FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE3951, 757 aa 1>>>pF1KE3951 757 - 757 aa - 757 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 11.5858+/-0.00109; mu= -3.5794+/- 0.067 mean_var=511.0606+/-102.054, 0's: 0 Z-trim(117.5): 46 B-trim: 128 in 1/53 Lambda= 0.056733 statistics sampled from 18253 (18299) to 18253 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.813), E-opt: 0.2 (0.562), width: 16 Scan time: 4.190 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS12793.1 KCNC3 gene_id:3748|Hs108|chr19 ( 757) 5381 455.2 1.7e-127 CCDS7827.1 KCNC1 gene_id:3746|Hs108|chr11 ( 511) 1771 159.6 1.2e-38 CCDS44547.1 KCNC1 gene_id:3746|Hs108|chr11 ( 585) 1771 159.6 1.3e-38 CCDS44193.1 KCNC4 gene_id:3749|Hs108|chr1 ( 626) 1732 156.5 1.2e-37 CCDS821.1 KCNC4 gene_id:3749|Hs108|chr1 ( 635) 1732 156.5 1.2e-37 CCDS9006.1 KCNC2 gene_id:3747|Hs108|chr12 ( 558) 1687 152.7 1.5e-36 CCDS58255.1 KCNC2 gene_id:3747|Hs108|chr12 ( 583) 1687 152.7 1.5e-36 CCDS9005.1 KCNC2 gene_id:3747|Hs108|chr12 ( 613) 1687 152.8 1.5e-36 CCDS58257.1 KCNC2 gene_id:3747|Hs108|chr12 ( 618) 1687 152.8 1.6e-36 CCDS58256.1 KCNC2 gene_id:3747|Hs108|chr12 ( 629) 1687 152.8 1.6e-36 CCDS9007.1 KCNC2 gene_id:3747|Hs108|chr12 ( 638) 1687 152.8 1.6e-36 >>CCDS12793.1 KCNC3 gene_id:3748|Hs108|chr19 (757 aa) initn: 5381 init1: 5381 opt: 5381 Z-score: 2402.4 bits: 455.2 E(32554): 1.7e-127 Smith-Waterman score: 5381; 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CCDS44 VNSPHHST--------------------------------------------------QS 480 650 660 670 680 690 700 pF1KE3 EPCPLAQEEVIEINRADPRPNGDPAAAALAHEDCPAIDQPAMSPEDKSPIT-PGSRGRYS . :::::::..:::::: . ::. : ::::.:::: ::: :..:.. :.: :.: ::. CCDS44 DTCPLAQEEILEINRADSKLNGEVAKAALANEDCPHIDQ-ALTPDEGLPFTRSGTRERYG 490 500 510 520 530 540 710 720 730 740 750 pF1KE3 RDRACFLLT--DYAPSPDGSIRKATGAPPLPPQDWRKPGPPSFLPDLNANAAAWISP ::::. .:: : :..:: CCDS44 ---PCFLLSTGEYACPPGGGMRKDLCKESPVIAKYMPTEAVRVT 550 560 570 580 >>CCDS44193.1 KCNC4 gene_id:3749|Hs108|chr1 (626 aa) initn: 2353 init1: 1390 opt: 1732 Z-score: 789.2 bits: 156.5 E(32554): 1.2e-37 Smith-Waterman score: 2408; 62.1% identity (72.1% similar) in 663 aa overlap (84-725:32-608) 60 70 80 90 100 110 pF1KE3 GPPAPRGPGDRRAEPCPGLPAAAMGRHGGGGGDSGKIVINVGGVRHETYRSTLRTLPGTR : : ::.:::::.:::::::::::::::: CCDS44 ISSVCVSSYRGRKSGNKPPSKTCLKEEMAKGEASEKIIINVGGTRHETYRSTLRTLPGTR 10 20 30 40 50 60 120 130 140 150 160 pF1KE3 LAGLTEPEAAARFDYDPGAD-----------EFFFDRHPGVFAYVLNYYRTGKLHCPADV :: :..:....: . : :. ::::::::::::::::::::::::::::: CCDS44 LAWLADPDGGGRPETDGGGVGSSGSSGGGGCEFFFDRHPGVFAYVLNYYRTGKLHCPADV 70 80 90 100 110 120 170 180 190 200 210 220 pF1KE3 CGPLFEEELGFWGIDETDVEACCWMTYRQHRDAEEALDSFEAPDPAGAANAANAAGAHDG ::::::::: :::::::::: ::::::::::::::::: ::.:: : CCDS44 CGPLFEEELTFWGIDETDVEPCCWMTYRQHRDAEEALDIFESPD---------------G 130 140 150 160 230 240 250 260 270 280 pF1KE3 GLDDEAGAGGGGLDGAGGELKRLCFQDAGGGAGGPPGGAGGAGGTWWRRWQPRVWALFED : :.:.: : :: . ..: .: : :: ::: .:: : ::::.:::::: CCDS44 G-----GSGAGPSDEAGDDERELALQRLGPHEGGAGHGAG-SGGC--RGWQPRMWALFED 170 180 190 200 210 290 300 310 320 330 340 pF1KE3 PYSSRAARYVAFASLFFILISITTFCLETHEGFIHISNKTVTQASPIPGAPPENITNV-- :::::::: ::::::::::.:::::::::::.: .: ...::. . :::.: CCDS44 PYSSRAARVVAFASLFFILVSITTFCLETHEAF-NI-DRNVTEILRVG-----NITSVHF 220 230 240 250 260 270 350 360 370 380 390 pF1KE3 --EVETEPFLTYVEGVCVVWFTFEFLMRITFCPDKVEFLKSSLNIIDCVAILPFYLEVGL ::::::.:::.:::::.:::.:::.::. ::: ..:.:. ::::: :::::::::::: CCDS44 RREVETEPILTYIEGVCVLWFTLEFLVRIVCCPDTLDFVKNLLNIIDFVAILPFYLEVGL 280 290 300 310 320 330 400 410 420 430 440 450 pF1KE3 SGLSSKAAKDVLGFLRVVRFVRILRIFKLTRHFVGLRVLGHTLRASTNEFLLLIIFLALG ::::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS44 SGLSSKAARDVLGFLRVVRFVRILRIFKLTRHFVGLRVLGHTLRASTNEFLLLIIFLALG 340 350 360 370 380 390 460 470 480 490 500 510 pF1KE3 VLIFATMIYYAERIGADPDDILGSNHTYFKNIPIGFWWAVVTMTTLGYGDMYPKTWSGML :::::::::::::::: :.: :..:: :::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS44 VLIFATMIYYAERIGARPSDPRGNDHTDFKNIPIGFWWAVVTMTTLGYGDMYPKTWSGML 400 410 420 430 440 450 520 530 540 550 560 570 pF1KE3 VGALCALAGVLTIAMPVPVIVNNFGMYYSLAMAKQKLPKKKNKHIPRPPQPGSPNYCKPD ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::..::.::: : :: ::: . CCDS44 VGALCALAGVLTIAMPVPVIVNNFGMYYSLAMAKQKLPKKRKKHVPRPAQLESPMYCKSE 460 470 480 490 500 510 580 590 600 610 620 630 pF1KE3 PPPPPPPHPHHGSGGISPPPPITPPSMGVTVAGAYPAGPHTHPGLLRGGAGGLGIMGLPP : : .::. CCDS44 ETSPRD----------STCSDTSPPAR--------------------------------- 520 640 650 660 670 680 690 pF1KE3 LPAPGEPCPLAQEEVIEINRADPRPNGDPAAAALAHEDCPAIDQPAMS---PEDKSPITP .: .:: .::: . ::: : :.:. :. .. :: : ::.. . CCDS44 -----------EEGMIERKRADSKQNGD-ANAVLSDEEGAGLTQPLASSPTPEERRALRR 530 540 550 560 570 700 710 720 730 740 750 pF1KE3 GS-RGRYSRDRACFLLT--DYAPSPDGSIRKATGAPPLPPQDWRKPGPPSFLPDLNANAA .. : : .. :::::. ::: :::.:: : CCDS44 STTRDRNKKAAACFLLSTGDYA-CADGSVRKETCQDALSSNYAQAEVLTLS 580 590 600 610 620 pF1KE3 AWISP >>CCDS821.1 KCNC4 gene_id:3749|Hs108|chr1 (635 aa) initn: 2353 init1: 1390 opt: 1732 Z-score: 789.1 bits: 156.5 E(32554): 1.2e-37 Smith-Waterman score: 2414; 61.1% identity (71.4% similar) in 689 aa overlap (84-745:32-634) 60 70 80 90 100 110 pF1KE3 GPPAPRGPGDRRAEPCPGLPAAAMGRHGGGGGDSGKIVINVGGVRHETYRSTLRTLPGTR : : ::.:::::.:::::::::::::::: CCDS82 ISSVCVSSYRGRKSGNKPPSKTCLKEEMAKGEASEKIIINVGGTRHETYRSTLRTLPGTR 10 20 30 40 50 60 120 130 140 150 160 pF1KE3 LAGLTEPEAAARFDYDPGAD-----------EFFFDRHPGVFAYVLNYYRTGKLHCPADV :: :..:....: . : :. ::::::::::::::::::::::::::::: CCDS82 LAWLADPDGGGRPETDGGGVGSSGSSGGGGCEFFFDRHPGVFAYVLNYYRTGKLHCPADV 70 80 90 100 110 120 170 180 190 200 210 220 pF1KE3 CGPLFEEELGFWGIDETDVEACCWMTYRQHRDAEEALDSFEAPDPAGAANAANAAGAHDG ::::::::: :::::::::: ::::::::::::::::: ::.:: : CCDS82 CGPLFEEELTFWGIDETDVEPCCWMTYRQHRDAEEALDIFESPD---------------G 130 140 150 160 230 240 250 260 270 280 pF1KE3 GLDDEAGAGGGGLDGAGGELKRLCFQDAGGGAGGPPGGAGGAGGTWWRRWQPRVWALFED : :.:.: : :: . ..: .: : :: ::: .:: : ::::.:::::: CCDS82 G-----GSGAGPSDEAGDDERELALQRLGPHEGGAGHGAG-SGGC--RGWQPRMWALFED 170 180 190 200 210 290 300 310 320 330 340 pF1KE3 PYSSRAARYVAFASLFFILISITTFCLETHEGFIHISNKTVTQASPIPGAPPENITNV-- :::::::: ::::::::::.:::::::::::.: .: ...::. . : :::.: CCDS82 PYSSRAARVVAFASLFFILVSITTFCLETHEAF-NI-DRNVTEILRV-G----NITSVHF 220 230 240 250 260 270 350 360 370 380 390 pF1KE3 --EVETEPFLTYVEGVCVVWFTFEFLMRITFCPDKVEFLKSSLNIIDCVAILPFYLEVGL ::::::.:::.:::::.:::.:::.::. ::: ..:.:. ::::: :::::::::::: CCDS82 RREVETEPILTYIEGVCVLWFTLEFLVRIVCCPDTLDFVKNLLNIIDFVAILPFYLEVGL 280 290 300 310 320 330 400 410 420 430 440 450 pF1KE3 SGLSSKAAKDVLGFLRVVRFVRILRIFKLTRHFVGLRVLGHTLRASTNEFLLLIIFLALG ::::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS82 SGLSSKAARDVLGFLRVVRFVRILRIFKLTRHFVGLRVLGHTLRASTNEFLLLIIFLALG 340 350 360 370 380 390 460 470 480 490 500 510 pF1KE3 VLIFATMIYYAERIGADPDDILGSNHTYFKNIPIGFWWAVVTMTTLGYGDMYPKTWSGML :::::::::::::::: :.: :..:: :::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS82 VLIFATMIYYAERIGARPSDPRGNDHTDFKNIPIGFWWAVVTMTTLGYGDMYPKTWSGML 400 410 420 430 440 450 520 530 540 550 560 570 pF1KE3 VGALCALAGVLTIAMPVPVIVNNFGMYYSLAMAKQKLPKKKNKHIPRPPQPGSPNYCKPD ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::..::.::: : :: ::: . CCDS82 VGALCALAGVLTIAMPVPVIVNNFGMYYSLAMAKQKLPKKRKKHVPRPAQLESPMYCKSE 460 470 480 490 500 510 580 590 600 610 620 630 pF1KE3 PPPPPPPHPHHGSGGISPPPPITPPSMGVTVAGAYPAGPHTHPGLLRGGAGGLGIMGLPP : : .::. CCDS82 ETSPRD----------STCSDTSPPAR--------------------------------- 520 640 650 660 670 680 690 pF1KE3 LPAPGEPCPLAQEEVIEINRADPRPNGDPAAAALAHEDCPAIDQPAMS---PEDKSPITP .: .:: .::: . ::: : :.:. :. .. :: : ::.. . CCDS82 -----------EEGMIERKRADSKQNGD-ANAVLSDEEGAGLTQPLASSPTPEERRALRR 530 540 550 560 570 700 710 720 730 740 pF1KE3 GS-RGRYSRDRACFLLT--DYAPSPDGSIRKATGA-PPLPPQDWRKPG-PPS----FLPD .. : : .. :::::. ::: :::.::.: . :: : . . ::. ::: CCDS82 STTRDRNKKAAACFLLSTGDYA-CADGSVRKGTFVLRDLPLQHSPEAACPPTAGTLFLPH 580 590 600 610 620 630 750 pF1KE3 LNANAAAWISP >>CCDS9006.1 KCNC2 gene_id:3747|Hs108|chr12 (558 aa) initn: 2318 init1: 1369 opt: 1687 Z-score: 769.9 bits: 152.7 E(32554): 1.5e-36 Smith-Waterman score: 2258; 68.0% identity (78.0% similar) in 537 aa overlap (89-578:9-512) 60 70 80 90 100 110 pF1KE3 RGPGDRRAEPCPGLPAAAMGRHGGGGGDSGKIVINVGGVRHETYRSTLRTLPGTRLAGL- ....::::.:::::::::.:::::::: : CCDS90 MGKIENNERVILNVGGTRHETYRSTLKTLPGTRLALLA 10 20 30 120 130 pF1KE3 -TEPE------AAARFDYDP---------------------------------------G .:: :. ... .: : CCDS90 SSEPPGDCLTTAGDKLQPSPPPLSPPPRAPPLSPGPGGCFEGGAGNCSSRGGRASDHPGG 40 50 60 70 80 90 140 150 160 170 180 190 pF1KE3 ADEFFFDRHPGVFAYVLNYYRTGKLHCPADVCGPLFEEELGFWGIDETDVEACCWMTYRQ . ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:::::::::: :::::::: CCDS90 GREFFFDRHPGVFAYVLNYYRTGKLHCPADVCGPLFEEELAFWGIDETDVEPCCWMTYRQ 100 110 120 130 140 150 200 210 220 230 240 250 pF1KE3 HRDAEEALDSFEAPDPAGAANAANAAGAHDGGLDDEAGAGGGGLDGAGGELKRLCFQDAG ::::::::: ::.:: :. : : ::: :. ::: ..::. CCDS90 HRDAEEALDIFETPDLIGG----------DPG-DDEDLAA-----------KRLGIEDAA 160 170 180 190 260 270 280 290 300 310 pF1KE3 GGAGGPPGGAGGAGGTWWRRWQPRVWALFEDPYSSRAARYVAFASLFFILISITTFCLET : ::: : .: ::: :::.::::::::::::::..:::::::::.::::::::: CCDS90 G-LGGPDGKSGR-----WRRLQPRMWALFEDPYSSRAARFIAFASLFFILVSITTFCLET 200 210 220 230 240 250 320 330 340 350 360 370 pF1KE3 HEGFIHISNKTVTQASPIPGAPPENITNVEVETEPFLTYVEGVCVVWFTFEFLMRITFCP ::.: ..::: :. .. . . :.::.: :::::::::::::::::.::.: : CCDS90 HEAFNIVKNKT----EPVINGTSV-VLQYEIETDPALTYVEGVCVVWFTFEFLVRIVFSP 260 270 280 290 300 380 390 400 410 420 430 pF1KE3 DKVEFLKSSLNIIDCVAILPFYLEVGLSGLSSKAAKDVLGFLRVVRFVRILRIFKLTRHF .:.::.:. ::::: ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS90 NKLEFIKNLLNIIDFVAILPFYLEVGLSGLSSKAAKDVLGFLRVVRFVRILRIFKLTRHF 310 320 330 340 350 360 440 450 460 470 480 490 pF1KE3 VGLRVLGHTLRASTNEFLLLIIFLALGVLIFATMIYYAERIGADPDDILGSNHTYFKNIP ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.::.:.: .:.:: ::::: CCDS90 VGLRVLGHTLRASTNEFLLLIIFLALGVLIFATMIYYAERVGAQPNDPSASEHTQFKNIP 370 380 390 400 410 420 500 510 520 530 540 550 pF1KE3 IGFWWAVVTMTTLGYGDMYPKTWSGMLVGALCALAGVLTIAMPVPVIVNNFGMYYSLAMA ::::::::::::::::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS90 IGFWWAVVTMTTLGYGDMYPQTWSGMLVGALCALAGVLTIAMPVPVIVNNFGMYYSLAMA 430 440 450 460 470 480 560 570 580 590 600 610 pF1KE3 KQKLPKKKNKHIPRPPQPGSPNYCKPDPPPPPPPHPHHGSGGISPPPPITPPSMGVTVAG :::::.:..:::: :: .::..:: . CCDS90 KQKLPRKRKKHIPPAPQASSPTFCKTELNMACNSTQSDTCLGKDNRLLEHNRSDNCKEVV 490 500 510 520 530 540 >>CCDS58255.1 KCNC2 gene_id:3747|Hs108|chr12 (583 aa) initn: 2318 init1: 1369 opt: 1687 Z-score: 769.7 bits: 152.7 E(32554): 1.5e-36 Smith-Waterman score: 2258; 68.0% identity (78.0% similar) in 537 aa overlap (89-578:9-512) 60 70 80 90 100 110 pF1KE3 RGPGDRRAEPCPGLPAAAMGRHGGGGGDSGKIVINVGGVRHETYRSTLRTLPGTRLAGL- ....::::.:::::::::.:::::::: : CCDS58 MGKIENNERVILNVGGTRHETYRSTLKTLPGTRLALLA 10 20 30 120 130 pF1KE3 -TEPE------AAARFDYDP---------------------------------------G .:: :. ... .: : CCDS58 SSEPPGDCLTTAGDKLQPSPPPLSPPPRAPPLSPGPGGCFEGGAGNCSSRGGRASDHPGG 40 50 60 70 80 90 140 150 160 170 180 190 pF1KE3 ADEFFFDRHPGVFAYVLNYYRTGKLHCPADVCGPLFEEELGFWGIDETDVEACCWMTYRQ . ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:::::::::: :::::::: CCDS58 GREFFFDRHPGVFAYVLNYYRTGKLHCPADVCGPLFEEELAFWGIDETDVEPCCWMTYRQ 100 110 120 130 140 150 200 210 220 230 240 250 pF1KE3 HRDAEEALDSFEAPDPAGAANAANAAGAHDGGLDDEAGAGGGGLDGAGGELKRLCFQDAG ::::::::: ::.:: :. : : ::: :. ::: ..::. CCDS58 HRDAEEALDIFETPDLIGG----------DPG-DDEDLAA-----------KRLGIEDAA 160 170 180 190 260 270 280 290 300 310 pF1KE3 GGAGGPPGGAGGAGGTWWRRWQPRVWALFEDPYSSRAARYVAFASLFFILISITTFCLET : ::: : .: ::: :::.::::::::::::::..:::::::::.::::::::: CCDS58 G-LGGPDGKSGR-----WRRLQPRMWALFEDPYSSRAARFIAFASLFFILVSITTFCLET 200 210 220 230 240 250 320 330 340 350 360 370 pF1KE3 HEGFIHISNKTVTQASPIPGAPPENITNVEVETEPFLTYVEGVCVVWFTFEFLMRITFCP ::.: ..::: :. .. . . :.::.: :::::::::::::::::.::.: : CCDS58 HEAFNIVKNKT----EPVINGTSV-VLQYEIETDPALTYVEGVCVVWFTFEFLVRIVFSP 260 270 280 290 300 380 390 400 410 420 430 pF1KE3 DKVEFLKSSLNIIDCVAILPFYLEVGLSGLSSKAAKDVLGFLRVVRFVRILRIFKLTRHF .:.::.:. ::::: ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS58 NKLEFIKNLLNIIDFVAILPFYLEVGLSGLSSKAAKDVLGFLRVVRFVRILRIFKLTRHF 310 320 330 340 350 360 440 450 460 470 480 490 pF1KE3 VGLRVLGHTLRASTNEFLLLIIFLALGVLIFATMIYYAERIGADPDDILGSNHTYFKNIP ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.::.:.: .:.:: ::::: CCDS58 VGLRVLGHTLRASTNEFLLLIIFLALGVLIFATMIYYAERVGAQPNDPSASEHTQFKNIP 370 380 390 400 410 420 500 510 520 530 540 550 pF1KE3 IGFWWAVVTMTTLGYGDMYPKTWSGMLVGALCALAGVLTIAMPVPVIVNNFGMYYSLAMA ::::::::::::::::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS58 IGFWWAVVTMTTLGYGDMYPQTWSGMLVGALCALAGVLTIAMPVPVIVNNFGMYYSLAMA 430 440 450 460 470 480 560 570 580 590 600 610 pF1KE3 KQKLPKKKNKHIPRPPQPGSPNYCKPDPPPPPPPHPHHGSGGISPPPPITPPSMGVTVAG :::::.:..:::: :: .::..:: . CCDS58 KQKLPRKRKKHIPPAPQASSPTFCKTELNMACNSTQSDTCLGKDNRLLEHNRSGYEKSRS 490 500 510 520 530 540 >>CCDS9005.1 KCNC2 gene_id:3747|Hs108|chr12 (613 aa) initn: 2318 init1: 1369 opt: 1687 Z-score: 769.4 bits: 152.8 E(32554): 1.5e-36 Smith-Waterman score: 2258; 68.0% identity (78.0% similar) in 537 aa overlap (89-578:9-512) 60 70 80 90 100 110 pF1KE3 RGPGDRRAEPCPGLPAAAMGRHGGGGGDSGKIVINVGGVRHETYRSTLRTLPGTRLAGL- ....::::.:::::::::.:::::::: : CCDS90 MGKIENNERVILNVGGTRHETYRSTLKTLPGTRLALLA 10 20 30 120 130 pF1KE3 -TEPE------AAARFDYDP---------------------------------------G .:: :. ... .: : CCDS90 SSEPPGDCLTTAGDKLQPSPPPLSPPPRAPPLSPGPGGCFEGGAGNCSSRGGRASDHPGG 40 50 60 70 80 90 140 150 160 170 180 190 pF1KE3 ADEFFFDRHPGVFAYVLNYYRTGKLHCPADVCGPLFEEELGFWGIDETDVEACCWMTYRQ . ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:::::::::: :::::::: CCDS90 GREFFFDRHPGVFAYVLNYYRTGKLHCPADVCGPLFEEELAFWGIDETDVEPCCWMTYRQ 100 110 120 130 140 150 200 210 220 230 240 250 pF1KE3 HRDAEEALDSFEAPDPAGAANAANAAGAHDGGLDDEAGAGGGGLDGAGGELKRLCFQDAG ::::::::: ::.:: :. : : ::: :. ::: ..::. 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