FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE2035, 629 aa 1>>>pF1KE2035 629 - 629 aa - 629 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.1892+/-0.00111; mu= 14.4718+/- 0.067 mean_var=74.8864+/-15.224, 0's: 0 Z-trim(102.7): 59 B-trim: 0 in 0/50 Lambda= 0.148208 statistics sampled from 7022 (7072) to 7022 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.578), E-opt: 0.2 (0.217), width: 16 Scan time: 2.670 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS637.1 IL23R gene_id:149233|Hs108|chr1 ( 629) 4195 907.0 0 CCDS72805.1 IL12RB2 gene_id:3595|Hs108|chr1 ( 635) 307 75.7 2.2e-13 CCDS58006.1 IL12RB2 gene_id:3595|Hs108|chr1 ( 659) 307 75.7 2.3e-13 CCDS58007.1 IL12RB2 gene_id:3595|Hs108|chr1 ( 776) 307 75.7 2.6e-13 CCDS638.1 IL12RB2 gene_id:3595|Hs108|chr1 ( 862) 307 75.7 2.9e-13 CCDS47209.1 IL6ST gene_id:3572|Hs108|chr5 ( 329) 287 71.3 2.3e-12 CCDS54856.1 IL6ST gene_id:3572|Hs108|chr5 ( 857) 288 71.6 4.8e-12 CCDS3971.1 IL6ST gene_id:3572|Hs108|chr5 ( 918) 288 71.6 5.1e-12 >>CCDS637.1 IL23R gene_id:149233|Hs108|chr1 (629 aa) initn: 4195 init1: 4195 opt: 4195 Z-score: 4846.7 bits: 907.0 E(32554): 0 Smith-Waterman score: 4195; 99.8% identity (99.8% similar) in 629 aa overlap (1-629:1-629) 10 20 30 40 50 60 pF1KE2 MNQVTIQWDAVIALYILFSWCHGGITNINCSGHIWVEPATIFKMGMNISIYCQAAIKNCQ :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS63 MNQVTIQWDAVIALYILFSWCHGGITNINCSGHIWVEPATIFKMGMNISIYCQAAIKNCQ 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 pF1KE2 PRKLHFYKNGIKERFQITRINKTTARLWYKNFLEPHASMYCTAECPKHFQETLICGKDIS :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS63 PRKLHFYKNGIKERFQITRINKTTARLWYKNFLEPHASMYCTAECPKHFQETLICGKDIS 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 pF1KE2 SGYPPDIPDEVTCVIYEYSGNMTCTWNAGKLTYIDTKYVVHVKSLETEEEQQYLTSSYIN :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS63 SGYPPDIPDEVTCVIYEYSGNMTCTWNAGKLTYIDTKYVVHVKSLETEEEQQYLTSSYIN 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 pF1KE2 ISTDSLQGGKKYLVWVQAANALGMEESKQLQIHLDDIVIPSAAVISRAETINATVPKTII :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS63 ISTDSLQGGKKYLVWVQAANALGMEESKQLQIHLDDIVIPSAAVISRAETINATVPKTII 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 pF1KE2 YWDSQTTIEKVSCEMRYKATTNQTWNVKEFDTNFTYVQQSEFYLEPNIKYVFQVRCQETG :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS63 YWDSQTTIEKVSCEMRYKATTNQTWNVKEFDTNFTYVQQSEFYLEPNIKYVFQVRCQETG 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 pF1KE2 KRYWQPWSSPFFHKTPETVPQVTSKAFQHDTWNSGLTVASISTGHLTSDNRGDIGLLLGM ::::::::: :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS63 KRYWQPWSSLFFHKTPETVPQVTSKAFQHDTWNSGLTVASISTGHLTSDNRGDIGLLLGM 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 420 pF1KE2 IVFAVMLSILSLIGIFNRSFRTGIKRRILLLIPKWLYEDIPNMKNSNVVKMLQENSELMN :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS63 IVFAVMLSILSLIGIFNRSFRTGIKRRILLLIPKWLYEDIPNMKNSNVVKMLQENSELMN 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 480 pF1KE2 NNSSEQVLYVDPMITEIKEIFIPEHKPTDYKKENTGPLETRDYPQNSLFDNTTVVYIPDL :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS63 NNSSEQVLYVDPMITEIKEIFIPEHKPTDYKKENTGPLETRDYPQNSLFDNTTVVYIPDL 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 530 540 pF1KE2 NTGYKPQISNFLPEGSHLSNNNEITSLTLKPPVDSLDSGNNPRLQKHPNFAFSVSSVNSL :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS63 NTGYKPQISNFLPEGSHLSNNNEITSLTLKPPVDSLDSGNNPRLQKHPNFAFSVSSVNSL 490 500 510 520 530 540 550 560 570 580 590 600 pF1KE2 SNTIFLGELSLILNQGECSSPDIQNSVEEETTMLLENDSPSETIPEQTLLPDEFVSCLGI :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS63 SNTIFLGELSLILNQGECSSPDIQNSVEEETTMLLENDSPSETIPEQTLLPDEFVSCLGI 550 560 570 580 590 600 610 620 pF1KE2 VNEELPSINTYFPQNILESHFNRISLLEK ::::::::::::::::::::::::::::: CCDS63 VNEELPSINTYFPQNILESHFNRISLLEK 610 620 >>CCDS72805.1 IL12RB2 gene_id:3595|Hs108|chr1 (635 aa) initn: 226 init1: 132 opt: 307 Z-score: 353.8 bits: 75.7 E(32554): 2.2e-13 Smith-Waterman score: 307; 23.5% identity (56.0% similar) in 327 aa overlap (12-320:10-321) 10 20 30 40 50 pF1KE2 MNQVTIQWDAVIALYILFSWCHGGITNINCS-GHIWVEPATIFKMGMNISIYCQAAIKNC .:......: :. : . :.:. .. .: ...: : . 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CCDS58 IRIKFQKASVSRCTLYWRDEGLV--LLNRLRYRPSNSRLWNM----VNVTKAKGRHDLLD 230 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 pF1KE2 LEPNIKYVFQVRCQ-ETGKRYWQPWSSPFFHKTPETVPQVTSKAFQHDTWNSGLTVASIS :.: .: ::. . . : :. :: . .::: : CCDS58 LKPFTEYEFQISSKLHLYKGSWSDWSESLRAQTPEEEPTGMLDVWYMKRHIDYSRQQISL 290 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 pF1KE2 TGHLTSDNRGDIGLLLGMIVFAVMLSILSLIGIFNRSFRTGIKRRILLLIPKWLYEDIPN CCDS58 FWKNLSVSEARGKILHYQVTLQELTGGKAMTQNITGHTSWTTVIPRTGNWAVAVSAANSK 350 360 370 380 390 400 >>CCDS58007.1 IL12RB2 gene_id:3595|Hs108|chr1 (776 aa) initn: 226 init1: 132 opt: 307 Z-score: 352.4 bits: 75.7 E(32554): 2.6e-13 Smith-Waterman score: 307; 23.5% identity (56.0% similar) in 327 aa overlap (12-320:10-321) 10 20 30 40 50 pF1KE2 MNQVTIQWDAVIALYILFSWCHGGITNINCS-GHIWVEPATIFKMGMNISIYCQAAIKNC .:......: :. : . :.:. .. .: ...: : . CCDS58 MAHTFRGCSLAFMFIITWLLIKAKIDACKRGDVTVKPSHVILLGSTVNITC-----SL 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 pF1KE2 QPRK--LHFYKNG--IKERFQITRINKTTARLWYKNF--LEPHASMY-CTAECPKHFQET .::. .:. . . : .:. ::: .. .. : .... : : . .: CCDS58 KPRQGCFHYSRRNKLILYKFD-RRINFHHGHSLNSQVTGLPLGTTLFVCKLACINS-DEI 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 pF1KE2 LICGKDISSGYPPDIPDEVTCVIYEYSGNMTCTWNAGKLTYIDTKYVVHV---KSLETEE ::: .: : :. :....:. .:...:::. :. :.. :.:.... :.: .. CCDS58 QICGAEIFVGVAPEQPQNLSCIQKGEQGTVACTWERGRDTHLYTEYTLQLSGPKNLTWQK 120 130 140 150 160 170 170 180 190 200 210 220 pF1KE2 EQQYLTSSY----INISTDSLQGGKKYLVWVQAANALGMEESKQLQIHLDDIVIPSAAVI . . . .: ::.. .: .. .. . : :.:.:: : . . ::: : CCDS58 QCKDIYCDYLDFGINLTPESPES--NFTAKVTAVNSLGSSSSLPSTFTFLDIVRPLPPWD 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 pF1KE2 SRAETINATVPKTIIYWDSQTTIEKVSCEMRYKATTNQTWNVKEFDTNFTYVQ--QSEFY : . .:.: . .:: .. . . ..::. .... ::. .: : .. .. . 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CCDS63 IRIKFQKASVSRCTLYWRDEGLV--LLNRLRYRPSNSRLWNM----VNVTKAKGRHDLLD 230 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 pF1KE2 LEPNIKYVFQVRCQ-ETGKRYWQPWSSPFFHKTPETVPQVTSKAFQHDTWNSGLTVASIS :.: .: ::. . . : :. :: . .::: : CCDS63 LKPFTEYEFQISSKLHLYKGSWSDWSESLRAQTPEEEPTGMLDVWYMKRHIDYSRQQISL 290 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 pF1KE2 TGHLTSDNRGDIGLLLGMIVFAVMLSILSLIGIFNRSFRTGIKRRILLLIPKWLYEDIPN CCDS63 FWKNLSVSEARGKILHYQVTLQELTGGKAMTQNITGHTSWTTVIPRTGNWAVAVSAANSK 350 360 370 380 390 400 >>CCDS47209.1 IL6ST gene_id:3572|Hs108|chr5 (329 aa) initn: 156 init1: 68 opt: 287 Z-score: 335.4 bits: 71.3 E(32554): 2.3e-12 Smith-Waterman score: 287; 24.4% identity (54.9% similar) in 324 aa overlap (4-308:2-314) 10 20 30 40 50 60 pF1KE2 MNQVTIQWDAVIALYILFSWCHGGITNINCSGHIWVEPATIFKMGMNISIYCQAAIKNCQ .:.: : ::.:... : : :.: : . . .. :.. : . ..:. CCDS47 MLTLQTWLVQALFIFLTTESTGELLDPC-GYISPE-SPVVQLHSNFTAVC-VLKEKCM 10 20 30 40 50 70 80 90 100 110 pF1KE2 PRKLHFYKNGI---KERF-----QITRINKTTARLWYKNFLEPHASMYCTAECPKHFQET .: : : ..: : : ::.:.. . . .. . .. :. ..... CCDS47 DY-FHVNANYIVWKTNHFTIPKEQYTIINRTASSVTFTDIASLNIQLTCNILTFGQLEQN 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 pF1KE2 LICGKDISSGYPPDIPDEVTCVIYEYSGNMTCTWNAGKLTYIDTKYVVHV-----KSLET . : : :: ::. : ...:.. : . .: : :..:. :...:..... : . CCDS47 -VYGITIISGLPPEKPKNLSCIVNE-GKKMRCEWDGGRETHLETNFTLKSEWATHKFADC 120 130 140 150 160 170 170 180 190 200 210 220 pF1KE2 EEEQQYLTSSYINISTDSLQGGKKYLVWVQAANALGMEESKQLQIHLDDIVIPSAAVISR . ... :: .. :: . . . :::.: :::: : . :..: . . CCDS47 KAKRDTPTSCTVDYSTVYFVNIE---VWVEAENALGKVTSDH--INFDPVYKVKPNPPHN 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 pF1KE2 AETINATVPKTIIY--WDSQT--TIEKVSCEMRYKATTNQTWN-VKEFDTNFTYVQQSEF .::. ..:. : . . .. .. ...:.. .::. . :: : . . 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CCDS54 DY-FHVNANYIVWKTNHFTIPKEQYTIINRTASSVTFTDIASLNIQLTCNILTFGQLEQN 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 pF1KE2 LICGKDISSGYPPDIPDEVTCVIYEYSGNMTCTWNAGKLTYIDTKYVVHV-----KSLET . : : :: ::. : ...:.. : . .: : :..:. :...:..... : . CCDS54 -VYGITIISGLPPEKPKNLSCIVNE-GKKMRCEWDGGRETHLETNFTLKSEWATHKFADC 120 130 140 150 160 170 170 180 190 200 210 220 pF1KE2 EEEQQYLTSSYINISTDSLQGGKKYLVWVQAANALGMEESKQLQIHLDDIVIPSAAVISR . ... :: .. :: . . . :::.: :::: : .:..: . . CCDS54 KAKRDTPTSCTVDYSTVYFVNIE---VWVEAENALGKVTSD--HINFDPVYKVKPNPPHN 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 pF1KE2 AETINATVPKTIIY--WDSQT--TIEKVSCEMRYKATTNQTWN-VKEFDTNFTYVQQSEF .::. ..:. : . . .. .. ...:.. .::. . :: : . . 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