FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KB6270, 772 aa 1>>>pF1KB6270 772 - 772 aa - 772 aa Library: /omim/omim.rfq.tfa 60827320 residues in 85289 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.5593+/-0.000321; mu= 6.3442+/- 0.020 mean_var=185.2493+/-36.957, 0's: 0 Z-trim(121.8): 168 B-trim: 14 in 1/55 Lambda= 0.094231 statistics sampled from 38824 (38997) to 38824 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.78), E-opt: 0.2 (0.457), width: 16 Scan time: 12.750 The best scores are: opt bits E(85289) NP_056293 (OMIM: 608802) lethal(3)malignant brain ( 772) 5496 759.7 1e-218 NP_115479 (OMIM: 608802) lethal(3)malignant brain ( 840) 5301 733.2 1e-210 NP_001317488 (OMIM: 617135) lethal(3)malignant bra ( 614) 1916 273.0 2.7e-72 XP_011524062 (OMIM: 617135) PREDICTED: lethal(3)ma ( 642) 1916 273.0 2.8e-72 XP_011524064 (OMIM: 617135) PREDICTED: lethal(3)ma ( 567) 1663 238.5 5.8e-62 XP_011524065 (OMIM: 617135) PREDICTED: lethal(3)ma ( 521) 1657 237.7 9.5e-62 NP_775735 (OMIM: 617135) lethal(3)malignant brain ( 623) 1658 237.9 1e-61 XP_011524063 (OMIM: 617135) PREDICTED: lethal(3)ma ( 623) 1658 237.9 1e-61 XP_011524060 (OMIM: 617135) PREDICTED: lethal(3)ma ( 651) 1658 237.9 1e-61 XP_011524059 (OMIM: 617135) PREDICTED: lethal(3)ma ( 651) 1658 237.9 1e-61 XP_011524061 (OMIM: 617135) PREDICTED: lethal(3)ma ( 651) 1658 237.9 1e-61 XP_006722427 (OMIM: 617135) PREDICTED: lethal(3)ma ( 485) 1655 237.4 1.1e-61 XP_011524067 (OMIM: 617135) PREDICTED: lethal(3)ma ( 497) 1655 237.4 1.1e-61 XP_016881565 (OMIM: 617135) PREDICTED: lethal(3)ma ( 488) 1653 237.1 1.3e-61 XP_016881564 (OMIM: 617135) PREDICTED: lethal(3)ma ( 488) 1653 237.1 1.3e-61 XP_016881563 (OMIM: 617135) PREDICTED: lethal(3)ma ( 574) 1653 237.2 1.5e-61 XP_016881566 (OMIM: 617135) PREDICTED: lethal(3)ma ( 370) 1594 229.0 2.7e-59 XP_016884468 (OMIM: 611865) PREDICTED: lethal(3)ma ( 495) 703 108.0 1e-22 XP_016884467 (OMIM: 611865) PREDICTED: lethal(3)ma ( 495) 703 108.0 1e-22 XP_016884466 (OMIM: 611865) PREDICTED: lethal(3)ma ( 595) 703 108.0 1.2e-22 XP_011528723 (OMIM: 611865) PREDICTED: lethal(3)ma ( 614) 703 108.1 1.2e-22 XP_016884465 (OMIM: 611865) PREDICTED: lethal(3)ma ( 621) 703 108.1 1.2e-22 XP_011528722 (OMIM: 611865) PREDICTED: lethal(3)ma ( 687) 703 108.1 1.3e-22 NP_113676 (OMIM: 611865) lethal(3)malignant brain ( 705) 703 108.1 1.3e-22 XP_016884469 (OMIM: 611865) PREDICTED: lethal(3)ma ( 408) 693 106.6 2.2e-22 XP_006724521 (OMIM: 300208) PREDICTED: sex comb on ( 609) 611 95.5 6.9e-19 XP_016884710 (OMIM: 300208) PREDICTED: sex comb on ( 609) 611 95.5 6.9e-19 XP_016884709 (OMIM: 300208) PREDICTED: sex comb on ( 700) 611 95.6 7.8e-19 XP_016884708 (OMIM: 300208) PREDICTED: sex comb on ( 700) 611 95.6 7.8e-19 NP_006080 (OMIM: 300208) sex comb on midleg-like p ( 700) 611 95.6 7.8e-19 XP_011539335 (OMIM: 616396) PREDICTED: polycomb pr ( 660) 584 91.9 9.4e-18 NP_001026864 (OMIM: 616396) polycomb protein SCMH1 ( 660) 584 91.9 9.4e-18 XP_011539342 (OMIM: 616396) PREDICTED: polycomb pr ( 523) 582 91.6 9.4e-18 XP_011539341 (OMIM: 616396) PREDICTED: polycomb pr ( 550) 582 91.6 9.8e-18 XP_016856187 (OMIM: 616396) PREDICTED: polycomb pr ( 618) 582 91.6 1.1e-17 XP_011539336 (OMIM: 616396) PREDICTED: polycomb pr ( 621) 582 91.6 1.1e-17 NP_001165690 (OMIM: 616396) polycomb protein SCMH1 ( 648) 582 91.6 1.1e-17 XP_006710525 (OMIM: 616396) PREDICTED: polycomb pr ( 670) 582 91.6 1.2e-17 XP_011539334 (OMIM: 616396) PREDICTED: polycomb pr ( 670) 582 91.6 1.2e-17 XP_016856189 (OMIM: 616396) PREDICTED: polycomb pr ( 564) 529 84.4 1.5e-15 NP_036368 (OMIM: 616396) polycomb protein SCMH1 is ( 591) 529 84.4 1.5e-15 XP_011539337 (OMIM: 616396) PREDICTED: polycomb pr ( 613) 529 84.4 1.6e-15 XP_016856200 (OMIM: 616396) PREDICTED: polycomb pr ( 457) 501 80.5 1.7e-14 XP_016856201 (OMIM: 616396) PREDICTED: polycomb pr ( 457) 501 80.5 1.7e-14 XP_016856197 (OMIM: 616396) PREDICTED: polycomb pr ( 479) 501 80.5 1.8e-14 NP_001165691 (OMIM: 616396) polycomb protein SCMH1 ( 577) 501 80.6 2.1e-14 NP_001165689 (OMIM: 616396) polycomb protein SCMH1 ( 577) 501 80.6 2.1e-14 XP_011539338 (OMIM: 616396) PREDICTED: polycomb pr ( 599) 501 80.6 2.2e-14 NP_001165692 (OMIM: 616396) polycomb protein SCMH1 ( 599) 501 80.6 2.2e-14 XP_016856188 (OMIM: 616396) PREDICTED: polycomb pr ( 599) 501 80.6 2.2e-14 >>NP_056293 (OMIM: 608802) lethal(3)malignant brain tumo (772 aa) initn: 5496 init1: 5496 opt: 5496 Z-score: 4047.6 bits: 759.7 E(85289): 1e-218 Smith-Waterman score: 5496; 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49.4% identity (70.6% similar) in 591 aa overlap (148-708:1-559) 120 130 140 150 160 170 pF1KB6 NDGCPQLFQERSVIVENSSGSTSASELLKPMKK--RKRREYQSPSEEESEPEAMEKQEEG ::. :::. .. .:. .. .:. :: NP_001 MKQPNRKRKLNMDSKERLDQDGRLEQAEEE 10 20 30 180 190 200 210 220 230 pF1KB6 KDPEGQPTASTPESEEWSSSQPATGEKKECWSWESYLEEQKAITAPVSLFQDSQAVTHNK : :. ..:: :. : : : :::: ::.::::..::: ::. .:. ... NP_001 KKPK---DSTTPLSH--VPSAAAQGA----WSWEWYLKEQKAVAAPVELFSKDQSFPEHE 40 50 60 70 80 240 250 260 270 280 290 pF1KB6 NGFKLGMKLEGIDPQHPSMYFILTVAEVCGYRLRLHFDGYSECHDFWVNANSPDIHPAGW :::..::.::::::.:::.. .:.:::::::::::::::: :.:::.::.::::::.:: NP_001 NGFQIGMRLEGIDPRHPSVFCVLSVAEVCGYRLRLHFDGYLSCYDFWTNAGSPDIHPVGW 90 100 110 120 130 140 300 310 320 330 340 350 pF1KB6 FEKTGHKLQPPKGYKEEEFSWSQYLRSTRAQAAPKHLFVSQS-HSPPPLGFQVGMKLEAV ::: :.:. ::::....: : .::.. . : :::.:: ..: ..: :::::::::: NP_001 CEKTKHELHIPKGYRKDKFVWMDYLKACKLQNAPKKLFRNRSPNGPMSKEFQVGMKLEAV 150 160 170 180 190 200 360 370 380 390 400 410 pF1KB6 DRMNPSLVCVASVTDVVDSRFLVHFDNWDDTYDYWCDPSSPYIHPVGWCQKQGKPLTPPQ :: ::::::::...:.:..:.:::::::::.:::::: .:::..::::::..:. : :: NP_001 DRKNPSLVCVATIADIVEDRLLVHFDNWDDSYDYWCDVNSPYVQPVGWCQENGRTLIAPQ 210 220 230 240 250 260 420 430 440 450 460 470 pF1KB6 DYPDPDNFCWEKYLEETGASAVPTWAFKVRPPHSFLVNMKLEAVDRRNPALIRVASVEDV ::.:.:: : .::: : ..:::. .::.: ::.:: :::::.::.::: :::::.. :: NP_001 GYPNPENFSWTEYLEATQTNAVPAKVFKMRLPHGFLPNMKLEVVDKRNPRLIRVATIVDV 270 280 290 300 310 320 480 490 500 510 520 530 pF1KB6 EDHRIKIHFDGWSHGYDFWIDADHPDIHPAGWCSKTGHPLQPPLGPREPSSASPGGCPPL .:.:.:.:::::.: ::.:..:: ::::: :::. :::::. : . 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XP_011 KKPKD---STTPLSH--VPSAAAQGA----WSWEWYLKEQKAVAAPVELFSKDQSFPEHE 40 50 60 70 80 240 250 260 270 280 290 pF1KB6 NGFKLGMKLEGIDPQHPSMYFILTVAEVCGYRLRLHFDGYSECHDFWVNANSPDIHPAGW :::..::.::::::.:::.. .:.:::::::::::::::: :.:::.::.::::::.:: XP_011 NGFQIGMRLEGIDPRHPSVFCVLSVAEVCGYRLRLHFDGYLSCYDFWTNAGSPDIHPVGW 90 100 110 120 130 140 300 310 320 330 340 350 pF1KB6 FEKTGHKLQPPKGYKEEEFSWSQYLRSTRAQAAPKHLFVSQS-HSPPPLGFQVGMKLEAV ::: :.:. ::::....: : .::.. . : :::.:: ..: ..: :::::::::: XP_011 CEKTKHELHIPKGYRKDKFVWMDYLKACKLQNAPKKLFRNRSPNGPMSKEFQVGMKLEAV 150 160 170 180 190 200 360 370 380 390 400 410 pF1KB6 DRMNPSLVCVASVTDVVDSRFLVHFDNWDDTYDYWCDPSSPYIHPVGWCQKQGKPLTPPQ :: ::::::::...:.:..:.:::::::::.:::::: .:::..::::::..:. : :: XP_011 DRKNPSLVCVATIADIVEDRLLVHFDNWDDSYDYWCDVNSPYVQPVGWCQENGRTLIAPQ 210 220 230 240 250 260 420 430 440 450 460 470 pF1KB6 DYPDPDNFCWEKYLEETGASAVPTWAFKVRPPHSFLVNMKLEAVDRRNPALIRVASVEDV ::.:.:: : .::: : ..:::. .::.: ::.:: :::::.::.::: :::::.. :: XP_011 GYPNPENFSWTEYLEATQTNAVPAKVFKMRLPHGFLPNMKLEVVDKRNPRLIRVATIVDV 270 280 290 300 310 320 480 490 500 510 520 530 pF1KB6 EDHRIKIHFDGWSHGYDFWIDADHPDIHPAGWCSKTGHPLQPPLGPREPSSASPGGCPPL .:.:.:.:::::.: ::.:..:: ::::: :::. :::::. : . 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XP_011 DRLREQTQANLESDSSHSKSKSLCSLNFNGKHEKVNSQ------PRLVQQAKCLKIKGKE 420 430 440 450 460 470 660 670 680 690 700 710 pF1KB6 PDRSLSVCWEQHCKLLPGVAGISASTVAKWTIDEVFGFVQTLTGCEDQARLFKDEARIVR XP_011 DIDLDNLFRGTRLEGVTTLNTTFHSNKSGACGQPRQRLPWSIPEITLSNWSLSLTHPLLH 480 490 500 510 520 530 >>XP_011524065 (OMIM: 617135) PREDICTED: lethal(3)malign (521 aa) initn: 1905 init1: 937 opt: 1657 Z-score: 1229.5 bits: 237.7 E(85289): 9.5e-62 Smith-Waterman score: 1695; 47.5% identity (71.8% similar) in 522 aa overlap (148-665:1-483) 120 130 140 150 160 170 pF1KB6 NDGCPQLFQERSVIVENSSGSTSASELLKPMKK--RKRREYQSPSEEESEPEAMEKQEEG ::. :::. .. .:. .. .:. :: XP_011 MKQPNRKRKLNMDSKERLDQDGRLEQAEEE 10 20 30 180 190 200 210 220 230 pF1KB6 KDPEGQPTASTPESEEWSSSQPATGEKKECWSWESYLEEQKAITAPVSLFQDSQAVTHNK : :. ..:: :. :.. : : :::: ::.::::..::: ::. .:. ... 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