FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE1938, 480 aa 1>>>pF1KE1938 480 - 480 aa - 480 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.4262+/-0.000984; mu= 16.9683+/- 0.059 mean_var=64.8774+/-13.152, 0's: 0 Z-trim(104.2): 15 B-trim: 0 in 0/50 Lambda= 0.159231 statistics sampled from 7758 (7768) to 7758 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.61), E-opt: 0.2 (0.239), width: 16 Scan time: 2.680 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS2774.1 UQCRC1 gene_id:7384|Hs108|chr3 ( 480) 3190 741.9 3.4e-214 CCDS5730.1 PMPCB gene_id:9512|Hs108|chr7 ( 489) 1811 425.1 7.9e-119 CCDS35180.1 PMPCA gene_id:23203|Hs108|chr9 ( 525) 415 104.5 2.9e-22 CCDS10601.1 UQCRC2 gene_id:7385|Hs108|chr16 ( 453) 370 94.1 3.3e-19 >>CCDS2774.1 UQCRC1 gene_id:7384|Hs108|chr3 (480 aa) initn: 3190 init1: 3190 opt: 3190 Z-score: 3959.0 bits: 741.9 E(32554): 3.4e-214 Smith-Waterman score: 3190; 100.0% identity (100.0% similar) in 480 aa overlap (1-480:1-480) 10 20 30 40 50 60 pF1KE1 MAASVVCRAATAGAQVLLRARRSPALLRTPALRSTATFAQALQFVPETQVSLLDNGLRVA :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS27 MAASVVCRAATAGAQVLLRARRSPALLRTPALRSTATFAQALQFVPETQVSLLDNGLRVA 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 pF1KE1 SEQSSQPTCTVGVWIDVGSRFETEKNNGAGYFLEHLAFKGTKNRPGSALEKEVESMGAHL :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS27 SEQSSQPTCTVGVWIDVGSRFETEKNNGAGYFLEHLAFKGTKNRPGSALEKEVESMGAHL 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 pF1KE1 NAYSTREHTAYYIKALSKDLPKAVELLGDIVQNCSLEDSQIEKERDVILREMQENDASMR :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS27 NAYSTREHTAYYIKALSKDLPKAVELLGDIVQNCSLEDSQIEKERDVILREMQENDASMR 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 pF1KE1 DVVFNYLHATAFQGTPLAQAVEGPSENVRKLSRADLTEYLSTHYKAPRMVLAAAGGVEHQ :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS27 DVVFNYLHATAFQGTPLAQAVEGPSENVRKLSRADLTEYLSTHYKAPRMVLAAAGGVEHQ 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 pF1KE1 QLLDLAQKHLGGIPWTYAEDAVPTLTPCRFTGSEIRHRDDALPFAHVAIAVEGPGWASPD :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS27 QLLDLAQKHLGGIPWTYAEDAVPTLTPCRFTGSEIRHRDDALPFAHVAIAVEGPGWASPD 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 pF1KE1 NVALQVANAIIGHYDCTYGGGVHLSSPLASGAVANKLCQSFQTFSICYAETGLLGAHFVC :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS27 NVALQVANAIIGHYDCTYGGGVHLSSPLASGAVANKLCQSFQTFSICYAETGLLGAHFVC 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 420 pF1KE1 DRMKIDDMMFVLQGQWMRLCTSATESEVARGKNILRNALVSHLDGTTPVCEDIGRSLLTY :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS27 DRMKIDDMMFVLQGQWMRLCTSATESEVARGKNILRNALVSHLDGTTPVCEDIGRSLLTY 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 480 pF1KE1 GRRIPLAEWESRIAEVDASVVREICSKYIYDQCPAVAGYGPIEQLPDYNRIRSGMFWLRF :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS27 GRRIPLAEWESRIAEVDASVVREICSKYIYDQCPAVAGYGPIEQLPDYNRIRSGMFWLRF 430 440 450 460 470 480 >>CCDS5730.1 PMPCB gene_id:9512|Hs108|chr7 (489 aa) initn: 1816 init1: 922 opt: 1811 Z-score: 2246.8 bits: 425.1 E(32554): 7.9e-119 Smith-Waterman score: 1811; 57.6% identity (86.4% similar) in 448 aa overlap (32-479:42-488) 10 20 30 40 50 60 pF1KE1 AASVVCRAATAGAQVLLRARRSPALLRTPALRSTATFAQALQFVPETQVSLLDNGLRVAS :::: . .:.. ::::.:. :..:::::: CCDS57 SAARRRLWGFSESLLIRGAAGRSLYFGENRLRSTQAATQVVLNVPETRVTCLESGLRVAS 20 30 40 50 60 70 70 80 90 100 110 120 pF1KE1 EQSSQPTCTVGVWIDVGSRFETEKNNGAGYFLEHLAFKGTKNRPGSALEKEVESMGAHLN :.:. :::::.:::.:::.:.:::::...::::.::::::.: :: :.:.:::::: CCDS57 EDSGLSTCTVGLWIDAGSRYENEKNNGTAHFLEHMAFKGTKKRSQLDLELEIENMGAHLN 80 90 100 110 120 130 130 140 150 160 170 180 pF1KE1 AYSTREHTAYYIKALSKDLPKAVELLGDIVQNCSLEDSQIEKERDVILREMQENDASMRD ::..::.:.:: ::.:::::.:::.:.::.:: .: ...::.:: :::::::: ...... 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CCDS35 ALSSKDGRLPRTYRLFR 510 520 >>CCDS10601.1 UQCRC2 gene_id:7385|Hs108|chr16 (453 aa) initn: 190 init1: 190 opt: 370 Z-score: 458.3 bits: 94.1 E(32554): 3.3e-19 Smith-Waterman score: 379; 23.5% identity (57.6% similar) in 469 aa overlap (15-466:2-448) 10 20 30 40 50 pF1KE1 MAASVVCRAATAGAQVLLRA---RRSPALLRTPALRSTATFAQALQFVPETQVSLLDNGL ..: :: : .: .: ...::. : : . . . : ::: CCDS10 MKLLTRAGSFSRFYSLKVAPKVKATAAPAGAPPQPQDLEFTKLPNGL 10 20 30 40 60 70 80 90 100 110 pF1KE1 RVASEQSSQPTCTVGVWIDVGSRFETEKNNGAGYFLEHLAFKGTKNRPGSALEKEVESMG .:: .. .:. .:..: .:::.: .: :. ..:. . ::. . . . .:..: CCDS10 VIASLENYSPVSRIGLFIKAGSRYEDFSNLGTTHLLRLTSSLTTKGASSFKITRGIEAVG 50 60 70 80 90 100 120 130 140 150 160 170 pF1KE1 AHLNAYSTREHTAYYIKALSKDLPKAVELLGDIVQNCSLE-------DSQIEKERDVILR ..:.. .:::. :: .. : :. .:.: ... .. . :.. .. : .. CCDS10 GKLSVTATRENMAYTVECLRGDVDILMEFLLNVTTAPEFRRWEVADLQPQLKIDKAVAFQ 110 120 130 140 150 160 180 190 200 210 220 230 pF1KE1 EMQENDASMRDVVFNYLHATAFQGTPLAQAVEGPSENVRKLSRADLTEYLSTHYKAPRMV . : . :.. :::.:.... ::. . :. . :.. .: ....:. . ::. CCDS10 NPQTH-------VIENLHAAAYRNA-LANPLYCPDYRIGKVTSEELHYFVQNHFTSARMA 170 180 190 200 210 240 250 260 270 280 pF1KE1 LAAAGGVEHQQLLDLAQKHL---GGIPWTYAEDAVPTLTPCRFTGSEIRHRD-DALPFAH : . : : : : ..:.. : ::. . :. . :.:::... :.: .: CCDS10 LIGLG-VSHPVLKQVAEQFLNMRGGLGLSGAK--------ANYRGGEIREQNGDSL--VH 220 230 240 250 260 290 300 310 320 330 340 pF1KE1 VAIAVEGPGWASPDNVALQVANAIIGHYDCTYGGGVHLSSPLASGAVANKLCQSFQT--F .:...:. .: . :..: . ..: . :. . .: : . :::. : :.. : CCDS10 AAFVAESAVAGSAEANAFSVLQHVLGAGPHVKRGS-NTTSHLHQ-AVAKATQQPFDVSAF 270 280 290 300 310 320 350 360 370 380 390 400 pF1KE1 SICYAETGLLGAHFVCDRMKIDDMMFVLQGQWMRLCTSA-TESEVARGKNILRNALVSHL . :...::.: . . . :.. . .: . . ....: .:: :. . . . CCDS10 NASYSDSGLFGIYTISQATAAGDVIKAAYNQVKTIAQGNLSNTDVQAAKNKLKAGYLMSV 330 340 350 360 370 380 410 420 430 440 450 460 pF1KE1 DGTTPVCEDIGRSLLTYGRRIPLAEWESRIAEVDASVVREICSKYIYDQCPAVAGYGPIE ... :..: . :. : .: . ..: : . . . .:.. : ..:. : . CCDS10 ESSECFLEEVGSQALVAGSYMPPSTVLQQIDSVANADIINAAKKFVSGQ-KSMAASGNLG 390 400 410 420 430 440 470 480 pF1KE1 QLPDYNRIRSGMFWLRF . : CCDS10 HTPFVDEL 450 480 residues in 1 query sequences 18511270 residues in 32554 library sequences Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc) start: Sun Nov 6 17:48:16 2016 done: Sun Nov 6 17:48:17 2016 Total Scan time: 2.680 Total Display time: 0.030 Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]