FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE2731, 324 aa 1>>>pF1KE2731 324 - 324 aa - 324 aa Library: human.CCDS.faa 18921897 residues in 33420 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.6040+/-0.0012; mu= -0.5031+/- 0.068 mean_var=347.3714+/-80.646, 0's: 0 Z-trim(109.8): 554 B-trim: 0 in 0/52 Lambda= 0.068814 statistics sampled from 10546 (11274) to 10546 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.704), E-opt: 0.2 (0.337), width: 16 Scan time: 1.870 The best scores are: opt bits E(33420) CCDS5462.1 CDK13 gene_id:8621|Hs109|chr7 (1452) 2093 222.9 1.3e-57 CCDS5461.1 CDK13 gene_id:8621|Hs109|chr7 (1512) 2093 222.9 1.3e-57 CCDS45666.1 CDK12 gene_id:51755|Hs109|chr17 (1481) 1746 188.4 3e-47 CCDS11337.1 CDK12 gene_id:51755|Hs109|chr17 (1490) 1746 188.4 3.1e-47 CCDS6879.1 CDK9 gene_id:1025|Hs109|chr9 ( 372) 802 93.9 2.2e-19 CCDS5628.1 CDK6 gene_id:1021|Hs109|chr7 ( 326) 582 72.0 7.6e-13 CCDS8953.1 CDK4 gene_id:1019|Hs109|chr12 ( 303) 550 68.8 6.6e-12 CCDS32514.2 CDK10 gene_id:8558|Hs109|chr16 ( 272) 528 66.5 2.8e-11 CCDS11206.1 MAPK7 gene_id:5598|Hs109|chr17 ( 816) 532 67.6 4.1e-11 CCDS3999.1 CDK7 gene_id:1022|Hs109|chr5 ( 346) 516 65.5 7.4e-11 >>CCDS5462.1 CDK13 gene_id:8621|Hs109|chr7 (1452 aa) initn: 2093 init1: 2093 opt: 2093 Z-score: 1148.1 bits: 222.9 E(33420): 1.3e-57 Smith-Waterman score: 2093; 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83.2% identity (90.5% similar) in 315 aa overlap (1-312:635-948) 10 20 30 pF1KE2 MLPEDKEADSLRGNISVKAVKKEVEKKLRC .:: : . :: . .. : :::: :.. : CCDS11 VQVSVKTQVSVTAAIPHLKTSTLPPLPLPPLLPGDDDMDSPKETLPSKPVKKEKEQRTRH 610 620 630 640 650 660 40 50 60 70 80 pF1KE2 LLADLPLPPELPGGDDLSK--SPEEKK-TATQLHSKRRPKICGPRYGETKEKDIDWGKRC ::.:::::::::::: :: ::: : : : :.::::: ::::: .. . :::::: CCDS11 LLTDLPLPPELPGGD-LSPPDSPEPKAITPPQQPYKKRPKICCPRYGERRQTESDWGKRC 670 680 690 700 710 720 90 100 110 120 130 140 pF1KE2 VDKFDIIGIIGEGTYGQVYKARDKDTGEMVALKKVRLDNEKEGFPITAIREIKILRQLTH :::::::::::::::::::::.::::::.::::::::::::::::::::::::::::: : CCDS11 VDKFDIIGIIGEGTYGQVYKAKDKDTGELVALKKVRLDNEKEGFPITAIREIKILRQLIH 730 740 750 760 770 780 150 160 170 180 190 200 pF1KE2 QSIINMKEIVTDKEDALDFKKDKGAFYLVFEYMDHDLMGLLESGLVHFNENHIKSFMRQL .:..:::::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::.:.::::::.:: CCDS11 RSVVNMKEIVTDKQDALDFKKDKGAFYLVFEYMDHDLMGLLESGLVHFSEDHIKSFMKQL 790 800 810 820 830 840 210 220 230 240 250 260 pF1KE2 MEGLDYCHKKNFLHRDIKCSNILLNNRGQIKLADFGLARLYSSEESRPYTNKVITLWYRP ::::.::::::::::::::::::::: ::::::::::::::.:::::::::::::::::: CCDS11 MEGLEYCHKKNFLHRDIKCSNILLNNSGQIKLADFGLARLYNSEESRPYTNKVITLWYRP 850 860 870 880 890 900 270 280 290 300 310 320 pF1KE2 PELLLGEERYTPAIDVWSCGCILGELFTKKPIFQANQELAQLELIRHEENEVSDKQI :::::::::::::::::::::::::::::::::::: :::::::: CCDS11 PELLLGEERYTPAIDVWSCGCILGELFTKKPIFQANLELAQLELISRLCGSPCPAVWPDV 910 920 930 940 950 960 CCDS11 IKLPYFNTMKPKKQYRRRLREEFSFIPSAALDLLDHMLTLDPSKRCTAEQTLQSDFLKDV 970 980 990 1000 1010 1020 >>CCDS6879.1 CDK9 gene_id:1025|Hs109|chr9 (372 aa) initn: 792 init1: 277 opt: 802 Z-score: 461.7 bits: 93.9 E(33420): 2.2e-19 Smith-Waterman score: 802; 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CCDS68 DFCEHDLAGLLSNVLVKFTLSEIKRVMQMLLNGLYYIHRNKILHRDMKAANVLITRDGVL 110 120 130 140 150 160 240 250 260 270 280 290 pF1KE2 KLADFGLARLYS-SEESRP--YTNKVITLWYRPPELLLGEERYTPAIDVWSCGCILGELF ::::::::: .: ...:.: :::.:.:::::::::::::. : : ::.:. :::..:.. CCDS68 KLADFGLARAFSLAKNSQPNRYTNRVVTLWYRPPELLLGERDYGPPIDLWGAGCIMAEMW 170 180 190 200 210 220 300 310 320 pF1KE2 TKKPIFQANQELAQLELIRHEENEVSDKQI :..::.:.: : :: :: CCDS68 TRSPIMQGNTEQHQLALISQLCGSITPEVWPNVDNYELYEKLELVKGQKRKVKDRLKAYV 230 240 250 260 270 280 >>CCDS5628.1 CDK6 gene_id:1021|Hs109|chr7 (326 aa) initn: 444 init1: 201 opt: 582 Z-score: 344.3 bits: 72.0 E(33420): 7.6e-13 Smith-Waterman score: 582; 42.2% identity (72.8% similar) in 232 aa overlap (86-309:8-228) 60 70 80 90 100 110 pF1KE2 TATQLHSKRRPKICGPRYGETKEKDIDWGKRCVDKFDIIGIIGEGTYGQVYKARD-KDTG : .... .. ::::.::.:.:::: :. : CCDS56 MEKDGLCRADQQYECVAEIGEGAYGKVFKARDLKNGG 10 20 30 120 130 140 150 160 170 pF1KE2 EMVALKKVRLDNEKEGFPITAIREIKILRQLT---HQSIINMKEIVTDKEDALDFKKDKG ..::::.::... .::.:...:::. .::.: : ... . .. : .. . : CCDS56 RFVALKRVRVQTGEEGMPLSTIREVAVLRHLETFEHPNVVRLFDVCTVSRTDRETK---- 40 50 60 70 80 90 180 190 200 210 220 pF1KE2 AFYLVFEYMDHDLMGLL----ESGLVHFNENHIKSFMRQLMEGLDYCHKKNFLHRDIKCS . ::::..:.:: : : :. . ::..: ::..:::. :.. .:::.: . CCDS56 -LTLVFEHVDQDLTTYLDKVPEPGV---PTETIKDMMFQLLRGLDFLHSHRVVHRDLKPQ 100 110 120 130 140 230 240 250 260 270 280 pF1KE2 NILLNNRGQIKLADFGLARLYSSEESRPYTNKVITLWYRPPELLLGEERYTPAIDVWSCG :::... ::::::::::::.:: . . :. :.::::: ::.:: :: .:.:: : CCDS56 NILVTSSGQIKLADFGLARIYSFQMA--LTSVVVTLWYRAPEVLLQSSYATP-VDLWSVG 150 160 170 180 190 200 290 300 310 320 pF1KE2 CILGELFTKKPIFQANQELAQLELIRHEENEVSDKQI ::..:.: .::.:...... :: CCDS56 CIFAEMFRRKPLFRGSSDVDQLGKILDVIGLPGEEDWPRDVALPRQAFHSKSAQPIEKFV 210 220 230 240 250 260 >>CCDS8953.1 CDK4 gene_id:1019|Hs109|chr12 (303 aa) initn: 510 init1: 195 opt: 550 Z-score: 327.5 bits: 68.8 E(33420): 6.6e-12 Smith-Waterman score: 550; 41.0% identity (69.6% similar) in 227 aa overlap (90-309:5-223) 60 70 80 90 100 110 pF1KE2 LHSKRRPKICGPRYGETKEKDIDWGKRCVDKFDIIGIIGEGTYGQVYKARDKDTGEMVAL ... .. :: :.:: :::::: .:..::: CCDS89 MATSRYEPVAEIGVGAYGTVYKARDPHSGHFVAL 10 20 30 120 130 140 150 160 170 pF1KE2 KKVRLDNEKEG---FPITAIREIKILRQLT---HQSIINMKEIVTDKEDALDFKKDKGAF :.::. : : .::...::. .::.: : ... . .. . .. ..: CCDS89 KSVRVPNGGGGGGGLPISTVREVALLRRLEAFEHPNVVRLMDVCATSRTDREIK-----V 40 50 60 70 80 180 190 200 210 220 230 pF1KE2 YLVFEYMDHDLMGLLESGLVH-FNENHIKSFMRQLMEGLDYCHKKNFLHRDIKCSNILLN ::::..:.:: :... . . ::..:::...:::. : . ..:::.: :::.. CCDS89 TLVFEHVDQDLRTYLDKAPPPGLPAETIKDLMRQFLRGLDFLHANCIVHRDLKPENILVT 90 100 110 120 130 140 240 250 260 270 280 290 pF1KE2 NRGQIKLADFGLARLYSSEESRPYTNKVITLWYRPPELLLGEERYTPAIDVWSCGCILGE . : .:::::::::.:: . . : :.::::: ::.:: :: .:.:: :::..: CCDS89 SGGTVKLADFGLARIYSYQMA--LTPVVVTLWYRAPEVLLQSTYATP-VDMWSVGCIFAE 150 160 170 180 190 200 300 310 320 pF1KE2 LFTKKPIFQANQELAQLELIRHEENEVSDKQI .: .::.: .:.: :: CCDS89 MFRRKPLFCGNSEADQLGKIFDLIGLPPEDDWPRDVSLPRGAFPPRGPRPVQSVVPEMEE 210 220 230 240 250 260 >>CCDS32514.2 CDK10 gene_id:8558|Hs109|chr16 (272 aa) initn: 536 init1: 229 opt: 528 Z-score: 316.2 bits: 66.5 E(33420): 2.8e-11 Smith-Waterman score: 528; 42.3% identity (77.8% similar) in 189 aa overlap (124-312:1-180) 100 110 120 130 140 150 pF1KE2 IGIIGEGTYGQVYKARDKDTGEMVALKKVRLDNEKEGFPITAIREIKILRQLTHQSIINM .:.::.:.::...::: .: .: : .:... CCDS32 MDKEKDGIPISSLREITLLLRLRHPNIVEL 10 20 30 160 170 180 190 200 210 pF1KE2 KEIVTDKEDALDFKKDKGAFYLVFEYMDHDLMGLLESGLVHFNENHIKSFMRQLMEGLDY ::.:. .. :. ...::. : ..:: .:::. . :.: ..: .. :...::.: CCDS32 KEVVVGNH--LE------SIFLVMGYCEQDLASLLENMPTPFSEAQVKCIVLQVLRGLQY 40 50 60 70 80 220 230 240 250 260 270 pF1KE2 CHKKNFLHRDIKCSNILLNNRGQIKLADFGLARLYSSEESRPYTNKVITLWYRPPELLLG :.. ..:::.: ::.:....: .: ::::::: :. .:.: ::.::::: :::::: CCDS32 LHRNFIIHRDLKVSNLLMTDKGCVKTADFGLARAYGVP-VKPMTPKVVTLWYRAPELLLG 90 100 110 120 130 140 280 290 300 310 320 pF1KE2 EERYTPAIDVWSCGCILGELFTKKPIFQANQELAQLELIRHEENEVSDKQI : .::.:. ::::.::....:.. ...:. :..:: CCDS32 TTTQTTSIDMWAVGCILAELLAHRPLLPGTSEIHQIDLIVQLLGTPSENIWPGFSKLPLV 150 160 170 180 190 200 CCDS32 GQYSLRKQPYNNLKHKFPWLSEAGLRLLHFLFMYDPKKRATAGDCLESSYFKEKPLRLPI 210 220 230 240 250 260 >>CCDS11206.1 MAPK7 gene_id:5598|Hs109|chr17 (816 aa) initn: 495 init1: 194 opt: 532 Z-score: 313.2 bits: 67.6 E(33420): 4.1e-11 Smith-Waterman score: 532; 35.0% identity (64.3% similar) in 280 aa overlap (36-312:4-274) 10 20 30 40 50 60 pF1KE2 KEADSLRGNISVKAVKKEVEKKLRCLLADLPLPPELPGGDDLSKSPEEKKTATQLHSKRR :: : :.: : : : :. 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CCDS11 RGLCTSPAEHQYFMTEYVATRWYRAPELMLSLHEYTQAIDLWSVGCIFGEMLARRQLFPG 210 220 230 240 250 260 310 320 pF1KE2 NQELAQLELIRHEENEVSDKQI .. . ::.:: CCDS11 KNYVHQLQLIMMVLGTPSPAVIQAVGAERVRAYIQSLPPRQPVPWETVYPGADRQALSLL 270 280 290 300 310 320 >>CCDS3999.1 CDK7 gene_id:1022|Hs109|chr5 (346 aa) initn: 575 init1: 228 opt: 516 Z-score: 308.6 bits: 65.5 E(33420): 7.4e-11 Smith-Waterman score: 579; 38.8% identity (73.8% similar) in 237 aa overlap (90-323:11-236) 60 70 80 90 100 110 pF1KE2 LHSKRRPKICGPRYGETKEKDIDWGKRCVDKFDIIGIIGEGTYGQVYKARDKDTGEMVAL ... . ..::: .. :::::::.:...::. CCDS39 MALDVKSRAKRYEKLDFLGEGQFATVYKARDKNTNQIVAI 10 20 30 40 120 130 140 150 160 170 pF1KE2 KKVRLDNE---KEGFPITAIREIKILRQLTHQSIINMKEIVTDKEDALDFKKDKGAFYLV ::..: .. :.:. ::.::::.:..:.: .::.. :: :. . :: CCDS39 KKIKLGHRSEAKDGINRTALREIKLLQELSHPNIIGL----------LDAFGHKSNISLV 50 60 70 80 90 180 190 200 210 220 230 pF1KE2 FEYMDHDLMGLLESGLVHFNENHIKSFMRQLMEGLDYCHKKNFLHRDIKCSNILLNNRGQ :..:. :: ..... . .. .:::..: . ..::.: :.. .::::.: .:.::.. : CCDS39 FDFMETDLEVIIKDNSLVLTPSHIKAYMLMTLQGLEYLHQHWILHRDLKPNNLLLDENGV 100 110 120 130 140 150 240 250 260 270 280 290 pF1KE2 IKLADFGLARLYSSEESRPYTNKVITLWYRPPELLLGEERYTPAIDVWSCGCILGELFTK .::::::::. ..: .: ::..:.: ::: ::::.: . : ..:.:. ::::.::. . CCDS39 LKLADFGLAKSFGSP-NRAYTHQVVTRWYRAPELLFGARMYGVGVDMWAVGCILAELLLR 160 170 180 190 200 300 310 320 pF1KE2 KPIFQANQELAQLELIRHEENEVSDKQI :.. ....: :: : . . ...: CCDS39 VPFLPGDSDLDQLTRIFETLGTPTEEQWPDMCSLPDYVTFKSFPGIPLHHIFSAAGDDLL 210 220 230 240 250 260 324 residues in 1 query sequences 18921897 residues in 33420 library sequences Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc) start: Fri Aug 17 17:45:48 2018 done: Fri Aug 17 17:45:49 2018 Total Scan time: 1.870 Total Display time: 0.060 Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]