Result of FASTA (ccds) for
pFN21AB5915
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB5915, 505 aa
1>>>pF1KB5915 505 - 505 aa - 505 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.9840+/-0.000785; mu= 14.7418+/- 0.047
mean_var=76.3852+/-15.681, 0's: 0 Z-trim(108.5): 78 B-trim: 40 in 1/49
Lambda= 0.146747
statistics sampled from 10142 (10227) to 10142 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.677), E-opt: 0.2 (0.314), width: 16
Scan time: 3.390
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS31763.1 KLHL42 gene_id:57542|Hs108|chr12 ( 505) 3400 729.3 2.4e-210
CCDS34795.1 KBTBD11 gene_id:9920|Hs108|chr8 ( 623) 438 102.2 1.7e-21
CCDS6503.1 KLHL9 gene_id:55958|Hs108|chr9 ( 617) 385 91.0 4.1e-18
CCDS55479.1 KLHL13 gene_id:90293|Hs108|chrX ( 613) 382 90.4 6.3e-18
CCDS55481.1 KLHL13 gene_id:90293|Hs108|chrX ( 639) 382 90.4 6.6e-18
CCDS14571.1 KLHL13 gene_id:90293|Hs108|chrX ( 655) 382 90.4 6.7e-18
CCDS55480.1 KLHL13 gene_id:90293|Hs108|chrX ( 658) 382 90.4 6.7e-18
CCDS14097.2 KLHDC7B gene_id:113730|Hs108|chr22 ( 594) 381 90.1 7.1e-18
CCDS32813.1 KLHL14 gene_id:57565|Hs108|chr18 ( 628) 337 80.8 4.8e-15
CCDS13780.1 KLHL22 gene_id:84861|Hs108|chr22 ( 634) 332 79.8 1e-14
CCDS34478.1 KLHL31 gene_id:401265|Hs108|chr6 ( 634) 319 77.0 6.7e-14
CCDS44685.2 KLHL35 gene_id:283212|Hs108|chr11 ( 583) 315 76.2 1.1e-13
CCDS3246.1 KLHL24 gene_id:54800|Hs108|chr3 ( 600) 307 74.5 3.7e-13
CCDS185.2 KLHDC7A gene_id:127707|Hs108|chr1 ( 777) 308 74.7 4.1e-13
CCDS3245.2 KLHL6 gene_id:89857|Hs108|chr3 ( 621) 300 73.0 1.1e-12
CCDS1429.1 KLHL12 gene_id:59349|Hs108|chr1 ( 568) 299 72.8 1.2e-12
CCDS2236.1 KLHL23 gene_id:151230|Hs108|chr2 ( 558) 286 70.0 7.6e-12
CCDS10935.1 GAN gene_id:8139|Hs108|chr16 ( 597) 276 67.9 3.5e-11
CCDS42340.1 KLHL10 gene_id:317719|Hs108|chr17 ( 608) 274 67.5 4.8e-11
CCDS46555.2 KLHL30 gene_id:377007|Hs108|chr2 ( 578) 272 67.1 6.2e-11
>>CCDS31763.1 KLHL42 gene_id:57542|Hs108|chr12 (505 aa)
initn: 3400 init1: 3400 opt: 3400 Z-score: 3889.8 bits: 729.3 E(32554): 2.4e-210
Smith-Waterman score: 3400; 100.0% identity (100.0% similar) in 505 aa overlap (1-505:1-505)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MSAEEMVQIRLEDRCYPVSKRKLIEQSDYFRALYRSGMREALSQEAGGPEVQQLRGLSAP
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CCDS31 MSAEEMVQIRLEDRCYPVSKRKLIEQSDYFRALYRSGMREALSQEAGGPEVQQLRGLSAP
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 GLRLVLDFINAGGAREGWLLGPRGEKGGGVDEDEEMDEVSLLSELVEAASFLQVTSLLQL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 GLRLVLDFINAGGAREGWLLGPRGEKGGGVDEDEEMDEVSLLSELVEAASFLQVTSLLQL
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 LLSQVRLNNCLEMYRLAQVYGLPDLQEACLRFMVVHFHEVLCKPQFHLLGSPPQAPGDVS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 LLSQVRLNNCLEMYRLAQVYGLPDLQEACLRFMVVHFHEVLCKPQFHLLGSPPQAPGDVS
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB5 LKQRLREARMTGTPVLVALGDFLGGPLAPHPYQGEPPSMLRYEEMTERWFPLANNLPPDL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 LKQRLREARMTGTPVLVALGDFLGGPLAPHPYQGEPPSMLRYEEMTERWFPLANNLPPDL
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB5 VNVRGYGSAILDNYLFIVGGYRITSQEISAAHSYNPSTNEWLQVASMNQKRSNFKLVAVN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 VNVRGYGSAILDNYLFIVGGYRITSQEISAAHSYNPSTNEWLQVASMNQKRSNFKLVAVN
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB5 SKLYAIGGQAVSNVECYNPEQDAWNFVAPLPNPLAEFSACECKGKIYVIGGYTTRDRNMN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 SKLYAIGGQAVSNVECYNPEQDAWNFVAPLPNPLAEFSACECKGKIYVIGGYTTRDRNMN
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB5 ILQYCPSSDMWTLFETCDVHIRKQQMVSVEETIYIVGGCLHELGPNRRSSQSEDMLTVQS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 ILQYCPSSDMWTLFETCDVHIRKQQMVSVEETIYIVGGCLHELGPNRRSSQSEDMLTVQS
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB5 YNTVTRQWLYLKENTSKSGLNLTCALHNDGIYIMSRDVTLSTSLEHRVFLKYNIFSDSWE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 YNTVTRQWLYLKENTSKSGLNLTCALHNDGIYIMSRDVTLSTSLEHRVFLKYNIFSDSWE
430 440 450 460 470 480
490 500
pF1KB5 AFRRFPAFGHNLLVSSLYLPNKAET
:::::::::::::::::::::::::
CCDS31 AFRRFPAFGHNLLVSSLYLPNKAET
490 500
>>CCDS34795.1 KBTBD11 gene_id:9920|Hs108|chr8 (623 aa)
initn: 348 init1: 198 opt: 438 Z-score: 499.3 bits: 102.2 E(32554): 1.7e-21
Smith-Waterman score: 452; 29.3% identity (52.8% similar) in 460 aa overlap (20-456:155-567)
10 20 30 40
pF1KB5 MSAEEMVQIRLEDRCYPVSKRKLIEQSDYFRALYRSGMREALSQEAGGP
: : .:::::: :.. :..:
CCDS34 EPAPVPPGFGAVYGEPDLVLEVSGRRLRAHKAVLAARSDYFRA--RAS-RDVL-------
130 140 150 160 170
50 60 70 80 90 100
pF1KB5 EVQQLRGLSAPGLRLVLDFINAGGAREGWLLGPRGEKGGGVDEDEEMDEVSLLSELVEAA
...:.: .:::.: . : : . : : :.:. :.: .:
CCDS34 ---RVQGVSLTALRLLL-----ADAYSGRMAGVRP------------DNVA---EVVAGA
180 190 200 210
110 120 130 140 150 160
pF1KB5 SFLQVTSLLQLLLS----QVRLNNCLEMYRLAQVYGLPDLQEACLRFMVVHFHEVLCKPQ
::. . : . :. : :: :. :. : .:..: :: :. ::: .:
CCDS34 RRLQLPGAAQRATDAVGPQLSLANCYEVLSAAKRQRLNELRDAAYCFMSDHYLEVLREPA
220 230 240 250 260 270
170 180 190 200 210 220
pF1KB5 FHLLGSPPQAPGDVSLKQRLREARM-TGTPVLVALGDFLGG-PLAPH---PYQGEPPSML
..: : :. :..::: .: . .: :. :. : .: .:. ..
CCDS34 --VFGRLSGAERDLLLRRRLRAGRAHLLAAALGPAGERAGSRPQSPSGDADARGDA-AVY
280 290 300 310 320
230 240 250 260 270
pF1KB5 RYEEMTERWFPLANNLPPDLVNVRGYGSAILDNYLFIVGGYRITSQEISAAHS-----YN
.. . .: :. :. . .:: : .: ::::..:: .. . : : ::
CCDS34 CFHAAAGEWRELTRL--PEGAPARGCGLCVLYNYLFVAGGVAPAGPDGRARPSDQVFCYN
330 340 350 360 370 380
280 290 300 310 320 330
pF1KB5 PSTNEWLQVASMNQKRSNFKLVAVNSKLYAIGGQAVSNVECYNPEQDAWNFVAPLPNPL-
:.:. : : . : ::...:.:....:::.::. . .:: :.:. : : :::::
CCDS34 PATDSWSAVRPLRQARSQLRLLALDGHLYAVGGECLLSVERYDPRADRWAPVAPLPRGAF
390 400 410 420 430 440
340 350 360 370 380 390
pF1KB5 -AEFSACECKGKIYVIGGYTTRDRNMNILQYCPSSDMWTLFETCDVHIRKQQMVSVEETI
. : :.:.::: :: . .:.: : : : . . :. .::... :
CCDS34 AVAHEATTCHGEIYVSGGSLF----YRLLKYDPRRDEWQECPCSSSRERSADMVALDGFI
450 460 470 480 490 500
400 410 420 430 440
pF1KB5 YIVGGCLHELGPNRRSSQSE--DMLTVQSYNTVTRQW----LYLKENTSKSGLN-LTCAL
: .:. .: .:. . ..:. :. ...:: :. . .::. . ::
CCDS34 Y-----RFDLSGSRGEAQAAGPSGVSVSRYHCLAKQWSPCVAPLRLPGGPTGLQPFRCAA
510 520 530 540 550
450 460 470 480 490 500
pF1KB5 HNDGIYIMSRDVTLSTSLEHRVFLKYNIFSDSWEAFRRFPAFGHNLLVSSLYLPNKAET
. .:: .::
CCDS34 LDGAIYCVSRAGTWRFQPAREGEAGGDAGQGGGFEALGAPLDVRGVLIPFALSLPEKPPR
560 570 580 590 600 610
>>CCDS6503.1 KLHL9 gene_id:55958|Hs108|chr9 (617 aa)
initn: 407 init1: 154 opt: 385 Z-score: 438.7 bits: 91.0 E(32554): 4.1e-18
Smith-Waterman score: 419; 25.0% identity (51.2% similar) in 547 aa overlap (27-486:74-581)
10 20 30 40 50
pF1KB5 MSAEEMVQIRLEDRCYPVSKRKLIEQSDYFRALYRSGMREALSQEAGGPEVQQLRG
::::.:.. .::.: :. .:.:
CCDS65 RIEGLLCDVTLVPGDGDEIFPVHRAMMASASDYFKAMFTGGMKE---QDL---MCIKLHG
50 60 70 80 90
60 70 80 90 100 110
pF1KB5 LSAPGLRLVLDFINAGGAREGWLLGPRGEKGGGVDEDEEMDEVSLLSELVEAASFLQVTS
.. ::. ..::: . :. . .::. :.. .:::::::.
CCDS65 VNKVGLKKIIDFIYT--AKLSL----------------NMDN---LQDTLEAASFLQILP
100 110 120 130
120 130 140 150 160 170
pF1KB5 LLQL----LLSQVRLNNCLEMYRLAQVYGLPDLQEACLRFMVVHFHEVLCKPQFHLLGSP
.:.. :.: : :.::.:. :.:..:.: .... :.. .: .: .: :
CCDS65 VLDFCKVFLISGVSLDNCVEVGRIANTYNLIEVDKYVNNFILKNFPALLSTGEFLKLPFE
140 150 160 170 180 190
180 190
pF1KB5 PQAP--GDVSLKQ--------------RLREARMTGT---------PVL--------VAL
: .. :::. ::.. :: . :.. :
CCDS65 RLAFVLSSNSLKHCTELELFKAACRWLRLEDPRMDYAAKLMKNIRFPLMTPQDLINYVQT
200 210 220 230 240 250
200 210 220
pF1KB5 GDFLGGP-------LAPHPYQGEP---PSM--------------------LR--------
::. : :: : : : ::
CCDS65 VDFMRTDNTCVNLLLEASNYQMMPYMQPVMQSDRTAIRSDSTHLVTLGGVLRQQLVVSKE
260 270 280 290 300 310
230 240 250 260 270
pF1KB5 ---YEEMTERWFPLANNLPPDLVNVRGYGSAILDNYLFIVGG---YRITSQE-ISAAHSY
:.: ...: :: : : . .: :.. :.:..::: : .. .... .
CCDS65 LRMYDERAQEWRSLA---PMDAPRYQ-HGIAVIGNFLYVVGGQSNYDTKGKTAVDTVFRF
320 330 340 350 360 370
280 290 300 310 320 330
pF1KB5 NPSTNEWLQVASMNQKRSNFKLVAVNSKLYAIGGQA----VSNVECYNPEQDAWNFVAPL
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CCDS65 DPRYNKWMQVASLNEKRTFFHLSALKGHLYAVGGRSAAGELATVECYNPRMNEWSYVAKM
380 390 400 410 420 430
340 350 360 370 380
pF1KB5 PNPLAEFSACECKGKIYVIGGYTTRDRNMNILQYCPSSDMWTLFETCDVHIRKQQ-MVSV
.: .. : .:. :: : . ... . :..: : . .. . .: . : .:
CCDS65 SEPHYGHAGTVYGGLMYISGGITHDTFQNELMCFDPDTDKW-MQKAPMTTVRGLHCMCTV
440 450 460 470 480 490
390 400 410 420 430 440
pF1KB5 EETIYIVGGCLHELGPNRRSSQSEDMLTVQSYNTVTRQWLYLKENTSKSGLNLTCALHND
. .:..:: : : .:. .:.:. . :. . :: . .. .. :. ..
CCDS65 GDKLYVIGGN-HFRG----TSDYDDVLSCEYYSPTLDQWTPIAAML-RGQSDVGVAVFEN
500 510 520 530 540
450 460 470 480 490 500
pF1KB5 GIYIMSRDVTLSTSLEHRVFLKYNIFSDSWEAFRRFPAFGHNLLVSSLYLPNKAET
::... . .. .. ::. .: :. .:
CCDS65 KIYVVG-GYSWNNRCMVEIVQKYDPEKDEWHKVFDLPESLGGIRACTLTVFPPEENPGSP
550 560 570 580 590 600
CCDS65 SRESPLSAPSDHS
610
>>CCDS55479.1 KLHL13 gene_id:90293|Hs108|chrX (613 aa)
initn: 340 init1: 154 opt: 382 Z-score: 435.3 bits: 90.4 E(32554): 6.3e-18
Smith-Waterman score: 426; 25.8% identity (50.6% similar) in 547 aa overlap (27-486:74-581)
10 20 30 40 50
pF1KB5 MSAEEMVQIRLEDRCYPVSKRKLIEQSDYFRALYRSGMREALSQEAGGPEVQQLRG
::::.:.. .::.: :. .:.:
CCDS55 RLEGLLCDVTLMPGDTDDAFPVHRVMMASASDYFKAMFTGGMKE---QDL---MCIKLHG
50 60 70 80 90
60 70 80 90 100 110
pF1KB5 LSAPGLRLVLDFINAGGAREGWLLGPRGEKGGGVDEDEEMDEVSLLSELVEAASFLQVTS
.: ::: ..::: . :. . .::. :.. .:::::::.
CCDS55 VSKVGLRKIIDFIYT--AKLSL----------------NMDN---LQDTLEAASFLQILP
100 110 120 130
120 130 140 150 160 170
pF1KB5 LLQL----LLSQVRLNNCLEMYRLAQVYGLPDLQEACLRFMVVHFHEVLCKPQFHLLGSP
.:.. :.: : :.::.:. :.:..:.: .... :.. .: .: .: :
CCDS55 VLDFCKVFLISGVTLDNCVEVGRIANTYNLTEVDKYVNSFVLKNFPALLSTGEFLKLPFE
140 150 160 170 180 190
180 190
pF1KB5 PQAP--GDVSLKQ--------------RLREARMTGT---------PVL--------VAL
: .. :::. ::.: :: . :.. :
CCDS55 RLAFVLSSNSLKHCTELELFKATCRWLRLEEPRMDFAAKLMKNIRFPLMTPQELINYVQT
200 210 220 230 240 250
200 210 220
pF1KB5 GDFLGGP-------LAPHPYQGEP---PSM--------------------LR--------
::. : :: : : : ::
CCDS55 VDFMRTDNTCVNLLLEASNYQMMPYMQPVMQSDRTAIRSDTTHLVTLGGVLRQQLVVSKE
260 270 280 290 300 310
230 240 250 260 270
pF1KB5 ---YEEMTERWFPLANNLPPDLVNVRGYGSAILDNYLFIVGG---YRITSQE-ISAAHSY
:.: ...: :: : : . .: :.. :.:..::: : .. .... .
CCDS55 LRMYDEKAHEWKSLA---PMDAPRYQ-HGIAVIGNFLYVVGGQSNYDTKGKTAVDTVFRF
320 330 340 350 360 370
280 290 300 310 320 330
pF1KB5 NPSTNEWLQVASMNQKRSNFKLVAVNSKLYAIGGQAVSN----VECYNPEQDAWNFVAPL
.: :.:.::::.:.::. :.: :... :::.::. ... ::::::. . :..:: .
CCDS55 DPRYNKWMQVASLNEKRTFFHLSALKGYLYAVGGRNAAGELPTVECYNPRTNEWTYVAKM
380 390 400 410 420 430
340 350 360 370 380
pF1KB5 PNPLAEFSACECKGKIYVIGGYTTRDRNMNILQYCPSSDMWTLFETCDVHIRKQQ-MVSV
.: .. : .:. :: : . ... . :..: : . .. . .: . : .:
CCDS55 SEPHYGHAGTVYGGVMYISGGITHDTFQKELMCFDPDTDKW-IQKAPMTTVRGLHCMCTV
440 450 460 470 480 490
390 400 410 420 430 440
pF1KB5 EETIYIVGGCLHELGPNRRSSQSEDMLTVQSYNTVTRQWLYLKENTSKSGLNLTCALHND
: .:..:: : : .:. .:.:. . :. . :: . .. .. :. ..
CCDS55 GERLYVIGGN-HFRG----TSDYDDVLSCEYYSPILDQWTPIAAML-RGQSDVGVAVFEN
500 510 520 530 540
450 460 470 480 490 500
pF1KB5 GIYIMSRDVTLSTSLEHRVFLKYNIFSDSWEAFRRFPAFGHNLLVSSLYLPNKAET
::... . .. .. ::. .: :. .:
CCDS55 KIYVVG-GYSWNNRCMVEIVQKYDPDKDEWHKVFDLPESLGGIRACTLTVFPPEETTPSP
550 560 570 580 590 600
CCDS55 SRESPLSAP
610
>>CCDS55481.1 KLHL13 gene_id:90293|Hs108|chrX (639 aa)
initn: 340 init1: 154 opt: 382 Z-score: 435.0 bits: 90.4 E(32554): 6.6e-18
Smith-Waterman score: 426; 25.8% identity (50.6% similar) in 547 aa overlap (27-486:100-607)
10 20 30 40 50
pF1KB5 MSAEEMVQIRLEDRCYPVSKRKLIEQSDYFRALYRSGMREALSQEAGGPEVQQLRG
::::.:.. .::.: :. .:.:
CCDS55 RLEGLLCDVTLMPGDTDDAFPVHRVMMASASDYFKAMFTGGMKE---QDL---MCIKLHG
70 80 90 100 110 120
60 70 80 90 100 110
pF1KB5 LSAPGLRLVLDFINAGGAREGWLLGPRGEKGGGVDEDEEMDEVSLLSELVEAASFLQVTS
.: ::: ..::: . :. . .::. :.. .:::::::.
CCDS55 VSKVGLRKIIDFIYT--AKLSL----------------NMDN---LQDTLEAASFLQILP
130 140 150 160
120 130 140 150 160 170
pF1KB5 LLQL----LLSQVRLNNCLEMYRLAQVYGLPDLQEACLRFMVVHFHEVLCKPQFHLLGSP
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CCDS55 VLDFCKVFLISGVTLDNCVEVGRIANTYNLTEVDKYVNSFVLKNFPALLSTGEFLKLPFE
170 180 190 200 210 220
180 190
pF1KB5 PQAP--GDVSLKQ--------------RLREARMTGT---------PVL--------VAL
: .. :::. ::.: :: . :.. :
CCDS55 RLAFVLSSNSLKHCTELELFKATCRWLRLEEPRMDFAAKLMKNIRFPLMTPQELINYVQT
230 240 250 260 270 280
200 210 220
pF1KB5 GDFLGGP-------LAPHPYQGEP---PSM--------------------LR--------
::. : :: : : : ::
CCDS55 VDFMRTDNTCVNLLLEASNYQMMPYMQPVMQSDRTAIRSDTTHLVTLGGVLRQQLVVSKE
290 300 310 320 330 340
230 240 250 260 270
pF1KB5 ---YEEMTERWFPLANNLPPDLVNVRGYGSAILDNYLFIVGG---YRITSQE-ISAAHSY
:.: ...: :: : : . .: :.. :.:..::: : .. .... .
CCDS55 LRMYDEKAHEWKSLA---PMDAPRYQ-HGIAVIGNFLYVVGGQSNYDTKGKTAVDTVFRF
350 360 370 380 390
280 290 300 310 320 330
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.: :.:.::::.:.::. :.: :... :::.::. ... ::::::. . :..:: .
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CCDS14 SRESPLSAP
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CCDS55 SRESPLSAP
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CCDS13 H---EPPKLLETVRFPLMEAEVLQ----RLHDKLDPSPLRDTVASALMYHRNESLQPSLQ
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]