FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE3968, 405 aa 1>>>pF1KE3968 405 - 405 aa - 405 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.1890+/-0.00098; mu= 8.3617+/- 0.059 mean_var=113.3331+/-22.666, 0's: 0 Z-trim(107.7): 23 B-trim: 71 in 1/49 Lambda= 0.120475 statistics sampled from 9712 (9734) to 9712 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.662), E-opt: 0.2 (0.299), width: 16 Scan time: 2.230 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS45699.1 RUNDC3A gene_id:10900|Hs108|chr17 ( 405) 2641 470.0 1.8e-132 CCDS45698.1 RUNDC3A gene_id:10900|Hs108|chr17 ( 446) 2608 464.3 1e-130 CCDS59294.1 RUNDC3A gene_id:10900|Hs108|chr17 ( 400) 2583 459.9 1.9e-129 CCDS47635.1 RUNDC3B gene_id:154661|Hs108|chr7 ( 456) 1316 239.7 4.2e-63 CCDS47636.1 RUNDC3B gene_id:154661|Hs108|chr7 ( 407) 1192 218.1 1.2e-56 CCDS5609.1 RUNDC3B gene_id:154661|Hs108|chr7 ( 473) 1067 196.4 4.6e-50 CCDS47068.1 RUFY3 gene_id:22902|Hs108|chr4 ( 506) 365 74.4 2.6e-13 CCDS3547.1 RUFY3 gene_id:22902|Hs108|chr4 ( 469) 361 73.7 4e-13 CCDS75138.1 RUFY3 gene_id:22902|Hs108|chr4 ( 567) 361 73.8 4.7e-13 CCDS34001.1 RUFY3 gene_id:22902|Hs108|chr4 ( 620) 361 73.8 5.1e-13 CCDS4445.2 RUFY1 gene_id:80230|Hs108|chr5 ( 708) 340 70.1 7.1e-12 CCDS41534.1 RUFY2 gene_id:55680|Hs108|chr10 ( 641) 339 70.0 7.4e-12 CCDS81470.1 RUFY2 gene_id:55680|Hs108|chr10 ( 606) 337 69.6 9e-12 CCDS34312.1 RUFY1 gene_id:80230|Hs108|chr5 ( 600) 332 68.7 1.6e-11 >>CCDS45699.1 RUNDC3A gene_id:10900|Hs108|chr17 (405 aa) initn: 2641 init1: 2641 opt: 2641 Z-score: 2491.8 bits: 470.0 E(32554): 1.8e-132 Smith-Waterman score: 2641; 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CCDS47 ENVSSSRAKGRAWIRVALMEKHLSEYISTALRDFKTTRRFYEDGAIVLGEEANMLAGMLL 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 pF1KE3 GLSAIDFSFCLKGEVLDGKTPVVIDYTPYLKFTQSYDYLT-DEEERHSAESSTSEDNSPE ::.::::::::::: :::. :.:::::::::. :: : .. :::: .. :: ::...:: CCDS47 GLNAIDFSFCLKGEGLDGSFPAVIDYTPYLKYIQSSDSISSDEEELRTLGSSGSESSTPE 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 pF1KE3 HPYLPLVTDEDSWYSKWHKMEQKFRIVYAQKGYLEELVRLRESQLKDLEAENRRLQLQLE . :.. ::.::..: ....::.... ::::::::.::::.::.. ..:. : ..: CCDS47 NVGPPFLMDENSWFNKCKRVKQKYQLTLEQKGYLEELLRLRENQLSESVSQNKILLQRIE 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 pF1KE3 EAAAQNQREKRELEGVILELQEQLTGLIPSDHAPLAQGSKELTTPLVNQWPSLGTLNGAE .. .. ::..:: .:.:::.::: : .: .. .:::. :.::::: :.:. CCDS47 DSDLAHKLEKEQLEYIIVELQDQLTVLKNND----LRSRQELTAHLTNQWPSPGALDVNA 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 pF1KE3 GASNSKLYRRH-------SFMSTEPLSAEASLSSDS-----QRLGEGTRDEEPWGPIGSS : .. :::.: :..: . ::::.:::. : .. :.: .: CCDS47 VALDTLLYRKHNKQWYEKSYQSLDQLSAEVSLSQTSLDPGQSQEGDGKQDTLNVMSEGKE 360 370 380 390 400 410 pF1KE3 EPN CCDS47 DTPSLLGLCGSLTSVASYKSLTSLKSNDYLASPTTEMTSPGLTPS 420 430 440 450 >>CCDS47636.1 RUNDC3B gene_id:154661|Hs108|chr7 (407 aa) initn: 989 init1: 685 opt: 1192 Z-score: 1130.7 bits: 218.1 E(32554): 1.2e-56 Smith-Waterman score: 1192; 59.6% identity (84.4% similar) in 307 aa overlap (13-318:18-319) 10 20 30 40 50 pF1KE3 MEASFVQTTMALGLSSKKASSRNVAVERKNLITVCRFSVKTLLEKYTAEPIDDSS : ..:. :.::.::::.:::::::::::::... : ::::: CCDS47 MASRSLGGLSGIRGGGGGGGKKSLSARNAAVERRNLITVCRFSVKTLIDRSCFETIDDSS 10 20 30 40 50 60 60 70 80 90 100 110 pF1KE3 EEFVNFAAILEQILSHRFKACAPAGPVSWFSSDGQRGFWDYIRLACSKVPNNCVSSIENM :: :::::::::::::.: : :.::. .. :.::::::.:: :: .::. ::::: CCDS47 PEFNNFAAILEQILSHRLK-----GQVTWFGYESPRSFWDYIRVACRKVSQNCICSIENM 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 pF1KE3 ENISTARAKGRAWIRVALMEKRMSEYITTALRDTRTTRRFYDSGAIMLRDEATILTGMLI ::.:..:::::::::::::::..::::.::::: .::::::..:::.: .::..:.:::. CCDS47 ENVSSSRAKGRAWIRVALMEKHLSEYISTALRDFKTTRRFYEDGAIVLGEEANMLAGMLL 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 pF1KE3 GLSAIDFSFCLKGEVLDGKTPVVIDYTPYLKFTQSYDYLT-DEEERHSAESSTSEDNSPE ::.::::::::::: :::. :.:::::::::. :: : .. :::: .. :: ::...:: CCDS47 GLNAIDFSFCLKGEGLDGSFPAVIDYTPYLKYIQSSDSISSDEEELRTLGSSGSESSTPE 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 pF1KE3 HPYLPLVTDEDSWYSKWHKMEQKFRIVYAQKGYLEELVRLRESQLKDLEAENRRLQLQLE . :.. ::.::..: ....::.... ::::::::.::::.::.. ..:. : ..: CCDS47 NVGPPFLMDENSWFNKCKRVKQKYQLTLEQKGYLEELLRLRENQLSESVSQNKILLQRIE 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 pF1KE3 EAAAQNQREKRELEGVILELQEQLTGLIPSDHAPLAQGSKELTTPLVNQWPSLGTLNGAE .. .. ::..:: .:.:::.:: CCDS47 DSDLAHKLEKEQLEYIIVELQDQLKSYQSLDQLSAEVSLSQTSLDPGQSQEGDGKQDTLN 300 310 320 330 340 350 >>CCDS5609.1 RUNDC3B gene_id:154661|Hs108|chr7 (473 aa) initn: 1053 init1: 685 opt: 1067 Z-score: 1012.2 bits: 196.4 E(32554): 4.6e-50 Smith-Waterman score: 1306; 53.6% identity (77.5% similar) in 405 aa overlap (13-392:18-418) 10 20 30 40 50 pF1KE3 MEASFVQTTMALGLSSKKASSRNVAVERKNLITVCRFSVKTLLEKYTAEPIDDSS : ..:. :.::.::::.:::::::::::::... : ::::: CCDS56 MASRSLGGLSGIRGGGGGGGKKSLSARNAAVERRNLITVCRFSVKTLIDRSCFETIDDSS 10 20 30 40 50 60 60 70 80 90 100 pF1KE3 EEFVNFAAILEQILSHRFK----AC-------AP-AGPVSWFSSDGQRGFWDYIRLACSK :: :::::::::::::.: .: : : :.::. .. :.::::::.:: : CCDS56 PEFNNFAAILEQILSHRLKEISQSCRWLAHLQIPLQGQVTWFGYESPRSFWDYIRVACRK 70 80 90 100 110 120 110 120 130 140 150 160 pF1KE3 VPNNCVSSIENMENISTARAKGRAWIRVALMEKRMSEYITTALRDTRTTRRFYDSGAIML : .::. :::::::.:..:::::::::::::::..::::.::::: .::::::..:::.: CCDS56 VSQNCICSIENMENVSSSRAKGRAWIRVALMEKHLSEYISTALRDFKTTRRFYEDGAIVL 130 140 150 160 170 180 170 180 190 200 210 220 pF1KE3 RDEATILTGMLIGLSAIDFSFCLKGEVLDGKTPVVIDYTPYLKFTQSYDYLT-DEEERHS .::..:.:::.::.::::::::::: :::. :.:::::::::. :: : .. :::: .. CCDS56 GEEANMLAGMLLGLNAIDFSFCLKGEGLDGSFPAVIDYTPYLKYIQSSDSISSDEEELRT 190 200 210 220 230 240 230 240 250 260 270 280 pF1KE3 AESSTSEDNSPEHPYLPLVTDEDSWYSKWHKMEQKFRIVYAQKGYLEELVRLRESQLKDL :: ::...::. :.. ::.::..: ....::.... ::::::::.::::.::.. CCDS56 LGSSGSESSTPENVGPPFLMDENSWFNKCKRVKQKYQLTLEQKGYLEELLRLRENQLSES 250 260 270 280 290 300 290 300 310 320 330 340 pF1KE3 EAENRRLQLQLEEAAAQNQREKRELEGVILELQEQLTGLIPSDHAPLAQGSKELTTPLVN ..:. : ..:.. .. ::..:: .:.:::.::: : .: .. .:::. :.: CCDS56 VSQNKILLQRIEDSDLAHKLEKEQLEYIIVELQDQLTVLKNND----LRSRQELTAHLTN 310 320 330 340 350 350 360 370 380 390 pF1KE3 QWPSLGTLNGAEGASNSKLYRRH-------SFMSTEPLSAEASLSSDS-----QRLGEGT :::: :.:. : .. :::.: :..: . ::::.:::. : .. :.: CCDS56 QWPSPGALDVNAVALDTLLYRKHNKQWYEKSYQSLDQLSAEVSLSQTSLDPGQSQEGDGK 360 370 380 390 400 410 400 pF1KE3 RDEEPWGPIGSSEPN .: CCDS56 QDTLNVMSEGKEDTPSLLGLCGSLTSVASYKSLTSLKSNDYLASPTTEMTSPGLTPS 420 430 440 450 460 470 >>CCDS47068.1 RUFY3 gene_id:22902|Hs108|chr4 (506 aa) initn: 280 init1: 246 opt: 365 Z-score: 352.4 bits: 74.4 E(32554): 2.6e-13 Smith-Waterman score: 365; 32.5% identity (70.6% similar) in 197 aa overlap (15-206:116-303) 10 20 30 40 pF1KE3 MEASFVQTTMALGLSSKKASSRNVAVERKNLITVCRFSVKTLLE :.:. . .: :: ::... ..:.: :.: CCDS47 QRSWRTPPSPGSPLPFLLLSYPSGGGGSSGSGKHHPNYLMANERMNLMNMAKLSIKGLIE 90 100 110 120 130 140 50 60 70 80 90 100 pF1KE3 KYT--AEPIDDSSEEFVNFAAILEQILSHRFKACAPAGPVSWFSSDGQ-RGFWDYIRLAC . .. .:.. . .: ...:. :.: .:: . :: ..:: ..:. CCDS47 SALNLGRTLDSDYAPLQQFFVVMEHCLKHGLKAKK--------TFLGQNKSFWGPLELVE 150 160 170 180 190 110 120 130 140 150 pF1KE3 SKVPNNC--VSSIENMENISTARAKGRAWIRVALMEKRMSEYITTALRDTRTTRRFYDSG . ::. ..:.... ...: ..::::.:.:::.:..:::. . . . .::. . CCDS47 KLVPEAAEITASVKDLPGLKTPVGRGRAWLRLALMQKKLSEYMKALINKKELLSEFYEPN 200 210 220 230 240 250 160 170 180 190 200 210 pF1KE3 AIMLRDEATILTGMLIGLSAIDFSFCLKGEVLDGKTPVVIDYTPYLKFTQSYDYLTDEEE :.:...:..:..:.:.::..:: .::.::: ::... : ::.. ::: CCDS47 ALMMEEEGAIIAGLLVGLNVIDANFCMKGEDLDSQVGV-IDFSMYLKDGNSSKGTEGDGQ 260 270 280 290 300 310 220 230 240 250 260 270 pF1KE3 RHSAESSTSEDNSPEHPYLPLVTDEDSWYSKWHKMEQKFRIVYAQKGYLEELVRLRESQL CCDS47 ITAILDQKNYVEELNRHLNATVNNLQAKVDALEKSNTKLTEELAVANNRIITLQEEMERV 320 330 340 350 360 370 >>CCDS3547.1 RUFY3 gene_id:22902|Hs108|chr4 (469 aa) initn: 280 init1: 246 opt: 361 Z-score: 349.1 bits: 73.7 E(32554): 4e-13 Smith-Waterman score: 361; 33.0% identity (71.3% similar) in 188 aa overlap (24-206:65-243) 10 20 30 40 50 pF1KE3 MEASFVQTTMALGLSSKKASSRNVAVERKNLITVCRFSVKTLLEKYT--AEPI .: :: ::... ..:.: :.:. .. . 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CCDS34 MDGEWLCLRELDDISLTPDPEPTHEDPNYLMANERMNLMNMAKLSIKGLIESALNLGRTL 40 50 60 70 80 90 60 70 80 90 100 pF1KE3 DDSSEEFVNFAAILEQILSHRFKACAPAGPVSWFSSDGQ-RGFWDYIRLACSKVPNNC-- :.. . .: ...:. :.: .:: . :: ..:: ..:. . ::. CCDS34 DSDYAPLQQFFVVMEHCLKHGLKAKK--------TFLGQNKSFWGPLELVEKLVPEAAEI 100 110 120 130 140 110 120 130 140 150 160 pF1KE3 VSSIENMENISTARAKGRAWIRVALMEKRMSEYITTALRDTRTTRRFYDSGAIMLRDEAT ..:.... ...: ..::::.:.:::.:..:::. . . . .::. .:.:...:.. CCDS34 TASVKDLPGLKTPVGRGRAWLRLALMQKKLSEYMKALINKKELLSEFYEPNALMMEEEGA 150 160 170 180 190 200 170 180 190 200 210 220 pF1KE3 ILTGMLIGLSAIDFSFCLKGEVLDGKTPVVIDYTPYLKFTQSYDYLTDEEERHSAESSTS :..:.:.::..:: .::.::: ::... : ::.. ::: CCDS34 IIAGLLVGLNVIDANFCMKGEDLDSQVGV-IDFSMYLKDGNSSKGTEGDGQITAILDQKN 210 220 230 240 250 260 230 240 250 260 270 280 pF1KE3 EDNSPEHPYLPLVTDEDSWYSKWHKMEQKFRIVYAQKGYLEELVRLRESQLKDLEAENRR CCDS34 YVEELNRHLNATVNNLQAKVDALEKSNTKLTEELAVANNRIITLQEEMERVKEESSYILE 270 280 290 300 310 320 405 residues in 1 query sequences 18511270 residues in 32554 library sequences Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc) start: Mon Nov 7 19:16:31 2016 done: Mon Nov 7 19:16:32 2016 Total Scan time: 2.230 Total Display time: 0.030 Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]