FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE2573, 775 aa 1>>>pF1KE2573 775 - 775 aa - 775 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.1103+/-0.000816; mu= 18.4718+/- 0.050 mean_var=110.8057+/-21.810, 0's: 0 Z-trim(111.6): 23 B-trim: 9 in 1/50 Lambda= 0.121841 statistics sampled from 12463 (12478) to 12463 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.717), E-opt: 0.2 (0.383), width: 16 Scan time: 4.690 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS2443.1 CHPF gene_id:79586|Hs108|chr2 ( 775) 5259 935.4 0 CCDS56169.1 CHPF gene_id:79586|Hs108|chr2 ( 613) 4173 744.5 1.2e-214 CCDS64803.1 CHPF2 gene_id:54480|Hs108|chr7 ( 764) 2330 420.6 4.8e-117 CCDS34779.1 CHPF2 gene_id:54480|Hs108|chr7 ( 772) 2330 420.6 4.8e-117 CCDS10390.1 CHSY1 gene_id:22856|Hs108|chr15 ( 802) 470 93.6 1.3e-18 >>CCDS2443.1 CHPF gene_id:79586|Hs108|chr2 (775 aa) initn: 5259 init1: 5259 opt: 5259 Z-score: 4997.3 bits: 935.4 E(32554): 0 Smith-Waterman score: 5259; 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99.8% identity (100.0% similar) in 613 aa overlap (163-775:1-613) 140 150 160 170 180 190 pF1KE2 LGVAVNRTLGHRLERVVFLTGARGRRAPPGMAVVTLGEERPIGHLHLALRHLLEQHGDDF :::::::::::::::::::::::::::::: CCDS56 MAVVTLGEERPIGHLHLALRHLLEQHGDDF 10 20 30 200 210 220 230 240 250 pF1KE2 DWFFLVPDTTYTEAHGLARLTGHLSLASAAHLYLGRPQDFIGGEPTPGRYCHGGFGVLLS :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS56 DWFFLVPDTTYTEAHGLARLTGHLSLASAAHLYLGRPQDFIGGEPTPGRYCHGGFGVLLS 40 50 60 70 80 90 260 270 280 290 300 310 pF1KE2 RMLLQQLRPHLEGCRNDIVSARPDEWLGRCILDATGVGCTGDHEGVHYSHLELSPGEPVQ :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS56 RMLLQQLRPHLEGCRNDIVSARPDEWLGRCILDATGVGCTGDHEGVHYSHLELSPGEPVQ 100 110 120 130 140 150 320 330 340 350 360 370 pF1KE2 EGDPHFRSALTAHPVRDPVHMYQLHKAFARAELERTYQEIQELQWEIQNTSHLAVDGDRA ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.: CCDS56 EGDPHFRSALTAHPVRDPVHMYQLHKAFARAELERTYQEIQELQWEIQNTSHLAVDGDQA 160 170 180 190 200 210 380 390 400 410 420 430 pF1KE2 AAWPVGIPAPSRPASRFEVLRWDYFTEQHAFSCADGSPRCPLRGADRADVADVLGTALEE :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS56 AAWPVGIPAPSRPASRFEVLRWDYFTEQHAFSCADGSPRCPLRGADRADVADVLGTALEE 220 230 240 250 260 270 440 450 460 470 480 490 pF1KE2 LNRRYHPALRLQKQQLVNGYRRFDPARGMEYTLDLQLEALTPQGGRRPLTRRVQLLRPLS :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS56 LNRRYHPALRLQKQQLVNGYRRFDPARGMEYTLDLQLEALTPQGGRRPLTRRVQLLRPLS 280 290 300 310 320 330 500 510 520 530 540 550 pF1KE2 RVEILPVPYVTEASRLTVLLPLAAAERDLAPGFLEAFATAALEPGDAAAALTLLLLYEPR :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS56 RVEILPVPYVTEASRLTVLLPLAAAERDLAPGFLEAFATAALEPGDAAAALTLLLLYEPR 340 350 360 370 380 390 560 570 580 590 600 610 pF1KE2 QAQRVAHADVFAPVKAHVAELERRFPGARVPWLSVQTAAPSPLRLMDLLSKKHPLDTLFL :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS56 QAQRVAHADVFAPVKAHVAELERRFPGARVPWLSVQTAAPSPLRLMDLLSKKHPLDTLFL 400 410 420 430 440 450 620 630 640 650 660 670 pF1KE2 LAGPDTVLTPDFLNRCRMHAISGWQAFFPMHFQAFHPAVAPPQGPGPPELGRDTGRFDRQ :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS56 LAGPDTVLTPDFLNRCRMHAISGWQAFFPMHFQAFHPAVAPPQGPGPPELGRDTGRFDRQ 460 470 480 490 500 510 680 690 700 710 720 730 pF1KE2 AASEACFYNSDYVAARGRLAAASEQEEELLESLDVYELFLHFSSLHVLRAVEPALLQRYR :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS56 AASEACFYNSDYVAARGRLAAASEQEEELLESLDVYELFLHFSSLHVLRAVEPALLQRYR 520 530 540 550 560 570 740 750 760 770 pF1KE2 AQTCSARLSEDLYHRCLQSVLEGLGSRTQLAMLLFEQEQGNST ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS56 AQTCSARLSEDLYHRCLQSVLEGLGSRTQLAMLLFEQEQGNST 580 590 600 610 >>CCDS64803.1 CHPF2 gene_id:54480|Hs108|chr7 (764 aa) initn: 2574 init1: 1003 opt: 2330 Z-score: 2214.9 bits: 420.6 E(32554): 4.8e-117 Smith-Waterman score: 2798; 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CCDS64 MLSLARPPLPPT---GLRTSLSLLRVSWIQ---GEGE----DPCVEAVGERGGPQ 10 20 30 40 70 80 90 100 110 120 pF1KE2 RPNSVQPGAEREKPGAGEGAGENWEPRVLPYHPAQPGQAAKKAVRTRYISTELGIRQRLL :.: : . . . :...::..::. .:.. ::..:::::.:::: :.::: CCDS64 NPDS------RARL---DQSDEDFKPRIVPYY-RDPNKPYKKVLRTRYIQTELGSRERLL 50 60 70 80 90 130 140 150 160 170 180 pF1KE2 VAVLTSQTTLPTLGVAVNRTLGHRLERVVFLTGARGRRAPPGMAVVTLGEERPIGHLHLA ::::::..:: ::.::::::..:.. :....:: :: ::: :: ::. :.::: . . CCDS64 VAVLTSRATLSTLAVAVNRTVAHHFPRLLYFTGQRGARAPAGMQVVSHGDERPAWLMSET 100 110 120 130 140 150 190 200 210 220 230 pF1KE2 LRHLLEQHGDDFDWFFLVPDTTYTEAHGLARLTGHLSLASAAHLYLGRPQDFIG-GEPTP :::: . : :.::::.. : ::..: :: :.::::. . ::::: ..::: :: CCDS64 LRHLHTHFGADYDWFFIMQDDTYVQAPRLAALAGHLSINQ--DLYLGRAEEFIGAGEQ-- 160 170 180 190 200 210 240 250 260 270 280 290 pF1KE2 GRYCHGGFGVLLSRMLLQQLRPHLEGCRNDIVSARPDEWLGRCILDATGVGCTGDHEGVH .:::::::: :::: :: .:::::.:::.::.:::::::::::..:. ::::...:.: . CCDS64 ARYCHGGFGYLLSRSLLLRLRPHLDGCRGDILSARPDEWLGRCLIDSLGVGCVSQHQGQQ 220 230 240 250 260 270 300 310 320 330 340 350 pF1KE2 YSHLELSPG-EPVQEGDPHFRSALTAHPVRDPVHMYQLHKAFARAELERTYQEIQELQWE : .::. . .: .::. : ::...::: . . ::.::: :. ::::.:.::..:: . CCDS64 YRSFELAKNRDPEKEGSSAFLSAFAVHPVSEGTLMYRLHKRFSALELERAYSEIEQLQAQ 280 290 300 310 320 330 360 370 380 390 400 410 pF1KE2 IQNTSHLAVDGDRAAAWPVGIPAPSRPASRFEVLRWDYFTEQHAFSCADGSPRCPLRGAD :.: . :. .:. . .::::.::: : :::::: ::::::::.::::::.:.:::.::. CCDS64 IRNLTVLTPEGEAGLSWPVGLPAPFTPHSRFEVLGWDYFTEQHTFSCADGAPKCPLQGAS 340 350 360 370 380 390 420 430 440 450 460 470 pF1KE2 RADVADVLGTALEELNRRYHPALRLQKQQLVNGYRRFDPARGMEYTLDLQLEALTPQGGR ::::.:.: ::::.:::::.: ::.:::.:.:::::::::::::::::: :: .: .: : CCDS64 RADVGDALETALEQLNRRYQPRLRFQKQRLLNGYRRFDPARGMEYTLDLLLECVTQRGHR 400 410 420 430 440 450 480 490 500 510 520 530 pF1KE2 RPLTRRVQLLRPLSRVEILPVPYVTEASRLTVLLPLAAAERDLAPGFLEAFATAALEPGD : :.:::.::::::::::::.::::::.:. ..::: .:: ::.::::::. .::: . CCDS64 RALARRVSLLRPLSRVEILPMPYVTEATRVQLVLPLLVAEAAAAPAFLEAFAANVLEPRE 460 470 480 490 500 510 540 550 560 570 580 590 pF1KE2 AAAALTLLLLYEPRQAQRVAHADVFAPVKAHVAELERRFPGARVPWLSVQTAAPSPLRLM : :::::.: ::.. : : : : ::: .::::::.::.:. ::.:.. ::: .::: CCDS64 HAL-LTLLLVYGPREGGRGA-PDPFLGVKAAAAELERRYPGTRLAWLAVRAEAPSQVRLM 520 530 540 550 560 600 610 620 630 640 650 pF1KE2 DLLSKKHPLDTLFLLAGPDTVLTPDFLNRCRMHAISGWQAFFPMHFQAFHPAVAPPQGP- :..:::::.::::.:. : :. ::::::.::::::::::.::: :.::..: ..: CCDS64 DVVSKKHPVDTLFFLTTVWTRPGPEVLNRCRMNAISGWQAFFPVHFQEFNPALSPQRSPP 570 580 590 600 610 620 660 670 680 690 700 pF1KE2 GPPELGRDT---------------GRFDRQAASEACFYNSDYVAARGRLAA--ASEQEEE ::: : : :::::::..:.::::.::.:::.:::. :...::: CCDS64 GPPGAGPDPPSPPGADPSRGAPIGGRFDRQASAEGCFYNADYLAARARLAGELAGQEEEE 630 640 650 660 670 680 710 720 730 740 750 760 pF1KE2 LLESLDVYELFLHFSSLHVLRAVEPALLQRYRAQTCSARLSEDLYHRCLQSVLEGLGSRT ::.:.:...::.::.::..:::::.:.:.. . :: ::::.::::: : :::::.:. CCDS64 ALEGLEVMDVFLRFSGLHLFRAVEPGLVQKFSLRDCSPRLSEELYHRCRLSNLEGLGGRA 690 700 710 720 730 740 770 pF1KE2 QLAMLLFEQEQGNST :::: ::::::.::: CCDS64 QLAMALFEQEQANST 750 760 >>CCDS34779.1 CHPF2 gene_id:54480|Hs108|chr7 (772 aa) initn: 2695 init1: 1003 opt: 2330 Z-score: 2214.8 bits: 420.6 E(32554): 4.8e-117 Smith-Waterman score: 2869; 56.9% identity (78.7% similar) in 795 aa overlap (1-775:1-772) 10 20 30 40 50 60 pF1KE2 MRASLLLSVLRPAGPVAVGISLGFTLSLLSVTWVEEPCGPGPPQPGDSELPPRGNTNAAR :: : ::..:::: :. .:.::: .:::: :.:.. : : : . :. .. . CCDS34 MRLSSLLALLRPALPLILGLSLGCSLSLLRVSWIQ---GEGE----DPCVEAVGERGGPQ 10 20 30 40 50 70 80 90 100 110 120 pF1KE2 RPNSVQPGAEREKPGAGEGAGENWEPRVLPYHPAQPGQAAKKAVRTRYISTELGIRQRLL :.: : . .. :...::..::. .:.. ::..:::::.:::: :.::: CCDS34 NPDS------RARLDQSD---EDFKPRIVPYY-RDPNKPYKKVLRTRYIQTELGSRERLL 60 70 80 90 100 130 140 150 160 170 180 pF1KE2 VAVLTSQTTLPTLGVAVNRTLGHRLERVVFLTGARGRRAPPGMAVVTLGEERPIGHLHLA ::::::..:: ::.::::::..:.. :....:: :: ::: :: ::. :.::: . . CCDS34 VAVLTSRATLSTLAVAVNRTVAHHFPRLLYFTGQRGARAPAGMQVVSHGDERPAWLMSET 110 120 130 140 150 160 190 200 210 220 230 pF1KE2 LRHLLEQHGDDFDWFFLVPDTTYTEAHGLARLTGHLSLASAAHLYLGRPQDFIG-GEPTP :::: . : :.::::.. : ::..: :: :.::::. . ::::: ..::: :: . CCDS34 LRHLHTHFGADYDWFFIMQDDTYVQAPRLAALAGHLSINQ--DLYLGRAEEFIGAGEQA- 170 180 190 200 210 220 240 250 260 270 280 290 pF1KE2 GRYCHGGFGVLLSRMLLQQLRPHLEGCRNDIVSARPDEWLGRCILDATGVGCTGDHEGVH :::::::: :::: :: .:::::.:::.::.:::::::::::..:. ::::...:.: . CCDS34 -RYCHGGFGYLLSRSLLLRLRPHLDGCRGDILSARPDEWLGRCLIDSLGVGCVSQHQGQQ 230 240 250 260 270 300 310 320 330 340 350 pF1KE2 YSHLELSPG-EPVQEGDPHFRSALTAHPVRDPVHMYQLHKAFARAELERTYQEIQELQWE : .::. . .: .::. : ::...::: . . ::.::: :. ::::.:.::..:: . CCDS34 YRSFELAKNRDPEKEGSSAFLSAFAVHPVSEGTLMYRLHKRFSALELERAYSEIEQLQAQ 280 290 300 310 320 330 360 370 380 390 400 410 pF1KE2 IQNTSHLAVDGDRAAAWPVGIPAPSRPASRFEVLRWDYFTEQHAFSCADGSPRCPLRGAD :.: . :. .:. . .::::.::: : :::::: ::::::::.::::::.:.:::.::. CCDS34 IRNLTVLTPEGEAGLSWPVGLPAPFTPHSRFEVLGWDYFTEQHTFSCADGAPKCPLQGAS 340 350 360 370 380 390 420 430 440 450 460 470 pF1KE2 RADVADVLGTALEELNRRYHPALRLQKQQLVNGYRRFDPARGMEYTLDLQLEALTPQGGR ::::.:.: ::::.:::::.: ::.:::.:.:::::::::::::::::: :: .: .: : CCDS34 RADVGDALETALEQLNRRYQPRLRFQKQRLLNGYRRFDPARGMEYTLDLLLECVTQRGHR 400 410 420 430 440 450 480 490 500 510 520 530 pF1KE2 RPLTRRVQLLRPLSRVEILPVPYVTEASRLTVLLPLAAAERDLAPGFLEAFATAALEPGD : :.:::.::::::::::::.::::::.:. ..::: .:: ::.::::::. .::: . CCDS34 RALARRVSLLRPLSRVEILPMPYVTEATRVQLVLPLLVAEAAAAPAFLEAFAANVLEPRE 460 470 480 490 500 510 540 550 560 570 580 590 pF1KE2 AAAALTLLLLYEPRQAQRVAHADVFAPVKAHVAELERRFPGARVPWLSVQTAAPSPLRLM : :::::.: ::.. : : : : ::: .::::::.::.:. ::.:.. ::: .::: CCDS34 HAL-LTLLLVYGPREGGRGA-PDPFLGVKAAAAELERRYPGTRLAWLAVRAEAPSQVRLM 520 530 540 550 560 570 600 610 620 630 640 650 pF1KE2 DLLSKKHPLDTLFLLAGPDTVLTPDFLNRCRMHAISGWQAFFPMHFQAFHPAVAPPQGP- :..:::::.::::.:. : :. ::::::.::::::::::.::: :.::..: ..: CCDS34 DVVSKKHPVDTLFFLTTVWTRPGPEVLNRCRMNAISGWQAFFPVHFQEFNPALSPQRSPP 580 590 600 610 620 630 660 670 680 690 700 pF1KE2 GPPELGRDT---------------GRFDRQAASEACFYNSDYVAARGRLAA--ASEQEEE ::: : : :::::::..:.::::.::.:::.:::. :...::: CCDS34 GPPGAGPDPPSPPGADPSRGAPIGGRFDRQASAEGCFYNADYLAARARLAGELAGQEEEE 640 650 660 670 680 690 710 720 730 740 750 760 pF1KE2 LLESLDVYELFLHFSSLHVLRAVEPALLQRYRAQTCSARLSEDLYHRCLQSVLEGLGSRT ::.:.:...::.::.::..:::::.:.:.. . :: ::::.::::: : :::::.:. CCDS34 ALEGLEVMDVFLRFSGLHLFRAVEPGLVQKFSLRDCSPRLSEELYHRCRLSNLEGLGGRA 700 710 720 730 740 750 770 pF1KE2 QLAMLLFEQEQGNST :::: ::::::.::: CCDS34 QLAMALFEQEQANST 760 770 >>CCDS10390.1 CHSY1 gene_id:22856|Hs108|chr15 (802 aa) initn: 395 init1: 150 opt: 470 Z-score: 447.6 bits: 93.6 E(32554): 1.3e-18 Smith-Waterman score: 648; 25.5% identity (54.7% similar) in 717 aa overlap (114-768:80-783) 90 100 110 120 130 140 pF1KE2 WEPRVLPYHPAQPGQAAKKAVRTRYISTELGIRQR--LLVAVLTSQTTLPTLGVAVNRTL : :.: :.:.:.:.: : : .::. :: CCDS10 SGQAAASQAGGARGDARGAQLWPPGSDPDGGPRDRNFLFVGVMTAQKYLQTRAVAAYRTW 50 60 70 80 90 100 150 160 170 180 190 pF1KE2 GHRLERVVFLTGARGRRAPPGMAVVTL-GEER---PIGHLHLALRHLLEQHGDDFDWFFL .. . : . ...: . . :: : : . : . . :... ... : ..::. CCDS10 SKTIPGKVQFFSSEGSDTSVPIPVVPLRGVDDSYPPQKKSFMMLKYMHDHYLDKYEWFMR 110 120 130 140 150 160 200 210 220 230 240 250 pF1KE2 VPDTTYTEAHGLARLTGHL-SLASAAHLYLGRP----QDFIGGEPT-PGR-YCHGGFGVL . : .: .. :: . : :: :. :.::. . .: ::. .: :: ::. 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