FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE5762, 843 aa 1>>>pF1KE5762 843 - 843 aa - 843 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.6681+/-0.00111; mu= 17.8416+/- 0.066 mean_var=61.6903+/-12.224, 0's: 0 Z-trim(101.5): 19 B-trim: 41 in 1/48 Lambda= 0.163292 statistics sampled from 6553 (6559) to 6553 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.565), E-opt: 0.2 (0.201), width: 16 Scan time: 3.180 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS13171.1 PYGB gene_id:5834|Hs108|chr20 ( 843) 5669 1344.9 0 CCDS8079.1 PYGM gene_id:5837|Hs108|chr11 ( 842) 4919 1168.2 0 CCDS32080.1 PYGL gene_id:5836|Hs108|chr14 ( 847) 4741 1126.3 0 CCDS53894.1 PYGL gene_id:5836|Hs108|chr14 ( 813) 4059 965.6 0 CCDS53659.1 PYGM gene_id:5837|Hs108|chr11 ( 754) 3878 923.0 0 >>CCDS13171.1 PYGB gene_id:5834|Hs108|chr20 (843 aa) initn: 5669 init1: 5669 opt: 5669 Z-score: 7208.8 bits: 1344.9 E(32554): 0 Smith-Waterman score: 5669; 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CCDS80 YIKCQEKVSALYKNPREWTRMVIRNIATSGKFSSDRTIAQYAREIWGVEPSRQRLPAPDE 790 800 810 820 830 840 pF1KE5 PRD CCDS80 AI >>CCDS32080.1 PYGL gene_id:5836|Hs108|chr14 (847 aa) initn: 4772 init1: 4740 opt: 4741 Z-score: 6027.3 bits: 1126.3 E(32554): 0 Smith-Waterman score: 4741; 81.9% identity (94.4% similar) in 839 aa overlap (1-839:1-839) 10 20 30 40 50 60 pF1KE5 MAKPLTDSEKRKQISVRGLAGLGDVAEVRKSFNRHLHFTLVKDRNVATPRDYFFALAHTV :::::::.:::.:::.::..:. .:::..::::::::::::::::::: :::.::::::: CCDS32 MAKPLTDQEKRRQISIRGIVGVENVAELKKSFNRHLHFTLVKDRNVATTRDYYFALAHTV 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 pF1KE5 RDHLVGRWIRTQQHYYERDPKRIYYLSLEFYMGRTLQNTMVNLGLQNACDEAIYQLGLDL ::::::::::::::::.. :::.:::::::::::::::::.::::::::::::::::::. 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