FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE4518, 552 aa 1>>>pF1KE4518 552 - 552 aa - 552 aa Library: /omim/omim.rfq.tfa 60827320 residues in 85289 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.2376+/-0.000405; mu= 19.1031+/- 0.025 mean_var=72.6352+/-14.666, 0's: 0 Z-trim(112.3): 20 B-trim: 0 in 0/53 Lambda= 0.150488 statistics sampled from 21187 (21205) to 21187 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.61), E-opt: 0.2 (0.249), width: 16 Scan time: 9.740 The best scores are: opt bits E(85289) NP_001076428 (OMIM: 601040,610762) scavenger recep ( 506) 3174 698.8 1e-200 NP_005496 (OMIM: 601040,610762) scavenger receptor ( 509) 3174 698.8 1e-200 NP_005497 (OMIM: 254900,602257) lysosome membrane ( 478) 992 225.1 4e-58 NP_001001548 (OMIM: 173510,608404,610938,611162) p ( 472) 970 220.3 1.1e-56 XP_005250771 (OMIM: 173510,608404,610938,611162) P ( 472) 970 220.3 1.1e-56 NP_001120916 (OMIM: 173510,608404,610938,611162) p ( 472) 970 220.3 1.1e-56 NP_000063 (OMIM: 173510,608404,610938,611162) plat ( 472) 970 220.3 1.1e-56 XP_005250772 (OMIM: 173510,608404,610938,611162) P ( 472) 970 220.3 1.1e-56 NP_001120915 (OMIM: 173510,608404,610938,611162) p ( 472) 970 220.3 1.1e-56 NP_001001547 (OMIM: 173510,608404,610938,611162) p ( 472) 970 220.3 1.1e-56 XP_005250770 (OMIM: 173510,608404,610938,611162) P ( 472) 970 220.3 1.1e-56 NP_001276840 (OMIM: 173510,608404,610938,611162) p ( 396) 838 191.6 4e-48 NP_001276838 (OMIM: 173510,608404,610938,611162) p ( 412) 593 138.4 4.3e-32 NP_001191184 (OMIM: 254900,602257) lysosome membra ( 335) 538 126.4 1.4e-28 NP_001276837 (OMIM: 173510,608404,610938,611162) p ( 433) 397 95.8 2.9e-19 >>NP_001076428 (OMIM: 601040,610762) scavenger receptor (506 aa) initn: 3174 init1: 3174 opt: 3174 Z-score: 3724.4 bits: 698.8 E(85289): 1e-200 Smith-Waterman score: 3174; 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NP_005 VMYLNESVHIDKETASRLKS-MINTTLIITNIPYIIMALGVFFGLVFTWLACKGQGSMDE 410 420 430 440 450 460 480 490 500 510 520 530 pF1KE4 GQRAARADSHSLACWGKGASDRTLWPTAAWSPPPAAVLRLCRSGSGHCWGLRSTLASFAC : :: NP_005 GTADERAPLIRT 470 >>NP_001001548 (OMIM: 173510,608404,610938,611162) plate (472 aa) initn: 653 init1: 232 opt: 970 Z-score: 1138.7 bits: 220.3 E(85289): 1.1e-56 Smith-Waterman score: 970; 32.7% identity (65.8% similar) in 480 aa overlap (1-467:1-469) 10 20 30 40 50 60 pF1KE4 MGCSAKARWAAGALGVAGLLCAVLGAVMIVMVPSLIKQQVLKNVRIDPSSLSFNMWKEIP :::. . ::: : : . ::.:.... . ::.. . :.: .. ....:. : . NP_001 MGCDRNCGLIAGA--VIGAVLAVFGGILMPVGDLLIQKTIKKQVVLEEGTIAFKNWVKTG 10 20 30 40 50 70 80 90 100 110 pF1KE4 IPFYLSVYFFDVMNPSEIL-KGEKPQVRERGPYVYR-EFRHKSNITFNNND-TVSFLEYR : . ..:::.::.:.. .. . ::..::::.:: .: : :.: . .: :::::. 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NP_001 IVPILWLNETGTIGDEKANMFRSQVTGKINLLGLIEMILLSVGVVMFVAFMISYCACRSK 410 420 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 pF1KE4 VGAGQRAARADSHSLACWGKGASDRTLWPTAAWSPPPAAVLRLCRSGSGHCWGLRSTLAS NP_001 TIK 470 >>XP_005250771 (OMIM: 173510,608404,610938,611162) PREDI (472 aa) initn: 653 init1: 232 opt: 970 Z-score: 1138.7 bits: 220.3 E(85289): 1.1e-56 Smith-Waterman score: 970; 32.7% identity (65.8% similar) in 480 aa overlap (1-467:1-469) 10 20 30 40 50 60 pF1KE4 MGCSAKARWAAGALGVAGLLCAVLGAVMIVMVPSLIKQQVLKNVRIDPSSLSFNMWKEIP :::. . ::: : : . ::.:.... . ::.. . :.: .. ....:. : . XP_005 MGCDRNCGLIAGA--VIGAVLAVFGGILMPVGDLLIQKTIKKQVVLEEGTIAFKNWVKTG 10 20 30 40 50 70 80 90 100 110 pF1KE4 IPFYLSVYFFDVMNPSEIL-KGEKPQVRERGPYVYR-EFRHKSNITFNNND-TVSFLEYR : . ..:::.::.:.. .. . ::..::::.:: .: : :.: . .: :::::. XP_005 TEVYRQFWIFDVQNPQEVMMNSSNIQVKQRGPYTYRVRFLAKENVTQDAEDNTVSFLQPN 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 pF1KE4 TFQFQPSKSHGSESDYIVMPNILVLGAAVMMENKPMTLKLIMTLAFTTLGERAFMNRTVG :.:: : :.:.: ... :. : .:. ...:. ...:.. .. :. ::. XP_005 GAIFEPSLSVGTEADNFTVLNLAVAAASHIYQNQ--FVQMILNSLINKSKSSMFQVRTLR 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 pF1KE4 EIMWGYKDPLVNLINKYFPGMFPFKDKFGLFAELNNSDSGLFTVFTGVQNISRIHLVDKW :..:::.::...:. : .: ::: ::. .:.. ::.: .:::.. ..: . 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