FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE5669, 534 aa 1>>>pF1KE5669 534 - 534 aa - 534 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.2893+/-0.000814; mu= 19.1621+/- 0.049 mean_var=78.5237+/-15.475, 0's: 0 Z-trim(108.6): 18 B-trim: 2 in 1/50 Lambda= 0.144735 statistics sampled from 10321 (10328) to 10321 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.684), E-opt: 0.2 (0.317), width: 16 Scan time: 2.870 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS32717.1 TTYH2 gene_id:94015|Hs108|chr17 ( 534) 3592 759.7 0 CCDS82195.1 TTYH2 gene_id:94015|Hs108|chr17 ( 513) 3280 694.6 7.4e-200 CCDS45770.1 TTYH2 gene_id:94015|Hs108|chr17 ( 213) 1445 311.1 8.3e-85 CCDS34588.1 TTYH3 gene_id:80727|Hs108|chr7 ( 523) 1379 297.6 2.3e-80 CCDS12893.1 TTYH1 gene_id:57348|Hs108|chr19 ( 450) 1227 265.8 7.5e-71 CCDS56102.1 TTYH1 gene_id:57348|Hs108|chr19 ( 451) 1227 265.8 7.5e-71 CCDS33106.1 TTYH1 gene_id:57348|Hs108|chr19 ( 460) 1147 249.1 8.1e-66 >>CCDS32717.1 TTYH2 gene_id:94015|Hs108|chr17 (534 aa) initn: 3592 init1: 3592 opt: 3592 Z-score: 4053.4 bits: 759.7 E(32554): 0 Smith-Waterman score: 3592; 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CCDS34 LFLLFYSFWLC-CRRRKSEEHLDADCCCTAWCVIIATLVCSAGIAVGFYGNGETSDGIHR 60 70 80 90 100 110 130 140 150 160 170 180 pF1KE5 LMYSLDDANHTFSGIDALVSGTTQKMKVDLEQHLARLSEIFAARGDYLQTLKFIQQMAGS ::: ::.: .:.. : :. .. : : : . .:.: . :.... .: . . CCDS34 ATYSLRHANRTVAGVQDRVWDTAVGLNHTAEPSLQTLERQLAGRPEPLRAVQRLQGLLET 120 130 140 150 160 170 190 200 210 220 230 240 pF1KE5 VVVQLSGLPVWREVTMELTKLSDQTGYVEYYRWLSYLLLFILDLVICLIACLGLAKRSKC .. ...: ::.... : :..:. ..::::.:: :..::..:::.. .:: . :: CCDS34 LLGYTAAIPFWRNTAVSLEVLAEQVDLYDWYRWLGYLGLLLLDVIICLLVLVGLIRSSKG 180 190 200 210 220 230 250 260 270 280 290 pF1KE5 LLASMLCCGALSLLLSWASLAADGSAAVATSDFCVAPDTFILNVTE--GQISTEVTRYYL .:... :.:.:..::..:. . ...:..::::: ::... ...: . .: .. .::: CCDS34 ILVGVCLLGVLALVISWGALGLELAVSVGSSDFCVDPDAYVTKMVEEYSVLSGDILQYYL 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 pF1KE5 YCSQSGSSPFQQTLTTFQRALTTMQIQVAGLLQFAVPLFSTAEED-LLAIQLLLNSSESS :: ...:::: :. ..::. :: :: ::. .:: . : .: :: .: .::..: . CCDS34 ACSPRAANPFQQKLSGSHKALVEMQDVVAELLR-TVPWEQPATKDPLLRVQEVLNGTEVN 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 pF1KE5 LHQLTAMVDCRGLHKDYLDALAGICYDGLQGLLYLGLFSFLAALAFSTMICAGPRAWKHF :..:::.::::.:: ::..::.:.::::..::.::.::::..:: ::...:. :..:.. CCDS34 LQHLTALVDCRSLHLDYVQALTGFCYDGVEGLIYLALFSFVTALMFSSIVCSVPHTWQQ- 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 pF1KE5 TTRNRDYDDIDDDDPFNPQAWCMAAHSPPRGQLHSFCSYSSGLGSQTSLQPPAQTISNAP :. : : .. : .:. .: : : .. :. : .:. ::.::. :.:.:::: CCDS34 -KRGPDEDGEEEAAP-GPR---QAHDSLYRVHMPSLYSCGSSYGSETSIPAAAHTVSNAP 420 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 530 pF1KE5 VSEYMNQAMLFGRNPRYENVPLIGRASPPPTYSPSMRATYLSVADEHLRHYGNQFPA :.:::.: : .::: ::.::::: ::::.:. :::: ::... CCDS34 VTEYMSQNANF-QNPRCENTPLIGRESPPPSYTSSMRAKYLATSQPRPDSSGSH 480 490 500 510 520 >>CCDS12893.1 TTYH1 gene_id:57348|Hs108|chr19 (450 aa) initn: 818 init1: 545 opt: 1227 Z-score: 1385.5 bits: 265.8 E(32554): 7.5e-71 Smith-Waterman score: 1227; 43.5% identity (74.5% similar) in 428 aa overlap (13-436:12-438) 10 20 30 40 50 60 pF1KE5 MQAARVDYIAPWWVVWLHSVPHVGLRLQPVNSTFSPGDESYQESLLFLGLVAAVCLGLNL :: ::..:.. ..:.:: :.:.: .. ::..::... .:.. :::.: CCDS12 MGAPPGYRPSAWVHLLHQLPRADFQLRPVPSVFAPQEQEYQQALLLVAALAGLGLGLSL 10 20 30 40 50 70 80 90 100 110 pF1KE5 IFLVAYLVCACHCRRDDAVQTK--QHHSCCITWTAVVAGLICCAAVGVGFYGNSETNDGA ::...::. : :: . .: . . :.::. .:: : :...:.::::::::.::. 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CCDS12 YLLCNRAVSNPFQQRLTLSQRALANIHSQLLGLEREAVPQFPSAQKPLLSLEETLNVTEG 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 pF1KE5 SLHQLTAMVDCRGLHKDYLDALAGICYDGLQGLLYLGLFSFLAALAFSTMICAGPRAWKH ..:::.:.. ::.::::: :: :.: :.:.:::.: :::.:.: :..: .:. :::: CCDS12 NFHQLVALLHCRSLHKDYGAALRGLCEDALEGLLFLLLFSLLSAGALATALCSLPRAWAL 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 pF1KE5 FTTRNRDYDDIDDDDPFNPQAWCMAAHSPPRGQLHSFCSYSSGLGSQTSLQPPAQTISNA : . :::: ::::::::: CCDS12 FPPSD-DYDDTDDDDPFNPQESKRFVQWQSSI 420 430 440 450 >>CCDS56102.1 TTYH1 gene_id:57348|Hs108|chr19 (451 aa) initn: 818 init1: 545 opt: 1227 Z-score: 1385.5 bits: 265.8 E(32554): 7.5e-71 Smith-Waterman score: 1227; 43.5% identity (74.5% similar) in 428 aa overlap (13-436:12-438) 10 20 30 40 50 60 pF1KE5 MQAARVDYIAPWWVVWLHSVPHVGLRLQPVNSTFSPGDESYQESLLFLGLVAAVCLGLNL :: ::..:.. ..:.:: :.:.: .. ::..::... .:.. :::.: CCDS56 MGAPPGYRPSAWVHLLHQLPRADFQLRPVPSVFAPQEQEYQQALLLVAALAGLGLGLSL 10 20 30 40 50 70 80 90 100 110 pF1KE5 IFLVAYLVCACHCRRDDAVQTK--QHHSCCITWTAVVAGLICCAAVGVGFYGNSETNDGA ::...::. : :: . .: . . :.::. .:: : :...:.::::::::.::. 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