FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE2075, 739 aa 1>>>pF1KE2075 739 - 739 aa - 739 aa Library: /omim/omim.rfq.tfa 60827320 residues in 85289 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 10.1628+/-0.000732; mu= -5.4098+/- 0.045 mean_var=289.5337+/-58.328, 0's: 0 Z-trim(109.6): 361 B-trim: 33 in 1/53 Lambda= 0.075375 statistics sampled from 17403 (17808) to 17403 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.544), E-opt: 0.2 (0.209), width: 16 Scan time: 11.290 The best scores are: opt bits E(85289) NP_001069 (OMIM: 192225) vascular cell adhesion pr ( 739) 4801 537.5 7.3e-152 NP_001186763 (OMIM: 192225) vascular cell adhesion ( 677) 4062 457.1 1.1e-127 NP_542413 (OMIM: 192225) vascular cell adhesion pr ( 647) 2309 266.5 2.5e-70 XP_016857926 (OMIM: 603075,608548) PREDICTED: hemi (4976) 401 59.7 3.4e-07 XP_011508340 (OMIM: 603075,608548) PREDICTED: hemi (5518) 401 59.7 3.7e-07 NP_114141 (OMIM: 603075,608548) hemicentin-1 precu (5635) 401 59.7 3.7e-07 XP_006713145 (OMIM: 609938) PREDICTED: cell adhesi ( 395) 334 51.5 7.6e-06 XP_016861552 (OMIM: 609938) PREDICTED: cell adhesi ( 397) 334 51.6 7.6e-06 NP_001161147 (OMIM: 609938) cell adhesion molecule ( 404) 334 51.6 7.7e-06 XP_006713144 (OMIM: 609938) PREDICTED: cell adhesi ( 435) 334 51.6 8.1e-06 NP_001161146 (OMIM: 609938) cell adhesion molecule ( 435) 334 51.6 8.1e-06 NP_694854 (OMIM: 609938) cell adhesion molecule 2 ( 437) 334 51.6 8.2e-06 XP_016861551 (OMIM: 609938) PREDICTED: cell adhesi ( 449) 334 51.6 8.3e-06 NP_001243434 (OMIM: 609938) cell adhesion molecule ( 287) 301 47.9 7.1e-05 NP_001243433 (OMIM: 609938) cell adhesion molecule ( 287) 301 47.9 7.1e-05 NP_001243432 (OMIM: 609938) cell adhesion molecule ( 327) 301 47.9 7.9e-05 NP_001243431 (OMIM: 609938) cell adhesion molecule ( 327) 301 47.9 7.9e-05 NP_001106970 (OMIM: 611128) MAM domain-containing ( 956) 286 46.6 0.00055 XP_011534821 (OMIM: 611128) PREDICTED: MAM domain- ( 980) 286 46.6 0.00056 NP_001333012 (OMIM: 190197,615400) contactin-2 pre (1040) 280 46.0 0.00093 NP_005067 (OMIM: 190197,615400) contactin-2 precur (1040) 280 46.0 0.00093 XP_016857688 (OMIM: 190197,615400) PREDICTED: cont (1182) 280 46.0 0.001 XP_016857687 (OMIM: 190197,615400) PREDICTED: cont (1187) 280 46.0 0.001 XP_011515761 (OMIM: 615904) PREDICTED: peroxidasin ( 757) 265 44.3 0.0023 XP_016873418 (OMIM: 607219) PREDICTED: contactin-5 ( 573) 258 43.4 0.0031 NP_001230200 (OMIM: 607219) contactin-5 isoform 3 ( 911) 262 44.0 0.0033 XP_011541175 (OMIM: 607219) PREDICTED: contactin-5 ( 647) 258 43.5 0.0034 XP_016873416 (OMIM: 607219) PREDICTED: contactin-5 ( 647) 258 43.5 0.0034 XP_016873417 (OMIM: 607219) PREDICTED: contactin-5 ( 647) 258 43.5 0.0034 NP_780775 (OMIM: 607219) contactin-5 isoform 2 pre (1026) 262 44.0 0.0036 XP_011541173 (OMIM: 607219) PREDICTED: contactin-5 (1026) 262 44.0 0.0036 NP_001230199 (OMIM: 607219) contactin-5 isoform 1 (1100) 262 44.1 0.0038 XP_016873415 (OMIM: 607219) PREDICTED: contactin-5 (1100) 262 44.1 0.0038 NP_055176 (OMIM: 607219) contactin-5 isoform 1 pre (1100) 262 44.1 0.0038 NP_705691 (OMIM: 609626) MAM domain-containing gly ( 955) 251 42.8 0.0077 XP_016866223 (OMIM: 609626) PREDICTED: MAM domain- ( 961) 251 42.8 0.0078 XP_011527635 (OMIM: 600751) PREDICTED: sialoadhesi (1173) 253 43.1 0.0078 XP_006715119 (OMIM: 609626) PREDICTED: MAM domain- ( 973) 251 42.8 0.0079 XP_011527634 (OMIM: 600751) PREDICTED: sialoadhesi (1506) 253 43.2 0.0094 XP_011527633 (OMIM: 600751) PREDICTED: sialoadhesi (1620) 253 43.2 0.01 >>NP_001069 (OMIM: 192225) vascular cell adhesion protei (739 aa) initn: 4801 init1: 4801 opt: 4801 Z-score: 2847.5 bits: 537.5 E(85289): 7.3e-152 Smith-Waterman score: 4801; 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XP_011 TCTASGVPFPSIHWTKNGIRLLPRGDGYRILSSGAIEILATQLNHAGRYTCVARNAAGSA 3920 3930 3940 3950 3960 3970 590 600 610 620 630 640 pF1KE2 RKEVELIIQVTPKDIKLTAFPSE-SVKEGDTVIISCTCGNVPETWIILKKKAETGDT--- ...: : .. : . ::: : .. ... : ..: .: .:.. . .: XP_011 HRHVTLHVHEPP---VIQPQPSELHVILNNPILLPCEATGTPSPFITWQKEGINVNTSGR 3980 3990 4000 4010 4020 4030 650 660 670 680 690 700 pF1KE2 ---VLKSIDGAYTIRKAQLKDAGVYECESKNKVGSQLRSLTLDVQGRENNKDYFSPELLV :: : :. : .: .:::.: : ..: .:. : XP_011 NHAVLPS--GGLQISRAVREDAGTYMCVAQNPAGTALGKIKLNVQVPPVISPHLKEYVIA 4040 4050 4060 4070 4080 4090 710 720 730 pF1KE2 LYFASSLIIPAIGMIIYFARKANMKGSYSLVEAQKSKV XP_011 VDKPITLSCEADGLPPPDITWHKDGRAIVESIRQRVLSSGSLQIAFVQPGDAGHYTCMAA 4100 4110 4120 4130 4140 4150 >>NP_114141 (OMIM: 603075,608548) hemicentin-1 precursor (5635 aa) initn: 370 init1: 126 opt: 401 Z-score: 249.5 bits: 59.7 E(85289): 3.7e-07 Smith-Waterman score: 494; 24.5% identity (51.3% similar) in 731 aa overlap (5-697:592-1270) 10 20 30 pF1KE2 MPGKMVVILGASNILWIMFAASQAFKIETTPESR :: :.:. ....... :. . :... NP_114 LAEPARIRTLANLSLELKSVKFNDAGEYHCMVSSEGGSSAASVFLTVQEPPKVTVMPKNQ 570 580 590 600 610 620 40 50 60 70 80 90 pF1KE2 YLAQIGDSVSLTCSTTGCESPFFSWRTQIDSPLNG----KVTNEGTTSTLTMNPVSFGNE .. :. ::. ::.:: .: ..: : : . : ..:..:: . : . : NP_114 SFTG-GSEVSIMCSATGYPKPKIAW-TVNDMFIVGSHRYRMTSDGTLFIKNAAPKDAGI- 630 640 650 660 670 100 110 120 130 140 150 pF1KE2 HSYLCTATCESRKLEKGIQVEIYSFPKDPEIHLSGPLEAGKPITVKCSVADVYPFDRLEI : : :. . ... .. :: .. . : ...:... . : .. NP_114 --YGCLASNSAGTDKQNSTLRYIEAPKLMVVQSELLVALGDITVMECKTSGIPPP---QV 680 690 700 710 720 730 160 170 180 190 200 210 pF1KE2 DLLKGDHLMKSQEFLEDADRKSLETKSLEVTFTPVIEDIGKVLVCRAKLHIDEMDSVPTV .::: .. . :: .: :.. : . : : .: : :.: NP_114 KWFKGDLELRPSTFLIIDPLLGL----LKIQETQDL-DAGDY-TCVA---INEAG----- 740 750 760 770 220 230 240 250 260 pF1KE2 RQAVKELQVYISPKNTVISVNPSTKLQEGGSVTMTCSSEGLPAPEIFWSKKLDN------ .:. .. . .. . :. ..... :..::. : .: : : : : ..::: NP_114 -RATGKITLDVGSPPVFIQEPADVSMEIGSNVTLPCYVQGYPEPTIKW-RRLDNMPIFSR 780 790 800 810 820 830 270 280 290 300 310 pF1KE2 ----GNLQHLSGNATLTLIAMRMEDSGIYVCEGVNLIGKNRKEVELIVQE--KPFTVEIS .....: .: : .. . :.: :.::. : .:: ..:. . : :. :. NP_114 PFSVSSISQLRTGA-LFILNLWASDKGTYICEAENQFGKIQSETTVTVTGLVAPL---IG 840 850 860 870 880 890 320 330 340 350 360 370 pF1KE2 PGPRIAAQI-GDSVMLTCSVM-GCESPSFSWRTQ----IDSPLSGKVRSEGTNSTLTLSP .: .: : :... : :... : : : . ...: :::.:. : . NP_114 ISPSVANVIEGQQLTLPCTLLAGNPIPERRWIKNSAMLLQNPYI-TVRSDGS---LHIER 900 910 920 930 940 380 390 400 410 420 430 pF1KE2 VSFENEHSYLCTVTCGHKKLEKGIQVELYSFPRDPEIEMSGGLVNGSSVTVSCKVPSVYP :.... : :... .: .: .. .: . .. . ..: ::. ::. : : NP_114 VQLQDGGEYTCVASNVAGTNNKTTSVVVHVLPTIQHGQQILSTIEGIPVTLPCKA-SGNP 950 960 970 980 990 1000 440 450 460 470 480 490 pF1KE2 LDRLEIELLKGETI-LENIEFLEDTDMKSLENKSLEMTFIPTIEDTGKALVCQAKLHIDD . : ::: : . .: .: :: : : :..:. :: : . 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NP_114 KSDDHVNIAANGHTLQIKEAQISDTGRYTCVASNIAGEDELDFDVNIQVPPSFQKLWEIG 2720 2730 2740 2750 2760 2770 130 140 150 160 170 pF1KE2 GPLEAGK-----------PITVKCSVADVYPFDRLEIDLLKGDHLMKSQEFLEDADRKSL . :..:. ::.. : . . : . : : . :.. : : NP_114 NMLDTGRNGEAKDVIINNPISLYCETNAAPPP---TLTWYKDGHPLTSSD-------KVL 2780 2790 2800 2810 2820 180 190 200 210 220 pF1KE2 ETKSLEVTFTPV--IEDIGKVLVCRAKLHIDEMDSV---------PTVRQAVKELQVYIS . .: : .:: :. .: : . : ::. : .. : ..: NP_114 ILPGGRVLQIPRAKVEDAGRY-TCVAVNEAGE-DSLQYDVRVLVPPIIKGANSDL----- 2830 2840 2850 2860 2870 230 240 250 260 270 pF1KE2 PKNTVISVNPSTKLQEGGSVTMTCSSEGLPAPEIFWSKK----LDNGNLQHLSGNATLTL :..... :: :. .. : : : :::. :.: :.. . . ::.. : . NP_114 PEEVTVLVNKSALIE--------CLSSGSPAPRNSWQKDGQPLLEDDHHKFLSNGRILQI 2880 2890 2900 2910 2920 2930 280 290 300 310 320 330 pF1KE2 IAMRMEDSGIYVCEGVNLIGKNRKEVELIVQEKPFTVEISPGPR---IAAQIGDSVMLTC . .. : : ::: . : :. .: .: :. : .. ::. ... ... . ::: NP_114 LNTQITDIGRYVCVAENTAGSAKKYFNLNVHVPPSVI----GPKSENLTVVVNNFISLTC 2940 2950 2960 2970 2980 340 350 360 370 380 390 pF1KE2 SVMGCESPSFSWRTQIDSPLSGKVRSEGTNSTLTLSPV--SFENEHSYLCTVTCGHKKLE : : :..:: . ..:.. .. . . . ::. . . . : : . . . NP_114 EVSGFPPPDLSW-LKNEQPIKLNTNTLIVPGGRTLQIIRAKVSDGGEYTCIAINQAGESK 2990 3000 3010 3020 3030 3040 400 410 420 430 440 pF1KE2 KGIQVELYSFP--RDPEIEMSGGLVN---GSSVTVSCKVPSVYPLDRLEIELLK-GETIL : ... .: : .: . : : ..:: :.::.. :. .: : : : :. : NP_114 KKFSLTVYVPPSIKDHDSE-SLSVVNVREGTSVSLECESNAVPPP---VITWYKNGRMIT 3050 3060 3070 3080 3090 3100 450 460 470 480 490 500 pF1KE2 EN--IEFLEDTDMKSLENKSLEMTFIPTIEDTGKALVCQAKLHI---DDMEFEPKQRQST :. .:.: : .: :. :. :.. :::. ::.: ... :: .:. NP_114 ESTHVEILADGQM--LHIKKAEVS------DTGQ-YVCRA-INVAGRDDKNFH------- 3110 3120 3130 3140 510 520 530 540 550 pF1KE2 QTLYVNVAPRDTTVLVSPSS--ILEEGSS-VNMTCLSQGFPAPKILW---SRQLPNG--- : : : : . .: :.: :. :..:: . :.: : : : ... :. NP_114 --LNVYVPPS----IEGPEREVIVETISNPVTLTCDATGIPPPTIAWLKNHKRIENSDSL 3150 3160 3170 3180 3190 560 570 580 590 600 610 pF1KE2 ELQPLSENATLTLISTKMEDSGVYLCEGINQAGRSRKEVELIIQVTPKDIKLTAFPSE-S :.. :: .. : . .. ::: : : . :. :...: : ::: :. . . .::. : NP_114 EVRILSGGSKLQIARSQHSDSGNYTCIASNMEGKAQKYYFLSIQVPPS-VAGAEIPSDVS 3200 3210 3220 3230 3240 3250 620 630 640 650 660 pF1KE2 VKEGDTVIISCTCGNVPET---WIILKKKAETGDT--VLKSIDGA-YTIRKAQLKDAGVY : :..: . :. ...: :. : .:.: . : .:. .: : .:.: : NP_114 VLLGENVELVCNANGIPTPLIQWLKDGKPIASGETERIRVSANGSTLNIYGALTSDTGKY 3260 3270 3280 3290 3300 3310 670 680 690 700 710 720 pF1KE2 ECESKNKVGSQLRSLTLDVQGRENNKDYFSPELLVLYFASSLIIPAIGMIIYFARKANMK : . : .: . : ..:.: NP_114 TCVATNPAGEEDRIFNLNVYVTPTIRGNKDEAEKLMTLVDTSINIECRATGTPPPQINWL 3320 3330 3340 3350 3360 3370 >-- initn: 370 init1: 126 opt: 450 Z-score: 278.3 bits: 65.1 E(85289): 9.2e-09 Smith-Waterman score: 513; 22.5% identity (54.4% similar) in 671 aa overlap (47-685:1848-2474) 20 30 40 50 60 70 pF1KE2 IMFAASQAFKIETTPESRYLAQIGDSVSLTCSTTGCESPFFSWRTQIDSPLN---GKVTN : ..: .: ..: . :.:.: :.. NP_114 FEVTVHVPPTIKSSGLSERVVVKYKPVALQCIANGIPNPSITW-LKDDQPVNTAQGNLKI 1820 1830 1840 1850 1860 1870 80 90 100 110 120 130 pF1KE2 EGTTSTLTMNPVSFGNEHSYLCTATCESRKLEKGIQVEIYSFP--KDPEIHLSGPLEAGK ... .: . . . . : :.:: . . .. ::.... : .: :. . ... NP_114 QSSGRVLQIAKTLLEDAGRYTCVATNAAGETQQHIQLHVHEPPSLEDAGKMLNETVLVSN 1880 1890 1900 1910 1920 1930 140 150 160 170 180 pF1KE2 PITVKCSVA-DVYPFDRLEIDLLKGDHLMKSQEFLEDADR-KSLETKSLEVTFTPVIEDI :. ..:..: . : : : ..:.... . .: . .. .: ... : NP_114 PVQLECKAAGNPVPV----ITWYKDNRLLSGSTSMTFLNRGQIIDIESAQIS------DA 1940 1950 1960 1970 1980 190 200 210 220 230 240 pF1KE2 GKVLVCRAKLHIDEMDSVPTVRQAVKELQVYISPKNTVISVNPSTKLQEGGSVTMTCSSE : . : : ..:. .. . :::...: .. . : . . .. : . : .. NP_114 G-IYKCVA------INSAGAT-ELFYSLQVHVAP--SISGSNNMVAVVVNNPVRLECEAR 1990 2000 2010 2020 2030 250 260 270 280 290 300 pF1KE2 GLPAPEIFWSK------KLDNGNLQHLSGNATLTLIAMRMEDSGIYVCEGVNLIGKNRKE :.::: . : : ...:: :: :::. :.: . .. :.: :.: .:: :..... 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