FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE2105, 839 aa 1>>>pF1KE2105 839 - 839 aa - 839 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.5130+/-0.00154; mu= 14.6996+/- 0.091 mean_var=115.4027+/-23.882, 0's: 0 Z-trim(100.2): 184 B-trim: 5 in 1/49 Lambda= 0.119390 statistics sampled from 5826 (6032) to 5826 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.521), E-opt: 0.2 (0.185), width: 16 Scan time: 3.630 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS6818.1 TLR4 gene_id:7099|Hs108|chr9 ( 839) 5542 967.2 0 CCDS3992.1 CD180 gene_id:4064|Hs108|chr5 ( 661) 807 151.5 4.4e-36 CCDS3784.1 TLR2 gene_id:7097|Hs108|chr4 ( 784) 512 100.8 9.9e-21 CCDS3446.1 TLR6 gene_id:10333|Hs108|chr4 ( 796) 426 86.0 2.9e-16 CCDS33973.1 TLR1 gene_id:7096|Hs108|chr4 ( 786) 408 82.9 2.4e-15 CCDS31033.1 TLR5 gene_id:7100|Hs108|chr1 ( 858) 380 78.1 7.4e-14 >>CCDS6818.1 TLR4 gene_id:7099|Hs108|chr9 (839 aa) initn: 5542 init1: 5542 opt: 5542 Z-score: 5167.6 bits: 967.2 E(32554): 0 Smith-Waterman score: 5542; 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CCDS34 NQVFLFSQTALYTVFSEMNIMMLTISDTPFIHM----LCPHAP---STFKFLNFTQN-VF 320 330 340 350 360 420 430 440 450 460 pF1KE2 TMS--SNFLGLEQLEHLDFQHSNLKQMSEFSVFLSLRNLIYLDISHTHTRVAFNGIFNG- : : . : .:: : .:...::.. :.: : ... :.: :..:.. .: CCDS34 TDSIFEKCSTLVKLETLILQKNGLKDL--FKVGLMTKDMPSLEI----LDVSWNSLESGR 370 380 390 400 410 470 480 490 500 510 520 pF1KE2 -------LSSLEVLKMAGNSFQENFLPDIFTELR-NLTFLDLSQCQLEQLSPTAFNSLSS . :. ::....: . .. .: : . ::: . ..... : .: . CCDS34 HKENCTWVESIVVLNLSSNMLTDS----VFRCLPPRIKVLDLHSNKIKSV-PKQVVKLEA 420 430 440 450 460 470 530 540 550 560 570 pF1KE2 LQVLNMSHNNFFSLDTFPYKC--LNSLQVLDYSLNHIMTSKKQELQHFPSSLAFLNLTQN :: ::.. : :: .: : ..::.:: . : . . . .: ... .. .: CCDS34 LQELNVAFN---SLTDLP-GCGSFSSLSVLIIDHNSVSHPSADFFQSC-QKMRSIKAGDN 480 490 500 510 520 580 590 600 610 620 630 pF1KE2 DFACTCEHQSFLQWIKDQRQLLVE--VERMECATPSDKQGMPVLSLNIT---CQMNKTII : :::: . :.. : . . ..: . ..: : . .: :. ..... :... :. CCDS34 PFQCTCELREFVKNIDQVSSEVLEGWPDSYKCDYPESYRGSPLKDFHMSELSCNITLLIV 530 540 550 560 570 580 640 650 660 670 680 pF1KE2 GV-SVLSVLVVSVVAVLVY-KFYFHL-MLLAGCIKYGRGENI----------YDAFVIYS . ... ::.:.:... .: . ..: :. :..:: . ::. :: CCDS34 TIGATMLVLAVTVTSLCIYLDLPWYLRMVCQWTQTRRRARNIPLEELQRNLQFHAFISYS 590 600 610 620 630 640 690 700 710 720 730 740 pF1KE2 SQDEDWVRNELVKNLEEGVPPFQLCLHYRDFIPGVAIAANIIHEGFHKSRKVIVVVSQHF .: ::..::: ::. .:.::: :.:.:: .:. :::. ..:: : : :.: .: CCDS34 EHDSAWVKSELVPYLEK--EDIQICLHERNFVPGKSIVENIINC-IEKSYKSIFVLSPNF 650 660 670 680 690 700 750 760 770 780 790 800 pF1KE2 IQSRWCIFEYEIAQTWQFLSSRAGIIFIVLQKVEKTLLRQQV-ELYRLLSRNTYLEWEDS .::.:: .: .:. : . ..:.:.:. . .. . .. .: :... :::.: CCDS34 VQSEWCHYELYFAHHNLFHEGSNNLILILLEPIPQNSIPNKYHKLKALMTQRTYLQWPKE 710 720 730 740 750 760 810 820 830 pF1KE2 VLGRHIFWRRLRKALLDGKSWNPEGTVGTGCNWQEATSI : .:: .: :. CCDS34 KSKRGLFWANIRAAFNMKLTLVTENNDVKS 770 780 790 >>CCDS33973.1 TLR1 gene_id:7096|Hs108|chr4 (786 aa) initn: 407 init1: 135 opt: 408 Z-score: 388.8 bits: 82.9 E(32554): 2.4e-15 Smith-Waterman score: 585; 25.9% identity (55.9% similar) in 769 aa overlap (82-815:49-776) 60 70 80 90 100 110 pF1KE2 LPFSTKNLDLSFNPLRHLGSYSFFSFPELQVLDLSRCEIQTIEDGAYQSLSHLSTLILTG .:..:. :. . . :::.: ::.. CCDS33 IQLSEESEFLVDRSKNGLIHVPKDLSQKTTILNISQNYISELWTSDILSLSKLRILIISH 20 30 40 50 60 70 120 130 140 150 160 170 pF1KE2 NPIQSLALGAFSGLSSLQKLVAVETNLASLENFPIGHLKTLKELNVAHNLIQSFKLPEYF : :: : ...:. . :. : ...:... : .:: .:... : .... . . : CCDS33 NRIQYLDISVFKFNQELEYLDLSHNKLVKISCHPTVNLK---HLDLSFNAFDALPICKEF 80 90 100 110 120 130 180 190 200 210 220 pF1KE2 SNLTNLEHLDLSSNKIQS---IYCTDLRVLHQMPLLNLSLDLSLNPMNFIQPGAFKEIRL .:...:. : ::...... . . : . . . .:. . . .: . .: :. : CCDS33 GNMSQLKFLGLSTTHLEKSSVLPIAHLNISKVLLVLGETYGEKEDPEG-LQD--FNTESL 140 150 160 170 180 190 230 240 250 260 270 280 pF1KE2 HKLTLRNNFDSLNVMKTCIQGLAGLEVHRLVLGEFRNEGNLEKFDKSALEGL-CNLTIEE : ... .: . .. . .. .:.::. . . : : .. : : : : . . 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CCDS33 IVTIVATMLVLAVTVTSLCSYLDLPWYLR-MVCQWTQTRRRARNIPLEELQRNLQFHAFI 590 600 610 620 630 640 680 690 700 710 720 730 pF1KE2 IYSSQDEDWVRNELVKNLE-EGVPPFQLCLHYRDFIPGVAIAANIIHEGFHKSRKVIVVV ::..: ::.:::. ::: ::. :.::: :.:.:: .:. ::: ..:: : : :. CCDS33 SYSGHDSFWVKNELLPNLEKEGM---QICLHERNFVPGKSIVENII-TCIEKSYKSIFVL 650 660 670 680 690 740 750 760 770 780 790 pF1KE2 SQHFIQSRWCIFEYEIAQTWQFLSSRAGIIFIVLQKVEK-TLLRQQVELYRLLSRNTYLE : .:.::.:: .: .:. : . ..:.:.:. . . .. . .: :..: :::: CCDS33 SPNFVQSEWCHYELYFAHHNLFHEGSNSLILILLEPIPQYSIPSSYHKLKSLMARRTYLE 700 710 720 730 740 750 800 810 820 830 pF1KE2 WEDSVLGRHIFWRRLRKALLDGKSWNPEGTVGTGCNWQEATSI : : .:: :: :. CCDS33 WPKEKSKRGLFWANLRAAINIKLTEQAKK 760 770 780 >>CCDS31033.1 TLR5 gene_id:7100|Hs108|chr1 (858 aa) initn: 460 init1: 129 opt: 380 Z-score: 362.2 bits: 78.1 E(32554): 7.4e-14 Smith-Waterman score: 657; 24.6% identity (58.1% similar) in 832 aa overlap (44-816:37-837) 20 30 40 50 60 70 pF1KE2 AMAFLSCVRPESWEPCVEVVPNITYQCMELNFYKIPDNLPFSTKNLDLSFNPLRHLGSYS :. ..:. : .:. : :::: .: . . : CCDS31 LLLGVVLMAGPVFGIPSCSFDGRIAFYRFCNLTQVPQVLN-TTERLLLSFNYIRTVTASS 10 20 30 40 50 60 80 90 100 110 120 130 pF1KE2 FFSFPELQVLDL-SRCEIQTIEDGAYQSLSHLSTLILTGNPIQSLALGAFSGLSSLQKLV : . .::.:.: :. ::. :...: .: : : .. : : ::.:: : .: CCDS31 FPFLEQLQLLELGSQYTPLTIDKEAFRNLPNLRILDLGSSKIYFLHPDAFQGLFHLFELR 70 80 90 100 110 120 140 150 160 170 180 190 pF1KE2 AVETNL--ASLENFPIGHLKTLKELNVAHNLIQSFKLPEYFSNLTNLEHLDLSSNKIQSI .: : :.. . .::.: .:....: :.:. : :..:..:. .:.:::.: . CCDS31 LYFCGLSDAVLKDGYFRNLKALTRLDLSKNQIRSLYLHPSFGKLNSLKSIDFSSNQIFLV 130 140 150 160 170 180 200 210 220 230 240 pF1KE2 YCTDLRVLHQMPLLNLSLDL-SLNPMNFIQPGA----FKEIRLHKLTLRNNFDSLNVMKT .:. :. : .:: :: .. : :... :. : . .: .... . CCDS31 CEHELEPLQGKTLSFFSLAANSLYSRVSVDWGKCMNPFRNMVLEILDVSGNGWTVDITGN 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 pF1KE2 CIQGLAGLEVHRLVLGE-FRNEG----NLEKFDKSALEGLCNLTIEEFRLAYLDYYLDDI .... .. :.:.. . . : :.. :.... :: ..... :.. . .. CCDS31 FSNAISKSQAFSLILAHHIMGAGFGFHNIKDPDQNTFAGLARSSVRHLDLSH-GFVFSLN 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 pF1KE2 IDLFNCLTNVSSFSLVSVTIERVKDFSYNFGWQHLELVNCKFGQFPTLKLKSLKRLTFTS .:. : ... ..:. :... : .. .: ..:...: ... . : ..: CCDS31 SRVFETLKDLKVLNLAYNKINKIADEAF-YGLDNLQVLNLSYNLLGEL---------YSS 310 320 330 340 350 370 380 390 400 410 pF1KE2 NKGGNAFSEVDLPSLEFLDLSRNGLSFKGCCSQSDFGTTSLKYLDLSFNGVITMS----- : : ::.. ..::..: ... .:. .:. ::: :.. :. CCDS31 NFYG-------LPKVAYIDLQKNHIAIIQ--DQTFKFLEKLQTLDLRDNALTTIHFIPSI 360 370 380 390 400 420 430 440 450 460 470 pF1KE2 -SNFLGLEQLEHLDFQH--SNLKQMSEFSVFLSLRNLIYL-DISHTHTRVAFNGIFNGLS . ::. ..: : . .:: ..:: . . .: : .: . : . . .. :.. : CCDS31 PDIFLSGNKLVTLPKINLTANLIHLSE-NRLENLDILYFLLRVPHLQILILNQNRFSSCS 410 420 430 440 450 460 480 490 500 510 pF1KE2 ---------SLEVLKMAGNSFQ---ENFLP-DIFTELRNLTFLDLSQCQLEQLSPTAFNS ::: : .. : .: :. : :.: : .: : :.. :..: : .:. CCDS31 GDQTPSENPSLEQLFLGENMLQLAWETELCWDVFEGLSHLQVLYLNHNYLNSLPPGVFSH 470 480 490 500 510 520 520 530 540 550 560 570 pF1KE2 LSSLQVLNMSHNNF--FSLDTFPYKCLNSLQVLDYSLNHIMTSKKQELQHFPSSLAFLNL :..:. :... : . .: . .: .:..:: : :.... . . . ::. :.. CCDS31 LTALRGLSLNSNRLTVLSHNDLP----ANLEILDISRNQLLAPNPDVF----VSLSVLDI 530 540 550 560 570 580 590 600 610 620 630 pF1KE2 TQNDFACTCEHQSFLQWIKDQRQLLV-EVERMECATPSDKQGMPVLSLNIT-CQMNKT-- :.: : : :: ..:..:.. .. . :. :.. .:. ..::. :. ... CCDS31 THNKFICECELSTFINWLNHTNVTIAGPPADIYCVYPDSFSGVSLFSLSTEGCDEEEVLK 580 590 600 610 620 630 640 650 660 670 pF1KE2 -------IIGVSVLSVLVVSVVAVLVYK-FYFHLMLLAGCIKY-----GRGENIY--DAF :. . .:.........: .. : : . : . . : ..: ::. CCDS31 SLKFSLFIVCTVTLTLFLMTILTVTKFRGFCFICYKTAQRLVFKDHPQGTEPDMYKYDAY 640 650 660 670 680 690 680 690 700 710 720 730 pF1KE2 VIYSSQDEDWVRNELVKNLEEGVPP---FQLCLHYRDFIPGVAIAANIIHEGFHKSRKVI . .::.: ::.: :.:.:. :.::.. :::.:: ::: .... .:::.. 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