FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE1156, 464 aa 1>>>pF1KE1156 464 - 464 aa - 464 aa Library: /omim/omim.rfq.tfa 60827320 residues in 85289 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.5073+/-0.000897; mu= 20.6034+/- 0.056 mean_var=346.4819+/-65.292, 0's: 0 Z-trim(111.0): 2080 B-trim: 120 in 2/51 Lambda= 0.068902 statistics sampled from 17110 (19440) to 17110 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.537), E-opt: 0.2 (0.228), width: 16 Scan time: 8.110 The best scores are: opt bits E(85289) NP_001078853 (OMIM: 604085) zinc finger protein 15 ( 437) 1609 175.2 3.2e-43 NP_001316385 (OMIM: 613840) zinc finger protein 30 ( 567) 1546 169.1 2.7e-41 NP_001277248 (OMIM: 613840) zinc finger protein 30 ( 617) 1546 169.2 2.8e-41 NP_065708 (OMIM: 613840) zinc finger protein 304 i ( 659) 1546 169.3 2.9e-41 XP_011525447 (OMIM: 613840) PREDICTED: zinc finger ( 664) 1546 169.3 2.9e-41 NP_001277247 (OMIM: 613840) zinc finger protein 30 ( 706) 1546 169.3 3e-41 XP_016881627 (OMIM: 606956) PREDICTED: zinc finger ( 474) 1530 167.4 7.7e-41 NP_005764 (OMIM: 606956) zinc finger protein 256 [ ( 627) 1530 167.6 8.6e-41 NP_001252529 (OMIM: 601856) zinc finger protein 21 ( 503) 1522 166.6 1.4e-40 NP_001252528 (OMIM: 601856) zinc finger protein 21 ( 555) 1522 166.7 1.4e-40 NP_942152 (OMIM: 601856) zinc finger protein 211 i ( 564) 1522 166.7 1.4e-40 NP_006376 (OMIM: 601856) zinc finger protein 211 i ( 577) 1522 166.8 1.4e-40 NP_001252527 (OMIM: 601856) zinc finger protein 21 ( 616) 1522 166.8 1.5e-40 NP_001309235 (OMIM: 601856) zinc finger protein 21 ( 627) 1522 166.8 1.5e-40 NP_001252526 (OMIM: 601856) zinc finger protein 21 ( 629) 1522 166.8 1.5e-40 NP_001264878 (OMIM: 194558) zinc finger protein 83 ( 516) 1502 164.7 5.5e-40 NP_001099022 (OMIM: 194558) zinc finger protein 83 ( 516) 1502 164.7 5.5e-40 NP_060770 (OMIM: 194558) zinc finger protein 83 [H ( 516) 1502 164.7 5.5e-40 NP_001264880 (OMIM: 194558) zinc finger protein 83 ( 516) 1502 164.7 5.5e-40 NP_001264877 (OMIM: 194558) zinc finger protein 83 ( 516) 1502 164.7 5.5e-40 NP_001099021 (OMIM: 194558) zinc finger protein 83 ( 516) 1502 164.7 5.5e-40 NP_001264876 (OMIM: 194558) zinc finger protein 83 ( 516) 1502 164.7 5.5e-40 NP_001264874 (OMIM: 194558) zinc finger protein 83 ( 516) 1502 164.7 5.5e-40 NP_001099020 (OMIM: 194558) zinc finger protein 83 ( 516) 1502 164.7 5.5e-40 NP_001099019 (OMIM: 194558) zinc finger protein 83 ( 516) 1502 164.7 5.5e-40 NP_001264881 (OMIM: 194558) zinc finger protein 83 ( 516) 1502 164.7 5.5e-40 NP_001264875 (OMIM: 194558) zinc finger protein 83 ( 516) 1502 164.7 5.5e-40 XP_016882440 (OMIM: 194558) PREDICTED: zinc finger ( 516) 1502 164.7 5.5e-40 NP_003424 (OMIM: 604074) zinc finger protein 132 [ ( 706) 1501 164.9 6.6e-40 NP_653285 (OMIM: 613910) zinc finger protein 480 i ( 535) 1485 163.0 1.8e-39 XP_011524767 (OMIM: 613910) PREDICTED: zinc finger ( 535) 1485 163.0 1.8e-39 NP_001276331 (OMIM: 604077) zinc finger protein 13 ( 616) 1481 162.7 2.5e-39 XP_016882731 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 621) 1481 162.8 2.5e-39 XP_016882730 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 628) 1481 162.8 2.5e-39 XP_016882729 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 658) 1481 162.8 2.6e-39 NP_001276330 (OMIM: 604077) zinc finger protein 13 ( 658) 1481 162.8 2.6e-39 NP_003427 (OMIM: 604077) zinc finger protein 135 i ( 670) 1481 162.8 2.6e-39 XP_006723426 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 670) 1481 162.8 2.6e-39 XP_005259268 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 670) 1481 162.8 2.6e-39 XP_006723425 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 670) 1481 162.8 2.6e-39 NP_009065 (OMIM: 604077) zinc finger protein 135 i ( 682) 1481 162.8 2.6e-39 NP_001273627 (OMIM: 194552) zinc finger protein 79 ( 364) 1476 161.8 2.9e-39 XP_006717342 (OMIM: 194552) PREDICTED: zinc finger ( 474) 1476 162.0 3.2e-39 NP_001273626 (OMIM: 194552) zinc finger protein 79 ( 474) 1476 162.0 3.2e-39 NP_001273625 (OMIM: 194552) zinc finger protein 79 ( 474) 1476 162.0 3.2e-39 NP_001309189 (OMIM: 194552) zinc finger protein 79 ( 474) 1476 162.0 3.2e-39 NP_009066 (OMIM: 194552) zinc finger protein 79 is ( 498) 1476 162.1 3.2e-39 NP_003437 (OMIM: 300024) zinc finger protein 157 [ ( 506) 1468 161.3 5.7e-39 XP_011540503 (OMIM: 611703) PREDICTED: zinc finger ( 452) 1459 160.3 1e-38 NP_001070663 (OMIM: 611703) zinc finger protein 43 ( 470) 1459 160.3 1e-38 >>NP_001078853 (OMIM: 604085) zinc finger protein 154 [H (437 aa) initn: 2786 init1: 1606 opt: 1609 Z-score: 896.9 bits: 175.2 E(85289): 3.2e-43 Smith-Waterman score: 1791; 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NP_065 HEAPSEQSVSVEGVSQVRTAESGLFQKAHPCEMCD---PLLKDI-LHLAEH--QGSHLTQ 70 80 90 100 110 130 140 150 160 170 180 pF1KE1 ALLISSGVLKHQVTHTGEKSHRSSKSREAFHAGKRHYKCSECGKAFGQKYLLVQHQRLHA : . :. ... . ... ..... : :. .. .. : .: :. .: NP_065 KLC-TRGLCRRRFSFSANFYQHQKQ-----HNGENCFRGDDGGASF------VKSCTVHM 120 130 140 150 160 190 200 210 220 230 240 pF1KE1 GKKTYECSECGKLFRDMSNLFIHQIVHTGERPYGCSNCGKSFSRNAHLIEHQRVHTGEKP ... : : : . : :.:: :: ... : ..: .:: NP_065 LGRSFTCREEGMDLPDSSGLFQHQTTYNRVSPCRRTECMESFPHSSSLRQHQGDYDGQML 170 180 190 200 210 220 250 260 270 280 290 300 pF1KE1 FTCSECGKAFRHNSTLVQHHKIHTGVRPYECSECGKLFSFNSSLMKHQRVHTGERPYKCS NP_065 FSCGDEGKAFLDTFTLLDSQMTHAEVRPFRCLPCGNVFKEKSALINHRKIHSGEISHVCK 230 240 250 260 270 280 >>XP_011525447 (OMIM: 613840) PREDICTED: zinc finger pro (664 aa) initn: 1539 init1: 1539 opt: 1546 Z-score: 861.8 bits: 169.3 E(85289): 2.9e-41 Smith-Waterman score: 1580; 51.8% identity (76.7% similar) in 407 aa overlap (75-462:212-617) 50 60 70 80 90 pF1KE1 ENFTLLASLGCWHGAEAEEAPEQIASVGLLSSNIQQHQKQH-------CGEKPLKRQQGR ::...::: .. ::.. : XP_011 PDSSGLFQHQTTYNRVSPCRRTECMESFPHSSSLRQHQGDYDGQMLFSCGDEG-KAFLDT 190 200 210 220 230 240 100 110 120 130 140 pF1KE1 VPVLRSCKVHLSEKSLQSREVGKALLISSGVLKHQVTHTGEKSHRSS------------K .: : .: . .. :... .:....:. :.:: :: . : XP_011 FTLLDSQMTHAEVRPFRCLPCGNVFKEKSALINHRKIHSGEISHVCKECGKAFIHLHHLK 250 260 270 280 290 300 150 160 170 180 190 200 pF1KE1 SREAFHAGKRHYKCSECGKAFGQKYLLVQHQRLHAGKKTYECSECGKLFRDMSNLFIHQI .. ::.::::: ::::::::..: ::::::.:.:...:.:::::: . :.: :: XP_011 MHQKFHTGKRHYTCSECGKAFSRKDTLVQHQRVHTGERSYDCSECGKAYSRSSHLVQHQR 310 320 330 340 350 360 210 220 230 240 250 260 pF1KE1 VHTGERPYGCSNCGKSFSRNAHLIEHQRVHTGEKPFTCSECGKAFRHNSTLVQHHKIHTG .::::::: :..:::.:::. :..::: ::::.:. :::::: : ..: :..: .:::: XP_011 IHTGERPYKCNKCGKAFSRKDTLVQHQRFHTGERPYECSECGKFFSQSSHLIEHWRIHTG 370 380 390 400 410 420 270 280 290 300 310 320 pF1KE1 VRPYECSECGKLFSFNSSLMKHQRVHTGERPYKCSECGKFYSHKSNLIKHWRVHTGERPY .::::: ::::.:: ::::.::.::::: : : ::.::: .. :..:..: .::: ::: XP_011 ARPYECIECGKFFSHNSSLIKHRRVHTGARSYVCSKCGKAFGCKDTLVQHQIIHTGARPY 430 440 450 460 470 480 330 340 350 360 370 380 pF1KE1 KCSDCGKFFTQCSSLMQHQKVHTGEKPFKCNECGRFFRENSTLVRHQRVHTGAKPYECRE .::.::: :.. ..:.::::.::::.:..:.:::.:: ..:.:. :::.::::::::: : XP_011 ECSECGKAFSRKDTLVQHQKIHTGERPYECGECGKFFSHSSNLIVHQRIHTGAKPYECNE 490 500 510 520 530 540 390 400 410 420 430 440 pF1KE1 CGKFFSQSSTLMQHRKVHIGEKPFKCNECGRLFRENSSLVKHQRVHTGAKPYECRECGKF ::: ::..:.:. :..:: : .:. :.:::. . .: ::.:..:::::.:::: ::::: XP_011 CGKCFSHNSSLILHQRVHTGARPYVCSECGKAYISSSHLVQHKKVHTGARPYECSECGKF 550 560 570 580 590 600 450 460 pF1KE1 FRHNSSLFKHRRIHTGEMQ : .::.:. :.:.:::: XP_011 FSRNSGLILHQRVHTGEKPYVCSECGKAYSRSSHLVRHQKAHTGERAHECNSFGGPLAAS 610 620 630 640 650 660 >>NP_001277247 (OMIM: 613840) zinc finger protein 304 is (706 aa) initn: 1539 init1: 1539 opt: 1546 Z-score: 861.6 bits: 169.3 E(85289): 3e-41 Smith-Waterman score: 1580; 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NP_001 AEHQGSHLTQKLCTRGLCRRRFSFSANFYQHQKQHNGE------NCFRGDDGGASFVKSC 160 170 180 190 200 240 250 260 270 280 290 pF1KE1 RVHTGEKPFTCSECGKAFRHNSTLVQHHKIHTGVRPYECSECGKLFSFNSSLMKHQRVHT :: . ::: : : . .: : ::. .. : : . .:: . : NP_001 TVHMLGRSFTCREEGMDLPDSSGLFQHQTTYNRVSPCRRTECMESFPHSSSLRQHQGDYD 210 220 230 240 250 260 300 310 320 330 340 350 pF1KE1 GERPYKCSECGKFYSHKSNLIKHWRVHTGERPYKCSDCGKFFTQCSSLMQHQKVHTGEKP NP_001 GQMLFSCGDEGKAFLDTFTLLDSQMTHAEVRPFRCLPCGNVFKEKSALINHRKIHSGEIS 270 280 290 300 310 320 >>XP_016881627 (OMIM: 606956) PREDICTED: zinc finger pro (474 aa) initn: 1487 init1: 1487 opt: 1530 Z-score: 854.2 bits: 167.4 E(85289): 7.7e-41 Smith-Waterman score: 1572; 55.0% identity (78.0% similar) in 369 aa overlap (105-461:106-474) 80 90 100 110 120 130 pF1KE1 SSNIQQHQKQHCGEKPLKRQQGRVPVLRSCKVHLSEKSLQSREVGKALLISSGVLKHQVT .:: ::: : ::. ::... :. 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NP_005 HQGDLIRERSYMCSECGKSFSTSCSLSDHLRVHTSEKPYTCGECGKSYRQSSSLITHRRI 230 240 250 260 270 280 140 150 160 170 180 pF1KE1 HTGEKSHRSSKSREAF------------HAGKRHYKCSECGKAFGQKYLLVQHQRLHAGK ::: . :. .. . : :.:.: ::::::::.:... :. :::.:.: NP_005 HTGVRPHQCDECGKLFNRKYDLLIHQRVHTGERPYKCSECGKSFSHSSSLITHQRIHTGM 290 300 310 320 330 340 190 200 210 220 230 240 pF1KE1 KTYECSECGKLFRDMSNLFIHQIVHTGERPYGCSNCGKSFSRNAHLIEHQRVHTGEKPFT . :::::::: : :.:. :: :::: ::: ::.::::::.. :::.:.:.: :: :. NP_005 RPYECSECGKSFIHSSSLITHQRVHTGTRPYMCSECGKSFSQSCHLIKHRRLHIGEGPYE 350 360 370 380 390 400 250 260 270 280 290 300 pF1KE1 CSECGKAFRHNSTLVQHHKIHTGVRPYECSECGKLFSFNSSLMKHQRVHTGERPYKCSEC :::::: : . : . ::...::::: .:: ::::::: . .:. :.:::::::::.:::: NP_005 CSECGKLFTYRSRFFQHQRVHTGVRSHECHECGKLFSRKFDLIVHERVHTGERPYECSEC 410 420 430 440 450 460 310 320 330 340 350 360 pF1KE1 GKFYSHKSNLIKHWRVHTGERPYKCSDCGKFFTQCSSLMQHQKVHTGEKPFKCNECGRFF :: .. :: ::.::.:::: :::.:..::: ::. :.:.:::.:::::.:..:::::.:: NP_005 GKSFTCKSYLISHWKVHTGARPYECGECGKSFTHSSTLLQHQRVHTGERPYECNECGKFF 470 480 490 500 510 520 370 380 390 400 410 420 pF1KE1 RENSTLVRHQRVHTGAKPYECRECGKFFSQSSTLMQHRKVHIGEKPFKCNECGRLFRENS ..:.:.::.: ::: .:::: :: : ::. :.:..::.:: ::.:..:.:::. : ..: NP_005 SQSSSLIRHRRSHTGERPYECSECWKSFSNHSSLVKHRRVHTGERPYECSECGKSFSQSS 530 540 550 560 570 580 430 440 450 460 pF1KE1 SLVKHQRVHTGAKPYECRECGKFFRHNSSLFKHRRIHTGEMQ .:..:::.:.: .:::: .::::: ::.:.::. .: : NP_005 NLTNHQRIHSGERPYECSDCGKFFTFNSNLLKHQNVHKG 590 600 610 620 >-- initn: 1039 init1: 244 opt: 447 Z-score: 271.5 bits: 60.0 E(85289): 2.2e-08 Smith-Waterman score: 488; 39.8% identity (56.4% similar) in 259 aa overlap (1-203:1-257) 10 20 30 40 50 60 pF1KE1 MAAAALRDPAQGYVTFEDVAVYFSQEEWRLLDDAQRLLYRNVMLENFTLLASLGCWHGAE :::: : :::: ::::::::::: .:: :::.::. ::..:::::.:: .::: :: NP_005 MAAAELTAPAQGIVTFEDVAVYFSWKEWGLLDEAQKCLYHDVMLENLTLTTSLGG-SGAG 10 20 30 40 50 70 pF1KE1 AEEAPEQ-------IASVGL---------------------------------------- :::: : ...: . 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NP_001 SSFIIHQRVHTGERPYACPECGKSFSQIYSLNSHRKVHTGERPYECGECGKSFSQRSNLM 240 250 260 270 280 290 260 270 280 290 300 310 pF1KE1 QHHKIHTGVRPYECSECGKLFSFNSSLMKHQRVHTGERPYKCSECGKFYSHKSNLIKHWR ::...::: :::::::::: :: : ::. ::::::::::..:.:::: .:..:.::.: : NP_001 QHRRVHTGERPYECSECGKSFSQNFSLIYHQRVHTGERPHECNECGKSFSRSSSLIHHRR 300 310 320 330 340 350 320 330 340 350 360 370 pF1KE1 VHTGERPYKCSDCGKFFTQCSSLMQHQKVHTGEKPFKCNECGRFFRENSTLVRHQRVHTG .:::::::.:: ::: : : ::. .:.::::::.:. :.:::. : ..:.: ::::::: NP_001 LHTGERPYECSKCGKSFKQSSSFSSHRKVHTGERPYVCGECGKSFSHSSNLKNHQRVHTG 360 370 380 390 400 410 380 390 400 410 420 430 pF1KE1 AKPYECRECGKFFSQSSTLMQHRKVHIGEKPFKCNECGRLFRENSSLVKHQRVHTGAKPY .: :: ::.: :: .:.:..: .:: ::.:..:.:::. : ..:::..:.::::: .:: NP_001 ERPVECSECSKSFSCKSNLIKHLRVHTGERPYECSECGKSFSQSSSLIQHRRVHTGKRPY 420 430 440 450 460 470 440 450 460 pF1KE1 ECRECGKFFRHNSSLFKHRRIHTGEMQ .: .::: : .: :..:.:.: :: NP_001 QCSQCGKSFGCKSVLIQHQRVHIGEKP 480 490 500 >>NP_001252528 (OMIM: 601856) zinc finger protein 211 is (555 aa) initn: 1503 init1: 1503 opt: 1522 Z-score: 849.4 bits: 166.7 E(85289): 1.4e-40 Smith-Waterman score: 1547; 46.0% identity (70.8% similar) in 483 aa overlap (9-462:75-553) 10 20 30 pF1KE1 MAAAALRDPAQGYVTFEDVAVYFSQEEWRLLDDAQRLL :.. .. : : . ...: ..:. NP_001 WDQRGPGLHEWHLGKGMSSGCWCGVEHEETPSEQRISGERVPQFRTSKEGSSSQNADSCE 50 60 70 80 90 100 40 50 60 70 80 90 pF1KE1 YRNVMLENFTLLAS-LGCWHGAEAEEAPEQIASVGLLSSNIQQHQKQHCGEKPLKRQQGR ..:... :: : : . . .:. .:.:.::::.:: : :.. NP_001 ICCLVLRDILHLAEHQGTNCGQKLHTCGKQF----YISANLQQHQRQHITEAPFRSYVDT 110 120 130 140 150 160 100 110 120 130 140 150 pF1KE1 VPVLRSCKVHLSEKSLQSREVGKALLISSGVLKHQVTHTGEKSHRSSKSREAFHAGKRH- . .:: ::.::: . ::. : .: . :....:.:::: . :.: ::..:: : NP_001 ASFTQSCIVHVSEKPFTCREIRKDFLANMRFLHQDATQTGEKPNNSNKCAVAFYSGKSHH 170 180 190 200 210 220 160 170 180 pF1KE1 ---------------------------YKCSECGKAFGQKYLLVQHQRLHAGKKTYECSE ..::.:::: .. :.:::..:. .. :::.: NP_001 NWGKCSKAFSHIDTLVQDQRILTREGLFECSKCGKACTRRCNLIQHQKVHSEERPYECNE 230 240 250 260 270 280 190 200 210 220 230 240 pF1KE1 CGKLFRDMSNLFIHQIVHTGERPYGCSNCGKSFSRNAHLIEHQRVHTGEKPFTCSECGKA :::.: .:...::: ::::::::.: .::::::. : :..:::::.:. :.::::. 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