FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE9439, 549 aa 1>>>pF1KE9439 549 - 549 aa - 549 aa Library: /omim/omim.rfq.tfa 60827320 residues in 85289 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 4.7299+/-0.000365; mu= 22.0100+/- 0.023 mean_var=73.6062+/-15.569, 0's: 0 Z-trim(113.2): 285 B-trim: 30 in 1/49 Lambda= 0.149492 statistics sampled from 22100 (22423) to 22100 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.613), E-opt: 0.2 (0.263), width: 16 Scan time: 10.380 The best scores are: opt bits E(85289) NP_001171763 (OMIM: 300572,300985) adhesion G-prot ( 966) 804 183.4 2.8e-45 NP_001171764 (OMIM: 300572,300985) adhesion G-prot ( 979) 804 183.4 2.8e-45 NP_001171766 (OMIM: 300572,300985) adhesion G-prot ( 987) 804 183.4 2.8e-45 NP_001171765 (OMIM: 300572,300985) adhesion G-prot ( 993) 804 183.4 2.8e-45 NP_001073329 (OMIM: 300572,300985) adhesion G-prot ( 995) 804 183.4 2.8e-45 NP_001171762 (OMIM: 300572,300985) adhesion G-prot (1001) 804 183.4 2.8e-45 NP_001073328 (OMIM: 300572,300985) adhesion G-prot (1003) 804 183.4 2.8e-45 NP_005747 (OMIM: 300572,300985) adhesion G-protein (1014) 804 183.4 2.9e-45 XP_006724518 (OMIM: 300572,300985) PREDICTED: adhe (1017) 804 183.4 2.9e-45 NP_001073327 (OMIM: 300572,300985) adhesion G-prot (1017) 804 183.4 2.9e-45 XP_011543736 (OMIM: 300572,300985) PREDICTED: adhe (1017) 804 183.4 2.9e-45 XP_011543737 (OMIM: 300572,300985) PREDICTED: adhe (1017) 804 183.4 2.9e-45 NP_001277072 (OMIM: 604110,606854,615752) adhesion ( 518) 784 178.8 3.5e-44 NP_001277071 (OMIM: 604110,606854,615752) adhesion ( 523) 784 178.8 3.6e-44 NP_001277073 (OMIM: 604110,606854,615752) adhesion ( 512) 783 178.6 4.1e-44 XP_005256308 (OMIM: 604110,606854,615752) PREDICTE ( 693) 784 179.0 4.3e-44 XP_005256306 (OMIM: 604110,606854,615752) PREDICTE ( 693) 784 179.0 4.3e-44 XP_011521767 (OMIM: 604110,606854,615752) PREDICTE ( 693) 784 179.0 4.3e-44 XP_005256305 (OMIM: 604110,606854,615752) PREDICTE ( 693) 784 179.0 4.3e-44 XP_011521765 (OMIM: 604110,606854,615752) PREDICTE ( 693) 784 179.0 4.3e-44 XP_006721407 (OMIM: 604110,606854,615752) PREDICTE ( 693) 784 179.0 4.3e-44 XP_005256311 (OMIM: 604110,606854,615752) PREDICTE ( 693) 784 179.0 4.3e-44 NP_001139243 (OMIM: 604110,606854,615752) adhesion ( 693) 784 179.0 4.3e-44 XP_006721408 (OMIM: 604110,606854,615752) PREDICTE ( 693) 784 179.0 4.3e-44 XP_006721405 (OMIM: 604110,606854,615752) PREDICTE ( 693) 784 179.0 4.3e-44 XP_011521766 (OMIM: 604110,606854,615752) PREDICTE ( 693) 784 179.0 4.3e-44 XP_005256303 (OMIM: 604110,606854,615752) PREDICTE ( 693) 784 179.0 4.3e-44 XP_006721406 (OMIM: 604110,606854,615752) PREDICTE ( 693) 784 179.0 4.3e-44 NP_005673 (OMIM: 604110,606854,615752) adhesion G- ( 693) 784 179.0 4.3e-44 XP_005256309 (OMIM: 604110,606854,615752) PREDICTE ( 693) 784 179.0 4.3e-44 XP_005256304 (OMIM: 604110,606854,615752) PREDICTE ( 693) 784 179.0 4.3e-44 XP_011521768 (OMIM: 604110,606854,615752) PREDICTE ( 693) 784 179.0 4.3e-44 XP_011521769 (OMIM: 604110,606854,615752) PREDICTE ( 693) 784 179.0 4.3e-44 XP_006721409 (OMIM: 604110,606854,615752) PREDICTE ( 693) 784 179.0 4.3e-44 XP_011521770 (OMIM: 604110,606854,615752) PREDICTE ( 693) 784 179.0 4.3e-44 XP_005256296 (OMIM: 604110,606854,615752) PREDICTE ( 698) 784 179.0 4.4e-44 XP_006721404 (OMIM: 604110,606854,615752) PREDICTE ( 698) 784 179.0 4.4e-44 XP_005256302 (OMIM: 604110,606854,615752) PREDICTE ( 698) 784 179.0 4.4e-44 XP_011521764 (OMIM: 604110,606854,615752) PREDICTE ( 698) 784 179.0 4.4e-44 XP_005256301 (OMIM: 604110,606854,615752) PREDICTE ( 698) 784 179.0 4.4e-44 XP_005256297 (OMIM: 604110,606854,615752) PREDICTE ( 698) 784 179.0 4.4e-44 XP_006721403 (OMIM: 604110,606854,615752) PREDICTE ( 698) 784 179.0 4.4e-44 XP_011521763 (OMIM: 604110,606854,615752) PREDICTE ( 698) 784 179.0 4.4e-44 XP_006721401 (OMIM: 604110,606854,615752) PREDICTE ( 698) 784 179.0 4.4e-44 XP_005256294 (OMIM: 604110,606854,615752) PREDICTE ( 698) 784 179.0 4.4e-44 XP_006721402 (OMIM: 604110,606854,615752) PREDICTE ( 698) 784 179.0 4.4e-44 XP_005256299 (OMIM: 604110,606854,615752) PREDICTE ( 698) 784 179.0 4.4e-44 XP_005256298 (OMIM: 604110,606854,615752) PREDICTE ( 698) 784 179.0 4.4e-44 XP_005256295 (OMIM: 604110,606854,615752) PREDICTE ( 698) 784 179.0 4.4e-44 XP_005256312 (OMIM: 604110,606854,615752) PREDICTE ( 687) 783 178.7 5e-44 >>NP_001171763 (OMIM: 300572,300985) adhesion G-protein (966 aa) initn: 516 init1: 298 opt: 804 Z-score: 934.0 bits: 183.4 E(85289): 2.8e-45 Smith-Waterman score: 804; 33.9% identity (64.1% similar) in 460 aa overlap (84-523:440-881) 60 70 80 90 100 110 pF1KE9 CRQSGSDSCNVENLQRYWLNYEAHLMKEGLTQKVNTPFLK-ALVQNLSTNTAEDFYFSLE : ....: : :... ... . . . 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NP_001 HSPPDMLAPLAQRLLKVVDDIGLQLNFSNTTISLTSPSLALAVIRVNASSFNTTTFVAQD 380 390 400 410 420 430 120 130 140 150 160 pF1KE9 PSQVPRQVMKDEDKPPDRV---RLPKSLFRSLPGNRSVVRLAVTILDIGPGTLFKGPRLG :... :: . . : . . ::.::. .::.. . : . . .::. : : NP_001 PANL--QVSLETQAPENSIGTITLPSSLMNNLPAHDMELASRVQFNFFETPALFQDPSL- 440 450 460 470 480 490 170 180 190 200 210 220 pF1KE9 LGDGSGVLNNRLVGLSVGQMHVTKLAEPLEIVFSHQRPPPN-MTLTCVFWDVTK-GTTGD . : . ... ::... : .:.. . ....: : . .:. :::::. . : : NP_001 ---ENLSLISYVISSSVANLTVRNLTRNVTVTLKHINPSQDELTVRCVFWDLGRNGGRGG 500 510 520 530 540 550 230 240 250 260 270 280 pF1KE9 WSSEGCST-EVRPEGTVCCCDHLTFFALLL---RPTLDQSTVHILTRISQAGCGVSMIFL ::..:::. . : . :.: :.::: :..:: : .. . . :: :. :::.: ::: NP_001 WSDNGCSVKDRRLNETICTCSHLTSFGVLLDLSRTSVLPAQMMALTFITYIGCGLSSIFL 560 570 580 590 600 610 290 300 310 320 330 340 pF1KE9 AFTIILY-AFLRLSRERFKSEDAP-KIHVALGGSLFLLNLAFLVNVGSGSKGSDAACWAR . :.. : :: .. : : : :: . : ..:.::::.::.. . .. : . 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NP_001 GFFIFIFYCVAKENVRKQWRRYLCCGKLRLAENSDWSKTATNGLKKQTVNQGVSSSSNSL 850 860 870 880 890 900 >>NP_001171765 (OMIM: 300572,300985) adhesion G-protein (993 aa) initn: 517 init1: 298 opt: 804 Z-score: 933.8 bits: 183.4 E(85289): 2.8e-45 Smith-Waterman score: 804; 33.9% identity (64.1% similar) in 460 aa overlap (84-523:416-857) 60 70 80 90 100 110 pF1KE9 CRQSGSDSCNVENLQRYWLNYEAHLMKEGLTQKVNTPFLK-ALVQNLSTNTAEDFYFSLE : ....: : :... ... . . . 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NP_001 HSPPDMLAPLAQRLLKVVDDIGLQLNFSNTTISLTSPSLALAVIRVNASSFNTTTFVAQD 390 400 410 420 430 440 120 130 140 150 160 pF1KE9 PSQVPRQVMKDEDKPPDRV---RLPKSLFRSLPGNRSVVRLAVTILDIGPGTLFKGPRLG :... :: . . : . . ::.::. .::.. . : . . .::. : : NP_001 PANL--QVSLETQAPENSIGTITLPSSLMNNLPAHDMELASRVQFNFFETPALFQDPSL- 450 460 470 480 490 500 170 180 190 200 210 220 pF1KE9 LGDGSGVLNNRLVGLSVGQMHVTKLAEPLEIVFSHQRPPPN-MTLTCVFWDVTK-GTTGD . : . ... ::... : .:.. . ....: : . .:. :::::. . : : NP_001 ---ENLSLISYVISSSVANLTVRNLTRNVTVTLKHINPSQDELTVRCVFWDLGRNGGRGG 510 520 530 540 550 560 230 240 250 260 270 280 pF1KE9 WSSEGCST-EVRPEGTVCCCDHLTFFALLL---RPTLDQSTVHILTRISQAGCGVSMIFL ::..:::. . : . :.: :.::: :..:: : .. . . :: :. :::.: ::: NP_001 WSDNGCSVKDRRLNETICTCSHLTSFGVLLDLSRTSVLPAQMMALTFITYIGCGLSSIFL 570 580 590 600 610 620 290 300 310 320 330 340 pF1KE9 AFTIILY-AFLRLSRERFKSEDAP-KIHVALGGSLFLLNLAFLVNVGSGSKGSDAACWAR . :.. : :: .. : : : :: . : ..:.::::.::.. . .. : . 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NP_001 GFFIFIFYCVAKENVRKQWRRYLCCGKLRLAENSDWSKTATNGLKKQTVNQGVSSSSNSL 850 860 870 880 890 900 >>NP_001171762 (OMIM: 300572,300985) adhesion G-protein (1001 aa) initn: 516 init1: 298 opt: 804 Z-score: 933.8 bits: 183.4 E(85289): 2.8e-45 Smith-Waterman score: 804; 33.9% identity (64.1% similar) in 460 aa overlap (84-523:424-865) 60 70 80 90 100 110 pF1KE9 CRQSGSDSCNVENLQRYWLNYEAHLMKEGLTQKVNTPFLK-ALVQNLSTNTAEDFYFSLE : ....: : :... ... . . . 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NP_001 GFFIFIFYCVAKENVRKQWRRYLCCGKLRLAENSDWSKTATNGLKKQTVNQGVSSSSNSL 860 870 880 890 900 910 >>NP_001073328 (OMIM: 300572,300985) adhesion G-protein (1003 aa) initn: 516 init1: 298 opt: 804 Z-score: 933.8 bits: 183.4 E(85289): 2.8e-45 Smith-Waterman score: 804; 33.9% identity (64.1% similar) in 460 aa overlap (84-523:426-867) 60 70 80 90 100 110 pF1KE9 CRQSGSDSCNVENLQRYWLNYEAHLMKEGLTQKVNTPFLK-ALVQNLSTNTAEDFYFSLE : ....: : :... ... . . . 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NP_001 GFFIFIFYCVAKENVRKQWRRYLCCGKLRLAENSDWSKTATNGLKKQTVNQGVSSSSNSL 860 870 880 890 900 910 >>NP_005747 (OMIM: 300572,300985) adhesion G-protein cou (1014 aa) initn: 516 init1: 298 opt: 804 Z-score: 933.7 bits: 183.4 E(85289): 2.9e-45 Smith-Waterman score: 804; 33.9% identity (64.1% similar) in 460 aa overlap (84-523:437-878) 60 70 80 90 100 110 pF1KE9 CRQSGSDSCNVENLQRYWLNYEAHLMKEGLTQKVNTPFLK-ALVQNLSTNTAEDFYFSLE : ....: : :... ... . . . 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NP_005 GFFIFIFYCVAKENVRKQWRRYLCCGKLRLAENSDWSKTATNGLKKQTVNQGVSSSSNSL 870 880 890 900 910 920 >>XP_006724518 (OMIM: 300572,300985) PREDICTED: adhesion (1017 aa) initn: 516 init1: 298 opt: 804 Z-score: 933.7 bits: 183.4 E(85289): 2.9e-45 Smith-Waterman score: 804; 33.9% identity (64.1% similar) in 460 aa overlap (84-523:440-881) 60 70 80 90 100 110 pF1KE9 CRQSGSDSCNVENLQRYWLNYEAHLMKEGLTQKVNTPFLK-ALVQNLSTNTAEDFYFSLE : ....: : :... ... . . . XP_006 HSPPDMLAPLAQRLLKVVDDIGLQLNFSNTTISLTSPSLALAVIRVNASSFNTTTFVAQD 410 420 430 440 450 460 120 130 140 150 160 pF1KE9 PSQVPRQVMKDEDKPPDRV---RLPKSLFRSLPGNRSVVRLAVTILDIGPGTLFKGPRLG :... :: . . : . . ::.::. .::.. . : . . .::. : : XP_006 PANL--QVSLETQAPENSIGTITLPSSLMNNLPAHDMELASRVQFNFFETPALFQDPSL- 470 480 490 500 510 520 170 180 190 200 210 220 pF1KE9 LGDGSGVLNNRLVGLSVGQMHVTKLAEPLEIVFSHQRPPPN-MTLTCVFWDVTK-GTTGD . : . ... ::... : .:.. . ....: : . .:. :::::. . : : XP_006 ---ENLSLISYVISSSVANLTVRNLTRNVTVTLKHINPSQDELTVRCVFWDLGRNGGRGG 530 540 550 560 570 580 230 240 250 260 270 280 pF1KE9 WSSEGCST-EVRPEGTVCCCDHLTFFALLL---RPTLDQSTVHILTRISQAGCGVSMIFL ::..:::. . : . :.: :.::: :..:: : .. . . :: :. :::.: ::: XP_006 WSDNGCSVKDRRLNETICTCSHLTSFGVLLDLSRTSVLPAQMMALTFITYIGCGLSSIFL 590 600 610 620 630 640 290 300 310 320 330 340 pF1KE9 AFTIILY-AFLRLSRERFKSEDAP-KIHVALGGSLFLLNLAFLVNVGSGSKGSDAACWAR . :.. : :: .. : : : :: . : ..:.::::.::.. . .. : . 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XP_006 GFFIFIFYCVAKENVRKQWRRYLCCGKLRLAENSDWSKTATNGLKKQTVNQGVSSSSNSL 880 890 900 910 920 930 >>NP_001073327 (OMIM: 300572,300985) adhesion G-protein (1017 aa) initn: 516 init1: 298 opt: 804 Z-score: 933.7 bits: 183.4 E(85289): 2.9e-45 Smith-Waterman score: 804; 33.9% identity (64.1% similar) in 460 aa overlap (84-523:440-881) 60 70 80 90 100 110 pF1KE9 CRQSGSDSCNVENLQRYWLNYEAHLMKEGLTQKVNTPFLK-ALVQNLSTNTAEDFYFSLE : ....: : :... ... . . . 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