Result of FASTA (omim) for
pFN21AB9642
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB9642, 593 aa
1>>>pF1KB9642 593 - 593 aa - 593 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.3342+/-0.000426; mu= 8.9232+/- 0.026
mean_var=224.5552+/-51.209, 0's: 0 Z-trim(118.2): 477 B-trim: 913 in 3/59
Lambda= 0.085588
statistics sampled from 30149 (30874) to 30149 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.712), E-opt: 0.2 (0.362), width: 16
Scan time: 10.730
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_001004432 (OMIM: 609794) leucine-rich repeat an ( 593) 4009 508.9 2e-143
NP_001094861 (OMIM: 609792) leucine-rich repeat an ( 592) 1524 202.0 4.6e-51
NP_001288124 (OMIM: 609791) leucine-rich repeat an ( 614) 1491 198.0 7.9e-50
NP_001288115 (OMIM: 609791) leucine-rich repeat an ( 614) 1491 198.0 7.9e-50
NP_001288126 (OMIM: 609791) leucine-rich repeat an ( 614) 1491 198.0 7.9e-50
NP_001288118 (OMIM: 609791) leucine-rich repeat an ( 614) 1491 198.0 7.9e-50
NP_001288116 (OMIM: 609791) leucine-rich repeat an ( 614) 1491 198.0 7.9e-50
NP_001288123 (OMIM: 609791) leucine-rich repeat an ( 614) 1491 198.0 7.9e-50
NP_001288127 (OMIM: 609791) leucine-rich repeat an ( 614) 1491 198.0 7.9e-50
XP_016878171 (OMIM: 609791) PREDICTED: leucine-ric ( 614) 1491 198.0 7.9e-50
NP_001288128 (OMIM: 609791) leucine-rich repeat an ( 614) 1491 198.0 7.9e-50
XP_011520420 (OMIM: 609791) PREDICTED: leucine-ric ( 614) 1491 198.0 7.9e-50
NP_001288121 (OMIM: 609791) leucine-rich repeat an ( 614) 1491 198.0 7.9e-50
NP_001288129 (OMIM: 609791) leucine-rich repeat an ( 614) 1491 198.0 7.9e-50
NP_001288120 (OMIM: 609791) leucine-rich repeat an ( 614) 1491 198.0 7.9e-50
NP_116197 (OMIM: 609791) leucine-rich repeat and i ( 620) 1491 198.0 8e-50
XP_016869794 (OMIM: 609793) PREDICTED: leucine-ric ( 606) 1463 194.5 8.6e-49
XP_016869795 (OMIM: 609793) PREDICTED: leucine-ric ( 606) 1463 194.5 8.6e-49
NP_001245211 (OMIM: 609793) leucine-rich repeat an ( 606) 1463 194.5 8.6e-49
XP_011516021 (OMIM: 609793) PREDICTED: leucine-ric ( 606) 1463 194.5 8.6e-49
XP_016869792 (OMIM: 609793) PREDICTED: leucine-ric ( 606) 1463 194.5 8.6e-49
XP_011516030 (OMIM: 609793) PREDICTED: leucine-ric ( 606) 1463 194.5 8.6e-49
XP_011516026 (OMIM: 609793) PREDICTED: leucine-ric ( 606) 1463 194.5 8.6e-49
NP_689783 (OMIM: 609793) leucine-rich repeat and i ( 606) 1463 194.5 8.6e-49
XP_016869793 (OMIM: 609793) PREDICTED: leucine-ric ( 606) 1463 194.5 8.6e-49
XP_016869796 (OMIM: 609793) PREDICTED: leucine-ric ( 606) 1463 194.5 8.6e-49
XP_005259159 (OMIM: 612807) PREDICTED: leucine-ric ( 771) 520 78.2 1.1e-13
XP_016882522 (OMIM: 612807) PREDICTED: leucine-ric ( 771) 520 78.2 1.1e-13
NP_065913 (OMIM: 612807) leucine-rich repeat and f ( 771) 520 78.2 1.1e-13
NP_004961 (OMIM: 601489,615961) insulin-like growt ( 605) 467 71.5 9.1e-12
NP_001139478 (OMIM: 601489,615961) insulin-like gr ( 643) 467 71.5 9.4e-12
NP_071426 (OMIM: 610486) leucine-rich repeat-conta ( 653) 451 69.6 3.7e-11
XP_016867994 (OMIM: 610486) PREDICTED: leucine-ric ( 653) 451 69.6 3.7e-11
XP_011514763 (OMIM: 610486) PREDICTED: leucine-ric ( 653) 451 69.6 3.7e-11
NP_004479 (OMIM: 173511) platelet glycoprotein V p ( 560) 438 67.9 1e-10
NP_612490 (OMIM: 616236) chondroadherin-like prote ( 762) 439 68.2 1.2e-10
XP_005261427 (OMIM: 616236) PREDICTED: chondroadhe ( 771) 439 68.2 1.2e-10
XP_011518544 (OMIM: 608817) PREDICTED: leucine-ric ( 640) 435 67.6 1.5e-10
XP_016873568 (OMIM: 608817) PREDICTED: leucine-ric ( 640) 435 67.6 1.5e-10
XP_016873564 (OMIM: 608817) PREDICTED: leucine-ric ( 640) 435 67.6 1.5e-10
XP_011518546 (OMIM: 608817) PREDICTED: leucine-ric ( 640) 435 67.6 1.5e-10
XP_016873560 (OMIM: 608817) PREDICTED: leucine-ric ( 640) 435 67.6 1.5e-10
NP_001245348 (OMIM: 608817) leucine-rich repeat-co ( 640) 435 67.6 1.5e-10
XP_016873566 (OMIM: 608817) PREDICTED: leucine-ric ( 640) 435 67.6 1.5e-10
XP_016873563 (OMIM: 608817) PREDICTED: leucine-ric ( 640) 435 67.6 1.5e-10
XP_016873559 (OMIM: 608817) PREDICTED: leucine-ric ( 640) 435 67.6 1.5e-10
XP_016873565 (OMIM: 608817) PREDICTED: leucine-ric ( 640) 435 67.6 1.5e-10
XP_011518542 (OMIM: 608817) PREDICTED: leucine-ric ( 640) 435 67.6 1.5e-10
XP_011518541 (OMIM: 608817) PREDICTED: leucine-ric ( 640) 435 67.6 1.5e-10
XP_011518543 (OMIM: 608817) PREDICTED: leucine-ric ( 640) 435 67.6 1.5e-10
>>NP_001004432 (OMIM: 609794) leucine-rich repeat and im (593 aa)
initn: 4009 init1: 4009 opt: 4009 Z-score: 2696.0 bits: 508.9 E(85289): 2e-143
Smith-Waterman score: 4009; 100.0% identity (100.0% similar) in 593 aa overlap (1-593:1-593)
10 20 30 40 50 60
pF1KB9 MDAATAPKQAWPPWPPLLFLLLLPGGSGGSCPAVCDCTSQPQAVLCGHRQLEAVPGGLPL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MDAATAPKQAWPPWPPLLFLLLLPGGSGGSCPAVCDCTSQPQAVLCGHRQLEAVPGGLPL
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB9 DTELLDLSGNRLWGLQQGMLSRLSLLQELDLSYNQLSTLEPGAFHGLQSLLTLRLQGNRL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 DTELLDLSGNRLWGLQQGMLSRLSLLQELDLSYNQLSTLEPGAFHGLQSLLTLRLQGNRL
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB9 RIMGPGVFSGLSALTLLDLRLNQIVLFLDGAFGELGSLQKLEVGDNHLVFVAPGAFAGLA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 RIMGPGVFSGLSALTLLDLRLNQIVLFLDGAFGELGSLQKLEVGDNHLVFVAPGAFAGLA
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB9 KLSTLTLERCNLSTVPGLALARLPALVALRLRELDIGRLPAGALRGLGQLKELEIHLWPS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 KLSTLTLERCNLSTVPGLALARLPALVALRLRELDIGRLPAGALRGLGQLKELEIHLWPS
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB9 LEALDPGSLVGLNLSSLAITRCNLSSVPFQALYHLSFLRVLDLSQNPISAIPARRLSPLV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 LEALDPGSLVGLNLSSLAITRCNLSSVPFQALYHLSFLRVLDLSQNPISAIPARRLSPLV
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB9 RLQELRLSGACLTSIAAHAFHGLTAFHLLDVADNALQTLEETAFPSPDKLVTLRLSGNPL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 RLQELRLSGACLTSIAAHAFHGLTAFHLLDVADNALQTLEETAFPSPDKLVTLRLSGNPL
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB9 TCDCRLLWLLRLRRHLDFGMSPPACAGPHHVQGKSLKEFSDILPPGHFTCKPALIRKSGP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 TCDCRLLWLLRLRRHLDFGMSPPACAGPHHVQGKSLKEFSDILPPGHFTCKPALIRKSGP
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB9 RWVIAEEGGHAVFSCSGDGDPAPTVSWMRPHGAWLGRAGRVRVLEDGTLEIRSVQLRDRG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 RWVIAEEGGHAVFSCSGDGDPAPTVSWMRPHGAWLGRAGRVRVLEDGTLEIRSVQLRDRG
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB9 AYVCVVSNVAGNDSLRTWLEVIQVEPPNGTLSDPNITVPGIPGPFFLDSRGVAMVLAVGF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 AYVCVVSNVAGNDSLRTWLEVIQVEPPNGTLSDPNITVPGIPGPFFLDSRGVAMVLAVGF
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590
pF1KB9 LPFLTSVTLCFGLIALWSKGKGRVKHHMTFDFVAPRPSGDKNSGGNRVTAKLF
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 LPFLTSVTLCFGLIALWSKGKGRVKHHMTFDFVAPRPSGDKNSGGNRVTAKLF
550 560 570 580 590
>>NP_001094861 (OMIM: 609792) leucine-rich repeat and im (592 aa)
initn: 1855 init1: 1276 opt: 1524 Z-score: 1037.7 bits: 202.0 E(85289): 4.6e-51
Smith-Waterman score: 1524; 44.8% identity (70.1% similar) in 581 aa overlap (16-587:11-585)
10 20 30 40 50 60
pF1KB9 MDAATAPKQAWPPWPPLLFLLLLPGGSGGSCPAVCDCTSQPQAVLCGHRQLEAVPGGLPL
:::.: : .:: ::: :.:: : .:: : .:.: ::: :.:
NP_001 MTCWLCVLSLPLLLLPAAPPPAGG-CPARCECTVQTRAVACTRRRLTAVPDGIPA
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB9 DTELLDLSGNRLWGLQQGMLSRLSLLQELDLSYNQLSTLEPGAFHGLQSLLTLRLQGNRL
.:.::.:: ::. :. : :. : :.::::: : .. .::::: .: : .:::.::.:
NP_001 ETRLLELSRNRIRCLNPGDLAALPALEELDLSENAIAHVEPGAFANLPRLRVLRLRGNQL
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KB9 RIMGPGVFSGLSALTLLDLRLNQIVLFLDGAFGELGSLQKLEVGDNHLVFVAPGAFAGLA
... ::::. :. :::::: :..:..:: .: .: ::..:::::: ::::. :::::
NP_001 KLIPPGVFTRLDNLTLLDLSENKLVILLDYTFQDLHSLRRLEVGDNDLVFVSRRAFAGLL
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KB9 KLSTLTLERCNLSTVPGLALARLPALVALRLRELDIGRLPAGALRGLGQLKELEIHLWPS
: ::::::::... : .:..: .: :::::.: :. : .: : : .::: ::
NP_001 ALEELTLERCNLTALSGESLGHLRSLGALRLRHLAIASLEDQNFRRLPGLLHLEIDNWPL
180 190 200 210 220 230
250 260 270 280 290 300
pF1KB9 LEALDPGSLVGLNLSSLAITRCNLSSVPFQALYHLSFLRVLDLSQNPISAIPARRLSPLV
:: . ::: ::::.::..:. :...:: :: : . : :.::.::::..: . ::
NP_001 LEEVAAGSLRGLNLTSLSVTHTNITAVPAAALRHQAHLTCLNLSHNPISTVPRGSFRDLV
240 250 260 270 280 290
310 320 330 340 350 360
pF1KB9 RLQELRLSGACLTSIAAHAFHGLTAFHLLDVADNALQTLEETAFPSPDKLVTLRLSGNPL
::.::.:.:: :. . .:: :: ..::....: :.::::..: : . : :::..::::
NP_001 RLRELHLAGALLAVVEPQAFLGLRQIRLLNLSNNLLSTLEESTFHSVNTLETLRVDGNPL
300 310 320 330 340 350
370 380 390 400 410 420
pF1KB9 TCDCRLLWLLRLRRHLDFGMSPPACAGPHHVQGKSLKEFSDILPPGHFTCKPALIRKSGP
.:::::::... :. :.: :::: : .:.: .:... : . .:.:. ::.
NP_001 ACDCRLLWIVQRRKTLNFDGRLPACATPAEVRGDALRNLPDSVLFEYFVCRKPKIRERRL
360 370 380 390 400 410
430 440 450 460 470
pF1KB9 RWVIAEEGGHAVFSCSGDGDPAPTVSWMRPHGAWLG--RAGRVRVLEDGTLEIRSVQLRD
. : : : . : : ..:.:::::.:. :. . :::.::: :::::.... .:
NP_001 QRVTATAGEDVRFLCRAEGEPAPTVAWVTPQHRPVTATSAGRARVLPGGTLEIQDARPQD
420 430 440 450 460 470
480 490 500 510 520 530
pF1KB9 RGAYVCVVSNVAGNDSLRTWLEVIQVEPPNGTLSDP----NITVPGIPGPFFLDSRGVAM
:.:.::.::..::: :.. .. :.: .. : : :. .. .: :: . .
NP_001 SGTYTCVASNAGGND---TYFATLTVRPEPAANRTPGEAHNETLAALRAP--LDLTTILV
480 490 500 510 520
540 550 560 570 580 590
pF1KB9 VLAVGFLPFLTSVTLCFGLIALWSKGKGRVKHHMTFDFVAPR---PSGDKNSGGNRVTAK
:.: . :: : .:: :. .::.:.:. :.... .. . :.. ..:: :
NP_001 STAMGCITFLGVVLFCFVLLFVWSRGRGQHKNNFSVEYSFRKVDGPAAAAGQGGARKFNM
530 540 550 560 570 580
pF1KB9 LF
NP_001 KMI
590
>>NP_001288124 (OMIM: 609791) leucine-rich repeat and im (614 aa)
initn: 1608 init1: 1326 opt: 1491 Z-score: 1015.5 bits: 198.0 E(85289): 7.9e-50
Smith-Waterman score: 1621; 43.8% identity (72.1% similar) in 592 aa overlap (5-578:8-596)
10 20 30 40 50
pF1KB9 MDAATAPKQAWPPWPPLLFLLL--LPGGSGGSCPAVCDCTSQPQAVLCGHRQLEAVP
. :. : :.:.:.: . .::. .:: :.:..: .:::: .... :::
NP_001 MLAGGVRSMPSPLLACWQPILLLVLGSVLSGSATGCPPRCECSAQDRAVLCHRKRFVAVP
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB9 GGLPLDTELLDLSGNRLWGLQQGMLSRLSLLQELDLSYNQLSTLEPGAFHGLQSLLTLRL
:.: .:.::::. ::. :.: .. . :.::.:. : .:..:::::..: .: :: :
NP_001 EGIPTETRLLDLGKNRIKTLNQDEFASFPHLEELELNENIVSAVEPGAFNNLFNLRTLGL
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KB9 QGNRLRIMGPGVFSGLSALTLLDLRLNQIVLFLDGAFGELGSLQKLEVGDNHLVFVAPGA
..:::... :::.::: :: ::. :.::..:: : .: .:..:::::: ::... :
NP_001 RSNRLKLIPLGVFTGLSNLTKLDISENKIVILLDYMFQDLYNLKSLEVGDNDLVYISHRA
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KB9 FAGLAKLSTLTLERCNLSTVPGLALARLPALVALRLRELDIGRLPAGALRGLGQLKELEI
:.:: .: ::::.:::...: ::..: .:..::::.:.:. . ... : .:: :::
NP_001 FSGLNSLEQLTLEKCNLTSIPTEALSHLHGLIVLRLRHLNINAIRDYSFKRLYRLKVLEI
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KB9 HLWPSLEALDPGSLVGLNLSSLAITRCNLSSVPFQALYHLSFLRVLDLSQNPISAIPARR
:: :... :. : ::::.::.::.:::..::. :. :: .:: :.:: ::::.: .
NP_001 SHWPYLDTMTPNCLYGLNLTSLSITHCNLTAVPYLAVRHLVYLRFLNLSYNPISTIEGSM
250 260 270 280 290 300
300 310 320 330 340 350
pF1KB9 LSPLVRLQELRLSGACLTSIAAHAFHGLTAFHLLDVADNALQTLEETAFPSPDKLVTLRL
: :.::::..: :. :. . .::.::. ...:.:. : : ::::..: : .: :: :
NP_001 LHELLRLQEIQLVGGQLAVVEPYAFRGLNYLRVLNVSGNQLTTLEESVFHSVGNLETLIL
310 320 330 340 350 360
360 370 380 390 400 410
pF1KB9 SGNPLTCDCRLLWLLRLRRHLDFGMSPPACAGPHHVQGKSLKEFSDILPPGHFTCKPALI
..:::.:::::::..: : .:.:. . :.:: :. :::: .:.: :.: :..:::. : :
NP_001 DSNPLACDCRLLWVFRRRWRLNFNRQQPTCATPEFVQGKEFKDFPDVLLPNYFTCRRARI
370 380 390 400 410 420
420 430 440 450 460 470
pF1KB9 RKSGPRWVIAEEGGHAVFSCSGDGDPAPTVSWMRP--HGAWLGRAGRVRVLEDGTLEIRS
: . :...:: . : : .:::: :.. :. : : . ::. :. :::::.:
NP_001 RDRKAQQVFVDEGHTVQFVCRADGDPPPAILWLSPRKHLVSAKSNGRLTVFPDGTLEVRY
430 440 450 460 470 480
480 490 500 510
pF1KB9 VQLRDRGAYVCVVSNVAGNDSLRTWLEVIQVEP-----PNGTLS---------DPNITVP
.:..: :.:.:...:..::::. . :.: . : :: :.. . : :
NP_001 AQVQDNGTYLCIAANAGGNDSMPAHLHVRSYSPDWPHQPNKTFAFISNQPGEGEANSTRA
490 500 510 520 530 540
520 530 540 550 560 570
pF1KB9 GIPGPFFLDSRGVAMVLAVGFLPFLTSVTLCFGLIALWSKGKGRVKHHMTFDFVAPRPSG
.: :: : . . .. ..::. :: : .:. :. :::.::: .::.. ...: :: :
NP_001 TVPFPF--DIKTLIIATTMGFISFLGVVLFCLVLLFLWSRGKGNTKHNIEIEYV-PRKSD
550 560 570 580 590
580 590
pF1KB9 DKNSGGNRVTAKLF
NP_001 AGISSADAPRKFNMKMI
600 610
>>NP_001288115 (OMIM: 609791) leucine-rich repeat and im (614 aa)
initn: 1608 init1: 1326 opt: 1491 Z-score: 1015.5 bits: 198.0 E(85289): 7.9e-50
Smith-Waterman score: 1621; 43.8% identity (72.1% similar) in 592 aa overlap (5-578:8-596)
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]