FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KB5875, 465 aa 1>>>pF1KB5875 465 - 465 aa - 465 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.7451+/-0.000862; mu= 3.6350+/- 0.052 mean_var=191.8067+/-39.269, 0's: 0 Z-trim(113.7): 20 B-trim: 92 in 1/50 Lambda= 0.092607 statistics sampled from 14312 (14325) to 14312 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.765), E-opt: 0.2 (0.44), width: 16 Scan time: 3.480 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS4545.1 E2F3 gene_id:1871|Hs108|chr6 ( 465) 3015 414.9 9e-116 CCDS58999.1 E2F3 gene_id:1871|Hs108|chr6 ( 334) 2108 293.6 2.1e-79 CCDS236.1 E2F2 gene_id:1870|Hs108|chr1 ( 437) 961 140.5 3.5e-33 CCDS13224.1 E2F1 gene_id:1869|Hs108|chr20 ( 437) 797 118.5 1.4e-26 CCDS62859.1 E2F6 gene_id:1876|Hs108|chr2 ( 249) 612 93.7 2.4e-19 CCDS1680.2 E2F6 gene_id:1876|Hs108|chr2 ( 281) 612 93.7 2.6e-19 CCDS62858.1 E2F6 gene_id:1876|Hs108|chr2 ( 206) 558 86.4 3e-17 CCDS32464.1 E2F4 gene_id:1874|Hs108|chr16 ( 413) 514 80.7 3.1e-15 CCDS47886.1 E2F5 gene_id:1875|Hs108|chr8 ( 345) 484 76.7 4.4e-14 CCDS47885.1 E2F5 gene_id:1875|Hs108|chr8 ( 346) 481 76.3 5.8e-14 >>CCDS4545.1 E2F3 gene_id:1871|Hs108|chr6 (465 aa) initn: 3015 init1: 3015 opt: 3015 Z-score: 2192.0 bits: 414.9 E(32554): 9e-116 Smith-Waterman score: 3015; 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CCDS23 MLQGPR-ALASAAGQTPKVVPAMSPTELWP 10 20 70 80 90 100 110 120 pF1KB5 TSCSSSLQSGAVAA--GPLLP-SAPGAEQTAGSLLYTTPHGPSSRAGLLQQPPALGRGGS .. :: :.:. :: : .:: : . :. : .::::: .. ... :: CCDS23 SGLSSPQLCPATATYYTPLYPQTAPPAA-APGTCLDATPHGPEGQ--VVRCLPA------ 30 40 50 60 70 80 130 140 150 160 170 180 pF1KB5 GGGGGPPAKRRLELGESGHQYLSDGLKTPKGKGRAALRSPDSPKTPKSPSEKTRYDTSLG : ::::.:.: :. . . . ::::: . : ::::::::.:::::::::: CCDS23 ---GRLPAKRKLDLEGIGRPVVPE-FPTPKGKCIRVDGLP-SPKTPKSPGEKTRYDTSLG 90 100 110 120 130 190 200 210 220 230 240 pF1KB5 LLTKKFIQLLSQSPDGVLDLNKAAEVLKVQKRRIYDITNVLEGIHLIKKKSKNNVQWMGC ::::::: :::.: ::::::: ::::: ::::::::::::::::.::.::.:::.::.: CCDS23 LLTKKFIYLLSESEDGVLDLNWAAEVLDVQKRRIYDITNVLEGIQLIRKKAKNNIQWVGR 140 150 160 170 180 190 250 260 270 280 290 300 pF1KB5 SLSEDGGMLAQCQGLSKEVTELSQEEKKLDELIQSCTLDLKLLTEDSENQRLAYVTYQDI .. :: .. : :..:. :: . :. ::.:::::.:..: ::::. :.:::::::::: CCDS23 GMFEDPTRPGKQQQLGQELKELMNTEQALDQLIQSCSLSFKHLTEDKANKRLAYVTYQDI 200 210 220 230 240 250 310 320 330 340 350 360 pF1KB5 RKISGLKDQTVIVVKAPPETRLEVPDSIE-SLQIHLASTQGPIEVYLCPEET-ETHSPMK : ....:.::::.:::::.::::::: : .:::.: ::::::::::::::. : :: . CCDS23 RAVGNFKEQTVIAVKAPPQTRLEVPDRTEDNLQIYLKSTQGPIEVYLCPEEVQEPDSPSE 260 270 280 290 300 310 370 380 390 400 pF1KB5 TNNQDHNGNIPKPAS-KDLASTNSGHSDCSVSM--------------GNLSPLAS----- . . :.: : . .::. . . ..: .: :: . CCDS23 EPLPSTSTLCPSPDSAQPSSSTDPSIMEPTASSVPAPAPTPQQAPPPPSLVPLEATDSLL 320 330 340 350 360 370 410 420 430 440 450 pF1KB5 --PANLLQQTEDQI--PS-NLEGPFVNLLPPLLQEDYLLSLGEEEGISDLFDAYDLEKLP : ::::::::. :. .:.... : : :.::: .: ::::::::.::: : CCDS23 ELPHPLLQQTEDQFLSPTLACSSPLISFSPSLDQDDYLWGLEAGEGISDLFDSYDLGDLL 380 390 400 410 420 430 460 pF1KB5 LVEDFMCS CCDS23 IN >>CCDS13224.1 E2F1 gene_id:1869|Hs108|chr20 (437 aa) initn: 875 init1: 369 opt: 797 Z-score: 590.9 bits: 118.5 E(32554): 1.4e-26 Smith-Waterman score: 948; 43.3% identity (64.1% similar) in 460 aa overlap (37-462:2-437) 10 20 30 40 50 60 pF1KB5 PALEQYLVTAGGGEGAAVVAAAAAASMDKRALLASP-GFAAAAAAAAAPGAYIQILTTNT :: ..: : : : : :: : .. CCDS13 MALAGAPAGGPCAPALEALLGAGALRLL-DS 10 20 30 70 80 90 100 110 120 pF1KB5 STTSCSSSLQSGAVAAGPLLPSAPGAEQTAGSLL-YTTPHGPSSRAGLLQQPPALGRGGS : :. :.... .: :.::.: .:: ..::..: : ::::: CCDS13 SQIVIISAAQDASAPPAPTGPAAPAAGPCDPDLLLFATPQAP--RPTPSAPRPALGR--- 40 50 60 70 80 130 140 150 160 170 180 pF1KB5 GGGGGPPAKRRLELGESGHQYLSDGLKTPKGKGRAALRSPDSPKTPKSPSEKTRYDTSLG ::.::::.: :. ::::... .:.: : : : :::.::.::.:::. CCDS13 -----PPVKRRLDL-ETDHQYLAESSGPARGRG----RHPG--KGVKSPGEKSRYETSLN 90 100 110 120 130 190 200 210 220 230 240 pF1KB5 LLTKKFIQLLSQSPDGVLDLNKAAEVLKVQKRRIYDITNVLEGIHLIKKKSKNNVQWMGC : ::.:..:::.: :::.::: ::::::::::::::::::::::.:: :::::..::.: CCDS13 LTTKRFLELLSHSADGVVDLNWAAEVLKVQKRRIYDITNVLEGIQLIAKKSKNHIQWLGS 140 150 160 170 180 190 250 260 270 280 290 300 pF1KB5 SLSED-GGMLAQCQGLSKEVTELSQEEKKLDELIQSCTLDLKLLTEDSENQRLAYVTYQD . :: : .::.... .:.. :..::.:.. :: .:.::.::...::::::: :: CCDS13 HTTVGVGGRL---EGLTQDLRQLQESEQQLDHLMNICTTQLRLLSEDTDSQRLAYVTCQD 200 210 220 230 240 250 310 320 330 340 350 360 pF1KB5 IRKISGLKDQTVIVVKAPPETRLEVPDSIESLQIHLASTQGPIEVYLCPEETETH-SPMK .:.:. .: :.:.::::::.:.. :: :..:: : : ::::.:.:::::: :: : CCDS13 LRSIADPAEQMVMVIKAPPETQLQAVDSSENFQISLKSKQGPIDVFLCPEETVGGISPGK 260 270 280 290 300 310 370 380 390 pF1KB5 TNNQ-----------DHNGNIPKPASKDLASTNSGHSDCSVS---------MGNL----- : .: : . : :. .: .. :. .: ::.: CCDS13 TPSQEVTSEEENRATDSATIVSPPPSSPPSSLTTDPSQSLLSLEQEPLLSRMGSLRAPVD 320 330 340 350 360 370 400 410 420 430 440 450 pF1KB5 ----SPLASPANLLQQTEDQIPSNLEGPFVNLLPPLLQEDYLLSLGEEEGISDLFDAYDL :::.. .::....... . : :..: :: :: ..: : ::: :::: :. CCDS13 EDRLSPLVAADSLLEHVREDFSGLLPEEFISLSPPHEALDYHFGLEEGEGIRDLFDC-DF 380 390 400 410 420 460 pF1KB5 EKL-PLVEDFMCS : :: :: CCDS13 GDLTPL--DF 430 >>CCDS62859.1 E2F6 gene_id:1876|Hs108|chr2 (249 aa) initn: 533 init1: 281 opt: 612 Z-score: 460.8 bits: 93.7 E(32554): 2.4e-19 Smith-Waterman score: 612; 53.6% identity (81.8% similar) in 181 aa overlap (175-354:28-207) 150 160 170 180 190 200 pF1KB5 YLSDGLKTPKGKGRAALRSPDSPKTPKSPSEKTRYDTSLGLLTKKFIQLLSQSPDGVLDL .. :.:.:: ::.::..:. ..: :.::: CCDS62 MNPSPSKIRINLEDNVQYVSMRKALKVKRPRFDVSLVYLTRKFMDLVRSAPGGILDL 10 20 30 40 50 210 220 230 240 250 260 pF1KB5 NKAAEVLKVQKRRIYDITNVLEGIHLIKKKSKNNVQWMGCSLSEDGGMLAQCQGLSKEVT ::.: : :.:::.:::::::.:: :..:::::...:.: .:: . : . : . :..:.. CCDS62 NKVATKLGVRKRRVYDITNVLDGIDLVEKKSKNHIRWIGSDLS-NFGAVPQQKKLQEELS 60 70 80 90 100 110 270 280 290 300 310 320 pF1KB5 ELSQEEKKLDELIQSCTLDLKLLTEDSENQRLAYVTYQDIRKISGLKDQTVIVVKAPPET .:: : :::::..:. .: ::.:.::.::::::::::..:.....: ::.:::: :: CCDS62 DLSAMEDALDELIKDCAQQLFELTDDKENERLAYVTYQDIHSIQAFHEQIVIAVKAPAET 120 130 140 150 160 170 330 340 350 360 370 380 pF1KB5 RLEVPDSIE-SLQIHLASTQGPIEVYLCPEETETHSPMKTNNQDHNGNIPKPASKDLAST ::.:: : :. .:. ::.:::.:::: : CCDS62 RLDVPAPREDSITVHIRSTNGPIDVYLCEVEQGQTSNKRSEGVGTSSSESTHPEGPEEEE 180 190 200 210 220 230 390 400 410 420 430 440 pF1KB5 NSGHSDCSVSMGNLSPLASPANLLQQTEDQIPSNLEGPFVNLLPPLLQEDYLLSLGEEEG CCDS62 NPQQSEELLEVSN 240 >>CCDS1680.2 E2F6 gene_id:1876|Hs108|chr2 (281 aa) initn: 533 init1: 281 opt: 612 Z-score: 460.1 bits: 93.7 E(32554): 2.6e-19 Smith-Waterman score: 612; 53.6% identity (81.8% similar) in 181 aa overlap (175-354:60-239) 150 160 170 180 190 200 pF1KB5 YLSDGLKTPKGKGRAALRSPDSPKTPKSPSEKTRYDTSLGLLTKKFIQLLSQSPDGVLDL .. :.:.:: ::.::..:. ..: :.::: CCDS16 INVEGLLPSKIRINLEDNVQYVSMRKALKVKRPRFDVSLVYLTRKFMDLVRSAPGGILDL 30 40 50 60 70 80 210 220 230 240 250 260 pF1KB5 NKAAEVLKVQKRRIYDITNVLEGIHLIKKKSKNNVQWMGCSLSEDGGMLAQCQGLSKEVT ::.: : :.:::.:::::::.:: :..:::::...:.: .:: . : . : . :..:.. CCDS16 NKVATKLGVRKRRVYDITNVLDGIDLVEKKSKNHIRWIGSDLS-NFGAVPQQKKLQEELS 90 100 110 120 130 140 270 280 290 300 310 320 pF1KB5 ELSQEEKKLDELIQSCTLDLKLLTEDSENQRLAYVTYQDIRKISGLKDQTVIVVKAPPET .:: : :::::..:. .: ::.:.::.::::::::::..:.....: ::.:::: :: CCDS16 DLSAMEDALDELIKDCAQQLFELTDDKENERLAYVTYQDIHSIQAFHEQIVIAVKAPAET 150 160 170 180 190 200 330 340 350 360 370 380 pF1KB5 RLEVPDSIE-SLQIHLASTQGPIEVYLCPEETETHSPMKTNNQDHNGNIPKPASKDLAST ::.:: : :. .:. ::.:::.:::: : CCDS16 RLDVPAPREDSITVHIRSTNGPIDVYLCEVEQGQTSNKRSEGVGTSSSESTHPEGPEEEE 210 220 230 240 250 260 390 400 410 420 430 440 pF1KB5 NSGHSDCSVSMGNLSPLASPANLLQQTEDQIPSNLEGPFVNLLPPLLQEDYLLSLGEEEG CCDS16 NPQQSEELLEVSN 270 280 >>CCDS62858.1 E2F6 gene_id:1876|Hs108|chr2 (206 aa) initn: 472 init1: 266 opt: 558 Z-score: 423.0 bits: 86.4 E(32554): 3e-17 Smith-Waterman score: 558; 53.9% identity (81.8% similar) in 165 aa overlap (191-354:1-164) 170 180 190 200 210 220 pF1KB5 LRSPDSPKTPKSPSEKTRYDTSLGLLTKKFIQLLSQSPDGVLDLNKAAEVLKVQKRRIYD ..:. ..: :.:::::.: : :.:::.:: CCDS62 MDLVRSAPGGILDLNKVATKLGVRKRRVYD 10 20 30 230 240 250 260 270 280 pF1KB5 ITNVLEGIHLIKKKSKNNVQWMGCSLSEDGGMLAQCQGLSKEVTELSQEEKKLDELIQSC :::::.:: :..:::::...:.: .:: . : . : . :..:...:: : :::::..: CCDS62 ITNVLDGIDLVEKKSKNHIRWIGSDLS-NFGAVPQQKKLQEELSDLSAMEDALDELIKDC 40 50 60 70 80 290 300 310 320 330 pF1KB5 TLDLKLLTEDSENQRLAYVTYQDIRKISGLKDQTVIVVKAPPETRLEVPDSIE-SLQIHL . .: ::.:.::.::::::::::..:.....: ::.:::: ::::.:: : :. .:. CCDS62 AQQLFELTDDKENERLAYVTYQDIHSIQAFHEQIVIAVKAPAETRLDVPAPREDSITVHI 90 100 110 120 130 140 340 350 360 370 380 390 pF1KB5 ASTQGPIEVYLCPEETETHSPMKTNNQDHNGNIPKPASKDLASTNSGHSDCSVSMGNLSP ::.:::.:::: : CCDS62 RSTNGPIDVYLCEVEQGQTSNKRSEGVGTSSSESTHPEGPEEEENPQQSEELLEVSN 150 160 170 180 190 200 >>CCDS32464.1 E2F4 gene_id:1874|Hs108|chr16 (413 aa) initn: 578 init1: 172 opt: 514 Z-score: 386.9 bits: 80.7 E(32554): 3.1e-15 Smith-Waterman score: 522; 40.8% identity (66.0% similar) in 262 aa overlap (167-417:6-244) 140 150 160 170 180 190 pF1KB5 ELGESGHQYLSDGLKTPKGKGRAALRSPDSPKTPKSPSEKTRYDTSLGLLTKKFIQLLSQ :..: :. .:.. :::::: ::..::.. CCDS32 MAEAGPQAPPPPGTPSRHEKSLGLLTTKFVSLLQE 10 20 30 200 210 220 230 240 250 pF1KB5 SPDGVLDLNKAAEVLKV-QKRRIYDITNVLEGIHLIKKKSKNNVQWMG----CSLSEDGG . ::::::. ::..: : ::::::::::::::: ::.:::::..:: : :. : . 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CCDS47 YQINLKSHSGPIHVLLINKESSSSKPVVFPVPPPD-DLTQPSSQSLTPVTPQKS--SMAT 220 230 240 250 260 400 410 420 430 pF1KB5 GNLSP--LASPANLLQQTE-DQIPS--NLEGPFVNLLP-----PLLQ------EDYLLSL :: .. .. :::: .: : .. : ... : :::. .:: ..: CCDS47 QNLPEQHVSERSQALQQTSATDISSAGSISGDIIDELMSSDVFPLLRLSPTPADDYNFNL 270 280 290 300 310 320 440 450 460 pF1KB5 GEEEGISDLFDAYDLEKLPLVEDFMCS ..::. :::: CCDS47 DDNEGVCDLFDVQILNY 330 340 465 residues in 1 query sequences 18511270 residues in 32554 library sequences Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc) start: Mon Nov 7 17:12:06 2016 done: Mon Nov 7 17:12:07 2016 Total Scan time: 3.480 Total Display time: 0.030 Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]