPGSALEKEVESMG .:: .. .:. .:..: .:::.: .: :. ..:. . ::. . . . .:..: NP_003 VIASLENYSPVSRIGLFIKAGSRYEDFSNLGTTHLLRLTSSLTTKGASSFKITRGIEAVG 50 60 70 80 90 100 120 130 140 150 160 170 pF1KE1 AHLNAYSTREHTAYYIKALSKDLPKAVELLGDIVQNCSLE-------DSQIEKERDVILR ..:.. .:::. :: .. : :. .:.: ... .. . :.. .. : .. NP_003 GKLSVTATRENMAYTVECLRGDVDILMEFLLNVTTAPEFRRWEVADLQPQLKIDKAVAFQ 110 120 130 140 150 160 180 190 200 210 220 230 pF1KE1 EMQENDASMRDVVFNYLHATAFQGTPLAQAVEGPSENVRKLSRADLTEYLSTHYKAPRMV . : . :.. :::.:.... ::. . :. . :.. .: ....:. . ::. NP_003 NPQTH-------VIENLHAAAYRNA-LANPLYCPDYRIGKVTSEELHYFVQNHFTSARMA 170 180 190 200 210 240 250 260 270 280 pF1KE1 LAAAGGVEHQQLLDLAQKHL---GGIPWTYAEDAVPTLTPCRFTGSEIRHRD-DALPFAH : . : : : : ..:.. : ::. . :. . :.:::... :.: .: NP_003 LIGLG-VSHPVLKQVAEQFLNMRGGLGLSGAK--------ANYRGGEIREQNGDSL--VH 220 230 240 250 260 290 300 310 320 330 340 pF1KE1 VAIAVEGPGWASPDNVALQVANAIIGHYDCTYGGGVHLSSPLASGAVANKLCQSFQT--F .:...:. .: . :..: . ..: . :. . .: : . :::. : :.. : NP_003 AAFVAESAVAGSAEANAFSVLQHVLGAGPHVKRGS-NTTSHLHQ-AVAKATQQPFDVSAF 270 280 290 300 310 320 350 360 370 380 390 400 pF1KE1 SICYAETGLLGAHFVCDRMKIDDMMFVLQGQWMRLCTSA-TESEVARGKNILRNALVSHL . :...::.: . . . :.. . .: . . ....: .:: :. . . . 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NP_001 KLP-HELCTLIRNVKPEDVKRVASKMLRGK-PAVAALGDLTDLPTYEHIQTALSSKDGRL 360 370 380 390 400 410 NP_001 PRTYRLFR 420 >>NP_001269873 (OMIM: 213200,613036) mitochondrial-proce (394 aa) initn: 230 init1: 97 opt: 180 Z-score: 220.2 bits: 49.9 E(85289): 1.6e-05 Smith-Waterman score: 364; 27.4% identity (58.5% similar) in 340 aa overlap (157-475:46-379) 130 140 150 160 170 180 pF1KE1 EHTAYYIKALSKDLPKAVELLGDIVQNCSLEDSQIEKERDVILREMQENDASMRD----V .: ..: : .. :.. : ..: . NP_001 WHFRLLLDLTAKMKFCLRWKSMGVSVTARHQDEEVEMTRMAVQFELE--DLNLRPDPEPL 20 30 40 50 60 70 190 200 210 220 230 240 pF1KE1 VFNYLHATAFQGTPLAQAVEGPSENVRKLSRADLTEYLSTHYKAPRMVLAAAGGVEHQQL . ...: .:.. . .. :.::: :..: : :: ..: :::::..: :::..: NP_001 LTEMIHEAAYRENTVGLHRFCPTENVAKINREVLHSYLRNYYTPDRMVLAGVG-VEHEHL 80 90 100 110 120 130 250 260 270 280 290 pF1KE1 LDLAQKHLGGI-P-WTYAEDAVPTLTPCRFTGSEIR-HRD--------DALP-FAHVAIA .: :.:.: :. : : :: . . ..::. . .:: .: ..:. .. 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NP_001 PTYEHIQTALSSKDGRLPRTYRLFR 370 380 390 >>XP_016870032 (OMIM: 213200,613036) PREDICTED: mitochon (343 aa) initn: 230 init1: 97 opt: 165 Z-score: 202.9 bits: 46.5 E(85289): 0.00015 Smith-Waterman score: 349; 28.4% identity (58.8% similar) in 306 aa overlap (187-475:27-328) 160 170 180 190 200 210 pF1KE1 EDSQIEKERDVILREMQENDASMRDVVFNYLHATAFQGTPLAQAVEGPSENVRKLSRADL .: .:.. . .. :.::: :..: : XP_016 MTRMAVQFELEDLNLRPDPEPLLTEMIHEAAYRENTVGLHRFCPTENVAKINREVL 10 20 30 40 50 220 230 240 250 260 270 pF1KE1 TEYLSTHYKAPRMVLAAAGGVEHQQLLDLAQKHLGGI-P-WTYAEDAVPTLTPCRFTGSE :: ..: :::::..: :::..:.: :.:.: :. : : :: . . ..::. 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