FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE3774, 219 aa 1>>>pF1KE3774 219 - 219 aa - 219 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.3351+/-0.00115; mu= 13.4963+/- 0.069 mean_var=83.1327+/-16.509, 0's: 0 Z-trim(103.8): 207 B-trim: 0 in 0/50 Lambda= 0.140666 statistics sampled from 7350 (7591) to 7350 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.612), E-opt: 0.2 (0.233), width: 16 Scan time: 1.880 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS560.1 RAB3B gene_id:5865|Hs108|chr1 ( 219) 1443 302.7 1.1e-82 CCDS3976.1 RAB3C gene_id:115827|Hs108|chr5 ( 227) 1211 255.7 1.7e-68 CCDS12372.1 RAB3A gene_id:5864|Hs108|chr19 ( 220) 1172 247.8 4.1e-66 CCDS12257.1 RAB3D gene_id:9545|Hs108|chr19 ( 219) 1131 239.4 1.3e-63 CCDS12339.1 RAB8A gene_id:4218|Hs108|chr19 ( 207) 650 141.8 3e-34 CCDS1720.1 RAB10 gene_id:10890|Hs108|chr2 ( 200) 638 139.4 1.6e-33 CCDS10183.1 RAB8B gene_id:51762|Hs108|chr15 ( 207) 638 139.4 1.6e-33 CCDS46306.1 RAB1A gene_id:5861|Hs108|chr2 ( 205) 618 135.3 2.7e-32 CCDS1058.1 RAB13 gene_id:5872|Hs108|chr1 ( 203) 604 132.5 1.9e-31 CCDS31613.1 RAB1B gene_id:81876|Hs108|chr11 ( 201) 598 131.2 4.5e-31 CCDS41846.1 RAB35 gene_id:11021|Hs108|chr12 ( 201) 574 126.4 1.3e-29 CCDS42410.1 RAB12 gene_id:201475|Hs108|chr18 ( 244) 557 123.0 1.7e-28 CCDS76691.1 RAB15 gene_id:376267|Hs108|chr14 ( 212) 555 122.5 2e-28 CCDS32722.1 RAB37 gene_id:326624|Hs108|chr17 ( 223) 514 114.2 6.5e-26 CCDS10460.1 RAB26 gene_id:25837|Hs108|chr16 ( 256) 509 113.3 1.5e-25 CCDS82198.1 RAB37 gene_id:326624|Hs108|chr17 ( 196) 507 112.8 1.6e-25 CCDS54161.1 RAB37 gene_id:326624|Hs108|chr17 ( 228) 507 112.8 1.8e-25 CCDS10212.1 RAB11A gene_id:8766|Hs108|chr15 ( 216) 503 112.0 3e-25 CCDS7155.1 RAB18 gene_id:22931|Hs108|chr10 ( 206) 501 111.6 3.8e-25 CCDS34762.2 RAB19 gene_id:401409|Hs108|chr7 ( 217) 498 111.0 6.1e-25 CCDS41413.1 RAB25 gene_id:57111|Hs108|chr1 ( 213) 494 110.2 1.1e-24 CCDS6827.1 RAB14 gene_id:51552|Hs108|chr9 ( 215) 494 110.2 1.1e-24 CCDS11703.1 RAB37 gene_id:326624|Hs108|chr17 ( 216) 494 110.2 1.1e-24 CCDS12201.1 RAB11B gene_id:9230|Hs108|chr19 ( 218) 494 110.2 1.1e-24 CCDS8264.1 RAB30 gene_id:27314|Hs108|chr11 ( 203) 489 109.1 2.1e-24 CCDS76806.1 RAB26 gene_id:25837|Hs108|chr16 ( 190) 484 108.1 3.9e-24 CCDS9570.1 RAB2B gene_id:84932|Hs108|chr14 ( 216) 484 108.1 4.3e-24 CCDS44803.1 CRACR2A gene_id:84766|Hs108|chr12 ( 731) 490 109.8 4.7e-24 CCDS33850.1 RAB43 gene_id:339122|Hs108|chr3 ( 212) 479 107.1 8.7e-24 CCDS6175.1 RAB2A gene_id:5862|Hs108|chr8 ( 212) 476 106.5 1.3e-23 CCDS3082.1 RAB6B gene_id:51560|Hs108|chr3 ( 208) 468 104.9 4e-23 CCDS33030.1 RAB4B gene_id:53916|Hs108|chr19 ( 213) 468 104.9 4.1e-23 CCDS31050.1 RAB4A gene_id:5867|Hs108|chr1 ( 218) 468 104.9 4.2e-23 CCDS8223.1 RAB6A gene_id:5870|Hs108|chr11 ( 208) 465 104.3 6.1e-23 CCDS8224.1 RAB6A gene_id:5870|Hs108|chr11 ( 208) 462 103.6 9.3e-23 CCDS14766.1 RAB39B gene_id:116442|Hs108|chrX ( 213) 453 101.8 3.4e-22 CCDS58373.1 RAB11A gene_id:8766|Hs108|chr15 ( 155) 439 98.9 1.9e-21 CCDS75442.1 RAB44 gene_id:401258|Hs108|chr6 (1021) 449 101.6 1.9e-21 CCDS4962.1 RAB23 gene_id:51715|Hs108|chr6 ( 237) 441 99.4 2e-21 CCDS8338.1 RAB39A gene_id:54734|Hs108|chr11 ( 217) 438 98.8 2.8e-21 CCDS53836.1 RAB35 gene_id:11021|Hs108|chr12 ( 152) 435 98.1 3.3e-21 CCDS10153.1 RAB27A gene_id:5873|Hs108|chr15 ( 221) 422 95.6 2.7e-20 CCDS9003.1 RAB21 gene_id:23011|Hs108|chr12 ( 225) 422 95.6 2.7e-20 CCDS2633.1 RAB5A gene_id:5868|Hs108|chr3 ( 215) 421 95.3 3.1e-20 CCDS6662.1 RASEF gene_id:158158|Hs108|chr9 ( 740) 423 96.2 5.8e-20 CCDS11816.1 RAB40B gene_id:10966|Hs108|chr17 ( 278) 415 94.2 8.6e-20 CCDS35353.1 RAB40AL gene_id:282808|Hs108|chrX ( 278) 412 93.6 1.3e-19 CCDS33497.1 RAB22A gene_id:57403|Hs108|chr20 ( 194) 409 92.9 1.5e-19 CCDS82514.1 WTH3DI gene_id:150786|Hs108|chr2 ( 254) 409 93.0 1.9e-19 CCDS8900.1 RAB5B gene_id:5869|Hs108|chr12 ( 215) 408 92.7 1.9e-19 >>CCDS560.1 RAB3B gene_id:5865|Hs108|chr1 (219 aa) initn: 1443 init1: 1443 opt: 1443 Z-score: 1597.6 bits: 302.7 E(32554): 1.1e-82 Smith-Waterman score: 1443; 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49.7% identity (82.7% similar) in 191 aa overlap (17-207:3-192) 10 20 30 40 50 60 pF1KE3 MASVTDGKTGVKDASDQNFDYMFKLLIIGNSSVGKTSFLFRYADDTFTPAFVSTVGIDFK ...::.::::.::.:.:::: :::...:.:. .:.::.::::: CCDS12 MAKTYDYLFKLLLIGDSGVGKTCVLFRFSEDAFNSTFISTIGIDFK 10 20 30 40 70 80 90 100 110 120 pF1KE3 VKTVYRHEKRVKLQIWDTAGQERYRTITTAYYRGAMGFILMYDITNEESFNAVQDWATQI ..:. ::.::::::::::::.:::::::::::::..:.::::::.::. ...: .: CCDS12 IRTIELDGKRIKLQIWDTAGQERFRTITTAYYRGAMGIMLVYDITNEKSFDNIRNWIRNI 50 60 70 80 90 100 130 140 150 160 170 180 pF1KE3 KTYSWDNAQVILVGNKCDMEEERVVPTEKGQLLAEQLGFDFFEASAKENISVRQAFERLV . .. ... ...:::::....: : :.:. :: . :. :.:.::: ::.:..:: :. CCDS12 EEHASADVEKMILGNKCDVNDKRQVSKERGEKLALDYGIKFMETSAKANINVENAFFTLA 110 120 130 140 150 160 190 200 210 pF1KE3 DAICDKMSDSLDTDPSMLGSSKNTRLSDTPPLLQQNCSC : ::. .:. . : ::....... CCDS12 RDIKAKMDKKLEGN-SPQGSNQGVKITPDQQKRSSFFRCVLL 170 180 190 200 >>CCDS1720.1 RAB10 gene_id:10890|Hs108|chr2 (200 aa) initn: 638 init1: 638 opt: 638 Z-score: 715.3 bits: 139.4 E(32554): 1.6e-33 Smith-Waterman score: 638; 53.5% identity (84.1% similar) in 170 aa overlap (17-186:4-173) 10 20 30 40 50 60 pF1KE3 MASVTDGKTGVKDASDQNFDYMFKLLIIGNSSVGKTSFLFRYADDTFTPAFVSTVGIDFK ...: .::::.::.:.:::: :::..::.:. .:.::.::::: CCDS17 MAKKTYDLLFKLLLIGDSGVGKTCVLFRFSDDAFNTTFISTIGIDFK 10 20 30 40 70 80 90 100 110 120 pF1KE3 VKTVYRHEKRVKLQIWDTAGQERYRTITTAYYRGAMGFILMYDITNEESFNAVQDWATQI .::: . :..::::::::::::..::::.:::::::..:.::::: .::. .. : .: CCDS17 IKTVELQGKKIKLQIWDTAGQERFHTITTSYYRGAMGIMLVYDITNGKSFENISKWLRNI 50 60 70 80 90 100 130 140 150 160 170 180 pF1KE3 KTYSWDNAQVILVGNKCDMEEERVVPTEKGQLLAEQLGFDFFEASAKENISVRQAFERLV .. .... .:.::::::...:::: ::. .:.. :. :::.::: ::....:: :. CCDS17 DEHANEDVERMLLGNKCDMDDKRVVPKGKGEQIAREHGIRFFETSAKANINIEKAFLTLA 110 120 130 140 150 160 190 200 210 pF1KE3 DAICDKMSDSLDTDPSMLGSSKNTRLSDTPPLLQQNCSC . : : CCDS17 EDILRKTPVKEPNSENVDISSGGGVTGWKSKCC 170 180 190 200 >>CCDS10183.1 RAB8B gene_id:51762|Hs108|chr15 (207 aa) initn: 650 init1: 628 opt: 638 Z-score: 715.1 bits: 139.4 E(32554): 1.6e-33 Smith-Waterman score: 638; 46.9% identity (82.3% similar) in 192 aa overlap (17-208:3-193) 10 20 30 40 50 60 pF1KE3 MASVTDGKTGVKDASDQNFDYMFKLLIIGNSSVGKTSFLFRYADDTFTPAFVSTVGIDFK ...::.::::.::.:.:::: .:::...:.:. .:.::.::::: CCDS10 MAKTYDYLFKLLLIGDSGVGKTCLLFRFSEDAFNTTFISTIGIDFK 10 20 30 40 70 80 90 100 110 120 pF1KE3 VKTVYRHEKRVKLQIWDTAGQERYRTITTAYYRGAMGFILMYDITNEESFNAVQDWATQI ..:. :..::::::::::::.:::::::::::::..:.::::::.::. ...: .: CCDS10 IRTIELDGKKIKLQIWDTAGQERFRTITTAYYRGAMGIMLVYDITNEKSFDNIKNWIRNI 50 60 70 80 90 100 130 140 150 160 170 180 pF1KE3 KTYSWDNAQVILVGNKCDMEEERVVPTEKGQLLAEQLGFDFFEASAKENISVRQAFERLV . .. .... ...::::::...: : :.:. :: . :. :.:.::: . .:..:: :. CCDS10 EEHASSDVERMILGNKCDMNDKRQVSKERGEKLAIDYGIKFLETSAKSSANVEEAFFTLA 110 120 130 140 150 160 190 200 210 pF1KE3 DAICDKMSDSLDTDPSMLGSSKNTRLSDTPPLLQQNCSC : :.. ... : . :.. ..... CCDS10 RDIMTKLNRKMN-DSNSAGAGGPVKITENRSKKTSFFRCSLL 170 180 190 200 >>CCDS46306.1 RAB1A gene_id:5861|Hs108|chr2 (205 aa) initn: 624 init1: 604 opt: 618 Z-score: 693.2 bits: 135.3 E(32554): 2.7e-32 Smith-Waterman score: 618; 43.6% identity (77.0% similar) in 204 aa overlap (16-219:5-204) 10 20 30 40 50 60 pF1KE3 MASVTDGKTGVKDASDQNFDYMFKLLIIGNSSVGKTSFLFRYADDTFTPAFVSTVGIDFK . ..::.::::.::.:.:::. .:.:.::::.: ...::.:.::: CCDS46 MSSMNPEYDYLFKLLLIGDSGVGKSCLLLRFADDTYTESYISTIGVDFK 10 20 30 40 70 80 90 100 110 120 pF1KE3 VKTVYRHEKRVKLQIWDTAGQERYRTITTAYYRGAMGFILMYDITNEESFNAVQDWATQI ..:. : .::::::::::::.::::..::::: :.:..::.:..:::: :..: .: CCDS46 IRTIELDGKTIKLQIWDTAGQERFRTITSSYYRGAHGIIVVYDVTDQESFNNVKQWLQEI 50 60 70 80 90 100 130 140 150 160 170 180 pF1KE3 KTYSWDNAQVILVGNKCDMEEERVVPTEKGQLLAEQLGFDFFEASAKENISVRQAFERLV :. .:.. .:::::::. ..:: .. .:..::. :.:.:::. .:.:.: .. 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CCDS10 KENASAGVERLLLGNKCDMEAKRKVQKEQADKLAREHGIRFFETSAKSSMNVDEAFSSLA 110 120 130 140 150 160 190 200 210 pF1KE3 DAICDKMSDSLDTDPSMLGSSKNTRLSDTPPLLQQNCSC : CCDS10 RDILLKSGGRRSGNGNKPPSTDLKTCDKKNTNKCSLG 170 180 190 200 >>CCDS31613.1 RAB1B gene_id:81876|Hs108|chr11 (201 aa) initn: 604 init1: 584 opt: 598 Z-score: 671.4 bits: 131.2 E(32554): 4.5e-31 Smith-Waterman score: 598; 44.1% identity (76.9% similar) in 195 aa overlap (16-210:2-192) 10 20 30 40 50 60 pF1KE3 MASVTDGKTGVKDASDQNFDYMFKLLIIGNSSVGKTSFLFRYADDTFTPAFVSTVGIDFK . ..::.::::.::.:.:::. .:.:.::::.: ...::.:.::: CCDS31 MNPEYDYLFKLLLIGDSGVGKSCLLLRFADDTYTESYISTIGVDFK 10 20 30 40 70 80 90 100 110 120 pF1KE3 VKTVYRHEKRVKLQIWDTAGQERYRTITTAYYRGAMGFILMYDITNEESFNAVQDWATQI ..:. : .::::::::::::.::::..::::: :.:..::.:..::. :..: .: CCDS31 IRTIELDGKTIKLQIWDTAGQERFRTITSSYYRGAHGIIVVYDVTDQESYANVKQWLQEI 50 60 70 80 90 100 130 140 150 160 170 180 pF1KE3 KTYSWDNAQVILVGNKCDMEEERVVPTEKGQLLAEQLGFDFFEASAKENISVRQAFERLV :. .:.. .::::: :. ..:: . .. .:..::. :.:.:::. .:.::: .. CCDS31 DRYASENVNKLLVGNKSDLTTKKVVDNTTAKEFADSLGIPFLETSAKNATNVEQAFMTMA 110 120 130 140 150 160 190 200 210 pF1KE3 DAICDKMSDSLDTDPSMLGSSKNTRLSDTPPLLQQNCSC : .:. . . : : ....:: CCDS31 AEIKKRMGPGAASG----GERPNLKIDSTPVKPAGGGCC 170 180 190 200 219 residues in 1 query sequences 18511270 residues in 32554 library sequences Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc) start: Mon Nov 7 18:03:28 2016 done: Mon Nov 7 18:03:29 2016 Total Scan time: 1.880 Total Display time: 0.000 Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]