FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE5538, 365 aa 1>>>pF1KE5538 365 - 365 aa - 365 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.7181+/-0.00103; mu= 14.2084+/- 0.062 mean_var=64.7995+/-13.246, 0's: 0 Z-trim(103.9): 65 B-trim: 0 in 0/50 Lambda= 0.159327 statistics sampled from 7569 (7636) to 7569 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.612), E-opt: 0.2 (0.235), width: 16 Scan time: 2.090 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS14703.1 GABRE gene_id:2564|Hs108|chrX ( 506) 2392 558.8 3.7e-159 CCDS45195.1 GABRG3 gene_id:2567|Hs108|chr15 ( 467) 1234 292.6 4.6e-79 CCDS4358.1 GABRG2 gene_id:2566|Hs108|chr5 ( 467) 1226 290.8 1.6e-78 CCDS4359.1 GABRG2 gene_id:2566|Hs108|chr5 ( 475) 1226 290.8 1.7e-78 CCDS3470.1 GABRG1 gene_id:2565|Hs108|chr4 ( 465) 1215 288.2 9.4e-78 CCDS4356.1 GABRA6 gene_id:2559|Hs108|chr5 ( 453) 1029 245.5 6.8e-65 CCDS3473.1 GABRA4 gene_id:2557|Hs108|chr4 ( 554) 1022 243.9 2.5e-64 CCDS4357.1 GABRA1 gene_id:2554|Hs108|chr5 ( 456) 982 234.7 1.2e-61 CCDS14706.1 GABRA3 gene_id:2556|Hs108|chrX ( 492) 982 234.7 1.3e-61 CCDS45194.1 GABRA5 gene_id:2558|Hs108|chr15 ( 462) 979 234.0 2e-61 CCDS3471.1 GABRA2 gene_id:2555|Hs108|chr4 ( 451) 963 230.3 2.5e-60 CCDS82921.1 GABRA2 gene_id:2555|Hs108|chr4 ( 511) 963 230.3 2.8e-60 CCDS3474.1 GABRB1 gene_id:2560|Hs108|chr4 ( 474) 797 192.2 8e-49 CCDS36.1 GABRD gene_id:2563|Hs108|chr1 ( 452) 792 191.0 1.7e-48 CCDS59251.1 GABRG3 gene_id:2567|Hs108|chr15 ( 253) 785 189.3 3.1e-48 CCDS4354.1 GABRB2 gene_id:2561|Hs108|chr5 ( 474) 785 189.4 5.4e-48 CCDS4355.1 GABRB2 gene_id:2561|Hs108|chr5 ( 512) 785 189.4 5.8e-48 CCDS10018.1 GABRB3 gene_id:2562|Hs108|chr15 ( 473) 780 188.3 1.2e-47 CCDS43283.1 GLRA3 gene_id:8001|Hs108|chr4 ( 449) 771 186.2 4.8e-47 CCDS3822.1 GLRA3 gene_id:8001|Hs108|chr4 ( 464) 771 186.2 5e-47 CCDS10019.1 GABRB3 gene_id:2562|Hs108|chr15 ( 473) 771 186.2 5e-47 CCDS4320.1 GLRA1 gene_id:2741|Hs108|chr5 ( 449) 767 185.3 9.1e-47 CCDS14160.1 GLRA2 gene_id:2742|Hs108|chrX ( 452) 767 185.3 9.2e-47 CCDS48085.1 GLRA2 gene_id:2742|Hs108|chrX ( 452) 767 185.3 9.2e-47 CCDS54942.1 GLRA1 gene_id:2741|Hs108|chr5 ( 457) 767 185.3 9.3e-47 CCDS43980.2 GLRA4 gene_id:441509|Hs108|chrX ( 417) 759 183.4 3e-46 CCDS5019.2 GABRR1 gene_id:2569|Hs108|chr6 ( 479) 756 182.7 5.6e-46 CCDS59029.1 GABRR1 gene_id:2569|Hs108|chr6 ( 462) 740 179.1 6.9e-45 CCDS14707.1 GABRQ gene_id:55879|Hs108|chrX ( 632) 737 178.4 1.5e-44 CCDS5020.3 GABRR2 gene_id:2570|Hs108|chr6 ( 465) 735 177.9 1.5e-44 CCDS59028.1 GABRR1 gene_id:2569|Hs108|chr6 ( 392) 727 176.0 4.7e-44 CCDS54617.1 GABRR3 gene_id:200959|Hs108|chr3 ( 467) 691 167.8 1.7e-41 CCDS53921.1 GABRB3 gene_id:2562|Hs108|chr15 ( 402) 682 165.7 6.3e-41 CCDS55371.1 GLRA2 gene_id:2742|Hs108|chrX ( 363) 681 165.5 6.7e-41 CCDS4375.1 GABRP gene_id:2568|Hs108|chr5 ( 440) 680 165.3 9.4e-41 CCDS53920.1 GABRB3 gene_id:2562|Hs108|chr15 ( 388) 666 162.0 7.8e-40 CCDS47333.1 GABRG2 gene_id:2566|Hs108|chr5 ( 515) 635 154.9 1.4e-37 CCDS3796.1 GLRB gene_id:2743|Hs108|chr4 ( 497) 627 153.1 4.9e-37 CCDS75368.1 GABRP gene_id:2568|Hs108|chr5 ( 289) 526 129.8 2.9e-30 CCDS54813.1 GLRB gene_id:2743|Hs108|chr4 ( 303) 497 123.1 3.1e-28 CCDS3250.1 HTR3C gene_id:170572|Hs108|chr3 ( 447) 264 69.6 5.8e-12 CCDS58869.1 HTR3E gene_id:285242|Hs108|chr3 ( 441) 261 68.9 9.2e-12 CCDS58870.1 HTR3E gene_id:285242|Hs108|chr3 ( 456) 261 68.9 9.5e-12 CCDS58868.1 HTR3E gene_id:285242|Hs108|chr3 ( 456) 260 68.7 1.1e-11 CCDS3251.1 HTR3E gene_id:285242|Hs108|chr3 ( 471) 260 68.7 1.1e-11 CCDS53710.1 HTR3A gene_id:3359|Hs108|chr11 ( 463) 258 68.3 1.6e-11 CCDS8365.2 HTR3A gene_id:3359|Hs108|chr11 ( 484) 258 68.3 1.6e-11 >>CCDS14703.1 GABRE gene_id:2564|Hs108|chrX (506 aa) initn: 2392 init1: 2392 opt: 2392 Z-score: 2970.9 bits: 558.8 E(32554): 3.7e-159 Smith-Waterman score: 2392; 99.2% identity (100.0% similar) in 365 aa overlap (1-365:1-365) 10 20 30 40 50 60 pF1KE5 MLSKVLPVFLGILLILQSRVEGPQTESKNEASSRDVVYGPQPQPLENQLLSEETKSTETE ::::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS14 MLSKVLPVLLGILLILQSRVEGPQTESKNEASSRDVVYGPQPQPLENQLLSEETKSTETE 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 pF1KE5 TGSRVGKLPEASRILNTILSNYDHKLRPGIGEKPTVVTVEIAVNSLGPLSILDMEYTIDI :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:::::::::::::::::: CCDS14 TGSRVGKLPEASRILNTILSNYDHKLRPGIGEKPTVVTVEISVNSLGPLSILDMEYTIDI 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 pF1KE5 IFSQTWYDERLCYNDTFESLVLNGNVVSQLWIPDTFFRNSKRTHEHEITMPNQMVRIYKD :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS14 IFSQTWYDERLCYNDTFESLVLNGNVVSQLWIPDTFFRNSKRTHEHEITMPNQMVRIYKD 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 pF1KE5 GKVLYTIRMTIDAGCSLHMLRFPMDSHSCPLSFSSFSYPENEMIYKWENFKLEINEKNSW :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS14 GKVLYTIRMTIDAGCSLHMLRFPMDSHSCPLSFSSFSYPENEMIYKWENFKLEINEKNSW 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 pF1KE5 KLFQFDFTGVSNKTEIITTPVGDFMVMTIFFNVSRRFGYVAFQNYVPSSVTTMLSWVSFW :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS14 KLFQFDFTGVSNKTEIITTPVGDFMVMTIFFNVSRRFGYVAFQNYVPSSVTTMLSWVSFW 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 pF1KE5 IKTESAPARTSLGITSVLTMTTLGTFSRKNFPRVSYITALDFYIAICFVFCFCALLEFAV :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS14 IKTESAPARTSLGITSVLTMTTLGTFSRKNFPRVSYITALDFYIAICFVFCFCALLEFAV 310 320 330 340 350 360 pF1KE5 LNFLM ::::. CCDS14 LNFLIYNQTKAHASPKLRHPRINSRAHARTRARSRACARQHQEAFVCQIVTTEGSDGEER 370 380 390 400 410 420 >>CCDS45195.1 GABRG3 gene_id:2567|Hs108|chr15 (467 aa) initn: 1232 init1: 1232 opt: 1234 Z-score: 1532.9 bits: 292.6 E(32554): 4.6e-79 Smith-Waterman score: 1234; 54.8% identity (86.2% similar) in 312 aa overlap (52-363:28-339) 30 40 50 60 70 80 pF1KE5 GPQTESKNEASSRDVVYGPQPQPLENQLLSEETKSTETETGSRVGKLPEASRILNTILSN :...:.. . . .. ... ::: .: . CCDS45 MAPKLLLLLCLFSGLHARSRKVEEDEYEDSSSNQKWVLAPKSQDTDVTLILNKLLRE 10 20 30 40 50 90 100 110 120 130 140 pF1KE5 YDHKLRPGIGEKPTVVTVEIAVNSLGPLSILDMEYTIDIIFSQTWYDERLCYNDTFESLV ::.:::: :: ::::. :.: :::.::.: ..::: :::.:.::: : :: .:.:.. :. CCDS45 YDKKLRPDIGIKPTVIDVDIYVNSIGPVSSINMEYQIDIFFAQTWTDSRLRFNSTMKILT 60 70 80 90 100 110 150 160 170 180 190 200 pF1KE5 LNGNVVSQLWIPDTFFRNSKRTHEHEITMPNQMVRIYKDGKVLYTIRMTIDAGCSLHMLR ::.:.:. .:::::.::::: .. : :: :::..::..:::.:::.:.::.: :.:.. CCDS45 LNSNMVGLIWIPDTIFRNSKTAEAHWITTPNQLLRIWNDGKILYTLRLTINAECQLQLHN 120 130 140 150 160 170 210 220 230 240 250 260 pF1KE5 FPMDSHSCPLSFSSFSYPENEMIYKWENFKLEINEKNSWKLFQFDFTGVSNKTEIITTPV :::: ::::: :::..::..::::.:.. ..: ...::.:.:::: :. : :::.:: . CCDS45 FPMDEHSCPLIFSSYGYPKEEMIYRWRKNSVEAADQKSWRLYQFDFMGLRNTTEIVTTSA 180 190 200 210 220 230 270 280 290 300 310 320 pF1KE5 GDFMVMTIFFNVSRRFGYVAFQNYVPSSVTTMLSWVSFWIKTESAPARTSLGITSVLTMT ::..::::.:..:::.:: ..:.:.: .:..::::::::: ...::::.::::.::::: CCDS45 GDYVVMTIYFELSRRMGYFTIQTYIPCILTVVLSWVSFWIKKDATPARTALGITTVLTMT 240 250 260 270 280 290 330 340 350 360 pF1KE5 TLGTFSRKNFPRVSYITALDFYIAICFVFCFCALLEFAVLNFLM ::.:..::..:::::.::.:.....::.: : ::.:.:.::. CCDS45 TLSTIARKSLPRVSYVTAMDLFVTVCFLFVFAALMEYATLNYYSSCRKPTTTKKTTSLLH 300 310 320 330 340 350 CCDS45 PDSSRWIPERISLQAPSNYSLLDMRPPPTAMITLNNSVYWQEFEDTCVYECLDGKDCQSF 360 370 380 390 400 410 >>CCDS4358.1 GABRG2 gene_id:2566|Hs108|chr5 (467 aa) initn: 1218 init1: 1218 opt: 1226 Z-score: 1523.0 bits: 290.8 E(32554): 1.6e-78 Smith-Waterman score: 1226; 53.5% identity (88.0% similar) in 301 aa overlap (67-365:60-360) 40 50 60 70 80 90 pF1KE5 VYGPQPQPLENQLLSEETKSTETETGSRVGKLPEA--SRILNTILSNYDHKLRPGIGEKP :.::. . :::..: .::.:::: :: :: CCDS43 LLSLYPGFTSQKSDDDYEDYASNKTWVLTPKVPEGDVTVILNNLLEGYDNKLRPDIGVKP 30 40 50 60 70 80 100 110 120 130 140 150 pF1KE5 TVVTVEIAVNSLGPLSILDMEYTIDIIFSQTWYDERLCYNDTFESLVLNGNVVSQLWIPD :.. ... :::.::.. ..:::::::.:.:::::.:: .:.:.. : ::.:.:...:::: CCDS43 TLIHTDMYVNSIGPVNAINMEYTIDIFFAQTWYDRRLKFNSTIKVLRLNSNMVGKIWIPD 90 100 110 120 130 140 160 170 180 190 200 210 pF1KE5 TFFRNSKRTHEHEITMPNQMVRIYKDGKVLYTIRMTIDAGCSLHMLRFPMDSHSCPLSFS :::::::.. : :: ::.:.::..::.::::.:.:::: :.:.. :::: ::::: :: CCDS43 TFFRNSKKADAHWITTPNRMLRIWNDGRVLYTLRLTIDAECQLQLHNFPMDEHSCPLEFS 150 160 170 180 190 200 220 230 240 250 260 270 pF1KE5 SFSYPENEMIYKWENFKLEINEKNSWKLFQFDFTGVSNKTEIITTPVGDFMVMTIFFNVS :..::..:..:.:. ..:... ::.:.::.:.:. : ::.. : ::..::...:..: CCDS43 SYGYPREEIVYQWKRSSVEVGDTRSWRLYQFSFVGLRNTTEVVKTTSGDYVVMSVYFDLS 210 220 230 240 250 260 280 290 300 310 320 330 pF1KE5 RRFGYVAFQNYVPSSVTTMLSWVSFWIKTESAPARTSLGITSVLTMTTLGTFSRKNFPRV ::.:: ..:.:.: .. ..::::::::. ...:::::::::.:::::::.:..::..:.: CCDS43 RRMGYFTIQTYIPCTLIVVLSWVSFWINKDAVPARTSLGITTVLTMTTLSTIARKSLPKV 270 280 290 300 310 320 340 350 360 pF1KE5 SYITALDFYIAICFVFCFCALLEFAVLNFLM ::.::.:.....::.: : ::.:...:.... CCDS43 SYVTAMDLFVSVCFIFVFSALVEYGTLHYFVSNRKPSKDKDKKKKNPAPTIDIRPRSATI 330 340 350 360 370 380 CCDS43 QMNNATHLQERDEEYGYECLDGKDCASFFCCFEDCRTGAWRHGRIHIRIAKMDSYARIFF 390 400 410 420 430 440 >>CCDS4359.1 GABRG2 gene_id:2566|Hs108|chr5 (475 aa) initn: 1218 init1: 1218 opt: 1226 Z-score: 1522.9 bits: 290.8 E(32554): 1.7e-78 Smith-Waterman score: 1226; 53.5% identity (88.0% similar) in 301 aa overlap (67-365:60-360) 40 50 60 70 80 90 pF1KE5 VYGPQPQPLENQLLSEETKSTETETGSRVGKLPEA--SRILNTILSNYDHKLRPGIGEKP :.::. . :::..: .::.:::: :: :: CCDS43 LLSLYPGFTSQKSDDDYEDYASNKTWVLTPKVPEGDVTVILNNLLEGYDNKLRPDIGVKP 30 40 50 60 70 80 100 110 120 130 140 150 pF1KE5 TVVTVEIAVNSLGPLSILDMEYTIDIIFSQTWYDERLCYNDTFESLVLNGNVVSQLWIPD :.. ... :::.::.. ..:::::::.:.:::::.:: .:.:.. : ::.:.:...:::: CCDS43 TLIHTDMYVNSIGPVNAINMEYTIDIFFAQTWYDRRLKFNSTIKVLRLNSNMVGKIWIPD 90 100 110 120 130 140 160 170 180 190 200 210 pF1KE5 TFFRNSKRTHEHEITMPNQMVRIYKDGKVLYTIRMTIDAGCSLHMLRFPMDSHSCPLSFS :::::::.. : :: ::.:.::..::.::::.:.:::: :.:.. :::: ::::: :: CCDS43 TFFRNSKKADAHWITTPNRMLRIWNDGRVLYTLRLTIDAECQLQLHNFPMDEHSCPLEFS 150 160 170 180 190 200 220 230 240 250 260 270 pF1KE5 SFSYPENEMIYKWENFKLEINEKNSWKLFQFDFTGVSNKTEIITTPVGDFMVMTIFFNVS :..::..:..:.:. ..:... ::.:.::.:.:. : ::.. : ::..::...:..: CCDS43 SYGYPREEIVYQWKRSSVEVGDTRSWRLYQFSFVGLRNTTEVVKTTSGDYVVMSVYFDLS 210 220 230 240 250 260 280 290 300 310 320 330 pF1KE5 RRFGYVAFQNYVPSSVTTMLSWVSFWIKTESAPARTSLGITSVLTMTTLGTFSRKNFPRV ::.:: ..:.:.: .. ..::::::::. ...:::::::::.:::::::.:..::..:.: CCDS43 RRMGYFTIQTYIPCTLIVVLSWVSFWINKDAVPARTSLGITTVLTMTTLSTIARKSLPKV 270 280 290 300 310 320 340 350 360 pF1KE5 SYITALDFYIAICFVFCFCALLEFAVLNFLM ::.::.:.....::.: : ::.:...:.... CCDS43 SYVTAMDLFVSVCFIFVFSALVEYGTLHYFVSNRKPSKDKDKKKKNPLLRMFSFKAPTID 330 340 350 360 370 380 CCDS43 IRPRSATIQMNNATHLQERDEEYGYECLDGKDCASFFCCFEDCRTGAWRHGRIHIRIAKM 390 400 410 420 430 440 >>CCDS3470.1 GABRG1 gene_id:2565|Hs108|chr4 (465 aa) initn: 1234 init1: 1211 opt: 1215 Z-score: 1509.4 bits: 288.2 E(32554): 9.4e-78 Smith-Waterman score: 1215; 54.2% identity (87.8% similar) in 295 aa overlap (70-364:63-357) 40 50 60 70 80 90 pF1KE5 PQPQPLENQLLSEETKSTETETGSRVGKLPEASRILNTILSNYDHKLRPGIGEKPTVVTV . ..:::..:..::.:::: :: .:::. . CCDS34 GNCVDKADDEDDEDLTVNKTWVLAPKIHEGDITQILNSLLQGYDNKLRPDIGVRPTVIET 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 pF1KE5 EIAVNSLGPLSILDMEYTIDIIFSQTWYDERLCYNDTFESLVLNGNVVSQLWIPDTFFRN .. :::.::.. ..:::::::::.:::.: :: .:.:.. :.::.:.:...::::::::: CCDS34 DVYVNSIGPVDPINMEYTIDIIFAQTWFDSRLKFNSTMKVLMLNSNMVGKIWIPDTFFRN 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 pF1KE5 SKRTHEHEITMPNQMVRIYKDGKVLYTIRMTIDAGCSLHMLRFPMDSHSCPLSFSSFSYP :... : :: ::...::..::.::::.:.::.: : :.. :::: ::::: :::..:: CCDS34 SRKSDAHWITTPNRLLRIWNDGRVLYTLRLTINAECYLQLHNFPMDEHSCPLEFSSYGYP 160 170 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 pF1KE5 ENEMIYKWENFKLEINEKNSWKLFQFDFTGVSNKTEIITTPVGDFMVMTIFFNVSRRFGY .::. :::.. ..:. . . :.:.:: :.:. :.::: : ::...:::::..:::.:: CCDS34 KNEIEYKWKKPSVEVADPKYWRLYQFAFVGLRNSTEITHTISGDYVIMTIFFDLSRRMGY 220 230 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 pF1KE5 VAFQNYVPSSVTTMLSWVSFWIKTESAPARTSLGITSVLTMTTLGTFSRKNFPRVSYITA ..:.:.: .:..::::::::. ...:::::::::.:::::::.:..::..:.:::.:: CCDS34 FTIQTYIPCILTVVLSWVSFWINKDAVPARTSLGITTVLTMTTLSTIARKSLPKVSYVTA 280 290 300 310 320 330 340 350 360 pF1KE5 LDFYIAICFVFCFCALLEFAVLNFLM .:.....::.: : ::.:...:... CCDS34 MDLFVSVCFIFVFAALMEYGTLHYFTSNQKGKTATKDRKLKNKASMTPGLHPGSTLIPMN 340 350 360 370 380 390 >>CCDS4356.1 GABRA6 gene_id:2559|Hs108|chr5 (453 aa) initn: 958 init1: 597 opt: 1029 Z-score: 1278.5 bits: 245.5 E(32554): 6.8e-65 Smith-Waterman score: 1029; 48.0% identity (82.8% similar) in 296 aa overlap (72-364:33-327) 50 60 70 80 90 100 pF1KE5 PQPLENQLLSEETKSTETETGSRVGKLPEASRILNTILSNYDHKLRPGIGEKPTVVTVEI ::::...: .::..::::.: : : ..: CCDS43 SSLPWLCIILWLENALGKLEVEGNFYSENVSRILDNLLEGYDNRLRPGFGGAVTEVKTDI 10 20 30 40 50 60 110 120 130 140 150 160 pF1KE5 AVNSLGPLSILDMEYTIDIIFSQTWYDERLCYNDTFESLVLNGNVVSQLWIPDTFFRNSK :.:.::.: ..::::.:..: ::: :::: .. : : ::. .::..: :::::::.: CCDS43 YVTSFGPVSDVEMEYTMDVFFRQTWTDERLKFGGPTEILSLNNLMVSKIWTPDTFFRNGK 70 80 90 100 110 120 170 180 190 200 210 220 pF1KE5 RTHEHEITMPNQMVRIYKDGKVLYTIRMTIDAGCSLHMLRFPMDSHSCPLSFSSFSYPEN .. :..: ::.. ::...: .:::.:.::.: : .... ::::.:.:::.:.:..::.. CCDS43 KSIAHNMTTPNKLFRIMQNGTILYTMRLTINADCPMRLVNFPMDGHACPLKFGSYAYPKS 130 140 150 160 170 180 230 240 250 260 270 pF1KE5 EMIYKWEN---FKLEINEKNSWKLFQFDFTGVSNKTEIITTPVGDFMVMTIFFNVSRRFG :.:: :.. ...:. :..: .:.:.:. : . ..: : . .:....::..:...:..: CCDS43 EIIYTWKKGPLYSVEVPEESS-SLLQYDLIGQTVSSETIKSNTGEYVIMTVYFHLQRKMG 190 200 210 220 230 240 280 290 300 310 320 330 pF1KE5 YVAFQNYVPSSVTTMLSWVSFWIKTESAPARTSLGITSVLTMTTLGTFSRKNFPRVSYIT : .: :.: .:..:: :::::. ::.:::: .:::.:::::::. .:...:.::: : CCDS43 YFMIQIYTPCIMTVILSQVSFWINKESVPARTVFGITTVLTMTTLSISARHSLPKVSYAT 250 260 270 280 290 300 340 350 360 pF1KE5 ALDFYIAICFVFCFCALLEFAVLNFLM :.:..::.::.: : ::.:::..:.. CCDS43 AMDWFIAVCFAFVFSALIEFAAVNYFTNLQTQKAKRKAQFAAPPTVTISKATEPLEAEIV 310 320 330 340 350 360 >>CCDS3473.1 GABRA4 gene_id:2557|Hs108|chr4 (554 aa) initn: 997 init1: 596 opt: 1022 Z-score: 1268.4 bits: 243.9 E(32554): 2.5e-64 Smith-Waterman score: 1022; 48.1% identity (81.7% similar) in 295 aa overlap (72-364:49-343) 50 60 70 80 90 100 pF1KE5 PQPLENQLLSEETKSTETETGSRVGKLPEASRILNTILSNYDHKLRPGIGEKPTVVTVEI .:::...:..::..::::.: : : ..: CCDS34 ALLRFLCLAVCLNESPGQNQKEEKLCTENFTRILDSLLDGYDNRLRPGFGGPVTEVKTDI 20 30 40 50 60 70 110 120 130 140 150 160 pF1KE5 AVNSLGPLSILDMEYTIDIIFSQTWYDERLCYNDTFESLVLNGNVVSQLWIPDTFFRNSK :.:.::.: ..::::.:..: ::: :.:: :. .: : ::. .:...: :::::::.: CCDS34 YVTSFGPVSDVEMEYTMDVFFRQTWIDKRLKYDGPIEILRLNNMMVTKVWTPDTFFRNGK 80 90 100 110 120 130 170 180 190 200 210 220 pF1KE5 RTHEHEITMPNQMVRIYKDGKVLYTIRMTIDAGCSLHMLRFPMDSHSCPLSFSSFSYPEN .. :..: ::.. ::...: .:::.:.::.: : .... ::::.:.:::.:.:..::.. CCDS34 KSVSHNMTAPNKLFRIMRNGTILYTMRLTISAECPMRLVDFPMDGHACPLKFGSYAYPKS 140 150 160 170 180 190 230 240 250 260 270 pF1KE5 EMIYKWENFKLEINE--KNSWKLFQFDFTGVSNKTEIITTPVGDFMVMTIFFNVSRRFGY :::: : . . : :.: .: :.:. : . ..: : . .:...:::..:.. :..:: CCDS34 EMIYTWTKGPEKSVEVPKESSSLVQYDLIGQTVSSETIKSITGEYIVMTVYFHLRRKMGY 200 210 220 230 240 250 280 290 300 310 320 330 pF1KE5 VAFQNYVPSSVTTMLSWVSFWIKTESAPARTSLGITSVLTMTTLGTFSRKNFPRVSYITA .:.:.: .:..:: :::::. ::.:::: .:::.:::::::. .:...:.::: :: CCDS34 FMIQTYIPCIMTVILSQVSFWINKESVPARTVFGITTVLTMTTLSISARHSLPKVSYATA 260 270 280 290 300 310 340 350 360 pF1KE5 LDFYIAICFVFCFCALLEFAVLNFLM .:..::.::.: : ::.:::..:.. CCDS34 MDWFIAVCFAFVFSALIEFAAVNYFTNIQMEKAKRKTSKPPQEVPAAPVQREKHPEAPLQ 320 330 340 350 360 370 >>CCDS4357.1 GABRA1 gene_id:2554|Hs108|chr5 (456 aa) initn: 934 init1: 585 opt: 982 Z-score: 1220.1 bits: 234.7 E(32554): 1.2e-61 Smith-Waterman score: 982; 45.4% identity (80.3% similar) in 295 aa overlap (72-364:43-337) 50 60 70 80 90 100 pF1KE5 PQPLENQLLSEETKSTETETGSRVGKLPEASRILNTILSNYDHKLRPGIGEKPTVVTVEI .:::. .:..::..::::.::. : : ..: CCDS43 AWILLLSTLTGRSYGQPSLQDELKDNTTVFTRILDRLLDGYDNRLRPGLGERVTEVKTDI 20 30 40 50 60 70 110 120 130 140 150 160 pF1KE5 AVNSLGPLSILDMEYTIDIIFSQTWYDERLCYNDTFESLVLNGNVVSQLWIPDTFFRNSK :.:.::.: :::::::..: :.: :::: .. . : ::. ..:..: :::::.:.: CCDS43 FVTSFGPVSDHDMEYTIDVFFRQSWKDERLKFKGPMTVLRLNNLMASKIWTPDTFFHNGK 80 90 100 110 120 130 170 180 190 200 210 220 pF1KE5 RTHEHEITMPNQMVRIYKDGKVLYTIRMTIDAGCSLHMLRFPMDSHSCPLSFSSFSYPEN .. :..::::...:: .:: .:::.:.:. : : .:. ::::.:.:::.:.:..: . CCDS43 KSVAHNMTMPNKLLRITEDGTLLYTMRLTVRAECPMHLEDFPMDAHACPLKFGSYAYTRA 140 150 160 170 180 190 230 240 250 260 270 pF1KE5 EMIYKW--ENFKLEINEKNSWKLFQFDFTGVSNKTEIITTPVGDFMVMTIFFNVSRRFGY :..:.: : . . ... .: :.:. : . . :. . .:...::: :...:..:: CCDS43 EVVYEWTREPARSVVVAEDGSRLNQYDLLGQTVDSGIVQSSTGEYVVMTTHFHLKRKIGY 200 210 220 230 240 250 280 290 300 310 320 330 pF1KE5 VAFQNYVPSSVTTMLSWVSFWIKTESAPARTSLGITSVLTMTTLGTFSRKNFPRVSYITA ..:.:.: .:..:: ::::.. ::.:::: .:.:.:::::::. .:...:.:.: :: CCDS43 FVIQTYLPCIMTVILSQVSFWLNRESVPARTVFGVTTVLTMTTLSISARNSLPKVAYATA 260 270 280 290 300 310 340 350 360 pF1KE5 LDFYIAICFVFCFCALLEFAVLNFLM .:..::.:..: : ::.:::..:.. CCDS43 MDWFIAVCYAFVFSALIEFATVNYFTKRGYAWDGKSVVPEKPKKVKDPLIKKNNTYAPTA 320 330 340 350 360 370 >>CCDS14706.1 GABRA3 gene_id:2556|Hs108|chrX (492 aa) initn: 954 init1: 569 opt: 982 Z-score: 1219.5 bits: 234.7 E(32554): 1.3e-61 Smith-Waterman score: 982; 46.3% identity (80.1% similar) in 296 aa overlap (72-364:68-362) 50 60 70 80 90 100 pF1KE5 PQPLENQLLSEETKSTETETGSRVGKLPEASRILNTILSNYDHKLRPGIGEKPTVVTVEI .:::. .:..::..::::.:. : : ..: CCDS14 GDFVKQDIGGLSPKHAPDIPDDSTDNITIFTRILDRLLDGYDNRLRPGLGDAVTEVKTDI 40 50 60 70 80 90 110 120 130 140 150 160 pF1KE5 AVNSLGPLSILDMEYTIDIIFSQTWYDERLCYNDTFESLVLNGNVVSQLWIPDTFFRNSK :.:.::.: :::::::..: :::.:::: .. .. : ::. ..:..: :::::.:.: CCDS14 YVTSFGPVSDTDMEYTIDVFFRQTWHDERLKFDGPMKILPLNNLLASKIWTPDTFFHNGK 100 110 120 130 140 150 170 180 190 200 210 220 pF1KE5 RTHEHEITMPNQMVRIYKDGKVLYTIRMTIDAGCSLHMLRFPMDSHSCPLSFSSFSYPEN .. :..: ::...:. .: .:::.:.:: : : .:. :::: :.:::.:.:..: CCDS14 KSVAHNMTTPNKLLRLVDNGTLLYTMRLTIHAECPMHLEDFPMDVHACPLKFGSYAYTTA 160 170 180 190 200 210 230 240 250 260 270 pF1KE5 EMIYKW---ENFKLEINEKNSWKLFQFDFTGVSNKTEIITTPVGDFMVMTIFFNVSRRFG :..:.: .: ..:. . .: .: :.:. : :::: . .:...::: :...:..: CCDS14 EVVYSWTLGKNKSVEVAQDGS-RLNQYDLLGHVVGTEIIRSSTGEYVVMTTHFHLKRKIG 220 230 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 pF1KE5 YVAFQNYVPSSVTTMLSWVSFWIKTESAPARTSLGITSVLTMTTLGTFSRKNFPRVSYIT : ..:.:.: .:..:: ::::.. ::.:::: .:.:.:::::::. .:...:.:.: : CCDS14 YFVIQTYLPCIMTVILSQVSFWLNRESVPARTVFGVTTVLTMTTLSISARNSLPKVAYAT 280 290 300 310 320 330 340 350 360 pF1KE5 ALDFYIAICFVFCFCALLEFAVLNFLM :.:..::.:..: : ::.:::..:.. CCDS14 AMDWFIAVCYAFVFSALIEFATVNYFTKRSWAWEGKKVPEALEMKKKTPAAPAKKTSTTF 340 350 360 370 380 390 >>CCDS45194.1 GABRA5 gene_id:2558|Hs108|chr15 (462 aa) initn: 960 init1: 580 opt: 979 Z-score: 1216.2 bits: 234.0 E(32554): 2e-61 Smith-Waterman score: 979; 44.1% identity (79.2% similar) in 313 aa overlap (54-364:35-344) 30 40 50 60 70 80 pF1KE5 QTESKNEASSRDVVYGPQPQPLENQLLSEETKSTETETGSRVGKLPEASRILNTILSNYD :.:.. ::.. . . .:::. .:..:: CCDS45 MFSGFIMIKNLLLFCISMNLSSHFGFSQMPTSSVKDETNDNITIF---TRILDGLLDGYD 10 20 30 40 50 60 90 100 110 120 130 140 pF1KE5 HKLRPGIGEKPTVVTVEIAVNSLGPLSILDMEYTIDIIFSQTWYDERLCYNDTFESLVLN ..::::.::. : : ..: :.:.::.: .::::::..: :.: :::: .. .. : :: CCDS45 NRLRPGLGERITQVRTDIYVTSFGPVSDTEMEYTIDVFFRQSWKDERLRFKGPMQRLPLN 70 80 90 100 110 120 150 160 170 180 190 200 pF1KE5 GNVVSQLWIPDTFFRNSKRTHEHEITMPNQMVRIYKDGKVLYTIRMTIDAGCSLHMLRFP . ..:..: :::::.:.:.. :..: ::...:. :: .:::.:.::.: : ... :: CCDS45 NLLASKIWTPDTFFHNGKKSIAHNMTTPNKLLRLEDDGTLLYTMRLTISAECPMQLEDFP 130 140 150 160 170 180 210 220 230 240 250 260 pF1KE5 MDSHSCPLSFSSFSYPENEMIYKWEN--FKLEINEKNSWKLFQFDFTGVSNKTEIITTPV ::.:.:::.:.:..::..:..: : : : . ... .: :. . : . :: :.: . CCDS45 MDAHACPLKFGSYAYPNSEVVYVWTNGSTKSVVVAEDGSRLNQYHLMGQTVGTENISTST 190 200 210 220 230 240 270 280 290 300 310 320 pF1KE5 GDFMVMTIFFNVSRRFGYVAFQNYVPSSVTTMLSWVSFWIKTESAPARTSLGITSVLTMT :.. .:: :...:..:: ..:.:.: .:..:: ::::.. ::.:::: .:.:.::::: CCDS45 GEYTIMTAHFHLKRKIGYFVIQTYLPCIMTVILSQVSFWLNRESVPARTVFGVTTVLTMT 250 260 270 280 290 300 330 340 350 360 pF1KE5 TLGTFSRKNFPRVSYITALDFYIAICFVFCFCALLEFAVLNFLM ::. .:...:.:.: ::.:..::.:..: : ::.:::..:.. CCDS45 TLSISARNSLPKVAYATAMDWFIAVCYAFVFSALIEFATVNYFTKRGWAWDGKKALEAAK 310 320 330 340 350 360 CCDS45 IKKKREVILNKSTNAFTTGKMSHPPNIPKEQTPAGTSNTTSVSVKPSEEKTSESKKTYNS 370 380 390 400 410 420 365 residues in 1 query sequences 18511270 residues in 32554 library sequences Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc) start: Tue Nov 8 01:37:00 2016 done: Tue Nov 8 01:37:00 2016 Total Scan time: 2.090 Total Display time: 0.020 Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]